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A Protein Differential Analysis of Cell Wall in Saccharomyces cerevisiae Under Different Temperatures

不同温度培养下酿酒酵母细胞壁蛋白质差异分析



全 文 :·研究报告·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2015, 31(12):200-206
酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)是一类被
广泛应用的生产菌株,同时也是真核模式生物。它
的非病原性以及用于生产消费性产品(乙醇、面包等)
的长久历史激发了人们对该微生物的研究兴趣,同
时它是公认安全(generally regarded as safe,GRAS)
的微生物。Saccharomyces cerevisiae 发酵的最适温度
在 28-33℃,一般不超过 36℃。在发酵过程中,高
温会使蛋白变性,也会引起质膜流动性的变化,如
高温使磷脂分子在膜内作快速的侧向扩散,使膜脂
的流动性增加,破坏膜的完整性,从而导致细胞的
收稿日期 : 2015-04-10
基金项目 :中央高校基本科研业务费专项(DC13010204)
作者简介 :谷月,女,硕士,研究方向 :酿酒酵母蛋白质组学 ;E-mail :tingyue_678@126.com
通讯作者 :朴永哲,男,博士,研究方向 :分子生物学 ;E-mail :piaoyz@dlnu.edu.cn
不同温度培养下酿酒酵母细胞壁蛋白质差异分析
谷月1  朴永哲1,2  杜维1  王小瑜1  王春艳1
(1. 大连工业大学生物工程学院,大连 116034 ;2. 大连民族大学生命科学学院,大连 116600)
摘 要 : 生物体在其生长过程中要经受一系列非生物环境的胁迫,这些胁迫条件都将影响细胞的基因转录、蛋白质表达物
等一系列的变化,以尽快适应周围变化的环境。利用双向电泳和质谱技术考察了高温胁迫对酿酒酵母细胞壁蛋白质组的影响。结
果表明,高温胁迫的酿酒酵母 FFC2146 细胞壁蛋白质中新增 Ssa2 和小分子鸟苷三磷酸酶,无机焦磷酸酶上调表达,而丙酮酸激
酶缺消失,同时 6- 磷酸葡萄糖酸脱氢酶和 3- 磷酸甘油醛脱氢酶下调表达。上述结果说明热休克蛋白 Ssa2 保护细胞壁在高温下保
持完整,使细胞继续生长繁殖 ;高温胁迫下酿酒酵母的糖酵解途径受阻,在转酮醇酶的作用下糖酵解途径转向磷酸戊糖途径途径,
获取足够的能量,维持细胞正常的新陈代谢。
关键词 : 酿酒酵母 ;双向电泳 ;热激蛋白
DOI :10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.12.029
A Protein Differential Analysis of Cell Wall in Saccharomyces cerevisiae
Under Different Temperatures
Gu Yue1 Piao Yongzhe1,2 Du Wei1 Wang Xiaoyu1 Wang Chunyan1
(1. College of Biological Engineering,Dalian Polytechnic University,Dalian 116034 ;2 . College of Life Science,Dalian Nationalities
University,Dalian 116600)
Abstract: Living organisms undergo a series of stresses from abiotic environment, and these stresses will affect the changes of genetic
transcription and the expression of protein for quick adaptation to the changing environment. Two-dimensional electrophoresis and mass
spectrometry were used to investigate the effects of high-temperature stresses on the proteome of cell wall in Saccharomyces cerevisiae. The results
showed that, in S. cerevisiae FFC2146 under high temperature, proteins of cell walls had new Ssa2 and small molecules guanosine triphosphatase,
inorganic pyrophosphatase was up-regulated, pyruvate kinase was deficient or even disappeared, and the expression of glucose-6-phosphate
dehydrogenase and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase was down-regulated. These results indicated that the heat shock protein Ssa2
protected cell walls to be intact at a high temperature, therefore the cells grew and reproduced continuously ;EMP glycolytic pathway of S.
cerevisiae under heat stress was blocked, glycolytic pathway turned HMP pathway by transketolase, enough energy was obtained to maintain
normal metabolism of cell.
