全 文 ：植物病理学报
ＡＣＴＡ ＰＨＹＴＯＰＡＴＨＯＬＯＧＩＣＡ ＳＩＮＩＣＡ　 ４４(５): ５３６￣５４１(２０１４)
Ｒｅｃｅｉｖｅｄ ｄａｔｅ: ２０１３￣０９￣０８ꎻ Ｒｅｖｉｓｅｄ ｄａｔｅ: ２０１４￣０６￣０７
Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｉｔｅｍ: Ｆｉｎａｎｃｉａｌ ｓｕｐｐｏｒｔ ｂｙ ｔｈｅ Ｍｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ (２０１１ＣＢ１００４０３)ꎬ ｔｈｅ Ｍｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ
(２００９０３０３５)ꎬ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｎａｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ (３１２６０４１７) ａｎｄ Ｙｕｎｎａｎ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ (２００７ｙａａｓ０７) .
Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ ａｕｔｈｏｒ: ＣＨＥＮ Ｗａｎ￣ｑｕａｎꎬ Ｐｒｏｆｅｓｓｏｒꎬ ｍａｊｏｒ ｉｎ ｗｈｅａｔ ｄｉｓｅａｓｅ ｒｅｓｅａｒｃｈꎻ Ｔｅｌ:＋８６－１０－６２８１５９０３ꎬ
Ｅ￣ｍａｉｌ: ｗｑｃｈｅｎ１１２＠ｉｐｐｃａａｓ.ｃｎꎻ
ＤＵＡＮ Ｘｉａ￣ｙｕꎬ Ｐｒｏｆｅｓｓｏｒꎬ ｍａｊｏｒ ｉｎ ｗｈｅａｔ ｄｉｓｅａｓｅ ｒｅｓｅａｒｃｈꎻ Ｔｅｌ: ＋８６－１０－６２８１５９４６ꎬ Ｅ￣ｍａｉｌ: ｘｙｄｕａｎ＠ｉｐｐｃａａｓ.ｃｎ.
ｄｏｉ:１０.１３９２６ / ｊ.ｃｎｋｉ.ａｐｐｓ.２０１４.０５.０１２
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研究简报
Ｆｉｒｓｔ Ｒｅｐｏｒｔ ｏｆ ＳＮＰ Ｐｒｉｍｅｒｓ ｏｆ Ｔｈｒｅｅ Ｈｏｕｓｅ￣ｋｅｅｐｉｎｇ
Ｇｅｎｅｓ ｏｆ Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ
ＬＩ Ｍｉｎｇ￣ｊｕ １ꎬ２ꎬ ＣＨＥＮ Ｗａｎ￣ｑｕａｎ２ꎬ ＤＵＡＮ Ｘｉａ￣ｙｕ２ꎬ
ＬＩＵ Ｔａｉ￣ｇｕｏ２ꎬ ＧＡＯ Ｌｉ２ꎬ ＬＩＵ Ｂｏ２
( １ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ａｎｄ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬ Ｙｕｎｎａｎ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｋｕｎｍｉｎｇ ６５０２０５ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ
２Ｓｔａｔｅ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ａｎｄ Ｉｎｓｅｃｔ Ｐｅｓｔｓꎬ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎꎬ
Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｂｅｉｊｉｎｇ １００１９３ꎬ Ｃｈｉｎａ)
小麦条锈菌 ３ 个看家基因 ＳＮＰ 引物的首次报道 　 李明菊１ꎬ ２ꎬ 陈万权２∗ꎬ 段霞瑜２∗ꎬ 刘太国２ꎬ
高 利２ꎬ 刘 博２ 　 ( １ 云南省农业科学院农业环境资源研究所ꎬ昆明 ６５０２０５ꎻ ２中国农业科学院植物保护研究所ꎬ植物病虫害
生物学国家重点实验室ꎬ北京 １００１９３)
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｉｎ ｏｒｄｅｒ ｔｏ ａｎａｌｙｚｅ ｔｈｅ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ (Ｐｓｔ)ꎬ ＳＮＰｓ ｐｒｉｍｅｒｓ
ｏｆ Ｐｓｔ ｗｅｒｅ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ ｆｒｏｍ ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｎｉｎｅ ｈｏｕｓｅ￣ｋｅｅｐｉｎｇ ｇｅｎｅｓ Ｃｈｓꎬ Ａｃｔꎬ Ｍａｐｋ１ꎬ Ｔｕｂꎬ Ｃｄｃ２ꎬ Ｒｄꎬ
Ｓｍꎬ Ｌｓ ａｎｄ Ｅｆ￣１α ｏｂｔａｉｎｅｄ ｆｒｏｍ ＧｅｎＢａｎｋ. Ｅｉｇｈｔ ｏｆ ｗｈｉｃｈ ｗｅｒｅ ｆｒｏｍ Ｐｓｔ ａｎｄ ｏｎｅ ｆｒｏｍ Ｐ. ｇｒａｍｉｎｉｓ ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ
(Ｐｇｔ) . Ｔｈｉｒｔｅｅｎ ｐａｉｒｓ ｏｆ ｐｒｉｍｅｒｓ ｗｅｒｅ ｄｅｓｉｇｎｅｄ ａｎｄ ｓｃｒｅｅｎｅｄ ｂａｓｅｄ ｏｎ ａｔ ｌｅａｓｔ ３０ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｏｆ Ｐｓｔ ｏｂｔａｉｎｅｄ ｆｒｏｍ ｄｉ￣
ｖｅｒｓｅ ｌｏｃａｔｉｏｎｓ. Ｔｈｒｅｅ ｏｆ ｔｈｅｍ ｗｅｒｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｎａｍｅｌｙ Ｍａｐ１３５１Ｓ / Ｍａｐ１６８３Ａꎬ Ｃｄ２８Ｓ / Ｃｄ３５２Ａ ａｎｄ Ｅｆ１３７Ｓ /
Ｅｆ５３１Ａ. Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｌｏｃｉ ａｎａｌｙｓｉｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ １４９ Ｐｓｔ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｆｒｏｍ ５ ｐｒｏｖｉｎｃｅｓ ｉｎｄｉｃａｔｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｔｈｒｅｅ ｐｒｉｍｅｒｓ ｈａｄ
ｇｏｏｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ. Ｃｄ２８Ｓ / Ｃｄ３５２Ａ ｈａｄ ８ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｌｏｃｉꎬ ｔｈｒｅｅ ｏｆ ｔｈｅｍ ｗｅｒｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ.
Ｅｆ１３７Ｓ / Ｅｆ５３１Ａ ｈａｄ ６ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｌｏｃｉ ａｎｄ ４ ｏｆ ｔｈｅｍ ｗｅｒｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ. Ｍａｐ１３５１Ｓ / Ｍａｐ１６８３Ａ ｈａｄ ８ ｐｏｌｙｍｏｒ￣
ｐｈｉｃ ｌｏｃｉ ａｎｄ ４ ｗｅｒｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ. Ｔｈｅ ３ ｐｒｉｍｅｒｓ ｗｅｒｅ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ａｎａｌｙｚｉｎｇ Ｐｓｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｔｈｅ ａｎｃｅｓｔｒａｌ
ｏｒｉｇｉｎꎬ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｒｅｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓꎬ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎꎬ ｇｅｎｅ ｆｌｏｗꎬ ａｎｄ ｔｈｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ
ａｎｄ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ ｒｅｌａｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｐｓｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｔｈｅｒｅｂｙ. Ｔｈｅ ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎｄｉｃａｔｅ ｔｈａｔ ｔｈｅ ３ ｇｅｎｅｓ ＳＮＰ ｐｒｉｍｅｒｓ ｃａｎ
ｂｅ ｕｓｅｄ ｆｏｒ Ｐｓｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎａｌｙｓｉｓ.
