全 文 ：·研究报告·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2016, 32(2):178-184
中间锦鸡儿（Caragana intermedia Kuang et H.C.
Fu）又名柠条，属于豆科蝶形花亚科锦鸡儿属多年
生落叶大灌木饲用植物。它对恶劣环境条件有着广
泛的适应性，对干旱、严寒、高温和盐碱等具有极
强的抵抗和忍受能力 ：中间锦鸡儿抗旱性强，在年
降雨量仅有 100 mm 的地区依然可以正常生长 ；在
收稿日期 ：2015-04-07
基金项目 ：国家自然科学基金项目（31360169），国家高技术研究发展计划“十二五”重点项目（2011AA100203），内蒙古科技计划 2015
团队项目
作者简介 ：王光霞，女，博士研究生，研究方向 ：植物生物化学与分子生物学 ；E-mail ：2195355371@qq.com
通讯作者 ：李国婧，女，博士，教授，研究方向 ：植物生物化学与分子生物学 ；E-mail ：liguojing@imau.edu.cn
中间锦鸡儿转录组 EST-SSR 标记系统性识别与
引物筛选
王光霞  杨杞  王瑞刚  李国婧 
（内蒙古农业大学生命科学学院，呼和浩特 010018）
摘 要： 旨在对中间锦鸡儿转录组数据库 EST 信息进行 SSR 系统性识别和初步验证，为进一步 SSR 分子标记开发提供依据。
对 HiSeq2000 测序技术获得的中间锦鸡儿转录组 Unigenes 进行 SSR 位点搜索，共获得 45 706 个 SSR 位点，出现频率为 10.38%，平均 4.30
kb 出现一个 SSR 位点。SSR 重复类型以单核苷酸重复序列基元为主，所占比例为 56.47% ；二核苷酸、三核苷酸重复序列基元的数
量所占比例分别是 20.56% 和 21.04% ；其他数量的基元所占比例仅为 1.9%。多核苷酸重复类型中最多的为 2 核苷酸重复 AG/CT ；
其次为 3 核苷酸重复 AAG/CTT。针对 EST-SSR 位点随机挑选了 150 对引物，通过琼脂糖凝胶电泳进行 PCR 验证，其中有 79 对能
获得扩增条带，21 对引物扩增出单一条带，比例为 14.0%。
关键词 ： 中间锦鸡儿 ；EST-SSR 位点识别 ；引物筛选
DOI ：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.02.025
Systematical Identification and Primer Screening of EST-SSR Marker
in Transcriptome of Caragana intermedia
WANG Guang-xia YANG Qi WANG Rui-gang LI Guo-jing
（College of Life Sciences，Inner Mongolia Agricultural University，Hohhot 010018）
Abstract: The aim of the study is to systematically identify and preliminary validate the SSR（simple sequence repeats）of EST（expr-
essed sequence tags）in transcriptome database of Caragana intermedia for providing the basis in the further development of SSR molecular
marker. Searching the SSR loci from Unigenes of the C. intermedia transcriptome by HiSeq2000 sequencing technology, total 45 706 SSR were
obtained, accounting for 10.38% of the total Unigenes, averagely one SSR per 4.30 kb. Mononucleotide repeats were dominant in SSR with the ratio
of 56.47%, bi- and tri-nucleotide repeats were 20.56% and 21.04%, and others were only 1.9%. Among all polynucleotide motifs, bi-nucleotide
AG/CT were the most, second most was tri-nucleotide AAG/CTT. Totally 150 SSR primer pairs were randomly selected according to EST-SSR
loci, PCR was verified by agarose gel electrophoresis, and 79 primer pairs showed clear amplified DNA fragments. While 21 out of the 79 primer
pairs amplified single band, with a ratio of 14.0%.
