全 文 :植物生理学通讯 第 4 4 卷 第 1 期 , 20 08 年 2 月
小麦 Ta MB D 4 基因的克隆 、 结构及表达的初步分析
孟凡荣 ‘, 刘昊英’, 司志飞 ‘, 尹钧 2 , 李永春 2 ,*
河南农业大学 ‘生命科学学院 , 2 国家小麦工程技术研究中心 , 郑州 4 5 0 0 0 2
提要 : 以拟南芥MB D 基因的 E ST 为基础 , 采用电子克隆并结合 R T 一PC R 方法分离克隆了包含开放阅读框的小麦甲基结
合域蛋白基因 介材召D 4 。 序列分析显示 , T aMB D 4 蛋白有典型的甲基结合域。 组织表达特性分析表明 , Ta MB D 4 在干种
子和胚乳中的表达量高于其它组织 。 介胭毋D4 的 。D N A 和基因组 D N A 比较分析显示 , 此基因包括 1 个内含子 , 进一步分
析表明这个内含子为 2 个 G G CA G T 序列的串联重复 , 推测该内含子可能与介材召刀甲基因的转录后调控相关 。
关键词 : D NA 甲基化 ; 小麦; Ta M BD4 ; 克隆 ; 基因结构和表达
Pre lim in a ry S tu d y o n C lo n in g
,
S tr u c tu re a n d E x Pr e ssio n o f Ta 利旧D 4 G e n e in
W h e s t
ME N G Fan
一
R o n g l
,
L IU H a o
一
Yi n g
l , 5 1 Z hi
一
Fe il
,
YIN J
u n Z , LlYo
n g
一
Ch u n Z
, ’
,
Co lle g
e of 乙诉 Sc ie n c e , 2厢rio n alEn g in e e ri n g R e s e a rc h Ce n tre fo r Wh e a t, 价 n a n A g ri e u ltu ra l Un iv ers i妙, Zh e n g zh o u 4 5 00 02 ,
Ch i
n a
A b str ac t: In o rd er t
o Pro v id e an in sigh t in to m o le
c u lar e har
e te ri sti e s an d Pu tati
v e eP ig en eti e fu n e ti o n s o fM B D
in w h e at
,
a g e n e w ith e o m P1ete o Pe n re ad in g fr a m e (ORF )d
e sig nate d
a s Ta 泪毋D 4 w a s ide n tifi e d in w he at by in
s ilie o e lo n in g aPPr o ac h an d its fr a g m e n t w a s e lo n e d by R T- PC R
.
A而 n o ae id seq u e n e e an a lysis sh o w e d th at
Ta MB D 4 e o n tai n e d a e o n serv e d me thyl
一
CPG b in d in g d o m ai n
,
w h ie h 而g ht Pla y a Pu ta tiv e ro le in ePig en etie
m ee ha n ism
.
SPat ia le x Pre ssio n an alysis sh o w e d that th e ex Pre ssio n le v e l o f Ta 泪旧D4 w a s hig he r in dry se e d s
an d
e n
do sPerm th an th at i
n o the r tis su e s te ste d
.
Th
e e o m P叭iv e an alysis be tw e e n cD N A an d g en o li c D N A o f
th e g e n e sh o w e d th at a sh o rt in tr o n w as in c lu d e d
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In te re stin g ly
,
w e fo u n d th a t th e in tr o n w a s e o m Po se d o f Z
tan d e m sim Ple se qu e n e
e re Pe at s
,
w h ieh 而g ht be in v o lv e d in the Po str an seri Ptio n al re g u lati o n o f th e TQ 泪旧D 4 .
