全 文 ：植物病理学报
ＡＣＴＡ ＰＨＹＴＯＰＡＴＨＯＬＯＧＩＣＡ ＳＩＮＩＣＡ ４４(３): ３３２￣３３６(２０１４)
收稿日期: ２０１３￣０６￣０６ꎻ 修回日期: ２０１３￣１２￣２９
基金项目: 云南省技术创新人才培养项目(２００９ＣＩ１０４)
通讯作者: 丁 铭ꎬ 研究员ꎬ 主要从事植物病毒研究ꎻ Ｔｅｌ: ０８７１￣６５１２３１３３ꎬ Ｅ￣ｍａｉｌ: ｍｉｎｇｄ７３＠１６３.ｃｏｍꎮ
研究简报
云南芒果变叶病植原体的分子鉴定
尹跃艳１ꎬ２ꎬ 汪开化３ꎬ 徐忠志２ꎬ 卢 训１ꎬ 方 琦１ꎬ 丁 铭１∗
( １云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所ꎬ云南省农业生物技术重点实验室ꎬ 农业部西南农业基因资源与种质创制重点实验室ꎬ
昆明 ６５０２２３ꎻ ２云南省农业科学院高山经济植物研究所ꎬ 丽江 ６７４１００ꎻ ３云南华坪县园艺站ꎬ 丽江 ６７４８００)
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｍａｎｇｏ ｐｈｙｌｌｏｄｙ
ｄｉｓｅａｓｅ ｉｎ Ｙｕｎｎａｎ ＹＩＮ Ｙｕｅ￣ｙａｎ１ꎬ２ꎬ ＷＡＮＧ Ｋａｉ￣ｈｕａ３ꎬ ＸＵ Ｚｈｏｎｇ￣ｚｈｉ２ꎬ ＬＵ Ｘｕｎ１ꎬ ＦＡＮＧ Ｑｉ１ꎬ
ＤＩＮＧ Ｍｉｎｇ１ ( １ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ＲｅｓｏｕｒｃｅｓꎬＹｕｎｎａｎ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｙｕｎｎａｎ
Ｐｒｏｖｉｎｃｅ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙꎬ Ｋｅｙ Ｌａｂ ｏｆ ｔｈｅ Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎ Ｃｒｏｐ Ｇｅｎｅ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ａｎｄ Ｇｅｒｍｐｌａｓｍ
Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎꎬ Ｍｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅꎬ Ｋｕｎｍｉｎｇ ６５０２２３ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ２ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ａｌｐｉｎｅ Ｅｃｏｎｏｍｉｃ Ｐｌａｎｔꎬ Ｙｕｎｎａｎ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ
Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｌｉｊｉａｎｇ ６７４１００ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ３ Ｈｕａｐｉｎｇ Ｇａｒｄｅｎｉｎｇ Ｓｔａｔｉｏｎꎬ Ｌｉｊｉａｎｇ ６７４８００ꎬ Ｃｈｉｎａ)
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｐｒｉｍｅｒｓ ｐａｉｒ ｏｆ ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ １６Ｓ ｒＤＮＡꎬ ａ ｆｒａｇｍｅｎｔ ｏｆ １ ２４４ ｂｐ ｗａｓ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ
ｂｙ ｎｅｓｔｅｄ￣ＰＣＲ ｆｏｒ ｔｈｅ ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ (ＨＰ￣１) ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｍａｎｇｏ ｐｈｙｌｌｏｄｙ ｄｉｓｅａｓｅ ｆｏｕｎｄ ｉｎ Ｙｕｎｎａｎ Ｐｒｏ￣
ｖｉｎｃｅ. Ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ｉｔ ｈａｄ ｈｉｇｈ ｉｄｅｎｔｉｔｙ (９９.２％) ｗｉｔｈ ｐｅａｎｕｔ ｗｉｔｃｈｅｓ’ ￣ｂｒｏｏｍ (ＰｎＷＢ) .
Ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅ ｉｎｄｉｃａｔｅｄ ｔｈａｔ ＨＰ￣１ ｆｏｒｍｅｄ ａ ｃｌａｄｅ ｗｉｔｈ １６Ｓｒ ｇｒｏｕｐ Ⅱ. Ｔｈｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｏｎｌｉｎｅ
ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｉＰｈｙＣｌａｓｓｉｆｉｅｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｍｐｌｏｒｅｄ ｔｈａｔ ＨＰ￣１ ｂｅｌｏｎｇｅｄ ｔｏ ｓｕｂｇｒｏｕｐ Ａ (ＰｎＷＢ) ｏｆ １６Ｓｒ
ｇｒｏｕｐ Ⅱ ｗｉｔｈ ａ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｏｆ ０.９７. Ｉｔｓ ｐｕｔａｔｉｖｅ １６Ｓ ｒＤＮＡ ＲＦＬＰ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｆｏｒ Ｈａｅ Ⅲ ｗｅｒｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ
ｆｒｏｍ １６Ｓｒ ｇｒｏｕｐ Ⅱ￣Ａ. Ｉｔ ｉｓ ｃｏｎｃｌｕｄｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ ｏｆ Ｙｕｎｎａｎ ｍａｎｇｏ ｐｈｙｌｌｏｄｙ ｄｉｓｅａｓｅ ｗａｓ ａ ｎｅｗ ｓｕｂ￣
ｇｒｏｕｐ ｏｆ １６Ｓｒ ｇｒｏｕｐ Ⅱ.
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ: ｍａｎｇｏꎻ ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａꎻ ｍａｎｇｏ ｐｈｙｌｌｏｄｙ ｄｉｓｅａｓｅ
文章编号: ０４１２￣０９１４(２０１４)０３￣０３３２￣０５
植原体(ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ)是一类没有细胞壁ꎬ不
能离体培养的原核生物ꎬ对四环素敏感ꎬ主要存在
于植物筛管细胞中ꎮ 植原体主要通过叶蝉、飞虱等
取食植物韧皮部的昆虫传播ꎬ也可通过菟丝子寄生
和嫁接等方式传播ꎮ 目前ꎬ全世界已发现 １ ０００ 多
种由植原体引起的植物病害ꎬ我国大陆已报道 １００
余种与之相关的病害[１]ꎮ 由植原体引起的病害症
状主要表现为植株花器病态、小叶、丛枝、黄化等ꎬ
从而导致植物产量和品质明显下降ꎮ
由于植原体不能离体培养ꎬ对植原体生物学相
关信息的了解较少ꎬ因此ꎬ植原体的分类主要是依
靠分子生物学的手段ꎮ 在植原体分类中应用较多
的是 １６Ｓ ｒＤＮＡ、１６Ｓ ｒＤＮＡ－２３Ｓ ｒＤＮＡ 间隔区、核
糖体蛋白基因( ｒｐ 基因)及延伸因子基因( ｔｕｆ 基
因) [２]ꎮ Ｚｈａｏ等[３](２００９)利用植原体分类的在线
工具 ｉＰｈｙＣｌａｓｓｉｆｉｅｒꎬ根据植原体的 １６Ｓ ｒＤＮＡ 序列
分析ꎬ将植原体分为 ２８个组ꎮ