Key words: Saccharomyces cerevisiae ;two-dimensional electrophoresis ;heat shock protein
2015,31(12) 201谷月等:不同温度培养下酿酒酵母细胞壁蛋白质差异分析
存活力迅速下降[1-3]。
自从 1962 年 Ritossa 首次在果蝇中发现热激现
象(Heat shock)后,便成为研究酵母耐热机制的
一个重要领域。陆续有研究发现酿酒酵母经不同程
度的热激后会产生不同种类热激蛋白(Heat shock
proteins,HSP),酵母耐热机制的研究则主要以热激
蛋白及生物耐热性为中心。由于酵母的耐热机制非
常复杂,其研究方法也从经典的遗传学方法过渡到
了分子生物学技术。最近几年,已知的参与热耐受
的分子有热激蛋白[4]、海藻糖[5]、应激糖蛋白、膜
结合 ATP 酶等,这些因素都在酵母耐热机制中扮演
着重要角色。
Saccharomyces cerevisiae 在发酵过程中要经受一
系列的环境胁迫,如高温、高糖以及不断积累的乙醇,
所有的这些胁迫条件都会影响细胞的生长速率和活
性。当细胞经受这些胁迫时,复杂的生物代谢网络
中会发生一系列动态的变化 :包括基因、蛋白和代
谢物等的变化[6],以尽快的适应周围变化的环境。
Saccharomyces cerevisiae 的 碳 代 谢 途 径 主 要
为 糖 酵 解(EMP) 途 径 和 戊 糖 磷 酸(HMP) 途
径,与之相关的酶系分布在线粒体、内质网、液
泡、 细 胞 质 膜 及 细 胞 壁 上, 其 代 谢 调 节 及 其 复
杂。 研 究 表 明 与 糖 酵 解 有 关 的 果 糖 -1,6-二 磷 酸
激 酶(Fructose-1,6-bisphosphatase), 苹 果 酸 脱 氢
酶(Malate Dehydrogenase)等酶在细胞壁中发挥作
用[7]。鉴于此本研究利用蛋白质组学技术考察高温
对 Saccharomyces cerevisiae 细胞壁蛋白质的影响。
1 材料与方法
1.1 材料
实 验 菌 种 :Saccharomlyces cerevisiae FFC2146,
由大连工业大学菌种保藏所提供。培养基 :YPD 培
养基(1% 酵母提取物,2% 蛋白胨,2% 葡萄糖)。
实验所用试剂 :Chaps,IAM,DTT,IPG 两性电解
质来自 Sigma 公司 ;ASB-14 为 CALBIOCHEM 公司 ;
过硫酸铵,尿素为优级纯 ;其他试剂均为分析纯。
1.2 方法
1.2.1 驯化培养 从保藏的斜面上接取 Saccharom-
lyces cerevisiae FFC2146 至 20 mL 培养基中好氧条件
过夜培养,经过两次活化制成种子液。按 2% 接种
量接入 YPD 培养基,分别在 28℃和 37℃下 160 r/min
驯化培养,每隔 24 h,取 1 mL 菌液稀释测 600 nm
处的吸光值,至 28℃和 37℃两温度的吸光度值基本
一致,即生长速度基本相同为止。
1.2.2 酿酒酵母培养 驯化培养后的菌株在对数期
按 2% 接种量接入 100 mL 培养基中,培养条件为
160 r/min,28℃和 37℃。做出酿酒酵母正常生长温
度 28℃和对照温度 37℃时的生长曲线。
1.2.3 酵母细胞扫描电镜观察 活化单菌落,接种
1 mL 种子液培养至稳定期,分别于 28℃和 37℃下
以 160 r/min 进行 24 h 的振荡培养后 10 000×g 离心
10 min 收集细胞。离心后的菌体用超纯水洗涤两次,
再次离心得酵母菌体,烘干、制片后用扫描电镜观察。
1.2.4 胞壁结合蛋白的提取 采用 DTT 抽提结合苯
酚萃取法[8]。取 28℃第 15 代与 37℃第 15 代 20 h
发酵液于 4℃,10 000×g 离心,收集细胞沉淀。用
