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Cloning and expression of phosphofructokinase gene from Sporolactobacillus inulinus in Escherichia coli

D-乳酸高产菌菊糖芽胞乳杆菌Y2-8磷酸果糖激酶基因在大肠杆菌中的克隆和表达



全 文 :第 12卷第 4期
2014年 7月
生  物  加  工  过  程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol􀆰 12 No􀆰 4
Jul􀆰 2014
doi:10􀆰 3969 / j􀆰 issn􀆰 1672-3678􀆰 2014􀆰 04􀆰 008
收稿日期:2013-01-14
基金项目:国家重点基础研究发展计划(973计划)(2011CB707400);江苏省普通高校研究生科研创新计划(CXZZ11_0358)
作者简介:郑  璐(1986—),女,浙江台州人,博士研究生,研究方向:生物化工;何冰芳(联系人),教授,E⁃mail:bingfanghe@ njtech􀆰 edu􀆰 cn
D 乳酸高产菌菊糖芽胞乳杆菌 Y2 8磷酸果糖激酶
基因在大肠杆菌中的克隆和表达
郑  璐1,柏中中1,许婷婷2,何冰芳1
(1􀆰 南京工业大学 生物与制药工程学院,南京 211800; 2􀆰 南京中医药大学 基础医学院,南京 210046)
摘  要:以 D 乳酸高产菌菊糖芽胞乳杆菌 Y2 8基因组 DNA为模板,通过 PCR扩增得到 960 bp的磷酸果糖激酶
基因(pfk)。 氨基酸序列比对分析表明,该磷酸果糖激酶(PFK)与其他乳酸菌 PFK具有保守的底物结合位点,但是
其变构效应物结合位点存在差异。 将 pfk基因克隆到表达载体 pSE380上,获得重组菌 E pSE pfk。 进一步通过
诱导条件的优化,重组菌的 PFK比酶活达到 4􀆰 89 U / mg,是优化前的 4􀆰 79倍。 采用低温诱导策略有助于实现菊糖
芽胞乳杆菌 pfk基因在大肠杆菌中可溶性表达。
关键词:D 乳酸;大肠杆菌;菊糖芽胞乳杆菌;表达;优化;磷酸果糖激酶
中图分类号:Q933        文献标志码:A        文章编号:1672-3678(2014)04-0037-06
Cloning and expression of phosphofructokinase gene from
Sporolactobacillus inulinus in Escherichia coli
ZHENG Lu1,BAI Zhongzhong1,XU Tingting2,HE Bingfang1
(1. College of Biotechnology and Pharmaceutical Engineering,Nanjing Tech University,Nanjing 211800,China;
2. College of Pre⁃clinical Medicine,Nanjing University of Chinese Medicine,Nanjing 210046,China)
Abstract:The gene encoding phosphofructokinase ( pfk) amplified by PCR using Sporolactobacillus
inulinus Y2⁃8 genomic DNA as a template was 960 bp􀆰 Alignments of the amino acid sequences revealed
that compared with phosphofructokinase (PFK) from other representative lactic acid bacteria,PFK from
S􀆰 inulinus Y2⁃8 had strictly conserved substrate binding sites,but different allosteric sites􀆰 The pfk gene
was cloned into the vector pSE380,producing recombinant strain E⁃pSE⁃pfk􀆰 After optimization,the PFK
specific activity of recombinant strain reached 4􀆰 89 U / mg, thus it was 4􀆰 79⁃fold higher than that of
primary expression condition􀆰 The result showed that low⁃temperature induction was helpful to the soluble
expression of PFK from S􀆰 inulinus in E􀆰 coli􀆰
Key words:D⁃lactic acid;Escherichia coli;Sporolactobacillus inulinus;expression;optimization;
