全 文 :生命科学
Chinese Bulletin of Life Sciences
第 19卷 第 2期
2007年 4月
Vol. 19, No. 2
Apr., 2007
dsRNA介导植物基因沉默及其应用
曾晓珊1,2,戴良英1,3*,刘雄伦1,2,王国梁1,4*
(1 湖南农业大学水稻基因组学实验室,长沙 410128;2 湖南农业大学农学院,长沙 410128;
3湖南农业大学生物安全科技学院,长沙 410128;4美国俄亥俄州立大学植物病理系,哥伦布 俄亥俄 43210)
摘 要:植物双链 RNA (double stranded RNA,dsRNA)能有效干扰同源基因的表达,近年来已成为功
能基因组学研究上的新方法。本文综述了植物 dsR NA 介导的转基因沉默现象及其特点、分子作用机
制、主要介导方法,以及近年来在植物功能基因组学研究上的应用情况。
关键词:RNA干扰; 转基因沉默; 双链 RNA
中图分类号:Q943.2 文献标识码:A
Principles and applications of dsRNA- mediated gene silencing in plant
ZENG Xiaoshan1,2 , DAI Liangying1,3*, LIU Xionglun1,2 , WANG Guoliang1,4*
(1The Rice Genomics Laboratory, Hunan Agricultural University, Changsha 410128,China; 2 The Agronomy College,
Hunan Agricultural University, Changsha 410128,China; 3 The College of Bio-safety Science and Technology,
Hunan Agricultural University, Changsha 410128,China; 4 Department of Plant Pathology,
Ohio State University, Columbus, Ohio 43210,USA )
Abstract: RNA interference(RNAi) is a homology-dependent gene silencing technology. The double-stranded
RNA (dsRNA) can target the coding or promoter region of a gene directly. Using hairpin structures (hpRNA),
double-stranded RNA can be expressed in plants relatively easily, enabling this technology to be applied to a
wide range of species to silence the gene expression. In this review, we will discuss the principles, approaches
and applications of the dsRNA-mediated gene silencing technique for plant gene functional analysis.
Key words: RNAi; gene silencing; dsRNA
随着模式植物拟南芥、水稻等基因组测序的基
本完成,基因功能的注释、基因的表达调控和改
造,以及基因间的相互关系将成为人们研究的热
点。RNA干扰(RNA interference, RNAi)[1]是普遍存
在于动物和植物界的一种防御反应。运用 RNAi来
诱导基因表达的沉默,并制备基因功能缺失表型,
已成为一种简单、高效、大规模、高通量的功能
基因组学研究的有效的新方法。许多综述描述了
文章编号 :1004-0374(2007)02-0132-07
收稿日期:2006-10-18;修回日期:2007-01-09
基金项目:国家重点基础研究发展计划(2006CB101904) ;国家自然科学资金资助项目(30571063,30470990) ;湖
