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The design and future of bio-inspired nanomaterials

细胞工厂和生物纳米机器*



全 文 :生命科学
Chinese Bulletin of Life Sciences
第 20卷 第 3期
2008年 6月
Vol. 20, No. 3
Jun., 2008
细胞工厂和生物纳米机器 *
张先恩
(科学技术部基础研究司,北京 100 862)
摘 要:细胞是维持生命活动的基本单元,也是最繁忙的工厂,其内含有无数的纳米机器,它们无
时不刻地作功,而且高度精准、有序协调,以维持正常新陈代谢。本文从纳米生物学角度探讨在细
胞中所发生的事件,总结概述生物纳米机器类型,细胞工厂的组织结构及分工,生物纳米机器的主要
特点,以及研究生物纳米机器的目的。
关键词:纳米生物学;细胞工厂;生物纳米机器
中图分类号:N 3 9;Q 2 4;TB3 8 3  文献标识码:A
文章编号 :1004-0374(2008)03-0364-05
很早以前,学者们就将细胞比喻为“细胞工
厂”,描述它们类似于工厂的能量转化和生产过
程。近年来在纳米科学技术实践中,科学家们制备
出各种纳米材料和结构,获得许多新奇的特性,提
高了人类对介观物理学规律的认识水平,同时大大
激发了人们对制造纳米器件乃至纳米机器的热情。
然而,与天然的生物学元件相比,目前的人工纳米
元件仍然显得十分粗糙。这使得众多的学者开始将
视线转向生物细胞——这些奇妙的天然纳米机器系
统,希望从中得到启发。于是,纳米生物学悄然
兴起,其中涉及较频繁的是生物纳米机器。笔者键
入生物纳米机器相关词条,在科学引文索引(SCI)数
据库检出 600余条,其中近 1/3为近 3年发表;而
搜索Google,符合结果达 3万多条。这一发展态势
促使我们开始认真考虑如何将分子生物学和细胞生
物学与纳米科学技术联系起来,以赋予纳米生物学
实在的内涵。
1 生物纳米机器类型
机器是人类工业社会的产物,机器的发明极大
地提高了人类生产力水平。在机械学领域和大英百
科全书均对机器有严格的定义。简单的机器,如杠
杆、楔子、轴、滑轮等;复杂的机器,如汽车等
(The New Encyclopaedia Britannica, Vol 7, p629,
1993)。然而,活跃的网络百科——维基百科却给
予机器更为灵活的含义:由零件、部件组成的一个
整体,零部件之间有确定的相对运动,用来转换或
利用机械能的机械。( W i k i p e d i a,ht t p : / / w ww .
thefreedictionary.com/machine)。还没有人去定义生
收稿日期:2008-02-25
*原英文报告名:Cell factory and biological nanomachine
通讯作者:E-mail: zhangxe@most.cn
物纳米机器。这里,我们将由分子尺度物质构成
能行使某种加工功能的机器称为分子机器,而生物
分子机器的构成部件是蛋白质、核酸等生物分子,
加之它们的尺寸多为纳米级别,所以又称为纳米生物
机器(nano biological machines),也有称生物大分子机
器(macromolecular machines)、蛋白质机器(protein
machines)等。
细胞内含有无数分子机器。为便于描述,可
从结构和功能层次粗略地将它们分为三大类:酶
