全 文 :第 12卷第 4期
2014年 7月
生 物 加 工 过 程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol 12 No 4
Jul 2014
doi:10 3969 / j issn 1672-3678 2014 04 008
收稿日期:2013-01-14
基金项目:国家重点基础研究发展计划(973计划)(2011CB707400);江苏省普通高校研究生科研创新计划(CXZZ11_0358)
作者简介:郑 璐(1986—),女,浙江台州人,博士研究生,研究方向:生物化工;何冰芳(联系人),教授,E⁃mail:bingfanghe@ njtech edu cn
D 乳酸高产菌菊糖芽胞乳杆菌 Y2 8磷酸果糖激酶
基因在大肠杆菌中的克隆和表达
郑 璐1,柏中中1,许婷婷2,何冰芳1
(1 南京工业大学 生物与制药工程学院,南京 211800; 2 南京中医药大学 基础医学院,南京 210046)
摘 要:以 D 乳酸高产菌菊糖芽胞乳杆菌 Y2 8基因组 DNA为模板,通过 PCR扩增得到 960 bp的磷酸果糖激酶
基因(pfk)。 氨基酸序列比对分析表明,该磷酸果糖激酶(PFK)与其他乳酸菌 PFK具有保守的底物结合位点,但是
其变构效应物结合位点存在差异。 将 pfk基因克隆到表达载体 pSE380上,获得重组菌 E pSE pfk。 进一步通过
诱导条件的优化,重组菌的 PFK比酶活达到 4 89 U / mg,是优化前的 4 79倍。 采用低温诱导策略有助于实现菊糖
芽胞乳杆菌 pfk基因在大肠杆菌中可溶性表达。
关键词:D 乳酸;大肠杆菌;菊糖芽胞乳杆菌;表达;优化;磷酸果糖激酶
中图分类号:Q933 文献标志码:A 文章编号:1672-3678(2014)04-0037-06
Cloning and expression of phosphofructokinase gene from
Sporolactobacillus inulinus in Escherichia coli
ZHENG Lu1,BAI Zhongzhong1,XU Tingting2,HE Bingfang1
(1. College of Biotechnology and Pharmaceutical Engineering,Nanjing Tech University,Nanjing 211800,China;
2. College of Pre⁃clinical Medicine,Nanjing University of Chinese Medicine,Nanjing 210046,China)
Abstract:The gene encoding phosphofructokinase ( pfk) amplified by PCR using Sporolactobacillus
inulinus Y2⁃8 genomic DNA as a template was 960 bp Alignments of the amino acid sequences revealed
that compared with phosphofructokinase (PFK) from other representative lactic acid bacteria,PFK from
S inulinus Y2⁃8 had strictly conserved substrate binding sites,but different allosteric sites The pfk gene
was cloned into the vector pSE380,producing recombinant strain E⁃pSE⁃pfk After optimization,the PFK
specific activity of recombinant strain reached 4 89 U / mg, thus it was 4 79⁃fold higher than that of
primary expression condition The result showed that low⁃temperature induction was helpful to the soluble
expression of PFK from S inulinus in E coli
Key words:D⁃lactic acid;Escherichia coli;Sporolactobacillus inulinus;expression;optimization;
phosphofructokinase
D 乳酸是一种重要的手性中间体,已被用于多
种手性物质的合成。 近年来高光学纯度的 D 乳酸
因为其在合成耐热性更高、机械强度更好的聚乳酸
材料方面的实际应用极大地带动了 D 乳酸的生产
