全 文 :书犇犗犐:10.11686/犮狔狓犫2016073 犺狋狋狆://犮狔狓犫.犾狕狌.犲犱狌.犮狀
邵麟惠,郑兴卫,李聪.蒺藜苜蓿E3泛素连接酶Ubox基因克隆及表达分析.草业学报,2016,25(7):6272.
SHAOLinHui,ZHENGXingWei,LICong.CloningandexpressionanalysisofaUboxgeneofE3ubiquitinligasefrom犕犲犱犻犮犪犵狅狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪.
ActaPrataculturaeSinica,2016,25(7):6272.
蒺藜苜蓿犈3泛素连接酶犝犫狅狓基因克隆及表达分析
邵麟惠,郑兴卫,李聪
(中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100193)
摘要:泛素化在植物生长和发育过程中起重要作用,E3泛素连接酶负责对靶蛋白特异性识别,其中 Ubox结构的
E3泛素连接酶具有调控植物生长发育和免疫反应等功能,并在抗逆性方面发挥作用。目前,关于蒺藜苜蓿 Ubox
家族基因的研究尚未见报道。本研究从蒺藜苜蓿中克隆得到Ubox(犕狋犘犝犅4)基因,该基因cDNA全长2448bp,
编码815个氨基酸,包括1个 Ubox结构(CX2HX7CX7CX2CHX2H)和5个 ARM 结构域,属于 Ubox/
ARM类型E3泛素连接酶。构建原核表达载体pET犕狋犘犝犅4,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)表明在大
肠杆菌中表达了 MtPUB4蛋白。荧光定量PCR分析表明犕狋犘犝犅4基因在蒺藜苜蓿花中的表达量最高,在根中表
达量最低。犕狋犘犝犅4基因受到NaCl、聚乙二醇、脱落酸诱导,随着诱导时间增加,表达量呈现出增长趋势。这些结
果表明,犕狋犘犝犅4基因在蒺藜苜蓿生长发育和抗逆性中可能起到重要调节作用,但在低温胁迫中表达量稍微下降,
变化不明显。本研究成功构建了pBI121犕狋犘犝犅4植物表达载体,为进一步转化拟南芥突变体犃狋狆狌犫4奠定了基
础。
关键词:蒺藜苜蓿;E3泛素连接酶;Ubox;基因克隆;表达分析
犆犾狅狀犻狀犵犪狀犱犲狓狆狉犲狊狊犻狅狀犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳犪犝犫狅狓犵犲狀犲狅犳犈3狌犫犻狇狌犻狋犻狀犾犻犵犪狊犲犳狉狅犿犕犲犱犻犮犪犵狅
狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪
SHAOLinHui,ZHENGXingWei,LICong
犐狀狊狋犻狋狌狋犲狅犳犃狀犻犿犪犾犛犮犻犲狀犮犲狊,犆犺犻狀犲狊犲犃犮犪犱犲犿狔狅犳犃犵狉犻犮狌犾狋狌狉犪犾犛犮犻犲狀犮犲狊,犅犲犻犼犻狀犵100193,犆犺犻狀犪
犃犫狊狋狉犪犮狋:TheE3ubiquitinligaseisessentialforthespecificrecognitionoftargetproteinsofubiquitin,and
therefore,itplaysanimportantroleinplantgrowthanddevelopment.TheUboxfamilyofE3ubiquitinliga
sesfunctioninregulatingplantimmuneresponsesandstressresistance.Tothebestofourknowledge,there
havebeennoreportsonUboxfamilygenesin犕犲犱犻犮犪犵狅狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪.Inthisstudy,aUboxgene(犕狋犘犝犅4),
consistingofa2448bpcDNAencodingaputativeproteinof815aminoacids,wasclonedfrom犕.狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪.
AsequencealignmentanalysisrevealedthattheMtPUB4proteincontainsaUboxdomain(CX2HX7CX7
CX2CHX2H)andtwoARM (Armadilo)regions.Therefore,itwasclassifiedasaUbox/ARME3ubiq
uitinligase.Weconstructedaprokaryoticexpressionvector(pET犕狋犘犝犅4),andanSDS-PAGEanalysis
confirmedthattheMtPUB4proteinwassuccessfulyexpressedinprokaryoticcels.Realtimepolymerasechain
reactionanalysesshowedthatthetranscriptlevelsof犕狋犘犝犅4werehigherinflowersandlowerinroots.Abi
oticstressessuchasNaCl,polyethyleneglycol,andabscisicacidresultedinincreasedtranscriptlevelsof犕狋
犘犝犅4,withhighertranscriptlevelsafterlongerinductiontimes.Thetranscriptlevelsof犕狋犘犝犅4decreased
62-72
2016年7月
草 业 学 报
ACTAPRATACULTURAESINICA
第25卷 第7期
Vol.25,No.7
收稿日期:20160302;改回日期:20160401
基金项目:国家自然科学基金(31372362)项目和“十二五”国家科技支撑计划项目(2011BAD17B01)资助。
作者简介:邵麟惠(1981),女,甘肃合水人,在读博士。Email:shaolinhui@126.com
通信作者Correspondingauthor.Email:licong0520@sina.com
slightlyunderlowtemperaturestress.Theseresultsindicatedthat犕狋犘犝犅4maybeinvolvedinregulating
growth,development,andstressresistancein犕.狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪.TheconstructionofthepBI121犕狋犘犝犅4vector
haslaidthefoundationfortransformationof犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊infuturestudies.
犓犲狔狑狅狉犱狊:犕犲犱犻犮犪犵狅狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪;E3ubiquitinligaseenzyme;Ubox;genecloning;expressinganalysis
泛素化是真核生物细胞中重要的蛋白质翻译后修饰的过程,对生物体生长发育和生物体对周围环境适应性
起调控作用,其中泛素分子是由76个高度保守的氨基酸组成的多肽[1]。该过程首先是靶蛋白被泛素分子标记,
然后被蛋白酶体识别后降解[2]。标记靶蛋白的过程由E1泛素活化酶、E2泛素结合酶和E3泛素连接酶共同介
导催化完成[1]。E1泛素活化酶依靠ATP提供能量催化泛素分子与底物蛋白结合,同时激活泛素分子转移至E2
泛素结合酶,最后通过E3泛素连接酶与赖氨酸残基结合标记靶蛋白[35]。E3泛素连接酶在靶蛋白特异性识别中
起关键作用,依据共价键结合方式,可分为 HECT (homologoustotheE6APcarboxylterminus)结构域和
RING/Ubox结构域[6]。近年来研究表明,E3泛素连接酶参与了各种抗病信号反应途径的调控,其中Ubox蛋
白也在抗非生物胁迫和抗病过程中发挥作用[78]。
Ubox/ARM蛋白是植物中特有的一类蛋白,由70多个氨基酸残基构成,功能域最初在酵母UFD2蛋白中
发现,在多种真核生物中高度保守[9]。植物Ubox蛋白的数量多于其他生物,目前在拟南芥(犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻
犪狀犪)中已经鉴定出64个Ubox蛋白[10],水稻(犗狉狔狕犪狊犪狋犻狏犪)中鉴定出77个Ubox蛋白[11],蒺藜苜蓿(犕犲犱犻犮犪
犵狅狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪)中鉴定出41个Ubox蛋白[12]。研究表明,拟南芥狆狌犫4基因影响花粉绒毡层细胞生长发育,在花
粉发育的第8~9期开始出现差异变化,其突变体在22℃时花粉绒毡层细胞过度生长膨胀或延迟退化、减小了花
粉囊腔空间,使花粉粒被挤压粘连、无法释放传粉而造成雄性不育,却在16℃的低温时可恢复部分育性,说明该
基因表达方式对温度敏感[3]。因此,推测利用此类基因特性可创制出温敏型雄性不育材料。此外,近年研究人员
发现,Ubox类基因也参与植物非生物胁迫应答反应,拟南芥犃狋犘犝犅22和犃狋犘犝犅23响应干旱胁迫[7],犃狋
犘犝犅18和犃狋犘犝犅19基因受NaCl诱导表达[13],辣椒(犆犪狆狊犻犮狌犿犪狀狀狌狌犿)基因犆犪犘犝犅1在拟南芥中超表达可以
增强植物的耐盐性[14]。
蒺藜苜蓿是豆科苜蓿属草本[15]。二倍体(2狀=2狓=16),具有生育期短(80~100d)、基因组小(454~526
Mb)、自花授粉、易于转化、再生时间较短等特点,被作为豆科模式植物进行研究,目前已完成全基因组测序[12]。
紫花苜蓿(犕犲犱犻犮犪犵狅狊犪狋犻狏犪)与蒺藜苜蓿同属于苜蓿属植物,具有相似的遗传特点,从蒺藜苜蓿中获得的信息对
研究其他豆科植物特别是紫花苜蓿具有重要参考价值。目前,有关蒺藜苜蓿 Ubox基因家族的研究尚未见报
道[12]。因此,本试验以蒺藜苜蓿为研究材料,利用植物Ubox基因序列高度保守的特点,采用RTPCR方法对
蒺藜苜蓿Ubox基因编码区序列进行克隆研究,以期为蒺藜苜蓿Ubox基因在花粉发育过程中所起的调控作用
和该类基因抗逆特性进行初步探索,为今后通过基因工程手段选育新种质奠定理论基础。
1 材料与方法
1.1 供试植物与试剂
选取蒺藜苜蓿A17基因型,蒺藜苜蓿种子由本实验室保存。
RNA提取使用犜狉犪狀狊犣狅犾UpPlusRNAKit(ER501)试剂盒,cDNA反转录使用犜狉犪狀狊犛犮狉犻狆狋IIOneStep
gDNARemovalandcDNASynthesisSupermix(AH311)试剂盒,PCR扩增使用犜狉犪狀狊犛狋犪狉狋犉犪狊狋犘犳狌FlyDNA
Polymerase酶,实时荧光定量使用犜狉犪狀狊犛狋犪狉狋TopGreenqPCRSuperMix试剂盒,购于北京全式金生物有限公
司。DNAmakerDL5000、限制性内切酶BamHI、T4DNALigase连接酶,购于 Takara公司;克隆载体使用
狆犈犃犛犢UniSeamlessCloningandAssemblyKit(CU101)试剂盒、质粒抽提使用犈犪狊狔犘狌狉犲PlasmidMiniPrep
Kit试剂盒,原核表达载体使用狆犈犃犛犢BluntSimplecloningKit试剂盒,胶回收使用 GelExtractionKit试剂
盒,分别购于北京全式金生物有限公司和北京康为世纪生物有限公司。大肠杆菌(犈狊犮犺犲狉犻犮犺犻犪犮狅犾犻)DH5α购于
天根生化科技(北京)有限公司;根癌农杆菌 (犃犵狉狅犫犪犮狋犲狉犻狌犿狋狌犿犲犳犪犮犻犲狀狊)AGL1由本实验室保存;pMD18RT
36第25卷第7期 草业学报2016年
vector载体购于Takara公司。其他试剂为国产分析纯级。
1.2 实验方法
1.2.1 材料处理 将蒺藜苜蓿种子用酒精消毒后播种于铺有滤纸的培养皿中,在光照培养箱(温度24℃,光
照12h/d)培养至种子发芽,将发芽种子用海绵条包裹种植移至盛有MS营养液的水培盘继续培养。20d左右对
幼苗开始处理,胁迫处理时将水培溶液换成0.1mol/LNaCl溶液、20%聚乙二醇(PEG)溶液和1×10-4 mol/L
ABA溶液,低温处理的水培溶液换成蒸馏水置于4℃冰箱,分别处理0,2,6,12,24h,各时间点选取叶片组织置
于2mL离心管,液氮速冻后贮于-80℃,提取总RNA,用于RealtimePCR分析。组织特异性分析选取正常栽
培条件下结荚期蒺藜苜蓿根、茎、叶、花、荚果。基因克隆选取开花期16℃放置48h的蒺藜苜蓿叶片。