phosphofructokinase
    D 乳酸是一种重要的手性中间体,已被用于多
种手性物质的合成。 近年来高光学纯度的 D 乳酸
因为其在合成耐热性更高、机械强度更好的聚乳酸
材料方面的实际应用极大地带动了 D 乳酸的生产
研究[1]。 微生物发酵法生产 D 乳酸,不仅可以解
决传统化学合成法成本高、分离困难等问题,还可
以摆脱对石化资源的依赖,减少环境污染[2]。 菊糖
芽胞乳杆菌(Sporolactobacillus inulinus)是典型的同
型发酵 D 乳酸的优势菌株,适合大规模生产高纯
度的 D 乳酸。 国内外许多学者对该菌株的菌种改
良做了大量研究,取得了一定可喜的成效,但这些
研究主要通过诱变筛选结合发酵工艺的优化来获
得高产突变株,存在易退化和生产强度低等缺
陷[3-4]。 因此,这就需要对该菌株在分子水平上进
行解析,进而通过基因工程改造使之更适合于工业
化生产的要求。
磷酸果糖激酶 ( phosphofructokinase, PFK, EC
2􀆰 7􀆰 1􀆰 11)是糖酵解途径中的限速变构调控酶,以
ATP 作为磷酸基供体催化 6 磷酸果糖(F 6 P)的
磷酸化[5]。 笔者所在课题组的前期研究发现,
S􀆰 inulinus糖酵解代谢流和 D 乳酸产量提高的同时,
PFK酶活也显著提高[3,6]。 Andersen 等[7]发现乳酸
乳球菌(Lactococcus lactis)PFK酶活的降低将直接导
致生长速率和糖酵解代谢流的强烈抑制。 但是,关于
S􀆰 inulinus PFK是如何调控糖酵解和 D 乳酸生产还
未见报道。 PFK对糖酵解代谢流有重要调控作用,通
常不同生物来源的 PFK 有不同的变构调控性质[5]。
一般细菌来源的 PFK 是相对分子质量为3􀆰 5×104左
右的同源四聚体,ADP 或 GDP 通过提高酶对底物 F
6 P 的亲和力激活该酶,同时磷酸烯醇式丙酮酸
(PEP)对该酶具有显著的抑制作用[8]。
本研究中笔者克隆 S􀆰 inulinus Y2 8 的 pfk 基
因,并在大肠杆菌进行异源表达,考察重组菌的 PFK
比酶活变化,以期为后续对该酶进行纯化和变构调控
机制的研究奠定基础。
1  材料与方法
1􀆰 1  材料
1􀆰 1􀆰 1  菌株与质粒
质粒 pSE380 和大肠杆菌 Escherichia coli BL21
(DE3)由笔者所在实验室保存; Sporolactobacillus
inulinus Y2 8 CCTCC 208052为笔者所在实验室研
究人员自行筛选获得的 D 乳酸高产菌。
1􀆰 1􀆰 2  主要试剂
pfu酶购自 Fermentas公司,限制性内切酶和 T4
DNA连接酶均购自 TaKaRa 公司,小量胶回收试剂
盒、质粒提取试剂盒购自 Axygen 公司,PCR 引物由
英潍捷基(上海)贸易有限公司合成,ATP、ADP、
F 6 P、NADH、醛缩酶( aldolase)、丙糖磷酸异构
酶(triosephosphate isomerase)、α 甘油磷酸脱氢酶
(α⁃glycerophosphate dehydrogenase)均购自 Sigma 公
司,其余常规试剂采用进口分装或国产分析纯。
1􀆰 1􀆰 3  培养基及培养条件
LB培养基(g / L):胰蛋白胨 10、酵母膏 5、NaCl
10。 重组大肠杆菌添加氨苄青霉素至终质量浓度为
100 μg / mL。
平板培养基(g / L):葡萄糖 20、酵母膏 2、蛋白
胨 2、KH2PO4 1、Na2Ac 2、MgSO4 0􀆰 2、琼脂粉 20;玉
米浆 2 mL,pH 7􀆰 2。
1􀆰 2  方法
1􀆰 2􀆰 1  基因组 DNA的提取和 pfk基因的克隆
将 S􀆰 inulinus Y2 8 接种于 37 ℃厌氧培养 48
h,收集菌体,基因组 DNA 的提取采用酚 氯仿抽
提法[9]。
以 S􀆰 inulinus Y2 8 基因组 DNA 为模板,依据
本课 题 组 前 期 克 隆 获 得 的 Sporolactobacillus
sp􀆰 DX12 的 PFK 基因 ( pfk) 序列 ( NCBI 登录号
EU878300)设计引物如下(下划线代表酶切位点):
正向 5′ GCGCCATGGGCAAAAAAATTGGAGTTC⁃
TG 3′(包含 Nco Ⅰ位点),反向 5′ GCCCTCGAG⁃
TTATATGGATAATACTT 3′(包含 XhoⅠ位点),利
用 PCR扩增 pfk基因。 PCR扩增条件:95 ℃预变性
5 min;94 ℃变性 30 s,60 ℃退火 1 min,72 ℃ 延伸 1
min 20 s,30个循环;72 ℃ 延伸 5 min,冷却至 4 ℃。
1􀆰 2􀆰 2  pfk基因的生物信息学分析
从 NCBI(http: / / www􀆰 ncbi􀆰 nlm􀆰 nih􀆰 gov / )数据
库中选择 9种不同来源的典型乳酸菌的 PFK 序列,
采用 Clustal X(version 1􀆰 8),将 S􀆰 inulinus Y2 8 的
PFK序列与其他 9种来源的 PFK序列进行比对,考
察其底物结合位点和变构调控位点。 序列相似性
比较采用 NCBI 的 BLAST 软件( http: / / blast. ncbi.