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ: ｈｏｕｓｅ￣ｋｅｅｐｉｎｇ ｇｅｎｅꎻ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ( ＳＮＰｓ)ꎻ ｐｒｉｍｅｒꎻ ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ
ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉꎻ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ
文章编号: ０４１２￣０９１４(２０１４)０５￣０５３６￣０６
　 　 Ｗｈｅａｔ ｓｔｒｉｐｅ ｒｕｓｔꎬ ｃａｕｓｅｄ ｂｙ Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒ￣
ｍｉｓ ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ (Ｐｓｔ)ꎬ ｉｓ ｏｎｅ ｏｆ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｄｅｓｔｒｕｃ￣
ｔｉｖｅ ｗｈｅａｔ ｄｉｓｅａｓｅｓ ｉｎ Ｃｈｉｎａ ａｓ ｗｅｌｌ ａｓ ａｌｌ ｏｖｅｒ ｔｈｅ
ｗｏｒｌｄ[１ꎬ２] . Ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ ｏｆ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｒｕｃ￣
ｔｕｒｅ ｉｓ ｈｅｌｐｆｕｌ ｉｎ ｒｅｖｅａｌｉｎｇ ｔｈｅ ｏｒｉｇｉｎꎬ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ
ａｎｄ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｐａｔｈｏｇｅｎ ａｎｄ ｃａｎ ｐｒｏｖｉｄｅ
　
　 ５期 ＬＩ Ｍｉｎｇ￣ｊｕ ꎬｅｔ ａｌ:Ｆｉｒｓｔ Ｒｅｐｏｒｔ ｏｆ ＳＮＰ Ｐｒｉｍｅｒｓ ｏｆ Ｔｈｒｅｅ Ｈｏｕｓｅ￣ｋｅｅｐｉｎｇ Ｇｅｎｅｓ ｏｆ Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ
ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｏｆ ｔｈｅ ｄｉｓｅａｓｅ ｍａｎａｇｅ￣
ｍｅｎｔ[３] . Ｖａｒｉｏｕｓ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ＤＮＡ
ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ｕｓｅｄ ｔｏ ｓｔｕｄｙ
Ｐｓｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ[４－７] ａｎｄ ｐｒｏｍｏｔｅｄ ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ
ｏｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ Ｐｓｔ. Ｗｉｔｈ ｔｈｅ
ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｔｏｏｌｓ ｏｆ
Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ ｉｔ ｂｒｉｎｇｓ ａ ｒｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｉｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
ｍａｒｋｅｒｓ. ＳＳＲ ａｎｄ ＡＦＬＰ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ｇｒａｄｕａｌｌｙ
ｒｅｐｌａｃｅｄ ｂｙ ＳＮＰｓ. Ｔｈｉｓ ｓｈｉｆｔ ｈａｓ ｂｅｅｎ ｅｖｏｌｖｅｄ ｆｒｏｍ
ｔｈｅ ｉｎｉｔｉａｌ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ
ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ ｔｏ ａ ｗｉｄｅ ｒａｎｇｅ ｏｆ ｎｏｎ￣ｍｏｄｅｌ
ｓｐｅｃｉｅｓ [８] . ＳＮＰ ｉｓ ａ ｓｏｒｔ ｏｆ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ
ｂａｓｅｄ ｏｎ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ’ ｓ ｃｈａｎｇｅ. Ｉｔ ｅｘｉｓｔｓ ｉｎ
ｈｉｇｈｅｒ ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｉｎ ｏｒｇａｎｉｓｍ ｇｅｎｏｍｅｓꎬ ｃａｎ ｐｒｏｖｉｄｅ
ｍｕｃｈ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｂｅ
ｄｅｔｅｃｔｅｄ ｅａｓｉｌｙ. Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ａｒｅ ｓｔａｂｌｅꎬ ｒｅｌｉａｂｌｅ
ａｎｄ ｈａｖｅ ｇｏｏｄ ｒｅｐｅａｔａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ｃａｎ ｂｅ ｕｓｅｄ ｆｏｒ
ｃｏｍｐｌｅｘ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｍｏｄｅｌｓ ｔｈａｎ ＤＮＡ ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ.
Ｔｈｅ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎｓ ｏｂｔａｉｎｅｄ ａｒｅ ｍｏｒｅ ａｃｃｕｒａｔｅ
[９] . Ｉｔ ｈａｓ ｂｅｅｎ ａｐｐｌｉｅｄ ｔｏ ｓｔｕｄｙ ｏｒｉｇｉｎꎬ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ
ｍｉｇｒａｔｉｏｎꎬ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ
ｏｆ ｐｌａｎｔ ｐａｔｈｏｇｅｎ ｉｎ ｒｅｃｅｎｔ ｙｅａｒｓ [１０－１２] . Ｐａｒｋｓ ｅｔ
ａｌ.[１３] ａｎａｌｙｚｅｄ ｗｈｅａｔ ｐｏｗｄｅｒｙ ｍｉｌｄｅｗ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ
ｕｓｉｎｇ ＳＮＰｓ ａｎｄ ｆｏｕｎｄ ２５ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｆｏｕｒ
ｃｏｎｃａｔｅｎａｔｅｄ ｇｅｎｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕ. Ｓ. ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ. Ｔｈｅ
ｐａｔｈｏｇｅｎ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｗｅｒｅ ｓｕｂｄｉｖｉｄｅｄ ｉｎｔｏ ｆｏｕｒ ｇｒｏｕｐｓ
ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ ｔｏ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｒｅｇｉｏｎｓ ａｃｃｏｒｄｉｎｇ ｔｏ
Ｈｕｄｓｏｎ’ｓ ｔｅｓｔｓ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｖａｒｉａｎｃｅ.
Ｇｅｎｏｔｙｐｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎｄｉｃａｔｅｄ ｔｈａｔ ｃｏｏｌｅｒ
ｌｏｃａｔｉｏｎｓ ｗｉｔｈ ｇｒｅａｔｅｒ ｃｏｎｄｕｃｉｖｅｎｅｓｓ ｔｏ ｒｅｇｕｌａｒ
ｐｏｗｄｅｒｙ ｍｉｌｄｅｗ ｅｐｉｄｅｍｉｃｓ ｈａｄ ｔｈｅ ｇｒｅａｔｅｓｔ
ｈａｐｌｏｔｙｐｅ ｒｉｃｈｎｅｓｓ. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｓｕｇｇｅｓｔｅｄ ｔｈａｔ
Ｂｌｕｍｅｒｉａ ｇｒａｍｉｎｉｓ ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｗａｓ ｙｏｕｎｇ
ｉｎ ｅａｓｔｅｒｎ Ｕ. Ｓ.ꎬ ｍｉｇｈｔ ｃｏｍｅ ｆｒｏｍ ｏｌｄ ｗｏｒｌｄ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｗｉｔｈ ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｒｉｆｔ ａｎｄ ｗａｓ
ｓｕｂｄｉｖｉｄｅｄ ｉｎｔｏ ｎｏｒｔｈｅｒｎ ａｎｄ ｓｏｕｔｈｅｒｎ ｓｕｂｐｏｐｕｌａ￣
ｔｉｏｎｓ. Ｎｏ ｒｅｐｏｒｔ ｗａｓ ｐｕｂｌｉｓｈｅｄꎬ ｔｏ ｏｕｒ ｋｎｏｗｌｅｄｇｅꎬ
ｆｏｒ Ｐｓｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ. Ｔｏ ｆｕｌｆｉｌｌ ｔｈｅ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ
ｏｎ ｉｔｓ ｏｒｉｇｉｎꎬ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｉｇｒａｔｉｏｎꎬ ｔｈｅ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ
ｆｅａｔｕｒｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｔｈｅ ｄｙｎａｍｉｃｓ ｏｆ ｔｈｅ
ｐａｔｈｏｇｅｎ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎꎬ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ＳＮＰｓ
ｐｒｉｍｅｒ ｉｓ ｔｈｅ ｐｒｅｒｅｑｕｉｓｉｔｅ. Ｗｅ ｒｅｐｏｒｔ ｈｅｒｅ ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔ
ｏｆ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ＳＮＰｓ ｐｒｉｍｅｒｓ ｆｏｒ Ｐｓｔ ｔｏ ｅｎａｂｌｅ
ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ＳＮＰｓ ｉｎ ｔｈｅ ｒｅｓｅａｒｃｈｅｓ ｉｎ ａｂｏｖｅ ｍｅｎｔｉｏｎｅｄ
ａｒｅａｓ.
