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中国野葡萄锌指蛋白基因的克隆及生物信息学分析



全 文 :第38卷 第10期
2010年10月
西北农林科技大学学报(自然科学版)
Journal of Northwest A&F University(Nat.Sci.Ed.)
Vol.38 No.10
Oct.2010
中国野葡萄锌指蛋白基因的克隆及生物信息学分析

文志丰,赵素平,王西平,王 倩
(西北农林科技大学 园艺学院,农业部西北园艺植物种质资源应用重点开放实验室,陕西 杨凌712100)
[摘 要]  【目的】在受白粉病菌侵染的中国野葡萄叶片中克隆锌指蛋白基因全长,研究葡萄抗白粉病的分子
机制。【方法】在前期采用mRNA差异显示技术获得的中国野葡萄华东葡萄株系白河35-1抗白粉病基因表达差异
cDNA片段T11GG/B0324-292的基础上,利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆了该cDNA全长序列,并结合生
物信息学方法对所获取的序列进行分析。【结果】该cDNA全长2 663bp(GenBank登录号 HM008621),具有完整的
开放阅读框,基因全长2 223bp,编码1个由740个氨基酸组成的锌指蛋白(Zinc finger protein),5′和3′非翻译区长度
分别为395和44bp。多重比较分析表明,该基因推导的氨基酸序列与拟南芥、蒺藜苜蓿、水稻的C3H亚型CCCH型
锌指蛋白的同源性分别为61%,70%和60%。【结论】利用RACE技术获得了锌指蛋白基因全长,为进一步研究锌指
蛋白基因与葡萄抗白粉病的关系奠定了基础。
[关键词] 中国野葡萄;白粉病;锌指蛋白;转录因子;RACE;生物信息学
[中图分类号] Q785 [文献标识码] A [文章编号] 1671-9387(2010)10-0131-07
Cloning and bioinformatic analysis of zinc finger protein gene
in Chinese wild Vitis pseudoreticulata
WEN Zhi-feng,ZHAO Su-ping,WANG Xi-ping,WANG Qian
(College of Horticulture,Northwest A&F University,Key Laboratory of Northwest Horticulture Plant Germplasm
and Application of Agricultural Department in China,Yangling,Shaanxi 712100,China)
Abstract:【Objective】A ful length cDNA of a zinc finger protein gene was cloned in Chinese wild Vi-
tis pseudoreticulata which were infected by Uncinula necator(Schw.)Burr,and the molecular mechanisms
of grape resistant to powdery mildew were studieds.【Method】This article was based on T11GG/B0324-292
cDNA fragment of Chinese wild Vitis pseudoreticulata Baihe 35-1,the cDNA fragment came from mRNA
differential display technology,the ful-length cDNA of the fragment was cloned by rapid amplification of
cDNA ends(RACE)technique.Concurrently bioinformatic methods were applied to analyze the obtained
sequence.【Result】The cDNA sequence consisted of 2 663bp(GenBank accession number HM008621)and
had an open reading frame(ORF)of 2 223bp,encoded a zinc finger protein of 740amino acids,the non-
translation of 5′and 3′-terminal region was 395,44bp respectively.The multiple comparison sequence anal-
ysis showed that the deduced amion acid sequences shared identity to 61%,70%and 60%with A.sthaliana,
M.truncatulaand O.sativa,respectively.【Conclusion】The ful-length zinc finger protein gene has been
cloned by RACE technique,which lays the foundation for further research on the relationship between the
gene and grape resistantance to powdery mildew
Key words:Chinese wild grape;powdery mildew;zinc finger protein;transcription factor;RACE;bioin-
* [收稿日期] 2010-03-18