Key words: Caragana intermedia ；EST-SSR site reorganization ；primer screening
2016,32(2) 179王光霞等：中间锦鸡儿转录组 EST-SSR 标记系统性识别与引物筛选
高温抗性试验中，46℃时才开始表现出受害性状，
抗热极限温度可达 49℃ ；而它对低温也有极强的耐
受能力，可抵御 -30℃至 -40℃的低温，在冻土层深
达 290 cm 的地区依然可以安全过冬，是干旱草原、
荒漠草原地带的优良固沙植物和水土保持植物。另
外，柠条还具有很高的饲用及药用价值，也是重要
的生物质能源植物和造纸原料。柠条在生态效益和
经济效益上所发挥的巨大作用，已引起越来越多人
的高度重视［1，2］。
SSR（Simple sequence repeat）是指在基因编码
区或非编码区含有 1-6 个核苷酸重复单元序列［1，2］，
其在不同近缘种属中具有较强的转移性，另外其侧
翼序列保守性通常较高，因而基于 EST 序列开发
的 SSR 标记在不同物种间具有良好的通用性，具有
分布性广、共显性及等位基因突变率高、分析简单
和置信度高等特点，是种群遗传学研究中的有效分
子标记之一。EST-SSR 标记是通过对表达序列标签
EST 中的 SSR 位点进行分析而产生的一种遗传标记，
已成为重要农艺性状定位、基因作图、遗传多样性、
比较基因组学研究的重要工具［3，4］。
有关锦鸡儿属植物分子标记的报道较少，段永
红等［7］曾应用 RAPD 技术，对我国不同产地的 30
份锦鸡儿属植物材料进行遗传多样性分析。郭强等［8］
选用 9 对细胞核 SSR（nSSR）和 10 对叶绿体 SSR
（cpSSR）标记对河西走廊 14 种锦鸡儿遗传多样性进
行分析。一些关于锦鸡儿属植物 ISSR 分子标记开发
的研究也逐渐开展［9，10］。此外，与中间锦鸡儿亲缘
关系极近的柠条锦鸡儿（Caragana korshinskii）中，
有关 AFLP 标记（扩增限制性片段长度多态性）的
研究也有所报道［11］，这些分子标记很多是对锦鸡
儿属植物进行遗传多样性和分类的研究，而用 SSR
标记研究中间锦鸡儿的多样性的研究较少，尤其是
SSR 标记的特异性引物开发较少。因此，对柠条锦
鸡儿 EST-SSR 标记进行系统性识别并开发更稳定和
有效的标记引物对于推进锦鸡儿属植物遗传多样性
及遗传结构探索、开展中间锦鸡儿植物种质资源的
研究以及选育新优良抗逆新品种及北方生态环境治
理等工作有重要的理论和现实意义。
本研究以中间锦鸡儿转录组测序数据为基础，
对 362 633 条 Unigenes 中的 SSRs 位点进行系统搜索
和引物批量设计，对它们在转录组中的分布特征进
行统计及分析，并且挑选 150 对引物进行 PCR 验证，
旨在为该植物的 SSR 分子标记开发和利用奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材料
实验植物材料为中间锦鸡儿，种子采自内蒙古
自治区四子王旗坡底村（111 41 E，41 26 N）。挑
选饱满的中间锦鸡儿种子，播种于装有蛭石的培养
钵中，置于 25℃、16 h 光照 /8 h 黑暗、光照强度
7 000-8 000 lx 的温室下培养。
1.2 方法
1.2.1 基因组 DNA 的提取 剪取 1 个月大小中间锦
鸡儿小苗叶片，利用植物基因组提取试剂盒（天根
生化科技有限公司）进行基因组 DNA 的提取。
1.2.2 SSR 分子标记的鉴定 对 Trinity 程序组装获
得的转录组 All-Unigenes，用 MISA 程序（http //pgrc.