１　 ＭＡＴＥＲＩＡＬＳ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤＳ
１.１　 Ｐｒｉｍｅｒ ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ
　 　 Ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｓｔ ａｎｄ Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｇｒａｍｉｎｉｓ ｆ.
ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ (Ｐｇｔ) ｈｏｕｓｅ￣ｋｅｅｐｉｎｇ ｇｅｎｅｓ ｗｅｒｅ ｓｅａｒｃｈｅｄ
ｉｎ ＧｅｎＢａｎｋ. Ｎｉｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓ ａｓ ｃａｎｄｉｄａｔｅ
ｇｅｎｅｓ ｆｏｒ ｄｅｖｅｌｏｐｉｎｇ ＳＮＰ ｐｒｉｍｅｒ ｏｆ Ｐｓｔ ｗｅｒｅ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｎａｍｅｌｙꎬ Ｃｌａｓｓ ＩＩ ｃｈｉｔｉｎ ｓｙｎｔｈａｓｅ (Ｃｈｓ)ꎬ
Ａｃｔｉｎ (Ａｃｔ)ꎬ Ｍａｐ ｋｉｎａｓｅ １ (Ｍａｐｋ１)ꎬ Ｂｅｔａ￣ｔｕｂｕ￣
ｌｉｎ１ ( Ｔｕｂ)ꎬ Ｃｙｃｌｉｎ￣ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ ２ (Ｃｄｃ２)ꎬ
ＲＮａｓｅ ＩＩＩ ｄｉｃｅｒ￣ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ (Ｒｄ)ꎬ Ｓｔｅｒｏｌ ４￣Ｃ￣ｍｅ￣
ｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ (Ｓｍ)ꎬ Ｌａｎｏｓｔｅｒｏｌ ｓｙｎｔｈａｓｅ (Ｌｓ) ａｎｄ
Ｅｌｏｎｇａｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ １α (Ｅｆ￣１α) . Ａｌｌ ｏｆ ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ
ｗｅｒｅ ｆｒｏｍ Ｐｓｔ ｅｘｃｅｐｔ Ｅｆ－１α. Ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ Ｅｆ￣１α
ｆｒｏｍ Ｐｇｔꎬ ｔｈｅ ｃｌｏｓｅｓｔ ｒｅｌａｔｉｖｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｏｆ Ｐｓｔ ａｒｅ ｕｓｅｄ
ｔｏ ｄｅｓｉｇｎ ｔｈｅ ｐｒｉｍｅｒ ｂｅｃａｕｓｅ ｔｈｅ Ｅｆ￣１α ｇｅｎｅ
ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ Ｐｓｔ ｈａｓ ｎｏｔ ｂｅｅｎ ｓｕｂｍｉｔｔｅｄ ｔｏ Ｇｅｎｂａｎｋ
ｂｙ ｎｏｗ. Ｓｅｌｅｃｔｅｄ ｒｅｇｉｏｎｓ ｃｏｎｔａｉｎｅｄ ｏｎｅ ｏｒ ｍｏｒｅ
ｉｎｔｒｏｎｓ ｏｆ ｔｈｅ ｎｉｎｅ ｇｅｎｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｗｅｒｅ ｕｓｅｄ ｆｏｒ
ｐｒｉｍｅｒ ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ １３ ｐｒｉｍｅｒ ｐａｉｒｓ ｏｂｔａｉｎｅｄ ｂｙ ｕｓｉｎｇ
Ｐｒｉｍｅｒ Ｐｒｅｍｉｅｒ ５.０ ｓｏｆｔｗａｒｅ. Ｄｅｓｉｇｎｅｄ ｐｒｉｍｅｒ ｐａｉｒｓ
ｗｅｒｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ ｂｙ Ｓｈａｎｇｈａｉ ＳＡＮＧＯＮ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ
Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ Ｌｉｍｉｔｅｄ. Ｔｈｅ ｐｒｉｍｅｒｓ ｉｎｆｏｒｍａ￣
ｔｉｏｎ ｗａｓ ｌｉｓｔｅｄ ｉｎ Ｔａｂｌｅ １.
１.２　 ＰＣＲ ｒｅａｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ
　 　 Ｔｒｉａｌｓ ｗｅｒｅ ｃｏｎｄｕｃｔｅｄ ｆｏｒ ｔｈｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ
ｔｈｅ ｏｐｔｉｍａｌ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ ｗｅｒｅ ａｓ ｆｏｌｌｏｗｓ ＰＣＲ
ｗａｓ ｃａｒｒｉｅｄ ｏｕｔ ｉｎ ２０ μＬ ｖｏｌｕｍｅ. Ｔｈｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ
ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｒｅａｇｅｎｔ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎｓ ｗｅｒｅ ｔｈｅ
ｓａｍｅ ｅｘｃｅｐｔ ｆｏｒ ａｎｎｅａｌｉｎｇ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ３
ｐｒｉｍｅｒｓ (Ｔａｂｌｅ ２) . Ｅａｃｈ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｃｏｎｔａｉｎｅｄ １０ μＬ
ｏｆ ＴＩＡＮＧＥＮ ２×Ｔａｑ ＰＣＲ ＭａｓｔｅｒＭｉｘ [０. １ Ｕ Ｔａｑ
Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ μＬ－１ꎬ ５００ μＭ ｄＮＴＰｓ ｅａｃｈꎬ ２０ ｍＭ
Ｔｒｉｓ￣ＨＣｌ ( ｐＨ８. ３)ꎬ １００ ｍＭ ＫＣｌꎬ ３ ｍＭ ＭｇＣｌ２ꎬ
ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ｓｔａｂｌｉｚｉｎｇ ａｎｄ ｒｅｉｎｆｏｒｃｉｎｇ ａｇｅｎｔ]ꎬ １０ μＭ
ｅａｃｈ ｐｒｉｍｅｒ １ μＬꎬ ２０ ｎｇ ｏｆ ｇｅｎｏｍｉｃ ＤＮＡ １ μＬꎬ
ａｎｄ ｄｄＨ２Ｏ ７ μＬ. Ｔｈｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｃｙｃｌｉｎｇ ｃｏｎｄｉ￣
ｔｉｏｎｓ ｆｏｌｌｏｗｅｄ ｔｈｅ ｍｅｔｈｏｄ ｒｅｐｏｒｔｅｄ ｂｙ Ｐａｒｋｓ
７３５
　
植物病理学报 ４４卷
ｅｔ ａｌ.[１３]ꎬ ｗｈｉｃｈ ｉｎｃｌｕｄｅｄ ｏｎｅ ｃｙｃｌｅ ｏｆ ９６° Ｃ ｆｏｒ ５
ｍｉｎꎬ ３４ ｃｙｃｌｅｓ ｏｆ ９６°Ｃ ｆｏｒ ２５ ｓꎬ (ａｎｎｅａｌｉｎｇ ｔｅｍｐｅｒａ￣
ｔｕｒｅ)
ｆｏｒ ２５ ｓꎬ ａｎｄ ７２°Ｃ ｆｏｒ ４５ ｓ ａｎｄ ｆｏｌｌｏｗｅｄ ｂｙ ａ ｆｉｎａｌ
ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ ｓｔｅｐ ｏｆ ７２°Ｃ ｆｏｒ ５ ｍｉｎ.
Ｔａｂｌｅ １　 Ｓｅｑｕｅｎｃｅꎬ ｐｒｏｄｕｃｔ ｌｅｎｇｔｈ ａｎｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ １３ ｐｒｉｍｅｒｓ ｏｆ ９ ｇｅｎｅｓ
Ｇｅｎｅ Ｇｅｎｅ ｐｒｏｄｕｃｔ
Ｏｒｇａｎ￣
ｉｓｍ
ＧｅｎＢａｎｋ
ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｏ.
