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小桐子甘油-3- 磷酸酰基转移酶(JcGPAT) cDNA 的克隆与序列分析



全 文 :植物生理学报 Plant Physiology Journal 2011, 47 (2): 181~188 181
收稿 2010-09-03 修定  2010-10-25
资助 国家自然科学基金(30871548)和中国科学院重点方向性
项目(KSCX2-YW-G-035-1)。
* 通讯作者(E-mail: l iuaizhong@xtbg.ac.cn; Tel: 0871-
5 1 4 0 4 2 0 )。
小桐子甘油 -3-磷酸酰基转移酶(JcGPAT) cDNA的克隆与序列分析
张楠 1,2, 徐荣华 2, 刘小烛 1, 刘爱忠 2,*
1 西南林业大学资源学院, 昆明 650224; 2 中国科学院西双版纳热带植物园, 昆明 650223
摘要: 甘油-3-磷酸酰基转移酶是植物生物合成储存油脂过程中的关键酶, 对油料作物种子含油量具有重要的限制作用。本
研究以植物甘油-3-磷酸酰基转移酶同源基因的保守区域序列为基础, 设计简并引物, 结合RACE技术, 从能源植物小桐子
种子中克隆获得 JcGPAT基因的 cDNA全长序列(GenBank登录号HQ395225)。JcGPAT cDNA核苷酸序列长度为1 672 bp,
开放阅读框为1 125 bp, 编码375个氨基酸。该基因具有明显的GPAT基因结构域, 其编码的氨基酸序列与油桐、蓖麻等植
物具有很高的同源性。RT-PCR表达分析表明, 该基因在小桐子发育的种子、叶、根尖等多个组织表达。
关键词: 小桐子; GPAT; 简并引物; 基因克隆; 表达分析
Cloning and Sequence Analysis of sn-Glycerol-3-Phosphate Acyltransferase
Gene (JcGPAT) from Jatropha curcas L.
ZHANG Nan1,2, XU Rong-Hua2, LIU Xiao-Zhu1, LIU Ai-Zhong2,*
1Department of Bioresources, Southwest Forestry University, Kunming 650224, China; 2Xishuangbanna Tropical Botanical Garden,
Chinese Academy of Sciences, Kunming 650223, China
Abstract: sn-Glycerol-3-phosphate acyltransferase (GPAT), a key enzyme in lipid metabolism, plays a critical
role in biosynthesis of lipids in plants. In this study, based on the conserved regions of GPAT genes available
from GenBank database, we designed degenerate primers and obtained the cDNA sequences of GPAT gene by
RACE technology from Jatropha curcas, named JcGPAT (GenBank accession no. HQ395225). The full length
cDNA is 1 672 bp, encoding 375 amino acids which have a high identity (ranging from 78% to 95%) with GPAT
genes in other plants reported such as castor (Ricinus communis) and tung tree (Vernicia fordii). RT-PCR
analysis showed that JcGPAT was expressed in different tissues including the developing seeds, leaf, root tip and
callus.
