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Genetic structure and variation in different geographical populations of Houttuynia cordata

鱼腥草不同地理群体遗传结构与变异的研究



全 文 :书鱼腥草不同地理群体遗传结构与变异的研究
钟军1,3,王坤2,仇萍3,曾维军3,熊兴耀4
(1.湖南农业大学农学院,湖南 长沙410128;2.湖南农业大学生命科学与技术学院,湖南 长沙410128;3.湖南正清制药集团
股份有限公司,湖南 怀化418000;4.湖南农业大学园林园艺学院,湖南 长沙410128)
摘要:采用SRAP分子标记技术对湖南省怀化地区16个野生鱼腥草群体的遗传特征进行了分析。结果表明,16个
鱼腥草群体的多态位点比例(PPB)为53.66%~85.35%,Nei基因多样性指数(h)为0.07~0.23,Shannon表型信
息指数(I)为0.10~0.34,说明在鱼腥草群体水平上有相对较高的遗传变异;群体间的基因分化系数(Gst)为0.51,
表明大部分的遗传变异均存在于群体间,同时群体内具有一定频率的基因流(Nm=0.326)。UPGMA聚类分析表
明,16个群体在遗传距离为0.5处分为五大类群,并且有一定的地缘关系。相关性分析表明,虽然16个鱼腥草群
体的遗传结构与生境因子相关均不显著,但基因分化系数(Gst)和基因流(Nm)随海拔的增加有上升而随着纬度和
经度的增加有下降的趋势。
关键词:鱼腥草;地理群体;遗传多样性;遗传结构
中图分类号:S543.03;Q948.2  文献标识码:A  文章编号:10045759(2011)02022707
  遗传多样性反映了一个物种适应环境的能力和对环境变迁持续进化的潜力,而遗传结构的空间分布也反映
了生态适应进化、环境变迁与自然选择的效应[1];而物种的进化潜力和抵御不良环境的能力、生态系统的恢复力
和稳定性都取决于遗传多样性的大小[2]。随着分子生物学的发展,物种遗传多样性和进化的研究已经深入到了
分子水平。SRAP(相关序列扩增多态性,sequencerelatedamplifiedpolymorphism)分子标记是通过独特的双引
物设计对基因ORFs(openreadingframes)的特定区域进行扩增,其中上游引物长17bp,对富含CCGG的外显子
区域进行特异扩增;下游引物长18bp,对富含AATT的内含子区域、启动子区域进行特异扩增;该标记具有简
便、高效、产率高、高共显性、重复性好等特点[3]。
鱼腥草(犎狅狌狋狋狌狔狀犻犪犮狅狉犱犪狋犪)属三白草科蕺菜属,是多年生宿根性草本植物。原产我国,主要分布于我国中
部、东南及西南部各省区,常生于海拔300~2600m的山坡潮湿林下、路旁、田埂及沟边。鱼腥草主要以嫩茎叶
和地下茎供作蔬菜食用,全株可鲜用或晒干入药,已经被国家卫生部正式确定为“既是药品,又是食品”的极具开
发潜力的资源之一,日益受到人们的关注。然而,随着对鱼腥草需求的增大,野生鱼腥草被大量采挖,资源破坏严
重,鱼腥草产量逐年下降;而且随着人们对资源的掠夺和对生境的破坏,野生鱼腥草群体数目和群体规模在不断
变小,生境也逐渐片断化,物种基因库迅速萎缩,遗传多样性下降[4]。因此,本研究旨在利用SRAP分子标记来
分析鱼腥草自然群体的遗传多样性,以便了解其遗传学基础,并根据其遗传多样性和群体遗传结构特点探究不同
鱼腥草群体的地理变异。
1 材料与方法
1.1 供试材料与环境因子
材料于2009年8月分别采自湖南省怀化地区的9个县,采样以群体方式进行,共16个(图1),每个群体随机
采集20~30株不同个体,个体之间大约保持间隔0.5m,以尽量保证包含不同的基因型。
用GPS定位系统记载鱼腥草各个群体生长的经度、纬度及海拔等生境因子(表1)。
1.2 研究方法
1.2.1 DNA提取 采用改良的CTAB(溴化十二烷基三甲基铵)法[5]。提取的DNA用0.8%琼脂糖凝胶电泳
检测质量,紫外分光光度计测定浓度,然后用超纯水稀释至20ng/μL,于-20℃冰箱保存备用。
第20卷 第2期
Vol.20,No.2
草 业 学 报
ACTAPRATACULTURAESINICA   
227-233
2011年4月
 收稿日期:20100310;改回日期:20100507
