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Genetic Variation and Conservation Units Analysis in Pinus yunnanensis Natural Populations

云南松主分布区天然群体的遗传多样性及保护单元的构建



全 文 :林业科学研究 2015,28(6):883 891
ForestResearch
  文章编号:10011498(2015)06088309
云南松主分布区天然群体的遗传多样性及
保护单元的构建
许玉兰1,2,3,蔡年辉3,徐 杨1,何承忠1,2,3,王大玮1,
陈 诗3,段安安1,2,3
(1.西南林业大学,云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室,云南 昆明 650224;2.西南林业大学,国家林业局西南地区生物多样
性保育重点实验室,云南 昆明 650224;3.西南林业大学,西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室,云南 昆明 650224)
收稿日期:20150612
基金项目:国家自然科学基金项目(31260191,31360189)
作者简介:许玉兰(1979—),女,贵州习水人,副教授,主要从事林木遗传改良研究。Email:xvyulan@163.com.
摘要:以20个云南松天然群体为对象,SSR分析表明云南松遗传变异主要存在于群体内,各群体间的遗传多样性水
平差异不显著。基于SSR分子标记遗传多样性分析,根据Nei’s遗传相似度,采用逐步聚类优先取样法,分别对初
始群体、遗传多样性保护单元和剩余群体进行比较、t检验,以此评价遗传多样性保护单元的代表性。结果表明,利
用该方法抽样的群体能很好地代表初始群体的遗传多样性,按30%的群体抽样,等位基因数、有效等位基因数、
Shannon’s信息指数和期望杂合度的保留率分别达到初始群体的98.03%、105.36%、103.99%和105.56%。保护
单元的遗传多样性均高于剩余群体,抽样群体组成的遗传多样性保护单元的效果较好。
关键词:云南松;天然群体;遗传多样性;种质资源;保护单元
中图分类号:S791.257 文献标识码:A
GeneticVariationandConservationUnitsAnalysisinPinusyunnanensis
NaturalPopulations
XUYulan1,2,3,CAINianhui3,XUYang1,HEChengzhong1,2,3,WANGDawei1,CHENShi3,DUANAnan1,2,3
(1.SouthwestForestryUniversity,KeyLaboratoryforForestGeneticandTreeImprovement&PropagationinUniversitiesofYunnanProvince,
Kunming 650224,Yunnan,China;2.KeyLaboratoryofBiodiversityConservationinSouthwestChina,StateForestryAdministration,
SouthwestForestryUniversity,Kunming 650204,Yunnan,China;3.KeyLaboratoryforForestResourcesConservationandUseinthe
SouthwestMountainsofChina,MinistryofEducation,SouthwestForestryUniversity,Kunming 650224,Yunnan,China)
Abstract:Theintraspecificvariationof20PinusyunnanensisFranch.naturalpopulationscolectedfromthemain
distributionareaswasanalyzed.Theresultsrevealedhighergeneticvariationwithinpopulationsthanamongpopula
tionsbasedonSSRdataandthegeneticvariationexistedmainlywithinpopulations.Therewerenotsignificantlyge
neticdiferencesamongpopulations.BasedonSSRdataandNei’sgeneticsimilarityandthelevelofgeneticdiver
sity,theconservationunitsofP.yunnanensiswereanalyzedbyusingstepwiseclusteringandpreferedsampling.
TherepresentativenessofsamplingwereevaluatedbyTtestamongprimarypopulations,conservationunitsandre
mainderpopulations.Theresultsshowedthismethodwasefectivetoestablishtheconservationunits.TheCU6
composedofsixP.yunnanensisnaturalpopulationshadthe30% germplasmsamplesofprimarypopulations.The
retentionratioofnumberofaleles,efectivenumberofaleles,Shannon’sinformationindexandexpectedheterozy
gositywere98.03%,105.36%,103.99% and105.56%,respectively.Thegeneticdiversityofconservationunits
washigherthantheremainderpopulations,whichindicatedthatthepopulationssampledfromprimarypopulations
林 业 科 学 研 究 第28卷
forconversationunitswererepresentativeandefective.
Keywords:Pinusyunnanensis;naturalpopulations;geneticdiversity;germplasmresources;conservationunit
云南松(PinusyunnanensisFranch.)是我国云贵
高原的主要乡土树种和西南地区特有的森林植被类
型,分布于96° 108°E,23° 30°N之间,其中云南
省是云南松的集中分布区[1-3],云南松林分别占云
南省林分总面积和木材蓄积量的 19.63%和 14.
