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利用ISSR分子标记构建新疆野杏核心种质资源



全 文 :中国农业科学 2015,48(10):2017-2028
Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.10.014

收稿日期:2014-10-29;接受日期:2015-03-10
基金项目:国家公益性行业(农业)科研专项(201304701)、新疆维吾尔自治区科技计划项目(201130102)、新疆杏产业发展关键技术集成与示范
(200931101)、新疆维吾尔自治区果树重点学科基金
联系方式:刘娟,E-mail:liujuanxnd@163.com。通信作者廖康,E-mail:liaokang01@163.com


利用 ISSR 分子标记构建新疆野杏核心种质资源
刘 娟,廖 康,赵世荣,曹 倩,孙 琪,刘 欢
(新疆农业大学特色果树研究中心,乌鲁木齐 830052)

摘要:【目的】通过对不同取样策略和遗传距离相结合的组合结果进行分析对比,以此探讨分子水平构建
新疆野杏核心种质的方法,确定最适核心种质资源,以利于种质的保护与利用。【方法】以分布于新疆伊犁地区
霍城县大西沟、新源县博尔赛和巩留县伊依克台 3个分布区的 135个新疆野杏实生株系为材料,根据 SM、Jaccard
和 Nei&Li 遗传距离,采用 UPGMA 聚类法对新疆野杏整体进行多次聚类抽样,直到其中某个采样点再次聚类时无
种质被抽取;以随机取样策略为对照取样策略,应用位点优先取样策略,研究新疆野杏核心种质构建的方法;
采用丢失的等位基因数以及多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s 遗
传多样性指数和 Shannon 信息指数各遗传多样性指标进行 t 检验来确定最适构建方法;分别将核心种质与原种
质和保留种质进行 t 检验和遗传多样性比较,以此来评价核心种质的代表性;并用主坐标轴分析法和表型性状
对原种质和核心种质进行分析,以此对核心种质进行确认。【结果】位点优先取样策略构建的核心种质比对照随
机取样策略丢失的多态性位点数少,且同一遗传距离下位点优先取样策略构建的核心种质具有较高的遗传多样
性,更能构建一个具有代表性的核心种质;通过 Nei & Li 遗传距离构建的新疆野杏核心种质各遗传多样指标具
有较大值,优于 SM 和 Jaccard 遗传距离;采用主坐标轴分析法和表型数据分析显示,利用位点优先取样策略和
Nei & Li 遗传距离构建的新疆野杏核心种质能够较全面的代表野杏原种质的遗传多样性;31 份野杏核心种质资
源,保留了原种质 22.96%的样品,多态性位点、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s
遗传多样性指数和 Shannon 信息指数的保留率分别达到 92.69%、98.83%、99.42%、103.26%、109.24%和 108.31%。
【结论】采用位点优先法和 Nei & Li 遗传距离进行多次聚类,是较适宜的构建新疆野杏核心种质的方法,构建
的 31 份核心种质能最大程度代表原种质的遗传多样性,同时本研究所采用的方法对其他作物核心种质的构建具
有重要的参考价值。
关键词:新疆野杏;ISSR 标记;核心种质;位点优先取样策略;遗传多样性

The Core Collection Construction of Xinjiang Wild Apricot
Based on ISSR Molecular Markers
LIU Juan, LIAO Kang, ZHAO Shi-rong, CAO Qian, SUN Qi, LIU Huan
(Research Center for Xinjiang Characteristic Fruit Tree of Xinjiang Agricultural University, Urumqi 830052)

Abstract: 【Objective】 By comparison analysis of the results of different sampling strategies and genetic distances, the method
for constructing core collection of Xinjiang wild apricot based on molecular markers data was studied in order to establish the
optimum core collection resources which will be beneficial to the protection and use of resources. 【Method】 Taking 135 wild
apricots as materials that were come from Huocheng Daxigou, Xinyuan Boersai and Gongliu Yiligedai in Xinjiang, using UPGMA
stepwise clustering method according to SM, Jaccard and Nei&Li genetic distances for initial collection, until any one sampling
location was no collection into the core collection, then an allele preferred sampling strategy was used to construct wild apricot core
2018 中 国 农 业 科 学 48 卷
collection and compared with the random sampling strategy. The number of lost allele and t-test of number of polymorphic loci,
percentage of polymorphic loci, observed number of alleles, effective number of alleles, Nei’s genetic diversity and Shannon
information index for gene diversity were used to determine the optimal building methods. T-tests of core collection, initial collection
and reserve collection were conducted, and the genetic diversity of them was compared to evaluate the representative of core
collections. The principal coordinate analysis method and the phenotypic traits of initial and core collections were used to confirm
the core germplasm.【Result】Compared with the random sampling strategy, allele preferred sampling strategy could construct more
representative core collections that with higher values of genetic diversity indexes and little polymorphic loci. According to Nei&Li
genetic distance, the constructed core collection of Xinjiang wild apricot was better than by SM and Jaccard genetic distance for
these core collections had high values of genetic diversity indexes. The analysis of principal coordinate analysis and phenotypic
traits showed that the core collection of Xinjiang wild apricot constructed by allele preferred sampling strategy and Nei&Li
genetic distance could more comprehensively represent at the genetic diversity of wild apricot initial collection. The 31 core
collection resources of wild apricot includes 22.96% germplasm samples of the initial collection, the retention ratio of number of
polymorphic loci, percentage of polymorphic loci, observed number of alleles, effective number of alleles, Neis genetic diversity
and Shannon information index were 92.69%, 98.83%, 99.42%, 103.26%, 109.24% and 108.31%, respectively. 【Conclusion】
The method of allele preferred sampling strategy and Nei&Li genetic distance by stepwise clustering is a suitable method for
constructing Xinjiang wild apricot core collection. These results demonstrated that the 31 core collection could stand for original
collection excellently, at the same time this research method of the construction of core collection has important reference values
for other crops.
Key words: Xinjiang wild apricot; core collection; ISSR markers; allele preferred sampling strategy; genetic diversity