芒果(Ｍａｎｇｉｆｅｒａ ｉｎｄｉｃａ Ｌｉｎｎ.)为泽漆科芒果
属植物ꎬ是一种生长在热带地区的水果ꎬ在我国的
台湾、广东、广西、海南和福建南部ꎬ云南南部、东南
部和西南部均有芒果种植ꎮ 我国芒果病害主要以
真菌病害为主ꎬ在已报道的 ２５种病害中有 ２３ 种真
３期 尹跃艳ꎬ等:云南芒果变叶病植原体的分子鉴定
菌病害、１ 种细菌病害、１ 种藻类病害[４]ꎮ 我国尚
未发现由植原体引起的芒果病害ꎮ 近年来ꎬ云南华
坪种植的芒果植株表现出花变叶、花芽增生、花枝
缩短、顶梢枯死及植株生长迟缓等症状ꎬ疑似由植
原体侵染引起的变叶病ꎮ 为明确云南华坪芒果变
叶病的病原物种类ꎬ采用分子生物学方法对其病原
物进行了鉴定ꎮ
１ 材料与方法
１.１ 材料
１.１.１ 材料来源 芒果变叶病罹病植株材料采自
云南省华坪县ꎬ共采集症状相同的样品 １５份ꎮ
１.１.２ 主要试剂 Ｔａｑ ＤＮＡ 聚合酶、ｄＮＴＰｓ 购自
ＴａＫａＲａ (大连) 公司ꎻ ｐＧＥＭ￣Ｔ Ｅａｓｙ 载体购自
Ｐｒｏｍｅｇａꎻ其余试剂均为国产分析纯ꎮ
１.１.３ 引物合成及序列测定 引物合成由 Ｉｎｖｉｔｒｏ￣
ｇｅｎ公司完成ꎻ序列测定由北京华大基因生物技术
有限公司完成ꎮ
１.２ 方法
１.２.１ 感病样品总 ＤＮＡ 的提取及 ＰＣＲ 扩增 采
用 ＣＴＡＢ法从感病样品中提取总 ＤＮＡꎬ分别进行
１６Ｓ ｒＤＮＡ 的扩增ꎮ 参照 Ｌｅｅ ＆ Ｇｕｎｄｅｒｓｅｎ 报道的
植原体 １６Ｓ ｒＤＮＡ 通用引物 Ｒ１６ｍＦ２ / Ｒ１６ｍＲ１ 进
行 ＰＣＲ扩增ꎮ 以扩增产物为模板用引物 Ｒ１６Ｆ２ｎ /
Ｒ１６Ｒ２ 进行巢式 ＰＣＲ 扩增ꎬ预计扩增片段约为
１ ２００ ｂｐꎮ 引 物 序 列 如 下: Ｒ１６ｍＦ２ ( ＣＡＴＧ￣
ＣＡＡＧＴＣＧＡＡＣＧＧＡ) / Ｒ１６ｍＲ１ ( ＣＴＴＡＡＣＣＣＣＡ￣
ＡＴＣＡＴＣＧＡＣ)ꎬＲ１６Ｆ２ｎ(ＧＡＡＡＣＧＡＣＴＧＣＴＡＡＧ￣
ＡＣＴＧＧ) / Ｒ１６Ｒ２(ＣＧＧＴＧＴＧＴＡＣＡＡＡＣＣＣＣＧ)ꎮ
反应条件:９４℃ ３ ｍｉｎꎻ９４℃ １ ｍｉｎꎬ５０℃ ４０ ｓꎬ
７０℃ １ ｍｉｎꎬ５ 个循环ꎻ９４℃ １ ｍｉｎꎬ５２℃ ４０ ｓꎬ７０℃
１ ｍｉｎꎬ ３０ 个循环ꎻ ７０℃ １０ ｍｉｎꎮ 反应结束后取
５ mＬ于 １％的琼脂糖凝胶点样检测ꎮ
１.２.２ ＰＣＲ 产物克隆及测序 ＰＣＲ 扩增产物经
ＤＮＡ回收试剂盒(Ｓａｎｇｏｎ)回收ꎬ连接到 ｐＧＥＭ￣Ｔ
Ｅａｓｙ载体(Ｐｒｏｍｅｇａ)上ꎬ转化大肠杆菌(Ｅｓｃｈｅｒｉ￣
ｃｈｉａ ｃｏｌｉ)ＤＨ５αꎬ涂布于含有氨苄青霉素的 ＬＢ 培
养基上ꎬ筛选阳性克隆ꎮ 对所筛选的阳性克隆送北
京华大基因公司进行测序ꎮ
１.２.３ 序列分析 利用 ＤＮＡＭＡＮ Ｖｅｒｓｉｏｎ ７.０ 进
行序列处理、分析ꎮ 采用 ＭＥＧＡ ４.０ 软件ꎬ以 ＮＪ
(ｎｅｉｇｈｂｏｒ￣ｊｏｉｎｉｎｇ)方法构建系统进化树ꎬ用 Ｂｏｏｔ￣
ｓｔｒａｐ检测(１ ０００次重复)可信度ꎮ
１.２.４ 序列虚拟 ＲＦＬＰ 分析 利用植原体分类鉴
定在线工具 ｉＰｈｙＣｌａｓｓｉｆｉｅｒ 进行序列分析[５]ꎬ根据
公式 Ｆ ＝２Ｎｘｙ / (Ｎｘ ＋Ｎｙ)计算任意 ２ 个植原体株