1.2.2 RNA 提取及反转录 取蒺藜苜蓿叶片组织100mg,按照北京全式金 TransZolPlusRNA Kit
(ER501)试剂盒说明步骤提取总RNA[16]。利用紫外分光光度计测定RNA含量,经琼脂糖凝胶电泳检验,将质
量合格的RNA在-80℃条件保存备用。cDNA第一链合成方法,反应体系为:RNA1μL,5×TransScriptAl
inOneSuperMixforqPCR4μL,gDNARemoval1μL,RNasefreeWater14μL,反转录反应体系总体积为20
μL,反应条件为:25℃10min,50℃30min,85℃5min,冰浴5min,-20℃条件保存备用。
1.2.3 犕狋犘犝犅4基因全长克隆及生物信息学分析 从 Genbank中下载 犕狋犘犝犅4基因(登录号:XP_
013460388.1)序列,用PrimerPremier5.0和oligo5.0软件设计并合成扩增引物F1/R1(表1),以反转录cDNA
第一链为模板,进行PCR扩增。反应体系50μL,Template1μL,Primer各1μL,5×TransStartBuffer10μL,
dNTPs5μL;DNAPolymerase1μL,ddH2O31μL;反应条件:预变性95℃5min;95℃20s,55℃20s,72℃
90s,35个循环;延伸72℃10min。将PCR扩增产物经凝胶电泳检测合格后胶回收。将胶回收纯化PCR产物,
用pMDR18T载体4℃条件下连接过夜;将连接产物转化至DH5α感受态细胞,冰浴30min后,42℃热激30s,
加入LB培养基于37℃恒温摇床振荡培养过夜后,置于含Amp+抗性的LB平板中进行筛选,对所获得的单菌落
培养后提取质粒、PCR扩增、用BamHI单酶切鉴定,重复24次。对菌液进行PCR检测,选择阳性菌液送北京英
俊公司进行DNA测序。测定序列用DNAstar软件进行拼接分析,得到正确的 Ubox基因核苷酸序列,并进行
氨基酸序列预测。
利用NCBI网站(http://ncbi.nlm.nih.gov/)ORFFinder和ConservdDomains程序分析核酸和氨基酸序
列;利用在Expasy网站查询(http://www.expasy.org/tools/)预测蛋白功能;利用Genebank筛选下载其他植
物的12种Ubox蛋白同源序列,在 MEGA5.0软件中选择邻近结合法(neighborjoining)构建进化树,分析犕狋
犘犝犅4编码的氨基酸序列物种进化关系[16]。
1.2.4 实时荧光定量PCR检测犕狋犘犝犅4基因表达量 提取总RNA,进行反转录合成cDNA第一链,方法同
1.2.2。使用BioRadCFX96实时定量PCR仪,采用两步法进行RealtimePCR扩增。基因特异性引物F3/R3
(表1),内参基因选择蒺藜苜蓿ACTIN1,引物F2/R2(表1)。反应条件:第一步94℃预变性30s;第二步94℃
30s,58℃15s,72℃10s,共40个循环。每个样品3次重复。根据实验所得Ct值,利用Livak等[17]报道的
foldchange=2-ΔΔCT法,计算蒺藜苜蓿犕狋犘犝犅4基因在根、茎、叶、花、荚果中的表达量。把根的表达量设为对照,
茎、叶、花、荚果设为4个处理;不同胁迫处理中,把0h表达量设为对照,2,6,12,24h设为4个处理,利用公式进
行计算:
ΔΔ犆T=(犆Tgene-犆Tactin)胁迫处理-(犆Tgene-犆Tactin)对照
式中,犆T 表示循环阈值,犆Tgene表示目标基因达到设定阈值的循环数,犆Tactin表示犃犮狋犻狀基因达到设定阈值的循环
数,(犆Tgene-犆Tactin)胁迫处理表示处理样品中目标基因经犃犮狋犻狀基因校正的循环次数;(犆Tgene-犆Tactin)对照表示
对照样品中目标基因经犃犮狋犻狀基因校正的循环次数;ΔΔ犆T 表示处理样品中目标基因和对照样品中目标基因循
环次数的差值。然后再计算出2-ΔΔCT的相对表达量,根据计算所得结果绘制柱形图。
1.2.5 蛋白原核表达与鉴定 以蒺藜苜蓿cDNA为模板,利用引物F4/R4(表1),进行PCR扩增。取PCR
胶回收产物和表达载体狆犈犃犛犢BluntSimple进行连接,将连接产物全部转化犜狉犪狀狊1T1感受态细胞中,接种
SOC(superoptimalbroth)培养基培养,涂于LB培养基(含50μg/mLAmp
+)37℃过夜培养。次日挑取单菌
46 ACTAPRATACULTURAESINICA(2016) Vol.25,No.7
落,以引物F5/R5(表1)进行菌液PCR验证,将合格菌液加入1mL含Amp+抗生素的LB培养基37℃培养过
夜,提取合格质粒送公司测序。以构建好的亚克隆载体为模板,进行PCR扩增目的片段,引物使用F6/R6(表
1),胶回收PCR产物,连接狆犈犃犛犢BluntE1载体,转化犜狉犪狀狊1T1感受态细胞,通过筛选阳性菌液、提取质粒、
送交测序,得到插入目的基因重组子pEASY犕狋犘犝犅4。
将阳性克隆菌液20μL接种至2mLLB(含50μg/mL的Kan
+和Amp+)培养基中37℃过夜培养。取30
μL过夜培养菌液,加入至3mLLB培养基中,37℃震荡培养至OD600约0.6;取部分液体作为未诱导对照组,余
下的分别加入0.1,0.2,0.5,1.0mmol/L的IPTG诱导剂作为实验组,在37℃震荡培养。在诱导5h时取菌体
1mL,离心10000r/min×30s收获沉淀,用100μL1% 磷酸盐缓冲液PBS(phosphatebuffersaline)重悬,混
匀,100℃10min。10000r/min离心10min,取上清进行SDS-PAGE分析。
1.2.6 植物表达载体构建 以克隆测序后的质粒为模板,使用犜狉犪狀狊犛狋犪狉狋犓犇PlusDNAPolymerase聚合
