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Expression, Purification, Crystallization of SPD1587 Protein from Streptococcus pneumoniae

肺炎链球菌SPD1587蛋白的表达纯化及晶体生长研究



全 文 :·研究报告·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2015, 31(7):226-230
肺 炎 链 球 菌(Streptococcus pneumoniae,S.pn)
是引起细菌性肺炎、中耳炎、脑膜炎等疾病的一种
常见致病菌。其在婴幼儿及老年人中具有较高的发
病率与死亡率,全世界每年约有 160 万人死于与 S.pn
感染相关的疾病[1]。毒力因子在肺炎链球菌致病过
程中扮演着较为重要的角色,针对不同的感染局部
微环境,其可通过自身转录因子调控荚膜多糖、磷
壁酸等重要毒力因子的表达,以利于其建立感染及
适应宿主局部微环境[2]。因此,研究肺炎链球菌毒
力基因的转录调控机制,对于了解肺炎链球菌逃避
宿主防御、建立感染的分子机制有重要意义。
Mga 蛋白是 A 群链球菌中一种重要的转录因子,
可调节多种重要毒力基因的表达[3]。SPD1587 蛋白
是肺炎链球菌中的一种与 Mga 蛋白结构相似的转录
因子。研究显示,其在肺炎链球菌鼻咽部定植及肺
部感染中发挥着重要作用[4]。但其调控毒力基因表
达的具体分子机制目前还了解较少,为了能更深入
研究 SPD1587 蛋白在肺炎链球菌转录调控过程中的
收稿日期 :2015-03-26
基金项目 :国家自然科学基金项目(81460317),贵州省社会发展公关计划(2012GZ83293)
作者简介 :黄健,男,硕士,研究方向 :细菌致病分子机制研究 ;E-mail :81537648@qq.com
通讯作者 :闵迅,男,博士,研究方向 :细菌蛋白疫苗及结构研究 ;E-mail :zmchj2001@163.com
肺炎链球菌 SPD1587 蛋白的表达纯化及晶体生长研究
黄健1  黄美容2  骆诗露1  朱杰华1  闵迅1
(1. 遵义医学院附属医院医学检验科,遵义 563003 ;2. 遵义医学院附属医院输血科,遵义 563003)
摘 要 : SPD1587 蛋白是肺炎链球菌 D39 菌株中的一种转录因子,其在鼻咽部定植和肺部感染过程中发挥着重要作用。生
物信息学分析提示其具有与 A 群链球菌的转录因子 Mga 蛋白相似的结构,目前其三维结构尚未被解析。成功构建了 SPD1587 蛋白
的全长表达载体 PET28a-spd1587,利用大肠杆菌 BL21(DE3)菌株进行原核表达,获得了以可溶形式表达的目的蛋白。经 Ni-NTA
柱亲和层析及 DEAE 阴离子交换层析纯化后,获得了高纯度的目的蛋白。采用悬滴气相扩散法获得了 SPD1587 蛋白晶体。
关键词 : 肺炎链球菌 ;SPD1587 蛋白 ;原核表达 ;晶体生长
DOI :10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.07.035
Expression,Purification,Crystallization of SPD1587 Protein from
Streptococcus pneumoniae
Huang Jian1 Huang Meirong2 Luo Shilu1 Zhu Jiehua1 Min Xun1
(1. Department of Laboratory Medicine,Affiliated Hospital of Zunyi Medical College,Zunyi 563003 ;2. Department of Blood Transfusion,
Affiliated Hospital of Zunyi Medical College,Zunyi 563003)
Abstract: SPD1587 protein is a transcription factor of streptococcus pneumoniae D39 strains, which plays an important role in
nasopharyngeal colonization and lung infection. It has a conserved domain that was similar to transcription factors Mga of group A streptococcus,
but the protein three-dimensional structure is unclear. In this study, the protein expression vector of PET28a-spd1587 was successfully
constructed and a soluble form of SPD1587 protein was acquired in Escherichia coli BL21(DE3)strain. High purity SPD1587 protein was
obtained by Ni-NTA affinity chromatography and DEAE negative ion exchange chromatography. The crystal of SPD1587 protein was obtained by
the vapor diffusion method.