研究[1]。 微生物发酵法生产 D 乳酸,不仅可以解
决传统化学合成法成本高、分离困难等问题,还可
以摆脱对石化资源的依赖,减少环境污染[2]。 菊糖
芽胞乳杆菌(Sporolactobacillus inulinus)是典型的同
型发酵 D 乳酸的优势菌株,适合大规模生产高纯
度的 D 乳酸。 国内外许多学者对该菌株的菌种改
良做了大量研究,取得了一定可喜的成效,但这些
研究主要通过诱变筛选结合发酵工艺的优化来获
得高产突变株,存在易退化和生产强度低等缺
陷[3-4]。 因此,这就需要对该菌株在分子水平上进
行解析,进而通过基因工程改造使之更适合于工业
化生产的要求。
磷酸果糖激酶 ( phosphofructokinase, PFK, EC
2 7 1 11)是糖酵解途径中的限速变构调控酶,以
ATP 作为磷酸基供体催化 6 磷酸果糖(F 6 P)的
磷酸化[5]。 笔者所在课题组的前期研究发现,
S inulinus糖酵解代谢流和 D 乳酸产量提高的同时,
PFK酶活也显著提高[3,6]。 Andersen 等[7]发现乳酸
乳球菌(Lactococcus lactis)PFK酶活的降低将直接导
致生长速率和糖酵解代谢流的强烈抑制。 但是,关于
S inulinus PFK是如何调控糖酵解和 D 乳酸生产还
未见报道。 PFK对糖酵解代谢流有重要调控作用,通
常不同生物来源的 PFK 有不同的变构调控性质[5]。
一般细菌来源的 PFK 是相对分子质量为3 5×104左
右的同源四聚体,ADP 或 GDP 通过提高酶对底物 F
6 P 的亲和力激活该酶,同时磷酸烯醇式丙酮酸
(PEP)对该酶具有显著的抑制作用[8]。
本研究中笔者克隆 S inulinus Y2 8 的 pfk 基
因,并在大肠杆菌进行异源表达,考察重组菌的 PFK
比酶活变化,以期为后续对该酶进行纯化和变构调控
机制的研究奠定基础。
1 材料与方法
1 1 材料
1 1 1 菌株与质粒
质粒 pSE380 和大肠杆菌 Escherichia coli BL21
(DE3)由笔者所在实验室保存; Sporolactobacillus
inulinus Y2 8 CCTCC 208052为笔者所在实验室研
究人员自行筛选获得的 D 乳酸高产菌。
1 1 2 主要试剂
pfu酶购自 Fermentas公司,限制性内切酶和 T4
DNA连接酶均购自 TaKaRa 公司,小量胶回收试剂
盒、质粒提取试剂盒购自 Axygen 公司,PCR 引物由
英潍捷基(上海)贸易有限公司合成,ATP、ADP、
F 6 P、NADH、醛缩酶( aldolase)、丙糖磷酸异构
酶(triosephosphate isomerase)、α 甘油磷酸脱氢酶
(α⁃glycerophosphate dehydrogenase)均购自 Sigma 公
司,其余常规试剂采用进口分装或国产分析纯。
1 1 3 培养基及培养条件
LB培养基(g / L):胰蛋白胨 10、酵母膏 5、NaCl
10。 重组大肠杆菌添加氨苄青霉素至终质量浓度为
100 μg / mL。
平板培养基(g / L):葡萄糖 20、酵母膏 2、蛋白
胨 2、KH2PO4 1、Na2Ac 2、MgSO4 0 2、琼脂粉 20;玉
米浆 2 mL,pH 7 2。
1 2 方法
1 2 1 基因组 DNA的提取和 pfk基因的克隆
将 S inulinus Y2 8 接种于 37 ℃厌氧培养 48
h,收集菌体,基因组 DNA 的提取采用酚 氯仿抽
提法[9]。
以 S inulinus Y2 8 基因组 DNA 为模板,依据
本课 题 组 前 期 克 隆 获 得 的 Sporolactobacillus
sp DX12 的 PFK 基因 ( pfk) 序列 ( NCBI 登录号
EU878300)设计引物如下(下划线代表酶切位点):
正向 5′ GCGCCATGGGCAAAAAAATTGGAGTTC⁃
TG 3′(包含 Nco Ⅰ位点),反向 5′ GCCCTCGAG⁃
TTATATGGATAATACTT 3′(包含 XhoⅠ位点),利
用 PCR扩增 pfk基因。 PCR扩增条件:95 ℃预变性
5 min;94 ℃变性 30 s,60 ℃退火 1 min,72 ℃ 延伸 1
min 20 s,30个循环;72 ℃ 延伸 5 min,冷却至 4 ℃。
1 2 2 pfk基因的生物信息学分析
从 NCBI(http: / / www ncbi nlm nih gov / )数据
库中选择 9种不同来源的典型乳酸菌的 PFK 序列,
采用 Clustal X(version 1 8),将 S inulinus Y2 8 的
PFK序列与其他 9种来源的 PFK序列进行比对,考
察其底物结合位点和变构调控位点。 序列相似性
比较采用 NCBI 的 BLAST 软件( http: / / blast. ncbi.