酶,通过PCR扩增目的片段,以酶切鉴定引物F7/R7(表1),用内切限制酶BamHI,对克隆载体pMD18T::犕狋
狆狌犫4进行单酶切。酶切体系共200μL,质粒120μL,限制性内切酶4μL,10×CutSmartBuffer20μL,ddH2O补
足至200μL。提取单酶切表达载体质粒,取纯化目的基因PCR产物和pBI121载体,用狆犈犃犛犢UniSeamless
CloningandAssemblyKit(CU101)连接酶连接,将连接体系置于25℃连接2h;连接体系共10μL,其中载体
3.75μL,目的片段1.25μL,2×AssemblyMix5μL。对于酶切后的表达载体质粒,取纯化目的产物,用 T4
DNALigase连接酶与pBI121载体连接,将连接体系置于25℃连接2h;连接体系10μL,其中载体3.0μL,目的
片段4μL,T4DNALigase1μL,5×T4DNALigaseBuffer2μL。将质粒连接产物转化至DH5α感受态细胞,
冰浴30min后,42℃ 热激30s,加入400μLLB于37℃恒温摇床振荡培养,涂于含Kan
+抗性的LB平板上,37
℃过夜培养;次日挑取单克隆,进行菌落PCR鉴定;取鉴定合格菌液,加2mL至含Kan+抗性的LB培养基中,37
℃,200r/min转速摇菌过夜,使用犈犪狊狔犘狌狉犲PlasmidMiniPrepKit试剂盒提取质粒;将质粒进行酶切鉴定,反应
条件为25℃1h,37℃1h。取鉴定合格菌液,送北京英骏公司测序。
表1 引物信息
犜犪犫犾犲1 犘狉犻犿犲狉狊犻狀犳狅狉犿犪狋犻狅狀
引物名称Nameofprimer 引物序列(5′3′)Sequenceofprimers(5′3′) 引物用途Applicationofprimer
F1 GGAAACATGAACTCAGAAACAGTC 犕狋犘犝犅 克隆
R1 TCAGCCCCTCCCAGAATTCC 犕狋犘犝犅cloning
F2 ACACTGTGCCAATCTATGAGGG ACTIN1RT-PCR引物
R2 TTGTCCATCAGGAAGTTCATAGTTT RT-PCRforACTIN1
F3 CAGTCCAGTTCCAGTACCCC 犕狋犘犝犅RT-PCR
R3 CGCCAAAGTCTGATGTGTCT
F4 ATGAACTCAGAAACAGTCTCAAAAT 原核表达犕狋犘犝犅 基因克隆
R4 TCAGCCCCTCCCAGAATTC 犕狋犘犝犅cloninginprokaryoticexpression
F5 GTAAAACGACGGCCAGT pEASY犕狋犘犝犅载体构建
R5 CAGGAAACAGCTATGAC VectorconstructionofpEASY犕狋犘犝犅
F6 TAATACGACTCACTATAGGG pEASY载体特异性引物
R6 TAGTTATTGCTCAGCGGTGG SpecificprimerofpEASYvector
F7 CGGGGGACTCTAGAGGATCCATGAACTCAGAAACAG pBI121犕狋犘犝犅载体构建
R7 GACTGACCACCCGGGGATCCTCAGCCCCTCCCAGA VectorconstructionofpBI121犕狋犘犝犅
2 结果与分析
2.1 目的基因克隆
取蒺藜苜蓿叶片提取总RNA,凝胶电泳检测显示有28S、18S两个条带,说明RNA较完整。用紫外分光光
56第25卷第7期 草业学报2016年
度计检测,A260/A280值为1.877;A260/A230值为2.054,
图1 蒺藜苜蓿犚犖犃提取和犕狋犘犝犅4基因犘犆犚扩增
犉犻犵.1 犚犖犃犲狓狋狉犪犮狋犻狅狀犪狀犱犝犫狅狓犈3狌犫犻狇狌犻狋犻狀犾犻犵犪狋犻狀犵犲狀狕狔犿犲
犵犲狀犲犪犿狆犾犻犮犪狋犻狅狀犻狀犕.狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪
A:RNA提取 RNAextraction;B:犕狋犘犝犅4基因的RT-PCR扩增
产物(1~3)Amplificationproductsof犕狋犘犝犅4genebyRT-PCR(1-
3);M:DNAmarker.
说明RNA质量较好(图1A)。将提取RNA反转录合
成cDNA第一链;以cDNA第一链为模板,以基因特
异性引物进行 PCR 扩增目的片段(图1B),利用
DNAMAN拼接后的全长cDNA为2448bp。将该基
因命名为犕狋犘犝犅4,NCBI登录号为XP_013460388.1。
2.2 生物信息学分析
2.2.1 保守结构域 运用Expasy网站SMART
程序对犕狋犘犝犅4基因编码的蛋白结构域分析,结果显
示 MtPUB4蛋白215~278位氨基酸具有 Ubox/
AEM家族所具备的典型 Ubox结构,515~764位氨
基酸具有典型的ARM 重复结构,该基因属于 Ubox
家族的一员,其编码的 Ubox保守氨基酸序列为FC
CPLSLELMTDPVIVASGQTYERAFIKNWIDLGLT
VCPKTHQTLAHTNLIPNYTVKALIANW。运用NC
BI保守域在线分析,该蛋白氨基酸序列C端存在Ubox结构域,修饰RING锌指结构,没有Zn2+结合配体,蛋白
N端存在ARM重复结构,最末端是谷氨酰胺,可能参与E3泛素化。与其他物种Ubox蛋白序列多重比对结果
表明,Ubox/ARM结构区域保守性较强,有127个氨基酸完全一致(图2)。
2.2.2 系统进化 将克隆序列提交NCBI网站BLAST程序进行比对,选取同源性较高不同物种序列下载,
利用 MEGA5.0软件邻近法程序构建系统进化树[12]。根据图3显示结果,克隆序列蒺藜苜蓿犕狋犘犝犅4与鹰嘴
豆(犆.犪狉犻犲狋犻狀狌犿)(XP_0012571337.1)同源性最高,为89%;与野生大豆(犌.狊狅犼犪)(KHN48396.1)和大豆(犌.