系间相似系数(ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔꎬ Ｆ)ꎬ 其中 ｘ、ｙ
为酶切的 ２个植原体株系ꎬ Ｎｘ 和 Ｎｙ代表用 １７ 种
限制性内切酶(ＡｌｕⅠ、 ＢａｍＨⅠ、 Ｂｆａ Ⅰ、 ＢｓｔＵⅠ、
ＤｒａⅠ、 ＥｃｏＲ Ⅰ、 Ｈａｅ Ⅲ、 Ｈｈａ Ⅰ、 Ｈｉｎｆ Ⅰ、 Ｈｐａ Ⅰ、
ＨｐａⅡ、ＫｐｎⅠ、 Ｓａｕ３Ａ Ⅰ、 Ｍｓｅ Ⅰ、 Ｒｓａ Ⅰ、 Ｓｓｐ Ⅰ、
Ｔａｑ Ⅰ)分别酶切２个株系产生的条带数ꎬ Ｎｘｙ 为
ｘ 和 ｙ ２个株系共有的 ＲＦＬＰ 条带数ꎮ相似系数 Ｆ
≤０ ８５ꎬ划分为不同的组ꎬ相似系数 Ｆ≤０.９７ꎬ划分
为不同的亚组ꎻ相似系数为 ０.９９ 或 ０.９８ 时ꎬ该序列
为该亚组的变种ꎬ 用 １ 个或 ２ 个星号表示(∗或
∗∗)ꎮ 如ꎬ１６Ｓｒ Ⅰ￣Ａ∗(Ｆ＝０.９９)ꎬ１６Ｓｒ Ⅰ￣Ａ∗∗(Ｆ＝
０.９８)ꎮ
２ 结果与分析
２.１ 芒果变叶病的症状
感病芒果植株主要症状表现为花器病态:花变
叶、花芽增生ꎻ同时伴随花枝缩短、顶梢枯死ꎻ新发
枝条新叶黄化、叶片畸形、簇生ꎬ严重时仅含有叶脉
部分ꎬ重病植株生长点死亡、植株生长迟缓ꎬ最终导
致植株死亡(图 １)ꎬ对芒果产量影响严重ꎮ
２.２ 芒果变叶病病原物的 １６Ｓ ｒＤＮＡ￣ＰＣＲ 扩增、
克隆及序列分析
采用植原体 １６Ｓ ｒＤＮＡ 通用引物 Ｒ１６ｍＦ２ /
Ｒ１６ｍＲ１和 Ｒ１６Ｆ２ｎ / Ｒ１６Ｒ２ 进行巢式 ＰＣＲ 扩增ꎬ
扩增得到约 １ ２００ ｂｐ的片段ꎬ将其克隆到 ｐＧＥＭ￣Ｔ
Ｅａｓｙ载体上ꎬ挑选 ５ 个筛选得到的阳性克隆进行
测序ꎮ 测序结果表明ꎬ５个克隆扩增片段大小均为
１ ２４１ ｂｐ(ＪＸ２９４５１４)ꎬ其中 Ｇ＋Ｃ 含量为 ４６.９％ꎬ符
合植原体 １６Ｓ ｒＤＮＡ基因 Ｇ＋Ｃ含量(４５％~４９％)ꎮ
采用 ＤＮＡＭＡＮ ７. ０ 对云南芒果变叶病植原体
(ＨＰ￣１)与各组代表性植原体进行比较ꎮ 结果表明
ＨＰ￣１与 １６Ｓｒ Ⅱ组的花生丛枝植原体核苷酸相似
性最高ꎬ为 ９９.２％(表 １)ꎮ 通过 ＭＥＧＡ４.０ 构建系
统进化树ꎬ发现 ＨＰ￣１与 １６Ｓ ｒＤＮＡ Ⅱ组成员聚在
３３３
植物病理学报 ４４卷
一起(图 ２)ꎮ
２.３ 芒果变叶病植原体(ＨＰ￣１)虚拟 ＲＦＬＰ 分析
及相似系数分析
利用植原体分类鉴定的在线工具 ｉＰｈｙＣｌａｓｓｉｆｉｅｒ
对 ＨＰ￣１序列进行分析ꎮ 结果表明ꎬ用 １７ 种限制性
内切酶进行酶切ꎬＨＰ￣１酶切图谱与 １６Ｓ ｒＤＮＡ Ⅱ￣Ａ
(ＰｎＷＢ)酶切图谱最为相似ꎬ１６ 种限制性内切酶酶
切得到相同的条带ꎬ仅有 Ｈａｅ Ⅲ酶切条带不同
(图 ３)ꎬＨＰ￣１ 经 Ｈａｅ Ⅲ酶切得到 ５ 条条带ꎬ而
ＰｎＷＢ经Ｈａｅ Ⅲ酶切得到 ４ 条条带ꎬＨＰ￣１与 ＰｎＷＢ
酶切图谱仅有 ３ 条条带相同ꎮ 经 ｉＰｈｙＣｌａｓｓｉｆｉｅｒ
分析ꎬＨＰ￣１与 ＰｎＷＢ相似系数最高ꎬ为 ０.９７ꎮ
Ｆｉｇ. １ Ｓｙｍｐｔｏｍｓ ｏｆ ｍａｎｇｏ ｐｈｙｌｌｏｄｙ ｄｉｓｅａｓｅ
Ａ: Ｐｈｙｌｌｏｄｙꎻ Ｂ: Ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ.