28%,在区域经济发展和生态环境建设中占有重要
的地位[1,4]。但是,目前云南松林分中低矮、弯曲、
扭曲等不良个体的比例逐渐增加,优良基因资源减
少,极需对云南松种质资源开展保护工作。林木种
质资源按保存环境有原地保存(insitu)和异地保存
(exsitu)两种方式[5-6],了解天然群体的遗传多样性
及其遗传结构是制定保护策略的前提[5,7],当群体
间无明显的遗传分化,群体内的遗传多样性高时,优
先采取原地保护[7];群体间存在分化且群体内遗传
多样性低时,采用异地保存的方式效率较高[8]。对
分布范围较广的树种,开展全分布区的保护是不现
实的,在有限的条件下仅保护有价值或有代表性的
种质资源,因此需要确定保护群体的数量及范围,而
群体数量的确定受多方面的影响,如树种的分布、群
体大小、遗传多样性水平及其分布等[9]。
目前基于云南松天然群体遗传变异对其保护策
略的探讨未见研究报道,前期对云南松天然群体表
型多样性分析揭示了云南松群体的遗传变异主要存
在于群体内[10]。因此,云南松天然群体的保护应以
原地保护为主,且尽可能保护群体的完整性。鉴于
此,本研究借鉴核心种质保护的宗旨,即以最少的样
本最大限度地代表该物种的遗传多样性,依据云南
松遗传变异的分布现状,开展云南松天然群体遗传
多样性保护的分析,初步确定云南松遗传多样性保
护单元,以期为云南松遗传资源的有效保护、评价和
利用提供依据,同时也为其它林木遗传多样性保护
单元的构建提供参考。
1 材料与方法
1.1 研究对象
2011 2012年,在云南松主分布区即云南省范
围内,选择不同地理分布区域的云南松天然群体20
个,各群体的采样信息(表1)。
表1 不同地理分布区域云南松天然群体采样信息
群体 群体缩写 经度/°E 纬度/°N 海拔/m 年平均气温/℃ 极端高温/℃ 极端低温/℃ 年降水量/mm
新平白鹤 BH 101.97 24.12 1834 19 28 5 1008
楚雄 CX 101.35 24.68 1997 16 25 2 1015
洱源 EY 99.98 26.06 2290 13 22 -1 1051
富宁 FN 105.33 23.42 1240 17 27 5 1362
广南 GN 104.98 24.08 1287 17 27 3 1104
贡山 GS 98.82 25.97 1689 17 25 2 1436
鹤庆 HQ 100.17 26.29 2227 14 23 0 1013
建水 JS 102.75 23.70 1609 18 27 5 1074
昆明 KM 102.60 25.07 2192 14 23 0 1031
丽江 LJ 100.23 26.89 2449 13 23 -1 972
陆良 LL 104.00 25.07 1890 15 25 1 1042
临翔 LX 100.15 23.90 1875 16 25 3 1210
弥渡 MD 100.59 25.27 2099 16 26 3 968
双江 SJ 99.72 23.40 1222 21 31 7 1360
石屏 SP 102.22 23.87 1504 18 27 5 1096
腾冲 TC 98.32 25.36 2024 14 22 0 1541
新平它拉 TL 101.97 24.02 1639 18 27 5 1062
宣威 XW 104.05 26.32 2222 12 23 -1 969
元江 YJ 101.81 23.68 1654 18 28 5 1188
永仁 YR 101.62 26.37 2132 14 25 0 1013
  注:SSR分析时群体LJ和GS采用的是2年生实生苗。
每个群体选取30株左右的样株,参考Dangasuk
和Panetsos[11]的方法,样株的年龄均在 25年生以
上。为避免样株间的亲缘关系,各样株间隔5倍树
高以上,从南向树冠中部生长健康旺盛的3 5个
488
第6期 许玉兰,等:云南松主分布区天然群体的遗传多样性及保护单元的构建
枝条上采集当年生针叶,硅胶干燥室温保存。每个
群体扩增24个DNA样品,其中BH、SJ和YR3个群
体的部分样品扩增效果不佳,分析时这些个体排除
在外,20个群体共459个个体用于 SSR分析。群体
LJ和GS在SSR分析时采用的是实生苗,该材料来
源于北京林业大学采集种子定植,种子的采集及其
制种按照Mao等[12]文献描述,获得的种子定植于西
南林业大学苗圃内(102°45′E,25°04′N,海拔1945
m),每个群体从播种的300株苗木中随机抽取 24
株苗木用于SSR分析。
1.2 云南松天然群体遗传多样性的SSR分析
1.2.1 DNA提取与 SSRPCR反应体系 DNA的
提取采用CTAB提取法[13],并增加CTAB的用量,即
