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Analysis of Differentially Expressed Proteins of Embryo During Seed Germination in Wheat

小麦种子萌发时期胚差异蛋白表达分析



全 文 :·研究报告·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2013年第3期
收稿日期 :2012-12-17
基金项目 :山西省自然科学基金项目(2009011044-2)
作者简介 :刘向标,男,硕士研究生,研究方向 :生物化学 ;E-mail :lxb-19860112@163.com
通讯作者 :段江燕,女,教授,硕士生导师,研究方向 :生物化学 ;E-mail :duanjiangyan123@163.com
种子的萌发是植物生长的最关键时期。种子萌
发时蛋白质的变化反映了植物基因组第一次被激活
基因的表达情况[1]。高等植物中,种子在整个生命
周期中占据着重要的地位,生物体在不同的发育阶
段会合成和分解类型和数量不同的蛋白质,这些动
态变化的蛋白质构成了生物体某一时刻特征性生命
活动的基础,是认识生命活动本质的一个恰当而直
接的途径[2]。国内外对小麦在多种胁迫条件下的形
态结构、生理生化机制方面进行的研究已经深入到
DNA、蛋白质分子水平[3,4]。在外界胁迫的影响下,
使种子体内的一些蛋白质的合成受到抑制,同时也
促使一些新的蛋白质的合成引发种子体内的代谢变
小麦种子萌发时期胚差异蛋白表达分析
刘向标  段江燕
(山西师范大学生命科学学院,临汾 041000)
摘 要 : 为了解小麦种子在萌发时期胚蛋白质表达情况,通过双向电泳技术,对“晋麦 -47”小麦种子未萌发和萌发 3 h、
16 h 和 25 h 的胚进行蛋白质分离。结果发现,“晋麦 -47”小麦种子未萌发和萌发 3 h、16 h 和 15 h 的胚在 PDQuest 图像分析软件
可识别的蛋白点分别有 127、131、135 和 141 个,其中表达量变化 2.5 倍以上的蛋白点有 17 个。选取表达量在 2.5 倍以上的 9 个
差异蛋白点进行质谱分析,初步鉴定出 4 个蛋白质,分别是核苷二磷酸激酶Ⅰ、17.5 kD 热休克蛋白、ATP 合酶和 LEA 蛋白 27。
关键词 : 小麦 胚 双向电泳 质谱技术
Analysis of Differentially Expressed Proteins of Embryo During Seed
Germination in Wheat
Liu Xiangbiao Duan Jiangyan
(College of Life Science,Shanxi Normal University,Linfen 041004)
Abstract:  In order to investigate the embryo protein expression of the wheat seeds germination, tow-dimensionsl gel electrophoresis
(2-DE) technology was used to separated proteins from ungerminated seed and embryo buds of germinated seed at specific stages of 3h, 16h, 25h
in wheat “Jinmai-47”. The results showed that on the 2-DE gels PDQuest image software detected about 127, 131, 135, 141 protein spots, of
which 17 spots show more than 2.5-fold changes in abundance among ungerminated seed and embryo buds of germinated seed at specific stages
of 3 h, 16 h, 25 h in wheat “Jinmai-47”. These 9 of 17 protein spots treated by mass spectrometry analysis, of which 4 differential proteins were
elementarily identified as nucleoside two phosphoglycerate kinase Ⅰ , 17.5 kD heat shock protein, ATP synthase and LEA protein 27.
