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产异丁醇大肠杆菌工程菌的构建



全 文 :·研究报告·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2011 年第 8 期
产异丁醇大肠杆菌工程菌的构建
林丽华 郭媛 庞浩 黄日波
(广西科学院非粮生物质酶解国家重点实验室 国家非粮生物质能源工程技术研究中心
广西生物炼制重点实验室,南宁 530007)
摘 要: 酮酸脱羧酶是异丁醇生物合成的关键酶,而大肠杆菌中没有此基因。将乳脂乳球菌 NIZO B1157 的 2-酮酸脱
羧酶基因 kdcA克隆到非生产菌株大肠杆菌中,同时串联表达与前体物质酮酸相关的 alsS、ilvC和 ilvD基因,构建了串联表达
质粒 pSTV29-alsS-ilvC-ilvD-kdcA。大肠杆菌工程菌成功表达了 4 个基因,并能利用葡萄糖发酵产异丁醇,发酵 24 h 后最高产
量为 3 g /L。
关键词: 大肠杆菌 异丁醇 kdcA基因 重组菌
The Construction of Recombinant E. coli Producing Isobutanol
Lin Lihua Guo Yuan Pang Hao Huang Ribo
(State Key Laboratory of Non-food Biomass and Enzyme Technology,
National Engineering Research Center for Non-food Biorefinery,Guangxi
Academy of Sciences,Guangxi Key Laboratory of Biorefinery,Nanning 530007)
Abstract: Keto acid decarboxylase is the key enzyme of biosynthesis of isobutanol. The 2-keto acid decarboxylase gene kdcA from
L. lactis subsp. cremoris NIZO B1157 was cloned to non-native producer E. coli. The alsS,ilvC,ilvD genes were excessively expressed at
the same time to increase offer of precursor 2-keto acid. The recombinant plasmid pSTV29-alsS-ilvC-ilvD-kdcA was transformed into E.
coli BW25113. The recombinant E. coli BW25113 was fermented in the M9 /glucose media and the maximal concentration of isobutanol
was 3 g /L at 24 h.
Key words: E. coli Isobutanol kdcA gene Recombinant strain
收稿日期:2011-03-29
基金项目:国家科技支撑计划课题(2007BAD75B05) ,桂科攻(0992022-1) ,广西科学院基本科研业务费(10YJ25SW09)
作者简介:林丽华,女,硕士,研究方向:微生物学;E-mail:linlihua@ gxas. cn
通讯作者:黄日波,教授,博士生导师;E-mail:rbhuang@ 163. com
近几年来,随着不可再生性能源的逐渐消耗,可
再生性能源成为各个国家甚至各个地区的研究热
点[1]。目前生物燃料以燃料乙醇为主,但乙醇并不
是一个理想的生物燃料,而高级醇(C4 和 C5)有接
近汽油的能量密度,不吸湿,而且具有低挥发性,其
腐蚀性也较乙醇低。与乙醇不同,异丁醇可完全取
代汽油,并且由于生物异丁醇与乙醇的生产工艺较
为相似,现有的燃料乙醇生产设施稍微改造便可转
而生产生物异丁醇,因此生物异丁醇的市场潜力较
为巨大,可作为一种新型生物燃料;此外,异丁醇的
下游市场也很广泛[2]。由于过去生产异丁醇主要
是依靠化学法,需要消耗大量的石油。随着石油价
格持续上涨和储量持续减少,以及石油化工所造成
的环境污染问题,使人们更加意识到生物合成异丁
醇具有良好的发展前景,能利用发酵法生产被视为
生物燃料替代汽油的可再生能源异丁醇是目前市场
及人们极为期待的[3]。发展生物异丁醇作为运输
动力系统燃料,有利于中国减少对进口石油的依赖,
帮助我国进行能源结构调整,是国家新能源战略的
组成部分。
将控制溶剂产生的代谢途径引入遗传操作成熟
的大肠杆菌,在一定范围内改变大肠杆菌的代谢途
2011 年第 8 期 林丽华等:产异丁醇大肠杆菌工程菌的构建
径,使大肠杆菌能够产生异丁醇,为构建高产异丁醇
基因工程菌提供了新的思路。2009 年,美国的 Liao
教授[4]利用代谢工程手段对大肠杆菌进行了改造,
使其能够利用非发酵途径生产长链醇类,如异丁醇
(图 1)。非发酵途径生产醇类的策略:2-酮酸是氨
基酸生物合成途径中的中间体,这些代谢物可被 2-