Ｐｒｉｍｅｒ ｓｅｑｕｅｎｃｅ / ５￣ ３
Ｐｒｏｄｕｃｔ
ｌｅｎｇｔｈ
/ ｂｐ
Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ
Ｍａｐｋ１ Ｍａｐ ｋｉｎａｓｅ １ Ｐｓｔ ＨＭ５３５６１４.１ Ｍａｐ１３５１Ｓ:ＧＴＣＧＧＴＣＧＧＧＴＧＴＡＴＣＣＴ
Ｍａｐ１６８３Ａ:ＧＧＴＴＣＡＴＣＴＴＣＧＧＧＧＴＣＡ
３３２ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ
Ｍａｐ２２Ｓ:ＧＣＴＴＣＧＴＴＧＡＡＴＧＴＡＡＴＧ
Ｍａｐ５７２Ａ:ＧＧＴＡＡＧＡＧＧＧＧＴＡＧＡＡＡＴ
５５１ Ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ
Ｃｄｃ２ Ｃｙｃｌｉｎ￣
ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ
ｋｉｎａｓｅ ２
Ｐｓｔ ＧＱ９１１５７９.１
Ｃｄ２８Ｓ:ＡＡＡＴＣＡＴＣＣＡＣＡＴＣＴＧＣＴＣＣＡＣ
Ｃｄ３５２Ａ:ＡＡＡＴＣＡＴＣＣＡＣＡＴＣＴＧＣＴＣＣＡＣ
３２５ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ
Ｃｄ２８Ｓ:ＡＡＡＴＣＡＴＣＣＡＣＡＴＣＴＧＣＴＣＣＡＣ
Ｃｄ９７０Ａ:ＴＣＣＣＡＡＡＴＧＣＴＣＴＴＧＣＴＡＡＴＣＣ
９４３ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ
Ｅｆ￣１α Ｅｌｏｎｇａｔｉｏｎ
ｆａｃｔｏｒ
Ｐｇｔ Ｘ７３５２９.１ Ｅｆ１３７Ｓ:ＡＡＧＣＣＧＣＡＴＣＣＴＴＣＧＴＴＧ
Ｅｆ５３１Ａ:ＴＴＧＣＣＡＴＣＣＧＴＣＴＴＣＴＣＧ
３９５ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ
Ｃｈｓ Ｃｌａｓｓ ＩＩ ｃｈｉｔｉｎ
ｓｙｎｔｈａｓｅ
Ｐｓｔ ＧＱ３２９８５１ Ｃｈｓ１２７１Ｓ:ＡＧＡＣＧＧＣＴＧＧＡＡＧＡＡＡＧＴ
Ｃｈｓ１６５８Ａ:ＧＡＣＣＡＡＡＣＧＣＡＴＴＧＡＡＡＡ
３８８ Ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ
Ｃｈｓ１３７Ｓ: ＣＴＴＴＴＧＧＣＴＴＡＴＧＧＴＴＧＧ
Ｃｈｓ６１３Ａ:ＴＣＴＧＴＣＡＴＣＴＴＧＧＴＴＴＣＧ
４７７ Ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ
Ａｃｔ Ａｃｔｉｎ Ｐｓｔ ＪＦ３１３３５０.１ Ａｃｔ１２７Ｓ:ＴＡＴＣＡＴＣＡＴＣＣＡＡＣＣＣＡＡ
Ａｃｔ３３１Ａ:ＣＧＴＣＡＣＣＣＡＣＡＴＡＡＧＡＡＴ
２０５ Ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ
Ａｃｔ２６２Ｓ:ＡＴＣＴＧＴＧＧＴＣＧＴＣＣＴＣＧＴＣ
Ａｃｔ７５６Ａ:ＧＴＡＡＣＣＣＣＧＣＴＣＣＡＴＣＡＡ
４９５ Ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ
Ｔｕｂ Ｂｅｔａ￣ｔｕｂｕｌｉｎ １ Ｐｓｔ ＦＪ６１２００６.１
Ｔｕｂ８７Ｓ:ＴＣＧＧＴＧＧＴＧＧＡＡＣＴＧＧＴＧ
Ｔｕｂ４６１Ａ:ＧＣＡＡＴＣＧＡＧＧＧＡＡＡＧＧＡＡ
３７５ Ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ
Ｔｕｂ２２６Ｓ:ＣＡＣＣＴＴＧＴＣＧＧＴＴＣＡＴＣＡ
Ｔｕｂ６８８Ａ:ＧＴＴＧＧＡＧＴＴＣＴＴＧＣＴＴＴＧ
４６３ Ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ
Ｒｄ ＲＮａｓｅ ＩＩＩ
ｄｉｃｅｒ￣ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ
Ｐｓｔ ＪＮ０３３２１１.１ Ｒｄ８５Ｓ:ＧＣＴＴＣＴＡＣＴＴＣＴＣＣＣＡＣＣ
Ｒｄ５５９Ａ:ＧＣＴＡＴＴＴＡＣＴＣＴＴＣＣＣＣＡＣ
４７５ Ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ
Ｓｍ Ｓｔｅｒｏｌ　 ４￣Ｃ￣
ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎ￣
ｓｆｅｒａｓｅ
Ｐｓｔ ＪＮ０３３２０５.１ Ｓｍ２７Ｓ:ＡＡＧＡＡＣＴＣＣＡＧＣＣＣＡＴＣＣ
Ｓｍ６０８Ａ:ＧＴＣＧＣＣＴＴＴＧＡＣＴＡＣＣＴＣ ５８２ Ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ
Ｌｓ Ｌａｎｏｓｔｅｒｏｌ
ｓｙｎｔｈａｓｅ
Ｐｓｔ ＪＮ０３３２０６.１ Ｌｓ２５９Ｓ:ＧＡＡＣＴＣＧＴＴＴＣＣＣＴＣＴＴＧ
Ｌｓ９０６Ａ:ＡＴＴＧＴＴＴＧＴＧＧＧＣＴＴＴＧＣ
６４８ Ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ
　
８３５
　
　 ５期 ＬＩ Ｍｉｎｇ￣ｊｕ ꎬｅｔ ａｌ:Ｆｉｒｓｔ Ｒｅｐｏｒｔ ｏｆ ＳＮＰ Ｐｒｉｍｅｒｓ ｏｆ Ｔｈｒｅｅ Ｈｏｕｓｅ￣ｋｅｅｐｉｎｇ Ｇｅｎｅｓ ｏｆ Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ
Ｔａｂｌｅ ２　 Ａｎｎｅａｌｉｎｇ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅꎬ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｌｏｃｉꎬ ａｎｄ
ｍａｘ ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｗｉｔｈ ｔｅｍｐｌａｔｅ ｏｆ ｔｈｅ ３ ｐｒｉｍｅｒｓ
Ｇｅｎｅ Ｐｒｉｍｅｒ
Ａｎｎｅａｌｉｎｇ
ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ
/ ℃
Ｐｒｏｄｕｃｔ ｐｏｓｉｔｉｏｎ ａｔ ｔｅｍｐｌａｔｅ
ｇｅｎｅ ｆｒｏｍ ５ ｂｅｇｉｎｎｉｎｇ
Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ
ｌｏｃｉ
Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ
ｌｏｃｉ
Ｍａｘｉｍａｌ ｉｄｅｎｔｉｔｙ
ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ
/ ％
Ｃｄｃ２ Ｃｄ２８Ｓ / ３５２Ａ ６２ ２８￣３５２ ８ ３ ９９
Ｅｆ￣１α Ｅｆ１３７Ｓ / ５３１Ａ ５１ １３７￣５３１ ６ ４ ８３
Ｍａｐｋ１ Ｍａｐ１３５１Ｓ / １６８３Ａ ５５ １３５１￣１６８３ ８ ４ ９９
Ｔａｂｌｅ ３　 Ｖａｒｉａｂｌｅ ｌｏｃｕｓ ａｎｄ ｐｏｓｉｔｉｏｎꎬ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ ｌｏｃｕｓ
Ｐｒｉｍｅｒ
Ｌｏｃｕｓꎬ ｃｈａｒａｃｔｅｒ ｔｙｐｅ
Ｃｄ２８Ｓ / ３５２Ａ Ｅｆ１３７Ｓ / ５３１Ａ Ｍａｐ１３５１Ｓ / １６８３Ａ
Ｓｔａｎｄａｒｄ ｌｏｃｕｓ Ａ Ａ Ｇ Ｃ Ａ Ｇ Ａ Ｇ Ｇ Ｃ Ｔ Ｃ Ｔ Ｃ Ｃ Ｃ Ｃ Ｇ Ｇ Ｃ Ｇ Ｇ
Ｖａｒｉａｂｌｅ ｌｏｃｕｓ ｐｏｓｉｔｉｏｎ
ｆｒｏｍ ５ ｂｅｇｉｎｎｉｎｇ
５５ ６５ ９９ １０８ １７４ ２４７ ３０３ ３１６ ３７ ３９ ６２ １５４ ３３１ ３４３ ６１ １００ １０２ １０３ １０９ ２０２ ２１４ ３２３
Ｖａｒｉａｂｌｅ ｌｏｃｕｓ Ｃ Ｃ Ｔ Ｔ Ｔ Ｔ Ｇ Ｔ Ａ Ａ Ｃ Ｔ Ｃ Ｔ Ｔ Ａ Ａ Ｃ Ａ Ｔ Ｔ Ａ
Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ
ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ ｌｏｃｕｓ
ｎ ｎ ｎ ｎ ｉ ｎ ｉ ｉ ｎ ｎ ｉ ｉ ｉ ｉ ｉ ｎ ｎ ｎ ｎ Ｉ ｉ Ｉ
Ｎｏｔｅ: Ｅａｃｈ ｖａｒｉａｂｌｅ ｐｏｓｉｔｉｏｎ ｉｓ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ ( ｉ) ｏｒ ｎｏｎｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ (ｎ) . Ｔｏ ｂｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅꎬ ａ ｐｏｓｉｔｉｏｎ ｍｕｓｔ ｈａｖｅ
ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｔｈａｔ ａｐｐｅａｒ ｉｎ ａｔ ｌｅａｓｔ ｔｗｏ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ. Ｐｒｉｍｅｒ Ｅｆ１３７Ｓ / Ｅｆ５３１Ａ ｉｓ ｄｅｓｉｇｎｅｄ ｂｙ ｕｓｉｎｇ Ｐｇｔ ｇｅｎｅ. Ｓｏꎬ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｌｏｃｉ
ｐｏｓｉｔｉｏｎ ｕｓｅｄ ｔｈｅ ｆｉｒｓｔ ｓａｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｓ ｔｅｍｐｌａｔｅ.
　 　 Ｔｈｅ ＰＣＲ ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｗｅｒｅ ｒｅｓｏｌｖｅｄ ｂｙ ０.８％ ａｇａ￣
ｒｏｓｅ ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ ｔｏ ｓｅｅ ｉｆ ｔｈｅ ｂａｎｄ ｗａｓ ｕｎｉｑｕｅ
ａｎｄ ｂｒｉｇｈｔ. Ｆｉｎａｌｌｙꎬ ｇｏｏｄ ＰＣＲ ｐｒｏｄｕｃｔｓꎬ ｆｒｏｍ ａｔ
ｌｅａｓｔ ３０ Ｐｓｔ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｃｏｌｌｅｃｔｅｄ ｉｎ ｄｉｖｅｒｓｅ ｌｏｃａｔｉｏｎｓꎬ
ｗｅｒｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ｔｏ ｄｅｔｅｃｔ ｔｈｅｉｒ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ. Ｍｏｎｏ￣
ｍｏｒｐｈｉｃ ｐｒｉｍｅｒｓ ｗｅｒｅ ｄｉｓｃａｒｄｅｄ ａｎｄ ｔｈｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ
ｐｒｉｍｅｒｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ３０ Ｐｓｔ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｗｅｒｅ ｆｕｒｔｈｅｒ ｄｅｔｅｃ￣
ｔｅｄ ｂｙ ｍｏｒｅ ｔｈａｎ １００ Ｐｓｔ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｔｏ ｃｏｎｆｉｒｍ ｔｈｅ ｐｏｌ￣
ｙｍｏｒｐｈｉｓｍ. Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｗａｓ ｃａｒｒｉｅｄ ｏｕｔ ｂｙ Ｓｈａｎｇｈａｉ
ＳＡＮＧＯＮ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ Ｌｉｍｉｔｅｄ.
１.３ 　 Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｐｒｉｍｅｒ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ａｎｄ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｐｓｔ
　 　 ＳＮＰ ａｎａｌｙｓｉｓ ｗａｓ ｃａｒｒｉｅｄ ｏｕｔ ｂｙ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｅｖｏｌｕ￣
ｔｉｏｎａｒｙ ａｎａｌｙｓｉｓ ｓｏｆｔｗａｒｅ. Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔꎬ
ｓｈｅａｒꎬ ｃｏｎｎｅｃｔｉｎｇꎬ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｒａｔｅ ａｎｄ
ｈａｐｌｏｔｙｐｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｔｒｅｅ ｗｅｒｅ ａｎａｌｙｚｅｄ ｂｙ ＭＥＧＡ
４. ０. Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｗａｓ ｃｏｎｄｕｃｔｅｄ ｂｙ ＳＮＡＰ
Ｗｏｒｋｂｅｎｃｈ ２.０ ａｎｄ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｂｙ
ＢｉｏＥｄｉｔ. ＡＭＯＶＡ (Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｖａｒｉａｎｃｅ)
ｗａｓ ｄｏｎｅ ｂｙ Ａｒｌｅｑｕｉｎ ３.１. Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ ｎｕ￣
ｃｌｅｏｔｉｄｅ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｔａｊｉｍａ’ｓ Ｄ ｖａｌｕｅꎬ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ
ｅｖｅｎｔꎬ Ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ａｎｄ ｇｅｎｅ
ｆｌｏｗ ｉｎｔｅｎｓｉｔｙ ａｎａｌｙｓｉｓ ｗｅｒｅ ｃａｌｃｕｌａｔｅｄ ｂｙ ＤｎａＳＰ
ｖ.５.１０.
２　 ＲＥＳＵＬＴＳ
２.１　 Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ＳＮＰ ｐｒｉｍｅｒｓ
　 　 Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ ３０ ｉｓｏｌａｔｅｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｔａｎｄａｒｄ
ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｗｅｒｅ ａｌｉｇｎｅｄ ｆｏｒ ｅａｃｈ ｐｒｉｍｅｒ. Ｔｈｅ ｓｔａｎｄａｒｄ
ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｆｏｒ Ｃｄｃ２ ａｎｄ Ｍａｐｋ１ ｇｅｎｅｓ ｆｏｌｌｏｗｅｄ Ｇｅｎ￣
Ｂａｎｋ. Ｔｈｅ Ｅｆ￣１α ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ｔｈｅ ｆｉｒｓｔ Ｐｓｔ ｓａｍｐｌｅ
ｆｒｏｍ Ｙｕｎｎａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ ｉｎ ２００８ (Ｎｏ. Ｂ１) ｗａｓ ｄｅ￣
ｆｉｎｅｄ ａｓ ｔｈｅ ｓｔａｎｄａｒｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｆｏｒ Ｅｆ￣１α ｂｅｃａｕｓｅ ｔｈｅ
ｐｒｉｍｅｒ ｗａｓ ｄｅｓｉｇｎｅｄ ｆｒｏｍ Ｐｇｔ. Ｉｆ ｔｈｅ ３０ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ
ｗｅｒｅ ｔｈｅ ｓａｍｅ ａｓ ｔｈｅ ｓｔａｎｄａｒｄꎬ ｏｒ ｔｈｅｒｅ ｗｅｒｅ ｆｅｗｅｒ
ｔｈａｎ ｔｗｏ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ ｌｏｃｉꎬ ｗｅ ｔｏｏｋ
９３５
　
植物病理学报 ４４卷
ｔｈｅ ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ ｐｒｉｍｅｒ ａｓ ｍｏｎｏｍｏｒｐｈｉｃ. Ｏｔｈｅｒ￣
ｗｉｓｅꎬ ｔｈｅ ｐｒｉｍｅｒ ｗａｓ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ. Ｔｈｕｓ ｔｈｒｅｅ ｐｏｌｙ￣
ｍｏｒｐｈｉｃ ｐｒｉｍｅｒｓ ｗｅｒｅ ｏｂｔａｉｎｅｄ ｆｒｏｍ ｔｈｅ １３ ｐｒｉｍｅｒｓ
ｏｆ ９ ｈｏｕｓｅｋｅｅｐｉｎｇ ｇｅｎｅｓ ｏｆ Ｐｓｔ ｏｒ Ｐｇｔ. Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａ￣
ｌｉｇｎｍｅｎｔ ｒｅｓｕｌｔｓ ｉｎｄｉｃａｔｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ３ ｐｒｉｍｅｒｓ ｓｈｏｗｅｄ
ｇｏｏｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｂａｓｅｄ ｏｎ １４９ Ｐｓｔ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｃｏｌ￣
ｌｅｃｔｅｄ ｆｒｏｍ ５ ｐｒｏｖｉｎｃｅｓ ｉｎ Ｃｈｉｎａꎬ ｎａｍｅｌｙ Ｙｕｎｎａｎꎬ
Ｇｕｉｚｈｏｕꎬ Ｓｉｃｈｕａｎꎬ Ｓｈａａｎｘｉ ａｎｄ Ｇａｎｓｕ ｉｎ ２００８.