50 mmol/L Tris-HCl 缓冲液清洗 3 次。用含有 DTT,
PMSF 的上述缓冲液于冰浴中振荡 2 h 后离心收集上
清。上清液中加入等体积的 Tris-平衡酚(pH8.0)冰
浴振荡萃取 1 h 后离心收集酚相与中间层。该液体
加入 3 倍体积的预冷的乙酸铵 / 甲醇溶液,于 -20℃
冰箱中静置过夜。第 2 天离心后,用含有 DTT 的丙
酮清洗 2 次,再用冷丙酮清洗 1 次,冻干得到蛋白
干粉。
1.2.5 双向电泳技术 双向电泳的操作在季杨杨[9]
的方法上进行了改进。分装蛋白 :将得到的蛋白干
粉用适量的蛋白裂解液(8 mol/L 尿素、3 mol/L 硫脲、
50 mmol/L DTT、2% ASB-14、4% IPG buffer pH 3-10)
溶解,用 Bradford[10]方法测定蛋白质含量,每管
100 μg 分装。
双向电泳 :将 0.64 g 尿素、560 μL 双蒸水、250
μL 30% 丙烯酰胺溶液混匀超声除气 3 min,加入 24
μL IPG buffer pH4-6、12 μL IPG buffer pH3-10 混匀
超声除气 3 min,再加入 4 μL10% 过硫酸铵溶液、5
μL TEMED 溶液,用 1 mL 枪反复吸打混匀,缓慢注
入胶管中,室温聚合 45 min 后使用。阴极缓冲液为
30 mmol/L NaOH 溶液,阳极缓冲液采用 10 mmol/L
H3PO4 溶液,阴极上样,以 300 V 35 min,700 V 1 h,
1 600 V 4 h 进行第一向等电聚焦。
等电聚焦结束后,将胶条挤出进行两次胶条平
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2015,Vol.31,No.12202
衡,每次 15 min。平衡液 1(挤出平衡液加 0.4%DTT
200 μL),平衡液 2(基础平衡液加 1% 碘乙酰胺 500
μL)。平衡结束后,进行第二向 SDS-PAGE 电泳,将
平衡好的胶条放置在提前制好的 15% 的分离胶上,
在转移胶条的过程中要尽量避免产生气泡。电泳条
件为 20 mA 20 min,50 mA 电流至电泳结束。二维
电泳结束后,将凝胶固定过夜,次日用考马斯亮蓝
染色液染色,直至凝胶上蛋白点清晰可见。染色后
的凝胶用扫描仪照相,利用 PDquest8.0 软件对蛋白
点进行差异性分析。
1.2.6 质谱分析
1.2.6.1 前期酶解 用去尖的枪头从胶上切下蛋白
点后清洗,加入 50% 乙腈 /0.2 mol NH4HCO3(pH8.0)
进行脱色,用 100%ACN 进行脱水,冻干后的胶加
入胰蛋白酶溶液进行酶解。
1.2.6.2 质谱样品制备 向吸涨后的胶块加入不含
胰蛋白酶的 50 mmol NH4HCO3 缓冲液,放置在 37℃
培养箱反应过夜。离心后,取出上清转移至加入了
60%CH3CN/5 %TFA 的新管中;在沉淀中加入超纯水,
孵化 10 min,离心移出上清与前一管上清液混合 ;
再向沉淀中加入 60% ACN/0.1%TFA 超声 15 min,吸
出溶液并入前次上清,反复抽提 2 次,将所得上清
用真空离心浓缩仪干燥 5 min,放入 -80℃冰箱中过
夜。次日冻干后 -80℃保存。
1.2.6.3 质谱分析 利用 Q Exactive 质谱进行鉴定。
色谱条件 :富集柱 :C18(100 μm×2 cm),分析柱
C18(75 μm×15 cm,2 μm), 流 动 相 a :98%H2O+
2%CH3CN+0.1%TFA, 流 动 相 b :20%H2O+80%
CH3CN+0.1%TFA,柱温 35℃,流速 0.25 μL/min。质
谱条件 :喷雾电压 2.5 kV,离子源温度 300℃,扫
描范围 :m/z=300-2 000。然后利用 Xcalibue 软件和