Ｔａｂｌｅ １ Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｉｄｅｎｔｉｔｉｅｓ ｏｆ ＨＰ￣１ ａｎｄ ｒｅｌａｔｅｄ ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ
１６Ｓ ｒＤＮＡ ｇｒｏｕｐ Ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ ＧｅｎＢａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ＮＯ. Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｉｄｅｎｔｉｔｙ / ％
Ⅰ Ａｓｔｅｒ ｙｅｌｌｏｗｓ (ＡＹ) ＡＹ６６５６７６ ８９.０
Ⅱ Ｐｅａｎｕｔ ｗｉｔｃｈｅｓ’ ￣ｂｒｏｏｍ (ＰｎＷＢ) Ｌ３３７６５ ９９.２
Ⅳ Ｃｏｃｏｎｕｔ ｌｅｔｈａｌ ｙｅｌｌｏｗｉｎｇ (ＣＬＹ) Ｕ１８７４７ ９０.６
Ⅴ Ｅｌｍ ｙｅｌｌｏｗｓ (ＥＹ) Ｌ３３７６３ ８７.８
Ⅵ Ｃｌｏｖｅｒ ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ (ＣＰ) Ｌ３３７６１ ８８.９
Ⅶ Ａｓｈ ｙｅｌｌｏｗｓ (ＡＹ) Ｌ３３７５９ ９０.０
Ⅷ Ｌｏｏｆａｈ ｗｉｔｃｈｅｓ’ ￣ｂｒｏｏｍ (ＬｆＷＢ) Ｌ３３７６４ ８９.３
Ⅸ Ｐｉｇｅｏｎ ｐｅａ ｗｉｔｃｈｅｓ’ ￣ｂｒｏｏｍ(ＰＰＷＢ) Ｌ３３７３５ ８９.６
Ⅹ Ａｐｐｌｅ ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ (ＡＰ) ＡＪ４３００６７ ８９.３
Ⅺ Ｒｉｃｅ ｙｅｌｌｏｗ ｄｗａｒｆ (ＲＹＤ) Ｄ１２５８１ ９０.９
Ⅻ Ｓｔｏｌｂｕｒ (ＳＴＯＬ) ＡＹ７２５２３０ ８８.８
ⅩⅢ Ｍｅｘｉｃａｎ ｐｅｒｉｗｉｎｋｌｅ ｖｉｒｅｓｃｅｎｃｅ (ＭＰＶ) ＡＦ２４８９６０ ８９.５
ⅩⅣ Ｂｅｒｍｕｄａ ｇｒａｓｓ ｗｈｉｔｅ ｌｅａｆ (ＢＷＬ) Ｙ１６３８８ ８９.５
ⅩⅤ Ｈｉｂｉｓｃｕｓ ｗｉｔｃｈｅｓ’ ￣ｂｒｏｏｍ (ＨｉｂＷＢ) ＡＦ１４７７０８ ９６.１
４３３
３期 尹跃艳ꎬ等:云南芒果变叶病植原体的分子鉴定
Ｆｉｇ. ２ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅ ｂａｓｅｄ ｏｎ １６Ｓ ｒＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ＨＰ￣１ ａｎｄ ｒｅｌａｔｅｄ ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａｓ
Ｆｉｇ. ３ Ｐｕｔａｔｉｖｅ ＲＦＬＰ ｉｍａｇｅｓ ｏｆ １６Ｓ ｒＤＮＡ ｏｆ ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ ＨＰ￣１ ａｎｄ ＰｎＷＢ
Ａ: ＨＰ￣１ꎻ Ｂ: ＰｎＷＢ.