　 　 Ｔｈｅ ３ ｐｒｉｍｅｒｓ ａｎｎｅａｌｉｎｇ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅꎬ ｐｒｏｄｕｃｔ
ｐｏｓｉｔｉｏｎ ａｔ ｔｈｅ ｓｔａｎｄａｒｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅꎬ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｌｏｃｉ
ａｎｄ ｍａｘｉｍａｌ ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｓｔａｎｄａｒｄ ｗｅｒｅ ｌｉｓｔｅｄ ｉｎ
Ｔａｂｌｅ ２. Ｖａｒｉａｂｌｅ ｌｏｃｕｓ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｏｓｉｔｉｏｎ
ｗｅｒｅ ｌｉｓｔｅｄ ｉｎ Ｔａｂｌｅ ３. Ｐｒｉｍｅｒ Ｃｄ２８Ｓ / Ｃｄ３５２Ａ ｈａｄ ８
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｌｏｃｉ ａｎｄ ３ ｏｆ ｔｈｅｍ ｗｅｒｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｌ￣
ｌｙ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ ｌｏｃｉ. Ｅｆ１３７Ｓ / Ｅｆ５３１Ａ ｈａｄ ６ ｐｏｌｙｍｏｒ￣
ｐｈｉｃ ｌｏｃｉ ａｎｄ ４ ｗｅｒｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ. Ｍａｐ１３５１Ｓ /
Ｍａｐ１６８３Ａ ｈａｄ ８ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｌｏｃｉ ａｎｄ ４ ｗｅｒｅ ｉｎ￣
ｆｏｒｍａｔｉｖｅ.
　 　 Ｍａｘｉｍａｌ ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｗｅｒｅ ９９％ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｅ ｓａｍ￣
ｐｌｅｓ ｃｏｌｌｅｔｅｄ ａｎｄ ｔｈｅ ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｆｏｒ Ｃｄｃ２ ａｎｄ Ｍａｐｋ１
ｗｈｉｌｅ ｉｔ ｗａｓ ８３％ ｆｏｒ Ｅｆ￣１α. Ｔｈｉｓ ｉｎｄｉｃａｔｅｄ ｔｈｅ ｍａｘｉ￣
ｍａｌ ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｐｓｔ ａｎｄ Ｐｇｔ ｆｏｒ Ｅｆ￣１α ａｓ ｔｈｅ
ｐｒｉｍｅｒ ｗａｓ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ ｆｒｏｍ Ｐｇｔ.
２.２ 　 Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｐｓｔ ｒｅ￣
ｖｅａｌｅｄ ｂｙ ＳＮＰ
　 　 Ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ １４９ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｗｅｒｅ ａｌｉｇｎｅｄ ｆｏｒ
ｔｈｅ ３ ｇｅｎｅｓꎬ ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ. Ａｆｔｅｒ ｃｕｔｔｉｎｇ ｏｆｆ ｔｈｅ ｕｎｒｅ￣
ｌｉａｂｌｅ ｐａｒｔｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｂｏｔｈ ｅｎｄｓ ｏｆ ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ａｎｄ
ｍａｋｉｎｇ ｓｕｒｅ ａｌｌ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ １４９ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｗｅｒｅ
ｔｈｅ ｓａｍｅ ｌｅｎｇｔｈ ｆｏｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ｃｏｎｖｅｎｉｅｎｃｅꎬ Ｃｄｃ２ ｗａｓ
ｓｈｅａｒｅｄ ｔｏ ２６５ ｂｐ ｌｏｎｇꎬ Ｅｆ￣１α ｔｏ ３３１ ｂｐꎬ ａｎｄ
Ｍａｐｋ１ ｔｏ ２５９ ｂｐ. Ｔｈｅｎ ｔｈｅ ３ ｇｅｎｅ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｗｅｒｅ
ｃｏｎｎｅｃｔｅｄ ｔｏ ａ ｃｏｎｃａｔｅｎａｔｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ８５５ ｂｐ ｌｏｎｇ
ｉｎ ｔｈｅ ｏｒｄｅｒ ｏｆ Ｃｄｃ２ꎬ Ｅｆ￣１α ａｎｄ Ｍａｐｋ１ꎬ ａｎｄ ｗａｓ
ｕｓｅｄ ｔｏ ａｎａｌｙｓｅｓ ｔｈｅ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｏｆ １４９ ｉｓｏ￣
ｌａｔｅｓ ｏｆ ２００８. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｉｎｄｉｃａｔｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅｒｅ ｗｅｒｅ
２６ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ ａｎｄ １８ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｓｉｔｅｓ ａｆｔｅｒ ｒｅｍｏ￣
ｖｉｎｇ ５ ｉｎｄｅｌｓ ａｎｄ ７ ｏｆ ｗｈｉｃｈ ｗｅｒｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ
ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ. Ｔｈｅ ａｎｃｅｓｔｒａｌ ｈａｐｌｏｔｙｐｅ ｏｒｉｇｉｎａｔｅｄ ｆｒｏｍ
Ｙｕｎｎａｎ. Ｔｈｒｅｅ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ ｓｈａｒｅｄ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｙｕｎｎａｎ
ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ｐｒｏｖｉｎｃｅｓ ｈａｄ ａ ｈｉｇｈｅｒ ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｔｈａｎ ａｌｌ
ｔｈｅ ｏｔｈｅｒ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ ａｎｄ ａｄｄｅｄ ｕｐ ｔｏ ７５％ ｏｆ ａｌｌ ｔｈｅ
ｉｓｏｌａｔｅｓ ｓａｍｐｌｅｄ. Ｙｕｎｎａｎ ａｎｄ Ｇａｎｓｕ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｈａｄ
ｉｔｓ ｐｒｉｖａｃｙ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓꎬ ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ. Ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉ￣
ｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ｅｖｅｎｔｓ ｏｆ Ｙｕｎｎａｎ ｐｏｐｕｌａ￣
ｔｉｏｎ ｗｅｒｅ ｌｏｗｅｒ ｔｈａｎ Ｇａｎｓｕ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎꎬ ｂｕｔ ｉｔｓ ｐｏｐｕ￣
ｌａｔｉｏｎ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｒａｔｅ ｗａｓ ｈｉｇｈｅｒ ｔｈａｎ Ｇａｎｓｕ. Ｔｈｅ ｍｕ￣
ｔａｔｉｏｎ ｏｒｉｇｉｎａｔｅｄ ｆｒｏｍ ｉｎｎｅｒ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｃｃｏｕｎ￣
ｔｅｄ ｆｏｒ ７９％ ｏｆ ｔｏｔａｌ ｖａｒｉａｎｃｅ.
