全 文 :第 11 卷第 6 期
2013 年 11 月
生 物 加 工 过 程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol. 11 No. 6
Nov. 2013
doi:10. 3969 / j. issn. 1672 - 3678. 2013. 06. 003
收稿日期:2012 - 08 - 12
基金项目:国家高技术研究发展计划(863 计划)(2008AA02Z212)
作者简介:宋灿辉(1986—),男,河南洛阳人,硕士研究生,研究方向:基因工程;张伟国(联系人),教授,E⁃mail:zhangwg168@ 126. com
敲除 aceE基因对大肠杆菌生长和丙酮酸代谢的影响
宋灿辉,张伟国
(江南大学 工业生物技术教育部重点实验室,无锡 214122)
摘 要:大肠杆菌 aceE基因是编码丙酮酸脱氢酶多酶复合体 PdhR的关键酶之一。 利用 Red重组系统敲除大肠杆
菌 MG1655 的 aceE基因后,阻断了丙酮酸流向 TCA循环,导致丙酮酸的累积,也使菌体生长受到影响,在培养基中
补加 5 g / L KAc后可以在一定程度上弥补菌株在生长上的缺陷。 摇瓶发酵 36 h,MG1655 没有积累丙酮酸,
MG1655ΔaceE∷cat菌株可以积累 26 77 g / L丙酮酸,为利用大肠杆菌发酵生产丙酮酸奠定了基础。
关键词:aceE;大肠杆菌;丙酮酸;Red重组
中图分类号:Q814 文献标志码:A 文章编号:1672 - 3678(2013)06 - 0015 - 04
Effects of aceE gene knockout on growing and
pyruvate biosynthesis of E. coli
SONG Canhui,ZHANG Weiguo
(Key Laboratory of Industrial Biotechnology of the Ministry of Education,Jiangnan University,Wuxi 214122, China)
Abstract:Gene aceE encoding was one of the key enzymes of pyruvate dehydrogenase complex regulator.
Using Red recombination,the gene aceE of E. coli MG1655 was knockouted to block the pyruvate flow
TCA cycle,causing pyruvate accumulation and growth deficiency. The medium supplemented with 5 g / L
KOAc could make up the growth defect to a certain extent strains. MG1655ΔaceE∷cat in shake flask
fermentation for 36 h could produce pyruvate with 26 77 g / L, initial strain MG1655 did not produce
pyruvate.
Key words:aceE;E. coli;pyruvate;Red recombination
丙酮酸是一种重要的有机中间体,在化工、制
药和农用化学品等工业及科学研究中有着广泛的
用途[1]。 丙酮酸是机体代谢的中间产物,处于糖酵
解途径的末端,同时又连接着己糖磷酸途径(EMP)
和三羟酸循环(TCA),处于代谢途径中的关键代谢
支点,在细胞中很容易代谢为其他产物,难以积累,
只有切断或弱化丙酮酸的进一步代谢,才能达到使
其在细胞中积累并分泌到胞外的目的[2]。 丙酮酸
脱氢酶(PDH)多酶复合体包含了 3 种酶:丙酮酸脱
氢酶(E1p)、二氢硫辛酰转乙酰基酶(E2p)和二氢
硫辛酸脱氢酶(E3)。 其中,aceE、aceF 和 lpdA 分别
编码这 3 种蛋白[3]。 当敲除 aceE 后,PDH 失去将
丙酮酸转化为乙酰 CoA的能力,中心代谢途径因为
没有足量的乙酰 CoA供应而出现障碍,但是在培养
基中添加一定量的乙酸盐,菌体可以利用乙酸盐合
成乙酰 CoA,从而可以弥补生长上的不足[4],并开始
积累丙酮酸。
目前,用于丙酮酸生产的菌株有酵母、放线菌
和细菌[2]。 工业化生产所用菌株主要是酵母,其中
以球拟酵母的研究和应用最多,发酵所用酵母都为
维生素等多种营养缺陷性,培养基配制比较复杂,
且发酵温度较低,一般在 30 ℃左右,发酵周期为
60 h[5 - 6]。 大肠杆菌最适培养温度为 37 ℃,具有发
酵温度高和繁殖速度快等优点。 利用大肠杆菌产
丙酮酸的策略是阻断丙酮酸进入 TCA循环,如敲除
lpdA基因可以积累一定量的丙酮酸[7 - 8]。 本文中
笔者主要考察敲除大肠杆菌 MG1655 的 aceE 基因
对菌体生长和产丙酮酸的影响,以期获得高产丙酮
酸的大肠杆菌菌株,为选育产丙酮酸的工业化生产
菌株奠定基础。
1 材料和方法
1. 1 菌株和质粒
大肠杆菌 MG1655 (E. coli str. K 12 substr.