犿犪狓)(XP_003551173.1)、菜豆(犘.狏狌犾犵犪狉犻狊)(XP_007146857.1)同源性次之,都是81%;与其他科属植物可可
(犜.犮犪犮犪狅)(XP_007047436.1)、木本棉(犌.狉犪犻犿狅狀犱犻犻)(KJB48641.1)、黄瓜(犆.狊犪狋犻狏狌狊)(XP_004149702.1)、烟
草(犖.狋犪犫犪犮狌犿)(AAO61490.1)、甘蓝(犅.狅犾犲狉犪犮犲犪)(XP_013605017.1)、拟南芥(犃.狋犺犪犾犻犪狀犪)(NP_179895.6)
和水稻(犗.狊犪狋犻狏犪)(AAT94161.1)等植物同源性较低,分别是71%,69%,65%,58%,56%,56%和54%。
2.3 蒺藜苜蓿犕狋犘犝犅4基因组织特异性表达
蒺藜苜蓿犕狋犘犝犅4基因在不同组织中的相对表达量见图4。结果表明,犕狋犘犝犅4在花中表达量最多,其次
是叶,根中表达量最少。以蒺藜苜蓿根中犕狋犘犝犅4基因表达量为对照,花中表达量是根中表达量的26.68倍,叶
中表达量是根中15.45倍,荚果中表达量是根中的5.60倍,茎中表达量是根中的4.82倍。
2.4 蒺藜苜蓿犕狋犘犝犅4基因在非生物胁迫下的表达量
蒺藜苜蓿犕狋犘犝犅4基因分别受到NaCl、PEG、ABA和低温诱导0,2,6,12,24h的相对表达量见图5。结果
显示,犕狋犘犝犅4基因在NaCl胁迫诱导下,6h时迅速上升,是2h时表达量的3倍,12h时达到峰值,24h下降
(图5A)。在PEG胁迫诱导下2h以内变化较小,6h表达量增到2h的4倍,达到峰值,与NaCl胁迫下变化近
似,但是12h时开始下降,24h时表达量低于0h时表达量(图5B)。在低温处理后,2h时表达量稍微有所下降,
6h时表达量与2h表达量接近,12h时持续下降,24h时恢复至6h水平(图5C)。在ABA诱导12h后,表达量
稍有降低,随后迅速上升,24h时表达量接近0h的5倍(图5D)。除了低温胁迫犕狋犘犝犅4基因表达量变化稍有
降低,表达量变化不明显外,其余3种处理方式表达量都出现数倍上升,这说明犕狋犘犝犅4基因对盐、干旱和ABA
胁迫响应,可能参与这些逆境的信号调控。
2.5 犕狋犘犝犅4基因蛋白原核表达
将目的片段连接pEASYBluntSimple载体,转化至大肠杆菌BL21(DE3),经测序验证序列正确,表明蛋白
表达载体构建成功。将含有阳性质粒的大肠杆菌表达菌BL21(DE3)pLysSChemicalyCompetentCel株系,用
不同浓度的IPTG诱导表达,上样浓度为0.1,0.2,0.5和1.0mmol/L。结果显示,含有犕狋犘犝犅4片段的表达载体
66 ACTAPRATACULTURAESINICA(2016) Vol.25,No.7
图2 犕狋犘犝犅4与其他植物犝犫狅狓蛋白氨基酸保守区序列多重对比分析
犉犻犵.2 犕狌犾狋犻狆犾犲犪犾犻犵狀犿犲狀狋犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳犕狋犘犝犅4犮狅狀狊犲狉狏犲犱犱狅犿犪犻狀狑犻狋犺犻狋狊犺狅犿狅犾狅犵狅狌狊犻狀狅狋犺犲狉狆犾犪狀狋狊
76第25卷第7期 草业学报2016年
续图2 犕狋犘犝犅4与其他植物犝犫狅狓蛋白氨基酸保守区序列多重对比分析
犆狅狀狋犻狀狌犲犱犉犻犵.2 犕狌犾狋犻狆犾犲犪犾犻犵狀犿犲狀狋犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳犕狋犘犝犅4犮狅狀狊犲狉狏犲犱犱狅犿犪犻狀狑犻狋犺犻狋狊犺狅犿狅犾狅犵狅狌狊犻狀狅狋犺犲狉狆犾犪狀狋狊
犆犻犮犲狉犪狉犻犲狋犻狀狌犿:鹰嘴豆;犌犾狔犮犻狀犲狊狅犼犪:野大豆;犌犾狔犮犻狀犲犿犪狓:大豆;犘犺犪狊犲狅犾狌狊狏狌犾犵犪狉犻狊:菜豆;犜犺犲狅犫狉狅犿犪犮犪犮犪狅:可可;犌狅狊狊狔狆犻狌犿犪狉犫狅狉犲狌犿:木本
棉;犆狌犮狌犿犻狊狊犪狋犻狏狌狊:黄瓜;犖犻犮狅狋犻犪狀犪狋犪犫犪犮狌犿:烟草;犅狉犪狊狊犻犮犪狅犾犲狉犪犮犲犪:甘蓝;犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪:拟南芥;犗狉狔狕犪狊犪狋犻狏犪:水稻。Consensus表示序
列一致性,黑色表示100%相同,粉色表示75%相同,蓝色表示50%相同。Consensusindicatessamesequencesandarelistedbelow;Blackindicates
100%identity;Pinkindicates75%identity;Blueindicates50%identity.