【研究意义】新疆野杏(Armeniaca vulgaris Lam.)
属蔷薇科(Rosaceae)李亚科(Prunoideae)杏属
(Armeniaca Mill.)植物 [1-2],是一种珍贵的野生果树
资源,曾对世界栽培杏的驯化起过决定性的作用,被
认为是世界栽培杏的原生起源种群[3]。新疆野杏林是
中国稀有野杏集中分布区,其中新疆伊犁地区天山野
杏林是我国野杏的重要集中地,是栽培杏的直接种源,
据地质年估算,现有野杏林是第三纪后期保留下来的
阔叶林残遗植被,距今已有 300 万余年,是新疆山地
针叶林之下、山地草原带之上的落叶阔叶林的重要组
成部分,其分布范围与数量仅次于野苹果,是伊犁天
山野果林的主要树种之一[2,4-6]。但近几年来,随着过
度放牧、农田开垦以及病虫害的传播与蔓延等因素,
野杏的群落面积逐年减少,资源和遗传多样性遭到严
重的破坏,造成种质大量流失,进而引起基因匮乏和
种性退化。因此,加强新疆原生杏群体遗传多样性的
保护对种质保存与利用具有重要意义。【前人研究
进展】丰富的遗传资源多样性为作物育种和遗传研
究提供了广阔的遗传基础,但同时也给种质资源的
保存、研究与利用带来了很大困难[7-8]。为此,1984
年 Frankel [9-10]提出核心种质(Core Collection)的概
念,即从整个种质遗传资源中选择部分能以最小资源
数量和遗传重复,尽可能最大限度代表整个资源多样
性的样本,并与 Brown[11]将其进一步发展。核心种质
的构建为种质资源的深入评价和有效保护与利用开
拓了新的途径,并逐步发展成为国际植物种质资源研
究的热点,目前利用分子标记的方法已在野苹果[7,12]、
板栗[8]、柚类[13]、核桃[14]、葡萄[15]和梨[16]等树种上
建立了核心种质,其中 ISSR 标记对核心种质的构建
在石榴[17]、牡丹[18]、腊梅[19]和山茱萸[20]等植物上有
报道。【本研究切入点】本研究以 135 份新疆野杏种
质资源为试材,通过不同取样策略和遗传距离的对
比,最终找到最适方法构建新疆野杏的核心种质,并
对其进行评价和确认。【拟解决的关键问题】通过比
较 2 种取样策略和 3 种遗传距离,找到新疆野杏核心
种质构建的最适方法,并构建新疆野杏的核心种质,
为种质的保护与利用,开展种质创新及种质资源的深
层研究提供理论依据。
1 材料与方法
试验于 2012—2013 年在新疆农业大学特色果树
研究中心分子生物学实验室进行。
1.1 试验材料
以新疆伊犁哈萨克自治州的霍城县、新源县和巩
留县的 135 份新疆野杏实生株系为试料,分别对株系
进行 GPS 定位,取其新鲜健康叶片置于装有干燥硅
胶、且写好编号的自封塑料袋中干燥,在室温下保存
备用。各采样点详细取样情况见表 1。
10 期 刘娟等:利用 ISSR 分子标记构建新疆野杏核心种质资源 2019
表 1 新疆野杏种质资源取样信息
Table 1 Information of wild apricot resources in Xinjiang
采样点
Location
采样数(份)
Sample size
海拔
Altitude (m)
纬度
Latitude
经度
Longitude
霍城县大西沟 Daxigou, Huocheng 84 1112.0—1175.8 N44.418165°—44.436575° E080.775257°—080.785403°
新源县博尔赛 Boersai, Xinyuan 17 1240.2—1312.8 N43.500107°—43.52289° E083.693810°—083.69687°
巩留县伊依克台 Yiyiketai, Gongliu 34 1144.5—1418.8 N43.366961°—43.376852° E082.094664°—082.119012°