NCBI 等相关数据库搜索比对,再利用 KEGG 将鉴定
出的蛋白进行代谢流分析。
2 结果
2.1 驯化结果
传统酿酒酵母的最适温度在 28-33℃,一般不
超过 36℃,40℃以上将严重抑制菌体生长[1]。首先
对 Saccharomlyces cerevisiae FFC2146 进 行 了 耐 温 驯
化。 由 图 1 可 知,Saccharomlyces cerevisiae FFC2146
在 37℃驯化前期其生长速度明显低于 28℃的,但随
着驯化时间的延长(第 15 代),两个培养温度下菌
体生长速度基本一致。将驯化的菌株作为种子液,
分别在 28℃和 37℃下进行培养,两者均在 20 h 达
到最大生长量,且菌体浓度相近(图 2);扫描电镜
分析表明,经过驯化培养的酿酒酵母菌株在 28℃与
37℃下外观形态无明显变化,细胞完整(图 3),说
明 Saccharomlyces cerevisiae FFC2146 经驯化后细胞生
长及形态依然保持良好的状态。
0.8
0.7
0.6
0.5
0.4
0.3
0.2
0.1
0
O
D
60
0
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15ԓᮠ 28ć37ć
图 1 酿酒酵母 FFC2146 耐热驯化结果
1.0
0.8
0.6
0.4
0.2
0
0 4
O
D
60
0
8 12 16 20 24 28 32 36 40 44 48
-0.2 ᰦ䰤h 28ć37ć
图 2 酿酒酵母 FFC2146 生长曲线
A X10, 000 1 μm B X10, 000 1 μm
图 3 28℃(A)和 37℃(B)FFC2146 酿酒酵母的扫描电
子显微镜图
2015,31(12) 203谷月等:不同温度培养下酿酒酵母细胞壁蛋白质差异分析
2.2 双向电泳图谱结果
图 4 为在 28℃与 37℃培养温度下酿酒酵母细胞
壁蛋白质的双向电泳图谱。利用 PDquest 软件进行
检测,分别检测到 539 个蛋白斑点和 540 个蛋白点,
两者胞壁蛋白质大多聚集在 pH4-6 的区域,分子量
分布在 30-90 kD 之间。由于细胞壁蛋白的糖基化造
成分子量不均,因此在图谱上可见较为清晰的横向
拖尾,但图谱的重复率(97.1%)比较好,灵敏度比
较高,不影响图谱的进一步分析。当外界环境改变时,
生物体合成一系列响应蛋白,以适应环境变化,酿
酒酵母在 37℃培养时,新增 2 个(No.6、7);消失
1 个(No.1);上调 2 个(No.2、3);下调 2 个(No.4、
5),可见在不同温度下胞壁蛋白的数量和表达量没
有明显变化。
转录,分子伴侣结合至未折叠的蛋白质,阻止折叠
错误的发生。HSP70 等热休克蛋白结合至锌指转
录 因 子(MSN2/MSN4),MSN2/MSN4 调 控 多 个 代
谢胁迫应答有关的基因,防止细胞内的蛋白质受到
高温影响时产生沉淀,减少由蛋白酶体和溶酶体造
成的不稳定蛋白的水解降解[12],从而使环境的不
利影响降到最低限度[13]。然而热胁迫首先会影响
细胞壁及细胞膜的结构与功能,质谱鉴定结果表明
Saccharomlyces cerevisiae FFC2146 受 到 热 胁 迫 后 胞
壁中出现了 Ssa2 蛋白。Ssa2 属于热休克蛋白 70 家
族,在正常生长环境中,调控基因 Ssa2 的表达处于
休眠水平,Saccharomlyces cerevisiae FFC2146 细胞壁
中 起 到“ 管 家 ” 功 能[14]。Saccharomlyces cerevisiae
FFC2146 新增的 Ssa2 蛋白不仅帮助保护细胞免受应
激力的不利影响[15],还参与真菌细胞壁的生物合成
和蛋白质的跨膜转运,使酵母细胞在高温下保持完
整细胞形态及细胞膜的转运功能。
