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Genetic diversity analysis and germplasm resource distribution of white
maize landraces in Southwestern China

西南地区白玉米地方种质资源分布及遗传多样性



全 文 :书西南地区白玉米地方种质资源分布及遗传多样性
吴元奇,郑灵,荣廷昭
(四川农业大学玉米研究所 作物基因资源与遗传改良重点实验室,四川 成都611130)
摘要:通过表型性状结合的主成分分析,SSR标记分析和群体结构分析,对50个西南地区白玉米地方品种的种质
资源分布及遗传多样性进行了研究。结果表明,白玉米地方品种农艺性状表现出很大差异,主成分聚类将其分为7
个类群,大部分品种聚在一个群内,但也有少数品种单独成类;利用筛选出来的51对扩增条带清晰,具有明显多态
性的SSR引物,共检测到515个多态性位点,SSR位点的平均多态性位点数为10.1个,每个位点的等位基因数为
5~19个,平均为12个,多态信息量(PIC)分布范围为0.764~0.958,平均为0.885,遗传相似系数变幅在0.574~
0.840,平均为0.684,标记索引指数(MI)分布范围为3.820~18.208,平均值为9.775。SSR分析将所选品种分为
8类,且84%的组合集中在前三大类。从地方品种来源地分析来看,地理位置相似或接近的地方品种大多两两成
类,遗传相似系数很高,而群体结构分析显示,白玉米地方品种的群体结构受其地理环境气候的影响。少数地方品
种较独立,可以进一步从种质资源方面研究利用。
关键词:白玉米;地方种质;SSR;遗传多样性;种质资源分布
中图分类号:S816;S513.02  文献标识码:A  文章编号:10045759(2013)04016010
犇犗犐:10.11686/cyxb20130420  
  玉米(犣犲犪犿犪狔狊)是重要的饲料、工业加工原料和粮食作物,其产量和品质对保障粮食安全和人民生活具有
举足轻重的战略作用。青贮玉米是指将果穗和茎叶都用于家禽、家畜作青贮饲料的玉米,因其产量高、营养丰富,
是世界上用于生产奶、肉等畜产品最重要的饲料来源。我国的天然草原近年由于严重过牧造成草原“三化”严重,
饲草资源远远不能满足畜牧业发展的需求[1]。为此,青贮玉米育种日益受到广泛重视。
种质遗传基础狭窄是玉米(包括青贮玉米)育种取得突破性进展的“瓶颈”,种质的扩增、改良与创新是解决种
质基础狭窄问题的根本途径[25]。中国玉米地方品种具有独特的环境适应性和丰富的遗传基础,其中蕴藏着诸如
持绿性[6]、抗病、耐旱和优质等众多可被利用的性状[7],是不可或缺的种质资源。开发利用丰富的玉米地方品种
资源已成为玉米育种的发展方向之一。目前,我国已收集整理玉米品种资源1.5万余份,地方品种大约占
90%[8]。然而,玉米育种工作者所利用的玉米地方种质资源不足3%,玉米地方种质资源的研究和利用有待加
强[9]。
群体的遗传多样性信息对玉米地方种质的改良和育种研究有重要价值。现代生物技术的发展,分子标记技
术也逐渐被用于植物的遗传多样性分析[10]。限制性片段长度多态性(restrictionfragmentlengthpolymor
phism,RFLP)、随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)、简单重复序列(simplese
quencerepeat,SSR)等分子标记技术先后用于玉米自交系和群体遗传变异研究[11,12]。SSR分子标记因其技术稳
定性好、多态性丰富、操作简便而广泛用于玉米的遗传多样性分析[1315]。
白玉米因其独特的色泽和优良的适应性及较长的持绿性,长期以来作为西南山区畜牧业重要饲料资源而被
农民自行留种,形成了丰富的地方品种资源。根据中国作物种质资源信息网(http://icgr.caas.net.cn/)有关白
玉米地方品种种质资源的地理分布图和密度分布图,西南山区白玉米地方品种资源极其丰富,约占全国白玉米地
方品种资源的1/2到3/4,是白玉米品种选育的重要物质基础。本试验通过对搜集的西南地区的50个白玉米地
160-169
2013年8月
   草 业 学 报   
   ACTAPRATACULTURAESINICA   
第22卷 第4期
Vol.22,No.4
收稿日期:20121231;改回日期:20130220
基金项目:四川省教育厅重点项目(12ZB097)资助。