1.2 分子试验方法
1.2.1 基因组 DNA 的提取 采用改良的 CTAB 法[21]
提取 135 份材料基因组 DNA,用 1%的琼脂糖凝胶电
泳检测。DNA 样品放置于-20℃保存备用。
1.2.2 ISSR 反应体系及扩增条件 采用刘威生等[22]
总体积为20 µL的优化反应体系,内含双蒸水14.2 µL,
10×Buffer(含 Mg2+)2.0 µL,DNA 模板 20 ng,引
物 1 µL(浓度 10 mmol·L-1),dNTPs1.6 µL(浓度 2.5
mmol·L-1),TaqDNA 聚合酶为 0.2 µL(浓度 5
units/µL);扩增条件[22]为:预变性 94℃,5 min;变
性 94℃,45 s;退火 52℃(因引物不同而定),1 min;
延伸 72℃,1.5 min;循环 40 次;后延伸 72℃,5 min;
4℃中止,10 min。扩增产物用 1×TAE 配制的 2%琼
脂糖凝胶电泳分离,在 120 V 电压下电泳 40—50 min,
溴化乙锭染色,电泳结束后在紫外投射凝胶成像系统
中观察、记录、保存图像。所用试剂均购自北京全式
金生物技术有限公司。
1.2.3 ISSR引物筛选及产物检测 从 100 条 ISSR引
物中最终筛出条带清晰、主带明显、多态性较好的 22 条
引物用于全部样本分析(引物名称及序列号见表 2)[23],
由北京六合华大基因科技股份有限公司合成。
扩增产物用 1×TAE 配制的 2%琼脂糖凝胶电泳
分离,在 120V 电压下电泳 40—50 min,溴化乙锭染
色,电泳结束后在紫外投射凝胶成像系统中观察、记
录、保存图像。
1.3 核心种质的构建
1.3.1 数据整理 将引物图谱上引物设计目标区
域条带按照 DNA marker 的大小读取序列长度,按
凝胶上不同材料同一位置 ISSR 带的有无进行统计,
有带的记为“1”,无带的记为“0”,构建二元数
据矩阵。
1.3.2 遗传距离 采用 SM 相似性系数、Jaccard 相
似性系数和 Nei&Li 相似性系数,估测遗传距离。根
据遗传距离使用 UPGMA 聚类法,采用 NTSYSpc-
2.10e 软件进行聚类分析。
表 2 22 条引物名称及序列
Table 2 Name and serial number of 22 primers
引物名称
Primers name
序列号
Serial number of primers
最适退火温度
Optimum annealing
temperature (℃)
UBC807 AGAGAGAGAGAGAGAGT 56
UBC808 AGAGAGAGAGAGAGAGC 59
UBC809 AGAGAGAGAGAGAGAGG 58
UBC811 GAGAGAGAGAGAGAGAC 59
UBC813 CTCTCTCTCTCTCTCTT 49
UBC822 TCTCTCTCTCTCTCTCA 48
UBC823 TCTCTCTCTCTCTCTCC 55
UBC825 ACACACACACACACATA 58
UBC826 ACACACACACACACACC 52
UBC834 AGAGAGAGAGAGAGAGYT 51
UBC835 AGAGAGAGAGAGAGAGYC 53
UBC836 AGAGAGAGAGAGAGAGYA 54
UBC841 GAGAGAGAGAGAGAGAYC 56
UBC843 CTCTCTCTCTCTCTCTRA 53
UBC844 CTCTCTCTCTCTCTCTRC 57
UBC845 CTCTCTCTCTCTCTCTRG 49
UBC850 GTGTGTGTGTGTGTGTYC 59
UBC853 TCTCTCTCTCTCTCTCRT 51
UBC854 TCTCTCTCTCTCTCTCRG 55
UBC859 TGTGTGTGTGTGTGTGRC 53
UBC876 GATAGATAGACAGACA 49
UBC881 GGGTGGGGTGGGGTG 56

1.3.3 两种取样策略 对野杏进行整体聚类抽样,参
照 Hu 等[24]的多次聚类方法,以随机取样策略为对照,
采用位点优先取样策略构建核心种质。在最低分类水
平的两个株系中,优先选择具有最多稀有等位基因数
(等位基因频率小于 5%)的株系进入下一轮聚类;
如果两个株系的稀有等位基因数目相等,则优先选择
二者中稀有等位基因的等位基因频率值较小的株系,
如果这个值仍相同,则对两个株系进行随机选择[7,12];
2020 中 国 农 业 科 学 48 卷
随机取样策略就是在最低分类水平的两个株系中,随
机取一个遗传材料进入下一轮聚类,如组内只有一个
遗传材料,则该材料直接进入下一轮聚类[7,12]。在进
行聚类抽样时保证每个采样点都有种质被抽取,如此
进行逐步聚类直到其中某个采样点再次聚类时无种质
被抽取。
1.4 核心种质的评价
核心种质、原种质和保留种质的遗传多样性采用
多态性位点数、多态性位点百分率(PPB)、观测等
位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s 遗
传多样性指数(H)和 Shannon’s 信息指数(I)来评
价,并进行 t 检验来评价核心种质的代表性,以上参
数采用 PopGen1.32 和 SPSS17.0 软件进行分析。
1.5 核心种质的确认
采用位点优先取样策略从 135 株新疆野杏株系中
选择 31 株构建新疆野杏核心种质,采用主坐标轴分析
法和表型数据对构建的核心种质进行确认,核心种质
和原种质的分布情况由最初的两个主坐标轴确定。根
据 Hu 等[24]的评价方法,对表型性状的方差和均值分
别进行同质性和 t 检测,利用核心种质与原种质间性
状的方差差异百分率(VD%)、均值差异百分率
(MD%)、极差符合率(CR)和变异系数变化率(VR)
来确认核心种质的代表性。
2 结果
2.1 新疆野杏遗传多样性
利用筛选出的 22 条 ISSR 引物对 135 个新疆野
杏株系的遗传多样性进行分析(表 3),共扩增出
467 个位点,其中多态性位点数为 465 个,多态性
位点百分率(PPB)为 99.57%。观测等位基因数(Na)、
有效等位基因数(Ne)、Nei’s 基因多样性指数(H)
和 Shannon 信息指数(I)分别为 1.9957、1.4880、
0.2922 和 0.4467,说明新疆野杏具有较丰富的遗传
多样性。