4×CTAB(0.04g·mL-1)[14]。SSRPCR反应体系
(10μL):模板 DNA30.0ng,TaqDNA聚合酶1.0
U,Mg2+2.0mmol·L-1,dNTPs0.4mmol·L-1,引
物0.2μmol·L-1;扩增程序:94℃预变性 4min;
94℃变性45s,退火温度退火30s,72℃延伸30s,30
个循环;72℃延长10min,4℃保存[15]。参考其它松
树中采用 6 10对 SSR用于群体遗传变异的研
究[16],本研究选择实验前期筛选出来效果较佳的9
对用于云南松群体遗传多样性研究,包括云南松基
因组分离的 SSR位点 PyMR05、PyMR06、PyMR08[17]
以及从其它松树中筛选的引物 PtTX2123、Pt
TX2146,PtTX3118,PtTX3127,Pr001,PTest1共9对,
采用荧光测序技术的SSR扩增产物检测体系[18]。
1.2.2 云南松天然群体遗传多样性的SSR分析 利
用 GeneMarkerV1.75(Applied Biosystems),以
GS500LIZ为标准设置相应参数,人工逐一校对,Excel
表格输出基因型分子量数据,利用Convert1.3.1对数
据进行转换。采用 GenALEx6.4计算等位基因数
(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数
(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、固定指数
(F)、HardyWeinberg平衡等遗传参数,评价各群体的
遗传多样性水平。利用Arlequin3.5进行分子方差分
析(AMOVA,AnalysisofMolecularVariance)估测遗传
变异在群体间和群体内的分布。利用 Powermarker
V3.25计算Nei’s(1983)遗传距离(D),运用NTSYS
pc2.10s软件生成UPGMA聚类图。
1.3 云南松遗传多样性保护单元的构建
依据群体间的 Nei’s相似系数,采用逐步聚类
优先取样法[19],按遗传相似性从大到小,在遗传相
似性大的成对群体间,将遗传多样性低的群体剔除,
保留的群体作为遗传多样性保护单元(CU),20个
群体第一次聚类剔除1个群体后,保留19个群体,
记为CU19,当成对群体间的遗传多样性比较接近
时,兼顾考虑群体分布的生态环境及其地理区域进
行取舍,依此类群,直至 CU2(考虑到单一群体的保
护存在风险,因此本研究构建遗传多样性保护单元
时最低抽取的群体至少为2个),共形成18个遗传
多样性保护单元,相应的抽样比例为95% 10%,
与之对应剔除出来的剩余群体为1 18个,分别记
为R1 R18。对各遗传多样性保护单元与初始群
体间进行差异分析,当差异显著时为止,则上一组合
即为确定的遗传多样性保护单元[20];若未检测到差
异的显著性出现,则以50%的抽样比例作为上限,
以满足核心种质保护时以最小的样本量代表尽可能
多的遗传多样性这一特征要求[21]。
1.4 云南松遗传多样性保护单元的评价
等位基因数、有效等位基因数、Shannon’s信息
指数、期望杂合度或 Nei’s遗传多样性指数(H)是
衡量遗传多样性的重要指标[22],常用于核心种质构
建时的评价[23]。因此,采用这4个指标,对各遗传
多样性保护单元或剩余群体进行评价,分别计算遗
传多样性保护单元、剩余群体和初始群体之间遗传
多样性的变化,采用SPSS软件对它们之间各项指标
的差异进行 t检验,以评价构建的遗传多样性保护
单元对初始群体的代表性。
2 结果与分析
2.1 云南松天然群体遗传多样性分析
从表2可知,20个云南松天然群体的多态位点
百分率平均97.22%;等位基因数和有效等位基因
数分别为3 4和1.8 2.6,平均为3.7和2.0,以
YJ群体的最高;观察杂合度和期望杂合度波动于
0367 0.546和0.337 0.521,平均为0.470和
0.429,以 XW群体最低,YJ群体最高;各群体均表
现为观察杂合度稍高于期望杂合度,表明群体内的
杂合子高于达到平衡所需要的比例,即杂合子过剩;
Shannon’s信息指数变化于 0.603 0.993,平均
0787。从固定指数 F来看,除 EY、GS、TL、XW、YJ
等群体外,其余15个群体均表现为 F<0。综合来
看,遗传多样性较高的群体为 YJ和 LX,最低的是
TC和XW,其中以YJ群体的多样性更加丰富,而且
该群体的F值比较接近0,期望杂合度与观测杂合
度相差不大,即群体的杂合体和纯合体相差较小,比
588
林 业 科 学 研 究 第28卷
较接近理想群体。此外,对20个群体的遗传多样性
指标分析,包括Na、Ne、I、Ho和 He等在不同群体间
的遗传多样性水平差异未达到检验水平(p>