作者简介:吴元奇(1968),男,重庆酉阳人,副教授,博士。Email:wuyuanqi@hotmail.com
通讯作者。Email:rongtz@sicau.edu.cn
方品种进行种质资源分布及遗传多样性研究,以期为青贮玉米选育中地方种质资源的利用提供理论参考。
1 材料与方法
1.1 供试材料
根据玉米地方品种的地理分布,分别从我国西南地区选取具有典型地方特色的白玉米地方品种群体各50个
作为试验材料,玉米地方品种编号、产地来源及种质特征见表1。所有材料于2009年春季在四川农业大学玉米
研究所贏江试验基地内种植,随机区组设计,2次重复,3行区,行长3.5m,每行7穴,行距0.80m,穴距0.50m,
每穴2株。其他管理措施同一般大田生产。
1.2 表型数据测定
于玉米成熟期对每个材料抽取中间行的中间10株,进行表型农艺经济性状调查,收获后进行室内考种。按
照《农作物品种试验技术规程-玉米》(NY/T12092006)中的记载项目和标准主要调查如下性状:株高、穗位高、
穗长、秃尖、穗粗、轴粗、穗行数、行粒数、穗粒重、百粒重。
1.3 DNA提取
玉米生长进入3~4叶期,进行植株取样以提取DNA。应用DNA混合取样和单株取样方法[1618],对所有50
个地方品种,每个品种取20个单株叶片等量混合,用于DNA 混合样的提取。实验使用改良2×CTAB(十六烷
基三甲基溴化铵)法提取基因组DNA,用核酸蛋白仪测定样品的 OD260、OD260/280(1.80<OD260/280<2.0)和浓
度,估算样品的纯度和浓度。将DNA样本置于-20℃冰箱保存。
1.4 引物筛选与PCR扩增
挑取玉米SSR随机引物200对,从中筛选出扩增产物分离效果和重复性良好的51对引物用作PCR扩增。
PCR扩增采用15μLPCR体系。反应程序为95℃预变性5min,1个循环;95℃预变性40s,65℃退火30s,72℃
延伸1min,共11个循环;95℃预变性40s,57℃退火40s,72℃延伸1min,共31循环;72℃再延伸10min;4℃
保存5min。PCR扩增在PTC100扩增仪上进行。
1.5 数据分析
根据材料来源地的地理信息,用GoogleEarth对其地理位置定位,用AutoCAD软件作图;对田间调查及室
内考种性状作方差分析,检验地方品种各农艺、经济性状的差异显著性,结合变异系数分析其表型差异;使用
SAS8分析软件进行主成分分析,并按类平均法(averagelinker)进行聚类分析;用Structure2.2软件[19]对所有
地方品种进行群体结构分析。
SSR分析中,据扩增产物电泳结果建立0~1数据库,在相同迁移位置有带记为“1”,无带记为“0”,缺失数据
记为“9”[20]。按Nei和Li[21]公式计算玉米地方品种间的遗传相似系数(GS):犌犛 =2犖犻犼/(犖犻+犖犼),式中,犖犻犼为
地方品种犻和犼共有的条带数,犖犻和犖犼分别是地方品种犻和犼的总条带数;利用UPGMA法对SSR数据进行聚
类分析,构建UPGMA树状图;按Smith等[14]提供的公式计算多态信息量(PIC):犘犐犆=1-∑狇犻2,式中,狇犻为第犻
位点的基因频率,标记索引系数(markerindex,MI)按 Wang等[22]提供的公式 犕犐=犃犾犾犲犾犲×犘犐犆计算,犃犾犾犲犾犲为
该引物的等位基因数。所有数据处理由NTSYSpc2.10软件完成。
2 结果与分析
2.1 基于表型数据的主成分分析
2.1.1 白玉米地方品种的地理信息及其相关分析 白玉米地方品种的地理来源如图1,基本覆盖西南各省市
区,能反映西南地方品种的多样性信息。西南地区地形复杂,一般来说,地理位置接近的区域,其生态环境也相
似,对于作物的生长影响偏差也小,其多样性丰富程度便低;相反,地理位置相差远的品种,其多样性丰富程度便
高。
2.1.2 玉米地方品种群体性状的差异分析 分别对50个西南地方白玉米品种的10个性状进行方差分析,从方
差分析结果(表2)可以看出,玉米地方品种群体各性状的犉值均达极显著或显著水平,说明50个地方品种在各
性状上存在极显著差异;从各性状的变异系数看,秃尖长的变异系数最大(76.91%),其次是穗粒重(33.92%),说
明不同地方品种间这2个性状的遗传差异较大。
161第22卷第4期 草业学报2013年
表1 玉米地方品种编号、产地来源及主要种质特征
犜犪犫犾犲1 犜犺犲狀狌犿犫犲狉,狅狉犻犵犻狀犪狀犱犵犲狉犿狆犾犪狊犿犮犺犪狉犪犮狋犲狉犻狊狋犻犮狊狅犳犿犪犻狕犲犾犪狀犱狉犪犮犲狊
地方品种
Landrace
产地来源
Origin
经度
Longitude
(E,!)