3.2 无机焦磷酸酶调节糖酵解途径流向
在 酿 酒 酵 母 中, 无 机 焦 磷 酸 酶(Inorganic
pyrophosphatase,PPase,EC3.6.1.1) 由 基 因 IPP1
的编码,该酶在控制生物体内无机焦磷酸浓度过
程中起重要的作用。它催化一分子的焦磷酸脂转
化 成 两 分 子 正 磷 酸 盐 离 子[16]。 图 4、 表 1 可 见
Saccharomlyces cerevisiae FFC2146 受到热胁迫后细胞
壁中的无机焦磷酸酶活性显著提高,研究表明无机
焦磷酸酶在催化焦磷酸水解的同时能够提高细胞耐
受非生物胁迫的能力[17]。焦磷酸水解是一个高放
能的反应,因此该反应可以偶联到一些不利于生物
转化的过程中,推动热力学平衡向生物合成方向进
行[18]。无机焦磷酸酶参与氧化磷酸化反应,可以控
制体内 ATP 的生成,从而调节糖酵解途径流向[19]。
酿酒酵母的碳代谢途径主要为糖酵解(EMP)
(88%)途径和戊糖磷酸(HMP)(12%)途径(图
5),与之相关的酶系分布在线粒体、内质网、液
泡、细胞质膜及细胞壁上,其代谢调节比较复杂。
研 究 表 明 与 糖 酵 解 有 关 的 果 糖 -1,6-二 磷 酸 激 酶
(Fructose-1,6-bisphosphatase),苹果酸脱氢酶(Malate
dehydrogenase)、异柠檬酸裂解酶(Isocitrate lyase)、
磷 酸 烯 醇 式 丙 酮 酸 烯 醇 酶(Phosphoenolpyruvate
A
1
B
6
7
2
9
4
5
4
97.2
14.3
Mr/kD
pI 6 4 pI 6
图 4 正常生长温度 28℃(A)与高温 37℃(B)条件下的
酿酒酵母 FFC2146 胞壁蛋白双向电泳图
2.3 质谱结果
根据上述双向电泳图谱分析的结果,选取 1-7
号蛋白质斑点进行了质谱鉴定,结果如表 1 所示。
3 讨论
3.1 热休克蛋白Ssa2保护细胞壁
大 多 数 生 物 体 在 受 到 高 温 刺 激 时, 首 先 会
合 成 进 化 上 高 度 保 守 的 热 休 克 蛋 白(Heat shock
proteins),关闭某些正常的代谢途径保护自身的同
时开启另一代谢途径,以保护细胞继续生长繁殖。
当细胞受到胁迫时,细胞内热休克蛋白 HSP70 与
热激蛋白转录因子(Heat shock factor 1,HSF1)分
离,HSF1 迅速识别并结合至热激元件(Heat shock
element,HSE,5-NGAAN-3)[11] 启动分子伴侣的
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2015,Vol.31,No.12204
Carboxykinase)、甘油醛 -3- 磷酸脱氢酶(Glycerald-
ehyde-3-phosphate Dehydrogenase)、亲环蛋白(Cycl-
ophilin)等酶在细胞壁中发挥作用[20]。EMP 途径中
有三个不可逆反应步骤,分别由己糖激酶、磷酸果
糖激酶和丙酮酸激酶(Pyruvate kinase,PK)参与。
EMP 途径中三个关键酶之一的丙酮酸激酶是 EMP
途径最后一个关键步骤,即磷酸烯醇式丙酮酸的磷
酰基团在 PK 的作用下,转移到 ADP 上形成 ATP,
相应地磷酸烯醇式丙酮酸转化为丙酮酸。蛋白质
解析结果可见高温胁迫下 Saccharomlyces cerevisiae
FFC2146 的丙酮酸激酶表达关闭,说明 EMP 途径
受阻,其上游的 6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶,3-磷酸甘
油醛脱氢酶等酶的表达量亦下调。导致能量生成链
的中间产物 5-磷酸核酮糖和 1,3-二磷酸甘油酸等合
成减少。3-磷酸甘油醛脱氢酶已被鉴定为细胞壁的