K ey w or ds : D N A m ethylati o n ; w he at ; Ta MB D 4 ; elo n in g : g e n ~
e s
trU
e
tur
e an d e x Pr e ssio n
D N A 甲基化是生物体内普遍存在的一种基因
修饰现象 。 植物基因组中D N A 甲基化一般发生在
m Cp G
·
m C p N p G 和 m C p N p N (N = A 、 C 或 T )
(G r u e n b a u m 等 1 9 8 1 ; M a tz k e 等 1 9 8 9 ; T ar iq 和
p a sz k o w ski 2 0 0 4)
, 在植物组织特异性或发育调控
性基因的表达中起重要作用 , 高等植物细胞在不
同的分化与发育阶段具有不同的甲基化模式 ,
D NA 甲基化的动态变化是维持植物个体正常生长
发育的分子调控机制之一 (C a o 等 2 00 0 ; Fin n eg a n
等 2 0 0 0 ; T a k e d a 和 Pa sz k o w sk i 2 0 0 6 )。 已有研究
表明 , D N A 甲基化与基因表达调控密切相关 。 启
动子及基因编码区域的 D NA 甲基化或脱甲基化可
以抑制或激活基因的转录 , D N A 甲基化调控基因
转录的分子机制有 2 种可能 : 一是 D N A 甲基化直
接干扰转录因子与启动子的结合(E d e n 和 c e d ar
19 94) ; 二是甲基化的 D N A 上特异结合了甲基结
合蛋白(m e th yla tio n b in d in g d o m a in p r o te in ,
M B D)
, 进而召募转录抑制复合体(包括共抑制因
子和组蛋白脱乙酞基酶等), 诱发组蛋白的脱乙酞
化 , 导致 染色 体 结 构 的变化 和 转录 的抑制
(SPrin g e r 和 K a ePPle r 2 00 5 ; B a lle star 和 E ste lle r
2 0 0 5 )
。 多数的实验都支持第 2 种机制 。 甲基结
合域蛋白MB D 是与甲基化D N A特异结合的反式作
用因子 , 在基因表达调控和维持生物体正常生长
发育中起作用 。 在脊椎动物中 , 共分离到 5 个编
码 MB D 蛋白的基因 , 其中M B D I、 MB D Z 、 MB D 3
和 M eC PZ 直接参与 D N A 甲基化的转录抑制 ; 而
M B D 4 蛋白有M B D 保守域和糖基化酶两个保守
域 , 主要在修复系统中起作用 , 与转录失活无关
(N a n 等 1 9 9 5 ; N g 等 19 9 9 , 2 0 0 0 ; J价rg e n se n 和
收稿
资助
2 0 0 7
一
0 8
一
2 9 修定 2 0 0 7 一 1 2 一2 4
国家 自然科学基金项 目(3 0 3 0 0 1 9 5 )。
通讯作者(E 一m a i一: y o n g e h u n li7 1 @ y曲o o . e o m . e n ; T e l
0 3 7 1
一
6 3 5 5 8 2 1 5 )
。
植物生理学通讯 第 4 卷 第 l期 , 20 08 年 2 月
Bi rd 20 02 )
。 近年来 , 植物MB D 的研究己取得初
步进展 。 拟南芥 、 水稻 、 玉米基因组分别编码
13
、
16 和 1 6 个 MB D 蛋白(z em ae h 和 G r afi 2 00 3 ;
SPri
n g er 和 K ae即ler 20 05 ) , 小麦MB D 的研究非常
少 。 为了探讨小麦中M B D 基因的结构与功能 , 本
文以拟南芥编码 M B D 基因的 E S T 为基础 , 采用
电子克隆并结合 R T 一PCR 方法从小麦中分离克隆到
一个包含完整开放阅读框(o p e n r e a d in g fr a m e ,
O R F) 的MB D 基因 Ta M BD 4 , 分析其编码蛋白的
结构特性和研究 Ta M BD 4 的组织表达特性以及基
因结构 , 为进一步探讨小麦MB D 基因的生物学功
能积累了基础资料 。
材料与方法
以普通小麦(Tr iric u m a es riv u m L . )品种 ‘郑麦
90 23
’ 干种子为材料 , 进行小麦M B D 基因的分
离克隆 。 分别取干种子 、 萌动 24 h 的胚和胚乳 、
萌动 4 8 h 的胚根和胚芽 、 三叶期叶片及茎 , 提
取 R N A 用于研究 Ta M BD 4 基因的组织表达特性 。
总 R N A 提取采用热酚法(倪中福等 2 000) , 并
参照 L o h m a n n (19 9 5)的方法纯化 。
cD N A 的合成采用 20 林L 反应体系 [含 2 林g 总
R N A
、
5
nu
o l
·
L
一’T ri s一HC I (pH 8
.
