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微生物聚谷氨酸(γ-PGA)合成酶及合成机理的研究进展



全 文 :·综述与专论·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2010 年第 6 期
微生物聚谷氨酸(γ-PGA)合成酶及
合成机理的研究进展
郑重 吴剑光 邱乐泉 钟卫鸿
(浙江工业大学生物与环境工程学院,杭州 310032)
摘 要: γ-PGA是一种可降解的、水溶性的,对人体无毒的生物高分子。目前发现多种微生物能合成 γ-PGA,包括芽孢
杆菌、古生菌和一种真核生物。γ-PGA合成基因可分为 capB、capC、capA、capE和 pgsB、pgsC、pgsA和 pgsE,其表达产物组成的
γ-PGA合成酶复合体与细胞膜结合,并消耗 ATP及底物谷氨酸进而合成 γ-PGA,其中 CapB-CapC(或者 PgsB-PgsC)主要负责
γ-PGA的聚合作用,而 CapA-CapE(或者 PgsA-PgsE)则作用于 γ-PGA 的转运。ComP-ComA、DegS-DegU、DegQ、SwrA 和 pgsB
上游的非编码区则对 pgsB、C、A和 E的表达起重要影响。
关键词: γ-PGA合成酶 合成基因 合成机制 基因调节
Study Progress on Poly-γ-glutamate Synthetase
and Synthesis Mechanism
Zheng Zhong Wu Jianguang Qiu Lequan Zhong Weihong
(College of Biological and Environmental Engineering,Zhejiang University of Tenchnology,Hangzhou 310032)
Abstract: Poly-γ-glutamate is a biodegradable,soluble,natural polymer that is non-toxic to humans,and synthesized by seceral
bacteias including bacillus,archaea and one eukaryote The gene required for γ-PGA contain four genes termed capB,C,A,E and pgsB,
C,A,E The synthetase,organized by the four responding expressed proteins,is anchored to the membrane and uses ATP and glutamate
as the substrates to synthesize γ-PGA And CapB-CapC(or PgsB-PgsC)could be a polymerase,while CapA-CapE(or PgsA-PgsE)
could be the transporter ComP-ComA,DegS-DegU,DegQ,SwrA and an untranslated region located on upstream of pgsB are required for
the expression of genes essential to the γ-PGA synthesis
Key words: Poly-γ-glutamate Synthetase γ-PGA gene Regulation of pgs
收稿日期:2010-03-17
基金项目:浙江省生物化工重中之重学科开放基金项目(200801)
作者简介:郑重,男,硕士研究生,研究方向:应用微生物学与基因工程;E-mail:zhengzhong295@ yahoo com cn
通讯作者:钟卫鸿,教授,E-mail:whzhong@ zjut edu cn
随着人们对生态环境和人体健康的日益关注,
近年来,越来越多的科学家开始专注于自然存在的
多聚物。而 γ-聚谷氨酸(poly-γ-glutamate,γ-PGA)
则成为生物多聚物研究中的热点。
γ-PGA是一种微生物合成的水溶性可生物降
解的氨基酸高分子聚合物,它由 D-谷氨酸或者 /和
L-谷氨酸通过 α-氨基和 γ-羧基形成肽键聚合而成
(图 1)[1],相对分子质量一般在 10 kD - 1 000
kD[2],有些能达到 1 000 kD 以上[3],甚至能达到
2 000 kD以上[4]。γ-PGA具有很强的吸水能力,能
图 1 γ-PGA分子结构图
2010 年第 6 期 郑重等:微生物聚谷氨酸(γ-PGA)合成酶及合成机理的研究进展
