全 文 :第32卷 第2期
2013年 3月
华 中 农 业 大 学 学 报
Journal of Huazhong Agricultural University
Vol.32 No.2
Mar.2013,6~11
收稿日期:2012-05-06
基金项目:国家自然科学基金项目(30970074)和国家重点基础研究发展计划(“973”计划)项目(2010CB126500)
王 宁,硕士研究生.研究方向:根瘤菌共生固氮体系分子机制.E-mail:wangning142424@163.com
通讯作者:李友国,博士,教授.研究方向:生物固氮.E-mail:youguoli@mail.hzau.edu.cn
紫云英结瘤受体激酶靶蛋白的筛选与鉴定
王 宁 李一星 刘 燕 陈大松 李友国
华中农业大学生命科学技术学院/农业微生物学国家重点实验室,武汉430070
摘要 利用酵母双杂交技术,以结瘤受体激酶(NORK)蛋白的跨膜结构域(TM)为诱饵,进行了与其相互作
用靶蛋白的筛选鉴定。结果获得41个候选阳性克隆,通过测序和在 NCBI中进行Blast比对分析,发现其中一
个具有重要生物学功能的互作蛋白翻译延伸因子AsEF1-α,并将该蛋白相应的编码基因命名为AsEF1-α。进一
步的验证表明靶蛋白AsEF1-α与诱饵互作的关键结构域是EF1-α-Ⅲ。
关键词 紫云英;结瘤受体激酶;翻译延伸因子蛋白(EF1-α);蛋白互作;酵母双杂交
中图分类号 S 154.38+1 文献标识码 A 文章编号 1000-2421(2013)02-0006-06
共生固氮是根瘤菌与豆科植物之间复杂的分子
对话过程,该过程受到根瘤菌和豆科宿主植物双方
基因的调控[1-4]。豆科植物中与共生固氮相关的基
因包括早期结瘤基因和晚期固氮基因。早期结瘤基
因中的共生受体激酶(SYMRK)基因、结瘤受体激
酶(NORK)基因与信号转导和根瘤形成相关。
陈大松等[5]分离获得紫云英结瘤受体激酶基因
(AY946203),全长2 820bp。基因序列Blast分析
表明它与多种豆科植物的共生受体激酶基因或结瘤
受体激酶基因序列具有较高同源性,与非豆科植物
同类基因的同源性较低[3]。紫云英 NORK序列也
和其他豆科植物SYMRK基因一样,编码胞外、跨
膜、胞内3个氨基酸结构域,含有富亮氨酸重复序
列。NORK编码的蛋白分子质量103.7ku,等电点
5.6,氨基端带有疏水性信号肽。
目前关于结瘤受体激酶的具体功能研究还不太
清楚,NORK蛋白这种具有胞外序列相似的家族在
植物中是广泛存在的。豆科植物紫云英中存在一套
与共生结瘤相关的功能基因,这些基因在接受来自
根瘤菌的共生信号 Nod factor(结瘤因子)刺激后,
通过一系列的表达调控在紫云英中引起钙离子激
增,从而激活CCaMK蛋白的功能。接着将共生信
号传递给下游的一些功能基因,进一步激活 NIN
基因,最后由 NIN 基因启动下游结瘤基因表达而
形成根瘤。有研究表明 NORK基因与 Nod factor
的接受传递系统相关[4-7],为探究 NORK在根瘤形
成过程中的功能机制,本研究筛选出与紫云英中结
瘤受体激酶NORK相互作用的靶蛋白,并通过酵母
双杂交技术验证2个蛋白的相互作用,同时定位靶
蛋白相互作用的关键结构域,并分析和讨论二者之
间的作用机制,以期为深入研究这2个基因的功能
机制提供理论基础,并且为构建早期结瘤信号传递
网络提供新的材料和依据。
1 材料与方法
1.1 菌株和质粒
用于酵母双杂交筛选的酵母菌株 Y187和
AH109、酵母质粒pGBKT7和pGADT7购于Clon-
teck公司。用于质粒克隆的大肠杆菌DH10B由华
中农业大学农业微生物学国家重点实验室提供。
1.2 主要仪器和试剂
PCR仪(Bio-Rad),Taq DNA 聚合酶,ExTaq
酶,T4DNA连接酶(Fermentas),各种限制性内切
酶,DNA及蛋白质分子量标准均为Fermentas公司
产品。
1.3 诱饵基因扩增及诱饵质粒构建
根据笔者所在实验室克隆鉴定的 NORK基因
序列信息(AY946203),设计引物。
上游引物:5′-CGGAATTCATTCTGTTTTTTT-
GCCGTTACA-3′(下划线为EcoRⅠ酶切位点);下游引
DOI:10.13300/j.cnki.hnlkxb.2013.02.013
第2期 王 宁 等:紫云英结瘤受体激酶靶蛋白的筛选与鉴定
物:5′-CGGGATCCTGTGACCACCTCTAAATACTC-
CAA-3′(下划线为BamHⅠ酶切位点)。提取紫云英根