3 )
、
7 5 m m o l
·
L
一’
K C I
、
3 m m o l
·
L
一
1 M g C 12
、
1 0 m m o l
·
L
一
1 D T T
、
5 0
m m o l
·
L
一 ’ d N T p
、
5 0 p m o l锚定引物 、 2 0 0 u M -
M L v 反转录酶 ] , 3 7 ℃温育 Z h , 取 2 林L 反应
液用于 PC R 扩增 。
以拟南芥M B D 基因的E S T 作为基础序列 , 用
B LA S T N 对 db E ST 进行同源性搜索 , 获得有片段
重叠和同源性高的小麦 E S T S ; 严格聚类分析 , 尽
量避免含有旁系同源基因 , 拼接后产生序列重叠
群(c o nt ig) , 以新获得的 co nt ig 为目标序列重复进
行上述分析步骤 , 直至不 能获得 延伸为止 ; 最
后 , 通过 B LA ST x 验证该拼接片段是否符合预测 。
针对 O R F 区域设计特异 PC R 引物进行扩增 ,
引物序列为 T aM B D 4 一L : 5 ’ G C A A G A TC CC A A -
C G A A A G 3
, ; T aM B D 4
一
R
:
5
,
A G A G G C A TCA TA
-
A A G TC C A TA C 3
, 。
PC R 反应采用 4 0匹 体系 , 其
中包括 4 林L 反转录产物或者 4 0 ~ 5 0 n g D N A 、
10 x p C R 缓冲液 4 林L 、 1 0 n
o l
·
L
一’ dN T p 1
.
6 林L 、
特异引物 T aMB D 4 一L 和 T视B D 4 一R 各 8 0 n g 、 T aq
D N A 聚合酶 Z U 。 扩增程序为 9 4 ℃ 5 而 n ; 9 4 ℃
1 m in
,
5 3 oC 1 m in
,
7 2 oC 1 m in
,
4 0 个循环 ;
7 2 oC 后延伸 10 m in 。
PC R 产物经 1% 琼脂糖凝胶电泳后回收克隆到
T 载体中进行测序分析 。 凝胶回收采用北京天为
时代公司的 D N A 凝胶回收试剂盒 , 克隆载体采用
pr o m e g a 公司的 pG EM 一T E a sy 载体 , 测序在北京
三博远志公司进行 ; cD N A 序列在 G en B an k 进行
B LA S T 搜索 , 进行同源性比较 , c D N A 序列的初
步分析 、 氨基酸翻译采用 D N A M A N 软件 , 序列
的氨基酸比对分析采用 Cl us ta 1 X 软件 ; 蛋白质序
列以及结构分析通过 E x p a sy (h ttp :/ w w w . e x pa s y .
o r g )进行 。
用扩增 O RF 时的引物进行 R T 一PCR 分析 , 为
防止扩增达到平台期 , 分别进行 2 8 、 3 0 和 35 个
循环 的扩增 , 最后显示的是 3 0 个循环的检测结
果 ; 选用小麦 p肌动蛋白基因为对照 , 引物序列
为 A e tin 一 1 : 5 ’CA G CA A C T G G G A T G A TA T G G 3 ’
和 A c tin 一2 : 5 ‘A T T T C G CTT T C A G CA G T G G T 3 ’。
为了分析基 因组 中此基 因的结构 , 采用
CT A B 方法(Sa g ha i一Mam o f等 198 4 )提取小麦幼苗的
总 D N A 。 以 TaM B D 4
一
L 和 TaM B D 4
一
R 为引物 , 基
因组 D N A 为模板 , PC R 扩增了 Ta M BD 4 的基因
组片段 , 并经过回收 、 连接 、 转化 , 选择阳性
克隆送公司测序 , Ta M BD 4 的 c D N A 序列与基因
组序列的比对用 D N A M A N 软件进行 。
结果与讨论
1 小麦 了祖泪旧D 4 基因 e D NA 的克隆和序歹Ij分析
以拟南芥M B D 基因 E S T 作为基础序列 , 用
B L A ST N 对 db E S T 进行同源性搜索 , 获得同源性
高且有部分重叠的 2 个小麦 E s T (B J 2 4 1 6 s z 和
B J2 3 665 7)
, 进行拼接后得到一条包含完整 O RF 的
序列 , 命名为 T a M B D 4 ; 提取小麦品种 ‘郑麦
9 0 2 3
’ 干种子的 R N A , 经反转录得到的 c D N A 为
模板 , 以 T aM B D 4 一L 和 T aM B D 4 一R 为引物 , 获
得与 目标大小一致的条带(图 1) 。 经过回收 、 克
隆和序列分析表明 , T a M B D 4 序列长度为 5 0 7
bp
, 其中编码区为 3 0 0 bp , 5 , 非翻译区为 14 3 bp ,
3
’非翻译区为 6 4 b p (图 2) 。 推测编码 蛋白的分子
量为 1 . 2 5 k D a , 等电点的理论值为 9 3 4 。
2 小麦 T aM BD4 蛋白的结构分析
B L A S T X 搜索结果显示 , 小麦 T aMB D 4 蛋 白
植物生理学通讯 第 4 卷 第 1 期 , 2 0 0 8 年 2 月
阅卜一~
门卜一.