纬度
Latitude
(N,!)
海拔
Altitude
(m)
种质特征
Germplasm
characteristics
DP1 广西南宁Nanning,Guangxi 107.88 22.84 126 植株中等,生育期偏长 Mediumheight,longergrowthperiod
DP2 云南澄江Dengjiang,Yunnan 102.91 24.68 1820 植株偏高,生育期长 Higherplant,longergrowthperiod
DP3 四川内江Neijiang,Sichuan 105.04 29.59 375 植株中等,生育期中偏短 Mediumheight,shortertomediumgrowthperiod
DP4 云南澄江Dengjiang,Yunnan 102.52 24.50 1789 植株中等,生育期偏短 Mediumheight,shortergrowthperiod
DP5 云南江川Jiangchuan,Yunnan 102.73 24.27 1732 植株中等,生育期偏短 Mediumheight,shortergrowthperiod
DP6 云南江川Jiangchuan,Yunnan 102.69 24.13 1735 植株中等,生育期适中 Mediumheight,mediumgrowthperiod
DP7 云南玉溪Yuxi,Yunnan 101.66 23.64 2010 植株中等,生育期适中 Mediumheight,mediumgrowthperiod
DP8 贵州仁怀Renhuai,Guizhou 106.41 27.81 875 植株偏高,生育期偏短 Higherplant,shortergrowthperiod
DP9 贵州毕节Bijie,Guizhou 105.29 27.32 1134 植株中等,生育期中偏短 Mediumheight,shortertomediumgrowthperiod
DP10 重庆奉节Fengjie,Chongqing 109.52 31.06 573 植株中等,生育期中偏短 Mediumheight,shortertomediumgrowthperiod
DP11 云南江川Jiangchuan,Yunnan 102.30 24.17 1821 植株中等,生育期适中 Mediumheight,mediumgrowthperiod
DP12 云南玉溪Yuxi,Yunnan 101.16 24.23 1923 植株中等,生育期适中 Mediumheight,mediumgrowthperiod
DP13 贵州盘县Panxian,Guizhou 104.64 25.81 1470 植株矮小,生育期适中 Mediumheight,mediumgrowthperiod
DP14 四川小金Xiaojin,Sichuan 102.34 30.97 2513 植株矮小,生育期适中 Mediumheight,mediumgrowthperiod
DP15 四川汉源 Hanyuan,Sichuan 102.66 29.40 720 植株矮小,生育期适中 Mediumheight,mediumgrowthperiod
DP16 贵州望漠 Wangmo,Guizhou 106.05 25.10 291 植株矮小,生育期适中 Mediumheight,mediumgrowthperiod
DP17 四川汶川 Wenchuan,Sichuan 103.61 31.46 3300 植株矮小,生育期适中 Mediumheight,mediumgrowthperiod
DP18 广西平南Pingnan,Guangxi 110.40 23.55 75 植株矮小,生育期适中 Mediumheight,mediumgrowthperiod
DP19 广西大新Daxin,Guangxi 107.21 22.85 1040 植株偏高,生育期偏短 Higherplant,shortergrowthperiod
DP20 云南武定 Wuding,Yunnan 102.36 25.55 1124 植株高大,生育期偏短 Higherplant,shortergrowthperiod
DP21 云南江川Jiangchuan,Yunnan 102.70 24.24 1647 植株高大,生育期短 Higherplant,shortergrowthperiod
DP22 四川西昌Xichang,Sichuan 102.29 27.92 1580 植株高大,生育期偏短 Higherplant,shortergrowthperiod
DP23 四川西昌Xichang,Sichuan 102.34 27.65 1600 植株高大,生育期偏短 Higherplant,shortergrowthperiod
DP24 四川南江Nanjiang,Sichuan 106.83 32.36 630 植株高大,生育期中偏短 Higherplant,shortertomediumgrowthperiod
DP25 四川南江Nanjiang,Sichuan 106.82 32.14 750 植株高大,生育期中偏短 Higherplant,shortertomediumgrowthperiod
DP26 四川南江Nanjiang,Sichuan 106.79 32.41 710 植株高大,生育期中偏短 Higherplant,shortertomediumgrowthperiod