组成性蛋白[21],1,3-二磷酸甘油酸合成受阻,导
致糖酵解途径中第一次底物水平磷酸化反应被破
坏。受高温胁迫的 Saccharomlyces cerevisiae FFC2146
胞内 EMP 途径受到抑制后,在无机焦磷酸酶的调
节作用下糖酵解流向发生改变,即 EMP 途径的产
物 3-磷酸甘油醛进入 HMP 途径(图 5),转酮醇酶
(Transketolase,TK)是关联 HMP 途径和 EMP 途径
的纽带,戊糖和己糖途径的纽带[22]。TK 主要催化
三磷酸甘油醛和六磷酸果糖反应产生五磷酸木糖和
四磷酸赤癣糖,促进 3-磷酸甘油醛和七磷酸景天庚
酮糖转变为五磷酸木糖和四磷酸赤癣糖[21]。可见,
酿酒酵母受到外界非生物胁迫后通过改变糖代谢流
向,获取新陈代谢提供足够的能量,维持生命。
3.3 Small GTPase GSP1P的耐热机制
Small GTPase GSP1P 是属于鸟苷三磷酸酶超家
族的一类单分子蛋白质,它是一种温度敏感蛋白[23]。
它可以通过活性与非活性状态控制细胞内信号转
导通路的开关,使细胞内的蛋白质处于运输状态。
Small GTPase Gsp1p 主要与核过程有关,高温胁迫后
出现在酵母细胞壁,可能作为应急反应参与细胞膜
的蛋白质输送。
4 结论
高温胁迫的 Saccharomlyces cerevisiae FFC2146 细
胞壁蛋白质中新增 Ssa2 和小分子鸟苷三磷酸酶,无
机焦磷酸酶上调表达,而丙酮酸激酶缺消失,同时 6-
磷酸葡萄糖酸脱氢酶和 3-磷酸甘油醛脱氢酶下调表
达。说明热休克蛋白 Ssa2 保护细胞壁在高温下保持
完整,使细胞继续生长繁殖 ;高温胁迫下酿酒酵母
的 EMP 糖酵解途径受阻,在转酮醇酶的作用下糖酵
解途径转向 HMP 途径,获取足够的能量,维持细胞
正常的新陈代谢。
参 考 文 献
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表 1 S. cerevisiae 特异性变化的蛋白
编号 蛋白质名称 MW/kD Calc.pI
3050(4) 6-phosphogluconate dehydrogenase,decarboxylating(6- 磷酸葡萄糖酸脱氢酶) 51.7 6.87
4051(5) Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase(3- 磷酸甘油醛脱氢酶) 36.1 8.26
4721(1) Pyruvate kinase(丙酮酸激酶) 56.1 7.14
1001(2) Inorganic pyrophosphatase(无机焦磷酸酶) 32 5.45
1508(6) Probable heat shock protein ssa2(热激蛋白 SSA2) 70.4 5.31
1709(7) Small GTPase GSP1P(小分子鸟苷三磷酸酶) 58 9.31
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6-⼧䞨㪑㨴㌆×3
6-⼧䞨㪑㨴㌆䞨×3
5-⼧䞨Ṩ䞞㌆×3
5-⼧䞨ᵘ䞞㌆ 5-⼧䞨Ṩ㌆ 5-⼧䞨ᵘ䞞㌆
TK
6-⼧䞨㪑㨴㌆ 7-⼧䞨Ჟཙ㌆ 3-⼧䞨⭈⋩䟋
6-⼧䞨᷌㌆ 4-⼧䞨䎔㰃㌆ 6-⼧䞨᷌㌆
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虚线箭头表示特异蛋白所参与的反应 ;TK 表示转酮醇酶
图 5 酿酒酵母的糖酵解途径和磷酸戊糖途径
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2015,Vol.31,No.12206
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(责任编辑 李楠)