　 　 Ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ Ｇｓｔ ｗａｓ
０.１２７ ４０ ａｍｏｎｇ ｓｕｂ￣ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｙｕｎｎａｎ
Ｐｒｏｖｉｎｃｅꎬ ａｎｄ ｇｅｎｅ ｆｌｏｗ ｉｎｔｅｎｓｉｔｙ Ｎｍ ｗａｓ １.７１. Ｉｔ
ｉｎｄｉｃａｔｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ Ｙｕｎｎａｎ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｈａｄ ｈｉｇｈ
ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｃｉｔｙ ａｎｄ ｔｈｅ ｐａｔｈｏｇｅｎ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ ｗａｓ ｎｏｔ
ｆｒｅｑｕｅｎｔ ｗｉｔｈｉｎ Ｙｕｎｎａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ.
　 　 Ｙｕｎｎａｎ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｈａｄ ｏｌｄｅｒ ａｎｄ ｙｏｕｎｇｅｒ ｈａｐ￣
ｌｏｔｙｐｅｓꎬ ｌｏｎｇｅｒ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｈｉｓｔｏｒｙꎬ ｈｉｇｈｅｒ ｈｅｔｅｒｏ￣
ｇｅｎｅｃｉｔｙ ａｎｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ ｔｈａｎ Ｇａｎｓｕ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ. Ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ Ｇｓｔ
ｗａｓ ０.０４７ ３９ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｙｕｎｎａｎ ａｎｄ Ｇａｎｓｕꎬｇｅｎｅ ｆｌｏｗ
ｉｎｔｅｎｓｉｔｙ Ｎｍ ｗａｓ ５.０３. Ｌｏｗ Ｇｓｔꎬ ｈｉｇｈ Ｎｍ ａｎｄ ｈｉｇｈ
ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｏｆ ｓｈａｒｅｄ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓꎬ ｇａｖｅ ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｔｈａｔ ａ
ｌａｒｇｅ ｓｃａｌｅ ｏｆ ｐａｔｈｏｇｅｎ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ ｅｘｉｓｔｓ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｅ
ｔｗｏ ｒｅｇｉｏｎｓ.
　 　 Ｔｈｅ ａｂｏｖｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｉｎｄｉｃａｔｅ ｔｈａｔ ｔｈｅ ３ ＳＮＰ
ｐｒｉｍｅｒｓ ｏｆ Ｐｓｔ ｃａｎ ｂｅ ｕｓｅｄ ｆｏｒ Ｐｓｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ
ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎａｌｙｓｉｓꎬ ａｎｄ ｃａｎ ｒｅｖｅａｌ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｎｄ
ｍｉｇｒａｔｉｏｎ ａｍｏｎｇ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｐｓｔ. Ｔｈｅ ｄｅｔａｉｌｅｄ
ｒｅｓｕｌｔｓ ｗｉｌｌ ｂｅ ｒｅｐｏｒｔｅｄ ｉｎ ａ ｓｅｐａｒａｔｅ ａｒｔｉｃｌｅ.
３　 ＤＩＳＣＵＳＳＩＯＮ ＡＮＤ ＣＯＮＣＬＵＳＩＯＮ
　 　 ＳＮＰ ｐｒｉｍｅｒｓ ｏｆ ｔｈｅ ｔｈｒｅｅ ｈｏｕｓｅ￣ｋｅｅｐｉｎｇ ｇｅｎｅｓ
Ｃｄｃ２ꎬ Ｅｆ￣１α ａｎｄ Ｍａｐｋ１ ｏｆ Ｐｓｔ ｗｅｒｅ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ ｆｏｒ
ｔｈｅ ｆｉｒｓｔ ｔｉｍｅ ｉｎ ｔｈｅ ｗｏｒｌｄ. Ｔｈｅ ｐｒｉｍｅｒ ｐａｉｒｓ Ｃｄ２８Ｓ /
Ｃｄ３５２Ａꎬ Ｅｆ１３７Ｓ / Ｅｆ５３１Ａ ａｎｄ Ｍａｐ１３５１Ｓ /
Ｍａｐ１６８３Ａ ｓｈｏｗｅｄ ｇｏｏｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ
ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｖｅｒ ａ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ １４９ Ｐｓｔ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｆｒｏｍ
Ｙｕｎｎａｎꎬ Ｇｕｉｚｈｏｕꎬ Ｓｉｃｈｕａｎꎬ Ｓｈａａｎｘｉ ａｎｄ Ｇａｎｓｕ.
Ｅａｃｈ ｇｅｎｅ ｈａｓ ６ ｏｒ ８ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｌｏｃｉꎬ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ３
ｏｒ ４ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ ｌｏｃｉ. Ｔｈｅ ｃｏｎｃａｔｅ￣
ｎａｔｅｄ ３ ｇｅｎｅｓ ｃａｎ ｒｅｖｅａｌ ｔｈｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ
ａｍｏｎｇ Ｐｓｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓꎬ ａｎｄ ｃａｎ ｂｅ ｕｓｅｄ ｆｏｒ Ｐｓｔ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎａｌｙｓｉｓ. ＳＮＰｓ ａｒｅ
０４５
　
　 ５期 ＬＩ Ｍｉｎｇ￣ｊｕ ꎬｅｔ ａｌ:Ｆｉｒｓｔ Ｒｅｐｏｒｔ ｏｆ ＳＮＰ Ｐｒｉｍｅｒｓ ｏｆ Ｔｈｒｅｅ Ｈｏｕｓｅ￣ｋｅｅｐｉｎｇ Ｇｅｎｅｓ ｏｆ Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ
ｐｒｏｖｅｄ ｓｕｉｔａｂｌｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ａｎａｌｙｓｅｓ ｏｆ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ.
Ｈｏｗｅｖｅｒꎬ ｔｈｅ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｇｅｎｅｓ ａｎｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｌｏｃｉ
ａｒｅ ｎｏｔ ｓｕｆｆｉｃｉｅｎｔ ｆｏｒ ｍｏｒｅ ｄｅｔａｉｌｅｄ ｓｔｕｄｉｅｓ. Ｍｏｒｅ
ｇｅｎｅ ｐｒｉｍｅｒｓ ｎｅｅｄ ｔｏ ｂｅ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ ｆｕｒｔｈｅｒ. Ａｎｏｔｈｅｒ
ｐｒｉｍｅｒ ｐａｉｒꎬ Ｃｄ２８Ｓ / Ｃｄ９７０Ａꎬ ｏｆ Ｃｄｃ２ ｇｅｎｅ ｗａｓ
ａｌｓｏ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ ｉｎ ｔｈｅ ｌａｂ. Ｔｈｅ ｐｒｏｄｕｃｔ ｌｅｎｇｔｈ ｉｓ ９４３
ｂｐ. Ｈｏｗｅｖｅｒꎬ ｔｈｅ ｔｗｏ￣ｗａｙ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ ｓｐｌｉｔｉｎｇ
ｊｏｉｎｔ ｉｓ ｎｅｅｄｅｄ ａｎｄ ｉｔｓ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｔｏ ｂｅ ｃｏｎｆｉｒｍｅｄ
ｉｎ ｂｉｇｇｅｒ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ.
Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ
[１] 　 Ｃｈｅｎ Ｗ Ｑꎬ Ｗｕ Ｌ Ｒꎬ Ｌｉｕ Ｔ Ｇꎬ ｅｔ ａｌ. Ｒａｃｅ ｄｙｎａｍｉｃｓꎬ
ｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ ａｎｄ ｖｉｒｕｌｅｎｃｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒ￣
ｍｉｓ ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉꎬ ｔｈｅ ｃａｕｓａｌ ａｇｅｎｔ ｏｆ ｗｈｅａｔ ｓｔｒｉｐｅ ｒｕｓｔ ｉｎ
Ｃｈｉｎａ ｆｒｏｍ ２００３ ｔｏ ２００７[ Ｊ] . Ｐｌａｎｔ Ｄｉｓｅａｓｅꎬ ２００９ꎬ９３
(１１): １０９３－１１０１.