瘤总 RNA,以总 RNA 为模板进行反转录 PCR
(RT-PCR),以反转录产物单链DNA为模板,采用
高保真性酶扩增 TM 区域(171bp)。PCR扩增反
应体系和程序为:10×ExTaq Buffer 2μL,模板
1μL,引物10μmol/L各1μL,2.5mmol/L dNTP
1μL,0.1μL Ex Taq,以ddH2O补充体系至20μL。
95℃预变性5min;95℃变性30s,50℃退火45s,
72℃延伸30s,30个循环;72℃最后延伸10min。
PCR产物及pGBKT7质粒,采用限制酶EcoRⅠ及
BamHⅠ进行双酶切。利用 T4DNA连接酶进行
连接、转化大肠杆菌,从而构建出重组诱饵质粒pG-
BKT7-NORK-TM,并通过双酶切及测序分析重组
质粒的正确性。
1.4 诱饵质粒转化及紫云英cDNA文库筛选
利用LiAc转化法将验证无误的诱饵质粒pG-
BKT7-NORK-TM转化酵母 Y187感受态细胞,涂
布于SD/-Trp平板上,28℃培养。通过酵母菌落
PCR检测诱饵质粒是否转化成功。将转化成功的
菌株分别划线于SD/-Trp/-His和SD/-Trp+X-gal
的平板上,96h内观察平板上菌落是否变成蓝色,
以检查其自激活性。挑取SD/-Trp平板上的单菌
落(直径大于2mm)接种于SD/-Trp液体培养基中
摇床振荡培养(200r/min),24h后测定其D600nm,
观察是否超过0.8,以确定其是否具有毒性。将检
测无自激活性和无毒性的诱饵酵母菌株Y187(pG-
BKT7-NORK-TM)与前期已构建好的紫云英根瘤
组织cDNA文库菌株 AH109(pGADT7-cDNA)杂
交,28℃摇床(50~100r/min)培养20~24h后,涂
布SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade的大平板,筛选阳性
克隆子,同时在 SD/-Leu,SD/-Trp和 SD/-Trp/-
Leu平板上涂布计算杂交效率。
1.5 阳性克隆子的鉴定
将在SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade平板上可以生
长的阳性克隆接种于SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade+
X-gal平板,在28℃暗培养2~4d,观察克隆子是否
显蓝色而加以确证。将复筛获得的阳性克隆进行菌
落PCR,检查插入cDNA片段大小。从酵母菌株抽
提阳性克隆质粒并转化大肠杆菌,利用载体抗性不
同分离出克隆有文库插入cDNA片段的阳性克隆。
最后,抽提大肠杆菌阳性克隆质粒进行酵母回转,小
范围“一对一”杂交等再次验证阳性克隆的真实性。
将最终确定的阳性克隆进行测序,将测序结果与
NCBI数据库比对,用 DNAMAN 和ExPASy软件
进行生物信息学分析。
1.6 靶蛋白与诱饵蛋白互作关键结构域的确定
根据测序所得到的目的基因序列设计引物
(表1),利用PCR技术分别扩增靶蛋白的3个结构
域,将其分别构建到载体pGADT7上,分别将任意
2个结构域组合后构建到载体pGADT7上,转化酵
母AH109,与诱饵菌株进行小范围杂交,将杂交后
的菌液混合物用ddH2O洗涤后,以一定的稀释度涂
布 SD/-Trp/-Leu 和 SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade+
X-gal平板,28℃暗培养2~4d,比较观察菌落生长
情况和变蓝情况,同时测定二倍体杂合子的β-半乳
糖苷酶活性(Miler单位,U),确定靶蛋白与诱饵蛋
白相互作用的关键结构域。
表1 靶蛋白中不同结构域截短PCR扩增所用的引物
Table 1 PCR primers used for target domain truncation in the identified interacting protein AsEF1-α
目标结构域区段
Target domains
引物序列
Sequences of primers
片段大小/bp
Sizes
Ras+EF1-Ⅱ+EF1-Ⅲ
Ras-up 5′-CCGGAATTCCCATTATGGCTGGGGGGTGACAACA-3′ 720
EF1-Ⅲ-down 5′-CGCGGATCC CTTCTCCACACTCTTAATAACTCCC-3′
Ras+EF1-Ⅱ