类、蛋白复合体和细胞器。
1.1 酶类 根据催化作用原理,国际生物化学与分
子生物学联合会(IUBMB)命名委员会将酶分为 6大
类,已经有编号的达 3 000多种。其中,氧化还原
酶类有 1 100多种,转移酶 450种,水解酶 650种,
裂解酶 300种,连接酶 300种。各种酶都有许多结
构不同、效率不同但功能相同的同功酶。因此,生
物界的多样性也决定了酶的总数巨大。有些酶分子
为单体蛋白,而许多酶本身就是蛋白质复合体。无
论是单体还是复合体形式,只要能进行物质和能量的
转化,都属于“机器”范畴。而且,即使是单分
子酶,其结构也远远比大部分人工机器更为复杂。
1.2 蛋白复合体 它们通常由多种不同源的蛋白质
通过相互作用构成,协同完成复杂且十分重要的生
物学过程。最熟知的如 ATP酶(分子马达)、细菌
365第3期 张先恩:细胞工厂和生物纳米机器
鞭毛(螺旋推进器)、DNA聚合酶系统(DNA复制机
器)、RNA聚合酶(DNA转录机器)、核糖体(蛋白质
翻译机器)、DNA错配修复系统、蛋白质转运机器
等。
1.3 细胞器 它们是分布在细胞原生质中的更为复
杂的功能结构单元,包括原生质膜、细胞核、内
质网、高尔基体、核糖体、线粒体、溶酶体、叶
绿体、囊泡、细胞骨架等。
2 细胞工厂的组织结构及分工
作为新陈代谢最基本的结构和功能单位,细胞
工厂含有各种各样的纳米机器。它们以生物化学的
形式发生联系并相互作用,有机地、协调地、高
效地、不停息地工作,进行物质和能量的转化,维
持细胞和个体生命活动。
为什么细胞工厂如此繁忙地做功?热力学第二
定律告诉我们,在一个封闭系统中,所有物质都倾
向于无序状态,即能量趋于均匀分布(即熵增原
理)。曾经有观点认为细胞不服从热力学第二定
律,理由是细胞在其生活周期中总是处在高度有序
状态,其能量密度是不均匀的(熵值小)。但细胞是
一个开放系统,它不断与环境进行物质和能量的交
换,通过细胞做功,来完成一系列复杂的生物化学
反应,维持生命活动。一旦由于某种原因,细胞
与外界的物质与能量的交换停止,细胞内部的各种
机器也就会逐渐降解。
细胞工厂结构十分复杂,如果我们能够描绘单
个细胞的纳米机器网络,其复杂程度可以与全世界
的英特网或网格相比。以下仅对各种细胞器的分工
进行描述。
细胞核是细胞工厂的管理中心、调度室。植
物细胞核的直径通常在1- 4µm左右,动物为10µm。
细胞核储存遗传信息、管理细胞工厂,调控几乎所
有的重大细胞活动。细胞核中的核仁是核物质密度
最高的区域,其精细结构和功能还不十分清楚,是
现代细胞生物学的研究热点。
原生质膜好比细胞工厂的围墙和运输通道,厚
6- 10nm,具有三个功能:将细胞物质局限在一
定的空间;调节物质进出细胞;细胞与外部环境
的通讯。
原生质是细胞工厂内场地,含有各种细胞结
构,是大多数细胞活动的场所,如组装、修饰、
完工和运输等。
细胞骨架是细胞工厂设施的支撑结构和内部运
输通道,为蛋白纤维网络结构,包括微丝、微管和
中间纤维,直径分别为 7nm、10nm和 22- 25nm。
微丝又称肌动蛋白纤维,与它的结合蛋白以及肌球
蛋白三者构成化学机械系统,利用化学能产生机械
运动,使细胞能够运动和收缩;中间纤维是最稳定
的细胞骨架成分,它主要起支撑作用。微管具有两
个基本功能:一是支架作用;二是起细胞内物质
运输的路轨作用。与微管结合而起运输作用的马达
蛋白有两大类:驱动蛋白 kinesin、动力蛋白 dynein,
两者均需 ATP提供能量。