Key words:  Wheat Embryo Two-dimensional electrophoresis Mass spectrometry technology
化[5]。但萌发的调控等一系列复杂的生理生化过程
如何相互协调还不甚清晰,成熟的种子蛋白质作为
生命活动的执行者,既能反映基因组被激活后基因
的表达情况,同时又能反映种子相对静止状态到活
跃的生理生化代谢的转变过程。为此,通过对小麦
种子萌发不同时间的差异蛋白的研究,对探讨小麦
种子萌发机制具有重要意义。
蛋白质组学技术为研究蛋白质的动态变化提
供了重要的技术支撑,可对生物细胞或组织蛋白质
表达进行定性或定量的综合分析,尤其可用于揭示
不同条件下蛋白质表达的变化。该技术具有高通
量、高灵敏度、高分辨率、重复性好等优点[6]。核
2013年第3期 61刘向标等 :小麦种子萌发时期胚差异蛋白表达分析
心 技 术 包 括 双 向 电 泳 技 术(two-dimensional elect-
rophoresis,2-DE) 和 质 谱 技 术(mass spectrometry,
MS)[7]。目前该技术方法仅在拟南芥、大麦、橡胶
种子等少数植物有相关报道[8]。但尚未见对小麦种
子不同萌发时期差异蛋白质组和质谱分析的报道。
本试验以“晋麦 -47”为材料,比较小麦种子
萌发前期胚蛋白质表达的差异,并进行质谱鉴定,
揭示种子从相对静止状态到活跃状态过程中涉及的
差异蛋白表达情况,以期为小麦种子萌发的调控机
制研究提供参考。
1 材料与方法
1. 1 材料
小麦种子(晋麦 -47)由山西省农科院小麦研
究所提供。 主要试剂:Triton X-100、超纯水、蒸馏水、
丙酮、过硫酸铵(AP)、尿素、硫脲、十二烷基硫酸
钠(SDS)、三羟基甲基氨基甲烷(Tris)、N、N、N、
N 四甲基乙二胺(TEMED)、0.1% HgCl2、牛血清蛋
白(BSA)、冰乙酸、甘油、两性电解质(Bio-Lyte)
1% 溴酚蓝、1 mol/L 盐酸、CHAPS、碘乙酰胺(IAM)、
低熔点琼脂糖、甘氨酸、丙烯酰胺(Acr)、85%磷酸、
二硫苏糖醇(DTT)、95%乙醇、考马斯亮蓝 G-250
和甲叉双丙烯酰胺(Bis)
1.2 方法
1.2.1 不同萌发时期小麦种子胚样品的制备 选取
干燥度一致、饱满、种皮色泽正常的种子 650 粒。
(经 0.1% HgCl2 溶液浸没消毒 2 min 后再用纯水漂洗
5 次),置于 25 mL 纯水,铺有双层定性滤纸的玻璃
培养皿中,每皿 50 粒,盖上盖。25℃恒温避光处理
发芽。随机选取吸胀后 0、0.5、1、2、3、5、7、10
和 13 h,之后每隔 3 h 取一次直至 25 h 胚根突破种
皮 2-3 mm 为止,测定种子的鲜重和干重,均重复 3
次,初步确定小麦胚的选取时期。
1.2.2 蛋白样品的提取 用尿素 / 硫脲法提取小麦
胚蛋白,把在不同时期取出的小麦胚样品在液氮中
磨成粉末加入离心管中,加入尿素 / 硫脲蛋白提取
液振荡 30 s,离心 15 min 后,取上清液再重复离心,
收集上清液,加入 3 倍体积冷丙酮,并放入 -20℃的
冰箱里过夜,次日后收集沉淀(视具体情况可再加
一次,离心同上),4℃放置,使丙酮充分发挥,待
沉淀干燥后,溶于 400 μL 样品裂解液,4℃冰箱中
过夜,第二天离心取上清液,得到蛋白质样品液,4℃
放置待用。
1.2.3 小麦种子胚可溶性蛋白的双向电泳 取出已
经配好的水化上样液,加入 0.001 g DTT,5 μL 的
40% Bio-Lyte(pH3-10),充分溶解,取均质的水化
上样液与蛋白样品溶液以 4∶1 混匀,即为上样液。
采用 pH3-10,7 cm 线性 IPG 预制胶条。主动水化在
50 V 电压下 12 h 后,经过 250 V 0.5 h、500 V 0.5 h、
