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Natural hybridization between Miscanthus sinensis and M. floridulus revealed
by phylogenic analysis using morphological traits and Adh1 sequences

基于形态性状及Adh1基因序列的芒与五节芒自然杂交现象研究



全 文 :书基于形态性状及犃犱犺1基因序列的芒与
五节芒自然杂交现象研究
朱明东,蒋建雄,肖亮,艾辛,覃静萍,陈智勇,易自力
(湖南农业大学生物科学技术学院 芒属植物研究所,湖南 长沙410128)
摘要:本研究通过对13份芒与五节芒17个形态性状及犃犱犺1基因序列的分析,探讨了芒与五节芒的自然杂交现
象。形态性状聚类分析结果表明,疑似杂交种 AD431与五节芒类群(AA335和 AD625)聚为一类,疑似杂交种
AA343、AD431、AD628、AD607、AD633和AD606与芒类群(AD623、AD512、AD620、AD619和 AD627)聚为一类。
犃犱犺1基因序列聚类分析结果表明,五节芒和芒的材料分别聚成2个明显分开的分支,所有的疑似杂交种中均检测
到2种犃犱犺1基因单倍型的存在,其中1个单倍型在系统树中与芒聚为一类,另1个单倍型与五节芒聚为一类。本
研究的结果确证了AD431、AD431、AD628、AD607、AD633和AD606这6个疑似杂交种的真实性,证实了芒与五节
芒种间确实存在自然杂交现象,为进一步阐明芒和五节芒的系统进化与亲缘关系提供了重要的理论依据。
关键词:芒;五节芒;表型性状;犃犱犺1基因;自然杂交
中图分类号:Q943.2  文献标识码:A  文章编号:10045759(2012)03013206
  芒(犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊狊犻狀犲狀狊犻狊)和五节芒(犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊)系禾本科芒属(犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊)的2个主要种[1],主要分布于
东南亚地区。我国是芒和五节芒的主要分布中心,五节芒在长江中下游以南地区有着广泛分布,芒的分布范围更
广,在黄河流域以南地区和东北地区都有分布。由于芒和五节芒均为多年生C4 草本植物,具有生物质产量高、纤
维素含量高、高热值、灰分含量低、适应性强、生长繁殖快等特点,近年来已被视为极具开发潜力的能源植物而受
到高度关注。
作为新型的能源植物资源,芒和五节芒遗传背景与亲缘关系的探讨自然是重要的研究内容。笔者在进行我
国芒属植物资源调查与遗传多样性分析中,按照经典的形态学分类依据[2],发现在芒和五节芒的部分重叠分布区
有许多表型性状介于两者之间的中间类型存在,主要表现为其圆锥花序类似于芒,但小穗的形态则类似于五节
芒,同时开花期介于2个种之间,疑似为芒与五节芒的自然杂交产物。研究自然杂交渗透主要有3个途径,表型
分析[35],细胞生物学研究[6]和来自分子生物学[714]的证明。本研究即采用基于形态学标记和犃犱犺1基因序列标
记的系统发育分析来证实这种种间自然杂交现象的存在与否。如果芒和五节芒存在自然杂交这一现象得到证
实,不仅可以填补这一研究领域的空白,为阐明芒属植物复杂的系统发育与进化关系提供理论基础,而且还能为
芒与五节芒作为能源植物应用所需的遗传改良提供杂交育种的依据。为了阐明这一问题,笔者进行了2个方面
的研究:一是建立保存活体材料的资源圃,将不同生态来源的样本种植在同样的生态环境下,进行多年份的形态
学性状考察分析,以排除环境饰变的影响;二是通过犃犱犺1(乙醇脱氢酶)基因的序列分析来鉴定是否有种间杂种
的存在,因为犃犱犺1基因具有丰富的多态性,已被广泛应用于研究植物的遗传进化和亲缘关系,是揭示近缘种群
间遗传背景的有效方法。
1 材料与方法
1.1 材料与来源
本试验所用植物材料的分类名及其来源地见表1。具有中间性状的疑似杂交种采自福建南平市芒与五节芒
混生的地区。在本研究中用作外参照的芒(AD512)和五节芒(AA335)来源于湖南浏阳地区2个独立的种群。取
132-137
2012年6月
   草 业 学 报   
   ACTAPRATACULTURAESINICA   
第21卷 第3期
Vol.21,No.3
收稿日期:20110407;改回日期:20111117
基金项目:国家自然科学基金(30971832)和国家科技计划课题(2011AA100209)资助。
作者简介:朱明东(1986),男,湖南张家界人,硕士。Email:uhz_uhz@hotmail.com
通讯作者。Email:yizili889@163.com
材料的根茎,种植于湖南农业大学芒属植物资源圃。该资源圃位于湖南省长沙市东郊,北纬28°11′,东经
113°02′,海拨80m,土壤为红壤土,肥力中等,属亚热带季风湿润气候区。栽培方式为每4m3 种植1株,按常规
方法进行一致的栽培管理。
表1 供试材料
犜犪犫犾犲1 犘犾犪狀狋犿犪狋犲狉犻犪犾狊犳狅狉狋犺犻狊狊狋狌犱狔
编号
SerialNo.