内质网厚约 5- 6µm,与各细胞器膜形成一个
隔离于细胞质基质的管道及网状膜系统,为细胞工
厂提供大量的场地面积,并具有运输化学物质的功
能。其中,粗面内质网是核糖体的工作场所;光
滑面型内质网所占比例较少,但功能较复杂,与脂
类、糖类代谢有关。
线粒体号称细胞的动力车间,直径0.5- 1.0µm,
两层膜包被, 内膜向内折叠形成嵴, 其上承载呼吸链
酶系及ATP酶复合体。基质内含有参与三羧酸循环
的全部酶类。这些反应系统协同工作,为细胞提供
通用能量 ATP。
叶绿体是绿色植物细胞的能量转换车间,直径
约 5m,结构复杂,其中含有两个光和作用系统(PSI
和 PSII)和暗反应系统(C3和 C4途径)。这几个机器
系统之间的偶联运转,使绿色植物完成自然界最高
效率的光 -电 -化学能的转换,以及从CO2至贮藏能
量的碳水化合物的转换。
核糖体是蛋白质生产装配车间,直径 2 2 —
25nm,为蛋白复合体,通过接受mRNA的遗传信
息,在一系列辅助因子和酶的作用下,合成细胞所
需要的蛋白质。为了满足蛋白质的大量生产,需要
多条装配线同时开工,因此,常常可以看到在一条
mRNA链上结合了多个核糖体,它们在进行同步作
业。
高尔基体是蛋白质的加工、分类和包装车间,
直径约 0.2- 0.5um,膜厚 7.5nm,含有多种酶类。
核糖体新合成的蛋白质,在此进行各种各样的修饰
(如蛋白质N端或 C端切除、糖基化修饰等)以后才
具有生物学活性,然后被分门别类地送到细胞特定
的部位或分泌到细胞外。
溶酶体直径 200- 500nm,单层膜围绕,内
含多种酸性水解酶类,也有多种功能:(1)消化通
过细胞吞噬的大颗粒异物,起到防御作用;(2 )来
366 生命科学 第20卷
料加工车间,对细胞吞噬的大颗粒营养物质进行水
解,以资利用;(3)清洁车间,通过自体吞噬,清
除细胞中废弃的生物机器组件,包括生物大分子和
衰老的细胞器等。
囊泡是细胞工厂内部运载车,直径 70- 200nm,
产生于内质网膜、高尔基体或原生质膜。承载高尔
基体等器官加工过的物质,在马达蛋白的驱动下,
沿微管运行,将成品运抵细胞内特定区域,或分泌
至细胞外。真核细胞通过内吞作用和外排作用完成
颗粒性物质的跨膜运输,其间,囊泡膜与原生质膜
融合,完成物质运输传递。
3 生物纳米机器的主要特点
自此,我们已经了解到生物纳米机器是有机组
成、种类多样的纳米功能结构。与传统的人造机器相
比,生物纳米机器还一些重要的特点,现概述如下。
3.1 自组装(self assembling) 所谓自组装是各种模
块(building block)分子之间通过弱的相互作用力(范德
华力、氢键等)装配成复杂、有序的高级结构。所
有的生物机器,从 DNA和蛋白质的二级结构、三
级结构、四级结构到各种复合体乃至每种细胞器,
都是通过自组装形成的,这几乎令人不可思议。自
组装的奇特甚至体现在塑造形成各种组织、器官、
系统和生命个体。
我们目前还不知道细胞如何如此高度精确、重
复地完成自组装。单单从化学角度,涉及到两个原
理。一个类似于“相似相溶”原理,即相似分子
之间的极性基团更容易彼此靠近,非极性基团之间
也如此。在这种疏水和亲水作用的趋势下,细胞自
动形成了双脂层细胞膜和其他膜系统;另一个原理
就是受控于热力学有利反应(energetically favorable
reactions),即反应过程中自由能降低,形成稳定
的分子结构。
但生物分子之间的自组装远比化学解释更为复
杂,除了化学过程以外,许多生物分子参与了特定