Ras-up 5′-CCGGAATTCCCATTATGGCTGGGGGGTGACAACA-3′ 396
EF1-Ⅱ-down 5′-CGCGGATCCTTCCTTAGCTGGGTCATCCTTAGAG-3′
EF1-Ⅱ+EF1-Ⅲ
EF1-Ⅱ-up 5′-CCGGAATTCCCCAAGAGACCTTCAGACAAGCCAC-3′ 621
EF1-Ⅲ-down 5′-CGCGGATCCCTTCTCCACACTCTTAATAACTCCC-3′
Ras+EF1-Ⅲ
Ras-up 5′-CCGGAATTCCCATTATGGCTGGGGGGTGACAACA-3′
423EF1-Ⅲ-down 5′-CGCGGATCCCTTCTCCACACTCTTAATAACTCCC-3′
Ras+EF1-Ⅲ-Ras-down 5′-CGGGGTACCCCTGGGTGGCTTGTCTGAAGGTCTC-3′
Ras+EF1-Ⅲ -EF1-Ⅲ-up 5′-CGGGGTACCGCCTCCAACTCTAAGGATGACCCAG-3′
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华 中 农 业 大 学 学 报 第32卷
2 结果与分析
2.1 诱饵质粒pGBKT7-NORK-TM的构建
采用本文“1.3”设计的引物,以紫云英根(瘤)部
组织 cDNA 为模板,扩增两端带有 EcoRⅠ 和
BamHⅠ位点的紫云英NORK-TM结构域,获得预
期大小为171bp的片段,经EcoRⅠ和BamHⅠ酶
切,克隆于相同双酶切后的BD载体pGBKT7质粒
上,构建重组质粒pGBKT7-NORK-TM。经双酶切
及测序分析正确后,将诱饵质粒转化酵母Y187,涂
布选择培养基SD/-Trp。转化子在SD/-Trp/-His
平板上不能生长,在 SD/-Trp+X-gal的平板上显
白色,说明诱饵没有自激活性。同时,菌体在液体中
振荡培养时可以正常生长,说明所构建的诱饵质粒
对酵母生长没有毒性,可以用于紫云英cDNA文库
中靶蛋白的筛选。
2.2 蛋白互作阳性克隆的筛选与验证
将检测无自激活性和无毒性的诱饵菌株 Y187
(pGBKT7-NORK-TM)与已构建好的紫云英根
(瘤)部组织cDNA 文库菌株 AH109(pGADT7-cD-
NA)[1]杂交,在SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade平板上筛选得
到175个杂交子,然后在SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade+X-
gal平板上复筛,获得41个显蓝色的阳性克隆。抽提阳
性克隆子质粒,利用pGADT7质粒上的通用引物 (5′-
CTATTCGATGATGAAGATACCCCACCAAACC -3′,5′-
AGTGAAC-TTGCGGGGTTTTTCAGTATCTACGA-3′)
进行 PCR检测。结果显示插入cDNA 片段位于
700~1 500bp之间,然后将扩增获得单一条带的目
标质粒转化大肠杆菌DH10B,利用pGADT7质粒
上的抗性标记筛选目标质粒。如菌落PCR检测条
带大小与筛库时检测大小一致,则将此转化正确且
条带单一的克隆进行插入片段的全长测序。
2.3 目标克隆中cDNA插入片段的序列分析
将测序获得的cDNA 序列在 NCBI中进行
Blast分析发现,阳性克隆主要包含两大类。一类为
甲硫氨酸亚砜还原酶结构域(图1)。甲硫氨酸亚砜
还原酶可将甲硫氨酸亚砜还原为甲硫氨酸。生物通
过这个过程可以缓解氧化压力。另一类为真核翻译
延伸因子1α亚科超家族。真核翻译延伸因子蛋白
包含Ras、EF1-α-Ⅱ和EF1-α-Ⅲ3个结构域(图2),
具有调控细胞增殖和分化、参与细胞信号传导等重
要的生物学功能。本研究着重探讨 AsEF1-α与诱
饵蛋白NORK-TM的相互作用。
图中黑色方框区域代表SeIR结构域,该结构域与蓖麻的甲硫氨
酸亚砜还原酶具有86%的同源性,而其与大豆中一种未知蛋白具
有87%的同源性。In the figure the black box represents SeIR
(structural)domain,this domain has a 86%homology with a me-
thionine sulfoxide reductase in castor,while a 87%homology with
an unknown protein in soybean.