Key words: Jatropha curcas; GPAT; degenerate primers; gene clone; expression analysis
植物储存油脂(storage lipids)不仅在植物生长、
发育和繁衍过程中起着重要的生理、生化作用, 而
且是人类最主要的食物能源之一, 也是重要的工业
原料, 广泛应用于化工、医药、轻纺和国防工业
中。特别是近年来随着可替代生物能源发展的需
求, 生物柴油的产业化发展在国内外受到高度关
注。然而制约生物柴油产业化发展的关键因素是
植物油脂的产量受限(Gressel 2008)。提高植物油
脂的产量是人类克服能源危机和满足食物、工业
原料等多种需要的重要途径。
植物储存油脂主要以三脂酰甘油(triacylgil-
cerol, TAG)的形式在植物种子(子叶或胚乳)成熟过
程中累积与储存。其生物合成途径可概括为两个
过程, 即脂肪酸(fatty acid, FA)的生物合成和 TAG
的组装。FA的生物合成主要是在叶绿体中以光合
作用的中间产物转化来的乙酰辅酶A (acetyl-CoA)
为底物, 在一系列脂肪酸合成酶, 特别是乙酰辅酶
A羧化酶(acetyl-CoA carboxylase, EC6.4.1.2, 简称
ACCase)和脂肪酸合酶复合体(fatty acid synthase
complex, FAS)以及脂肪酸缩合酶(KASI、KASII、
KASIII 等)等的作用下, 进行初始碳链的合成和延
伸, 形成单链的FA; TAG的组装主要是在内质网上,
以3-磷酸甘油(sn-glycerol-3-phosphate, Gly3P)为碳
架, 以 FA 为底物, 在甘油 -3- 磷酸酰基转移酶(sn-
植物生理学报182
glycerol-3-phosphate acyltransferase, GPAT)、溶
血磷脂酸酰基转移酶(lysophosphatidic acid acyltr-
ansferase, LPAAT)、磷脂酸磷酸酯酶(phosphatidate
phosphatase, PAP)和二酰甘油脂酰基转移酶(diacy-
lglycerol acyltransferase, DGAT)的作用下形成TAG,
这一过程称为 Kennedy途径(Kennedy 1961)。Ken-
nedy 途径通常集中反映在油料作物种子的发育过
程中。在这一过程中影响 FA 和 TAG 生物合成的
一系列酶都会直接影响种子的含油量, 特别是一些
关键酶, 如 ACCase、GPAT 和 DGAT, 在不同的植
物中对种子储存油脂的累积具有显著的主效作用。
其中 GPAT (EC2.3.1.15)是催化酰基辅酶A连接
到甘油 -3- 磷酸(Gly3P) sn-1 位上的酰基化反应
(Roughan和Slack 1982), 是Kennedy途径的第一步,
被认为是TAG生物合成的 “ 阀门 ”, 对种子的含油
量具有显著的主效作用(Murata 和 Tasaka 1997)。
研究表明在植物细胞中GPAT主要存在于叶绿体、
细胞质和线粒体等部位, 其中叶绿体中的GPAT是
基质中的可溶性蛋白, 细胞质中的GPAT是结合在
内质网膜上的疏水蛋白, 线粒体中的GPAT是位于
外层膜上的结合蛋白(Coleman和Lee 2004)。GPAT
在植物脂类代谢中功能多样, 不但参与 TAG 的合
成, 而且涉及膜脂的生物合成和植物的抗性(Sui等
2007; Yan 等 2008; Zheng 等 2003)。在拟南芥中
过表达GPAT基因, 显著地提高了种子含油量(Jain
等 2000), 说明GPAT基因对TAG的生物合成具有
重要的限制作用。
小桐子(Jatropha curcas L.), 又名麻风树, 为大
戟科(Euphorbiaceae)多年生落叶灌木或小乔木。
原产热带美洲, 现在在亚洲和非洲的热带或亚热带
地区有广泛的逸生和少量栽培(陈冀胜和郑硕1987;
丘华兴 1996)。由于小桐子易于繁殖, 适应范围较
广, 不择土壤, 能在贫瘠的荒地生长, 生长快速, 种
植当年(或次年)可开花结果。一般种植3~4年的小
桐子年亩产种子可达 200~300 kg, 种子含油率在
30%~35%。其油脂主要成分为油酸、亚油酸和
棕榈酸, 通过简单的化学转换可得到优于目前0号
柴油的生物柴油。特别是小桐子可以生长在大量
的非农业用地、退耕还林地、路边坡地或荒山荒
地, 最有可能成为未来替代化石能源的具有巨大开
发潜力的树种, 被称为生物柴油植物(Foidl等1996;
Gubitz 等 1999)。然而小桐子种子含油量不稳定、
缺乏优良品种, 严重限制了小桐子产业化开发和种
植(Sujatha 等 2008)。调查小桐子种子含油量不稳
定的遗传或分子基础是实现小桐子种质改良或良种
培育的前提。本文利用简并引物的方法, 克隆了小
桐子 JcGPAT基因, 并进行了初步的生物信息学分
析, 通过RT-PCR技术调查其在不同组织的表达规
律, 以期为进一步探讨小桐子种子含油量累积不稳