DP27 四川雅安Ya’an,Sichuan 103.04 30.07 600 植株高大,生育期中偏短 Higherplant,shortertomediumgrowthperiod
DP28 四川仪陇Yilong,Sichuan 106.38 31.52 410 植株高大,生育期偏短 Higherplant,shortergrowthperiod
DP29 重庆万州 Wanzhou,Chongqing108.22 30.48 1480 植株高大,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP30 重庆石柱Shizhu,Chongqing 108.13 29.98 398 植株中等,生育期偏短 Mediumheight,shortergrowthperiod
DP31 重庆丰都Fengdu,Chongqing 107.70 29.89 401 植株高大,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP32 四川自贡Zigong,Sichuan 104.45 29.23 290 植株偏高,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP33 四川泸州Luzhou,Sichuan 105.39 28.91 280 植株高大,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP34 四川泸州Luzhou,Sichuan 105.38 28.89 300 植株偏高,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP35 四川自贡Zigong,Sichuan 104.43 29.26 290 植株高大,生育期中偏短 Higherplant,shortertomediumgrowthperiod
DP36 重庆万州 Wanzhou,Chongqing108.20 30.45 1000 植株高大,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP37 重庆石柱Shizhu,Chongqing 108.16 29.98 400 植株偏高,生育期中偏短 Higherplant,shortertomediumgrowthperiod
DP38 重庆石柱Shizhu,Chongqing 108.09 29.92 410 植株矮小,生育期短 Mediumheight,shortergrowthperiod
DP39 重庆秀山Xiushan,Chongqing 108.97 28.47 670 植株偏高,生育期中偏短 Higherplant,shortertomediumgrowthperiod
261 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.4
 续表1 Continued
地方品种
Landrace
产地来源
Origin
经度
Longitude
(E,!)
纬度
Latitude
(N,!)
海拔
Altitude
(m)
种质特征
Germplasm
characteristics
DP40 四川汉源 Hanyuan,Sichuan 102.63 28.98 750 植株高大,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP41 四川汉源 Hanyuan,Sichuan 102.65 29.39 680 植株高大,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP42 四川南充Nanchong,Sichuan 106.18 30.64 480 植株偏高,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP43 四川仪陇Yilong,Sichuan 106.29 31.47 430 植株偏高,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP44 四川雅安Ya’an,Sichuan 102.97 29.97 620 植株偏高,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP45 四川宝兴Baoxing,Sichuan 102.84 30.36 680 植株偏高,生育期适中 Higherplant,mediumgrowthperiod
DP46 贵州紫云Ziyun,Guizhou 106.06 25.75 810 植株高大,生育期长 Higherplant,longergrowthperiod
DP47 四川宝兴Baoxing,Sichuan 102.81 30.31 700 植株偏高,生育期偏长 Higherplant,longergrowthperiod
DP48 四川宝兴Baoxing,Sichuan 102.83 30.38 675 植株偏高,生育期偏长 Higherplant,longergrowthperiod
DP49 四川雅安Ya’an,Sichuan 103.11 30.12 625 植株偏高,生育期偏长 Higherplant,longergrowthperiod
DP50 四川彭州Pengzhou,Sichuan 103.94 30.99 1200 植株高大,生育期长 Higherplant,longergrowthperiod