３ 讨论
植原体是活体营养寄生物ꎬ不能人工培养ꎬ在
植物体中含量较低ꎬ而且分布不均匀ꎬ这些因素不
利于人们对植原体开展深入研究ꎮ １６Ｓ ｒＤＮＡ 作
为植原体分类的首选标记ꎬ已被广泛应用于植原体
５３３
植物病理学报 ４４卷
的分类和鉴定ꎮ 目前ꎬ国际菌原体研究计划( Ｉｎｔｅｒ￣
ｎａｔｉｏｎａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｇｒａｍｍｅ ｏｎ Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ Ｍｙｃｏ￣
ｐｌａｓｍｏｌｏｇｙ)根据 １６Ｓ ｒＤＮＡ 核苷酸相似性小于
９７ ５％划分为不同的组[２]ꎮ 近年来ꎬ已有学者根据
１６Ｓ ｒＤＮＡ ＲＦＬＰ图谱建立了植原体分类的基本框
架ꎬ并将已报道的植原体分为 ２８个组ꎬ还采用计算
机软件进行虚拟 ＲＦＬＰ 分析ꎮ ２００９ 年 Ｚｈａｏ 等[５]
设计了 １ 个植原体分类的在线工具 ｉＰｈｙＣｌａｓｓｉｆｉｅｒ
( ｈｔｔｐ: / / ｐｌａｎｔｐａｔｈｏｌｏｇｙ. ｂａ. ａｒｓ. ｕｓｄａ. ｇｏｖ / ｃｇｉｂｉｎ /
ｒｅｓｏｕｒｃｅ / ｉｐｈｙｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ.ｃｇｉ)ꎬ为植原体的快速诊断
提供了便捷方法ꎮ 该方法将相似系数 Ｆ≤０ ８５ꎬ划
分为不同的组ꎬ相似系数 Ｆ≤０.９７ꎬ划分为不同的
亚组ꎻ相似系数为 ０.９９ 或 ０.９８ 时ꎬ该序列为该亚组
的变种ꎮ 本文采用 １６Ｓ ｒＤＮＡ 序列分析方法对云
南芒果变叶病植原体进行了鉴定ꎬ发现华坪芒果变
叶病植原体与 ＧｅｎＢａｎｋ 中报道的 １６ＳｒⅡ￣Ａ 的花
生丛枝植原体(Ｐｅａｎｕｔ ｗｉｔｃｈｅｓ’ ￣ｂｒｏｏｍꎬ ＰｎＷＢ)相
似性较高ꎬ为 ９９. ２％ꎬ与 １６ＳｒⅡ组的 Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ
Ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ ａｕｒａｎｔｉｆｏｌｉａ 候选种相似性为 ９９. １％ꎮ
根据 ｉＰｈｙＣｌａｓｓｉｆｉｅｒ 分析ꎬ云南芒果变叶病植原体
ＲＦＬＰ分析图谱与花生丛枝植原体(ＰｎＷＢ) ＲＦＬＰ
分析图谱较为相似ꎬ仅有 Ｈａｅ Ⅲ酶切条带不同ꎬ二
者相似系数为 ０.９７ꎮ 根据 Ｚｈａｏ 等(２００９)划分植
原体组及亚组的依据ꎬ云南芒果变叶病植原体属于
１６ＳｒⅡ组ꎬ应为 １个新亚组ꎮ
近年来植原体分类依据不仅局限于 １６Ｓ ｒＤ￣
ＮＡꎬ还应用一些植原体的保守序列ꎬ如核糖体蛋白
基因( ｒｐ)、延伸因子基因( ｔｕｆ)和转运蛋白基因
(ＳｅｃＹ)ꎮ 因此ꎬ有必要对芒果变叶病进行多基因
鉴定研究ꎮ
参考文献
[１] Ｌａｉ Ｆꎬ Ｌｉ Ｙꎬ Ｘｕ Ｑ Ｃꎬ ｅｔ ａｌ. Ｔｈｅ ｐｒｅｓｅｎｔ ｓｔａｔｕｓ ｏｎ
ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ( ｉｎ Ｃｈｉｎｅｓｅ) [ Ｊ] . Ｍｉｃｒｏ￣
ｂｉｏｌｏｇｙ Ｃｈｉｎａ(微生物学报)ꎬ ２００８ꎬ ３５(２): ２９１ －
２９５.