nlm.nih.gov / Blast.cgi)。
1􀆰 2􀆰 3  重组表达质粒的构建
将 PCR产物经 Nco Ⅰ和 Xho Ⅰ双酶切后与进
行相同酶切的质粒 pSE380 相连,构建重组质粒
pSE⁃pfk。 通过 CaCl2法将重组质粒转化入 E􀆰 coli
BL21中[9]。 阳性重组子采用菌落 PCR和提取质粒
双酶切鉴定,并进行测序(英潍捷基(上海)贸易有
限公司)。
1􀆰 2􀆰 4  PFK在大肠杆菌中的表达
将重组菌接种到 LB 液体培养基中过夜培养,
以 1%(体积分数)的接种量接种至新鲜培养基中,
83 生  物  加  工  过  程    第 12卷 
培养至 OD600到 0􀆰 6 ~ 0􀆰 8 时,加入诱导剂异丙基硫
代 β D 半乳糖苷(IPTG)在不同温度下诱导不同
的时间。 菌液离心(4 ℃、12 000 g、10 min),菌泥用
缓冲液(50 mmol / L Tris⁃HCl、5 mmol / L MgCl2,pH
7􀆰 5)洗涤 2遍后重悬,在冰浴中超声破碎(300 W、
超声 3 s、间歇 5 s,总共 5 min),4 ℃、12 000 g 离心
15 min去除细胞碎片,得到粗酶液。
1􀆰 2􀆰 5  SDS PAGE电泳和蛋白含量分析
取粗酶液进行 SDS PAGE 分析,并以未诱导
的 E pSE pfk 及 E􀆰 coli pSE 作为对照。 蛋白质
含量测定采用 Bradford法[10],以牛血清白 BSA为标
准品, 测 定 利 用 Bradford 蛋 白 定 量 试 剂 盒
(TIANGEN公司)。
1􀆰 2􀆰 6  PFK酶活性测定
PFK酶活采用酶耦联法测定[8]。 粗酶液 ( 5
μL)加入 250 μL反应体系(50 mmol / L Tris HCl缓
冲液、pH 8􀆰 5,5 mmol / L MgCl2、0􀆰 2 mmol / L NADH,
1 mmol / L ATP、5 mmol / L F 6 P、4 U / mL 醛缩酶、
丙糖磷酸异构酶和 α 甘油磷酸脱氢酶)中启动反
应。 30 ℃平衡 3 min 后,测定 340 nm 处 NADH 吸
光值的变化。 PFK酶活定义为在 30 ℃下每分钟生
成 1􀆰 0 μmol 1,6 二磷酸果糖所需要的酶量。 PFK
比酶活为每毫克粗酶液蛋白质的酶活。
2  结果与讨论
2􀆰 1  S􀆰 inulinus Y2 8 pfk 基因的克隆及表达载体
的构建
    以 S􀆰 inulinus Y2 8基因组为模板,扩增 pfk 基
因,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测在 960 bp 左右
有一明显条带(图 1( a)),与预计结果一致。 构建
重组质粒,经过抗性筛选和双酶切验证,结果显示
(图 1 ( b)) 重组质粒在 960 bp 左右比空载体
pSE380多出一条带,与插入的外源基因 pfk 大小一
致,表明成功获得重组质粒 pSE pfk,重组菌命名为
E pSE pfk。
2􀆰 2  S􀆰 inulinus Y2 8 pfk基因的生物信息学分析
测序分析表明,Y2 8 的 pfk 为 960 bp,编码
319个氨基酸。 将该 DNA 序列提交 GenBank,所得
登录号为 KC415135。 序列比对分析表明,Y2 8 的
pfk的核苷酸序列与来源于 S􀆰 inulunus CASD基因组
推测的 pfk基因(ZP_09714106)的核苷酸序列相似
性为 100%。 BLAST比对显示,S􀆰 inulinus Y2 8 的
PFK氨基酸序列与来源于 Geobacillus stearothermop⁃
(a):M—标准 DNA; 1—pfkPCR扩增产物
(b):M—标准 DNA; 1—pSE 380 / NcoⅠ+XhoⅠ;
2—pSE pfk / NcoⅠ+XhoⅠ
图 1  S􀆰 inulinus Y2 8 pfk的 PCR扩增产物及
重组质粒的双酶切验证电泳图谱
Fig􀆰 1  Electrophoresis analysis of PCR product of
pfk gene from S􀆰 inulinus Y2 8 and
enzymatic result of recombinant plasmids
hilus的 PFK ( BAA02405)具有最高的相似性,为
71%[11],与其他来源的芽胞杆菌属的 PFK均具有较