图1 50个地方品种的地理位置信息
犉犻犵.1 犜犺犲犵犲狅犵狉犪狆犺犻犮犻狀犳狅狉犿犪狋犻狅狀狅犳50犿犪犻狕犲犾犪狀犱狉犪犮犲狊
 
2.1.3 基于表型性状的主成分分析 结合表型数据与地理信息,对所选白玉米地方品种进行主成分分析,其结
果 (表3)表明,前6个主成分所产生的累计表型变异占总变异的95.29%,基本反映了全部变异,其中前4个主
成分解释了总变异的81.33%。第一主成分(39.13%)主要代表了穗粒重、穗粗、轴粗、行粒数、行粒数和穗长等
性状;第二主成分(20.16%)主要代表了穗位高、株高和海拔3个性状。
361第22卷第4期 草业学报2013年
利用这50份白玉米地方品种的前6个主成分进行聚类分析,使用类平均法(averagelinker)进行聚类,绘制
树状图(图2)。当平均距离等于0.9时,50份品种可划分为7个类群,大部分品种主要在第2类群和第3类群
中,分别包括17和23个白玉米地方品种,占80%;另外10个品种分为了5个类群,分别包括了2,2,1,4,1个品
种,占20%。聚类结果表明,大部分四川省地方品种的亲缘关系较近,划分在2个大的类群中。但是,来自云南
江川的3个白色硬粒品种DP5、DP6、DP11和来自云南澄江的白色马齿地方品种DP4聚为一类,剩下的少部分
地方品种单独成类(如DP10、DP12)或两两成类(DP1和DP16,DP7和DP15)。
表2 地方品种各性状方差分析
犜犪犫犾犲2 犞犪狉犻犪狀犮犲犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳50犾犪狀犱狉犪犮犲狊犳狅狉狋狉犪犻狋狊
性状 Traits 平均数 Mean 极差 Range 变异系数Coefficientofvariation(CV,%)均方 Meansquares(MS) 犉值Value
株高Plantheight(cm) 243.86 183.60 14.02 2439.98 17.945
穗位高Earheight(cm) 109.49 142.45 28.55 1973.18 10.282
穗长Earlength(cm) 14.05 14.40 16.89 11.43 7.643
秃尖长Sterilelength(cm) 0.89 3.50 76.91 0.87 1.963
穗粗Eardiameter(cm) 3.91 1.60 10.82 0.37 6.965
轴粗 Axisdiameter(cm) 2.52 1.32 10.50 0.18 5.286
穗行数 Rowsperear 14.12 8.00 12.93 5.47 3.978
行粒数 Kernelsperrow 26.01 25.00 21.07 67.47 3.060
穗粒重Kernelyieldperear(g) 89.97 119.59 33.92 1907.98 6.455
百粒重100kernelweight(g) 22.40 22.86 22.88 54.48 5.609
 注:表示在0.05水平上显著,表示在0.01水平上显著。
 Note:andstandforthesignificantlevelsat0.05and0.01,respectively.
表3 通过主成分分析法评价50个玉米地方品种的主要农艺性状
犜犪犫犾犲3 犘狉犻狀犮犻狆犪犾犮狅犿狆狅狀犲狀狋狊犪狀犪犾狔狊犻狊(犘犆犃)狅犳犿狅狉狆犺狅犾狅犵犻犮犪犾狋狉犪犻狋狊狅犳50犿犪犻狕犲犾犪狀犱狉犪犮犲狊
主成分Principalcomponent(PC) PC1 PC2 PC3 PC4 分量来源Source
特征值Eigenvalue 4.7259 2.4339 1.3856 1.2768
累计贡献率Accumulatedcontributionrate(%) 39.13 59.29 70.76 81.33
特征向量Eigenvector 0.1699 -0.3573 -0.4450 -0.1311 经度Longitude
0.1664 -0.1817 0.2199 -0.4187 纬度Latitude
-0.2231 0.3054 0.2835 0.1977 海拔Altitude
0.1827 0.4931 -0.1363 -0.3376 株高Plantheight
0.0936 0.5453 -0.1023 -0.3315 穗位高Earheight
0.3106 0.2871 0.2344 0.0576 穗长Earlength
-0.0187 0.2309 -0.0063 0.6391 秃尖长Sterilelength
0.4150 -0.1095 -0.0423 0.1685 穗粗Eardiameter
0.3860 -0.0600 -0.0947 0.0949 轴粗Axisdiameter
0.2883 -0.1085 0.3189 0.1639 穗行数Rowsperear
0.3484 -0.0083 0.3602 -0.0873 行粒数Kernelsperrow
0.4327 -0.0140 0.0474 0.1313 穗粒重Kernelyieldperear
0.2044 0.2052 -0.5872 0.2089 百粒重100kernelweight
461 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.4
图2 使用类平均法对50个地方品种的表型性状和地理信息数据聚类得到的树状图