标本凭证(采集号)
VoucherNo.
材料采集地
Samplinglocation
分类群
Taxon
序列号
GenBankaccessionNo.
1 AD623 福建南平FujianNanping 芒犕.狊犻狀犲狀狊犻狊 JQ026925
2 AD619 福建南平FujianNanping 芒犕.狊犻狀犲狀狊犻狊 JQ026923
3 AD512 湖南浏阳 HunanLiuyang 芒犕.狊犻狀犲狀狊犻狊 JQ026937
4 AD620 福建南平FujianNanping 芒犕.狊犻狀犲狀狊犻狊 JQ026928
5 AD627 福建南平FujianNanping 芒犕.狊犻狀犲狀狊犻狊 JQ026936
6 AD606 福建南平FujianNanping 疑似杂交种犕.狊犻狀犲狀狊犻狊×犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 JQ026921;JQ026922
7 AD607 福建南平FujianNanping 疑似杂交种犕.狊犻狀犲狀狊犻狊×犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 JQ026924;JQ026930
8 AD633 福建南平FujianNanping 疑似杂交种犕.狊犻狀犲狀狊犻狊×犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 JQ026927;JQ026935
9 AD628 福建南平FujianNanping 疑似杂交种犕.狊犻狀犲狀狊犻狊×犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 JQ026931;JQ026934
10 AA343 福建南平FujianNanping 疑似杂交种犕.狊犻狀犲狀狊犻狊×犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 JQ026929;JQ026939
11 AD431 福建南平FujianNanping 疑似杂交种犕.狊犻狀犲狀狊犻狊×犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 JQ026926;JQ026933
12 AA335 湖南浏阳 HunanLiuyang 五节芒犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 JQ026932
13 AD625 福建南平FujianNanping 五节芒犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊 JQ026938
1.2 表型性状分析
1.2.1 性状测定 连续3年(2008,2009,2010)对供试材料的以下17个性状进行了测定,17项性状包括旗叶长
(flagleaflength,FLL)、旗叶宽(flagleafwidth,FLW)、最大叶片长(largestleaflength,LLL)、最大叶片宽
(largestleafwidth,LLW)、每个分蘖叶片数(leafnumberpertiler,LNT)、株高(plantheight,PH)、茎长(stem
height,SH)、每分蘖茎节数(internodenumberpertiler,INT)、花序长(paniclelength,PL)、主轴长(panicle
mainaxislength,PMAL)、主轴长/花序长(paniclemain/paniclelength,PMAL/PL)、芒长(awnlength,AL)、
基盘毛长(calushairlength,CHL)、小穗长柄长(longstalklength,LSL)、小穗短柄长(shortstalklength,
SSL)、种子长(grainlength,GL)、种子宽(grainwidth,GW)。叶片、茎秆及花序性状考察时,取生长正常、无病
变植株测量,取5次重复平均数;小花性状和种子性状考察时,分别取无病变小花20朵和种子20枚计平均数。
1.2.2 性状聚类 形态性状测定结果采用ZScores进行标准化转换,计算13个材料的欧氏距离,在 MVSP3.2
软件上采用Gowergeneralsimilaritycoefficient模型用UPGMA法聚类。
1.3 犃犱犺1基因序列分析
1.3.1 DNA提取与扩增 基因组DNA采用改良的CTAB法进行提取。基因片段的扩增使用引物犃犱犺1F
(5′ATAGAGAGTGTTGGAGAGG3′),犃犱犺1R(5′GTTCTCCATGCGGATGATGC3′)在 BiometroPCR
仪器上进行。扩增用TaqDNA聚合酶来自东盛生物公司,扩增条件为:94℃预变性5min;94℃1min,56℃1
min,72℃1.5min,34次循环;72℃延伸7min。扩增体系为:Primermix4μL,DNA2μL,Plusmix25μL,