图1 甲硫氨酸亚砜还原酶蛋白序列
Fig.1 The protein sequence of
methionine-R-sulfoxide reductase
图中的实线,点线和虚线方框区域分别代表 Ras、EF1-α-Ⅱ和
EF1-α-Ⅲ3个结构域。The ful,dotted and dashed box(region)re-
spectively represent the Ras,EF1-α-Ⅱand EF1-α-Ⅲstructural do-
mains.
图2 AsEF1-α超家族蛋白序列
Fig.2 The protein sequence of translation
elongation factor-1 alpha
A:分别含有3个独立结构域的AD质粒 The three plasmids of
different mutanted fragments cloned in pGADT7 ;1:pGADT7-
Ras;2:pGADT7-EF1-α-Ⅱ;3:pGADT7-EF1-α-Ⅲ;B:分别含有
2个组合结构域的 AD质粒 The four plasmids of different two
fragments cloned in pGADT7;1,5:AD-Ras+EF1-α-Ⅱ+EF1-α-
Ⅲ;2,6:AD-Ras+EF1-α-Ⅱ;3,7:AD-EF1-α-Ⅱ+EF1-α-Ⅲ;4,8:
AD-Ras+EF1-α-Ⅲ;M:1kb ladder;M12:Marker 12.
图3 不同截短结构域所构建AD质粒的酶切验证
Fig.3 The enzymatic digestion of diferent
mutated fragments cloned in pGADT
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第2期 王 宁 等:紫云英结瘤受体激酶靶蛋白的筛选与鉴定
2.4 靶蛋白AsEF1-α与诱饵蛋白NORK-TM互作
的关键结构域确定
抽提测序正确的目标质粒pGADT7-AsEF1-α,
回转酵母 AH109,根据测序所得到的 AsEF1-α基
因序列设计引物,利用PCR扩增靶蛋白 AsEF1-α
中的Ras、EF1-α-Ⅱ和EF1-α-Ⅲ3个结构域,将其分
别构建到载体pGADT7上,同时将任意2个结构域
组合后也分别构建于载体pGADT7,经酶切(图3)
和测序分析正确后转化酵母AH109,与诱饵菌株进
行小范围杂交,并测定杂合子的β-半乳糖苷酶活性
(图4,图5)。结果显示:AsEF1-α蛋白与空载体
pGBKT7没有相互作用,说明靶蛋白AsEF1-α无自
激活性。当3个结构域单独存在时,EF1-α-Ⅲ与诱
饵NORK-TM 具有微弱相互作用。在结构域重新
组合后,EF1-α-Ⅱ与EF1-α-Ⅲ以及Ras与EF1-α-Ⅲ
构成的重组结构域均表现出与诱饵NORK-TM的
互作,且与全长 AsEF1-α 相比,互作强度略高
(图5)。因此推测,结构域EF1-α-Ⅲ是靶蛋白AsEF1-α
与诱饵NORK-TM互作的关键结构域,另外2个结
构域,尤其是Ras结构域起到一定的辅助作用。
图4 靶蛋白AsEF1-α与NORK-TM的互作假阳性排除
Fig.4 Exclude false-positive test of interaction between
the protein AsEF1-αand NORK-TM
图5 截短突变体在蛋白互作中的β-半乳糖苷酶活性测定
Fig.5 The measurement ofβ-galactosidase activity(Miler Units)for the mutants interacting
with bait protein in the yeast two-hybrid system
3 讨 论
本研究利用紫云英结瘤受体激酶(NORK)的
TM结构域为诱饵,从紫云英根(瘤)部组织AD cD-
NA文库中筛选获得与 NORK-TM 发生相互作用
的靶蛋白 AsEF1-α。NORK控制着两大共生菌系
(固氮根瘤菌及放线菌和菌根真菌)对植物根部侵染
的早期阶段。有研究表明 NORK基因参与了结瘤
因子的接受传递,进而启动信号转导形成根瘤,虽然
NORK蛋白这种具有胞外序列相似的家族在植物
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华 中 农 业 大 学 学 报 第32卷
中是广泛存在的,但目前关于结瘤受体激酶的具体
功能还不太清楚[4-7],因此,本研究试图通过分离鉴
定其相互作用的靶蛋白,从新的角度说明和分析结
瘤受体激酶在共生固氮过程中的功能机制。
真核生物中翻译延伸因子 EF1-α包含 Ras、
EF1-α-Ⅱ和EF1-α-Ⅲ3个结构域,可能参与多种细
胞功能。EF1-α帮助依赖于GTP的氨酰tRNA与
核糖体的结合,与真核细胞骨架的肌动蛋白相互作
用,在伸缩环微丝的组织形成中发挥关键调节作