够吸附一些重金属和放射性物质的水溶液,防止任
意扩散,所以人们同样看好它作为絮凝剂和重金属
及放射性物质的吸附载体[5]。同时 γ-PGA 还能作
为防冻剂、缓释剂载体、增稠剂、饲料添加剂、保湿剂
和酶固定化材料等[6],它对人类无毒害作用,经过
纯化后,人们甚至可以直接食用。它的酯类衍生物
可替代一些生物不易降解的物质,有较大的前景,如
耐热性塑料和纤维薄膜等。
由于 γ-PGA上述的特点,20 世纪 90 年代以来,
日本、美国等一些发达国家对它的制备与应用的研
究十分活跃,开展了微生物发酵法生产 γ-PGA的研
究,并且如今已有不少企业进行了商业化生产,如日
本明治制果公司,中国台湾味丹公司等,中国大陆也
已经有了相应的 γ-PGA产品(海宁和田龙生物科技
有限公司生产的紫金港牌 γ-PGA)。
虽然 γ-PGA已经有了商业化产品,但是目前对
γ-PGA的合成机制及合成酶的研究并不多。综述
了 γ-PGA生产菌、合成酶基因和合成机理的研究进
展,希望能够为研究者的后续研究提供新的视角和
思路。
1 产 γ-PGA的微生物
γ-PGA最早发现于炭疽芽孢杆菌 Bacillus an-
thracis(1933 年) ,是该菌胞外荚膜的主要成分,结合
在细胞壁上,主要功能是保护细菌不受免疫系统的
影响,因此,γ-PGA是其致病性的重要原因,是一种
毒力因子。Kocianova等[7]在 2005 年发现表皮葡萄
球菌 Saphylococcus Epidermidis 同 样 也 能 合 成
γ-PGA,合成的 γ-PGA 结合在细胞壁上,可能是作
为一种保护屏障,使细菌免受噬菌体和抗体的入侵。
以上两种微生物所合成的 γ-PGA 都是结合在细胞
壁上,是其荚膜的主要组成部分,所以人为地将其分
为结合型 γ-PGA。
其他的 γ-PGA 产生菌所合成的 γ-PGA 都是游
离到环境中的,所以人为地将其分为游离型 γ-
PGA。产游离型 γ-PGA 的微生物绝大多数都是革
兰氏阳性的芽孢杆菌,包括 Bacillus licheniformis,Ba-
cillus megaterium,Bacillus pumilus,Bacillus subtilis,它
们能利用游离的 γ-PGA包裹有毒的重金属离子,抵
御不良生存条件[8],同时 γ-PGA 还能作为营养物
质,在非常时期为微生物提供生存所需。还有 3 种
古生菌,Planococcus halophilus,Sporosarcina halophila
和 Natrialba asiatica,能利用合成的 γ-PGA,降低细
菌周围的盐浓度,改善生存环境[9]。另外,Weber
等[10]于 1990 年发现了惟一一种真核γ-PGA生产菌
Cnidaria。
综上所述,结合型 γ-PGA能够保护病原菌逃避
免疫系统,维持病原菌的毒力,而游离型 γ-PGA 则
能改善微生物生存环境,并为其储备碳氮源。
2 γ-PGA合成酶基因
目前对 γ-PGA合成酶基因有两种的命名法,即
cap和 pgs,是根据微生物合成的 γ-PGA的状态来区
分的。如果合成的 γ-PGA结合在细胞壁上,是结合
型的,就将该菌的 γ-PGA 合成酶基因命名为 cap 系
列(意为 capsule,cap) ,如果合成的 γ-PGA游离到微
生物周围的环境当中,是游离型的,就将该菌的 γ-
PGA合成酶基因命名为 pgs 系列(意为 polygluta-
mate synthase,即 pgs)。
迄今为止,有关 γ-PGA的合成基因的报道主要
集中在一些杆菌属的微生物中(如 B subtilis 168,
B subtilis Natto, B licheniformis, B anthracis 和
S epidermidis) ,其中对 Bacillus anthracis和 B subtilis
的 γ-PGA合成基因研究较为详细。
Green等[11]于 1985 年发现 Bacillus anthracis 的
γ-PGA合成基因存在于质粒 pXO2 上;而 Candela
等[12]在 2005 年发现该菌 γ-PGA合成中所必需的 4
个基因,capB,capC,capA 和 capE。而且,他们发现
在一株质粒缺失的 Bacillus anthracis中,不能合成 γ-
PGA,这证明了 capB,capC,capA 和 capE 是影响 γ-
PGA合成最主要的 4 个基因。
Ashiuchi等[13]在 1999 年报道了在 Bacillus sub-
tilis IFO 3336 中有 3 个基因参与了 γ-PGA 的合成,
分别命名为 pgsB、pgsC 和 pgsA(也有学者称其为
ywsC、ywtA 和 ywtB)。2001 年,他们在 B subtilis