ipk-gatersleben.de/misa/misa.html）扫描转录组 SSR 位
点。SSR 位点搜索各重复单元最小重复次数的参数
分别定为 ：单核苷酸≥10、二核苷酸≥6、三核苷酸
≥5、四核苷酸≥5、五核苷酸≥5 和六核苷酸≥5 ；
复合型 SSR（Compound Microsatellite）设置为两个
SSR 位点之间的最大间距为 100 个碱基。
1.2.3 SSR 引 物 的 设 计 利 用 Perl 语 言 下 的
Premier5.0 软件在 SSR 位点核心序列两端设计引物，
设计参数为 ：引物的长度 18-24 bp ；Tm 60℃左右，
GC 含量在 50% 左右。
1.2.4 SSR 引物验证 引物由上海派诺森公司合成。
反应体系中包含 ：中间锦鸡儿 DNA 模板 1 μL、上、
下游引物（2 μmol/L）各 1 μL、10×PCR Buffer 2 μL、
dNTPs（各 2.5 mmol/L）0.5 μL、rTaq DNA Polymer-ase
（2.5 U/μL）0.5 μL、ddH2O 水 补 足 到 14 μL， 混 匀。
PCR 扩增反应条件为 ：95℃ 5 min ；95℃ 30 s，56℃
30 s，72℃ 30 s，35 个循环 ；72℃ 5 min。SSR-PCR
扩增产物在 2% 的琼脂糖凝胶上电泳、检测并照相
记录，初步对所设计引物进行筛选。
2 结果
2.1 中间锦鸡儿SSR位点出现频率及分类
通过 MISA 软件对转录组组装的 362 633 Unig-
enes、总长度为 196 528 580 bp 的测序数据进行 SSRs
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2016,Vol.32,No.2180
位点搜索。结果（表 1）表明，中间锦鸡儿转录组
362 633 个 Unigenes 数据库中发现 37 631 个简单重
复序列，含有 2 个或 2 个以上 SSR 位点的序列有
6 525 条，复合型 SSR 序列为 3 016 条，共有 45 706
个 SSR 位 点，SSR 发 生 频 率 为 10.38%， 平 均 4.30
kb 出现一个 SSR 位点，SSR 位点平均长度为 115.37
bp。由数据可以看出，中间锦鸡儿的 SSR 位点较多，
位点平均长度较长，出现频率也相对高。
表 1 中间锦鸡儿 SSR 位点分布情况
名称 SSR 数目
检查序列总数 362633
检查序列的大小 /bp 196528580
包含 SSR 的简单重复序列数 37631
含有超过 1 个 SSR 序列数 6525
复合型 SSR 序列数 3016
SSRs 总数 45706

2.2 中间锦鸡儿SSR位点长度分布特征
中间锦鸡儿 45 706 条简单重复序列的 SSR 位
点长度分布特征（表 2）显示，SSR 的长度存在极
显著的变异，搜索到的 SSR 序列长度从 10-283 个
碱基不等，SSR 平均长度为 115 个碱基。其中 SSR
中长度≤ 11 bp 的重复序列基元有 16 959 个，占总
数 的 37.10% ；长 度 在 12-20 bp、21-30 bp、31-40
bp、41-100 bp、101-150 bp 和 >150 bp 的重复序列
基 元 数 目 分 别 为 24 729、3 031、402、20、523 和
42 个，其所占比例分别为 54.10%、6.63%、0.88%、
0.04%、1.14% 和 0.09%。需要指出的是长度在 41-
100 bp 的重复序列基元中，20 个 SSR 的序列长度均
为 100 bp，即全部 SSR 中没有长度在 41-99 bp 之间
的重复序列基因存在。根据以上数据可以看出，重
复基元长度≥12 bp 的基元占全部基元总数的比例
达到 62.90%，其中 20 bp 以上的重复基元比例达到
8.80%。 已 有 研 究 认 为，SSR 位 点 长 度 <12 bp 时，
多态性较低，SSR 位点长度在 12-20 bp 之间时，多
态性较高，SSR 位点长度≥20 bp 时，多态性很高。
依据以上研究标准，本研究中 54.10% 的重复基元长
度在 12-20 bp 之间，其中 20 bp 以上的重复基元比
例达到 8.80%，总体来看，获得的中间锦鸡儿 SSR