过程的自组装,例如分子伴侣,它们常常在蛋白质
翻译后折叠成高级结构中发挥重要作用;又如,为
了节约空间,某些细胞器以高度压缩的形式存在,
例如,人的染色体中 DNA分子储存了海量遗传信
息,若伸展开来的长度平均约为 4cm,而经过一系
列的超螺旋、缠绕、折叠过程,染色体被压缩了
数千倍,只有 6- 7微米长。染色体压缩(或包装)
的机制知之甚少,目前只知道几种蛋白质参与了压
缩过程的不同阶段。
此外,细胞内的自组装是十分有序的,如果
过程出错,可以得到纠正,或者被清除(这种现象
在病毒利用宿主细胞机器进行包装时较为常见)。
许多自组装的过程是可逆的。仍以染色体为例,在
需要复制时,必须将压缩的染色体打开,这个任务
由拓扑异构酶为主来完成。
自组装原理已经开始应用于纳米结构的制备,
例如,利用自组装成膜,制备导电、电致发光、
光 -电转换等膜结构。但由于自组装的装配力非常
之小,模块分子有可能被陷于非期望的构象并形成
缺陷,这是很难避免的。任何基于自组装的系统必
须要克服这个缺陷,或者能够加以修复[1]。这如同
DNA复制,其过程中总会偶尔插入错误碱基,DNA
修复机器会对新合成的DNA链进行扫描,及时发现
错误并加以修复。
3.2 自指导(self directed) 与细胞钟(cellular clock)
作为一个细胞工厂,必须有一个指挥调度中心,控
制信息流和物流以及每道工序的加工,最终决定细
胞本身的生长、分化和凋亡。一旦“决策”失误,
构建生物体组织的结构严谨性将受到破坏,导致细
胞病变。细胞的信息流来自于细胞内外,极其纷繁
复杂。要对它们进行筛选分析,从而做出正确的决
策。人类对于细胞的决策机制还不甚了解,对调度
中心部位也不能十分肯定,但研究表明,在细胞核
深处,隐藏着细胞钟(cellular clock)。还有一种观
点认为在细胞中不同的细胞器也有自己的节律,因
此存在多个钟。
细胞钟精确地运转,决定细胞的正常生长和分
裂。已经发现了两类细胞钟的齿轮和棘轮:细胞周
期蛋白(cyclin)和细胞周期蛋白依赖激酶(CDK)。细
胞周期蛋白被广泛研究,已经发表了数万篇相关论
文。细胞周期蛋白浓度呈现周期振荡,已经知道几
种细胞周期蛋白启动DNA复制和细胞有丝分裂 [2]。
CDK是蛋白质激酶家族中的一员,通过与周期蛋白
的结合来调控细胞周期节律。不同的 CDK-周期蛋
白复合物使特异的靶蛋白质磷酸化,使它们活化或
钝化,控制细胞周期中的不同进程;而 CDK的行
为又受细胞周期蛋白的控制,若无后者,或有CDK
抑制物存在时,CDK即不表现活性。如果没有细
胞周期蛋白和CDK的合作,细胞工厂将会停工,进
入休眠期。然而,这两类蛋白只不过是细胞钟内的
部件,又有许多蛋白,如肿瘤抑制因子[ 3]、转录
因子[4],它们受到更高层的指派,来控制细胞周期
367第3期 张先恩:细胞工厂和生物纳米机器
蛋白 -CDK的联合行动。近期研究表明,mPER2蛋
白及其mRNA浓度振荡与细胞钟摆速度有关[5]。是
否存在其他细胞钟调控机制,目前还不能肯定。
3.3 高效率(high efficiency) 细胞工厂的效率可以
用一堆数字表示。例如,酶分子的酶催化效率可用
转换数(turnover number)来表示。转换数是指底物
浓度足够大时,每分钟每个酶分子能转换底物的分
子数,即催化底物生成产物的分子数。大部分酶的
转换数在 103左右,高的可达 106以上,远比化学
催化剂和人工模拟酶高,如过氧化氢酶每分钟能催