(chungkookjang)中将 pgs 基因敲除,发现 pgs 敲除
菌株无法合成 γ-PGA,进而证明此 3 个基因是 γ-
PGA 合成最重要的 3 个基因[14]。Tarui 等[15]在
2005 年将 pgsB、pgsC 和 pgsA 3 个基因转入烟草中,
发现其可以合成 γ-PGA,这个现象也证明了之前的
论断。但是 Candela 等[9]于 2005 年在该 3 个基因
内发现了一小段开放阅读框,并命名为 pgsE(也有
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生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2010 年第 6 期
研究者将其命名为 ywtC)。该段序列与 capE 同源
性很高,所以 pgsE极有可能参与 γ-PGA的合成。
序列分析证明,capBCAE 和 pgsBCAE 有很高的
相似度,4 个基因一同组成 γ-PGA 操纵子(operon)
(图 2)。
图 2 γ-PGA操纵子
3 γ-PGA可能的合成机理
γ-PGA的合成需要底物谷氨酸,底物的聚合,
聚合物的转运等过程,还涉及到 γ-PGA聚合酶基
因的调控。由于 capBCAE 和 pgsBCAE 的序列相似
度很高,而且 Candela 等[9]报道称微生物合成的 γ-
PGA属于结合型还是游离型,取决于另外的基因
capD /pgsS,所以推测结合型 γ-PGA 和游离型 γ-
PGA的合成机理相同。
3 1 底物谷氨酸的来源
γ-PGA合成所需的底物的来源可分为两部分,
内源底物和外源底物。内源底物是指由微生物通过
其他物质自身合成谷氨酸底物,已知的最广泛的途
径是通过葡萄糖经过糖酵解,生成丙酮酸,然后进入
TCA循环,然后通过 α-酮戊二酸转化成谷氨酸(图
3)。而外源底物是直接添加的 L或 D-谷氨酸。
图 3 γ-PGA可能的合成途径及调控示意图
一般外源添加的底物都为 L-谷氨酸,但是对应
合成的 γ-PGA的谷氨酸构型不尽相同,一般认为是
由 D-氨基酸转氨酶(transaminase)参与的间接途径,
实现由 L-到 D-谷氨酸的转化(图 3)。Ashiuchi等[16]
1998年从 Bacillus subtilis IFO333 中分离到了谷氨酸
消旋酶(racease) ,从而为 γ-PGA生物合成中 D-谷氨
酸的来源问题提供了新的答案。
虽然,目前各种 γ-PGA 生产菌选择哪条途径仍
有争议,但是多种 γ-PGA 生产菌,包括 Bacillus sub-
tilis IFO333[16],B subtilis(chungkookjang)[14],Bacil-
lus subtilis NX-2[17],都是通过直接途径实现由 L-到
D-谷氨酸的转化,因为研究者发现这些微生物在合
成 γ-PGA时,谷氨酸消旋酶活性增高而氨基转移酶
的活性是降低的。
3 2 γ-PGA的聚合机制
在 20 世纪 70 年代,Troy[18]首先在一株产 D-γ-
PGA(即合成 PGA的底物均为 D-谷氨酸)地衣芽孢
杆菌 B licheniformis 中,推测了一种可能的合成机
制:首先,ATP 激活谷氨酸,然后由 ATP 脱去 ppi 形
成的 AMP,与谷氨酸在 γ 位结合,形成谷氨酰-γ-
AMP;然后该物质与一种带-SH的酶或者受体(比如
一些硫脂,暂以 A代称)结合,并随后异构化为谷氨
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酰-A;然后谷氨酰连接到 γ-PGA片段上,并脱去 A,
完成 γ-PGA片段的延伸。
但是,Ashiuchi 等[14]于 2001 年在一株 Bacillus
subtilis中发现,该菌在合成 γ-PGA 时,ATP 水解形
成的是 ADP,而非 AMP,而由于 capB 的表达蛋白
CapB属于氨基连接酶[18],他们提出了另一条合成
机制。首先 ATP 被 ATP 水解酶水解为 ADP 和 Pi,
然后磷酸基团结合到小分子 γ-PGA 的 C-末端,之
后 D-或者 L-谷氨酸的氨基端与 C 端磷酸化了的小
分子 γ-PGA发生亲核攻击,生成 Pi 并延伸 γ-PGA
链。但是该机制仍待证明,比如引物分子是否是小
分子 γ-PGA,其反应位置具体在何处等。
3 3 γ-PGA合成酶各组分的功能
目前,仍然不知道 γ-PGA合成酶如何催化合成
上述一系列反应。虽然已经得知 γ-PGA 合成的必
需基因(即 pgsBCAE 和 capBCAE) ,但是其合成的各
个蛋白(PgsBCAE 和 CapBCAE)的具体功能,仍待
考察。
在 γ-PGA生物合成过程中,可以人为将其分为
两个部分,γ-PGA 的聚合与 γ-PGA 的转运。1997