基金项目:湖南省科技计划基金(2010KJ008),湖南省教育厅基金(2010JY111)和湖南农业大学人才引进基金(2003YJ007)资助。
作者简介:钟军(1973),女,湖南沅江人,副教授,博士。
通讯作者。Email:xiongxingyao@yahoo.cn
1.2.2 SRAP-PCR扩增 正向引物(17个)和反向
图1 鱼腥草的分布区和样品采集点
犉犻犵.1 犇犻狊狋狉犻犫狌狋犻狅狀犪狉犲犪狅犳犎.犮狅狉犱犪狋犪
犪狀犱狊犪犿狆犾犻狀犵狆犾犪犮犲狊
引物(20个)共340对(表2)[6],由北京鹏程生物科技
有限公司合成。
PCR扩增体系为10μL,含0.2mmol/LdNTP、
20ng模板DNA、30ng/μL引物、0.5UTaq聚合酶
和2mmol/LMgCl2。在PTC100型PCR仪上进行
扩增,于94℃预变性5min,94℃变性1min,53℃退火
40s,72℃延伸1min,共35个循环,72℃延伸10min。
电泳分析采用8%聚丙烯酰胺变性凝胶,在Bio
Rad凝胶测序系统上对PCR扩增产物进行电泳,电泳
缓冲液为1×TBE,电泳时先在200V电压下预电泳
30min,上样后用150V的电压电泳1.5h至溴酚兰
到胶板的底部停止电泳,凝胶经10%的醋酸固定、水
洗、银染、显影等程序,获得扩增条带。
表1 16个鱼腥草群体及其生境因子
犜犪犫犾犲1 犜犺犲狆狅狆狌犾犪狋犻狅狀狊犪狀犱犻狋狊犲狀狏犻狉狅狀犿犲狀狋犪犾犳犪犮狋狅狉狊狅犳16犎.犮狅狉犱犪狋犪
群体
Population
采集地
Locality
海拔
Altitude
(m)
北纬
Latitude

东经
Longitude

群体
Population
采集地
Locality
海拔
Altitude
(m)
北纬
Latitude

东经
Longitude

XHY 新晃鱼市Xinhuangyucity 389 27°18′ 109°03′ MY 麻阳 Mayang 367 27°46′ 109°51′
XHB 新晃波洲Xinhuangbozhou 306 27°23′ 109°17′ CX 晨溪Chenxi 215 27°58′ 110°10′
ZJ 芷江机场Zhijiangairport 291 27°26′ 109°42′ HYSL 黄岩水垅 Huangyanshuilong 283 27°30′ 110°01′
HT 会同马鞍 Huitongmaan 243 27°05′ 109°03′ HYPP 黄岩趴坡 Huangyanpapo 461 27°58′ 110°02′
HJWT 洪江王塘 Hongjiangwangtang 277 27°12′ 109°03′ HYBS 黄岩半山 Huangyanbanshan 738 27°28′ 110°02′
HJLW 洪江罗翁 Hongjiangluoweng 396 27°10′ 109°03′ HYTY 黄岩团坳 Huangyantuanyao 906 27°27′ 110°02′
HJJGJ 洪江鸡公界 Hongjiangjigongjie 443 27°20′ 109°03′ XPTP 溆浦铁坡Xuputiepo 582 27°27′ 110°23′
ZF 中方Zhongfang 376 27°22′ 109°03′ XPLZW 溆浦龙庄湾Xupulongzhuangwan1213 27°28′ 110°38′
表2 试验中采用的犛犚犃犘引物
犜犪犫犾犲2 犛犚犃犘狆狉犻犿犲狉狊狌狊犲犱犻狀狋犺犲犲狓狆犲狉犻犿犲狀狋
正向引物序列
Forwardprimersequence
正向引物序列
Forwardprimersequence
反向引物序列
Reverseprimersequence
反向引物序列
Reverseprimersequence
F1:TGAGTCCAAACCGGATA F11:TGAGTCCAAACCGGAAC R1:GACTGCGTACGAATTAAT R11:GACTGCGTACGAATTCTA
F2:TGAGTCCAAACCGGAGC F12:TGAGTCCAAACCGGAGA R2:GACTGCGTACGAATTTGC R12:GACTGCGTACGAATTCTC
F3:TGAGTCCAAACCGGAAT F13:TGAGTCCAAACCGGAAG R3:GACTGCGTACGAATTGAC R13:GACTGCGTACGAATTCTG