定的分子机理提供基础资料。
材料与方法
实验材料是种植于中国科学院西双版纳植物
园的 3 年生小桐子(Jatropha curcas L.)植株。2009
年10月采集幼嫩的叶片, 用于基因组DNA的提取;
分别采集生长旺盛的叶片组织、根尖组织、发育
的种子, 及时用液氮速冻后储存在-80 ℃冰箱用于
RNA的提取。用于提取RNA的小桐子胚愈伤组织
来源于中科院西双版纳热带植物园分子遗传与育种
实验室已有的材料资源。
小桐子基因组DNA的提取采用常规的CTAB
方法(Taylor 和 Powell 1982), 用 Ding等(2008)描述
的硅胶粒方法分别提取叶片组织、根尖组织、发
育的种子和愈伤组织的 RNA。感受态大肠杆菌
Top10 和 PrimeScript RT-PCR Kit 购自天宝生物工
程有限公司(大连), pGM-T载体购自天根生化科技
(北京)有限公司, SMARTerTM RACE cDNA Amplifi-
cation Kit 购自 Clontech公司, Trans Taq HiFi DNA
Polymerase 购自北京全式金生物技术有限公司, 引
物合成及DNA测序均由上海生物工程有限公司完
成。
以蓖麻(Ricinus communis L.) GPAT的氨基酸
序列(XP_002525812)为基础在GenBank进行Blast,
选取同源性高的几个 GPAT 蛋白序列, 包括油桐
( F J 4 7 9 7 5 1 )、杨树( X P _ 0 0 2 3 0 5 5 5 2 )、葡萄
(CAN62196)和拟南芥(FJ479752)进行 Block make,
用 CODEHOP (consensus-degenerate hybrid oligo-
nucleotide primers)在线软件设计简并引物Block-Cs
张楠等: 小桐子甘油 -3-磷酸酰基转移酶(JcGPAT) cDNA的克隆与序列分析 183
和Block-Ha (表 1)。利用简并引物, 以基因组DNA
为模板进行 PCR 扩增。25 μL PCR 反应体系中含
有 10×Trans Taq HiFi Buffer 2.5 μL, 模板基因组
DNA 1 μL (约 20 ng), 10 μmol·L-1 引物各 1 μL, 2.5
mmol·L-1dNTP 混合物 2 μL, Trans Taq HiFi DNA
Polymerase (5 U·L-1) 0.5 μL, ddH2O 17 μL。扩增条
件使用Touchdown PCR程序: 94 ℃ 5 min; 94 ℃ 30
s, 60 ℃ 30 s, 72 ℃ 3 min, 以后每1个循环退火温度
降低 1 ℃, 进行 10 个循环; 然后保持在 50 ℃退火,
再进行 24 个循环; 最后在 72 ℃延伸 7 min 后终止
反应。1% 的琼脂糖电泳检测 PCR扩增结果, 连接
pGM-T 载体, 转化 TOP10 感受态细胞, 生长过夜,
挑选白斑阳性克隆, 经 PCR 验证后测序。用获得
的DNA片段, 在NCBI网页进行Blast验证, 通过已
知的DNA片段和GenBank数据库中相关植物GPAT
基因的cDNA序列的比对, 鉴别DNA片段上外显子
区域(exon area)。进一步利用这些 DNA 外显子区
域的序列, 分别设计 5 和 3 端的 RACE 引物 LG52
和 LG32 (表 1)。按照 SMARTerTM RACE cDNA
Amplification Kit试剂盒说明书, 以小桐子发育的种
子组织总 RNA 为模版, 分别转录合成 5RACE 和
3RACE 的第一链、配制 RACE PCR 反应体系。
PCR反应条件为: 94 ℃ 30 s, 72 ℃ 3 min, 5个循环;
94 ℃ 30 s, 70 ℃ 30 s, 72 ℃ 3 min, 5 个循环; 94 ℃
30 s, 68 ℃ 30 s, 72 ℃ 2 min, 35 个循环。RACE
PCR 产物用 1% 的琼脂糖胶检测后, 克隆和测序同
上。
将测序获得的 5和 3端RACE序列分别进行
Blast验证, 推测cDNA的起始密码子和终止密码子
的位置, 进一步将 5 和 3 端和已有的 DNA 外显子
区域用CAP3软件进行拼接后设计全长引物cDNAf
和 cDNAr (表 1), 以 cDNA为模版, 扩增基因全长。
PCR反应体系同上, 反应条件为94 ℃预变性2 min;
94 ℃ 30 s, 55 ℃ 30 s, 72 ℃ 2 min, 35个循环; 72 ℃
延伸 7 min。扩增产物的克隆和测序同上。
将得到的全长cDNA序列与GenBank数据库中
序列进行比对, 并用Clustal软件对同源氨基酸序列
进行比较分析; 使用NCBI提供的ORFfinder与保守
区数据库(conserved domain database, CDD)分别进
行基因开放阅读框分析与蛋白保守结合区域分析;
用 ProtParam (http://au.expasy.org/tools/protparam.