4 000 V 3 h、最后稳定在 4 000 V 下进行 20 000 Vh,
500 V 快速保持时间视情况而定。聚焦完毕后,胶条
先在平衡液Ⅰ[尿素 36 g、SDS 2 g、Tris-HCl(pH8.8)
25 mL、甘油 20 mL、DTT 0.2 g]中,在摇床上平衡
15 min,再在平衡液Ⅱ(0.25 g IAM 代替 0.2 g DTT,
其余组分同平衡Ⅰ)中平衡 15 min。然后进行第二
向 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳,分离胶浓度为 12%。
1.2.4 考马斯亮蓝染色 剥离凝胶立即放入固定液
(12% TCA)中固定 2 h,充分固定后用双蒸水洗 3 次,
每次 5 min,取出放入考马斯亮蓝染液(20%甲醇、
1.8% 磷酸、8%硫酸铵、0.08% 的考马斯亮蓝 G250
染色至少 2 h,脱色液(7%、5%甲醇)脱色 1 h 后
换用双蒸水进行脱色,直到蛋白点清晰为止。
1.2.5 2-DE 图像分析 凝胶用扫描仪(UMAX)进
行扫描,得到蛋白图像用 PDQest 软件进行分析包括
背景消减、斑点检测、匹配、获取斑点位置坐标和
蛋白质点的标准化分析等。
1.2.6 蛋白质点胶内酶解及肽指纹图谱分析 选
取重复性较好的差异表达量在 2.5 倍的蛋白点进行
胶内酶解,将酶解肽段重新溶解于 0.7 μL 0.5g/L 的
CHCA 溶液(0.1%TFA+50%ACN)中,在靶板上点样。
样品用 4700 串联飞行时间质谱仪进行质谱分析。所
得质谱结果用 GPS-MASCOT 软件进行数据库检索。
2 结果
2.1 小麦种子胚萌发前期取样时间的确定
根据萌发过程中小麦种子含水量的不同,将分
为 3 个时期,分别是第一时期吸胀吸水期,第二时期
缓慢吸水期,第三时期生长吸水期。生长吸水时期
的胚根突破种皮 2-3 mm,分别测定 13 个时间段种
子干重和湿重,得到“晋麦 -47”种子的含水量(图
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2013年第3期62
1)同时间的关系,以初步确定小麦种子萌发前期的
取样时间。从图中可看到小麦种子萌发前期的 3 个
阶段,分别是从 0 h(干种子)-3 h,种子含水量快
速从 0 g 增加到 0.06 g ;3 h-16 h,种子含水量缓慢
增加,从 0.06 g 增加到 0.19 g ;17 h-25 h(胚根突破
种皮 2-3 mm)种子含水量快速从 0.19 g 增加到 0.24
g。87%的种子露白发生在第三个阶段,表明小麦种
子出芽时间比较集中。为此,将种子萌发前期过程
中蛋白质的取样时间初步定在 0、3、16 和 25 h。
M :蛋白 Marker ;1 :尿素硫脲法 ;2 :TCA 丙酮法 ;3 :酚提甲醇 / 醋酸法
图 2 不同提取方法的 SDS-PAGE 分析结果
0.25
0.15
0.05
0
0 0.5 1 2 3 5 7 10 13 16 19 22 25
0.10
0.20
ᰦ䰤 h
⿽ᆀ
ਜ਼≤
䟿 g

图 1 小麦种子萌发过程水分含量的变化
2.2 小麦种子总蛋白提取的方法比较
本试验分别采用酚提 - 甲醇 / 醋酸铵沉淀法、
TCA/ 丙酮沉淀法和尿素硫脲法提取小麦种子中胚蛋
白,为确定合适的提取方法每个方法重复 3 次。分
别 进 行 SDS-PAGE( 图 2), 结 果 显 示, 不 论 在 蛋
白条带的数目还是染色的深浅方面,3 种蛋白提取
方法得到的蛋白样品均有所不同。酚提 - 甲醇 / 醋
酸铵沉淀法对种子中胚蛋白的提取效果明显弱于
TCA/ 丙酮沉淀法和尿素硫脲法。从图 2 还可看出,
在高分子量区,TCA/ 丙酮法的提取效果不如尿素硫
97.4
kD
M 1 2 3
66.2
43.0
31.0
20.1
14.4
脲法,因能明显看到这种方法在此范围会丢失部分