南农业大学“芙蓉学者”计划;湖南省杰出青年基金(06JJ10006) ;湖南省教育厅科学研究重点项目(04A024)
作者简介:曾晓珊(1 97 7 —),女,博士研究生;戴良英(1 96 2 —),男,博士,教授,博士生导师,* 通讯作者,
Tel: 0731-4638424,E-mail: daily@hunau.net;王国梁(1961—),男,博士,教授,博士生导师,* 通讯作者,
E-mail: wang620@osu.edu
RNA干扰作用[1-4],本文对双链RNA(double stranded
RNA, dsRNA)介导的基因沉默特点、主要介导方
法,及其在植物功能基因组上的应用作综述。
1 植物中转基因沉默
科学家们最早在矮牵牛[5]和脉孢菌[6](Neurospora
crassa)中发现了 dsRNA诱导的 RNA沉默现象。
Napoli等[5]设想将一种催生红色素的基因插入到矮牵
牛中,试图加深花朵的颜色,结果发现转基因的牵
133第2期 曾晓珊,等:dsR NA介导植物基因沉默及其应用
牛花不仅没有新基因的表达,且原色素基因表达也
受到抑制,表现出完全褪色,花瓣也完全变成了白
色。这种导入的外源基因与其同源的基因同时都被
抑制的现象,称共抑制(co-suppression)。
Timmons等[7]和 Fire等[8]通过实验发现:将反
义 R N A 和正义 R N A 同时注射到秀丽隐杆线虫
(Caenorhabditis elegans)比单独注射反义RNA诱导基
因沉默的效率高 10倍,并推断:dsRNA触发了高效
的基因沉默机制,极大降低了靶mRNA水平[8]。
2 dsRNA介导植物基因沉默的分子机制
通过生化和遗传学手段,dsRNA介导植物基因
沉默机制已得到较为清晰的阐述[9]。
核糖核酸酶(Ribonuclease RNA, RNase) III 家族
中具有特异识别双链 RNA的 dicer酶[10],在ATP存
在的情况下,逐步切割由外源导入或者由转基因、
病毒感染等各种方式引入的 dsRNA,并将 RNA降
解为 19- 23bp的双链小分子干扰 RNA(small inter-
fering RNA,siRNA)[11]。siRNA双链结构解旋并与
蛋白质形成蛋白-RNA诱导沉默复合物(RNA-induced
silencing complex,RISC)。RISC在一个ATP的作
用下被激活。激活的 RISC通过碱基配对定位到同
源mRNA上,并在距离 siRNA 3端 12个碱基的位
置切割mRNA[12-13]。
3 dsRNA介导植物基因沉默的特点
RNAi普遍存在于动物和植物界中,具有特异、
稳定、高效、不改变基因组的遗传组成等特性,且
参与该过程的许多基因具有高度保守性。相对于动
物,植物中 dsRNA介导的基因沉默具有下述特点:
3.1 外源基因转入植物时可造成植物内源性同源基
因沉默 多拷贝转基因植物中得到的野生型回复突
变体(revertant),表现为外源和内源基因共抑制[14]。
这在对携带两个重复拷贝查耳酮合成酶(Chs)基因的
转基因矮牵牛花的研究中已有报道[15]。除了完全共
抑制(白色)和完全共表达(全色),根据花瓣形态可
以区分 4种不同特征的花色模式,还发现每一种状
态都可以通过有性传递,而且是可逆的,并能转变
成不同状态[16-17]。彭昊等[18]的研究结果也表明RNAi
系统有效地抑制水稻中外源和内源基因的表达。
3.2 dsRNA介导的植物RNAi对特异同源目的基因
具有阻抑作用 植物共抑制现象和动物(线虫、果
蝇等)RNAi有一些共同点:外源 dsRNA诱导线虫、
果蝇等细胞内同源靶基因的阻抑,dsRNA也造成植
物中同源基因的沉默。这说明两者都是 RNA介导,
对生物体特异同源目的基因具有阻抑作用。目前已
将植物中 RNAi的这一特点应用于水稻、拟南芥等
基因的功能鉴定。
3.3 dsRNA介导的植物 RNAi可发生在转录水平,
也可发生在转录后水平 对于部分转基因植物来说,
基因沉默可能是因为特异基因的甲基化而引起,即
转录水平基因沉默(transcriptional gene silencing,