Key words: Streptococcus pneumoniae ;SPD1587 protein ;prokaryotic expression ;crystal grow
2015,31(7) 227黄健等 :肺炎链球菌 SPD1587 蛋白的表达纯化及晶体生长研究
生物学功能,本研究拟对 SPD1587 蛋白进行原核表
达、纯化及晶体生长,以期为下一步的蛋白晶体衍射、
结构解析及功能研究奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 菌株与质粒 肺炎链球菌 D39 菌株、大肠杆
菌 DH5α 菌株、BL21(DE3)菌株、PET28a 质粒均
为本室保存。
1.1.2 试剂 细菌基因组 DNA 提取试剂盒购自北京
天根生化科技有限公司 ;Primer star 高保真 DNA 聚
合酶,限制性内切酶 BamH I、Xho I,T4 DNA 连接
酶购自大连宝生物工程有限公司 ;His Bind Column
(Ni-NTA) 树 脂、DEAE 阴 离 子 交 换 柱 购 自 美
国 GE 公司 ;蛋白晶体筛选试剂盒 Crystal Screen Kit
I&II 及 PEG screen I&II 购 自 美 国 Hampton Research
公司。
1.2 方法
1.2.1 生物信息学分析 采用 NCBI 保守结构域在
线分析软件(Conserved Domain Search Service),分
析 SPD1587 蛋白结构域以预测其可能的生物学功能。
1.2.2 SPD1587 蛋 白 原 核 表 达 载 体 构 建 以 肺
炎 链 球 菌 D39 菌 株 基 因 组 DNA 为 模 板, 以 上 游
引 物 :5-CGCGGATCCATGAGAGATTTATTATCT
-3( 下 划 线 为 BamH I 酶 切 位 点 ), 下 游 引 物 :
5-CCGCTCGAGTTACTCATCTAATCGAAT -3( 下 划
线为 Xho I 酶切位点)扩增 spd1587 基因。扩增产物
和 PET28a 质粒经 BamH I,Xho I 双酶切后进行连接
构建 PET28a-spd1587 重组表达质粒,转化入大肠杆
菌 DH5α 菌株,在含 50 mg/L 卡那霉素的 LB 平板上
筛选阳性克隆,提取质粒后行双酶切鉴定后,送南
京金斯瑞生物科技有限公司进行测序鉴定。
1.2.3 SPD1587 蛋 白 表 达 及 纯 化 将 鉴 定 正 确 的
PET28a-spd1587 表达质粒转入大肠杆菌 BL21(DE3)
表达菌中,接种于 LB 培养液(含 50 mg/L 卡那霉
素)中,37℃培养至光密度 A600=0.5-0.6 时,加入 0.2
mmol/L 的 IPTG,25℃ 诱 导 8 h,12 000×g 离 心 10
min 收集菌体,超声破菌后 SDS-PAGE 鉴定蛋白表
达形式。破菌液经 12 000×g 离心 10 min 收集上清液,
用 His Bind Column(Ni-NTA)对蛋白进行亲和层析
纯化,并进一步利用 DEAE 阴离子交换柱对蛋白进
行纯化,后行 SDS-PAGE 电泳鉴定蛋白纯度,纯化
的蛋白经脱盐、超滤浓缩后分装,-80℃保存备用。
1.2.4 SPD1587 蛋白的晶体生长 以 5 mmol/L Tris-
HCl 缓冲液(含 50 mmol/L NaCl,pH8.0)稀释蛋白
浓度为 20 mg/mL,用 Crystal screen Ⅰ和Ⅱ、PEG Ⅰ
和Ⅱ试剂盒以悬滴气相扩散法行晶体初筛,池液
200 μL,将 1 μL 母液与 1 μL SPD1587 蛋白混合后加
样于硅化处理的玻片上,用凡士林封板,在 20℃恒
温条件下进行晶体生长。
2 结果
2.1 生物信息学分析
保守结构域分析(图 1)显示,该蛋白拥有与
Mga 蛋白结构相似的 2 个 DNA 结合的 HTH 结构域
和 1 个具有转录调控功能的 PRD 结构域。
HTH_Mga
HTH_XRE swperfamil
Mga
HTH_XRE superfamily
PRD_Mga
493450375300225150751
PRD_Mga superfamily
Query seq.