化 5×106 mol/L的H2O2分解,效率是化学催化剂Fe2+
1010倍。采用分子印迹制备的模拟酶和人工合成的
抗体酶,催化速度只有 102—103,远远低于天然
酶。在大肠杆菌细胞中,DNA复制机器每秒钟能
够合成 1 000个核苷酸。人体细胞中DNA复制速度
较慢,为 50bp/s,为此,细胞允许DNA复制机器
在染色体上多点启动复制,以保证高的合成速度。
3.4 高可靠性(high fidelity) 最说明问题的是DNA
复制。DNA复制的忠实性问题会影响到蛋白质翻译
的精确性。忠实性取决于DNA复制机器的精度,或
称保真度。基因组稳定性至少源于三道防线:(1 )
DNA双链碱基特异性配对,但每个碱基仍然有 10-3
的机率会发生错配。 (2)DNA多聚酶本身具有校读
(proof reading)功能,以大肠杆菌多聚酶 I为例,该
酶有一个沟槽,宽约 2.0—2.4 nm,深约 2.5—3.0 nm,
刚好容纳一条DNA双链,在合成DNA过程中,即
使有错误的碱基偶然进入,由于不能形成正确的氢
键,使双螺旋发生形变,直径加大,DNA不再能
在沟中向前滑动,只有倒退,错误碱基正在位于酶
的 3→ 5外切活性功能域,因此被切除。“障碍”
排除后,DNA继续向前移动,合成新链。不同来
源的DNA多聚酶的保真度各异,参与DNA复制的
DNA多聚酶通常具有校读功能,它们的碱基掺入错
误率范围为10-6-10-8,而某些没有校读功能的DNA
多聚酶的错误率可高达 10-1- 10-3 [6]。 (3)依赖错
配修复系统。即使是高保真的DNA多聚酶,其合
成的DNA仍然会有极少数的碱基错配发生,此时细
胞会调动错配修复系统,对错配部位进行甄检识
别,并通过复杂的机制将错误碱基切除并重新合成
正确的碱基。经过这三道工序,新合成的 DNA双
链含有错误碱基的机率只有 10-8-10-10,这就是细胞
内 DNA复制过程中的系统误差[7 , 8]。按照这个计
算,如果一个基因组小于 10 7(如大肠杆菌、病毒
等),其DNA复制的错误几率为零!相比之下,目
前人工机器的误差为 10-2—10-3水平。
3.5 柔性(flexible) 生物分子的结构与功能密切相
关。酶分子具有十分复杂的高级结构,其结构高度
有序,称为刚性(rigid),但发生催化反应时又充分
展示其柔性(flexible)。换言之,当酶分子行使功能
时,分子某些部位(或基团)会发生移动,定义为构
象变化。借助于结构分析技术和计算机模拟,可以
对酶结构进行动态分析。
蛋白质分子表面基团的移动与功能密切相关。
鉴别蛋白质刚性和柔性部位便能得悉哪些基团可能
参与反应。通常通过高分辨三维X射线结构的B值
来测定基团的移动性,也可能通过蛋白质的一级结
构(氨基酸序列)来预测B值,在此基础上推测柔性
范围[9]。以 T7 RNA多聚酶为例,在以 DNA为模
板合成 RNA的过程中,RNA多聚酶的构象从起始
阶段到链延伸阶段发生了很大变化。构象转变过程
其N-端部分发生重折叠和大量位移,为 7个碱基长
的mRNA链打开一个出口通道,否则合成将受阻,
酶蛋白的其他部分变化则相对较小。通过 T7 RNA
多聚酶起始态与延伸态的三维晶体结构比较(pdb-
1qln和 pdb-1msw),活动部位的均方根偏差(root
mean square deviation, RMSD)为 18%[10]。
3.6 化学能驱动 供人类使用的能源有多种,但最
后都转变为电,作为驱动、照明、取暖等的通用