html)软件计算JcGPAT中各种氨基酸的含量和蛋白
的理论分子量、等电点、稳定性; 用在线软件
SubLoc (http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/
SubLoc/)对其蛋白质亚细胞定位进行预测; 用在线
工具 TMHMM (http://www.cbs.dtu.dk/services/
TMHMM/)和 ProtScale (http://www.expasy.org/cgi-
bin/protscale.pl)分别检测其跨膜结构和亲水 / 疏水
性特性; 用 MEGA4 软件构建系统发生树。
利用RT-PCR的方法调查JcGPAT基因在叶片
组织、根尖组织、发育的种子和愈伤组织的表达
差异。按照 PrimeScript RT-PCR Kit 试剂盒说明
书分别构建叶片组织、根尖组织、发育的种子和
愈伤组织的 cDNA库; 分别以对应组织的 cDNA为
模版, cDNAf和cDNAr为引物, PCR反应体系同上,
反应条件为: 94 ℃ 30 s, 55 ℃ 30 s, 72 ℃ 2 min, 20
表 1 引物信息
Table 1 Primers used in this study
引物名称 引物序列 Tm 用途
Block-Cs 5 GCTTCAAGTCTAATCCTCCAGAACCNTGGAAYTG 3 62.80 中间片段扩增
Block-Ha 5 TCCAGAAAGCATCAACGAAAATYTTRTTRTA 3 61.00 中间片段扩增
LG52 5 CCAACCCATCCAGGATGCTTCTGCATAA 3 73.63 5 RACE
LG32 5 GGGATCATGTTCAGGGGGCTGACAATAA 3 72.77 3 RACE
cDNAf 5 ATGGCTACTCCAGGTAAGCTAA 3 55.90 全长克隆、表达分析
cDNAr 5 TCATTTCTCCTCCAGTCGCT 3 57.00 全长克隆、表达分析
Act1 5 TGGTTCCACTATGTTCCCTGGTA 3 61.00 表达分析
Act2 5 CTTCATGCTGCTTGGAGCAA 3 59.72 表达分析
植物生理学报184
个循环。同时以小桐子 Actin 基因(HM044307, 引
物Act1和Act2见表 1)为对照, 利用Genetools软件
进行相对表达量计算。独立实验重复 3 次, 用
Minitab 软件统计分析, 用 Origin8.0 软件作图。
结果与讨论
1 小桐子GPAT基因全长cDNA序列的克隆和分析
以小桐子基因组 DNA 为模板, 用简并引物
(Block-Cs和Block-Cs, 表 1)进行PCR扩增, 获得了
单一的条带, 约 2 100 bp, 如图 1-A 所示, 克隆测序
图 1 PCR 产物电泳图
Fig.1 Agrose gel electroresis analysis of PCR product
A: 1 泳道为用简并引物扩增小桐子基因组 DNA 获得的 PCR 产物片段; B: 1 泳道是 3 RACE PCR 产物片段, 2 泳道是 5 RACE PCR
产物片段; M 是分子量标记。
后, 鉴别获得的 DNA 片段为 2 194 bp, 该片段的
Blast 结果显示, 有一个 286 bp 的核苷酸区域与油
桐(FJ479751)、蓖麻(XM002525766)和拟南芥
(FJ479752)的 GPAT 基因 cDNA 的部分区域重叠,
重叠部分的序列相似性分别为 96%、93% 和 95%,
推测该 286 bp 的核苷酸片段为外显子区域。以该
外显子区域的序列为基础, 分别设计 5 和 3 端的
RACE 引物。5 和 3 端 RACE PCR 扩增分别获得
约900 bp和700 bp长度的单一的条带, 如图1-B所
示。
克隆获得的 cDNA 序列全长 1 672 bp, 包括 5
非编码区 255 bp, 开放阅读框(ORF) 1 125 bp 和 3