分子标记的多态性较好，后期开发利用的价值较高。
值得关注的是中间锦鸡儿 SSR 的平均长度非常长，
为 115.37 bp，长度在 100 bp 以上的重复基元数量
占总重复基元的比例达 1.23%，其中最长重复单元
的长度达到 283 bp，这在已报道的植物中是非常少
见的。
表 2 中间锦鸡儿 SSR 位点长度分布特征
位点长度 SSR 数量 所占比例 /%
≤ 11 bp 16959 37.10
12-20 bp 24729 54.10
21-30 bp 3031 6.63
31-40 bp 402 0.88
41-100 bp 20 0.04
101-150 bp 523 1.14
>150 bp 42 0.09
2.3 SSR重复序列基元频率分布及类型
2.3.1 SSR 位点不同类型基元分布 对全部 SSR 位
点的各种重复基元进行统计分析。结果（表 3）显
示，中间锦鸡儿 EST-SSR 中，单核苷酸重复序列基
元的数目最多，共 25 812 个，占总数的 56.47% ；三
核苷酸重复序列基元的数目居于第二，共 9 621 个，
所占比例 21.04% ；二核苷酸重复序列基元的数目
为 9 396 个，所占比例 20.56% ；二核苷酸和三核苷
酸的总比例占到全部 SSRs 数量的 41.6%。4-6 个核
苷酸重复序列基元占 SSRs 的总比例较少，为 1.9%。
其中，四核苷酸重复序列基元的数目为 797 个，所
占比例 1.74%，五核苷酸重复序列基元的数目为 80，
所占比例 0.16% ；六核苷酸重复基元在最小重复次
数为 5 的条件下，没有检测到符合条件的重复序列
基元存在，可能是重复次数设置太高所致。以上结
果说明，中间锦鸡儿 SSR 位点中主要的重复序列类
型为单核苷酸重复，在多核苷酸重复中以三核苷酸
重复序列基元和二核苷酸重复序列基元为主。
除单核苷酸外，SSRs 位点中共检测到 305 种重
复序列基元类型，数量排在前十位的基元类型依次
为 A/T、AG/CT、AAG/CTT、AAC/GTT、AC/GT、ACC/
GGT、ATC/ATG、AGC/CTG、AT/AT 和 AGG/CCT，
数目分别为 9 537、1 552、1 184、775、769、569、
560、547、505 和 418 条。
2.3.2 SSR 主要重复基元的出现数量及频率 根据
2016,32(2) 181王光霞等：中间锦鸡儿转录组 EST-SSR 标记系统性识别与引物筛选
SSR 重复基元的核苷酸数可将其分为 1-6 个核苷酸
重复类型。多核苷酸重复基元的主要类型列表，如
表 4 所示。
表 4 SSR 位点主要重复基元种类及数量
重复基元类型 种类 总数
二核苷酸 AC/GT 2115
AG/CT 5592
AT/AT 1651
CG/CG 38
三核苷酸 AAG/CTT 2522
AAC/GTT 1349
ACC/GGT 1033
ATC/ATG 1071
AGC/CTG 1012
AGG/CCT 786
AAT/ATT 890
ACG/CGT 402
CCG/CGG 271
ACT/AGT 285
四核苷酸 AAAT/ATTT 179
AAAG/CTTT 140
ACAT/ATGT 64
AATT/AATT 40
ACTC/AGTG 38
其他 352
五核苷酸 AAATC/ATTTG 6
AATTC/AATTG 4
ACCCT/AGGGT 4
ACGCT/AGCGT 4
ACACG/CGTGT 4
AACCC/GGGTT 4
ACAGC/CTGTG 4
在 SSR 的多核苷酸重复基元中，二核苷酸重复
种类共 4 种，以 AG/CT 数量最多，为 5 592 个，占
全部二核苷酸重复基元的 59.51% ；其次是 AC/GT，
共 2 115 个，占 22.51% ；居于第三位的是其 AT/AT，
总 数 为 1 651 个， 占 17.57% ；重 复 次 数 最 少 的 是
CG/CG 类型，只有 38 个，仅占总比例的 0.40%。三
核 苷 酸 共 有 10 种 重 复 类 型， 其 中 AAG/CTT 重 复
基元类型数目最多，共有 2 522 个，占三核苷酸重
复基元总数的 26.21% ；接下来数量依次较高的是
AAC/GTT、ATC/ATG、ACC/GGT、AGC/CTG 类 型，
重复基元数量都在 1 000 个以上，分别为 1 349、1