[２] 　 Ｃｈｅｎ Ｘ Ｍ. Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ｓｔｒｉｐｅ ｒｕｓｔ
Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ ｏｎ ｗｈｅａｔ[Ｊ] . Ｃａｎａｄｉ￣
ａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ Ｐｌａｎｔ Ｐａｔｈｏｌｏｇｙꎬ ２００５ꎬ ２７: ３１４－３３７.
[３] 　 Ｈａｒｔｌ Ｄ Ｌꎬ Ｃｌａｒｋ Ａ Ｇ. Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ Ｇｅｎｅｔ￣
ｉｃｓ (３ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ)[Ｍ] . Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ: Ｓｉｎａｕｅｒ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ
Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄꎬ １９９７.
[４] 　 Ｂａｈｒｉ Ｂꎬ Ｌｅｃｏｎｔｅ Ｍꎬ Ｏｕｆｆｒｏｕｔｋｈ Ａꎬ ｅｔ ａｌ. Ｇｅｏｇｒａｐｈｉｃ
ｌｉｍｉｔｓ ｏｆ ａ ｃｌｏｎａｌ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｗｈｅａｔ ｙｅｌｌｏｗ ｒｕｓｔ ｉｎ ｔｈｅ
Ｍｅｄｉｔｅｒｒａｎｅａｎ ｒｅｇｉｏｎ[ Ｊ] . Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｃｏｌｏｇｙꎬ ２００９ꎬ
１８: ４１６５－４１７９.
[５] 　 Ｄｕａｎ Ｘ Ｙꎬ Ｔｅｌｌｉｅｒ ＡꎬＷａｎ Ａ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ. Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉ￣
ｉｆｏｒｍｉｓ ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ ｐｒｅｓｅｎｔｓ ｈｉｇｈ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ ｒｅｃｏｍ￣
ｂｉｎａｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｏｖｅｒｓｕｍｍｅｒｉｎｇ ｚｏｎｅ ｏｆ Ｇａｎｓｕꎬ Ｃｈｉｎａ
[Ｊ] . Ｍｙｃｏｌｏｇｙꎬ ２０１０ꎬ １０２: ４４－５３.
[６] 　 Ｌｉｕ Ｘ Ｆꎬ Ｈｕａｎｇ Ｃꎬ Ｓｕｎ Ｚ Ｙꎬ ｅｔ ａｌ. Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ ｉｎ Ｙｕｎｎａｎ
Ｐｒｏｖｉｎｃｅ ｏｆ Ｃｈｉｎａ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ＡＦＬＰ [ Ｊ ] . Ｅｕｒｏｐｅａｎ
Ｊｏｕｒｎａｌ Ｐｌａｎｔ Ｐａｔｈｏｌｏｇｙꎬ ２０１１ꎬ １２９: ４３－５５.
[７] 　 Ｌｕ Ｎ Ｈꎬ Ｚｈｅｎｇ Ｗ Ｍꎬ Ｗａｎｇ Ｊ Ｆꎬ ｅｔ ａｌ. ＳＳＲ ａｎａｌｙｓｉｓ
ｏｆ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ
ｆ. ｓｐ. ｔｒｉｔｉｃｉ ｉｎ Ｌｏｎｇｎａｎ ｒｅｇｉｏｎ ｏｆ Ｇａｎｓｕꎬ Ｃｈｉｎａ[ Ｊ] .
Ｓｃｉｅｎｔｉａ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｉｎｉｃａꎬ ２００９ꎬ ４２ ( ８): ２７６３ －
２７７０.
[８] 　 Ｈｅｌｙａｒ Ｓ Ｊꎬ Ｈｅｍｍｅｒ、 ｜ Ｈａｎｓｅｎ Ｊꎬ Ｂｅｋｋｅｖｏｌｄ Ｄꎬ ｅｔ ａｌ.
Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＮＰｓ ｆｏｒ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ
ｎｏｎｍｏｄｅｌ ｏｒｇａｎｉｓｍｓ: ｎｅｗ ｏｐｐｏｒｔｕｎｉｔｉｅｓ ａｎｄ ｃｈａｌｌｅｎｇｅｓ
[Ｊ] . Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｃｏｌｏｇｙ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬ ２０１１ꎬ １１ (Ｓ１):
１２３－１３６.
[９] 　 Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ Ｎ Ａꎬ Ｎｏｒｄｂｏｒｇ Ｍ. Ｇｅｎｅａｌｏｇｉｃａｌ ｔｒｅｅｓꎬ
ｃｏａｌｅｓｃｅｎｔ ｔｈｅｏｒｙ ａｎｄ ｔｈｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒ￣
ｐｈｉｓｍｓ[Ｊ] . Ｎａｔｕｒａｌ Ｒｅｖｉｅｗ Ｇｅｎｅｔｉｃｓꎬ ２００２ꎬ ３: ３８０－
３９０.
[１０] Ｋｅｒｒｙ Ｏ Ｄꎬ Ｔｏｄｄ Ｊ Ｗꎬ Ｄｅｒｅｊｅ Ａꎬ ｅｔ ａｌ. Ｍｕｌｔｉｌｏｃｕｓ
ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ａｎｄ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ｒｅｓｏｌｖｅ ａ ｎｏｖｅｌ
ｈｅａｄ ｂｌｉｇｈｔ ｐａｔｈｏｇｅｎ ｗｉｔｈｉｎ ｔｈｅ Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ
ｓｐｅｃｉｅｓ ｃｏｍｐｌｅｘ ｆｒｏｍ Ｅｔｈｉｏｐｉａ [ Ｊ] . Ｆｕｎｇａｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ
ａｎｄ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ ２００８ꎬ ４５: １５１４－１５２２.
[１１] Ｐａｔｒíｃｉａ Ｈ Ｂꎬ Ｓｃｏｔｔ Ｖ Ｅ. Ｍｕｌｔｉｌｏｃｕｓ ｐｈｙｌｅｇｅｏｇｒａｐｈｙ
ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ｕｓｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ￣ｂａｓｅｄ Ｍａｒｋｅｒ [ Ｊ] .
Ｇｅｎｅｔｉｃｓꎬ ２００９ꎬ １３５: ４３９－４５５.
[１２] Ｌｉｕ Ｍꎬ Ｈａｍｂｌｅｔｏｎ Ｓ. Ｔａｘｏｎｏｍｉｃ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｓｔｒｉｐｅ ｒｕｓｔꎬ
Ｐｕｃｃｉｎｉａ ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ ｓｅｎｓｕ ｌａｔｏꎬ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ
ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ ｅｖｉｄｅｎｃｅ [ Ｊ] . Ｆｕｎｇａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ ２０１０ꎬ
１１４ (１０): ８８１－８９９.
[１３] Ｐａｒｋｓ Ｒꎬ Ｃａｒｂｏｎｅ Ｉꎬ Ｍｕｒｐｈｙ Ｊ Ｐꎬ ｅｔ ａｌ. Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ
ｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａｎ Ｅａｓｔｅｒｎ Ｕ. Ｓ. ｗｈｅａｔ ｐｏｗｄｅｒｙ
ｍｉｌｄｅｗ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｒｅｖｅａｌｓ ｇｅｏｇｒａｐｈｉｃ ｓｕｂｄｉｖｉｓｉｏｎ ａｎｄ
ｒｅｃｅｎｔ ｃｏｍｍｏｎ ａｎｃｅｓｔｒｙ ｗｉｔｈ Ｕ.Ｋ. ａｎｄ Ｉｓｒａｅｌｉ ｐｏｐｕｌａ￣
ｔｉｏｎｓ[Ｊ] . Ｐｈｙｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙꎬ ２００９ꎬ ９９(７): ８４０－８４９.
责任编辑:张宗英
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