酮基酸脱羧酶(KDCs)通过广泛的底物范围转化为
醛,然后被醇脱氢酶(ADHs)转化为醇类。利用这
项策略,只需非母本宿主代谢的两个步骤,通过氨
基酸生物合成途径利用 2-酮酸作为中间体可以生
产出各种醇类生物燃料。而氨基酸生物合成途径
能够产生各种各样的 2-酮酸,如缬氨酸生物合成
途径产生的 2-酮异戊酸可以就作为生产异丁醇的
基材。
本研究将乳脂乳球菌 NIZO1157 的 2-酮酸脱
羧酶基因 kdcA 克隆到大肠杆菌中,同时串联表达
与前体物质酮酸相关的 alsS、ilvC、ilvD 基因(图
2) ,构建串联表达质粒 pSTV29-alsS-ilvC-ilvD-kdcA,
旨在将非生产菌株大肠杆菌改造成产异丁醇的工
程菌。
图 1 在大肠杆菌中导入新的代谢途径
以酮酸途径合成异丁醇
1 材料与方法
1. 1 材料
1. 1. 1 菌种和质粒 乳脂乳球菌(Lactococcus lactis
cremoris NIZO1157),购自荷兰 NIZO food research cen-
ter。大肠杆菌 BW25113 为基因缺失型突变株,本实
验室构建。枯草杆菌(B. subtilis) ,本实验室保藏。
质粒 pSTV29,购自宝生物公司。
图 2 相关表达基因
1. 1. 2 酶和试剂 限制性内切酶 SphⅠ、Sal I、
BamH I、Sac I,小牛肠碱性去磷酸化酶及 T4 DNA连
接酶为 MBI Fermentas产品;PCR 产物纯化试剂盒、
胶回收试剂盒为上海生物工程有限公司的产品;异
丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)购自 Calbiochem 公
司;酵母提取物和胰蛋白胨为 Oxoid 公司产品;其他
试剂为国产分析纯。
1. 1. 3 培养基和培养条件 大肠杆菌培养和转化
子筛选采用 LB培养基,发酵采用 M9 培养基[M9 +
0. 2 mol /L glucose + 0. 5% (W/W)yeast extract +
0. 1%(V /V)Trace Metal Mix A5][4],培养条件为
37℃、250 r /min。
1. 1. 4 引物 根据 GenBank 报道的基因序列设计
PCR反应引物(表 1,引物 1、2、3 和 4 分别用于扩增
带有不同长度 SD 序列的基因片段,下划线部分为
酶切位点)。
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生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2011 年第 8 期
表 1 PCR反应引物
引物 基因 序列(5→3) 限制性内切酶 来源
1-s
1-as
2-s
2-as
3-s
3-as
4-s
4-as
alsS
ilvC
ilvD
kdcA
GCCTGCGCATGCCACAAAAGCAACAAAAGA
ACGCAGTCGACCTAGAGAGCTTTCG
ACGCAGTCGACAGGAAACAGACCATGGCTAACTACTTCAAT
CGGGATCCTTAACCCGCAACAGCAATAC
CGGGATCCAGGAGATATACCATGCCTAAGTACCGTTC
GCCGAGCTCTTAACCCCCCAGTTTCGATTTATC
GCGAGCTCAGGAAACAGCTATGTATACAGTAGGAG
GCCGAGCTCCTATTTATTTTGCTCAG
Sph I
Sal I
Sal I
BamH I
BamH I
Sac I
Sac I
Sac I
Bacillus subtilis
E. coli BW25113
E. coli BW25113
Lactococcus lactis cremoris
NIZO1157
1. 2 方法
1. 2. 1 基因组 DNA的提取与质粒转化 参考文献
[5]进行操作;DNA 酶切、去磷酸化、连接,质粒酶
切、去磷酸化和连接参照产品说明进行。
1. 2. 2 目的基因的 PCR 扩增 反应程序:94℃ 2
min;94℃ 30 s,54 ℃ t1 min,72 ℃ t2 min,30 个循环;
72℃ 10 min。引物 1 - 4 的退火时间 t1和延伸时间
t2分别是 53℃ 1. 5 min,58℃ 1. 5 min,62℃ 2 min,
59℃ 1. 5 min。用 0. 8%琼脂糖凝胶电泳鉴定 PCR
产物。
1. 2. 3 表达载体 pSTV29-alsS-ilvC-ilvD-kdcA 的构
建 载体构建步骤如图 4 所示。
1. 2. 4 工程菌发酵 将过夜培养的种子液按 1%
接种量接种,37℃、250 r /min 培养,待长至 OD600为
0. 4 - 0. 6 时加入终浓度 1 mmol /L的 IPTG 诱导,在
30℃、250 r /min发酵 24 h。
1. 2. 5 产物测定 仪器:Agilent6890 气相色谱仪。
色谱条件:phenomen ZB-WAXplus 色谱柱;FID
(220℃)检测器;进样口压力为 16. 92 psi;柱箱温
度为 100℃;氢气流量为 30 mL /min;进样量0. 2 "L。
异丁醇出峰时间为 2. 80 min。内标:正丁醇,出峰时