0 0 0 bP
5 0 0 bP
图 1 目的基因的PC R 产物
Fi g
·
1 PC R P
r o du c t of targ
e te d g e n e
: 扩增产物 ; 2 : D N A 分子量标准 。
与来自不同物种的甲基结合蛋白氨基酸具有一定的
相似性 , 其中与拟南芥 AtMB D 13 、 玉米M B D ll3
和M B D l l4 、 水稻MB D 7 04 和MB D 7 05 的同源关
系相对较近 (图 3 ) 。 氨基酸序列分析表 明 ,
T舔侣D4 编码蛋白质中具有甲基结合蛋白的保守功
能域(第 4~7 4 个氨基酸) , 组成有典型环的 al p夹
层结构 。 按照 sp ri n g e r和 K ae pp le r (20 0 5)的分类
方法 , 应该属于第 V n l亚类 , 此类 M B D 蛋白的
相对分子量都较小 , 只包含单一的M巴D 保守域结构 。
另外 , 小麦 T aM B D 4 蛋白还包含多个翻译后
修饰位点 : 2 个蛋白激酶 C 的磷酸化位点 、 1 个
酪蛋白激酶磷酸化作用位点 , 在小麦中属于新克
隆的基因 。
3 小麦 Ta 别rB D 4 基因的组织表达特性分析
为保证各材料总 R N A 反转录产物中的 c D N A
1 G C A A GA T C CC八A C G A AA GA G G A G T T C G AG A C G A T CC G CG AG A G C T T AG C C GA G G A C CCC
6 0 T G G T T C T G T G G C A G G GA C C C CA G CG C CG G C CG T T C CT G CA A G C A G C C G G A G GA C A T T C C G
12 0 T G CG A CA G CA G C T G C A T C T G G G T CA T G G A CA A GC CA G G CA T CC C GC G C CC G CC A C CT G CG
M D K P G 1 P R P P P A
180 A CG A A GC G G C T G G T G A T C A T G C G G C G T G A CC T G T C CA A G A T G G A CA C C T A C T A C T T G C T G
T K R L V 1 M R R D L 5 K M D T Y 丫 L L
2 40 C C CA A CG G G AA G C GC GC G C G G T C CG G CAA CG A CG T G G A GA A G T T C CT C CA G G A GA A C C CG
」二」巫二昼一茎二」1 一玉一丑- 二L卫呈一旦一工匕三盗‘旦一丛‘」1 ‘互一二之一旦」L 卫 -
3 00 G A G T A T A G G G CGA A C CT G C CG G CA T CA AA G T T CT C CT T CG C CA C G CC CA A G A T C G T T C CG
E Y R A N L P A 5 K F 5 F A T P K 1 V P
3 60 G CG A C T A T T G G A GA G AG C T CA C T A T G G A G G G T T G C CC A G G C CG A G G G G GA AA A G T T T G AG
-玉 工 一 工 一旦二 卫 5 5 L W R V A Q A E G E K F E
4 20 G AG A T G G AC G T G T T C G G A T T C T G A T T A C T A T T AC T AT C CG A G C G G CA G CA A CT A G G T A CT
E M D V F G F *
4 80 A T G G AA .G T A T G G A C T T T A T G A T G C C TC T
图 2 小麦 介胭叨D 举基因核普酸及推测的氨基酸序列
Fig
.