TGS)。Kumpatla等[19]在将 bar基因导入水稻的实验
中,发现 bar基因在转录水平上发生了沉默。Kohli
等[20]和Fu等[21]在用基因枪法获得转基因水稻中也发
现了类似的现象,同时发现沉默原因是由于外源基
因本身及其启动子Ubil发生甲基化引起的。此外,
Fu等[21]的研究还表明部分植物中dsRNA介导的基因
沉默亦可在转录后发生,即转录后水平基因沉默
(post-transcriptional gene silencing,PTGS)。马中
良等 [ 2 2 ]通过农杆菌介导转化水稻,结果亦表明
dsRNA在转基因水稻中能高效诱导转录后基因沉默
的发生。
3.4 植物中 RNAi的沉默状态能通过植物大分子运
输系统进行系统扩散 Voinnet等[17]的研究证实:
dsRNA可由植物韧皮部扩散至整个植株体,RNA分
子如同一个造成共抑制状态的可移动媒介物。
Palauqui等[23]进一步研究表明,在植物中出现转基
因沉默的植株嫁接到另一没有基因沉默的转基因植
株中同样可以导致 PTGS,但对非转基因植株却无
效。而这一特性在动物中并未有相关报道。
4 RNAi主要介导方法
植物中RNAi介导方法主要包括正义RNA介导
的共抑制、反义 RNA介导的基因抑制、病毒介导
的基因沉默(virus induced gene silencing, VIGS)和发
夹式RNA (hairpin RNA, hpRNA)介导的基因沉默。
正义RNA介导是指特定mRNA的单链片段转入植物
体后能引起的同源基因表达降低。反义RNA指将与
特定mRNA互补的单链序列片段导入生物体。植物
中正义 RNA和反义 RNA介导的沉默效率不高,在
植物基因功能鉴定方面的相关报道并不多。VIGS
和 hpRNA介导的基因沉默在植物基因功能鉴定中各
有所长。因此,VIGS和 hpRNA是植物 RNAi主要
介导方法。
4.1 病毒介导法 VIGS是利用病毒将目的基因序列
引入寄主植物。Guo和Kempheus[24]发现转基因病毒
可以编码具有沉默功能的基因片断,并在复制过程
中产生 dsRNA,且不需要产生能够稳定表达沉默结
134 生命科学 第19卷
构的转化植株后代,在大规模基因功能研究方面具
有优势,但VIGS不能稳定遗传,在植物基因功能
鉴定中的应用有所局限。
4.2 hpRNA介导法 hpRNA介导的基因沉默,在
近年来的植物基因改良、功能鉴定等方面得到了广
泛应用。hpRNA载体设计了靶基因反向重复片段。
h pR N A 载体导入植物体后,在转录过程中产生
mRNA发卡结构,发卡茎部形成稳定的dsRNA诱导
同源的内源基因沉默。Waterhouse和Helliwell[25]将
这种hpRNA载体进行植物转化,产生了自我互补的
dsRNA,并发现这种结构比单独正义或反义基因片
断转化能更有效地抑制基因表达。Smith等[26]的研
究亦表明这种载体所产生的沉默效率可达 100%。
Wesley等[27]对此进行了深入的比较研究,其结果表
明长度为 98- 853bp靶基因反向重复片段能够高效
地导致沉默。目前,构建 hpRNA高效克隆和表达
载体,并用于植物特定基因功能鉴定及表达调控是
RNAi技术应用研究的热点之一。
hpRNA载体构建为PTGS应用提供了高效的技术
保障。Wesley等[27]构建的高通量载体 pHELLSGATE
(EMBL Acc Nos:AJ311874)含有 Gateway TM克隆
体系的 2个重组位点 attP1和 attP2,两组重组位点
在内含子片段两侧反向连接,因而便于利用体外重
组酶体系通过一步反应将含有 attB1和 attB2位点的
PCR产物克隆到pHELLSGATE载体上,为大规模植
物基因组功能研究提供便利。
Miki等[28]在此基础上构建了适用于水稻基因功
能鉴定的载体。我们在试验过程中,应用了此方法
构建了 hpRNA载体,并成功将目的基因导入水稻
中,干扰效率达 95%以上(待发表)。其过程如图1所
示。构建中启动子为pUbq,目的基因构建于pENTR/
D-TOPO克隆载体的 attL1和 attL2重组位点上,两
组重组位点在内含子(gus基因)片段两侧反向连接,