表 3 新疆野杏各种质遗传多样性比较
Table 3 Genetic diversity analysis of different collections of wild apricot resources in Xinjiang
种质
Collection
样本数
Number of
sample
多态性位点数
Number of
polymorphic loci (NPL)
多态性位点百分率
Percentage of polymorphic
loci (PPB, %)
观测等位基因数
Observed number
of alleles (Na)
有效等位基因数
Effective number
of alleles (Ne)
Nei 多样性指数
Nei’ gene
diversity (H)
Shannon 信息指数
Shannon’s
information index (I)
原种质
Initial collection
135 465 99.57 1.9957±0.0654 1.4880±0.3344 0.2922±0.1621 0.4467±0.2093
S1D1 31 434 98.41 1.9841±0.1251 1.5331±0.3252 0.3159±0.1526 0.4788±0.1920
S1D2 33 435 98.42 1.9842±0.1250 1.5217±0.3207 0.3114±0.1514 0.4737±0.1909
S1D3 31 431 98.40 1.9840±0.1255 1.5365±0.3166 0.3192±0.1479 0.4838±0.1855
S2D1 28 434 97.96 1.9796±0.1416 1.5295±0.3267 0.3141±0.1529 0.4765±0.1925
S2D2 31 433 98.63 1.9863±0.1162 1.5210±0.3247 0.3105±0.1526 0.4723±0.1921
S2D3 32 433 98.63 1.9863±0.1162 1.5195±0.3249 0.3098±0.1529 0.4714±0.1927
D1:SM 遗传距离;D2:Jaccard 遗传距离;D3:Nei&Li 遗传距离;S1:位点优先取样法;S2:随机取样法。下同
D1: SM genetic distance; D2: Jaccard genetic distance; D3: Nei&Li genetic distance; S1: Allele preferred sampling method; S2: Random sampling method. The
same as below

2.2 位点优先取样策略和随机取样策略的比较
以随机取样策略和位点优先取样策略,分别以
SM 遗传距离、Jaccard 遗传距离和 Nei&Li 遗传距离
通过逐步聚类取样构建新疆野杏核心种质。图 1 显
示,位点优先取样策略构建的核心种质丢失的多态性
位点数略少于随机取样策略。第 1 次取样后,采用位
点优先取样策略构建的 3 个核心种质仅丢失 5—7 个
多态性位点,而采用随机取样策略构建的核心种质丢
失的多态性位点数为 8—9 个;第 2 次取样后,位点
优先取样策略构建的 3 个核心种质丢失了 13—15 个
多态性位点,而随机取样丢失了 14—16 个多态性位
点;第 3 次取样后,位点优先取样策略构建的 3 个核
心种质丢失了 19—21 个多态性位点,随机取样丢失
了 23—25 个多态性位点;第 4 次取样后,两取样策
略构建的 3 个核心种质分别丢失了 30—34 个、32—
35 个多态性位点;第 5 次取样后,缺少了新源县这
一采样点的种质。
结合表 3 来看,SM 遗传距离的多态性位点百分
率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s 基因多
样性指数和 Shannon 信息指数均为优先取样策略高于
10 期 刘娟等:利用 ISSR 分子标记构建新疆野杏核心种质资源 2021
420
430
440
450
460
5 4 3 2 1
取样次数 Number of sampling
S1D1 S1D2 S1D3
S2D1 S2D2 S2D3






N
um
be
r o
f p
ol
ym
or
ph


图 1 不同取样条件下 2种取样策略和 3种遗传距离保留的多态性位点数
Fig. 1 The number of polymorphic loci retained by two sampling strategies and three genetic distances in different sampling sizes