ATCC 47076)、质粒 pKD46 和 pKD3 由笔者所在实
验室保藏。
1. 2 试剂
L 阿拉伯糖、氨苄青霉素(Amp)、氯霉素(Cm)、
琼脂糖、Tris、SDS、胶回收试剂盒和基因组提取试剂
盒,上海生工;Primix Ex Taq、Dpn I、DL 15 000 和 DL
10 000,TaKaRa(大连)公司;蛋白胨、酵母膏,Difico公
司;葡糖糖为食品级,NaCl、 (NH4)2SO4、KH2 PO4、
MgSO4·7H2 O、FeSO4·7H2 O、MnSO4·5H2 O、NaOH、
KAc、KCl、MgCl2和 CaCl2均为市售国产分析纯试剂。
1. 3 培养基和培养条件
LB培养基(1 000 mL):蛋白胨 10 g,酵母膏 5
g,NaCl 10 g;pH 7 0。
SOB培养基(1 000 mL):蛋白胨 20 g,酵母膏 5
g,NaCl 0 5 g,1 mol / L KCl 2 5 mL;pH 7 0。 灭菌
后,加入 1 mol / L MgCl2 20 mL。
SOC培养基(1 000 mL):蛋白胨 20 g,酵母膏 5
g,NaCl 0 5 g,1 mol / L KCl 2 5 mL;pH 7 0。 灭菌后,
加入 1 mol / L MgCl2 10 mL,1 mol / L 葡萄糖 20 mL。
摇瓶种子培养基 (1 000 mL):葡萄糖 25 g,
(NH4)2SO4 15 g,KH2PO4 1 g,酵母膏 2 g,MgSO4·7H2O
0 5 g,FeSO4·7H2O 0 01 g,MnSO4·5H2O 0 01 g,KAc 5
g,CaCO3 40 g。 用NaOH调 pH 7 0,121 ℃灭菌20 min。
摇瓶发酵培养基 (1 000 mL):葡萄糖 40 g,
(NH4)2SO4 16 g,KH2PO4 1 g,酵母膏 2 g,MgSO4·7H2O
1 g,FeSO4·7H2O 0 01 g,MnSO4·5H2O 0 01g,KAc 5 g,
CaCO3 40 g。 用 NaOH调 pH 7 0,121 ℃灭菌 20 min。
摇瓶发酵:装液量为 25 mL(500 mL 摇瓶);用
接种环取两环 MG1655ΔaceE∷cat 在种子培养基中
培养12 h,按 8%的接种量转接于发酵培养基中,培
养36 h后,葡萄糖消耗完,发酵结束。
大肠杆菌培养条件 37 ℃、100 r / min;氨苄青霉
素使用终质量浓度 100 μg / mL、氯霉素使用终质量
浓度 25 μg / mL;需要添加 KAc 时,加入量为 5 g / L;
相应固体培养基中添加 20 g / L的琼脂。
1. 4 丙酮酸测定方法
取适当发酵液,稀释 100倍后,10 000 r / min离心
5 min,上清经 0 22 μm滤膜过滤,采用 HPLC测定其
中丙酮酸含量。 DIONEXP680 型色谱仪(美国戴安公
司):色谱柱 Kromasil 100 5 C18 250 mm ×4 6 mm;流
动相水(含 0 02 mol / L KH2PO4)和乙腈,两者体积比
为 90 ∶ 10;流速 0 6 mL / min;进样量 10 μL;紫外检测
器;检测波长 210 nm;柱温 25 ℃。
1. 5 aceE的敲除
将 pKD46(Amr)化转 MG1655,涂布氨苄平板,在
30 ℃培养 12 h后,挑取单菌转接液体 LB,于30 ℃培
养 12 h。 取 1 mL培养的菌液转接于 100 mL 新鲜液
体 LB中(Amp 100 μg / mL,L 阿拉伯糖 10 mmol / L),
于 30 ℃培养。 当菌液 OD600为 0 2 时,将 L 阿拉伯
糖浓度调为 30 mmol / L,继续培养至 OD600为 0 6,将
菌液冰浴 20 min,4 000 r / min、4 ℃离心 10 min 收集
菌体,用预冷的 10%甘油洗涤 4 次后,将菌体浓缩为
1 mL感受态细胞,50 μL分装,于 -20 ℃保存。
打靶片段 MaceE 的获得:用引物 MaceE⁃F、