间为 2. 87 min。
2 结果
2. 1 基因扩增
提取枯草杆菌的总 DNA为模板,用引物 1 进行
PCR扩增;提取大肠杆菌的总 DNA 为模板,分别用
引物 2、3 进行 PCR 扩增,提取乳脂乳球菌 NIZO
B1157 的总 DNA为模板,用引物 4 进行 PCR扩增。
用 0. 8%的琼脂糖凝胶电泳检测,分别在 1. 6、1. 7、
1. 5 和 1. 8 kb附近有特异的单一 DNA条带(图 3) ,
均与目的基因片段大小一致,即 alsS、ilvC、ilvD 和
kdcA基因。
M. DNA Marker DL2000;1. alsS基因片段 1. 6 kb;2,3. ilvD
基因片段 1. 5 kb;4,5. ilvC 基因片段 1. 75 kb;6. kdcA 基因
片段 1. 8 kb
图 3 PCR扩增基因片段
2. 2 表达质粒的构建
表达质粒 pSTV29-alsS-ilvC-ilvD-kdcA的多顺反
子系统,按图 4 所示,分别逐步构建。先将 Sal Ⅰ、
BamHⅠ双酶切的 ilvC片段、BamHⅠ、SacⅠ 双酶切
的 ilvD基因片段与用 SalⅠ、SacⅠ双酶切的 pSTV29
进行 3 片段连接,构建表达质粒 pSTV29-ilvC-ilvD。
再将 SphⅠ、SalⅠ双酶切的 alsS基因片段与用 SphⅠ、
SalⅠ双酶切的质粒 pSTV29-ilvC-ilvD 进行连接,构
建表达质粒 pSTV29-alsS-ilvC-ilvD。最后将 SacⅠ酶
切的 kdcA基因片段与经 SacⅠ酶切的质粒 pSTV29-
alsS-ilvC-ilvD进行平端连接,构建表达载体 pSTV29-
alsS-ilvC-ilvD-kdcA。
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2011 年第 8 期 林丽华等:产异丁醇大肠杆菌工程菌的构建
图 4 表达载体 pSTV29-alsS-ilvC-ilvD-kdcA的构建
2. 3 表达载体的鉴定
提取质粒 pSTV29-alsS-ilvC-ilvD-kdcA,进行单
酶切验证,琼脂糖凝胶电泳检测大小正确,约为 9. 7
kb(图 5) ,最后测定序列,测序结果与预期一致,表
明表达载体构建成功。
2. 4 表达质粒的表达
将含表达质粒 pSTV29-alsS-ilvC-ilvD-kdcA的大肠
杆菌菌株接种培养,收集 30℃诱导 20 h后的菌体进行
10%SDS-PAGE。alsS、ilvC、ilvD、kdcA的蛋白质理论分
子大小分别是 62. 1、54. 2、65. 6和 60 kD(图 6)。
2. 5 产物测定
发酵 24 h后,取发酵液上清用高效气相色谱测
定发酵产物,结果(图 7)在异丁醇出峰时间 2. 806
min处有产物峰出现(2. 876 min处为正丁醇标样) ,
表明大肠杆菌工程菌能发酵葡萄糖产异丁醇,产量
为 3 g /L。
M. DNA marker λHind Ⅲ;1. pSTV29-alsS-ilvC-ilvD-kdcA
酶切验证
图 5 表达载体 pSTV29-alsS-ilvC-
ilvD-kdcA的酶切验证
M.蛋白质分子量标准;1. E. coli BW25113;2,3. E. coli BW
25113 (pSTV29-alss-ilvC-ilvD-kdcA)
图 6 工程菌 SDS-PAGE分析
3 讨论
本研究以氨基酸合成途径中所产生的 2-酮酸
作为异丁醇的生物合成前体,在大肠杆菌中过量表
达源于乳脂乳球菌、枯草杆菌和大肠杆菌本身的 4
个基因,构建了新型的产异丁醇的大肠杆菌基因工
程菌,证明了乳脂乳球菌 NIZO1157 的 kdcA 基因能
代谢 2-酮戊酸产异丁醇。
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生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2011 年第 8 期
图 7 工程菌株发酵产物的高效气相色谱
该项研究为国内首次构建产异丁醇的大肠杆菌
基因工程菌,技术路线是对大肠杆菌的缬氨酸合成
途径加以改造,将氨基酸生产途径与 2-酮酸降解途
径相结合生产醇类,而并非采用典型发酵型分解代
谢途径,避免使用生物体中常用来合成醇类的辅酶
A及其中间产物,大规模合成更加“高级”和复杂的
醇类,为生物燃料的生产开辟了一个新的探索方向。
当然在微生物中转入一些原来没有的代谢途径的表
达可能导致代谢失衡,而且异源代谢的产物及中间
产物的积累,可能会导致细胞毒性反应[6 - 8]。利用
基因工程和代谢工程技术,解除了代谢过程中可能
存在的产物或者中间产物等的抑制,提高菌种对异
丁醇的耐受性,并强化异丁醇生产中的关键酶,切断
丙酮、乙醇的生物合成代谢途径,以提高异丁醇在溶
剂中的比例,这些探索必将成为今后研究高产异丁
醇发展的一个方向。
参 考 文 献
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(责任编辑 马鑫)
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