犉犻犵.2 犇犲狀犱狉狅犵狉犪犿狅犳50犿犪犻狕犲犾犪狀犱狉犪犮犲狊犱犲狉犻狏犲犱犫狔犪狏犲狉犪犵犲犾犻狀犽犲狉犳狉狅犿狋犺犲狆犺犲狀狅狋狔狆犲犱犪狋犪犪狀犱犵犲狅犵狉犪狆犺犻犮犻狀犳狅狉犿犪狋犻狅狀
 
2.2 地方品种SSR分析
实验选用200个随机引物,从中筛选出扩增产物分离效果和重复性良好的51个引物对50份地方品种材料
进行扩增(表4),共检测到18516条带,其中多态性条带16066条,占总扩增条带数的86.76%,平均每个引物得
到363.06条带和315.02条多态性带。这说明西南地区玉米地方品种的遗传背景复杂,材料间具有较大的遗传
多样性。
从扩增结果(表4)可知,51个覆盖玉米全基因组的SSR标记在50个玉米地方品种中共检测到515个多态
性位点,SSR位点的平均多态性位点数为10.1个,每个位点的等位基因数为5~19个,平均12个。统计分析表
明,SSR多态信息量(polymorphisminformationcontent,PIC)分布范围为0.764~0.958,平均值为0.885;标记
索引指数(markerindex,MI)分布范围为3.8195~18.2077,平均值为9.7754。50个材料的遗传相似性系数变
幅为0.574~0.840,平均值为0.6842。因此,西南地区玉米地方品种有丰富的遗传变异。
基于SSR标记的 UPGMA聚类结果(图3)表明,当相似系数为0.69时,可以将这些地方品种大致划分为8
个大类。其中,来自广西的地方品种DP1和来自贵州的地方品种DP46相距最远,遗传差异最大;最大的类群由
21个来自云、贵、川、重庆的地方品种组成。这充分说明西南玉米地方品种的地理起源与其遗传关系存在内在联
系。第二类群由11个地方品种组成,分别包括来自重庆的7个地方品种和4个四川省西南地区的地方品种,第
三大类群全部由10个来自四川的地方品种构成。UPGMA 聚类结果也表明,同一产地来源的玉米地方品种大
多两两成类,遗传相似程度较高。
561第22卷第4期 草业学报2013年
表4 引物扩增位点数及多态信息量、标记索引指数
犜犪犫犾犲4 犜犺犲狀狌犿犫犲狉,狉犪狋犻狅狅犳狆狅犾狔犿狅狉狆犺犻犮犾狅犮犻犪狀犱犘犐犆,犕犐犳狅狉犲犪犮犺犛犛犚狆狉犻犿犲狉犱犲狋犲犮狋犲犱犻狀50犿犪犻狕犲犾犪狀犱狉犪犮犲狊
引物
Primer
扩增位点数
Numberofaleles
amplified
多态信息量
Polymorphisminformation
content(PIC)
标记索引指数
Markerindex
(MI)
引物
Primer
扩增位点数
Numberofaleles
amplified
多态信息量
Polymorphisminformation
content(PIC)
标记索引指数
Markerindex
(MI)
Bnlg1265 18 0.9399 16.9182 umc1331 6 0.8533 5.1198
Bnlg1176 19 0.9583 18.2077 umc2389 5 0.7639 3.8195
Umc1088 18 0.9409 16.9362 bnlg1730 11 0.8987 9.8857
Bnlg2235 16 0.9298 14.8768 bnlg1257 12 0.9132 10.9584
Bnlg1129 13 0.9037 11.7481 bnlg236 12 0.8785 10.5420
Umc2133 10 0.8915 8.9150 umc1178 10 0.8739 8.7390
Umc1876 11 0.9070 9.9770 umc1528 8 0.8625 6.9000
Umc1968 8 0.8501 6.8008 umc1990 10 0.8859 8.8590
Bnlg594 16 0.9289 14.8624 umc2132 12 0.9020 10.8240
Umc1776 8 0.8663 6.9304 phi052 9 0.8611 7.7499
Umc1505 7 0.8486 5.9402 umc1148 10 0.8840 8.8400
Bnlg1812 16 0.9237 14.7792 phi213984 6 0.8174 4.9044
Umc2122 11 0.9045 9.9495 bnlg1496 13 0.9107 11.8391
Phi027 5 0.7679 3.8395 bnlg1429 11 0.8829 9.7119
Umc1004 13 0.9129 11.8677 umc0231 8 0.8595 6.8760
Umc1366 9 0.9403 8.4627 umc1003 7 0.8387 5.8709
Bnlg2238 19 0.9419 17.8961 bnlg1131 10 0.8877 8.8770
Umc2228 11 0.8917 9.8087 bnlg1712 11 0.8849 9.7339
Umc2170 8 0.8521 6.8168 bnlg2077 8 0.8553 6.8424
Umc1489 6 0.8318 4.9908 bnlg1160 9 0.8773 7.8957
Umc1800 10 0.8916 8.9160 umc1663 10 0.8709 8.7090
Umc2259 7 0.8284 5.7988 bnlg1663 9 0.8678 7.8102
Bnlg1306 14 0.9136 12.7904 bnlg1179 13 0.9114 11.8482