005),表明群体间遗传多样性无明显的差异。
表2 不同地理分布区域云南松天然群体的遗传多样性
群体 Na Ne I Ho He UHe F P% PA
BH 3.3 2.2 0.832 0.510 0.473 0.489 -0.085 100.00 0
CX 3.9 2.0 0.781 0.442 0.425 0.435 -0.018 100.00 0
EY 3.6 2.0 0.801 0.454 0.452 0.461 0.003 100.00 0
FN 3.6 2.1 0.810 0.540 0.447 0.457 -0.142 100.00 1
GN 3.3 1.9 0.683 0.437 0.356 0.365 -0.097 100.00 0
GS 3.8 2.2 0.847 0.477 0.474 0.484 0.055 100.00 1
HQ 3.8 2.1 0.755 0.466 0.396 0.405 -0.075 100.00 0
JS 4.1 2.0 0.806 0.466 0.421 0.430 -0.038 100.00 0
KM 4.1 1.9 0.735 0.430 0.382 0.391 -0.059 100.00 0
LJ 3.3 1.9 0.703 0.421 0.384 0.392 -0.051 88.89 0
LL 4.2 2.1 0.818 0.487 0.429 0.439 -0.085 100.00 0
LX 3.7 2.2 0.876 0.514 0.492 0.503 -0.041 88.89 0
MD 3.4 2.0 0.766 0.476 0.435 0.445 -0.061 88.89 0
SJ 3.3 2.3 0.817 0.524 0.453 0.469 -0.137 88.89 0
SP 4.1 2.1 0.882 0.486 0.471 0.481 -0.048 100.00 0
TC 2.6 1.8 0.603 0.443 0.376 0.384 -0.153 88.89 0
TL 3.9 2.0 0.807 0.450 0.433 0.443 0.023 100.00 0
XW 3.0 1.8 0.609 0.367 0.337 0.345 0.055 100.00 0
YJ 4.4 2.6 0.993 0.546 0.521 0.532 0.004 100.00 1
YR 4.0 1.9 0.809 0.457 0.430 0.442 -0.057 100.00 3
Mean 3.7 2.0 0.787 0.470 0.429 0.440 -0.049 97.22
SD 1.9 0.9 0.423 0.317 0.201 0.206 0.489
  注:Na:等位基因数;Ne:有效等位基因数;I:Shannon’s信息指数;Ho:观察杂合度;He:期望杂合度;UHe:无偏期望杂合度;F:固定指数;
P%:多态性位点百分率;PA:私有等位基因。
进一步对云南松群体进行分子方差分析(AMO
VA)(表3),变异百分比表明群体的遗传多样性主
要分布在群体内,占89%,而只有11%分布在群体
间,表明群体内的遗传变异是云南松遗传变异的主
要来源。
表3 不同地理分布区域云南松天然群体间和
群体内的AMOVA分析
变异来源 自由度 平方和 方差分量 方差分量百分比/%
群体间 19 115.816 0.11297 11.0
群体内 898 820.536 0.91374 89.0
总计  917 936.352 1.02671
2.2 遗传多样性保护单元与初始群体间遗传多样
性差异评价
  按逐步聚类优先取样法形成的18个遗传多样
性保护单元(CU19 CU2),分别与初始群体、剩余
群体进行比较,比较它们之间的遗传多样性变化及
其差异,结果见表4和图1。
不同抽样比例下形成的各遗传多样性保护单元
或剩余群体与初始群体在各指标上均存在一定的波
动,其中以等位基因数的波动较小。但总体来看,不
同遗传多样性保护单元间的差异并不明显,也进一
步说明云南松各群体间的遗传多样性差异不显著,
且各遗传多样性保护单元与初始群体间未出现差异
的显著性。因此,选择50%的抽样比例为上限进行
分析[21],共形成9个遗传多样性保护单元CUs,其组
成见表5。
对9个遗传多样性保护单元(CU10 CU2),分
别与20个初始群体进行遗传多样性的比较分析(表
6),结果可知,除等位基因数外,其它3个遗传参数
即有效等位基因数、Shannon’s信息指数、期望杂合
度的保留率均在100%以上,即不同抽样比例形成
的遗传多样性保护单元均能很好地保存初始群体的
遗传多样性。各遗传多样性保护单元的保留率存在
一定差异,其中 CU6在 Shannon’s信息指数和期望