nlm.nih.gov / Blast.cgi)。
1 2 3 重组表达质粒的构建
将 PCR产物经 Nco Ⅰ和 Xho Ⅰ双酶切后与进
行相同酶切的质粒 pSE380 相连,构建重组质粒
pSE⁃pfk。 通过 CaCl2法将重组质粒转化入 E coli
BL21中[9]。 阳性重组子采用菌落 PCR和提取质粒
双酶切鉴定,并进行测序(英潍捷基(上海)贸易有
限公司)。
1 2 4 PFK在大肠杆菌中的表达
将重组菌接种到 LB 液体培养基中过夜培养,
以 1%(体积分数)的接种量接种至新鲜培养基中,
83 生 物 加 工 过 程 第 12卷
培养至 OD600到 0 6 ~ 0 8 时,加入诱导剂异丙基硫
代 β D 半乳糖苷(IPTG)在不同温度下诱导不同
的时间。 菌液离心(4 ℃、12 000 g、10 min),菌泥用
缓冲液(50 mmol / L Tris⁃HCl、5 mmol / L MgCl2,pH
7 5)洗涤 2遍后重悬,在冰浴中超声破碎(300 W、
超声 3 s、间歇 5 s,总共 5 min),4 ℃、12 000 g 离心
15 min去除细胞碎片,得到粗酶液。
1 2 5 SDS PAGE电泳和蛋白含量分析
取粗酶液进行 SDS PAGE 分析,并以未诱导
的 E pSE pfk 及 E coli pSE 作为对照。 蛋白质
含量测定采用 Bradford法[10],以牛血清白 BSA为标
准品, 测 定 利 用 Bradford 蛋 白 定 量 试 剂 盒
(TIANGEN公司)。
1 2 6 PFK酶活性测定
PFK酶活采用酶耦联法测定[8]。 粗酶液 ( 5
μL)加入 250 μL反应体系(50 mmol / L Tris HCl缓
冲液、pH 8 5,5 mmol / L MgCl2、0 2 mmol / L NADH,
1 mmol / L ATP、5 mmol / L F 6 P、4 U / mL 醛缩酶、
丙糖磷酸异构酶和 α 甘油磷酸脱氢酶)中启动反
应。 30 ℃平衡 3 min 后,测定 340 nm 处 NADH 吸
光值的变化。 PFK酶活定义为在 30 ℃下每分钟生
成 1 0 μmol 1,6 二磷酸果糖所需要的酶量。 PFK
比酶活为每毫克粗酶液蛋白质的酶活。
2 结果与讨论
2 1 S inulinus Y2 8 pfk 基因的克隆及表达载体
的构建
以 S inulinus Y2 8基因组为模板,扩增 pfk 基
因,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测在 960 bp 左右
有一明显条带(图 1( a)),与预计结果一致。 构建
重组质粒,经过抗性筛选和双酶切验证,结果显示
(图 1 ( b)) 重组质粒在 960 bp 左右比空载体
pSE380多出一条带,与插入的外源基因 pfk 大小一
致,表明成功获得重组质粒 pSE pfk,重组菌命名为
E pSE pfk。
2 2 S inulinus Y2 8 pfk基因的生物信息学分析
测序分析表明,Y2 8 的 pfk 为 960 bp,编码
319个氨基酸。 将该 DNA 序列提交 GenBank,所得
登录号为 KC415135。 序列比对分析表明,Y2 8 的
pfk的核苷酸序列与来源于 S inulunus CASD基因组
推测的 pfk基因(ZP_09714106)的核苷酸序列相似
性为 100%。 BLAST比对显示,S inulinus Y2 8 的
PFK氨基酸序列与来源于 Geobacillus stearothermop⁃
(a):M—标准 DNA; 1—pfkPCR扩增产物
(b):M—标准 DNA; 1—pSE 380 / NcoⅠ+XhoⅠ;
2—pSE pfk / NcoⅠ+XhoⅠ
图 1 S inulinus Y2 8 pfk的 PCR扩增产物及
重组质粒的双酶切验证电泳图谱
Fig 1 Electrophoresis analysis of PCR product of
pfk gene from S inulinus Y2 8 and
enzymatic result of recombinant plasmids
hilus的 PFK ( BAA02405)具有最高的相似性,为