通过一步反应将含有 attB1和 attB2位点及目的基因
的 PCR产物连接到 pANDA载体上。
5 RNAi在植物功能基因组学研究中的应用
除了对RNAi的产生机制及生物学功能研究外,
人们更关心的是它广泛的应用前景。在水稻、拟南
芥等的基因组测序完成后,分子生物学研究进入功
能基因组学和后基因组学时代。人们研究的重点放
在基因的功能注释,基因的表达调控与改造以及基
因互作研究上。RNAi为大规模研究基因功能提供
了一个高效、便捷的平台。
5.1 RNAi在植物花色、花器官形成研究上的应
用 RNAi最早被应用于植物花色及花器官形成的研
究中。植物中影响花色及花器官形成的部分基因如
表 1 所示。
Napoli等[5]最早发现植物中RNAi。随后的研究
表明,转 Chs基因的矮牵牛花,其花色除了完全共
抑制(白色)和完全共表达(全色),根据花瓣形态还
图1 RNAi载体构建过程
135第2期 曾晓珊,等:dsR NA介导植物基因沉默及其应用
有 4种不同特征的花色模式[15]。
在水稻中,Xiao等[29]、Prasad和Vijoyraghavan[30]
利用RNAi分别对水稻OsMADS16、OsMADS2基因
功能进行了分析,发现OsMADS16能控制水稻花器
官的第二、三轮的发育,OsMADS2基因被抑制的
植株,其花器官形态有明显改变。
Nishihara等[31]抑制了烟草中CHI的表达,证实
CHI基因与花色的形成有关。
在油菜中,Byzova等[32]的研究结果表明,抑
制 BPI基因能减少含油种子油菜的花瓣数,并使光
合作用提高,促进了油菜籽含油量的积累。
5.2 RNAi在植物代谢途径中的应用 植物代谢中应
用 RNAi技术抑制相关基因的表达,可特异地降低
某些物质的积累,提高农作物的品质。RNAi技术
表1 RNAi在植物花色及花器官形成研究上的应用
基 因 功能 植物
查耳酮合成酶基因(chalcone synthase,CHs) 花色 矮牵牛
MADS-box基因家族中与水稻无花瓣基因(Apetala3,AP3)同源, 控制水稻花器官的第二、 水稻
(a rice AP3 homologue gene of MADS-box gene family, OsMADS16) 三轮的发育
MADS-box基因家族中类雌蕊 /球蛋白基因(one of the rice PISTILLATA(PI)/ 花器官形态的明显改变 水稻
GLOBOSA(GLO)-like genes of MADS-box gene family, OsMADS2)
查尔酮异构酶基因(Chalcone isomerase gene,CHI) 花色 烟草
油菜雌蕊基因(B.napus PISTILLATA,BPI) 减少或缺少花瓣,能控制 含油种子
植物花色基因的表达 油菜
表2 RNAi在植物代谢途径中应用
基 因 功 能 植 物
硬脂酸脱氢酶基因(stearyol-ACP∆9 desaturase gene, ghSAD-1) 提高种子油硬脂酸含量 棉花
油酸脱饱和酶基因(oleic acid desaturase gene,ghFAD2-1) 提高种子油酸含量 棉花
淀粉分支酶基因(starch branching enzymes gene,SBE) 影响玉米品质 玉米
去黄化基因(de-etiolated,DET1) 提高类胡萝卜素和类黄酮的含量 西红柿
1-环氨基丙烷 -1-羧酸酯氧化酶基因(1-aminicycle propane - 降低对乙烯灵敏性 西红柿
1-carboxylate oxidase gene,ACC)
砷酸盐类还原酶基因(arsenate reductase gene,ACR2) 促进砷的吸收 拟南芥
可待因还原酶基因(codeine reductase gene,COR) 产生无麻醉的植物次生代谢物 罂粟
黑麦草花粉蛋白基因(ryegrass pollen proteins, Lol p1、Lol p2) 过敏症 黑麦草
在部分农作物的应用如表 2所示。
在棉花研究上,Liu等[33]通过抑制脂肪酸生物
合成途径中两个关键酶基因ghSAD-1和ghFAD2-1的
表达,分别提高了种子油硬脂酸和油酸的含量,棉籽