图3 蒺藜苜蓿犝犫狅狓犈3泛素蛋白 犕狋犘犝犅4进化树分析
犉犻犵.3 犘犺狔犾狅犵犲狀犲狋犻犮狋狉犲犲犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳犝犫狅狓犈3狌犫犻狇狌犻狋犻狀犾犻犵犪狋犻狀犵犲狀狕狔犿犲犕狋犘犝犅4狆狉狅狋犲犻狀狊犻狀犕.狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪
菌体在诱导后出现特异性条带,各个浓度对蛋白表达
图4 犕狋犘犝犅4基因在蒺藜苜蓿不同组织中的相对表达量
犉犻犵.4 犜犺犲狉犲犾犪狋犻狏犲犲狓狆狉犲狊狊犻狅狀狅犳犕狋犘犝犅4犵犲狀犲犻狀
犱犻犳犳犲狉犲狀狋狋犻狊狊狌犲狊狅犳犕.狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪
影响不明显。该蛋白在90kDa条带处,与预期结果
88.36kDa相符(图6)。说明该蛋白在大肠杆菌中成
功诱导,可用于进一步蛋白表达研究。
2.6 植物表达载体构建
将植物表达载体pBI121和克隆载体分别酶切,回
收相应片段纯化连接、转化、挑取单菌落、提取质粒,构
建犕狋犘犝犅4基因植物表达载体。经过BamHI酶切鉴
定,得到与预期大小一致的目的片段(图7)。鉴定为
阳性的质粒送公司测序后拼接,与基因序列一致,说明
成功构建植物表达pBI121犕狋犘犝犅4。
86 ACTAPRATACULTURAESINICA(2016) Vol.25,No.7
图5 犕狋犘犝犅4基因在犖犪犆犾、犘犈犌、4℃低温和犃犅犃处理后的相对表达量
犉犻犵.5 犜犺犲狉犲犾犪狋犻狏犲犲狓狆狉犲狊狊犻狅狀狅犳犕狋犘犝犅4犵犲狀犲狋狉犲犪狋犲犱犫狔犖犪犆犾,犘犈犌,犃犅犃犪狀犱4℃
A:NaCl处理 NaCltreatment;B:PEG处理PEGtreatment;C:4℃ 低温处理4℃treatment;D:脱落酸处理 ABA(abscisicacid)treatment
图6 犕狋犘犝犅4融合蛋白犛犇犛-犘犃犌犈电泳考马斯亮蓝染色
犉犻犵.6 犆狅狅犿犪狊狊犻犲狊狋犪犻狀犲犱犛犇犛-犘犃犌犈犵犲犾犻犾狌狊狋狉犪狋犻狀犵犕狋犘犝犅4
犎犻狊狋犪犵犳狌狊犻狅狀狆狉狅狋犲犻狀犲狓狆狉犲狊狊犻狅狀犻狀犈.犮狅犾犻
图7 植物表达载体犘犆犚和酶切验证
犉犻犵.7 犐犱犲狀狋犻犳犻犮犪狋犻狅狀狅犳犲狓狆狉犲狊狊犻狅狀狏犲犮狋狅狉犫狔
犲狀狕狔犿犲犱犻犵犲狊狋犻狅狀
1~5:0,0.1,0.2,0.5和1.0mmol/LIPTG诱导的菌体蛋白。1-5
indicate0,0.1,0.2,0.5and1.0mmol/LIPTGinductionbacterialpro
tein;M:蛋白标记Proteinmarker.
1~2:表达载体pBI121质粒提取结果。1-2:Resultsofvector
pBI121plasmidextraction;3~4:质粒单酶切后结果。3-4:Resultsof
singleenzymedigestion;M:DL5000DNAmarker.
3 讨论
UboxE3泛素连接酶基因在植物生长发育和抗逆过程中起着重要作用。目前E3泛素连接酶 Ubox的研
究主要集中在拟南芥、水稻、烟草等模式植物中。本研究得到的蒺藜苜蓿犕狋犘犝犅4基因的氨基酸序列中(图3),
在C端存在RingsuperfamilyUbox结构域,有Zn指结构40个残基结合2个Zn原子,由半胱氨酸和组氨酸组
成,可能参与蛋白质与蛋白质之间的相互反应,Hatakeyama等[8]认为这类蛋白与序列复制、信号传导和发育有
关;在N端有连续5个ARM重复结构,末端是谷氨酰胺,推测参与E3泛素化。有学者认为ARM结构域蛋白质
在植物生长发育和激素应答等方面起重要作用[9,18]。在某些植物 Ubox蛋白中,如拟南芥中 ARC1(ArmRe
peatContaining1),其C端含有一个6~7个ARM重复结构功能域,中间含有一个Ubox功能域,是SRK激酶
96第25卷第7期 草业学报2016年
下游信号的传递因子,能在柱头乳突细胞中特异性表达,能促进花粉水合、萌发和花粉管生长的雌性亲和因
子[19]。在水稻中发现的SPL11[2022]、烟草中的ACER276[23]、拟南芥中的犃狋犘犝犅17等Ubox基因都与植物抗病
性有关[24];马铃薯(犛狅犾犪狀狌犿狋狌犫犲狉狅狊狌犿)中发现的Ubox基因PHOR1(photoperiodresponsive1)参与GA信号
转导,是GA信号转导途径中的正调控因子[25];烟草中的犖狋犘犝犅4参与了植物发育和细胞分裂素信号转导[26];
拟南芥犃狋犘犝犅4的Ubox/ARM功能域缺失能使绒毡层结构肥大最终导致植物雄性不育[3];蒺藜苜蓿中未见报
道。通过构建系统进化树结果表明,它们与同科属植物同源性很高,和其他科属的植物同源性较低,这与其他学
者在其他物种间同源性分析结论基本一致[16,27],说明同源关系较近的植物中基因保守性更强。依据属内同源性
较高的理论,说明Ubox/ARM蛋白家族基因进化上也比较保守,其氨基酸序列相似度可在一定程度上说明了
不同物种亲缘关系远近,本研究中的蒺藜苜蓿犕狋犘犝犅4基因与拟南芥犃狋犘犝犅4基因、烟草犖狋犘犝犅4的同源性较
低,但是在同一类型进化枝上,这可能与拟南芥与烟草基因组较小有关系。
前人研究表明UboxE3连接酶可调控植物多个生理代谢途径,Samuel等[28]研究发现,拟南芥中的Ubox/
ARM蛋白家族与拟南芥SD1受体蛋白激酶亚家族相互结合,通过酵母双杂交实验表明,两个受体结合可使 U
box/ARM蛋白的ARM功能域磷酸化,从而参与调控植物生理过程。Kim等[26]研究认为,烟草的NtPUB4参
与CHRK1介导的植物发育及细胞分裂素信号转导过程。据报道,CHRK1是烟草内的一种新型类受体激酶,参
与调控发育信号转导及内源细胞分裂素平衡,且 NtPUB4在烟草的花器官大量表达,在苗、根、茎、叶中少量表
达。本研究中,蒺藜苜蓿犕狋狆狌犫4基因也在花中大量表达,与NtPUB4、ARC1有相似的结构域,因此推测它们具
有相似的功能。而CHRK1与SRK类受体激酶聚类在一起,推测NtPUB4与ARC1功能相似[26]。Samuel等[28]
在拟南芥中研究发现,一些Ubox/ARM基因受到NaCl胁迫诱导表达,基因表达量会上调。以上结果表明 U
box基因在抗性方面也可能发挥作用。本实验增加了干旱、低温和ABA诱导方面的研究,通过模拟各种胁迫条
件,犕狋犘犝犅4基因在受到NaCl、PEG和ABA胁迫诱导后,基因表达量都数倍提高,此基因在NaCl、PEG和ABA