年,Eveland[19]对 CapB /PgsB 蛋白进行序列分析,发
现其拥有一段序列与 ATP酶相似度很高,可能含有
ATP酶的活性并含有 ATP结合位点(图 4)。Urush-
ibata[20]于 2002 年称,PgsB 能够在试管中单独催化
聚合 γ-PGA,但是 PgsB 的两种形式(33 kD 和 44
kD)必须同时存在,并且该酶很稳定,对变性剂有一
定抵御能力。但是 Ashiuchi 等[2]于 2003 年用 Uru-
shibata[21]的方法进行验证性试验,却发现没有 γ-
PGA。以上试验,说明 PgsB 是否具有 ATP 酶活性,
仍待研究。但是他们都报道了[13,20]PgsB 和 PgsC 的
混合物具有 ATP 酶活性,说明 PgsB 和 PgsC 很可能
形成一种复合物,进而催化 γ-PGA 的聚合。而当
PgsB,PgsC 和 PgsA 同时存在时,聚合酶的活性
最高[13]。
γ-PGA在细胞内合成,并转运到胞外。由图 4
可看出,PgsB在一端含有一小段高度疏水基团,说
明其与细胞膜仅有一小段结合,其大部分存在于细
胞质中;PgsC全部为高度疏水基团,说明其可能存
在于细胞膜内部;而 PgsA 有 3 部分高度疏水基团,
猜测与细胞膜有多处结合,并可能作用于 γ-PGA的
转运,Ashiuchi 等[14]也做了相同的推测。但是 Can-
dela等[12]于 2005 年报道称,PgsA必须在 PgsE 的存
在时才能有活性,并推测两者可能相互作用,进而形
成某种复合物,并希望通过蛋白双杂交来验证该推
测 PgsE 是否是直接与 PgsA 结合,还是间接作用于
PgsA。
图 4 PgsB,PgsC和 PgsA的结构特点[6]
综上所述,PgsB 和 PgsC 共同存在时,能够催化
γ-PGA的聚合,PgsA 能够增加该聚合反应的速率;
γ-PGA的转运则需要 PgsA和 PgsE同时存在。
3 4 γ-PGA合成的调控
目前,在调控 γ-PGA 合成方面的研究不多。
2002 年,Mader等[21]报道,在 B subtilis 中发现高浓
度的磷酸化的 DegU 能够活化 pgsB,C,A 的转录。
而在 2005 年,Stanley 等[22]报道称在 B subtilis 中,
调控蛋白 ComP-ComA,DegS-DegU,DegQ 和 SwrA
对 γ-PGA 的合成是必需的。他们将 degQ 和 swrA
分别敲除,发现任一的敲除都将导致 γ-PGA不能合
成。而后对 degQ进行了反转录 PCR,发现高浓度的
DegQ对 ywsC(与 pgsB相同)的转录起调节作用,而
SwrA对其转录有细微影响,所以研究者猜测 SwrA
主要在转录后起调节作用。而之前的研究已经表
明,ComP-ComA,DegS-DegU 都能影响 degQ 的转
录,所以他们提出了一种可能的调节途径,见图 3。
Kimura [23]等于 2009 年发现 pgsB 基因上游的一段
非编码区对其表达起重要作用。他们将 lacZ 与
pgsB融合,组成融合基因,并通过检测 LacZ 的表达
来定量表征 pgsB的表达情况,然后用一种外切酶从
pgsB上游-811 开始切除,进而研究上游非编码区域
对 pgsB的表达影响。结果表明,-721(+ 1 为转录起
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始位点)之后的非编码区对融合基因的表达起重要
作用,猜测可能是 ComA或者 DegU需要与该段区域
结合。另外,B subtilis 168 被广泛应用于 γ-PGA 调
控研究,因为该菌是为数不多的、拥有全套的 γ-
PGA合成基因却不生产 γ-PGA的菌株。
综上所述,ComP-ComA、DegS-DegU、DegQ 和
SwrA对 γ-PGA的合成都是必需的。其中高浓度的
DegQ对 pgsB,C,A 的转录起重要作用,而ComP-Co-
mA,DegS-DegU 通过调节 degQ 的转录间接影响
pgsB,C,A的转录,SwrA则主要作用于 pgsB,C,A 的
转录后调控。而 pgsB上游的非编码区对 pgsB 的表
达也有重要影响。
4 展望
目前,很多研究者都着眼于如何通过改变培养
条件,提高微生物生产 γ-PGA 的产量,比如优化碳
氮源比例及种类,添加促进剂及金属离子等,而对
γ-PGA的合成机理关注不足。随着研究的深入和
基因改造手段的成熟,传统方法对 γ-PGA产量的提
高越来越有限,而通过基因和代谢流改造,如提高关
键酶活性,增加正向调控蛋白的浓度等,将会扮演越
来越重要的角色。
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