杂合度方面的保留率均较高。t检验结果表明,各遗
传多样性保护单元与初始群体间均未表现出显著差
异(p>0.05)。从保留率也可以看出,随着抽样比
例的增加,抽样群体的遗传多样性指标值(包括Na、
Ne、I和He)未出现显著性变化。
688
第6期 许玉兰,等:云南松主分布区天然群体的遗传多样性及保护单元的构建
表4 不同云南松遗传多样性保护单元的比较
保护单元 群体数量 取样比例% Na Ne I He
初始群体 / / 3.7±0.5 2.0±0.2 0.787±0.091 0.429±0.047
CU19 19 95 3.7±0.5 2.1±0.2 0.787±0.093 0.430±0.048
CU18 18 90 3.6±0.5 2.1±0.2 0.782±0.093 0.427±0.048
CU17 17 85 3.6±0.5 2.1±0.2 0.780±0.095 0.427±0.050
CU16 16 80 3.6±0.4 2.1±0.2 0.790±0.087 0.433±0.046
CU15 15 75 3.6±0.4 2.1±0.2 0.789±0.090 0.434±0.047
CU14 14 70 3.6±0.4 2.1±0.2 0.788±0.094 0.432±0.049
CU13 13 65 3.6±0.5 2.1±0.2 0.795±0.094 0.436±0.048
CU12 12 60 3.6±0.5 2.1±0.2 0.794±0.098 0.436±0.051
CU11 11 55 3.6±0.5 2.1±0.2 0.797±0.102 0.440±0.051
CU10 10 50 3.6±0.5 2.1±0.2 0.794±0.107 0.437±0.053
CU9 9 45 3.6±0.5 2.1±0.3 0.788±0.112 0.432±0.054
CU8 8 40 3.6±0.6 2.1±0.3 0.801±0.112 0.442±0.049
CU7 7 35 3.6±0.6 2.1±0.3 0.811±0.117 0.451±0.046
CU6 6 30 3.6±0.6 2.2±0.3 0.818±0.127 0.453±0.050
CU5 5 25 3.6±0.7 2.1±0.3 0.806±0.138 0.445±0.052
CU4 4 20 3.7±0.8 2.1±0.4 0.804±0.159 0.444±0.060
CU3 3 15 3.5±0.9 2.2±0.4 0.802±0.195 0.448±0.073
CU2 2 10 3.5±1.3 2.2±0.6 0.798±0.276 0.449±0.103
  注:Na:等位基因数;Ne:有效等位基因数;I:Shannon’s信息指数;He:期望杂合度。
注:(1):等位基因数(Na);(2):有效等位基因数(Ne);(3):Shannon’s信息指数(I);(4):期望杂合度(He)。
A:CU19/R1;B:CU18/R2;C:CU17/R3;D:CU16/R4;E:CU15/R5;F:CU14/R6;G:CU13/R7;H:CU12/R8;
I:CU11/R9;J:CU10/R10;K:CU9/R11;L:CU8/R12;M:CU7/R13;N:CU6/R14;O:CU5/R15;P:CU4/R16;
Q:CU3/R17;R:CU2/R18,其中CU为保护单元,后面的数字代表群体数;R为剩余群体,后面的数字代表群体数。
图1 不同抽样比例下遗传多样性保护单元与剩余群体遗传多样性的比较
表5 不同遗传多样性保护单元的群体组成
遗传多样性保护单元 群体组成
CU10 FN、GN、GS、KM、LX、MD、SJ、TC、YJ、YR
CU9 FN、GN、KM、LX、MD、SJ、TC、YJ、YR
CU8 FN、KM、LX、MD、SJ、TC、YJ、YR
CU7 FN、LX、MD、SJ、TC、YJ、YR
CU6 FN、LX、SJ、TC、YJ、YR
CU5 FN、SJ、TC、YJ、YR
CU4 FN、TC、YJ、YR
CU3 FN、TC、YJ
CU2 TC、YJ
2.3 遗传多样性保护单元与剩余群体间的遗传多
样性差异评价
  构建不同的遗传多样性保护单元时产生不同的
剩余群体,这部分群体是遗传资源保护的后备资源,
以补充遗传多样性保护单元不足时的需要。遗传多
样性保护单元CU2 CU10,对应的剩余群体分别为
R18 R10,t检验成对的遗传多样性保护单元与剩
余群体间遗传多样性的差异性,结果见表7。
788
林 业 科 学 研 究 第28卷
表6 云南松遗传多样性保护单元和初始群体遗传多样性指标的t检验
遗传多样性指标 保护单元 抽样比例/% 平均数 保留率/% 标准差 差值均值 差值标准误 t Sig.