071、1 033 和 1 012 个，占三核苷酸重复基元总数
依 次 为 14.02%、11.13%、10.74% 和 10.52%。 重 复
基元数量最少的为 ACT/AGT，为 285 个，占其类型
总数的 2.96%。四核苷酸总共有 29 种类型，为 179
个，占其四核苷酸重复基元总数 22.32% ；其次为
AAAG/CTTT，为 140 个，占其总数的 17.46% ；接下
来 是 ACAT/ATGT， 为 64 个， 占 其 总 数 的 7.98% ；
数量在 20-40 之间的重复基元类型共有 7 种，依次
为 AATT/AATT、ACTC/AGTG、AATC/ATTG、ATCC/
ATGG、AAGG/CCTT、AGAT/ATCT 及 AAAC/GTTT，
其余类型的四核苷酸重复基元数量 <20 ；其他四核
苷酸重复类型还有 11 种，数量为 93 个，占总数的
11.60%。
五 核 苷 酸 重 复 基 元 共 找 到 40 种 不 同 的 类
型，各类型中，AAATC/ATTTG 重复基元的数量最
多， 共 有 6 个 ；AATTC/AATTG、ACACG/CGTGT、
ACAGC/CTGTG、ACCCT/AGGGT、ACGCT/AGCGT
以及 AACCC/GGGTT 这 6 种重复基元类型的数目均
为 4 个 ；其余类型的存在数量都为 1 或 2 个，其中
数量仅为 1 个的重复基元类型有 19 种。六核苷酸重
复基元未被检测到，应该是检测设定的最小重复次
数较为严格的原因。
2.4 SSRs引物的初步筛选
以中间锦鸡儿基因组 DNA 为模板对所设计合成
的 150 对引物进行扩增、筛选，电泳结果（图 1）显
示，有清晰扩增条带的引物的共有 79 对，占引物总
数的 52.67% ；其中显示单一条带的有 21 对，占总
数的 14%。
3 讨论
不同植物中 SSR 分布特点不一样，包括 SSR 的
表 3 中间锦鸡儿 SSR 位点不同类型基元分布
基元类型 SSR 数目 所占比例 /%
单核苷酸 25812 56.47
二核苷酸 9396 20.56
三核苷酸 9621 21.04
四核苷酸 797 1.74
五核苷酸 80 0.16
六核苷酸 0 0
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2016,Vol.32,No.2182
发生频率和分布频率、重复基元的主要类型和种类
等［12］。不同木本植物中 EST-SSR 发生频率差异较
大，如蒙古栎仅为 1.59%，杨树和桉树则接近 15%，
相差近 10 倍［13］；同一种植物中变化趋势较为接近，
如火炬松、马尾松分别为 4.32% 和 3.62%、杨树及
桉树发生频率则分别为 14.83% 和 14.99%［14，15］。中
间锦鸡儿属于灌木，本研究中其 SSR 发生频率为
10.38%，比火炬松与马尾松的高，比杨树及桉树的
低。关于 SSR 出现频率在不同植物中变化也较大，
但总体表现都很低，可能由于含有微卫星的基因具
有较低的表达丰度，故导致了 EST 序列中微卫星
出现频率偏低。有报道表明农作物报道的变化更
大，报道较多的水稻、小麦、花生和玉米中分别是
11.81、17.42、23.80 和 28.32 kb， 木 本 植 物 的 SSR
分布频率在 4-55 kb 之间［16］，其中针叶松中 SSR 分
布频率比被子植物低，大约分别是 50 kb［17］，中间
锦鸡儿属于木本植物，本研究结果中，中间锦鸡儿
SSR 分布频率约为 4.30 kb，其 SSR 分布频率比柽柳
（54.99 kb）［18］、枳壳（28.05 kb）［19］等植物高，而
比杨树（3.88 kb）等 植物略低［20］。不同植物间或同
种植物内 SSR 出现频率不同，这种差异可能是物种
间的真实 SSR 信息差异或搜寻 SSR 时所用长度最低
标准不同造成的［21］。除此之外，还与基因组大小、
基因组中转录部分的比例及低拷贝序列出现的频率
等有关［22］。
SSR 的重复类型在不同植物中分布也不一样，
对全基因组微卫星的分布已经完成的包括单子叶植
物（短柄草、高粱、水稻）和双子叶植物（拟南
芥、苜蓿）几种植物总的 SSR 分析可知单核苷酸重
复最为丰富［23］，如橡胶树的重复类型就是以单核
苷酸重复类型最多，为 45.3%，而多数木本植物以
二、三核苷酸重复类型为主［24］。多数植物的 EST-