ddH2O补齐至50μL。
1.3.2 回收体系 PCR产物用1.2%琼脂糖凝胶在TAE电泳检测并回收目标片段。产物回收使用OMEGA
公司生产的PCR产物回收试剂盒(E.Z.N.A.TM GelExtractionKit)。纯化后的产物用PGT57R/T质粒(Fer
331第21卷第3期 草业学报2012年
mentas,InsTAcloneTMPCRCloningKit)链接,之后转化大肠杆菌Top10,在含氨苄青霉素和5溴4氯3吲哚
βD半乳糖苷(Xgal)的LB固体培养基上进行蓝白斑筛选阳性克隆。样品送上海生工测序,测序引物使用
M13R/F通用引物。
1.3.3 序列分析 序列的对齐使用ClustalX1.81[15]程序,对齐后的序列加以人工检查。基因树的构建采用
MEGA4.0[16]程序。最大简约树(maximumparsimony,MP)的构建采用启发式搜索,树2等份再连接分支交换
(TBR),自展检测(bootstrapanalysis)重复500次。邻接树(neighborjoining,NJ)的构建使用Kimura两参数模
型(kimura2parameter),自展检验(bootstrapanalysis)重复1000次。本研究中构建分子进化树所用的犃犱犺1
基因序列,除了来源于表1中所列的芒与五节芒材料之外,还从GeneBank中选用了2个五节芒(AJ515961和
AJ515962)和3个芒(AJ515964、AJ515985和 AJ515973)的犃犱犺1基因序列进行分析。同时选用了玉米(犣犲犪
犿犪狔狊)(ZL08591和 MX04049)、高粱(犛狅狉犵犺狌犿犪犿狆犾狌犿,犛狅狉犵犺狌犿犾犲犻狅犮犾犪犱狌犿)(DQ096179和DQ096187)、狼
尾草(犘犲狀狀犻狊犲狋狌犿犵犾犪狌犮狌犿)(L20576和L20582)作为构建系统树的外类群。
2 结果与分析
2.1 形态学聚类分析
本研究对13份供试材料的17个表型性状进行连续3年测定,测量均值见表2。在形态性状聚类分析中,利
用 MVSP3.2软件采用Gowergeneralsimilaritycoefficient模型进行UPGMA聚类分析,形态性状聚类结果见
图1。形态学性状的聚类结果显示,芒和五节芒在聚类图中可以被完全区分开。而6份疑似杂交种则没有能够
单独聚为一类,其中疑似杂交种 AD431与五节芒类群(AA335和 AD625)聚为一大类,而疑似杂交种 AA343、
AD628、AD607、AD633和AD606与芒类群(AD623、AD512、AD620、AD619和AD627)聚为另一大类(图1)。这
表明形态性状聚类分析不能鉴定出杂交种的真实性。
2.2 犃犱犺1基因序列特征及聚类分析
2.2.1 基因序列的特征 分别从13份供试材料扩增出的目的片段大小均为1400bp左右,经测序后得到碱基
序列,将所测序列在GeneBank中比对证实均为犃犱犺1基因,经整理上传至GeneBank后获得序列号(表1)。
表2 17项表型性状统计结果
犜犪犫犾犲2 17犿狅狉狆犺狅犾狅犵犻犮犪犾犮犺犪狉犪犮狋犲狉狊
编号
Plot
number
旗叶长
FLL
(cm)
旗叶宽
FLW
(mm)
最大叶长
LLL
(cm)
最大叶宽
LLW
(mm)
每分蘖
叶数
LNT
株高
PH
(cm)
茎长
SH
(cm)
分蘖

INT
种子长
GL
(mm)
种子宽
GW
(mm)
基盘毛长
CHL
(mm)
小穗长柄
LSL
(mm)
小穗短柄
SSL
(mm)
芒长
AL
(mm)
花序长
PL
(cm)
主轴长
PMAL
(cm)
主轴/花序
PALM/
PL
AA33516.67 7.74 104.00 34.33 24.75 263.26173.6723.12 3.76 0.67 5.19 3.09 1.12 4.57 36.2730.70 0.85
AA34324.16 6.60 86.82 19.60 9.33 368.37142.38 7.55 5.34 0.86 6.15 4.33 1.83 7.56 65.0236.02 0.55
AD51215.58 1.87 88.74 21.06 8.91 284.28131.60 8.16 4.54 1.06 3.91 5.12 2.12 4.30 37.0821.04 0.56
AD43117.90 9.43 103.33 21.67 12.02 273.27139.1711.22 3.10 0.60 2.64 4.34 2.04 3.65 42.8333.17 0.77
AD60615.20 2.29 57.66 15.12 7.85 263.26119.86 8.36 5.46 0.73 3.50 5.37 2.98 5.38 31.5411.32 0.36
AD60716.34 2.50 71.78 19.98 7.64 221.22110.10 6.32 5.54 0.75 4.74 5.15 1.71 6.09 31.7414.24 0.45