[基金项目] 国家自然科学基金项目(30871701,30671446);教育部新世纪优秀人才支持计划项目
[作者简介] 文志丰(1982-),男,湖南东安人,在读硕士,主要从事果树种质资源与生物技术研究。E-mail:zhifengwen@126.com
[通信作者] 王西平(1968-),男,陕西蒲城人,教授,博士生导师,主要从事果树种质资源与生物技术研究。
E-mail:wangxiping@nwsuaf.edu.cn
DOI:10.13207/j.cnki.jnwafu.2010.10.022
formatics
  葡萄白粉病(Uncinula necator (Schw.)Burr)
是危害世界葡萄生产的主要真菌病害之一,每年给
世界葡萄生产造成了很大的经济损失。近年来,随
着分子生物学理论和分子技术的快速发展,研究者
借助现代生物技术手段进行葡萄抗病性研究。目
前,对葡萄白粉病的研究主要是通过葡萄抗病基因
的分子标记、抗病基因的定位与遗传作图、构建白粉
病胁迫下的cDNA文库、抗病标记分子辅助育种和
抗病基因同源类似物的克隆等途径,寻找和筛选葡
萄的抗白粉病相关基因。王跃进等[1]利用 RAPD
技术进行了中国野生葡萄抗白粉病分子标记研究,
获得了中国野生葡萄抗白粉病基因的3个 RAPD
标记。Dalbo等[2]对葡萄抗白粉病基因(PM)和抗
黑痘病基因(BE)进行了QTL遗传定位作图研究,
并认为葡萄抗白粉病是多基因控制的。Raymond
等[3]研究认为,在白粉病病原菌胁迫下,抗白粉病葡
萄品种自身所引发的防卫反应,可引起编码 WRKY
等转录因子基因表达量明显的提高。特别是2007
年以黑比诺为试材的葡萄基因组图谱的成功绘制,
极大地推动了葡萄抗病相关基因的研究[4]。
目前,世界上主要的鲜食葡萄和酿酒葡萄品种
都属欧亚品种(Vitis vinifera L.),其突出的特点是
品质好,但对白粉病、霜霉病等真菌病害缺乏抗性。
中国是世界葡萄属植物重要的起源地之一,我国野
生葡萄种质资源丰富且多数对白粉病具有较高抗
性,由于其和欧亚葡萄杂交亲和性好,因而可以有效
地将中国野生葡萄白粉病抗病基因与欧亚栽培品种
优良品质基因进行结合[5],培育优良的抗病葡萄新
品种,这无疑对中国野葡萄抗白粉病基因研究具有
重要的理论意义和实践价值,但目前尚未见这方面
的研究报道。本试验在本课题组前期研究获得的中
国野葡萄华东葡萄株系白河35-1抗白粉病基因表
达差异cDNA片段的基础上,利用RACE技术从中
国野葡萄华东葡萄株系白河35-1中克隆出含该片
段的全长cDNA序列,并结合生物信息学方法对所
获得的锌指蛋白基因的cDNA全长进行分析,以期
为今后葡萄抗病基因功能分析和功能研究奠定理论
基础。
1 材料与方法
1.1 材 料
供试材料为中国野葡萄华东葡萄株系白河35-
1,取自西北农林科技大学葡萄种质资源圃。
1.2 主要试剂
SMARTTM RACE cDNA Amplification Kit试
剂盒,购自Clontec公司;pGEM-Teasy Vector、琼
脂糖凝胶DNA回收试剂盒,均购自Promega公司;
大肠杆菌DH5α、DL2000Maker、Taq酶、dNTP,均
为天根公司产品。
1.3 方 法
1.3.1 总RNA的提取及纯化 在田间选取高感
葡萄白粉病叶片,采用压片法进行白粉病人工孢子
接种,接种后套袋,接种5d后采集新鲜叶片放入液
氮中保存。采用改良型SDS/酚法提取接种葡萄白
粉病病原菌5d后的叶片总 RNA[6]。提取的总
RNA中痕量 DNA 用 DNase1(Promega,USA)去
除。纯化后的总RNA用10g/L琼脂糖凝胶电泳,
紫外分光光度计分析总RNA的纯度。
1.3.2 锌指蛋白基因的5′RACE和3′RACE的扩
增  以接种葡萄白粉病病原菌5d后的叶片总
RNA 为 模 板,参 照 Clontec 公 司 的 SMARTTM
RACE cDNA Amplification Kit试剂盒说明书进行
反转录,分别合成5′RACE和3′RACE cDNA第一
链。
根据已获得的中国野葡萄华东葡萄株系白河
35-1抗白粉病基因表达差异cDNA 片段 T11GG/
B0324-292[5],设计3′RACE和5′RACE特异引物,
分别 为 GSP1:5′TCAGCGTGAGAAGCAGCAC
CAGCA 3′和GSP2:5′AGCAGCCAACCCATTTCA
TTT CAT 3′,2条引物间重叠序列为 263bp。
3′RACE和5′RACE PCR的扩增体系参照 Advan-
tage?2PCR Kit说明书进行。PCR扩增循环参数
为:94℃30s,72℃3min,5个循环;94℃30s,68
℃30s,70℃3min,5个循环;94℃30s,68℃30
min,30个循环;72℃10min。
1.3.3 RACE扩增片段的克隆及生物信息学分析
 5′RACE和3′RACE PCR扩增产物用12g/L琼
脂糖凝胶电泳,然后用琼脂糖凝胶DNA回收试剂
盒回收特异条带,连接pGEM-Teasy载体,转化大
肠杆菌 DH5α感受态细胞,进行蓝白斑筛选,挑取
白色菌落,放大培养后用 M13+和 M13-引物进行
PCR扩增,PCR扩增循环参数为:94℃3min;94
℃45s,57℃45s,72℃45s,30个循环;72℃5
min。将扩增出的目的片段菌液送上海生工生物技
231 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第38卷
术有限公司测序。
利用DNAstar软件分析该基因的全长序列,在
NCBI站点里进行相似性比较和氨基酸序列推测,
并将推测出来的氨基酸序列递交NCBI,利用DNA-
MAN软件进行多序列比对,用Protparam 预测蛋
白的理化性质(http://au.expasy.org),用Predict-
Protein程序预测蛋白质二级结构(http://www.