MaceE⁃R以 pKD3 为模板, PCR 扩增出打靶片段
MaceE,用 Dpn I隔夜消化模板后,胶回收,最后用灭
菌双蒸水洗脱。
电转化体系:50 μL感受态细胞和 10 μL MaceE
轻柔混匀后,加入电击杯,冰浴 10 min。
电转化条件:1 mm 电击杯,1 800 V,5 ms,25
μF,200 Ω。
电转化后,立即加入 1 mL 预热至 37 ℃的 SOC
(含有 5 g / L KAc),37 ℃复苏 2 h,离心收集菌体后,
浓缩为 200 μL,涂布于 2 个 SOB 平板(25 μg / mL
Cm,20 mmol / L MgCl2,5 g / L KAc)。 于 37 ℃培养
16 h后,挑取阳性转化子于 SOB 平板并用鉴定引物
aceE⁃F和 aceE⁃R 进行菌落 PCR,鉴定 MaceE 是否
重组到 aceE 中。 将菌落 PCR 鉴定正确的单菌,切
胶回收 ΔaceE片段,进行测序。
61 生 物 加 工 过 程 第 11 卷
表 1 Red重组所用的引物
Table 1 Oligonucleotides used for Red recombination
引物 5′→3′
MaceE⁃F
ATGTCAGAACGTTTCCCAAATGACG⁃
TGGATCCGATCGAAACTCGCGACTG⁃
CGATTGTGTAGGCTGGAG
MaceE⁃R
TTACGCCAGACGCGGGTTAACTTTA⁃
TCTGCATCGATGTTGAATTTGAATTA⁃
ACGGCTGACATGGGAATTAG
aceE⁃F AATGGGACAGGTTCCAGAAA
aceE⁃R TTTCGATAGCCATTATTCTT
注:引物 MaceE⁃F和 MaceE⁃R有 2 部分组成(加粗部分序列分别
为 aceE 的左同源臂 S1 和右同源臂 S2;下划线部分序列为
pKD3 的结合区域 P1 和 P2);aceE⁃F和 aceE⁃R为鉴定引物。
表 2 扩增MaceE的反应体系和条件
Table 2 PCR protocol and program for
amplification of MaceE
反应体系 添加量 /μL
反应
步骤
反应
温度 / ℃
反应
时间 / s
产物长
度 / bp
MaceE⁃F 0. 5 Step1 94 300
MaceE⁃R 0. 5 Step2 94 30
pKD3 1 Step3 55 45
双蒸水 23 Step4 72 80 1 146
Premix Ex Taq 25 Step5 72 600
Total 50 Step6 10 For ever
表 3 扩增 aceE和 ΔaceE∷cat的反应体系和条件
Table 3 PCR protocol and program for amplification
of aceE and ΔaceE∷cat
反应体系 添加量 /μL
反应
步骤
反应
温度 / ℃
反应
时间 / s
产物长
度 / bp
aceE⁃F 1 Step1 94 300
aceE⁃R 1 Step2 94 30
基因组 DNA 1 Step3 55 30
双蒸水 22 Step4 72 180
Premix Ex Taq 25 Step5 72 600
Total 50 Step6 10 For ever
注:初步筛选 MG1655ΔaceE∷cat,采用菌落 PCR,Step1 为 94 ℃、
10 min,Step4 为 72 ℃、180 s,敲除成功则扩增出 1 226 bp 片
段,敲除失败则扩增出 2 800 bp片段。
pKD46 的去除:将测序正确的菌落接于 LB(Cm
25 μg / mL,KAc 5 g / L)中,于 42 ℃培养 12 h 后,在
氯霉素抗性平板上划线培养,将长出的单菌分别点
在氯霉素抗性和氨苄抗性的平板。 挑取在氯霉素
抗性平板长,在氨苄抗性板上不长的菌即为去除
pKD46 的 MG1655ΔaceE∷cat。
2 结果与讨论
2. 1 aceE基因的敲除
利用 Red重组系统,成功将 aceE基因敲除并鉴
定,结果如图 1 所示。 由图 1 可知:用鉴定引物扩增