SSR 都是以二、三核苷酸重复基元为主。而本研究
中，中间锦鸡儿 SSR 重复类型与橡胶树类似，也以
单核苷酸重复序列基元为主，占其全部重复序列基
元总数的 56.47% ；其三核苷酸重复序列基元的数目
占总数的 21.04%，居于第二。这是由于 EST 是表达
标签序列，加上密码子以三核苷酸为一个功能单位。
Metzgar 等［25］研究比较了 7 种真核生物编辑区和非
编辑区 SSR 的区别，发现三核苷酸和六核苷酸重
复类型在编辑区和非编辑区都有一个很大的长度变
化，而其他重复类型在编辑区出现比非编辑区少很
多，说明这两种类型在被翻译成蛋白质时受到移码
（frameshift）突变而造成了三核苷酸位移，主要受突
变压力的控制而产生。
关于木本植物核苷酸的重复类型，二核苷重
复的主要基元为 AG、AT 和 AC，三核苷酸重复主
要 是 AAG、AAT 和 AGG， 有 的 甚 至 占 有 绝 对 优
势［26］。在砂梨 23 类二核苷重复基序中 AT 重复基
序出现的频率最高（32.3%）［28］；海棠以 CT/TC 为
图 1 SSR 引物 PCR 验证
2016,32(2) 183王光霞等：中间锦鸡儿转录组 EST-SSR 标记系统性识别与引物筛选
最多，其次是 AG/GA［29］；橡胶树的 EST-SSR 位点中，
TC/AG、CT/GA 和 CTT/GAA、AAG/TTC、AGA/TCT
是二、三核苷酸的优势重复类型。本研究中 SSRs 位
点中共检测到 305 种重复序列基元类型，数量居前
的二、三核苷酸基元类型有 AG/CT、AC/GT、AT/AT
和 AAG/CTT、AAC/GTT、ACC/GGT、AGG/CCT 等，
这与前人研究有相似之处，也有不同之处。不同重
复基元的出现频率表现出明显的偏倚性似乎在多数
植物中都存在，这可能是受所分析的 EST 群体量的
影响，更有可能是由于高级基元 SSR 自身长度的限
制［30］，也可能与其稳定性有关。
本研究中 150 对 SSR 引物中有 79 条能扩出条
带来，占总设计引物的比例为 51.7% ；其中有 21 个
引物扩增出一条带，比例为 14.0%。引物没有得到
扩增片段可能为以下原因 ：第一，引物对所扩增的
序列包含较大的内含子，无法在电泳图上显示 ；第
二，引物对的一端或两端恰好处于某一个剪切位点
上 ；第三，设计引物的 EST 序列存在问题。这些问
题将在今后的研究中一一验证并解决。
4 结论
通过对中间锦鸡儿转录组测序获得的 Unigenes
序列进行位点进行查找，得到 45 706 个位点，SSR
重复类型以单核苷酸重复序列基元为主，其次较多
是三核苷酸、二核苷酸重复序列基元。SSR 引物验
证扩增比率偏低，为 51.7%。
参 考 文 献
［1］梅二罕 , 赵建龙 , 李俊梅 . 发展中间锦鸡儿的重要意义［J］.
内蒙古林业 , 2004（2）：10-11.
［2］牛西午 . 关于在我国西北地区大力发展柠条林的建议［J］. 山
西农业科学 , 1999, 27（1）：3-7.
［3］ Tautz D, Renz M. Simple sequences are ubiquitous repetitive
components of eukaryotic genomes［J］. Nucleic Acids Research,
1984, 12（10）：4127-4138.
［4］ Lagercrantz U, Ellegren H, Andersson L. The abundance of various
polymorphic microsatellite motifs differs between plants and
vertebrates［J］. Nucleic Acids Research, 1993, 21（5）：1111-
1115.
［5］Varshney RK, Graner A, Sorrells ME. Genic microsatellite markers
in plants ：features and applications［J］. Trends in Biotechnology,
2005, 23（1）：48-55.
［6］ 刘洁 , 胡蝶 , 楚海家 , 等 . 花苜蓿抗旱耐盐 EST-SSR 标记筛
选［J］. 植物科学学报 , 2013, 31（5）：493-499.