随机取样策略;Jaccard 遗传距离和 Nei&Li 遗传距离
的有效等位基因数、Nei’s 基因多样性指数和 Shannon
信息指数均为位点优先取样策略高于随机取样策略,
只有多态性位点百分率和观测等位基因数是随机取
样策略高于位点优先取样策略。所以构建新疆野杏种
质资源的核心种质时,位点优先取样策略要优于随机
取样策略。同时,为保证所构建核心种质能包含各采
样点的种质,所以最终以位点优先取样策略第 4 次取
样后的 3 个核心种质作为初选的新疆野杏候选核心
种质。
优先取样策略 3 个种质 S1D1、S1D2 和 S1D3 的
取样数分别为 31 个、33 个和 31 个,3 个种质的遗传
多样性各指标与原种质的 t 检验结果见表 4。种质
S1D1 除观测等位基因数与原种质在概率 0.05 水平上
无显著差异外,其有效等位基因数、Nei’s 基因多样
性指数和 Shannon 信息指数均在概率 0.05 水平上显
著大于原种质;种质 S1D2 只有 Shannon 信息指数在
概率 0.05 水平上显著大于原种质,而观测等位基因
数、有效等位基因数和 Nei’s 基因多样性指数在概率
0.05 水平均与原种质无显著差异;种质 S1D3 观测等
位基因数与原种质在概率 0.05 水平上无显著差异,
有效等位基因数在概率 0.05水平上显著大于原种质,
而 Nei’s 基因多样性指数和 Shannon 信息指数均在概
率 0.01 水平上极显著大于原种质。由此可见,采用
位点优先取样策略和 Nei&Li 遗传距离选取 31 个样
品时,构建的核心种质的遗传多样性最丰富,能够以
最小的资源份数最大限度地代表原核心种质的遗传
多样性,确定为新疆野杏核心种质的最终取样方法和
取样量。
2.3 核心种质的评价
原始种质除去核心种质后保留下来的种质资
源叫做保留种质[13]。从表 5 可看出核心种质保留了
原种质 22.96%的样品,多态性位点数、多态性位
点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s
遗传多样性指数和 Shannon 信息指数的保留率分
别为 92.69%、98.83%、99.42%、103.26%、109.24%
和 108.31%,可见核心种质能很好的代表原种质遗
传多样性。保留种质保留了原种质 77.04%的样品,
多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因
数、有效等位基因数、Nei’s 遗传多样性指数和
Shannon 信息指数的保留率分别为 92.04% 、
93.44%、97.38%、100.01%、100.07%、100.13%。
同时,对核心种质和保留种质的观测等位基因数、
有效等位基因数、Nei’s 多样性指数和 Shannon 信
息指数分别作 t 测验(表 6),核心种质的观测等
位基因数在概率 0.05 水平上与保留种质差异不显
著,有效等位基因数在概率 0.05 水平上显著大于
保留种质,Nei’s 多样性指数和 Shannon’s 信息指
数在概率 0.01 水平上极显著大于保留种质。所以
应优先使用核心种质。
2.4 核心种质的确认
采用主坐标对位点优先取样策略构建的核心种质
的代表性进行确认(图 2)。核心种质遍布了整个主
坐标图,确保了核心种质的代表性。
2022 中 国 农 业 科 学 48 卷
表 4 原种质与 3个核心种质 t检验平均数、标准差、标准误、差值均数、差值标准差和 t值结果
Table 4 T- test result of Mean, Std Dev, Std Error, Difference Mean, Difference Std Dev, and t- value between initial collection and
three core collections
种质
Collection
遗传多样性指标
Indexes of genetic diversity
平均数
Average
标准差
Standard
deviation
标准误
Standard
error
差值均数
Difference
mean
差值标准差
Difference
standard deviation
t 值
t-value
原种质:Na Initial collection: Na 1.9957 0.0654 0.0030 -0.0116 0.0067 -1.734
核心种质:Na Core collection: Na 1.9841 0.1251 0.0060
原种质:Ne Initial collection: Ne 1.4880 0.3344 0.0155 0.0451 0.0219 2.059
核心种质:Ne Core collection: Ne 1.5331 0.3252 0.0155
原种质:H Initial collection: H 0.2922 0.1622 0.0075 0.0237 0.0105 2.267
核心种质:H Core collection: H 0.3159 0.1526 0.0073
原种质:I Initial collection: I 0.4467 0.2093 0.0097 0.0321 0.0134 2.403
种质 S1D1
Collection S1D1
核心种质:I Core collection: I 0.4787 0.1920 0.0091
原种质:Na Initial collection: Na 1.9957 0.0654 0.0030 -0.0116 0.0067 -1.732
核心种质:Na Core collection: Na 1.9842 0.1250 0.0060
原种质:Ne Initial collection: Ne 1.4880 0.3344 0.0155 0.0337 0.0218 1.5470
核心种质:Ne Core collection: Ne 1.5217 0.3207 0.0153
原种质:H Initial collection: H 0.2922 0.1622 0.0075 0.0193 0.0104 1.849
核心种质:H Core collection: H 0.3114 0.1514 0.0072
原种质:I Initial collection: I 0.4467 0.2093 0.0097 0.0270 0.0133 2.033
种质 S1D2
Collection S1D2
核心种质:I Core collection: I 0.4737 0.1909 0.0091
原种质:Na Initial collection: Na 1.9957 0.0654 0.0030 -0.0117 0.0067 -1.7410
核心种质:Na Core collection: Na 1.9840 0.1256 0.0060
原种质:Ne Initial collection: Ne 1.4880 0.3344 0.0155 0.0485 0.0217 2.2380
核心种质:Ne Core collection: Ne 1.5365 0.3166 0.0151
原种质:H Initial collection: H 0.2922 0.1622 0.0075 0.0270 0.0103 2.6220
核心种质:H Core collection: H 0.3192 0.1479 0.0071
原种质:I Initial collection: I 0.4467 0.2093 0.0097 0.0372 0.0131 2.830
种质 S1D2
Collection S1D2
核心种质:I Core collection: I 0.4838 0.1855 0.0089

t0.05=1.9600,t0.01=2.5758;Na:观测等位基因数;Ne:有效等位基因数;H:Nei’s 遗传多样性指数;I:Shannon’s 信息指数。下同
t0.05=1.9600, t0.01=2.5758; Na: Observed number of alleles; Ne: Effective number of alleles; H: Nei’s gene diversity; I: Shannon’s information index. The same
as below