高的氨基酸相似度(71%~67%) [8]。
将 S􀆰 inulinus Y2 8 PFK与 9 种不同来源典型
乳酸菌 PFK的氨基酸序列进行比对,分析其活性位
点(图 2)。 由图 2可知:S􀆰 inulinus Y2 8 PFK与其
他乳酸菌的 PFK 均具有较高的氨基酸相似性
(55%~71%)。 根据来源于 G􀆰 stearothermophilus 和
Lactobacillus bulgaricus PFK 的活性位点[8],可以发
现,不同来源 PFK 的底物 F 6 P 和 MgATP 的结
合位点是严格保守的。 但是,不同乳酸菌 PFK 的变
构效应物结合位点存在着一定的差异,如来源于芽
胞杆菌属 PFK的 E187和 R211 在 L􀆰 bulgaricus PFK
突变成 D187和 S211,而这很可能造成变构效应的
差异。 酶动力学和晶体结构解析表明,L􀆰 bulgaricus
PFK对变构效应物 MgADP 和 PEP 的亲和力明显低
于 G􀆰 stearothermophilus PFK。 S􀆰 inulinus Y2 8 PFK
的变构效应物结合位点与来源于芽胞杆菌属 PFK
具有很高的保守性,可以预测,两者的变构效应具
有很大的相似性。 但是 S􀆰 inulinus 是一种古老的细
菌,有着较为保守的进化过程。 笔者前期在对葡萄
糖磷酸化关键酶葡萄糖激酶(GLK)的研究中发现,
虽然该 GLK与来源芽胞杆菌属 GLK 具有严格保守
的活性位点,但是 S􀆰 inulinus 的 GLK 具有与众不同
的广泛底物特异性[12]。 因此,对 S􀆰 inulinus PFK 变
构效应机制的细致解析,将是笔者下一阶段的工作
目标之一。
93  第 4期     郑  璐等:D 乳酸高产菌菊糖芽胞乳杆菌 Y2 8磷酸果糖激酶基因在大肠杆菌中的克隆和表达
注:氨基酸残基上标注 A、B分别是底物 F 6 P 和 MgATP 的结合位点,C是变构效应物 MgADP 和 PEP 的结合位点
图 2  S􀆰 inulinus PFK与 9种不同来源乳酸菌的 PFK的氨基酸序列比对结果
Fig􀆰 2  Alignment of amino acid sequences of PFK from S􀆰 inulinus with those from different lactic acid bacteria
2􀆰 3  PFK在重组菌 E pSE pfk中的诱导表达
重组菌 E pSE pfk 在加入 0􀆰 5 mmol / L IPTG
后在 30 ℃诱导表达 6 h,超声破碎上清液的 PFK 比
酶活为 1􀆰 02 U / mg,而空宿主的比酶活为 0􀆰 16 U / mg,
SDS PAGE 电泳分析结果见图 3。 由图 3 可知:重
组菌在 3􀆰 4×104左右处有明显的条带,与理论计算
的相对分子质量 3􀆰 438×104一致,而含 pSE380 空质
粒对照菌株中未见明显条带。 这说明,S􀆰 inulinus
pfk在 E􀆰 coli中得到了成功表达。 但是由于包涵体
的存在导致可溶性蛋白含量较低,PFK 比酶活较
低,因此,需要对诱导条件进行优化。
2􀆰 4  重组菌诱导条件的优化
2􀆰 4􀆰 1  诱导温度的影响
按照 1􀆰 2􀆰 4接种重组菌 E pSE pfk,加入 0􀆰 5
mmol / L IPTG后诱导 6 h,考察温度对重组菌的影
响,结果见图 4。 由图 4可知:随着温度的降低,PFK
比酶活反而在逐渐升高,在 20 ℃条件下诱导 PFK
比酶活有大幅度提高,达到最高值 3􀆰 72 U / mg。
SDS PAGE分析也表明,随着温度的降低,可溶性
的 PFK蛋白含量在明显增高。 但是,当温度低于 20
℃时,蛋白含量和 PFK比酶活反而降低。
2􀆰 4􀆰 2  IPTG诱导剂浓度的影响
按照 1􀆰 2􀆰 4 接种重组菌 E pSE pfk,20 ℃诱
导 6 h,考察不同 IPTG 浓度对重组菌的影响,结果
见图 5。 由图 5 可知:随着 IPTG 浓度的升高,PFK
比酶活显著提高,在 0􀆰 1 mmol / L IPTG 时,重组菌
PFK比酶活达到最高值,4􀆰 31 U / mg。 但是当 IPTG
浓度大于 0􀆰 1 mmol / L,PFK比酶活反而有所下降。
2􀆰 4􀆰 3  IPTG诱导时间的影响
按照 1􀆰 2􀆰 4 接种重组菌 E pSE pfk,加入