胁迫反应中也可能参与调控反应,但在低温胁迫中,表达量稍微下降,变化不明显。
雄性不育与一些基因突变有关,产生这些基因突变的主要原因包括光周期、光强度、湿度和温度等环境因素
的改变。目前,利用这种现象人工筛选突变体,通过两系配套法培育不育系已在杂交作物的生产上成功应用[29]。
在拟南芥中,突变体犃狋狆狌犫4在16℃中可恢复部分育性,主要是花粉囊中的花粉粒可成功授粉。目前尚无蒺藜
苜蓿UboxE3泛素连接酶蛋白的相关研究[30],我们通过全基因组Ubox结构域分析得出,蒺藜苜蓿犕狋犘犝犅32
可能与ARK2共同调控植株侧根发育,犕狋犘犝犅26可能与干旱胁迫相关[12]。通过对克隆蒺藜苜蓿犕狋犘犝犅4序列
分析,得出它与拟南芥AtPUB4蛋白间有共同保守域结构,利用生物信息学相关软件分析基因序列特征、功能蛋
白结构、基因进化关系,发现克隆基因属于植物 Ubox家族成员,具备1个 Ubox结构域和5个 ARM 重复结
构。本研究为进一步了解Ubox基因如何调控蒺藜苜蓿的生长发育,以及如何参与逆境胁迫信号转导,揭示植
物生长发育过程中的一些机制提供理论基础。
4 结论
本实验通过RT-PCR技术,克隆了蒺藜苜蓿 UboxE3泛素连接酶基因,对其核苷酸、氨基酸序列对比分
析,检测相对表达量变化规律,进行原核表达并提取了 MtPUB4蛋白,同时成功构建植物表达载体。为后期筛选
蒺藜苜蓿雄性不育基因、将其转化至拟南芥犃狋狆狌犫4雄性不育突变体材料进行遗传互补提供了候选基因。
犚犲犳犲狉犲狀犮犲狊:
[1] ZengLR,ParkCH,VenuRC,犲狋犪犾.Classification,expressionpattern,andE3ligaseactivityassayofriceUboxcontai
ningproteins.MolecularPlant,2008,1(5):800815.
[2] ChenJW,ZhengLN,WangBZ,犲狋犪犾.Thenonproteolyticfunctionsmediatedbyubiquitylation.ProgressinBiochemistry
andBiophysics,2012,7:613621.
[3] WangH,LuY,JiangT,犲狋犪犾.The犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊Ubox/ARMrepeatE3ligaseAtPUB4influencesgrowthanddegenerationof
tapetalcels,anditsmutationleadstoconditionalmalesterility.ThePlantJournal:forCelandMolecularBiology,2013,
07 ACTAPRATACULTURAESINICA(2016) Vol.25,No.7
74(3):511523.
[4] GonzalezLamotheR,TsitsigiannisDI,LudwigAA,犲狋犪犾.TheUboxproteinCMPG1isrequiredforefficientactivationof
defensemechanismstriggeredbymultipleresistancegenesintobaccoandtomato.PlantCel,2006,18(4):10671083.
[5] YangJX,ZhangH,WangZL,犲狋犪犾.RecentprogressesintheregulationmechanismofE3ligasesinplantdiseaseresistance.
PlantProtection,2015,4:18,28.
[6] MudgilY,ShiuSH,StoneSL,犲狋犪犾.Alargecomplementofthepredicted犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊ARMrepeatproteinsaremembersof
theUboxE3ubiquitinligasefamily.PlantPhysiology,2004,134(1):5966.
[7] ChoSK,RyuMY,SongC,犲狋犪犾.犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊PUB22andPUB23arehomologousUBoxE3ubiquitinligasesthatplaycom
binatoryrolesinresponsetodroughtstress.PlantCel,2008,20(7):18991914.
[8] HatakeyamaS,YadaM,MatsumotoM,犲狋犪犾.Uboxproteinsasanewfamilyofubiquitinproteinligases.TheJournalofBi
ologicalChemistry,2001,276(35):3311133120.
[9] HurYJ,YiYB,LeeJH,犲狋犪犾.MolecularcloningandcharacterizationofOsUPS,aUboxcontainingE3ligasegenethat
respondtophosphatestarvationinrice(犗狉狔狕犪狊犪狋犻狏犪).MolecularBiologyReports,2012,39(5):58835888.
[10] LuYQ,GuanN,LiC.AdvanceinthestudyonUboxproteinsof犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪.MolecularPlantBreeding,2008,
6:941948.
[11] ChenH,LiLY,BaiH,犲狋犪犾.ExpressionanalysisofRiceUBoxproteinsatdifferentdevelopmentalstages.ProgressinBi
ochemistryandBiophysics,2009,36(9):12081214.
[12] ZhengXW,ShaoLH,LiC.GenomewidescreeningandcharacterizationoftheUboxgenefamilyin犕犲犱犻犮犪犵狅狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪.