用[8-9],也可能在细胞转化和细胞凋亡方面发挥功能
作用[10]。Ras家族调控基因表达,在信号传导网络
中起着极为重要的开关作用,同时在正常细胞增殖
中亦具有极重要的作用[11-14]。另外,ras也是一类
原癌基因,位于细胞膜上,介导各种酪氨酸激酶引起
的细胞增殖分化[15-16]。最近的研究显示,Ras与乳腺
癌等肿瘤的发生具有相关性[17]。百合的LlEF1-α1可
以与CCaMK蛋白相互作用,被CCaMK通过Ca2+和
CaM依赖的方式直接磷酸化[17],可能参与Ca2+信号
途径。根据以上研究结果,预测紫云英翻译延伸因子
(AsEF1-α)参与了早期结瘤过程中的信号转导。
本研究表明紫云英翻译延伸因子 AsEF1-α与
诱饵蛋白NORK-TM存在相互作用,并将其互作关
键结构域定位于 AsEF1-α的 EF1-α-Ⅲ 结构域,
AsEF1-α蛋白可能参与 NORK蛋白影响根瘤形成
过程中的信号转导,但其传递途径及具体机制还需
要进一步的研究。例如,可以通过双分子荧光互补
技术(BiFC)研究2个互作蛋白在细胞内的共定
位,通过免疫荧光或免疫电镜研究2个蛋白的亚
细胞或超显微定位,通过超表达和RNAi技术研究
目标靶蛋白AsEF1-α在共生固氮过程中的生物学
功能等。
参 考 文 献
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Screening and identification of target proteins interacting with
NORK(nodulation receptor kinase)of Astragalus sinicus
WANG Ning LI Yi-xing LIU Yan CHEN Da-song LI You-guo
College of Life Science and Technology/State Key Laboratory of Agricultural Microbiology,
Huazhong Agricultural University,Wuhan 430070,China
Abstract The nodulation receptor kinase(NORK)of Astragalus sinicus mainly contains three
functional domains including repetitive sequences of the N-terminal leucine-rich domain(LRR),the cen-
tral transmembrane domain(TM),and the C-terminal kinase domain(PK),respectively.Using yeast
two-hybrid technique and TM domain as the bait protein,its interacting target proteins were screened
and identified.41original positive clones were obtained.After the inserted cDNA sequencing and Blast
analyses in the NCBI database,an interacting target protein with the same biological function as a trans-
lation elongation factor protein EF1αwas identified.The corresponding protein encoding gene was named
AsEF1-α.The further confirmed experiment showed that the key interacted domain of AsEF1-αprotein
was located in the EF1-α-Ⅲ.These results provide a fundamentaly theoretical basis for future in-depth
study of the genes’function and mechanism,and also provide novel information and material for establis-
hing early root nodulation signaling network in legume plant.
Key words Astragalus sinicus;NORK;EF1-α;protein interaction;yeast two-hybrid
(责任编辑:张志钰)
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