等位基因数 初始群体 / 3.67 / 0.45 / / / /
CU10 50 3.62 98.58 0.51 0.05 0.18163 0.275 0.785
CU9 45 3.60 98.03 0.53 0.07 0.19113 0.366 0.717
CU8 40 3.64 99.05 0.56 0.03 0.20131 0.161 0.873
CU7 35 3.57 97.26 0.57 0.10 0.21109 0.467 0.645
CU6 30 3.60 98.03 0.62 0.07 0.22768 0.307 0.761
CU5 25 3.58 97.49 0.69 0.09 0.24956 0.361 0.722
CU4 20 3.65 99.39 0.77 0.02 0.27713 0.072 0.943
CU3 15 3.53 96.22 0.90 0.14 0.31595 0.433 0.670
CU2 10 3.50 95.31 1.27 0.17 0.38756 0.439 0.666
有效等位基因数 初始群体 / 2.06 / 0.19 / / / /
CU10 50 2.09 101.70 0.24 0.03 0.08013 -0.437 0.666
CU9 45 2.08 101.11 0.25 0.02 0.08409 -0.271 0.789
CU8 40 2.10 102.19 0.26 0.05 0.08796 -0.512 0.613
CU7 35 2.13 103.58 0.27 0.07 0.09228 -0.797 0.433
CU6 30 2.15 104.62 0.29 0.10 0.09895 -0.960 0.347
CU5 25 2.14 104.14 0.32 0.09 0.10842 -0.784 0.441
CU4 20 2.10 102.19 0.36 0.04 0.11963 -0.376 0.710
CU3 15 2.17 105.43 0.40 0.11 0.13485 -0.828 0.417
CU2 10 2.20 107.06 0.57 0.15 0.16496 -0.879 0.390
Shannon’s信息指数 初始群体 / 0.787 / 0.091 / / / /
CU10 50 0.794 100.92 0.107 0.007 0.037297 -0.194 0.847
CU9 45 0.788 100.17 0.112 0.001 0.039125 -0.035 0.973
CU8 40 0.801 101.84 0.112 0.014 0.040536 -0.357 0.724
CU7 35 0.811 103.04 0.117 0.024 0.04295 -0.557 0.583
CU6 30 0.818 103.99 0.127 0.031 0.046237 -0.678 0.504
CU5 25 0.806 102.51 0.138 0.020 0.050301 -0.393 0.698
CU4 20 0.804 102.18 0.159 0.017 0.056323 -0.304 0.764
CU3 15 0.802 101.95 0.195 0.015 0.06516 -0.236 0.816
CU2 10 0.798 101.44 0.276 0.011 0.079961 -0.142 0.889
期望杂合度 初始群体 / 0.429 / 0.047 / / / /
CU10 50 0.437 101.70 0.053 0.007 0.018918 -0.383 0.704
CU9 45 0.432 100.73 0.054 0.003 0.019732 -0.157 0.877
CU8 40 0.442 102.95 0.049 0.013 0.019873 -0.637 0.530
CU7 35 0.451 104.95 0.046 0.021 0.020516 -1.034 0.311
CU6 30 0.453 105.56 0.050 0.024 0.022137 -1.076 0.293
CU5 25 0.445 103.75 0.052 0.016 0.023882 -0.672 0.508
CU4 20 0.444 103.30 0.060 0.014 0.026731 -0.529 0.602
CU3 15 0.448 104.35 0.073 0.019 0.030856 -0.604 0.552
CU2 10 0.449 104.47 0.103 0.019 0.037872 -0.506 0.619
  由表7可知,各遗传多样性保护单元与对应的
剩余群体间均无显著差异(p>0.05),除等位基因
数以外,保留率均在100%以上,说明抽样群体能很
好地保持初始群体的遗传多样性。尽管遗传多样性
保护单元与剩余群体间遗传多样性的差异未达到显
著水平,但不同抽样比例情况下,遗传多样性保护单
元与剩余群体间保留率也有所不同,其中 CU6遗传
多样性保护单元在Shannon’s信息指数和期望杂合
度方面的保留率均最高,有效等位基因数的保留率
也比较高。
2.4 遗传多样性保护单元的确定及其聚类分析
综合前述的分析,以 CU6遗传多样性保护单元
作为云南松天然群体种质资源遗传多样性保护的首
要对象,即从20个初始群体中选择6个群体(FN、
LX、SJ、TC、YJ和YR),对6个群体基于遗传距离进
行遗传关系聚类(UPGMA),结果如图2所示。
888
第6期 许玉兰,等:云南松主分布区天然群体的遗传多样性及保护单元的构建
表7 云南松遗传多样性保护单元和剩余群体间遗传多样性指标的t检验
遗传多样性指标 保护单元-剩余群体 保护单元Mean±SD 剩余群体Mean±SD保留率/% 差值均值 差值标准误 t Sig.