蛋白,相比较而言,尿素硫脲提取的蛋白更加完整。
2.3 小麦种子萌发过程中蛋白含量的变化
为了进一步探究小麦种子萌发过程中蛋白含
量的变化,本试验分别采用 0、0.5、1、2、3、5、
7、10、13、16、19、22 及 25 h 的小麦种子作为材
料,用尿素硫脲法进行总蛋白的提取,进行 SDS-
PAGE 分析(图 3)。结果显示,不论是 3 h、16 h 和
25 h,小麦种子胚蛋白的含量与未萌发的相比,含
量均有所上升,萌发 3 h 时与 0 h 的差异不显著 ;
萌 发 16 h 时, 与 0 h 相 比 其 差 异 显 著 ;萌 发 25 h
后,与 0 h 相比差异极显著。因此,将种子萌发前
期过程中胚蛋白质的取样时间定在 0、3、16 和 25 h
4 个时期是合理的。
0 0.5 1 2 3 5 7 10 13 16 19 22 25
时间(h)
图 3 不同时段小麦种子胚蛋白的 SDS-PAGE 分析结果
2.4 不同萌发时期小麦种子蛋白的双向电泳图谱
分析
通过严格一致 3 次重复的双向电泳操作获得 0
h、3 h、16 h 和 25 h 等 4 个时期重复性较高的 2-DE
电泳图谱(图 4),在 pH3-10,分子质量 14.4-94.0
kD 范围,利用 PDQuest 软件分析 0 h 与 3 h 的蛋白
点相关系数(Correlation coefficient)为 86.3%,与
16 h 的为 84.9%,与 25 h 的为 83.7%,说明蛋白质
渐近变化。
2.5 差异表达蛋白的MALDI-TOF-MS分析及数据
库检索
2-DE 凝胶上面的蛋白点相对量随着小麦种子萌
发初期发育进程的出现与否和表达量的增减,通过
PDQuest 软件分析出对重复性、表达量变化超过 2.5
2013年第3期 63刘向标等 :小麦种子萌发时期胚差异蛋白表达分析
倍以上的 9 个差异蛋白质点进行 MALDI-TOF-MS 分
析,以基质峰、酶自动降解片段峰进行校正,去掉
角蛋白峰和胰酶自切峰,精确标定强度为基质峰强
度 2 倍以上的峰,9 个蛋白点均获得肽质量指纹图
94.0
kD
IEF pH310 IEF pH310 IEF pH310 IEF pH310
67.0
43.0
7
9
5
8
3
6
1
24
C DBA
30.0
20.0
14.4
94.0
kD
67.0
43.0
30.0
20.0
14.4
A :未萌发 ;B :3 h ;C :16 h ;D :25 h
图 4 “晋麦 -47”萌发前期不同时期种子胚蛋白质 2-DE 电泳图谱
1751558
861224
1361156
101.1041
110.0947
216.1509
237.1862
2882589
3292516
457.3322
575.3929 706.5090 856.6346 986.7756 1149.8871
9.2E+4
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
74.0 323.2 572.4 821.6
Mass m/z
1070.8 1320.0
In
te
ns
ity
%
图 5 ATP 合酶质谱图
谱(PMF),图 5 是蛋白点 6 的肽段串联质谱图。共
鉴定得到 4 个差异蛋白(表 1)分别为核苷二磷酸
激酶Ⅰ、17.5 kD 热休克蛋白、ATP 合酶和 LEA 蛋
白 27。
表 1 差异表达蛋白的查询结果
蛋白编号 蛋白名称 理论分子量(kD)/ 等电点 试验分子量(kD)/ 等电点 覆盖率(%)
1 NDPK Ⅰ 16.3/6.9 16.0/6.9 41
3 HSP 17.5 kD 18.5/5.8 18.3/6.2 37
6 ATP Synthase 11.9/15.4 12.3/5.8 21
8 LEA 27 kD 27.3/6.6 26.5/6.2 31