表 5 原种质、核心种质和保留种质遗传多样性对比
Table 5 Comparision of the genetic diversity between initial collection, core collection and reserved collection
种质
Germplasm
种质大小
Number of
germplasm
多态性位点数
Number of
polymorphic loci
(NPL)
多态性位点百分率
Percentage of
polymorphic loci
(PPB, %)
每个位点观测等
位基因
Observed number
of alleles (Na)
有效位点等位
基因
Effective number
of alleles (Ne)
Nei 多样性
指数
Nei’ gene
diversity (H)
Shannon 信息指数
Shannon’s
information index
(I)
原种质 Initial collection 135 465 99.57 1.9957 1.4880 0.2922 0.4467
核心种质 Core collection 31 431 98.40 1.9842 1.5365 0.3192 0.4838
保留率 Percentage of reserve (%) 22.96 92.69 98.83 99.42 103.26 109.24 108.31
保留种质 Reserve collection 104 428 93.04 1.9435 1.4881 0.2924 0.4473
保留率 Percentage of reserve (%) 77.04 92.04 93.44 97.38 100.01 100.07 100.13
10 期 刘娟等:利用 ISSR 分子标记构建新疆野杏核心种质资源 2023
表 6 核心种质与保留种质 t 检验平均数、标准差、标准误、差值均数、差值标准差和 t值结果
Table 6 T- test result of Mean, Std Dev, Std Error, Difference Mean, Difference Std Dev, and t-value between core collection and
reserved collections
种质
Germplasm
平均数
Average
标准差
Standard deviation
标准误
Standard error
差值均数
Difference mean
差值标准差
Difference standard deviation
t 值
t-value
核心种质:Na Core collection: Na 1.9840 0.1256 0.0060 -0.0095 0.0071 -1.3360
保留种质:Na Reserve collection: Na 1.9935 0.8058 0.0038
核心种质:Ne Core collection: Ne 1.5365 0.3166 0.0151 0.0484 0.0217 2.2300
保留种质:Ne Reserve collection: Ne 1.4881 0.3336 0.0156
核心种质:H Core collection: H 0.3192 0.1479 0.0071 0.0268 0.0103 2.5910
保留种质:H Reserve collection: H 0.2924 0.1615 0.0075
核心种质:I Core collection: I 0.4838 0.1855 0.0089 0.0366 0.0131 2.7820
保留种质:I Reserve collection: I 0.4473 0.2081 0.0097

Dim-1
-0.46 -0.33 -0.21 -0.08 0.05 0.17 0.30
0.25
0.09
-0.07
-0.23
-0.39
原种质 Initial collection
核心种质 Core collection


图 2 位点优先取样策略构建的核心种质与原种质的主坐标图
Fig. 2 Principal coordinates plots of core collections constructed by preferred sampling strategy and initial collection

本研究进一步采用 12 个表型性状,对位点优先取
样策略和 Nei&Li 遗传距离构建的核心种质的代表性
进一步确认。对核心种质和原种质的各表型性状指标
分别作 t 测验(表 7),发现核心种质各性状指标与原
种质均无显著差异。核心种质除硬度、种仁指数和鲜
仁重的变异系数略低于原始种质外,其他性状的变异
系数均高于原始种质,表明核心种质具有很好的异质
性,在一定程度上剔除了遗传重复。且表 8 所示,核
心种质的均值差异百分率小于 20%,极差符合率和变
异系数变化率分别为 83.97%和 110.77%,均大于 80%,
所以所选核心种质能够代表原种质的遗传多样性,研究
结果从表型水平上证明了位点优先取样策略和 Nei&Li
遗传距离是一种较适宜构建新疆野杏核心种质的方法。
3 讨论
3.1 核心种质构建的方法
核心种质构建是种质资源研究的热点,目前构建
核心种质的重要方法是用各种性状的差异来剔除亲缘
关系相近的样品和保存核心样品,其数据主要来源是
表型性状调查和分子标记分析[25]。形态标记具有简便
和研究费用低等优点,但易受环境条件的影响,对
资源的鉴定和分类不够精准,在反映品种间遗传差
异的问题上不够真实;而 DNA 分子标记是一种有效
而快速的手段,在对核心种质的评价上具有其独特的
优点[14]。本研究利用 ISSR 分子标记方法构建了新疆
野杏种质资源的核心种质,ISSR 是一种新的分子标记
2024 中 国 农 业 科 学 48 卷
表 7 135 个新疆野杏表型性状的遗传变异
Table 7 Genetic variation of phenotypic traits of 135 Malus apricot
性状
Traits
种质
Collection
均值±标准差
Mean±standard deviation
方差
Variance
极差
Range
变异幅度
Variation rang
变异系数
CV (%)
F 值
F-value
t 值
t-value
1 6.8989±0.6772 0.4587 3.900 5.300—9.200 0.0982 2.153 -0.357 叶片长度
Leaf length (cm) 2 6.8289±0.6907 0.4771 2.0667 6.000—8.067 0.1011
1 5.1711±0.5356 0.2868 2.7667 3.767—6.633 0.1036 2.683 -0.237 叶片宽度
Leaf width (cm) 2 5.1333±0.6152 0.3784 1.9667 4.033—6.000 0.1198
1 2.6422±0.4734 0.2241 2.8333 1.733—4.567 0.1792 3.682 0.300 叶柄长度
Petiole length (cm) 2 2.6867±0.6546 0.4285 2.5000 2.067—4.567 0.2437
1 9.1365±3.1292 9.7920 15.0833 4.110—19.193 0.3425 2.110 0.367 单果重
Fruit weight (g) 2 9.4616±2.7916 9.8916 7.7932 5.957—13.767 0.3951
1 1.0062±0.6901 0.0048 0.3469 0.844—1.191 0.0687 2.147 0.261 果形指数
Fruit shape index 2 1.0116±0.0801 0.0064 0.3469 0.844—1.191 0.0791
1 6.1106±3.1800 10.1121 12.7667 2.067—14.833 0.5204 2.175 0.074 硬度
Firmness (kg·cm-2) 2 6.1776±3.0372 9.2248 9.8333 2.500—12.333 0.4917
1 16.3891±3.5722 12.5470 15.3333 11.167—26.500 0.2161 1.001 0.629 可溶性固形物
Soluble solids content (%) 2 17.0222±3.2274 13.4161 9.5000 12.833—22.333 0.2896
1 1.5147±0.4062 0.1650 1.7433 0.817—2.560 0.2681 2.169 -0.161 鲜核重
Weight of fresh nuclear (g) 2 1.4958±0.4028 0.1823 1.4367 0.8167—2.5333 0.2693
1 1.1742±0.1095 0.0120 0.6214 0.981—1.602 0.0933 3.465 1.249 果核指数
Nuclear shape index 2 1.2166±0.1471 0.0216 0.5496 1.053—1.602 0.1209
1 1.3227±0.3438 0.1182 1.4333 0.630—2.063 0.2600 1.001 -0.309 壳厚
Sheel thickness (mm) 2 1.2920±0.3495 0.1221 1.2000 0.747—1.947 0.2705
1 1.3775±0.1669 0.0279 1.1994 1.086—2.285 0.1212 2.209 0.761 果仁指数
Kernel shape index 2 1.4126±0.1281 0.0164 0.4919 1.166—1.658 0.0907
1 0.5050±0.1258 0.0158 0.5333 0.293—0.827 0.2491 2.275 -0.102 鲜仁重
Weight of fresh kernel (g) 2 0.5013±0.1128 0.0127 0.4333 0.293—0.727 0.2249