能源。细胞的能源是化学能,来自于各种碳水化合
物(葡萄糖、糖元、淀粉、脂肪、氨基酸、脂肪
酸等),但这些营养物质所包含的能量都不能直接作
为细胞能源使用。为了解决这一难题,经过长期的
自然进化,细胞找到了一种巧妙的方式,即将有机
营养物逐步分解,释放的能量储存到三磷酸腺苷分
子(ATP)中。ATP是高能化合物分子,能够作为细
胞的直接能源,参加到各种需要消耗能源的生物过
程,如生物合成反应、机械运动、物质运输、信
息传递等。这一原理在生物界具有普适性,使ATP
成为细胞新陈代谢的“能量通用货币”。对动物而
言,产生ATP的途径是氧化磷酸化,即细胞呼吸作
用,主要发生场所是线粒体,以葡萄糖为原料,酶
分子葡萄糖的 ATP产率为 36—38;对植物而言,
产生ATP的过程包括氧化磷酸化(呼吸作用)和光合磷
酸化(光合作用),分别发生在线粒体和叶绿体。
3.7 分子调控  一个现代化的工厂装备有成套的仪
器仪表和传感器,对生产过程进行监测,并通过执
368 生命科学 第20卷
行机器对生产过程进行反馈调节。而生物机器的运
行调控,虽然机理十分复杂,但也少不了各种分子
传感器和分子执行器的参与。
酶的调控分为两种类型。一种是催化活力水平
调控,包括被其他分子进行非共价或共价修饰,导
致酶分子构象在高活性态与低活性态之间变化,或
失活或被激活;另一种是酶量的控制,即基因转录
水平的调控或RNA翻译阶段的调控,使得细胞中的
酶含量被调节在合适的水平。有些酶在细胞内的表
达水平明显受底物的诱导,这类酶又称为“诱导
酶”,即当没有酶的底物存在时,细胞无须产生这
种酶,是细胞的一种节能措施。另外一个经典的例
子是大肠杆菌的乳糖操纵子模型。当有乳糖存在
时,乳糖被酶作用生成异乳糖,异乳糖与阻遏蛋白
结合并使其失去对启动基因的阻遏作用,结果结构
基因被活化,转录出mRNA,继而翻译表达产生 β-
半乳糖苷酶,该酶进而催化分解乳糖为半乳糖和葡
萄糖,乳糖被分解后,又造成了阻遏蛋白与操纵基
因结合,使结构基因关闭。
基因表达调控一直是分子生物学的研究重点和
难点,它与所有重大的生物学过程息息相关,如细
胞周期、细胞分化、细胞凋亡等。一旦因为基因
突变或出现抑制因子使传感分子失灵,调控就失
败,细胞便进入非正常状态。在这方面,近年来
出现一些重大进展,如许多非编码RNA对染色体结
构形成、基因转录、RNA编辑等过程具有调控作
用[11, 12],根据这些发现,有学者推测细胞中存在双
色调控网络[13] ;向细胞导入 4种转录因子可以调控
人皮肤细胞的基因表达情况,从而使其回到处于胚
胎干细胞时期的状态[14-17]。
4 研究生物纳米机器的目的
研究纳米生物机器至少有三个方面的意义:(1)
通过交叉学科手段和视野,导致更多的生物学发
现;(2)深入认识蛋白质分子机器的结构与功能及工
作原理,开发生物分子机器(人们已经构建了一些
简单的生物器件如DNA编织构件、细胞膜分子穿孔
器、分子传感器等) ;(3)促进仿生学发展,“奇妙
的生物系统尽干些奇妙的事,且都是在纳米尺度
上,这就是我们所需要的”[ 1 8 ]。
生物纳米机器离我们有多远?由于研究手段的
局限,至今,我们对它们还了解甚少。此外,纳
米生物机器本身的一些固有缺陷(如体外稳定性差,
工作寿命较短)和操纵困难,也常常让人却步。物
理学、化学、材料学和信息科学领域的专家与生物
学家一道工作,也许会找到新的思路。
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