Bnlg1124 8 0.8525 6.8200 umc2371 13 0.9129 11.8677
Umc1805 15 0.9216 13.8240 bnlg2199 14 0.9224 12.9136
Bnlg1779 13 0.9181 11.9353
2.3 白玉米地方品种的群体结构分析
应用Structure2.2软件估测所选白玉米地方品种的群体结构,对品种群体进行基于数学模型的类群(K)划
分。将 MCMC(MarkovChainMonteCarlo)开始时的不作数迭代(lengthofburninperiod)设为100000次,再
将不作数迭代后的 MCMC设为100000次,然后依据似然值最大原则选取合适的K值。分析结果将这50个地
方品种分为了6类(图4左),从结果(图4右)中可以看出,分类的群体主要是以生育期的长短,植株的高度,以及
地理位置为标准,这也充分的说明地方品种在独特的地理气候环境下,形成了独特的种质特征,多样性较丰富。
3 讨论
我国西南地区地形地貌复杂,生态条件多种多样,种植玉米历史悠久,蕴藏着复杂多样的遗传基因,是我国玉
米地方品种资源最丰富的地区。本研究分别从4个方面对搜集到的西南白玉米地方品种进行了遗传多样性和种
质资源分布的探讨。从地理位置和气候条件来看,西南地区地形复杂,以盆地、丘陵为主,北有黄土高原,南有云
贵高原,西有青藏高原,东有巫山、大巴山,四周均是高山峻岭,又处于中国气候南北分界线附近,致使这一地区长
661 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.4
图3 根据犛犛犚遗传相似系数做出的玉米地方品种聚类图
犉犻犵.3 犇犲狀犱狉狅犵狉犪犿狅犳犮犾狌狊狋犲狉犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳51犿犪犻狕犲犾犪狀犱狉犪犮犲狊犫犪狊犲犱狅狀犛犛犚犱犪狋犪
 
图4 50个白玉米地方品种的群体结构
犉犻犵.4 犌犲狀犲狋犻犮犱犻狏犲狉狊犻狋狔狊狋狉狌犮狋狌狉犲犳狅狉犿犪犻狕犲犾犪狀犱狉犪犮犲狊狌狊犻狀犵狋犺犲狆狉狅犵狉犪犿犛狋狉狌犮狋狌狉犲
 左图表示群体类群(K)下相应的最大似然值LnP(D);右图表示K=6时,50个白玉米地方品种的分布情况,A代表植株偏高,生育期偏长的品种;
B代表来自云南,植株中等的品种;C代表来自四川,植株高大,生育期适中的品种;D代表植株高大,生育期偏短的品种;E代表的是重庆或地理位置
邻近重庆的少数四川品种;F代表的是植株矮小,生育期适中的品种。Leftfigure:theloglikelihoodvalue[LnP(D)]accordingtothenumberof
clusters(K);Rightfigure:thedistributionofalthe50landraces.A:accessionswithtalplantheightandlonggrowthperiod;B:accessionswith
moderateplantheightfromYunnan;C:accessionswithtalplantheightandmoderategrowthperiodfromSichuan;D:accessionswithtalplant
heightandshortgrowthperiod;E:accessionsfromChongqingorgeographicsettingadjacentChongqing;F:accessionswithshortplantheightand
moderategrowthperiod. 
761第22卷第4期 草业学报2013年
期处于冷空气与暖湿气流交汇地带,夏季闷热潮湿,冬季阴冷多雨,春秋季多云多雾,是中国日照时间最短、光照
强度最差的地区。具体来说,西南区域变化幅度较大,地方品种的表现除了和其地理环境相关,和其本身的品种
也有关系。从表型性状统计分析看出,西南玉米地方品种间存在着较高的遗传多样性。例如株高(135.75~
319.35cm)、穗位高(42.13~184.58cm)、百粒重(10.48~33.34g)等性状在品种间表现出很大差异,主成分分
析结果也证实了这些变异来源于几乎所有的重要的农艺性状。从表型和SSR分子标记分析的综合结果来看,西
南地方玉米种质的遗传基础相对狭窄,主要集中在同一个大的类群中,具有一定的同源性,但2种聚类方法都有
个别地方品种单独成类,其遗传关系同其他品种相距很远。从群体结构来看,西南地区的白玉米地方品种群体结
构较为丰富,这些丰富度主要受地理环境气候的影响,独特的生存环境使得这些品种在长期的选择进化中形成了
独具一格的种质特征,增大了地方品种的遗传多样性,是青贮玉米的重要种质资源。
在本研究中,主成分分析和SSR分析的结果相对一致。2种方法皆把来自重庆奉节的地方品种DP10单独
分为一类,还同时把地方品种DP4,DP5,DP6,DP11共同聚为一类,但仍出现了一定偏差。在主成分分析中,有
46%的玉米地方种质聚在第一大类,而在SSR分析中第一大类主要是由42%的地方品种组成。主成分分析将所
有地方种质主要分为2大类,而SSR分析则把地方种质主要分成了3大类。分析方法的不同和方法自身的局限
性导致了结果的偏差。影响主成分分析结果的原因主要受环境和调查的精细程度,抽样误差等等的影响;SSR
分子标记分析不能准确的检测到由某些位点(特别是功能基因内位点)碱基的缺失、插入或替换(SNP)等导致的