等位基因数 CU10R10 3.6±0.5 3.7±0.4 97.31 0.10 0.205 -0.487 0.632
CU9R11 3.6±0.5 3.7±0.4 96.59 0.13 0.205 -0.599 0.559
CU8R12 3.6±0.6 3.7±0.4 98.53 0.05 0.210 -0.257 0.800
CU7R13 3.6±0.6 3.7±0.4 95.93 0.15 0.214 -0.710 0.487
CU6R14 3.6±0.6 3.7±0.4 97.30 0.10 0.224 -0.446 0.661
CU5R15 3.6±0.7 3.7±0.4 96.76 0.12 0.237 -0.507 0.619
CU4R16 3.7±0.8 3.7±0.4 99.32 0.02 0.258 -0.097 0.924
CU3R17 3.5±0.9 3.7±0.4 95.65 0.16 0.287 -0.561 0.582
CU2R18 3.5±1.3 3.7±0.4 94.88 0.19 0.341 -0.533 0.587
有效等位基因数 CU10R10 2.1±0.2 2.0±0.1 103.47 0.07 0.085 0.827 0.419
CU9R11 2.1±0.3 2.0±0.1 102.03 0.04 0.086 0.481 0.636
CU8R12 2.1±0.3 2.0±0.1 103.70 0.08 0.086 0.870 0.396
CU7R13 2.1±0.3 2.0±0.1 105.62 0.11 0.086 1.310 0.207
CU6R14 2.2±0.3 2.0±0.1 106.74 0.14 0.089 1.533 0.143
CU5R15 2.1±0.3 2.0±0.1 105.59 0.11 0.096 1.181 0.253
CU4R16 2.1±0.4 2.0±0.1 102.75 0.06 0.107 0.526 0.605
CU3R17 2.2±0.4 2.0±0.1 106.45 0.13 0.117 1.125 0.275
CU2R18 2.2±0.6 2.0±0.1 107.90 0.16 0.139 1.162 0.260
Shannos’s信息指数 CU10R10 0.794±0.107 0.779±0.076 101.86 0.015 0.042 0.349 0.731
CU9R11 0.788±0.112 0.786±0.075 100.31 0.002 0.042 0.059 0.954
CU8R12 0.801±0.112 0.777±0.077 103.10 0.024 0.042 0.572 0.574
CU7R13 0.811±0.117 0.774±0.075 104.76 0.037 0.043 0.859 0.402
CU6R14 0.818±0.127 0.773±0.072 105.79 0.045 0.443 1.012 0.325
CU5R15 0.806±0.138 0.780±0.074 103.38 0.026 0.048 0.552 0.588
CU4R16 0.804±0.159 0.782±0.072 102.73 0.021 0.052 0.412 0.685
CU3R17 0.802±0.195 0.784±0.070 102.30 0.018 0.030 0.739 0.469
CU2R18 0.798±0.276 0.785±0.069 101.61 0.013 0.069 0.182 0.858
期望杂合度 CU10R10 0.437±0.053 0.422±0.041 103.44 0.015 0.021 0.683 0.503
CU9R11 0.432±0.054 0.427±0.042 101.32 0.006 0.022 0.261 0.797
CU8R12 0.442±0.049 0.421±0.045 105.01 0.021 0.021 0.986 0.337
CU7R13 0.451±0.046 0.418±0.045 107.81 0.033 0.021 1.540 0.141
CU6R14 0.453±0.050 0.419±0.043 108.12 0.034 0.022 1.543 0.140
CU5R15 0.445±0.052 0.424±0.046 105.05 0.021 0.024 0.880 0.391
CU4R16 0.444±0.060 0.426±0.045 104.15 0.018 0.027 0.666 0.514
CU3R17 0.448±0.073 0.426±0.043 105.15 0.022 0.030 0.739 0.469
CU2R18 0.449±0.103 0.427±0.042 104.98 0.021 0.035 0.599 0.556
图2 CU6遗传多样性保护单元Nei’s(1983)
遗传距离的UPGMA聚类图
  结果表明(图2),与初始群体的聚类相比,遗传
多样性保护单元中各个天然群体间的遗传距离波动
更大,表明遗传多样性保护单元的遗传背景存在差
异,其抽取的种质具有一定的代表性。同时从图中