3 讨论
3.1 小麦种子萌发过程中蛋白取样时期的确定
选择合适的时期进行蛋白取样,对后续的蛋白
质组学分析至关重要。种子萌发分为吸胀吸水期、
缓慢吸水期、生长吸水期。种子细胞在不同发育阶
段的蛋白质在种类和数量上是不同的,反映在种子
萌发过程中不同阶段的发育特点上。通过对不同时
期小麦种子含水量指标的测定,初步选定 0、3、16
和 25 h 作为取样时期。据此,进一步结合 13 个不
同时期的蛋白样品进行 SDS-PAGE 检测,把吸胀 0 h
作为休眠干种子代表时期,吸胀 3 h 作为吸胀吸水
期的代表,吸胀 16 h 作为缓慢吸水期的代表,吸胀
25 h 作为生长吸水期的代表。因此,分别在 0 h、3 h、
16 h 和 25 h 等 4 个时期进行蛋白取样。
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2013年第3期64
3.2 小麦种子萌发过程中胚差异蛋白分析
植物在生长时期表现出来的蛋白质动态变化,
共同构成了细胞各个时期生命的基础。小麦种子在
萌发时期的蛋白质变化,反映出小麦基因组从休止
到开启、翻译、表达的过程。因此,了解蛋白质的
变化为认识生命活动本质提供了一个直接途径[9]。
与种子生长、能量代谢相关的蛋白 :蛋白点 1
被鉴定为核苷二磷酸激酶Ⅰ(NDPK Ⅰ),在小麦种
子萌发 16 h 时表达量增加,一直到 25 h 保持着较高
的表达水平,表明此时核酸合成活跃,维持细胞核
内 NDP 和 NTP 代 谢 的 平 衡(NTP +NDPK NDP+
NDPK-P ;N=G、T、C、U)进行磷酸化与脱磷酸化
反应[9],有利于种子的生长 ;蛋白点 6 被鉴定为
ATP Synthase(ATP 合酶),在种子萌发 25 h 表达量
最高,此时胚根突破种皮需要消耗大量能量。研究
表明,ATP 合酶在线粒体和细菌中广泛存在[11,12],
依靠质子动力势合成 ATP 也能水解 ATP 形成机体重
要的质子梯度,其主要功能是合成 ATP。
与种子抗性和抗氧化性相关蛋白 :蛋白点 3 被
鉴 定 为 17.5 kD 热 激 蛋 白(HSP), 在 25 h 大 量 表
达,可能是与打破休眠后保护萌发过程中细胞膜结
构系统和抗氧化系统免受伤害,保证小麦种子的顺
利萌发。研究表明,HSPs 的生成与生物耐热性相关,
HSP105 在热激时能迅速移到核内,并在核仁和核质
中积累,在热激解除时,又迁到细胞质中具有保护
细胞机体免受损害的作用[10];蛋白点 8 被鉴定为 27
kD 种子成熟蛋白在 25 h 时出现,可能与 GmPM4 一
样供种子萌发时维生素的需求,绝大部分种子成熟
蛋白属于 LEA 蛋白家族成员(如 GmPM1、GmPM8
和 GmPM9 等)都有 LEA 蛋白保守机构域,种子成
熟蛋白 GmPM4 含有 TENA-THI-4 保守结构域,属于
硫胺(维生素)家族[13]。Roy 等[14]曾报道,Gm-
PM4 可作为维生素的一种贮藏形式供种子萌发所用。
4 结论
本研究发现“晋麦 -47”小麦种子未萌发和萌发
3 h、16 h 和 25 h 的胚的 2-DE 凝胶通过 PDQuest 图
像分析软件可识别的蛋白点约有 127、131、135 和
141 个,其中表达量变化 2.5 倍以上的蛋白点有 17 个,
选取表达量在 2.5 倍以上的 9 个差异蛋白点进行质
谱鉴定,初步鉴定出 4 个蛋白质分别是核苷二磷酸
激酶Ⅰ、17.5 kDa 热休克蛋白、ATP 合酶和 LEA 蛋
白 27,分子量分别为 16.0、18.3、12.3 和 26.5 kD ;
等电点分别为 6.9、6.2、5.8 和 6.2。
参 考 文 献
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(责任编辑 狄艳红)