非编码区 289 bp, 编码 375 个氨基酸(图 2)。该基
因编码蛋白的预测分子量为 43.07 kDa, 理论等电
点为 8.18, 负电荷残基(Asp+Glu)总数为37个, 正电
荷残基(Arg+Lys)总数为48个, 不稳定系数为41.70,
属于不稳定蛋白。Zeng 等(2009)注册了一个小桐
子的 GPAT基因(FJ952147.1), 但未见任何报道, 故
将我们克隆的GPAT基因命名为 JcGPAT (GenBank
登录号 HQ395225)。
在拟南芥中已经发现了 9 个 G P A T 基因
(GPAT1~9), 相互之间并不完全同源, 其中 GPAT8
和GPAT9同源, 位于内质网膜上, 有着相似的功能,
即在 Kennedy途径中控制TAG 生物合成(Gidda 等
2009)。拟南芥 GPAT9 基因的功能结构域主要有
4 个基序(Motif I~IV)组成。其中, 催化酰化反应氨
基酸残基是基序 I 中的组氨酸H 和天冬氨酸D, 识
别与底物甘油 -3-磷酸结合的氨基酸残基是基序 II
中的精氨酸R和基序 III中的谷氨酸E和甘氨酸G,
识别与酰基辅酶A结合的氨基酸残基是基序 IV中
的脯氨酸P (Coleman和Lee 2004; Gonzalez-Baro等
2007)。将 JcGPAT 编码的氨基酸序列与拟南芥
GPAT及其他植物GPAT基因编码的氨基酸序列进
行比较, 发现 JcGPAT 基因含有全部的 4 个功能结
张楠等: 小桐子甘油 -3-磷酸酰基转移酶(JcGPAT) cDNA的克隆与序列分析 185
构域(基序 I~IV)和对应的功能残基(图 3)。
细胞定位预测显示, JcGPAT 基因位于内质网
上, 和序列高度相似的拟南芥GPAT9基因在细胞内
的定位相同(Gidda等 2009)。我们同时预测了已经
注册的小桐子 GPAT基因(FJ952147.1)的亚细胞定
位, 结果显示其位于叶绿体上; 比对已经注册的小
桐子 GPAT 基因和 JcGPAT, 没有发现 GPAT 基因
有对应的功能结构域, 说明两者不仅在序列上有明
显差异, 在功能上可能也有差异。对 JcGPAT编码
的蛋白进行跨膜分析, 发现 3 个跨膜区域, 分别位
于 73~95 区、104~121 区和 134~151 区, 如图 2 所
示, 这些结构和拟南芥GPAT9编码的蛋白跨膜区域
一致(Gidda 等 2009)。
图 2 JcGPAT cDNA的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列
Fig.2 The cDNA and deduced amino acid sequences of JcGPAT
终止子用 * 标记, 粗下划线部分显示植物 GPAT 基因家族的保守区域, 细下划线部分显示跨膜区域。左右两侧的数字分别标注
核苷酸及氨基酸的位置。
2 JcGPAT同源性分析
用NCBI BlastX对JcGPAT基因进行同源氨基
酸序列搜索, 发现小桐子 JcGPAT基因编码的氨基
酸序列与其他植物的GPAT (包括拟南芥的GPAT9:
ACT32031、油桐: ACT32030、蓖麻: XP_002525812)
具有很高的相似性(图3), 相似性系数为78%~95%,
其中和大戟科植物的油桐、蓖麻相似性最高, 均为
95%; 和禾本科的玉米和水稻相似性相对较低, 均
为78%和79%。氨基酸多序列比对显示植物GPAT
具有较高的保守性(图 3)。初步的系统发生分析
(图4)显示, JcGPAT基因编码的氨基酸序列和同科
的蓖麻、油桐的 GPAT 聚类, 禾本科植物的水稻、
玉米和高粱聚类, 反映了同源GPAT基因系统发生
上的密切关系。在NCBI BlastX对 JcGPAT基因进
植物生理学报186
图 3 不同植物来源的 GPAT 氨基酸序列比对
Fig.3 Comparison of the amino acid sequences of GPAT in different plants