差异,这些等位基因的差异只在1~2个碱基之间,而这种差异却能直接导致表型变异。当然,基于地理信息基础
上的主成分分析和SSR分析的综合结果将会对揭示玉米种质资源的遗传多样性提供有力的证据。西南地区地
方种质资源蕴藏着较大的遗传育种潜力,但研究尚不深入,利用较为狭窄,改良刚刚起步,许多有育种价值的特异
基因如抗旱耐瘠、抗寒耐阴湿、抗病、大粒、高蛋白、高油等急待开发利用,地方种质改良及选系方法也有待进一步
完善和提高[23,24]。本试验通过对西南地区白玉米地方种质资源多样性的研究,可以针对不同的类群和育种目标
对玉米地方品种进行有目的的改良和利用,从而扩大玉米遗传基础,为玉米育种积累材料,并提供理论依据。
4 结论
本研究通过基于地理信息和表型数据结合的主成分分析,DNA分子标记分析以及群体结构分析3种方法,
对西南地区部分白玉米地方品种的遗传多样性进行了分析探讨,结果表明,1)西南地区白玉米地方品种种类较
多,来源较为丰富,遗传多样性较好;2)来源相同或地理位置接近的品种大多两两成类,遗传相似性很高;3)存在
一部分独立成群的品种,这些品种较其他品种表现出较大的利用潜力,可进行针对性的保存利用。
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犌犲狀犲狋犻犮犱犻狏犲狉狊犻狋狔犪狀犪犾狔狊犻狊犪狀犱犵犲狉犿狆犾犪狊犿狉犲狊狅狌狉犮犲犱犻狊狋狉犻犫狌狋犻狅狀狅犳狑犺犻狋犲
犿犪犻狕犲犾犪狀犱狉犪犮犲狊犻狀犛狅狌狋犺狑犲狊狋犲狉狀犆犺犻狀犪
WUYuanqi,ZHENGLing,RONGTingzhao
(MaizeResearchInstitute,SichuanAgriculturalUniversity,KeyLaboratoryofCrop
GeneticResourceandImprovement,Chengdu611130,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:Characterizationofgeneticdiversityofmaize(犣犲犪犿犪狔狊)germplasmisofgreatimportanceinmaize
breeding.Theobjectivesofthisstudyweretoinvestigategeneticdiversityandgermplasmresourcedistribution
ofwhitemaizelandracesinSouthwestChinawithphenotype,SSRdataandpopulationstructure.Thesemaize
germplasmsvariedsignificantlyinalofthemeasuredmorphologicaltraits.Principalcomponentsclusteranaly
sisshowedthe50accessionsweredividedinto7groups,andmostofthelandraceswereclusteredintoone
group.However,afewvarietiescouldbeclusteredintoanothersinglegroup.Geneticdiversityof50white
maizelandraceswastestedusingbulkDNAsamplesand51microsatelite(SSR)locidistributedon10chromo
somesofmaize.Atotalof515alelesweredetectedamongthelandraces.Ateachlocus,thenumberofaleles
variedfrom5to19,withanaverageof12.Geneticsimilaritycoefficientsrangedfrom0.574to0.840,withan
averageof0.684.Onthebasisofthegeneticsimilaritycoefficients,clusteringanalysisseparatedthelandraces
into8groups.Thelandracescolectedfromthesameregionweremostlygroupedtogetherbasedtheoriginda
ta.Thepopulationstructureindicatedthatthegermplasmresourcedistributionwasrelatedtothegeographic
informationandclimaticcondition.Theresultsalsoshowedthatthegeneticresourceofthoselandracesisnar
rowandsingle,thegeneticdiversityislow,andonlyafewlandracesweredividedintosinglegroups.Soitwas
importanttoexpandthemaizegermplasmandtheimprovementandconservationofmaizelandraceshouldbe
made.
犓犲狔狑狅狉犱狊:whitemaize(犣犲犪犿犪狔狊);landrace;SSR;geneticdiversity;germplasmresourcedistribution
961第22卷第4期 草业学报2013年