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Cloning and expression analysis of Stpk-V homologous genes under infection by Gaeumannomyces graminis var. tritici in wheat

小麦Stpk-V同源基因的克隆及全蚀菌诱导下的表达特征分析



全 文 :植物病理学报
ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA  45(4): 443 ̄448(2015)
收稿日期: 2014 ̄06 ̄06ꎻ 修回日期: 2015 ̄03 ̄11
基金项目: 公益性行业科研专项(201303016)ꎻ“十二五”国家科技支撑计划(2012BAD19B04ꎻ2011BAD16B07)ꎻ院自主创新基金ꎻ省基础与
前沿技术研究计划项目(142300413221)
通讯作者: 宋玉立ꎬ研究员ꎬ主要从事小麦病害研究ꎻ E ̄mail: songyuli2000@126.comꎮ
doi:10.13926 / j.cnki.apps.2015.04.014
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研究简报
小麦 Stpk ̄V同源基因的克隆及全蚀菌诱导下
的表达特征分析
王俊美ꎬ 徐 飞ꎬ 杨共强ꎬ 宋玉立∗ꎬ 李亚红ꎬ 田怀芹
(河南省农业科学院植物保护研究所 /农业部华北南部作物有害生物综合治理重点实验室ꎬ郑州 450002)
Cloning and expression analysis of Stpk ̄V homologous genes under infection by
Gaeumannomyces graminis var. tritici in wheat   WANG Jun ̄meiꎬ XU Feiꎬ YANG Gong ̄
qiangꎬ SONG Yu ̄liꎬ LI Ya ̄hongꎬ TIAN Huai ̄qin   ( Institute of Plant ProtectionꎬHenan Academy of Agricultural
Sciencesꎻ Key Laboratory of Crop Integrated Pest Management of the Southern of North ChinaꎬMinistry of Agriculture of the
People’s Republic of ChinaꎬZhengzhou 450002ꎬChina)
Abstract: Take ̄all diseaseꎬcaused by Gaeumannomyces graminis var. tritici is one of the important soil ̄borne
diseases on wheat. The resistance genes researches to take ̄all have been focused on their functional study in
resistant breeding. In this studyꎬthe Stpk ̄V homologous genes have been cloned with the primers synthesized
according to the known sequence of Stpk ̄V gene (GenBank accession number HM241655.1)ꎬand these two
Stpk ̄V homologous genes were isolated from two wheat cultivars Xinnong19 and Xinmai19 through PCR amplifi ̄
cation and  named as Stpk ̄XN19 and Stpk ̄XM19(under GenBank accession numbers KF836611 and KF836610)
respectively. The alignment analysis was done with the predicted amino acids of six Stpk ̄V homologous genes. A
phylogeny tree of 14 homologous Stpk ̄V proteins including Stpk ̄XN19ꎬStpk ̄XM19 and twelve proteins from
other plants species was constructed by soft Mega4.0 through Neighbor Joining methodꎬshowing that Stpk ̄XN19
and Stpk ̄XM19 were closer to those from plant species of Poaceae. Transcription patterns of these two genes
Stpk ̄XN19 and Stpk ̄XM19 were analyzed by quantitative PCR. The results indicated that Stpk ̄XN19 was
up ̄regulated and its expression level increased 2.9 fold when infected by G. graminis var. triticiꎬbut Stpk ̄XM19
expression level changed insignificantlyꎬ indicating that Stpk ̄XN19 might anticipate in the course of wheat
resistance response to take ̄all in cultivar Xinnong19.