AD61934.54 1.87 112.30 14.22 8.27 263.26131.14 7.96 4.95 0.74 5.07 3.59 1.56 5.28 32.3017.50 0.54
AD62026.18 4.68 81.90 19.98 11.25 242.24136.5410.81 4.77 0.77 4.24 5.09 1.94 5.60 26.4012.84 0.49
AD62312.44 1.46 72.00 15.30 11.89 326.33165.7811.22 4.24 0.50 4.22 3.77 1.38 5.60 33.2417.80 0.54
AD62529.1313.55 116.37 35.15 12.73 368.37167.9012.92 3.24 0.60 4.12 3.73 1.40 4.26 49.3338.50 0.78
AD62713.60 2.39 68.96 11.70 7.85 221.22113.50 6.73 4.32 0.76 5.74 4.09 1.92 5.23 30.9212.80 0.38
AD62814.68 3.43 69.58 20.88 12.95 315.32149.0211.42 4.00 0.86 4.63 3.84 1.62 7.80 37.7022.92 0.61
AD63313.38 5.51 65.48 21.78 14.01 210.21121.0213.26 4.24 1.38 3.77 0.50 4.22 5.94 26.8212.32 0.46
431 ACTAPRATACULTURAESINICA(2012) Vol.21,No.3
图1 基于17个表型性状标记的聚类图
犉犻犵.1 犆犾狌狊狋犲狉犪狀犪犾狔狊犻狊犫犪狊犲犱狅狀17犿狅狉狆犺狅犾狅犵犻犮犪犾狋狉犪犻狋狊
  在Softberry上运用FGENESH进行序列分析,结果表明芒属植物的犃犱犺1基因包括6个外显子和5个内
含子,外显子片段大小为60~210bp,平均大小为114bp;在13份材料用来构树的19个序列中,序列大小为
1413~1444bp,平均大小为1430bp,A,T,C,G碱基含量分别为24.7%,30.3%,20.5%,24.5%,序列有明
显的T碱基偏好,AT碱基含量(55.0%)明显大于CG碱基含量(45%)。当用ClustalX对齐20个序列并排除空
位和多重迭代后显示序列长度为1473bp。颠换值为16,转换值为27,转换(SV)明显大于颠换(SI),转换与颠换
的比为1.7。
2.2.2 聚类分析 序列采用ClustalX1.81程序排除空位并对齐,用MEGA4.0程序构建犃犱犺1基因序列的最大
简约树(MP)和邻接树(NJ),结果如图2和3所示,分支上的数值显示其自展支持率。
最大简约树和邻接树具有基本一致的拓扑结构,芒属作为单系类群能够很好地与狼尾草、玉米和高粱等外类
群区分开。在芒属分支中,芒和五节芒的材料被分别聚成可明显区分的2类。而在每一个疑似杂交种中,均检测
到有2种犃犱犺1基因单倍型的存在,其中一个为芒的单倍型,在系统树中与其他芒的犃犱犺1基因聚为一类;另一
个为五节芒的单倍型,在系统树中则与其他五节芒的犃犱犺1基因聚为一类。基于犃犱犺1基因序列的系统发育分
析表明,这些疑似杂交种确实为芒与五节芒自然杂交的产物。
3 讨论
本研究验证了疑似杂交种的真实性,证实了芒与五节芒的种间自然杂交现象的存在。这2个物种之所以能
够产生自然杂交,可能的原因主要有如下几个方面:一是芒和五节芒亲缘关系很近,为近缘种,具有相近的遗传基
础,二倍体的染色体数目均为2n=2x=38;二是两者的地理分布上有重叠,在野外种质资源调查中发现,在有五
节芒分布的地区,几乎也都有芒的分布,在部分地区两者甚至混生在一起;三是芒和五节芒均为较严格的自交不
亲和植物,有性生殖以异花授粉为主。据中国植物志记载,芒的开花期通常是8-10月,而五节芒的开花期为
5-6月,两者开花期相差较大。但在研究中发现五节芒的生殖分蘖中下部的节位有时候会发生第2次抽穗开花
的现象,花期刚好与芒的花期相重叠,为两者发生自然杂交提供了花期相遇的可能。为了进一步证实芒与五节芒
的种间杂交现象,湖南农业大学芒属植物研究所开展了人工杂交试验,并成功获得了真实的杂交种,说明芒与五
节芒之间确实具有发生种间杂交的遗传基础。芒属植物不同的种群间存在的这种自然杂交现象,会使得芒属植
531第21卷第3期 草业学报2012年
物种群内和种群间的遗传与进化关系变得更为复杂,这无疑给其经典分类学和系统学研究增加了难度。因此长
期以来,基于形态学鉴定的有关芒属的分类及其亲缘关系研究一直都存在着争议,属下等级的划分也有不同的归
并与拆分结果[1,2]。
图2 基于犃犱犺1基因序列的最大简约树
犉犻犵.2 犕犪狓犻犿狌犿狆犪狉狊犻犿狅狀狔(犕犘)狅犳犃犱犺1犵犲狀犲狊犲狇狌犲狀犮犲
图3 基于犃犱犺1基因序列的邻接树
犉犻犵.3 犖犲犻犵犺犫狅狉犼狅犻狀犻狀犵(犖犑)狅犳犃犱犺1犵犲狀犲狊犲狇狌犲狀犮犲