保守的功能基序 I ~ I V 用方框标出, 基序中对其功能有重要作用的氨基酸残基用( )表示。比对序列为 J c G PA T (小桐子,
HQ395225)、VfGPAT (油桐, ACT32030)、PtGPAT (杨树, XP_002305552)、RcGPAT (蓖麻, XP_002525812)、GmGPAT (大
豆, ACU23757)、VvGPAT (葡萄, CAN62196)、AtGPAT9 (拟南芥, ACT32031)、ZmGPAT (玉米, NP_001146225)、SbGPAT
(高粱, XP_002462955)和 OsGPAT (水稻, NP_001059853)。
张楠等: 小桐子甘油 -3-磷酸酰基转移酶(JcGPAT) cDNA的克隆与序列分析 187
行同源氨基酸序列搜索结果中 , 没有发现在
GenBank中已经注册的小桐子 GPAT基因, 说明这
2 个基因可能有不同的起源。结合前面基因序列
功能结构域比较和亚细胞定位的分析结果, 可以看
出 JcGPAT 和在 GenBank 中已经注册的小桐子
GPAT 基因在起源、功能结构域和亚细胞定位等
方面具有显著的分化, 很可能具有不同的功能。
使用ProtScale对JcGPAT进行蛋白亲水 /疏水
性分析, 结果显示其为疏水性蛋白, 与Frentzen (1990)
报道的菠菜胞质 GPAT 结果一致。
3 JcGPAT的表达分析
RT-PCR半定量表达分析显示: JcGPAT基因在
小桐子叶、根尖、愈伤和发育的种子组织中均有
表达(图5-A), 但在不同的组织表达强度有所不同。
在发育的种子中表达最强, 在叶片中表达次之, 在
根尖组织表达最弱(图 5-B)。植物 GPAT 基因的功
能是催化酰基辅酶A连接到Gly3P的sn-1位上的酰
基化反应, 该反应产物溶血磷脂酸(lysophosphatidic-
acid, LPA)既是Kennedy途径合成TAG的初始产物,
也是细胞膜脂(特别是磷脂)和其他脂类合成的前
体。TAG 在小桐子发育的种子里高效累积, 在叶
片和愈伤组织均有少量累积, 而在根尖组织的累积
很难被检测。JcGPAT 基因在发育的种子里表达
最强, 但在根尖组织中也有表达, 说明 JcGPAT 基
因不仅可能参与TAG的生物合成, 而且可能涉及其
他脂类(如膜脂)的代谢活动。该结果和GPAT基因
在其他植物中的表达类似, 如西红柿(Sui等2007)和
烟草(Yan 等 2008)。
本研究利用同源基因保守区域的序列为基础,
设计简并引物, 扩增获得基因组DNA片段, 通过鉴
别基因组 DNA 片段上的外显子序列, 进一步设计
RACE引物, 利用RACE cDNA扩增技术, 获得基因
的 cDNA全长。该方法对于从全基因组(或EST)背
图 4 不同植物中 GPAT 的进化树分析
Fig.4 Phylogenetic analysis of GPAT in various plant species
比对的 GPAT 氨基酸序列及 GenBank 登录号见图 3 注释。
图 5 RT-PCR 表达分析
Fig.5 Expression analysis by semi-quantitative
RT-PCR method
A: 不同组织中 JcGPAT 的表达分析; B: 不同组织中 JcGPAT
的相对表达量。S 代表发育的种子, R 代表根尖, L 代表叶片, C
代表愈伤组织。
植物生理学报188
景缺乏的物种中克隆特定基因, 具有快速、经济和
简便的优势。利用该方法我们克隆的 JcGPAT 基
因具有明显的植物GPAT基因家族特征, 在系统发
生上和近缘植物油桐的同源基因聚类, 且和拟南芥
GPAT9同源, 表达分析进一步验证 JcGPAT基因在
小桐子种子储存油脂TAG累积过程中具有重要作
用。该基因是否对小桐子种子含油量的累积具有
主效(或限量)作用, 目前还不清楚, 值得深入研究。
参考文献
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