Key words: Wheatꎻ Stpk ̄V homologous geneꎻ take ̄allꎻ gaeumannomyces graminis var. triticiꎻ expression
analysis
文章编号: 0412 ̄0914(2015)04 ̄0443 ̄06
    由禾顶囊壳小麦变种 ( Gaeumannomyces gra ̄
minis var. tritici ) 侵染引起的小麦全蚀病是小麦
上一种重要的根部病害ꎬ广泛分布于世界各小麦种
植区ꎮ 近年来ꎬ小麦全蚀病在黄淮冬麦区发生呈上
 
植物病理学报 45卷
升趋势ꎮ 选育和种植抗病品种是解决小麦全蚀病
危害的根本途径ꎬ抗病基因研究是抗病育种的基础
性工作ꎮ
    随着目前克隆基因数量的日益增加ꎬ利用已知
抗病基因的保守序列或根据已有抗病基因的序列
信息克隆抗病基因已经成为抗病及相关基因克隆
的重要手段ꎮ 本研究根据已经报道的来源于簇毛
麦抗小麦白粉病基因 Stpk ̄V 序列信息合成引
物[1]ꎬ以本研究室前期田间试验鉴定的对小麦全
蚀病表现中抗的小麦品种新农 19和高感小麦品种
新麦 19为材料[2]ꎬ获得了 2 个材料的全长基因序
列 Stpk ̄XN19 和 Stpk ̄XM19ꎮ 对 Stpk ̄XN19 和
Stpk ̄XM19与其他 4 个 Stpk ̄V 同源基因编码氨基
酸进行了比对分析ꎬ构建了 2 个基因编码蛋白与
12个来自不同植物编码同源蛋白的进化树ꎮ 同时
根据获得基因序列中的保守区域合成定量引物分
析了全蚀菌胁迫条件下 Stpk ̄XN19 和 Stpk ̄XM19
的表达特征ꎮ
1  材料与方法
1.1  材料
    根据前期的抗性鉴定结果选取中抗品种新农
19和高感品种新麦 19ꎻ供试菌为河南省农业科学
院植物保护研究所小麦病害研究室保存的 NS90
菌株ꎮ 采取托盘培养接菌块的方法ꎬ采集接菌后0、
24、72 h 和 8 d 以及同期不接菌对照的小麦根ꎬ
-70℃保存备用ꎮ
1.2  试剂
    Trizol 试剂、反转录试剂盒(PrimeScriptTM Ⅱ
1st Strand cDNA Synthesis Kit)、荧光定量试剂
(SYBR Premix Ex TaqTMⅡ)以及用于基因扩增的
Taq酶和 dNTPs等试剂均购自宝生物工程(大连)
有限公司ꎻ引物由南京金斯瑞生物科技有限公司合
成ꎻ测序由生工生物工程(上海)股份有限公司完
成(以下简称上海生工)ꎮ
1.3  叶片 RNA提取和 cDNA合成
    利用 Trizol法(具体方法参考 TAKARA 说明
书)提取新农 19和新麦 19 的 RNAꎮ 用 Eppendorf
Biospectrometer 分光光度计检测样品的浓度和纯
度ꎮ 参照说明利用反转录试剂盒获得 cDNAꎬ稀释
10倍后-20℃保存备用ꎮ
1.4  全长基因片段的获得
    根据已经报道的 Stpk ̄V 基因序列(GenBank
登录号为 HM241655. 1)合成引物[1]ꎮ Pm21QCF:
ATGGGTTGTTCTCCTTTCTTTTGꎻ Pm21QCR: TC ̄
ACTCACACTCTGATATTGCGꎬ以两个小麦的cDNA
为模板扩增 Stpk ̄V 同源基因ꎮ 程序参考 Cao 等[1]ꎮ
PCR产物直接交由上海生工进行克隆测序分析ꎮ
1.5  基因的生物信息学分析
    获得基因片段利用在线工具 ORF finder (ht ̄
tp: / / www.ncbi. nlm. nih. gov / gorf / or fig. cgi)分析
其开放阅读框ꎮ 利用 DNAMAN 进行同源比对分
析ꎬMEGA4.0 软件中的邻接法(Neighbor ̄Joining)
构建进化树ꎮ
1.6  基因的定量表达分析
    根据已经获得基因的保守区域序列合成定量
引物对 Pm21DLF:TGGATGTATTATGAGCAGG ̄
GAGꎻPm21DLR: GAGGATGAAGCGAAAGCAAꎮ
以小麦的核糖体 26s RNA (GenBank 登录号为
Z11889.1)基因作为内参对照ꎬ引物序列为 26S ̄F:
5′ ̄ GAAGAAGGTCCCAAGG GTTC ̄3′ꎻ26S ̄R:5′ ̄
TCTCCCTTTAACACCAACGG ̄3′ꎮ 应用 ABI 7500
实时荧光定量 PCR仪进行定量表达分析ꎮ 反应体
系为:2×SYBR Premix Ex Taq 10 μLꎬ50×ROX Ⅱ
0.4 μLꎬ上游引物(10μmol 􀅰 L ̄1)0.8 μLꎬ下游引
物(10μmol􀅰L-1 ) 0. 8 μLꎬ cDNA 第一链 2 μLꎬ
ddH2O 补足至 20 μLꎮ 反应程序为:95℃ 30 sꎻ
95℃ 5 sꎬ56℃ 34sꎬ72℃ 35sꎬ40个循环反应结束后
进行荧光值变化曲线和融解曲线分析ꎮ 每个反应
设 3次重复ꎮ 相对定量的方法分析基因表达ꎬ采用
2-△△CT方法计算基因的表达量[3]ꎮ 相对表达量高
于或低于对照(0 h)的 2 倍以上(含 2 倍)时ꎬ可认
为差异显著ꎮ
2  结果与分析
    根据文献报道的 Stpk ̄V(AEF30546.1)基因序
列信息合成引物扩增新农 19和新麦 19的 cDNAꎬ结
果两个品种中都扩增出长度 1 200 bp左右的特异条
带ꎬPCR产物直接送至上海生工进行测序ꎬ获得了两
条长度均为 1 206 bp的条带分别命名为 Stpk ̄XN19
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  4期 王俊美ꎬ等:小麦 Stpk ̄V同源基因的克隆及全蚀菌诱导下的表达特征分析
Fig. 1  Alignment of the amino acid sequence of Stpk ̄XN19 and Stpk ̄XM19 with
other Stpk ̄V homologous proteins
The variable amino acids were marked with ∗.