71%[11],与其他来源的芽胞杆菌属的 PFK均具有较
高的氨基酸相似度(71%~67%) [8]。
将 S inulinus Y2 8 PFK与 9 种不同来源典型
乳酸菌 PFK的氨基酸序列进行比对,分析其活性位
点(图 2)。 由图 2可知:S inulinus Y2 8 PFK与其
他乳酸菌的 PFK 均具有较高的氨基酸相似性
(55%~71%)。 根据来源于 G stearothermophilus 和
Lactobacillus bulgaricus PFK 的活性位点[8],可以发
现,不同来源 PFK 的底物 F 6 P 和 MgATP 的结
合位点是严格保守的。 但是,不同乳酸菌 PFK 的变
构效应物结合位点存在着一定的差异,如来源于芽
胞杆菌属 PFK的 E187和 R211 在 L bulgaricus PFK
突变成 D187和 S211,而这很可能造成变构效应的
差异。 酶动力学和晶体结构解析表明,L bulgaricus
PFK对变构效应物 MgADP 和 PEP 的亲和力明显低
于 G stearothermophilus PFK。 S inulinus Y2 8 PFK
的变构效应物结合位点与来源于芽胞杆菌属 PFK
具有很高的保守性,可以预测,两者的变构效应具
有很大的相似性。 但是 S inulinus 是一种古老的细
菌,有着较为保守的进化过程。 笔者前期在对葡萄
糖磷酸化关键酶葡萄糖激酶(GLK)的研究中发现,
虽然该 GLK与来源芽胞杆菌属 GLK 具有严格保守
的活性位点,但是 S inulinus 的 GLK 具有与众不同
的广泛底物特异性[12]。 因此,对 S inulinus PFK 变
构效应机制的细致解析,将是笔者下一阶段的工作
目标之一。
93 第 4期 郑 璐等:D 乳酸高产菌菊糖芽胞乳杆菌 Y2 8磷酸果糖激酶基因在大肠杆菌中的克隆和表达
注:氨基酸残基上标注 A、B分别是底物 F 6 P 和 MgATP 的结合位点,C是变构效应物 MgADP 和 PEP 的结合位点
图 2 S inulinus PFK与 9种不同来源乳酸菌的 PFK的氨基酸序列比对结果
Fig 2 Alignment of amino acid sequences of PFK from S inulinus with those from different lactic acid bacteria
2 3 PFK在重组菌 E pSE pfk中的诱导表达
重组菌 E pSE pfk 在加入 0 5 mmol / L IPTG
后在 30 ℃诱导表达 6 h,超声破碎上清液的 PFK 比
酶活为 1 02 U / mg,而空宿主的比酶活为 0 16 U / mg,
SDS PAGE 电泳分析结果见图 3。 由图 3 可知:重
组菌在 3 4×104左右处有明显的条带,与理论计算
的相对分子质量 3 438×104一致,而含 pSE380 空质
粒对照菌株中未见明显条带。 这说明,S inulinus
pfk在 E coli中得到了成功表达。 但是由于包涵体
的存在导致可溶性蛋白含量较低,PFK 比酶活较
低,因此,需要对诱导条件进行优化。
2 4 重组菌诱导条件的优化
2 4 1 诱导温度的影响
按照 1 2 4接种重组菌 E pSE pfk,加入 0 5
mmol / L IPTG后诱导 6 h,考察温度对重组菌的影
响,结果见图 4。 由图 4可知:随着温度的降低,PFK
比酶活反而在逐渐升高,在 20 ℃条件下诱导 PFK
比酶活有大幅度提高,达到最高值 3 72 U / mg。
SDS PAGE分析也表明,随着温度的降低,可溶性
的 PFK蛋白含量在明显增高。 但是,当温度低于 20
℃时,蛋白含量和 PFK比酶活反而降低。
2 4 2 IPTG诱导剂浓度的影响
按照 1 2 4 接种重组菌 E pSE pfk,20 ℃诱
导 6 h,考察不同 IPTG 浓度对重组菌的影响,结果
见图 5。 由图 5 可知:随着 IPTG 浓度的升高,PFK
比酶活显著提高,在 0 1 mmol / L IPTG 时,重组菌
PFK比酶活达到最高值,4 31 U / mg。 但是当 IPTG
浓度大于 0 1 mmol / L,PFK比酶活反而有所下降。
2 4 3 IPTG诱导时间的影响