F4:TGAGTCCAAACCGGACC F14:TGAGTCCTTTCCGGTAA R4:GACTGCGTACGAATTTGA R14:GACTGCGTACGAATTCTT
F5:TGAGTCCAAACCGGAAG F15:TGAGTCCTTTCCGGTCC R5:GACTGCGTACGAATTAAC R15:GACTGCGTACGAATTGAT
F6:TGAGTCCAAACCGGACA F16:TGAGTCCTTTCCGGTGC R6:GACTGCGTACGAATTGCA R16:GACTGCGTACGAATTGTC
F7:TGAGTCCAAACCGGACG F17:TAAACAATGGCTACTCAAG R7:GACTGCGTACGAATTCAA R17:CCAAAACCTAAAACCAGGA
F8:TGAGTCCAAACCGGACT R8:GACTGCGTACGAATTCAC R18:CACAAGTCGCTGAGAAGG
F9:TGAGTCCAAACCGGAGG R9:GACTGCGTACGAATTCAG R19:GGCTTGAACGAGTGACTGA
F10:TGAGTCCAAACCGGAAA R10:GACTGCGTACGAATTCAT R20:TTCTTCTTCCTGGACACAAA
822 ACTAPRATACULTURAESINICA(2011) Vol.20,No.2
1.3 数据分析
每对SRAP引物检测1个位点,视每条多态性带为1个等位基因,有带时赋值为“1”,无带时赋值为“0”。采
用多态位点百分率(PPB)、Nei基因多样性指数(h)、Shannon表型信息指数(I)、群体每代迁移数(Nm)、遗传分化
系数(Gst)和Nei’s遗传距离等参数对鱼腥草遗传多样性和遗传结构进行度量[7],具体计算如下:
多态位点百分率(PPB):(犽/狀)×100% ,其中,犽为多态位点数;狀为位点总数;
Nei基因多样性指数(h):1-∑狆犻2,其中,狆犻为群体中第犻个等位基因的频率;
Shannon表型信息指数(I):1-∑犉犻,其中,犉犻为扩增片段的长度;
遗传分化系数(Gst):(犎犜-犎犛)/犎犜;其中,犎犜 为群体总基因遗传多样性;犎犛 为群体内基因多样性。
基因流(Nm):(1-犌狊狋)/2犌狊狋;其中,犖 代表有效群体大小;犿代表群体每带迁移率。
Nei遗传距离(D):1-2犖犪犫/(犖犪+犖犫);其中,犖犪犫为2群体共有条带数,犖犪、犖犫 分别为2群体特有条带数。
鱼腥草遗传多样性与生境因子之间关系的分析,采用DPS和EXCEL软件完成。
2 结果与分析
2.1 群体内的遗传多样性
从340对引物组合中筛选出118对扩增条带清晰、重复性好的引物组合进行PCR扩增,共扩增出7582个
条带,其中多态性条带6590个,多态率为86.91%(图2)。
在16个鱼腥草群体中,PPB从大到小依次为 HYBS群体、XPTP群体、XHY群体、HYTY群体、HYPP群
体、ZJ群体、XPLZW群体、XHB群体、HYSL群体、HJWT群体、HJJGJ群体、HT群体、MY群体、HJLW 群体、
ZF群体;最小的为CX群体。PPB的平均值为67.33%,而在群体水平为86.91%(图3)。
HJLW 群体的h最高,HYPP和HYPP群体的最低;在群体水平的h为0.26,群体内平均h为0.14。
图2 不同犛犚犃犘引物对16个不同群体的扩增图谱
犉犻犵.2 犜犺犲犪犿狆犾犻犳犻犮犪狋犻狅狀犪狋犾犪狊狅犳狋犺犲犱犻犳犳犲狉犲狀狋犛犚犃犘狆狉犻犿犲狊狋狅狋犺犲16犎.犮狅狉犱犪狋犪狆狅狆狌犾犪狋犻狅狀狊
1~16为群体号,M为标准分子量1-16werethenumbersofpopulation,MwastheDNAmarker
  I值由高到低依次为 HJLW 群体、XPLZW 和 HJWT群体、XPTP群体、MY群体、HYTY群体、HYBS和
HJJGJ群体、HYPP群体、XH群体和ZF群体、CX群体、ZJ群体、HYSL群体、HT群体和XHB群体;鱼腥草群
体水平的I值为0.37,群体内I值平均为0.17。
2.2 鱼腥草群体间的遗传分化
鱼腥草群体的遗传分化和基因流表明(图4):Gst最高值为0.56(HYTY群体),最低值为0.27(HYPP群
体),平均遗传分化系数为0.46,群体间的遗传分化系数为0.51,这不仅说明鱼腥草群体间存在显著的遗传分化,
而且群体间的遗传变异大于群体内的遗传变异。除了 HYPP群体的Nm值大于1(1.31),其他群体的Nm值都