Specific hits
Superfamilies
图 1 SPD1587 蛋白保守结构域分析
2.2 目的基因的扩增及表达载体构建
挑选阳性克隆经菌液 PCR 鉴定正确后,提取重
组质粒经双酶切鉴定,能够获得 1 483 bp 大小的酶
切产物(图 2),经测序鉴定插入序列与 GenBank 中
肺炎链球菌 D39 菌株的 spd1587 基因序列完全相同
(图 3)。
2.3 SPD1587蛋白的表达及Ni-NTA纯化
含 PET28a-spd1587 重组表达质粒的大肠杆菌
BL21(DE3) 表 达 菌, 经 IPTG 诱 导 后 SPD1587 重
组蛋白主要以可溶形式表达,分子量约为 59 kD,与
预期结果相符,经 Ni-NTA 亲和纯化后,获得了纯
度较好的目的蛋白(图 4)。
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2015,Vol.31,No.7228
2.4 重组蛋白SPD1587的DEAE阴离子交换纯化
以 DEAE 阴离子交换层析进一步对 SPD1587 蛋
白进行纯化,从层析图谱上可见一个较大的洗脱峰
(图 5-A),收集该洗脱峰处的蛋白行 SDS-PAGE 分析,
SPD1587 蛋白纯度达到了预期要求(图 5-B),可用
于后续晶体生长。
2.5 SPD1587蛋白晶体生长
SPD1587 蛋白在 20℃条件下生长后,在多种条
件下培养出了大小不一、呈长棒状、欠规则的方形
晶体(图 6-A),挑取晶体行 SDS-PAGE 电泳,结果
不致病,当宿主免疫力低下时,其会侵入肺、血液
等部位,引起肺炎、败血症等严重疾病[5]。从鼻咽
部迁移侵袭到肺的过程中,肺炎链球菌会调节相应
毒力基因的表达,可呈现出透明型和不透明型细菌
形态间的转换[6]。不透明菌株较透明菌株在定植、
生物被膜形成及上皮细胞粘附等能力上显著减弱,
但抗吞噬能力更强,可利于建立系统感染[7]。近年
来肺炎链球菌的毒力基因调控网络的研究成为其致
病分子机制领域的一个热点。鉴定出毒力基因相关
的调控网络将有助于设计新的抗菌药物靶点从而抑
制毒力基因的表达。目前,仍然有许多重要毒力基
因的调控机制尚不清楚。
Mga 蛋白是 A 群链球菌中一种重要的转录因
子,与细菌毒力基因的表达调控密切相关[8]。最近
研究发现,当 Mga 蛋白 201 位的组氨酸突变为精氨
酸后,会显著增强细菌的毒力,这与此突变可显著
2000
bp
M 1 2
1000
M :Marker ;1 :spd1587 基因 PCR 产物 ;2 :PET28a-spd1587 重组质粒双酶
切图
图 2 PET28a-spd1587 重组表达质粒双酶切鉴定
150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260
图 3 PET28a-spd1587 原核表达质粒测序图
130
kD M 1 2 3 4
100
70
55
40
35
25
10
5
M :蛋白质分子量标准 ;1 :表达菌未诱导 ;2 :表达菌诱导 ;3,4 :Ni-NTA
亲和纯化的 SPD1587 蛋白
图 4 重组蛋白 SPD1587 的 SDS-PAGE 电泳图
(图 6-B)显示其分子量大小与 SPD1587 蛋白相符,
提示生长的晶体为 SPD1587 蛋白结晶而成。
3 讨论
肺炎链球菌通常定植于健康人群的鼻咽部但并
2015,31(7) 229黄健等 :肺炎链球菌 SPD1587 蛋白的表达纯化及晶体生长研究
增加 mga 基因表达,从而上调其他 54 种毒力相关
基因表达有关[9]。SPD1587 蛋白具有与 Mga 蛋白相
似的 DNA 结合 HTH 结构域和转录调控功能域,它
在不同血清型肺炎链球菌间高度保守,提示其可能
在调控毒力基因表达过程中发挥着重要作用。利用
基因芯片筛选发现 SPD1587 蛋白可抑制肺炎链球菌
rlrA 致病岛中多种毒力基因的表达[10],但目前 rlrA
致病岛仅存在于较少血清型肺炎链球菌中[11],提
0.10
00:00 01:03 02:06 03:09 04:12 05:15
Elution time
06:18 07:21 08:24 09:27 10:30
0.20
0.30
0.40
0.50
O
D
25
0/m
A
U 0.60
0.70
0.80
0.90
1.00
੨ݹᓖA ቲ᷀䉡മA
66.4
kD
M
44.3
20.1
B
图 5 阴离子交换层析(A)及 SPD1587 蛋白 SDS-PAGE
电泳图(B)
kD
M
170
130
100
70
55
40
35
25
10
A B
A :SPD1587 蛋白晶体 ;B :SPD1587 蛋白晶体溶解 SDS-PAGE 电泳
图 6 SPD1587 蛋白晶体(A)及 SDS-PAGE(B)
示在不同血清型肺炎链球菌中或不同生长环境下,
SPD1587 基因的调控网络可能存在差异。
目前,SPD1587 蛋白的三维结构尚未被解析,
而蛋白结构解析对于弄清其转录调控过程中的 DNA
结合方式、调控功能具有重要意义。因此,为开展
对 SPD1587 蛋白晶体结构解析的工作,本研究对
其进行了原核表达、纯化及晶体生长研究。采用大
肠杆菌表达系统,本研究获得了以可溶形式表达的
SPD1587 蛋白。经 Ni 柱亲和纯化以及 DEAE 纯化后,
得到了纯度较高的目的蛋白用于晶体培养,并成功
培养出来质量较好的蛋白晶体,为下一步的蛋白晶
体优化、X 射线衍射及结构解析奠定了很好的工作
基础。
4 结论
成功在大肠杆菌中表达出可溶形式的 SPD1587
蛋白,经 Ni 柱亲和纯化以及 DEAE 纯化后,得到了
纯度较高的目的蛋白用于晶体生长,最终获得了质
量较好的蛋白晶体。
参 考 文 献
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(责任编辑 李楠)