0􀆰 1 mmol / L IPTG,20 ℃时诱导,考察不同诱导时
间对重组菌产酶的影响,结果见图 6。 由图 6 可
知:随着时间的延长,PFK 比酶活随之升高,在诱
导 12 h 后,PFK 比酶活达到最高,为 4􀆰 89 U / mg。
04 生  物  加  工  过  程    第 12卷 
1~5—重组菌 E pSE pfk分别在 15、20、25、30和
37 ℃条件下诱导 6 h的可溶性蛋白
图 3  SDS PAGE分析不同诱导温度下重组菌的 PFK表达
Fig􀆰 3  SDS⁃PAGE analysis of PFK expression levels
of recombinant stain induced at different
temperatures
图 4  诱导温度对重组菌 PFK比酶活的影响
Fig􀆰 4  Effects of temperature on PFK specific
activity of recombinant stain
图 5  IPTG对重组菌 PFK比酶活的影响
Fig􀆰 5  Effects of IPTG concentration on PFK specific
activity of recombinant stain
但是,当诱导时间超过 12 h,PFK 酶活有所降低。
这有可能是由于细胞已经进入衰亡期,发酵液里
存在一些使表达的重组蛋白降解的因素,导致酶
活力下降。
图 6  诱导时间对重组菌 PFK比酶活的影响
Fig􀆰 6  Effects of induction time on PFK specific
activity of recombinant stain
大肠杆菌是表达外源蛋白的首选表达系统,
而实现外源基因的高效表达,宿主与载体以及诱
导方法的选择至关重要[13] 。 笔者在前期采用 pET
系统进行表达时,目的蛋白受 T7 强启动子控制而
过量表达,不能自发折叠卷曲,形成了不具生物活
性的包涵体[13] 。 pSE380 是也是常用的表达载体,
其启动子 Ptrc 表达活性虽强,但是不容易形成包
涵体,对保持酶活力非常有利[14] 。 在今后的研究
中,可以采用带组氨酸标签的 pSE380 表达载体,
方便进行镍柱亲和层析纯化而获得电泳纯的目的
蛋白。
经诱导条件的优化,重组菌 E pSE pfk 在加
入 0􀆰 1 mmol / L IPTG后,在 20 ℃诱导 12 h,粗酶液
的 PFK 比酶活可达 4􀆰 89 U / mg,比优化前提高了
4􀆰 79倍,为后续的蛋白纯化以及活性研究奠定了实
验基础。 优化结果表明,诱导温度、IPTG 浓度和诱
导时间都对比酶活有一定的影响,其中诱导温度对
可溶性酶表达量的影响最大。 低温条件极大地增
加了可溶性活性蛋白的含量,这可能是由于低温能
降低蛋白质合成的速率,改变蛋白质折叠的动力
学,从而导致正确折叠的蛋白增加[13]。
3  结  论
以 D 乳酸高产菌 S􀆰 inulinus Y2 8 基因组
DNA为模板,获得磷酸果糖激酶基因,通过与不同
来源乳酸菌 PFK氨基酸序列的比对,表明其具有保
守的底物结合位点和不同的效应物结合位点。 进
一步通过 pSE380表达系统和低温诱导实现来源于
S􀆰 inulinus 的 PFK 在大肠杆菌中的可溶性异源表
达。 诱导条件优化后,重组菌 PFK 的比酶活可达
4􀆰 89 U / mg,为进一步研究其变构调控性质和高产
14  第 4期     郑  璐等:D 乳酸高产菌菊糖芽胞乳杆菌 Y2 8磷酸果糖激酶基因在大肠杆菌中的克隆和表达
基因工程菌的构建提供了实验基础。
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(责任编辑  荀志金)
􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌
(上接第 10页)
进行补料分批发酵 48 h,DHA产量达到 89􀆰 5 g / L。
随着能源危机的加剧,新能源的开发利用越来
越得到重视,而对新能源副产品的利用也亟须得到
解决,本文通过实验初步证明了利用生物柴油副产
物粗甘油生产 DHA的可行性,为今后的工业化大生
产提供必要的基础数据。
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(责任编辑  管  珺)
24 生  物  加  工  过  程    第 12卷