  本研究发现,采用基于形态学性状的聚类分析并不能有效的将杂交种区分开来,而采用犃犱犺1基因序列聚类
分析则成功将杂交种鉴定出来。导致这2种聚类分析方法出现差异的本质原因在于:自然杂交所产生的杂交种,
往往会与亲本再发生回交,出现所谓的渐渗杂交(introgressivehybridization)现象[17],从而导致1个种群的基因
逐渐渗入到了另1个种群的基因库中。这种种群间的基因渗透,丰富了种群内的遗传背景,增大了种群内的遗传
差异性和表型多样性,为自然选择提供了新的遗传资源,促进了物种的进化。但与此同时,种间的这种基因渗透,
则降低了种群间的遗传差异性,使得种群间的遗传背景和表型性状趋于同化,从而导致这2个种群在进化上表现
出趋近的亲缘关系。但渐渗杂交所带来的遗传物质的改变,在DNA分子水平上都能体现出来,通过基因序列的
测定也都能够直接鉴定出来,包括内含子和外显子序列所发生的变化。从本研究的测序结果可以发现,杂交种
犃犱犺1基因的内含子和外显子碱基序列均发生了改变,外显子碱基序列的变异更为丰富;而能够反映到形态上出
现差别性状,仅仅只是那些由外显子上的显性基因所控制的少数性状,大量的中性突变在形态学上是没有反映
的。因此,基因序列聚类分析与形态性状聚类分析的结果出现差异是常见的,而基因序列聚类分析结果所反映出
的物种变化更本质、更全面、更准确,用它所鉴定出的杂交种也更可靠。
631 ACTAPRATACULTURAESINICA(2012) Vol.21,No.3
参考文献:
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犖犪狋狌狉犪犾犺狔犫狉犻犱犻狕犪狋犻狅狀犫犲狋狑犲犲狀犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊狊犻狀犲狀狊犻狊犪狀犱犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊狉犲狏犲犪犾犲犱
犫狔狆犺狔犾狅犵犲狀犻犮犪狀犪犾狔狊犻狊狌狊犻狀犵犿狅狉狆犺狅犾狅犵犻犮犪犾狋狉犪犻狋狊犪狀犱犃犱犺1狊犲狇狌犲狀犮犲狊
ZHUMingdong1,JIANGJianxiong,XIAOLiang,AIXin,QINJingping,CHENZhiyong,YIZili
(ColegeofBioscience&Biotechnology,MiscanthusResearchInstitute,Hunan
AgriculturalUniversity,Changsha410128,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:Phylogenicanalysesbasedonthemorphologicalcharactersand犃犱犺1genesequenceswerecarriedout
toidentifynaturalhybridizationbetween犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊狊犻狀犲狀狊犻狊and犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊.Oneputativehybrid(AD431)
clusteredtogetherwith犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊samplesandotherputativehybrids(AD623,AD512,AD620,AD619
andAD627)groupedwith犕.狊犻狀犲狀狊犻狊samples.However,twodivergenttypesof犃犱犺1genesequenceswere
observedinalsamplesofputativehybrids,oneofwhichclusteredwith犕.狊犻狀犲狀狊犻狊whiletheotherclustered
with犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊onthe犃犱犺1phylogeny,suggestingthattheyaretruehybridsbetween犕.狊犻狀犲狀狊犻狊and犕.
犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊.Thisstudyprovidesabasisforfurtherresearchongeneticrelationshipbetweenthetwo犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊
species.
犓犲狔狑狅狉犱狊:犕犻狊犮犪狀狋犺狌狊狊犻狀犲狀狊犻狊;犕.犳犾狅狉犻犱狌犾狌狊;morphologicalcharacter;犃犱犺1gene;naturalhybridization
731第21卷第3期 草业学报2012年