ActaPrataculturaeSinica,2015,24(8):130141.
[13] BerglerJ,HothS.PlantUboxarmadilorepeatproteinsAtPUB18andAtPUB19areinvolvedinsaltinhibitionofgermina
tionin犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊.PlantBiology,2011,13(5):725730.
[14] ChoSK,ChungHS,RyuMY,犲狋犪犾.HeterologousexpressionandmolecularandcelularcharacterizationofCaPUB1enco
dingahotpepperUBoxE3ubiquitinligasehomolog.PlantPhysiology,2006,142(4):16641682.
[15] WeiZW,GaiJY.Modellegume:犕犲犱犻犮犪犵狅狋狉狌狀犮犪狋狌犾犪.ActaPrataculturaeSinica,2008,17(1):114120.
[16] ZouX,ZhangY,WuMY,犲狋犪犾.Cloningandanalysisofthecytosolicglyceraldehyde3phosphatedehydrogenase(GAPC)
genefrom犛狅犾犪狀狌犿狋狌犫犲狉狅狊狌犿and犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪.ActaPrataculturaeSinica,2014,23(1):239247.
[17] LivakKJ,SchmittgenTD.AnalysisofrelativegeneexpressiondatausingrealtimequantitativePCRandthe2(DeltaDelta
C(T))Method.Methods,2001,25(4):402408.
[18] MazzucoteliE,BeloniS,MaroneD,犲狋犪犾.TheE3ubiquitinligasegenefamilyinplants:regulationbydegradation.Current
Genomics,2006,7(8):509522.
[19] NasralahJB,NasralahME.RobustselfincompatibilityintheabsenceofafunctionalARC1genein犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪.
ThePlantCel,2014,26(10):38383841.
[20] LiuJ,ParkCH,HeF,犲狋犪犾.TheRhoGAPSPIN6associateswithSPL11andOsRac1andnegativelyregulatesprogrammed
celdeathandinnateimmunityinrice.PLoSPathogens,2015,11(2):e1004629.
[21] VegaSanchezME,ZengL,ChenS,犲狋犪犾.SPIN1,aKhomologydomainproteinnegativelyregulatedandubiquitinatedby
theE3ubiquitinligaseSPL11,isinvolvedinfloweringtimecontrolinrice.ThePlantCel,2008,20(6):14561469.
[22] LiuJ,LiW,NingY,犲狋犪犾.TheUboxE3ligaseSPL11/PUB13isaconvergencepointofdefenseandfloweringsignalingin
plants.PlantPhysiology,2012,160(1):2837.
[23] YangC W,GonzAilezLamothe,Rocio,犲狋犪犾.TheE3ubiquitinligaseactivityof犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊PLANTUBOX17andits
functionaltobaccohomologACRE276arerequiredforceldeathanddefense.ThePlantCel,2006,18(4):10841098.
[24] HeQ,McLelanH,BoevinkPC,犲狋犪犾.UboxE3ubiquitinligasePUB17actsinthenucleustopromotespecificimmune
pathwaystriggeredby犘犺狔狋狅狆犺狋犺狅狉犪犻狀犳犲狊狋犪狀狊.JournalofExperimentalBotany,2015,66(11):31893199.
[25] AmadorV,MonteE,GarciaMartinezJL,犲狋犪犾.GibberelinssignalnuclearimportofPHOR1,aphotoperiodresponsive
proteinwithhomologyto犇狉狅狊狅狆犺犻犾犪犪狉犿犪犱犻犾犾狅.Cel,2001,106(3):343354.
[26] Kim M,ChoHS,KimDM,犲狋犪犾.CHRK1,achitinaserelatedreceptorlikekinase,interactswithNtPUB4,anarmadilo
repeatprotein,intobacco.BiochimicaetBiophysicaActa,2003,1651(12):5059.
[27] NiuJP,ZhangJW,WangWT,犲狋犪犾.Cloningandsequenceanalysisofterminasegeneofglycoalkaloidbiosynthesisme
tabolismicpathwayinpotato.ActaPrataculturaeSinica,2012,21(3):106116.
[28] SamuelMA,MudgilY,SaltJN,犲狋犪犾.InteractionsbetweentheSdomainreceptorkinasesandAtPUBARME3ubiquitin
ligasessuggestaconservedsignalingpathwayin犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊.PlantPhysiology,2008,147(4):20842095.
[29] ZhouH,LiuQ,LiJ,犲狋犪犾.Photoperiodandthermosensitivegenicmalesterilityinricearecausedbyapointmutationina
novelnoncodingRNAthatproducesasmalRNA.CelResearch,2012,22(4):649660.
17第25卷第7期 草业学报2016年
[30] WiborgJ,O’SheaC,SkriverK.Biochemicalfunctionoftypicalandvariant犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪UboxE3ubiquitinprotein
ligases.BiochemistryJournal,2008,413(3):447457.
参考文献:
[2] 陈季武,郑丽娜,王帮正,等.泛素化介导的非蛋白质降解功能.生物化学与生物物理进展,2012,(7):613621.
[5] 杨玖霞,张浩,王志龙,等.E3泛素连接酶调控植物抗病分子机理研究进展.植物保护,2015,4:18,28.
[10] 鲁玉清,关宁,李聪.拟南芥Ubox蛋白的研究进展.分子植物育种,2008,6:941948.
[12] 郑兴伟,邵麟惠,李聪.蒺藜苜蓿全基因组中Ubox基因家族的筛选与特征分析.草业学报,2015,24(8):130141.
[15] 魏臻武,盖钧镒.豆科模式植物-蒺藜苜蓿.草业学报,2008,17(1):114120.
[16] 邹雪,张烨,吴明阳,等.马铃薯和拟南芥GAPC酶基因的克隆及分析.草业学报,2014,23(1):239247.
[27] 牛继平,张金文,王旺田,等.马铃薯SGAs合成代谢途径末端SGT酶基因克隆及序列分析.草业学报,2012,21(3):106
116.
27 ACTAPRATACULTURAESINICA(2016) Vol.25,No.7