［7］段永红 , 牛西午 , 李素清 , 孙毅 . 锦鸡儿属植物遗传多样性的
RAPD 分析［J］. 华北农学报 , 2009, 24（1）：143-148.
［8］郭强 , 时永杰 , 魏臻武 , 等 . 河西走廊 14 种锦鸡儿遗传多样性
SSR 分析［J］. 草地学报 , 2008, 16（3）：227-233.
［9］杨九艳 , 杨劼 , 杨明博 , 等 . 鄂尔多斯高原锦鸡儿属药用植物的
ISSR 分析［J］. 中草药 , 2006（10）：1562-1566.
［10］宋俊双 , 王赞 , 高洪文 . 三种锦鸡儿遗传多样性 ISSR 分析（简
报）［J］. 草地学报 , 2006, 14（4）：384-386.
［11］王赞 , 高洪文 , 韩建国 . 柠条锦鸡儿 DNA 提取及 AFLP 反应
体系的建立［J］. 草地学报 , 2005, 13（2）：126-129.
［12］ Rungis D, Bérub Y, Zhang J, et al. Robust simple sequence
repeat markers for spruce（Picea spp.）from expressed sequence
tags［J］. Theoretical and Applied Genetics, 2004, 109（6）：
1283-1294.
［13］ Martin MA, Mattioni C, Cherubini M, et al. Genetic diversity in
European Chestnut populations by means of genomic and genic
microsatellite markers［J］. Tree Genetics & Genomes, 2010, 6（5）：
735-744.
［14］阎毛毛 , 戴晓港 , 李淑娴 , 等 . 松树、杨树及桉树表达基因序
列微卫星比对分析［J］. 基因组学与应用生物学 , 2011（1）：
23-24.
［15］李淑娴 , 张新叶 , 王英亚 , 等 . 桉树 EST 序列中微卫星含量及
相关特征［J］. 植物学报 , 2010, 45（3）：363-371.
［16］Gao LF, Tang JF, Li HW, et al. Analysis of microsatellites
in major crops assessed by computational and experimental
approaches［J］. Molecular Breeding, 2003, 12（3）：245-261.
［17］张新叶 , 宋丛文 , 张亚东 , 等 . 杨树 EST-SSR 标记的开发［J］.
林业科学 , 2009, 45（9）：53-59.
［18］张如华 , 李锐 , 赵景奎 , 等 . 柽柳 EST-SSRs 标记开发与群体检
测［J］. 分子植物育种 , 2011, 9 ：1291-1296.
［19］杨春霞 , 温强 , 叶金山 , 等 . 枳壳 EST-SSR 标记的开发［J］.
分子植物育种 , 2011, 9（1）：123-127.
［20］Bérubé Y, Zhuang J, Rungis D, et al. Characterization of EST-SSR
In loblolly pine and spruce［J］. Tree Genetic s& Genomes, 2007,
3（3）：251-259.
［21］Nicot N, Chiquet V, Gandon B, et al. Study of simple sequence
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2016,Vol.32,No.2184
repeat（SSR）markers from wheat expressed sequence tags
（ESTs）［J］. Theor Appl Genet, 2004, 109 ：800-805.
［22］ Morgante M, Hanafey M, Powell W. Microsatellites are preferentia-
lly associated with nonrepetitive DNA in plant genomes［J］.
Nature Genetics, 2002, 30（2）：194-200.
［23］ Sonah H, Deshmukh RK, Sharma A, et al. Genome-wide
distribution and organization of microsatellites in plants ：An
insight into marker development in brachypodium［J］. PLoS One,
2011, 6（6）：e21298.
［24］ Feng SP, Li WG, Huang HS, et al. Development, application and
cross-species/genera transfer ability of EST-SSR markers for rubber
tree（Hevea brasiliensis）［J］. Molecular Breeding, 2009, 23（1）：
85-97.
［25］ Metzgar D, Bytof J, Wills C. Selection against framshift mutations
limits micorsatellite expansion in coding DNA［J］. Genome Res,
2000, 10（1）：72-80.
［26］ 许玉兰 , 蔡年辉 , 康向阳 , 等 . EST-SSR 标记的开发及其在木
本植物中的分布特点［J］. 中国农学通报 , 2012, 28（4）：1-7.
（责任编辑 马鑫）