[２] Ｔｈｅ ＩＲＰＣＭ Ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ ａｎｄ Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ Ｗｏｒｋｉｎｇ
Ｔｅａｍ. ‘ Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ ’ꎬ ａ ｔａｘｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ
ｗａｌｌ￣ｌｅｓｓꎬ ｎｏｎ￣ｈｅｌｉｃａｌ ｐｒｏｋａｒｙｏｔｅｓ ｔｈａｔ ｃｏｌｏｎｉｚｅ ｐｌａｎｔ
ｐｈｌｏｅｍ ａｎｄ ｉｎｓｅｃｔｓ [ Ｊ] . Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｓｙｓ￣
ｔｅｍａｔｉｃ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙꎬ ２００４ꎬ ５４:
１２４３－１２５５.
[３] Ｚｈａｏ Ｙꎬ Ｓｕｎ Ｑ Ｒꎬ Ｗｅｉ Ｗꎬ ｅｔ ａｌ. ‘Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｐｈｙｔｏ￣
ｐｌａｓｍａ ｔａｍａｒｉｃｉｓ’ꎬ ａ ｎｏｖｅｌ ｔａｘｏｎ ｄｉｓｃｏｖｅｒｅｄ ｉｎ ｗｉｔ￣
ｃｈｅｓ’ ￣ｂｒｏｏｍ￣ｄｉｓｅａｓｅｄ ｓａｌｔ ｃｅｄａｒ ( Ｔａｍａｒｉｘ ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ
Ｌｏｕｒ.) [ Ｊ] . Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ａｎｄ
Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙꎬ ２００９ꎬ ５９: ２４９６－２５０４.
[４] Ｘｉａｏ Ｑ Ｃꎬ Ｙｕ Ｚ Ｔꎬ Ｚｈｅｎｇ Ｊ Ｈꎬ ｅｔ ａｌ. Ｍａｎｇｏ ｄｉｓｅａｓｅｓ
ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ ｉｎ Ｍａｎｆｉｆｅｒａ ｉｎｄｉｃａ( ｉｎ Ｃｈｉｎｅｓｅ)
[Ｊ] . Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｔｒｏｐｉｃａｌ Ｃｒｏｐｓ(热带作物学
报)ꎬ １９９５ꎬ １６(１): ７７－８３.
[６] Ｚｈａｏ Ｙꎬ Ｗｅｉ Ｗꎬ Ｌｅｅ Ｉ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ. Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ
ｉｎｔｅｒａｃｔｉｖｅ ｏｎｌｉｎｅ ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｔｏｏｌꎬ ｉＰｈｙ￣
Ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒꎬ ａｎｄ ｉｔｓ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｐｅａｃｈ
Ｘ￣ｄｉｓｅａｓｅ ｐｈｙｔｏｐｌａｓｍａ ｇｒｏｕｐ (１６ＳｒⅢ) [ Ｊ] . Ｉｎｔｅｒｎａ￣
ｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ
Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙꎬ ２００９ꎬ ５９: ２５８２－２５９３.
责任编辑:于金枝
６３３