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(GenBank 登 录 号 为 KF836611 ) 和 Stpk ̄XM19
(GenBank登录号为 KF836610)ꎮ 利用 NCBI 中
ORF finder ( http: / / www. ncbi. nlm. nih. gov / gorf /
gorf.html) 工具对获得的两个片段进行分析ꎬ两条
序列均包含完整的开放阅读框ꎮ 翻译成氨基酸后
利用 BLAST软件与已公布的来源于簇毛麦 Stpk ̄V
(GenBank登录号为 AEF30546.1)及来源于普通小
麦扬麦 58 A、B、D组的 Stpk ̄A(GenBank登录号为
AEF30548. 1 )、 Stpk ̄B ( GenBank 登 录 号 为
AEF30550. 1 ) 和 Stpk ̄D ( GenBank 登 录 号 为
AEF30549.1)的氨基酸序列进行比对分析ꎬ同源性
高达 98%以上ꎮ 利用 DNAMAN 软件对 6 个氨基
酸序列进行比对分析ꎬ结果表明共有 15 个位点存
在变异ꎬ其中 Stpk ̄V 基因含有 6 个特异位点ꎬ且这
些位点位于氨基酸序列的 N端和 C端(图 1)ꎮ
    为了进一步明确两个基因与其他物种类似基因
的进化关系ꎬ根据 Stpk ̄XN19 和 Stpk ̄XM19 的氨基
酸序列结果ꎬ利用 NCBI 中 Blast 工具进行比对分
析ꎬ并利用 MEGA4. 0 软件构建了 Stpk ̄XN19 和
Stpk ̄XM19与 12个同源基因的遗传进化树(图 2)ꎮ
结果表明这两个基因与来自禾本科的同源蛋白聚在
同一个大的分支上ꎬ与其中来自大麦的登录号为
BAJ93188.1的蛋白同源性最高ꎻ其次是来自二穗短
柄草登录号为 XP_003575401.1 和 XP_003575402.1
的蛋白ꎻ然后是来自玉米登录号为 AFW66416.1、NP
_001132904.1和来自小米登录号为 XP_004951873.1、
XP_004951875.1的蛋白ꎻ与来自水稻登录号为 XP
_004951875.1 和 XP_004951873. 1 的蛋白距离较
远ꎮ 与分别来自金钱桔 (ESR54255.1)、番茄(XP_
004248347.1)和蓖麻(XP_002529950.1)的蛋白同
源性低聚在不同的分支上ꎮ
    根据两个基因序列的保守区域合成定量引物ꎬ
以小麦核糖体26s RNA 基因作为内参对照ꎬ采用
相对定量的方法分析 Stpk ̄XN19 和 Stpk ̄XM19 分
别在两个小麦品种新农 19 和新麦 19 中的表达量
(图 3)ꎮ 结果表明基因 Stpk ̄XN19 在中抗品种新
农 19中接菌后 24 h 比 0 h 对照表达值高 2.9 倍ꎬ
其他时间点的表达差异不显著ꎻ基因 Stpk ̄XM19在
Fig. 2  Phylogenetic tree of Stpk ̄XN19 and Stpk ̄XM19 with other 12 Stpk ̄V homologous proteins
Brachypodium distachyon (XP_003575401.1 and XP_003575402.1)ꎬCitrus clementina (ESR54255.1)ꎬ
Hordeum vulgare (BAJ93188.1)ꎬOryza sativa (NP_001045995.1 and EEE56371.1)ꎬRicinus communis (XP_002529950.1)ꎬ
Setaria italica (XP_004951873.1 and XP_004951875.1)ꎬSolanum lycopersicum (XP_004248347.1)ꎬ
and Zea mays (NP_001132904.1 and AFW66416.1) .