按照 1 2 4 接种重组菌 E pSE pfk,加入
0 1 mmol / L IPTG,20 ℃时诱导,考察不同诱导时
间对重组菌产酶的影响,结果见图 6。 由图 6 可
知:随着时间的延长,PFK 比酶活随之升高,在诱
导 12 h 后,PFK 比酶活达到最高,为 4 89 U / mg。
04 生 物 加 工 过 程 第 12卷
1~5—重组菌 E pSE pfk分别在 15、20、25、30和
37 ℃条件下诱导 6 h的可溶性蛋白
图 3 SDS PAGE分析不同诱导温度下重组菌的 PFK表达
Fig 3 SDS⁃PAGE analysis of PFK expression levels
of recombinant stain induced at different
temperatures
图 4 诱导温度对重组菌 PFK比酶活的影响
Fig 4 Effects of temperature on PFK specific
activity of recombinant stain
图 5 IPTG对重组菌 PFK比酶活的影响
Fig 5 Effects of IPTG concentration on PFK specific
activity of recombinant stain
但是,当诱导时间超过 12 h,PFK 酶活有所降低。
这有可能是由于细胞已经进入衰亡期,发酵液里
存在一些使表达的重组蛋白降解的因素,导致酶
活力下降。
图 6 诱导时间对重组菌 PFK比酶活的影响
Fig 6 Effects of induction time on PFK specific
activity of recombinant stain
大肠杆菌是表达外源蛋白的首选表达系统,
而实现外源基因的高效表达,宿主与载体以及诱
导方法的选择至关重要[13] 。 笔者在前期采用 pET
系统进行表达时,目的蛋白受 T7 强启动子控制而
过量表达,不能自发折叠卷曲,形成了不具生物活
性的包涵体[13] 。 pSE380 是也是常用的表达载体,
其启动子 Ptrc 表达活性虽强,但是不容易形成包
涵体,对保持酶活力非常有利[14] 。 在今后的研究
中,可以采用带组氨酸标签的 pSE380 表达载体,
方便进行镍柱亲和层析纯化而获得电泳纯的目的
蛋白。
经诱导条件的优化,重组菌 E pSE pfk 在加
入 0 1 mmol / L IPTG后,在 20 ℃诱导 12 h,粗酶液
的 PFK 比酶活可达 4 89 U / mg,比优化前提高了
4 79倍,为后续的蛋白纯化以及活性研究奠定了实
验基础。 优化结果表明,诱导温度、IPTG 浓度和诱
导时间都对比酶活有一定的影响,其中诱导温度对
可溶性酶表达量的影响最大。 低温条件极大地增
加了可溶性活性蛋白的含量,这可能是由于低温能
降低蛋白质合成的速率,改变蛋白质折叠的动力
学,从而导致正确折叠的蛋白增加[13]。
3 结 论
以 D 乳酸高产菌 S inulinus Y2 8 基因组
DNA为模板,获得磷酸果糖激酶基因,通过与不同
来源乳酸菌 PFK氨基酸序列的比对,表明其具有保
守的底物结合位点和不同的效应物结合位点。 进
一步通过 pSE380表达系统和低温诱导实现来源于
S inulinus 的 PFK 在大肠杆菌中的可溶性异源表
达。 诱导条件优化后,重组菌 PFK 的比酶活可达
4 89 U / mg,为进一步研究其变构调控性质和高产
14 第 4期 郑 璐等:D 乳酸高产菌菊糖芽胞乳杆菌 Y2 8磷酸果糖激酶基因在大肠杆菌中的克隆和表达
基因工程菌的构建提供了实验基础。
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(责任编辑 荀志金)
(上接第 10页)
进行补料分批发酵 48 h,DHA产量达到 89 5 g / L。
随着能源危机的加剧,新能源的开发利用越来
越得到重视,而对新能源副产品的利用也亟须得到
解决,本文通过实验初步证明了利用生物柴油副产
物粗甘油生产 DHA的可行性,为今后的工业化大生
产提供必要的基础数据。
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(责任编辑 管 珺)
24 生 物 加 工 过 程 第 12卷