2 N u ele o tide a n d de d u e e d洲 n o ac id s e qu enc e o f几泪旧D4 ge ne w he at下划线为 M B D 保守域 。
含量的一致性 , 以小麦 p肌动蛋白基因的RT 一PCR
扩增产物为对照 。 结果表明 , 所检测的 7 个组织
中的 Ta M BD 4 表达量有差异 , 千种子和萌动 24 h
的胚乳中的表达量高 , 萌动 48 h 的胚芽和萌动 24 h
的胚中的表达量次之 , 三叶期叶片和茎 、 萌动 48 h
的胚根中的表达量极低(图 4) 。 这与 SPr in g er 和
K a e即le r (200 5)关于玉米MB D 基因时空表达特性
的研究结果相似 , 玉米材召D z I4 、 材丑D l l g 和
M B D ] 2 0 在胚乳 、 种子 、 幼苗 、 根尖 、 幼叶和
成熟叶中存在组织间特异表达现象 , 其余玉米
M B D 基因在所检测各组织中均表达 , 但不同组织
间表达量有差异 。 B er g 等(2 0 3) 对拟南芥MB D 的
表达特性分析也表明 , A tM B D I 、 A tM B D Z 、
A tMB D 4
、
A tMBD S
、
A tMB D 石和 A口以B D l 在花 、
花序 、 干果 、 叶片和茎杆等组织中均表达 , 但
不同基因的表达量在不同组织中也有明显差异 。
植物生理学通讯 第 4 4 卷 第 l 期 , 2 00 8 年 2 月 2 3
10 0% 8 0% 6溅 4既 2既 0%
MBD ll4
姗D 7 04
MB D 70 5
MB D ll3
At翻D 13
I T‘D ; }
A t姗D7
A t姗DS
A tMB D6
At姗DS
At姗DI
暗示其可能参与调控胚乳和干种子相关基因的沉
默 。 至于 介叼旧D 甲与甲基化 D N A 的互作及其在小
麦种子发育过程中的生物学功能的实验正在进行
中 。
4 小麦 Ta 泪毋D 4 的基因组结构分析
用小麦基因组 D N A 为模板 , 利用 PC R 方法
扩增 Ta MB D 4 的基因组序列 , 测得的 Ta MBD 4 的
D N A 序列与以前获得的 。D N A 序列进行比对的结
果表明 : 此基因在终止密码子后的 3 , U T R 处有一
个 12 b p 的内含子(图 5) , 进一步分析表明 , 此
内含子是 2 个简单序列 G G CA G T 的串联重复 , 推
测此内含子可能与 T aM B D 4 转录后调控有关 。 关
于此基因内含子的调控功能及其在小麦生长发育过
程中的生物学功能研究正在进行 。
A tMB D4
At姗DZ
At胭D1 2
At姗D3
At皿Dg
At MB D1 0
At细Dll
图5 小麦介材刀D4 的基因组结构图
Fig
.
5 S tru e tu re g ra Ph o fTa M B D 4 in w h e a t
黑色部分代表外显 子区域 , 空白部分代表内含 子区域 ,
数字代表 内含了的位置 。
图 3 小麦 T aM B D 4 与来自拟南芥 、 玉米和水稻的
M B D 蛋白氨基酸序列同源性比较
Fig
.