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  4期 王俊美ꎬ等:小麦 Stpk ̄V同源基因的克隆及全蚀菌诱导下的表达特征分析
Fig. 3  Transcriptional patterns of Stpk ̄XN19 and Stpk ̄XM19 post inoculation
高感品种新麦 19 中接菌后各时间点的表达量较
0 h 差异不显著ꎮ
3  讨论
    普通小麦中抗全蚀菌的材料稀缺ꎬ鉴于全蚀菌
的寄主范围非常广泛ꎬ可侵染多种禾本科植物ꎬ很
多学者从外缘物种中寻求抗病材料ꎬ结果表明黑
麦、燕麦、冰草属植物、山羊草、簇毛麦和华山新麦
草中均含有全蚀病抗性基因[4]ꎮ 但是由于受到杂
交不亲和或新种质资源创制周期长等因素的影响ꎬ
目前少见利用近缘种育成抗小麦全蚀病新品种的
报道ꎮ 利用基因工程进行抗病育种的工作进行也
很缓慢ꎮ 仅Wu 等[5]通过农杆菌介导的方法将外
源功能基因 Bcl和 Rip 导入到小麦中ꎬ转 Rip 基因
植株对全蚀病表现一定抗性ꎮ 但由于 Rip 基因来
源于玉米ꎬ其稳定性和安全性有待于评估ꎬ从小麦
自身或近缘种筛选全蚀病抗性基因的研究迫在眉
睫ꎮ
    来源于小麦近缘种簇毛麦的 Pm21 基因是目
前应用广泛且有效的抗小麦白粉菌基因ꎬ其中的
Stpk ̄V基因已经被克隆ꎬ该基因属于丝氨酸 /苏氨
酸蛋白激酶家族[2]ꎮ 丝氨酸和苏氨酸蛋白激酶参
与植物的磷酸化途经ꎬ蛋白质的磷酸化是植物抗病
途经中的重要事件ꎮ 已经克隆的多个植物抗病基因
中很多包含有丝氨酸和苏氨酸蛋白激酶基因如番茄
的 Pto基因ꎬ水稻的 Xa21基因和小麦的 Yr36基因ꎬ
表明了此类基因在抗病途径中具有重要作用ꎮ
    本研究根据小麦抗白粉病基因 Pm21的Stpk ̄V
序列合成引物ꎬ扩增对全蚀菌表现中抗的新农 19
和高感的新麦 19 两个小麦材料ꎬ获得了两个具有
完整 ORF的 Stpk ̄V同源基因ꎮ 编码氨基酸序列比
对分析表明获得的两个基因 Stpk ̄XN19 和 Stpk ̄
XM19与已经报道基因序列不同ꎬ是两个新的基
因ꎻ与 Stpk ̄V 同源基因翻译的氨基酸序列同源性
在 98%以上ꎬ说明这类基因具有较强的保守性ꎮ
Stpk ̄V基因编码氨基酸序列与其他同源基因和本
文获得的两个基因区别较大ꎬ氨基酸的差异可能会
导致基因结构发生变化ꎬ使得 Stpk ̄V 基因具有不
同于其他同源基因的特殊功能ꎮ 前人的研究结果
表明来源于簇毛麦的 Stpk ̄V 提供了 Pm21 抗白粉
病的功能ꎬ而来源于普通小麦扬麦 58 的 Stpk ̄A、
Stpk ̄B和 Stpk ̄D基因不具有这种功能[2]ꎮ 同时本
研究室对新农 19 和新麦 19 的白粉病抗性鉴定结
果也表明两个品种对白粉菌抗性一般ꎬ不同于
Pm21基因ꎮ
    与 12个同源基因的进化关系分析表明该基因
与来源于禾本科的蛋白同源关系较近ꎬ聚在同一分
支上ꎮ 定量 PCR结果表明 Stpk ̄XN19 基因在小麦
与全蚀菌非亲和互作 24 h时与对照相比表达量显
著提高ꎬ推测新农 19 中 Stpk ̄XN19 基因可能与全
蚀菌抗性相关ꎮ 但由于植物对病原菌的抗性是一
个复杂的网络系统ꎬ基因 Stpk ̄XN19 在抗病系统中
的作用还需要进一步通过 VIGS等手段进行验证ꎬ
以便为基因在小麦全蚀病抗性改良中的应用奠定
基础ꎮ
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植物病理学报 45卷
参考文献
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责任编辑:曾晓葳
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