predictprotein.org),用 WOLF PSORT程序进行亚
细胞定位(http://wolfpsort.org)。
2 结果与分析
2.1 总RNA的提取及纯化
图1显示,28S和18SRNA条带清晰,亮度接
近2∶1。紫外分光光度计检测结果显示 OD260nm/
OD280nm为1.90,说明提取的中国野葡萄叶片总
RNA完整性好,纯度高,可用于后续试验。
图1 中国野葡萄叶片总RNA的电泳检测结果
Fig.1 Electrophogram of total RNA from Chinese wild
V.pesudoreticulataleaves
2.2 锌指蛋白基因5′RACE和3′RACE片段的扩
增及克隆
以接种葡萄白粉病病原菌5d后的中国野葡萄
华东葡萄株系白河-35-1叶片总RNA为模板,反转
录合成cDNA 第一链,然后分别以引物 GSP1、
GSP2和Advantage?2PCR Kit试剂盒中的 UPM
为引物对,进行3′RACE和5′RACE扩增。图2和
3显示,3′RACE PCR扩增得到2条大小分别约为
600和250bp的DNA条带,根据引物设计的位置
可知250bp的DNA条带为非特异性扩增条带,将
600bp的片段回收测序。5′RACE PCR扩增得到1
条大小约为2 300bp的条带。
图2 中国野葡萄锌指蛋白基因3′RACE的电泳结果
M.DL2000Marker;1.3′RACE反应产物
Fig.2 Electropherogram result of zinc finger protein gene
3′RACE product from Chinese wild V.pesudoreticulata
M.DL2000Marker;1.3′RACE product
图3 中国野葡萄锌指蛋白基因5′RACE的电泳结果
1.5′RACE反应产物;M.DL2000Marker
Fig.3 Electropherogram result of zinc finger protein gene
5′-RACE product from Chinese wild V.pesudoreticulata
1.5′RACE product;M.DL2000Marker
2.3 锌指蛋白基因的生物信息学分析
测序结果显示,3′RACE扩增条带的cDNA实
际长度为560bp,5′RACE扩增条带的实际长度为
2 366bp。由于3′RACE 和5′RACE扩增条带有
263bp的重叠序列,拼接后的cDNA全长为2 663
bp。Blast分析结果(图4)表明,该cDNA具有完整
的开放阅读框架,5′端非编码区长395bp,3′端非编
码区长44bp,基因全长2 223bp,编码1个包含740
个氨基酸的锌指蛋白。多重比较分析结果(图5)表
明,该基因编码氨基酸序列与蛋白质数据库中的拟
南芥(Arabidopsis thaliana)CCCH 型锌指蛋白
(768个氨基酸)有476个氨基酸相似,同源性为
61%;与蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)CCCH 型
锌指蛋白(724个氨基酸)有514个氨基酸相似,同
源性为70%;与水稻(Oryza sativa)CCCH 型锌指
蛋白(734个氨基酸)有444个氨基酸相似,同源性
为60%。
对中国野葡萄锌指蛋白结构的分析发现,在
307~331氨基酸处有1个C-x8-C-x5-C-x3-H型锌
指结构域,在119~153氨基酸处有1个锚蛋白家族
结构域(Ankyrin domain ANK)。此外,该蛋白的氨
基酸序列还有2个6-磷酸果糖激酶Ⅱ(PFK-2)和1
331第10期 文志丰,等:中国野葡萄锌指蛋白基因的克隆及生物信息学分析
个果糖2,6-二磷酸酶。从蛋白质分子结构而言,中 国野葡萄锌指蛋白属于锚蛋白兼锌指蛋白。
431 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第38卷
图4 中国野葡萄锌指蛋白基因序列及推导的氨基酸序列
单下划线为起始密码子(ATG)和终止密码子(TAG),双下划线为锌指保守域,加框处为重叠序列区
Fig.4 Ful-length sequences of zinc finger protein gene and its deduced amino acid
sequence from Chinese wild V.pesudoreticulata