MG1655 基因组,能扩增出 2 800 pb 条带;扩增
MG1655ΔaceE∷cat 能扩增出 1 226 bp 条带。 将扩
增出的 1 226 bp 条带进行胶回收,送往上海生工进
行测序,测序结果显示 Cm抗性基因 cat成功替换掉
了 aceE基因。
M—DL 15,000 DNA Marker;1—MaceE(1 146 bp);
2—MG1655 aceE PCR产物(2 800 bp);
3—鉴定菌 aceE PCR产物(1 226 bp)
图 1 利用 pKD3 敲除 aceE的 PCR鉴定
Fig. 1 PCR verification of aceE knockout in MG1655
2. 2 KAc对 MG1655 和 MG1655ΔaceE∷cat 生长
的影响
在 LB 培养基中分别添加 0、5、10、15 和 20 g / L
KAc,取MG1655和MG1655ΔaceE∷cat的隔夜培养物
500 μL转接于 50 mL LB,培养 12 h,每隔 2 h 测定
600 nm处的吸光值,绘制生长曲线见图 2和图 3。
图 2 KAc添加量对MG1655 的影响
Fig. 2 Effects of different KAc concentration
on MG1655 growth
71 第 6 期 宋灿辉等:敲除 aceE基因对大肠杆菌生长和丙酮酸代谢的影响
由图 2可以看出:添加 KAc使MG1655的对数期
延迟,随着添加量的增大,进入对数期越晚;添加
5 g / L的 KAc 和不添加 KAc 的对数期一致,说明 5
g / L KAc的添加量对菌体生长几乎没有抑制作用;添
加 5、10、15和20 g / L KAc后,菌体的生物量分别比未
添加 KAc 增加了 15 1%、20 9%,23 4%和 18 9%,
说明菌体利用乙酸盐作为 C 源,有助于生物量的
增加。
图 3 KAc添加量对MG1655ΔaceE∷cat生长的影响
Fig. 3 Effects of different KAc concentrations on
MG1655ΔaceE∷cat growth
由图 3可知: aceE的缺失,造成丙酮酸不能进入
TCA循环,使中心代谢途径出现严重障碍,生长缓慢。
在添加 5 g / L KAc后,在 4 h后才进入对数期,与图 2
结果相比,比 MG1655的对数期延迟了约 2 h;未添加
KAc,菌体在 8 h后也出现增长,可能是菌体利用接种
的 500 μL过夜培养物中的少量 KAc的缘故。
2. 3 MG1655ΔaceE∷cat的摇瓶发酵结果
经过36 h的摇瓶发酵,葡萄糖耗尽,取发酵液测定
丙酮酸的含量。 图 4为 MG1655和 MG1655ΔaceE∷cat
发酵液中的丙酮酸 HPLC 分析结果。 由图 4 可知:
MG1655发酵液中未检测到丙酮酸,而 MG1655ΔaceE∷
cat发酵液中含有丙酮酸。 经测定,MG1655ΔaceE∷cat
发酵液中丙酮酸含量为 26 77 g / L。
3 结 论
aceE基因的敲除对大肠杆菌生长有严重的负面影
响,需在培养基中添加 5 g / L 的 KAc 以维持生长;
MG1655和MG1655ΔaceE∷cat在40 g / L葡萄糖的发酵
培养基中培养 36 h 后, MG1655 不产丙酮酸,
MG1655ΔaceE∷cat产丙酮酸为 26 77 g / L,对葡萄糖转
化率为 0 67 g / g。
在后期的研究中,可以对发酵培养基的葡萄
糖、玉米浆、(NH4) 2SO4 和 CaCO3 的浓度及接种量
进行进一步的优化,以实现丙酮酸的进一步积累。
图 4 标准品及MG1655 和MG1655ΔaceE∷cat
发酵液 HPLC分析图谱
Fig. 4 HPLC standard mixture and fermentation samples
of MG1655 and MG1655ΔaceE∷cat
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