3 H o m 0 Phylic c o m Pa riso n o fT aM B D 4 in w h e a t w ith
MB D Pro te in s fr o m A r北id o Ps is , e o rn , a n d ric e
A tM B D I 一 1 3 : 拟南芥 : M B D l l3 一 M B D l l4 : 玉米 ;
M B D 7 0 4 水稻 ; T a M B D 4 : 小麦 。 分支上数字代表相似性 。
参考文献
本文结果表明 , Ta MB D 4 在干种子和胚乳的表达
量高于其他组织 , 这种表达模式可能与胚乳和干
种子中基因的选择性沉默有关(G eh rin g 等 2 0 04) ,
也 可 能 与 胚 乳 中 基 因 的 基 因 组 印 迹 有 关
(o r o ssn ik lau s 等 2 0 0 1), Ta M B川 的组织表达模式
图 4 小麦 Ta MB D 4 的组织表达特性分析
F ig 4 E x Pre s s io n Pa tte rn s o f Ta M BD 4
in d iffe re n t w he a t tis su e s
l
: 叶 片 : 2 : 茎 ; 3 : 胚根 : 4 : 胚 芽 ; 5 : 胚 ;
6
: 胚 乳 ; 7 : 「立种 子 。
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C PG
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2 4 植物生理学通讯 第科卷 第 l期 , 20 08 年 2 月
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M a tz k e A JM (1 9 8 9)
.
R e
-
v e rs ib le m e thy latio n a n d in a e tiv a tio n o f m a rk e r g e n e s in
se q u e n tia lly tra n sfo rm e d to b a e e o p la n ts
.
EM B o J
,
8 (3 ):
6 4 3 ~ 6 4 9
N a n X
,
N g H H
,
Jo hn so n CA
,
L a he r ty C D
,
T u rn er BM
,
E ise n m a n
R N
,
B ird A (1 9 9 8)
.
T ra n s er iPtio n al re Pre s sio n b y th e m e
-
thy l
一
C PG
一
b in d in g Pr o te in M e C PZ in v o lv e s a h is to n e
d e a c etyla se e o m Ple x
.
N a tu r e
,
3 9 3 (6 6 8 3 ): 3 8 6 ~ 3 8 9
N g H H
,
Zh an g Y
,
H en dri
eh B
,
Jo hn so n C A
,
T urn
e r BM
,
E rdj
u m e n t
-
B r o m a g e H
,
T emP
st p
,
R e in be
r g D
,
B ird A (1 9 9 9)
.
MB o Z 15
a tra n sc riPtio n a l re Pre s so r b e lo n g in g to th e M e C PI h isto n e
d e a c e tyla se c o m Ple x
·
N a G e n e t
,
2 3 : 5 8~6 l
N g H H
,
Je PPe se n P
,
B ird A (2 0 0 0 )
.
A e tiv e re Pre ss io n o f m e thy
-
la te d g e n e s by th e c h r o m o s o m a l Pr o te in M B D I
.
M o l Ce ll
B io l
,
2 0 : 1 3 9 4 ~ 14 0 6
Sa g ha i
一
M ar 0 0 f M A
,
S o lim a n KM
,
Jo r g e n se n R A
,
A lla rd R W
(19 8 4 )
.
R ib o so m a l D N A sPa e e le n g th Po ly m o Ph ism s in
ba rle y : m e n d e lia n in her itan e e
, e hr o m o so m a l lo c a tio n s
, a n d
Po Pu la tio n dyn
anu
e s
.
Proc N at lA
ead S
e iU S A
,
8 1: 80 1 4~8 0 1 8
SPrin g e r N M
,
K a e PPle r SM (2 0 0 5)
.
E v o lu tio n a ry d iv erg en e e o f
m o n o e o t a n d d ic o t m e thyl
一
C PG
一
b in d in g d o m ain Pr o te in s
.
Pla n t Phy sio l
,
1 3 8 (l)
: 9 2一 10 4
T a k e d a S
,
Pa sz k o w ski J (2 0 0 6 )
.
D N A m e th yla tio n a n d ePig e n e tie
in h e rita n e e d u rin g Pla n t g a m e to g e n e sis
.
C hr o m o s o m a
,
1 1 5
(l) : 2 7 一3 5
T a riq M
,
Pa s z k o w sk i J (2 0 0 4 )
.
D N A a n d histo n e m e thy la tio n in
Plan ts
.
T re n d s G e n e t
,
2 0 (6)
: 2 4 4 ~ 2 5 1
Z e m a c h A
,
G r a fi G (2 0 0 3 )
.
C h a ra e te riz a tio n o f A r a b id o P s is
th a lia n a m e thy l
一
CPG
一
b in d in g d o m a in (MB D ) Pro t
e in s
.
Pla n t
J
,
3 4 (5 ): 5 6 5~5 7 2