油成分含量变化,并可获得无需氢化、可食用的油。
直链淀粉是造成水稻、玉米食用品质差的主要
原因之一。柴晓杰等[34]将克隆的玉米 SBE构建高效
的 RNAi表达体系,导入玉米中,发现转化植株内
源 S BE 的 mR NA 含量下降,直链淀粉含量增至
50%,说明 SBE控制着玉米支链淀粉的合成。如果
利用 RNAi技术,构建 SBE的超表达载体,再导入
玉米中,是否会提高支链淀粉的含量,进而改良玉
米品质,有待进一步研究。
番茄是人们喜爱的食物。如何提高番茄品质及
延长贮存时间一直是研究的热点。Davuluri等[35]利
用 hpRNA构建转入番茄中特异地抑制了DET1基因
的表达,并发现类胡萝卜素和类黄酮的含量提高,
说明类胡萝卜素和类黄酮的合成、积累受DET1基
因的控制。这样,应用 RNAi 技术,可在不影响
番茄的其他品质的条件下,使番茄更有利于人类的
健康。此外, Xiong等[36]的研究发现,抑制ACC氧
化酶的活性,可以降低番茄对乙烯的敏感性,从而延
缓了果实的成熟衰老进程,延长番茄的贮存时间。
在生物修复被重金属污染的土壤这一研究领
域,也可应用RNAi技术。Dhankher等[37]利用hpRNA
构建,成功抑制了拟南芥ACR2的表达。转基因植
株砷酸盐还原酶失活,对砷的耐性增强;且地上部
茎中砷的累积量是根的累积量的 10- 16倍,这样便
136 生命科学 第19卷
于收获处理。如果将这一技术应用于其他的重金属,
对植物修复、清除土壤的重金属污染有重要意义。
降低或除去部分植物的次生代谢物,不仅可提
高品质,增强口感,还具有一定的社会意义。Allen
等[38]构建了含有多个基因 cDNA序列的 hpRNA载
体,并成功地使罂粟中 COR基因沉默,阻断了可
待因生物合成的上游途径,获得了无麻醉的罂粟。
Petrovskal等[39]通过抑制 Lol p1和 Lol p2基因的表
达,获得了不引起过敏症的黑麦草。
5.3 RNAi在植物抗病研究中的应用 RNAi具有抵
抗病毒入侵,抑制转座子活动等作用,因此可利用
RNAi产生抗病毒的植物,及利用不同病毒转录序
列中高度同源区段相应的 dsRNA抵抗多种病毒。
植物dsRNA病毒基因组方面的研究,Waterhouse
等[40]首次将马铃薯Y病毒(Potato virus Y, PVY)的辅
助因子蛋白(Helper-component proteinase,HC-Pro)
基因分别正向或反向转入马铃薯,结果发现其后代
对 PVY 产生抗性或具有免疫作用;在对 PVY有免
疫作用的植株中,44%- 54%的细胞中同时含有正
义和反义 RNA(即 dsRNA)。在其他病毒的相关研究
表3 RNAi技术在植物抗病研究中的应用
病毒名称 效果 受体植物 文献
马铃薯Y病毒(Potato virus Y, PVY) 免疫 马铃薯 [40]
绿豆黄花花叶病毒(Mungbean yellow mosaic India virus, MYMIV) 感染后,可恢复 绿豆 [41]
非洲木薯花叶病毒(African cassava mosaic virus, ACMV) 减少病毒积累量 烟草 [42]
番茄黄化卷叶撒丁病毒(Tomato yellow leaf curl Sardinia virus) 抗性较弱 番茄 [43]
辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus, PMMoV) 阻断病毒的感染 烟草 [44]
烟草蚀纹病毒(Tobacco etch virus, TEV) 无特殊病毒感染症状 烟草 [44]
苜蓿花叶病毒(Alfalfa mosaic virus, AMV) 感染后,可恢复 烟草 [44]
甜菜坏死黄脉病毒(Beet necrotic yellow vein virus, BNYVV) 耐感染 烟草 [45]
烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus, TMV) 抑制 TMV的复制 烟草 [46]
水稻矮缩病毒(Rice dwarf virus, RDV) 高抗性或症状延迟 水稻 [22]
中,也获得了类似的结果,如表 3 所示。