种质列 1=原种质;2=核心种质 In the collection column 1=Initial collection; 2=core collection

表 8 核心种质与原种质性状差异百分率
Table 8 Percentage of the trait differences between the core collections and the initial collection
核心种质 Core collection MD% VD% CR% VR%
叶片长度 Leaf length (cm) 78.63 102.95
叶片宽度 Leaf width (cm) 71.09 115.64
叶柄长度 Petiole length (cm) 88.24 135.99
单果重 Fruit weight (g) 84.82 115.36
果形指数 Fruit shape index 100.00 115.14
硬度 Firmness (kg·cm-2) 84.86 94.49
可溶性固形物 Soluble solids content (%) 81.52 134.07
核鲜重 Weight of fresh nuclear (g) 82.41 100.45
果核指数 Nuclear shape index 88.45 129.58
壳厚 Sheel thickness (mm) 83.72 104.04
果仁指数 Kernel shape index 82.70 91.34
仁鲜重 Weight of fresh kernel (g) 81.25 90.29
平均值 Average 0 83.33 83.97 110.77
10 期 刘娟等:利用 ISSR 分子标记构建新疆野杏核心种质资源 2025
技术,一般是以短基元组成的较低程度的串联重复,
在基因组的许多位点上分散分布,占据了基因组 DNA
的绝大部分,并且进化变异速度快,所以,ISSR-PCR
可以检测到基因组中许多位点的差异,它结合了
RAPD 和 SSR 的优点,克服了 RFLP 和 RAPD 的技术
性限制,具有模板需要量少、多态性丰富、无需试剂
盒、结果记录方便、试验成本低、操作简单、试验稳
定性较高等优点,现己应用于果树遗传学研究的各个
方面[17]。
核心种质是评价和利用种质资源库的切入点,是
原种质群体的一个核心子集。核心种质的材料必须具
有代表性、异质性和多样性,表现为不同材料在基因
型上及不同基因型对环境的反应上,因此,如何准确
地评价不同材料间的遗传距离是合理构建核心种质的
前提,核心种质构建多采用聚类分析的方法[26],由于
具有最大相似系数或最近遗传距离的株系能够聚在一
起,从而能够筛除相同或相近的株系,所以遗传距离
直接影响核心材料的选择。到目前为止,许多基于遗
传距离的取样策略已经建立[25]。本研究参照前人的研
究方法[7,12],采用 SM 遗传距离、Jaccard 遗传距离和
Nei&Li 遗传距离,分别通过逐步聚类取样构建新疆野
杏核心种质。结果表明,相同取样策略下,虽然采用
Nei&Li 遗传距离所取得样本量最小,但比用 SM 遗传
距离和 Jaccard 遗传距离构建的核心种质具有较大的
观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s 遗传多样性
指数、Shannon 信息指数及较大的方差和变异系数。
因此,采用 Nei&Li 遗传距离构建的核心种质能以最
小的样本量最大程度地代表原种质的遗传多样性,并
保存原种质更多性状的遗传变异量,说明构建新疆野
杏核心种质中采用 Nei&Li 遗传距离优于 SM 遗传距
离和 Jaccard 遗传距离。以往有研究认为,显性分子标
记多使用单匹配相似系数 SM,共显性分子标记利用
Nei & Li 和 Jaccard 相似系数较为理想。张春雨等[7,12]
都认为构建新疆野苹果核心种质时,采用位点优先法,
根据 SM、Jaccard 或 Nei&Li 遗传距离进行多次聚类
均为较适宜的方法;马玉敏[8]的研究结果与其相同。
而本研究的结果与之不符,这可能是由于生物进化及
人工选择对作物的影响,使各个物种具有独特的特性,
对遗传距离的确定不能格式化,应根据研究对象的遗
传结构及遗传多样性而定。
引入构建遗传资源核心种质的另一个重要环节,
即取样策略。核心种质构建均会筛选并优化取样策略,
不同的取样策略也会直接影响核心材料的选择,由于
物种特定描述项数据等的差异,可能会使物种间核心
种质的最佳取样策略有所不同,但一般认为位点优先
取样优于随机取样[7,12]。所以,为了获得更具代表性
的核心种质,在构建过程中有必要对取样策略进行优
化。所谓核心种质,就应该代表整个遗传资源的最大
遗传多样性,而原种质的遗传多样性依靠所有位点的
等位基因数和等位基因频率[27]。因此,核心种质应尽
可能保留原种质的等位基因多样性,优先选择等位基
因频率小于 5%的基因(即稀有基因)[7,12],它在核心
种质构建过程中至关重要。马玉敏[8]和张春雨等[7,12]