可以出,在遗传距离为0.07时,可以分为3类,其中
TC单独为一类,YJ和 SJ为一类,其余的 YR、LX和
FN为一类,遗传多样性保护单元内各天然群体间存
在一定的遗传分化。
3 结论与讨论
3.1 云南松群体遗传多样性及其分化
SSR分子标记的分析揭示,云南松遗传多样性
比较丰富,平均期望杂合度0.429,与其它松树如北
美乔松(He=0.531)[24]、白皮松 P.bungeana(He=
0.2039)[25]和脂松 P.resinosa(He=0.014-
0489)[26]等相比,云南松群体的遗传多样性属于中
988
林 业 科 学 研 究 第28卷
等水平。遗传多样性高低与物种繁育特性、种子和
花粉传播机制等有关,一般来说,多年生、异交、风
媒、高繁殖能力以及种子带翅等生物学特性的物种
遗传多样性高[27],云南松具有这些生物学特性,且
分布范围广,有利于产生丰富的遗传变异,从而适应
不同的环境条件。云南松绝大多数遗传变异存在群
体内,且各群体间的遗传多样性差异不显著。根据
Hamrick和Godt[28]的统计分析揭示异交是维持种群
内高水平遗传变异的一个重要机制,从而维持群体
内高的遗传多样性和群体间低的遗传分化。此外,
与其它针叶树种一样,云南松种子具有种翅、花粉具
有气囊,散布能力较强,可远距离运输,能在大范围
内实现基因流动,从而削弱了群体间的遗传分化。
3.2 云南松遗传多样性保护单元的构建
云南松各群体间的遗传多样性无明显差异,且
变异主要存在于群体内,以原地保护较为适宜,可以
保存较少的代表性群体,每个群体内保存较多的个
体[5]。以遗传多样性的保护为核心,采用逐步聚类
优先取样法所构建遗传多样性保护单元,遗传多样
性均优于初始群体和剩余群体,由此可以看出遗传
多样性保护单元能很好地代表初始群体,满足抽样
群体代表初始群体遗传多样性的要求[19],构建的遗
传多样性保护单元比较有效。遗传多样性的保留率
高低与抽样群体比例间无直接关系,这可能是因为
群体间的遗传变异较小,当遗传多样性保护单元增
加时,出现冗余现象,未能增加群体遗传多样性,这
在欧洲黑杨中就提到冗余的出现可能降低群体遗传
变异的均度和丰度[19]。核心种质的抽样比例是构
建核心种质的关键因素[29],要求以最小的样本量尽
可能多的代表原始群体的遗传多样性,过多的样本
量可能产生的冗余较多,且不利于种质资源的保护
与利用,过少无法满足原群体遗传多样性的代表,从
而导致资源的丢失[29]。本研究以10% 50%的抽
样比例下形成9个不同的遗传多样性保护单元,在
不同的遗传多样性保护单元中,等位基因数表现为
保留率低于100%,而其余3个均高于100%,不同
性状对各体遗传变异的分析有所不同,但它们之间
无明显的差异,这在其它植物的核心种质构建时也
表现同样的规律[30],其中等位基因数的降低方家林
等[31]归结为冗余资源的剔除过程中,杂合度不高的
排除在外,杂合度增加的同时纯合基因型将减少,基
因型数目也随之减少,而遗传多样性保持或增加。
因此,本研究中造成等位基因数的下降可能是在抽
取遗传多样性高的群体时,杂合度增加,导致基因位
点的降低。虽然表型性状与分子水平的结合是核心
种质走向应用的有效路径[29],表型值的评价是构建
核心种质的基本要求,但也可只进行分子遗传多样
性评价即可满足表型遗传多样性[19],研究结果为构
建核心种质提供了遗传背景资料。
3.3 云南松优先遗传多样性保护单元的确定与
评价
  各遗传多样性保护单元分别与初始群体间进行
比较,它们之间在遗传多样性方面均无显著差异,其
中以CU6的保留率较高,应优先保护 CU6。当然,
种质资源的保护除比较保留率外,还需要考虑初始
群体遗传多样性的丰度及其群体大小,一般遗传多
样性丰度越高,抽样比例越大[19]。云南松遗传多样
性在松属中处于中等水平,需要达到一定的比例才
能代表不同的生态环境和地理分布,CU6除保存初
始群体的遗传多样性外,其组成群体的分布较为分
散,可很好地保存不同生态环境下的云南松种质资
源。剩余群体与遗传多样性保护单元在遗传多样性
方面无显著差异,在遗传多样性保护单元保护出现
特殊情况时(如自然灾害或人为不可控制因素的影
响等),遗传多样性保护单元可能会丢失一些初始群
体的多样性或变异类型,这样可就近选择相似生态
环境条件下的剩余群体进行补充,可有效地补充遗
传多样性保护单元的不足。云南松作为分布区域内
的重要用材树种,按群体作为分析的单元进行保存,
除了优良的基因资源被保存外,其中也含有低劣类
型,而资源的保护也要为育种工作的开展服务,保存
优良的云南松种质资源是保护该物种的最终目的。
因此,在今后的研究中,可考虑按表型(如胸径、树
高、材积等生长量指标)选优进行个体保护的研究,
以保证表型优良的核心种质被保存下来。同时结合
表型与分子标记综合考虑,整合表型与分子方面不
同的数据信息,或增加不同的取样方法,探讨云南松
种质资源保存的适宜方式。由于本研究中所采用的
天然群体为20个,集中于云南松的主分布区,并未
包括所有的云南松遗传资源,所以初步构建的遗传
多样性保护单元需要不断补充增加新的群体,以利
于云南松遗传资源的多样性维持甚至更新。
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