诸多的研究还发现,植物与病毒相互作用造成
了沉默状态和沉默强度的差异,如植物分生组织中
不存在沉默信号、病毒通常含有抑制蛋白等,这些
给VIGS分析基因的功能带来了困难。Ratcliff等[47]
发现TRV载体尽管不使分生组织发病,但却能在植
物的分生组织中诱发基因沉默,因此,只要选择好
合适的病毒,如烟草脆裂病毒(tobacco rattle virus,
TRV)、DNA卫星,VIGS就可成功应用于基因功能
的分析。
5.4 RNAi在植物不育研究中的应用 应用RNAi技
术可降低植物的育性。Kapoor等[48]将编码花药锌
指蛋白(tapetum-specific zinc finger gene, TAZ1)的基
因构建 hpRNA,导入到矮牵牛中,发现转化植株
的花粉绒毡层退化,进而使得花粉产生四分体后,
小孢子败育。Moritoh等[49]克隆了一个新的类水稻
RAD2/XPG核酸酶( RAD2/XPG nuclease gene family,
OsGEN)基因OsGEN–L (OsGEN-Like),发现产生基
因沉默的植株育性较低,且部分为雄性不育,其原
因也是小孢子的败育。
另一种利用RNAi技术获得植株不育的途径,是
通过抑制编码花药基因的启动子来实现。Cigant等[50]
将含有编码玉米花粉绒毡层的基因片段构建RNAi载
体,进行转化研究,获得了大量不育植株。
将 RNAi技术应用于不育性,对观赏植物的研
究具有一定意义,但相对于育性必须恢复才能获得
杂交种子的农作物研究有所限制。
5.5 RNAi在多倍体植物研究中的应用 由于生物之
间的进化关系,植物间或多或少在某些方面具有一
定的同源性。在亲缘关系比较接近的多倍体物种可
以应用 R N A i 的研究方法来加快其研究进展。
Lawrence等[51]使用 RNAi的方法,通过对拟南芥天
然四倍体(Arabidopsis suecica)的研究,证实了通过
合理设计双链RNA就可以有效地同时沉默1个基因
家族,这为同源多倍体物种的功能基因组学研究指
明了方向。
6 展望
对植物功能基因的研究尚处于起步阶段。在水
稻和拟南芥的基因组测序完成后,人们获得了众多
的候选基因,诸多基因的功能鉴定将是一项巨大而
137第2期 曾晓珊,等:dsR NA介导植物基因沉默及其应用
繁重的工作。RNAi在注释和认识这些基因时,能
起快速、高效作用,因而被人们认为是后基因组时
代进行大规模基因功能验证及表达调控分析的有效
手段。随着 RNAi技术的不断完善和在各个生物领
域内的应用,我们会知道每个基因的功能。
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中科院公布2006年十大创新成果 上海生科院两项成果上榜
中国科学院 2006年度十大重要创新成果揭晓。中科院上海生科院两项成果榜上有名,分别是“我国
科学家发现阿尔茨海默病致病的新机制”和“我国抗糖尿病新药研究取得开创性进展”。
2006年 11月 19日,国际著名学术期刊Nat Med网络版在线发表了生物化学与细胞生物学研究所研究
组关于 β淀粉样蛋白产生过程新机制的最新研究成果。这项成果揭示了阿尔茨海默病致病的新机制,并且
提示 β2-肾上腺素受体有可能成为研发阿尔茨海默病的治疗药物的新靶点。
2006年末,上海药物所在非肽类小分子胰高血糖素样肽 -1受体激动剂的研究领域取得重要进展,相
关成果于 2007年元月第一周发表在国际权威科学期刊 PNAS网络版上。PNAS编辑部在向媒体的书面新闻
发布中指出,这类口服有效的非肽类小分子激动剂有可能成为糖尿病、肥胖症和其他相关代谢性疾病的一
种新型疗法。
据悉,其他 8项成果分别是:EAST全超导非圆截面托卡马克核聚变实验装置;纳米量子结构可控
性实验和理论研究;宇宙线分布图的绘制;甲醇制取低碳烯烃技术开发及工业性试验;龙芯 2E通用 64
位处理器;水体污染的激光诱导荧光非接触监测技术装备系统;揭示果蝇记忆奥秘;饮用水质安全风险
的末端控制技术与应用。
摘自 http://www.sibs.ac.cn
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