都认为位点优先取样法要优于随机取样法。本研究以
随机取样策略和位点优先取样策略进行对比,发现位
点优先取样策略构建的核心种质丢失的多态性位点数
略少于随机取样策略,且优先取样策略下 SM 遗传距
离、Jaccard 遗传距离和 Nei&Li 遗传距离的有效等位
基因数、Nei’s 基因多样性指数和 Shannon 信息指数均
高于随机取样策略。所以构建新疆野杏种质资源的核
心种质时,位点优先取样策略要优于随机取样策略,
以丢失最少的等位基因来保留最大的等位基因数和遗
传多样性。
核心种质是以最少的资源数量最大程度地代表整
个资源的遗传多样性,因而要确保合理的取样比例。
Brown[11]认为占整个原始种质资源 5%—10%的核心
种质样品能够代表整个资源 70%以上的遗传变异;李
自超等[28]认为取样比例应根据具体物种遗传结构及
数量规模状况而定。本研究中最终得到的 31 份核心种
质,来自伊犁地区 3 个县,其中霍城县 20 份、新源县
3 份、巩留县 8 份,占各地总取样数的抽样百分比分
别为 23.81%、17.65%和 23.53%,得到通过不同取样
策略和遗传距离确定 22.96%的取样比例所构建的核
心种质可以很好地代表原种质的遗传变异。
虽然在核心种质构建过程中以最优的取样策略和
遗传距离,最大程度地对原种质进行了筛选,但并非
保留种质资源就可以淘汰,且至今也未见任何物种淘
汰保留种质的报道[15]。因为核心种质作为原种质的一
部分,它或多或少会丢失一些原始种质的变异类型。
保留种质作为后备资源,当在核心种质中无法找到所
需性状时,就可从保留种质中寻找[29]。同时,不是仅
依靠形态学数据或是基因型数据就能完全彻底地评价
核心种质,在不断收集资源的过程中也会不断发现新
的类型,随着资源评价工作的进行,将会有新的种质
不断被列入到核心种质中[15]。由于本研究中所利用的
野杏种质材料只有 135 份,并没有包括所有的野杏资
2026 中 国 农 业 科 学 48 卷
源,所以构建的核心种质需要进行适当调整,不断补
充新搜集的种质资源,以保证该物种多样性和资源的
长期保存与利用。
3.2 核心种质的评价与确认
虽然核心种质仅保留了原种质 22.96%的样品,但
多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、
有效等位基因数、Nei’s 遗传多样性指数和 Shannon
信息指数的保留率分别达到 92.69%、98.83%、99.42%、
103.26%、109.24%和 108.31%,且核心种质的观测等
位基因数只有在概率 0.05 水平上与保留种质差异不
显著,有效等位基因数在概率 0.05 水平上显著大于
保留种质,Nei’s 多样性指数和 Shannon’s 信息指数
在概率 0.01 水平上极显著大于保留种质,所以,采
用位点优先取样策略和 Nei&Li 遗传距离选取 31 个
样品时,构建的核心种质的遗传多样性最丰富,能够
以最小的资源份数最大限度地代表原核心种质的遗
传多样性。
分子标记不等同于基因,不能反映控制性状变异
的基因的差异[12],因此,为使构建的核心种质代表性
更加合理,更加准确,本研究从主坐标和表型性状两
方面对构建的核心种质代表性进行确认,发现核心种
质遍布了整个主坐标,核心种质和原种质各表型性状
指标的 t 测验表明核心种质各性状指标与原种质均无
显著差异。一般来说,当均值差异百分率小于 20%,
同时极差符合率大于 80%的情况下,可以认为该核心
种质能够代表原种质资源的遗传多样性[24],并且,均
值差异百分率越小,方差差异百分率、极差符合率和
变异系数变化率越大,则核心种质越能代表原群体的
遗传多样性[24]。本研究中核心种质的均值差异百分率
小于 20%,极差符合率和变异系数变化率分别为
83.97%和 104.97%,均大于 80%,所选核心种质能够
代表原种质的遗传多样性,从表型水平上证明了位点
优先取样策略和 Nei&Li 遗传距离是一种较适宜构建
新疆野杏核心种质的方法。
4 结论
为使构建的核心种质具有最大的遗传距离和最大
的遗传多样性,基于 ISSR 分子标记,采用位点优先
取样策略、Nei&Li 遗传距离法是构建 135 份新疆野杏
种质资源核心种质较适宜的方法。核心种质包含 31
份野杏资源,保留了原种质 22.96%的样品,多态性位
点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等
位基因数、Nei’s 遗传多样性指数和 Shannon 信息指数
的保留率分别达到 92.69%、98.83%、99.42%、103.26%、
109.24%和 108.31%。且结合主坐标轴分析法和表型性
状对核心种质的确认,表明核心种质能全面代表原种
质群的遗传多样性,同时本研究所采用的方法对其他
作物核心种质的构建具有参考价值。

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(责任编辑 赵伶俐)