The start coden ATG and the stop coden TAG were labeled by single-underlined respectively,the conserved zinc-finger
domains were labeled by double underline,the overlapping sequences were labeled by pane
  锌指蛋白的Protparam理化性质预测表明,该
锌指蛋白的分子式可能为C3450H5443N9917O1123S36,相
对分子质量为80 010.3,等电点为6.01,理论推导
的半衰期大于30h,不稳定参数为60.88,属于不稳
定蛋白。该蛋白中相对含量较多的氨基酸有Ser
(25个,占17.0%)、Pro(62个,占8.4%)、Ala(54
个,占7.3%)。总的带正电荷的残基(Arg+ Lys)
数为67,总的带负电荷的残基(Asp+ Glu)数为
76,亲水性数为-0.461,预测该蛋白为水溶性蛋白。
蛋白质二级结构的Predict-Protein预测显示,该蛋
白质中α螺旋占23.92%,β折叠占5.27%,其他无
规则卷曲占70.81%;WOLF PSORT亚细胞定位研
究表明,锌指蛋白在细胞中定位的可能性为细胞
核>细胞质,推测该锌指蛋白可能位于细胞核中。
3 结论与讨论
锌指蛋白转录因子是真核生物普遍存在的一类
转录因子,在基因的表达调控、细胞分化、胚胎发育
等方面具有重要的作用[7-13]。近年来的研究还证
实,植物锌指蛋白还参与植物的生殖生长,特别是生
殖器官如花和胚珠的发育[14]。目前,对锌指蛋白的
研究多集中在植物干旱、低温、盐胁迫等非生物逆境
胁迫方面。研究表明,盐胁迫可以明显提高烟草锌
指蛋白基因ZFP188在烟草自身的表达水平,并提
高转基因植株的抗盐性[15]。低温和干旱胁迫时,水
稻中的锌指蛋白基因通过调节脯氨酸的水平和清除
自身活性氧,来提高对低温和干旱逆境下的抗性[16]。
烟草中的锌指蛋白转录因子参与调节精胺介导的信
号转导过程[17]。
根据锌指蛋白半胱氨酸(C)和组氨酸(H)残基
数的不同,可以将锌指蛋白转录因子分为 C2H2、
C2C2、C3H、C3H4 和 C3H5 等 5 个 亚 类[18-19]。
CCCH型锌指蛋白属于C3H亚型锌指蛋白,其广泛
存在于动植物及酵母中[20],C3H型锌指蛋白是目前
研究较少的一类锌指蛋白。目前只有少数植物中分
离出了CCCH型锌指蛋白基因,如拟南芥、水稻、蒺
藜苜蓿。对拟南芥的CCCH 型锌指蛋白基因的研
究表明,CCCH型锌指蛋白基因直接调节拟南芥心
型胚的发育和形成,并且参与调节拟南芥的开花时
间和花器官的形成[20-22]。对水稻CCCH 型锌指蛋
白基因的研究发现,该基因调节水稻叶片的衰
老[23]。最新的研究表明,CCCH型锌指蛋白是一类
与RNA结合的蛋白,可调节 mRNA代谢[24],并具
有转录激活功能[25-26],推测其在植物不同组织及不
同发育阶段具有多种功能[21,23,27],且对其结构和功
能的深入研究,将有助于揭示真核生物的基因调控
机理[28]。本研究在白粉病菌诱导下克隆的C3H亚
型CCCH型锌指蛋白基因,是果树中第一个报道的
锌指蛋白基因,结合CCCH锌指蛋白的结构及功能
预测,以及参照其在拟南芥和水稻中的功能,该
CCCH型锌指蛋白可能参与中国野葡萄的生殖、发
育及抗逆性等过程。葡萄白粉病诱导下的CCCH
锌指蛋白基因的表达分析及其功能研究将是下一步
研究的主要内容。
531第10期 文志丰,等:中国野葡萄锌指蛋白基因的克隆及生物信息学分析
图5 中国野葡萄锌指蛋白与其他植物锌指蛋白转录因子的多重比较
V-pseudo.中国野葡萄;A-thali.拟南芥;M-trunca.蒺藜苜蓿;O-sati.水稻
Fig.5 Multiple comparison sequence of zinc finger protein in Chinese wild
V.pesudoreticulataand from other plant species
V-pesudo.Vitis pseudoreticul;A-thali.Arabidopsis thaliana;M-trunca.Medicago truncatula;O-sati.Oryza sativa
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441 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第38卷