小于1,说明群体间的基因交换频率较小。
922第20卷第2期 草业学报2011年
图3 鱼腥草群体犛犚犃犘分子标记的遗传多样性
犉犻犵.3 犌犲狀犲狋犻犮犱犻狏犲狉狊犻狋狔犻狀犱犻犮犲狊狅犳犎.犮狅狉犱犪狋犪狆狅狆狌犾犪狋犻狅狀狊犫狔犛犚犃犘
图4 鱼腥草群体间遗传分化
犉犻犵.4 犌犲狀犲狋犻犮犱犻狏犲狉狊犻狋狔犪犿狅狀犵犎.犮狅狉犱犪狋犪狆狅狆狌犾犪狋犻狅狀狊
2.3 聚类分析
图5 鱼腥草群体的聚类图
犉犻犵.5 犇犲狀犱狉狅犵狉犪犿狅犳狋犺犲16犎.犮狅狉犱犪狋犪狆狅狆狌犾犪狋犻狅狀狊
在群体水平,群体的遗传相似系数为0.201~
0.623(平均为0.329),遗传距离为0.377~0.799
(平均为0.671),说明群体间的相似程度较小,遗传
距离较大。其中,HJWT群体与 HJLW 群体之间
的相似性最高,遗传距离最小,而 XHY 群体与
XPLZW群体之间的遗传距离最大。
UPGMA聚类分析(图5)表明,16个群体在D
=0.5处被聚为5类,并且有一定的地缘关系:第1
类包括来自怀化地区北边的 MY及CX两个群体;
第2类包括来自怀化地区西南边的XHY和XHB
两个群体;第3类包括来自怀化地区中南部的ZJ、
HT、HJWT、HJLW、HJJGJ及ZF六个群体;第4
类包括来自怀地区中部的 HYSL、HYPP、HYBS、
HYTY四个群体;第5类包括来自怀化市东南边的
XPTP和XPLZW两个群体。
032 ACTAPRATACULTURAESINICA(2011) Vol.20,No.2
2.4 遗传多样性与生境因子的关系
鱼腥草具有生长的空间拓展性,与其他植物相比具有较强的适应恶劣环境的能力和生存竞争能力。为进一
步了解鱼腥草群体的生态适应性,本试验对群体的遗传多样性和遗传结构与采集地的海拔、经度和纬度生境因子
进行了相关性分析。结果表明,虽然群体的Gst值和Nm值与生境因子相关不显著,但Gst值和Nm值随海拔的
升高而增加(图6A和B,犚2=0.10和0.125,犘>0.05)。此外,鱼腥草的Gst值和Nm值都随纬度和经度的增加
而降低(图6C,D,E和F,犚2=0.229、犚2=0.191、犚2=0.016和犚2=0.005,犘>0.05)。
图6 鱼腥草遗传多样性与海拔、纬度、经度的关系
犉犻犵.6 犆狅狉狉犲犾犪狋犻狅狀犫犲狋狑犲犲狀犵犲狀犲狋犻犮犱犻狏犲狉狊犻狋狔狅犳犎.犮狅狉犱犪狋犪犪狀犱犪犾狋犻狋狌犱犲、犾狅狀犵犻狋狌犱犲犪狀犱犾犪狋犻狋狌犱犲狅犳犻狋狊犺犪犫犻狋犪狋
 A为遗传分化与海拔的关系;B为基因流与海拔的关系;C为遗传分化与纬度的关系;D为基因流与纬度的关系;E为遗传分化与经度的关系;F为
基因流与经度的关系Aiscorrelationbetweengeneticdiversityandelevationaltitude;Biscorrelationbetweengeneflowandaltitude;Ciscorrelation
betweengeneticdiversityandlatitude;Discorrelationbetweengeneflowandlatitude;Eiscorrelationbetweengeneticdiversityandlongitude;Fis
correlationbetweengeneflowandlongitude
132第20卷第2期 草业学报2011年
3 讨论
3.1 鱼腥草群体的遗传结构
16个鱼腥草群体的多态位点比例(PPB)为53.66%~85.35%,比SRAP标记对玉米(犣犲犪犿犪狔狊)[8]、油菜
(犅狉犪狊狊犻犮犪狀犪狆狌狊)[9]及黄芪(犃狊狋狉犪犵犪犾狌狊犪犱狊狌狉犵犲狀狊)[10]等植物的多态位点数多,表明本试验SRAP引物的高效
性。Pappert[11]认为有2种可能性可使植物群体有较高的遗传多样性:一是现有群体可能由多个不同来源的个
体所建立;二是一些群体可能是由少数奠基者个体所建立,但在植物群体发育的阶段中,由于花粉流、幼苗更新等
可以引入额外的基因多样性,从而导致群体具有较高的遗传多样性。本试验结果表明群体间的基因流Nm都小
于1,表明群体间的基因交流较少,因此,群体间存在较高的遗传分化(Gst=0.462)。
野生植物常具有快速进化的能力,如通过遗传漂变、建立者群体的快速进化,野生植物生长地群体的种内或
种间杂交可能产生新的基因型以适应新环境等等,而且野生植物的遗传变异常大部分存在于群体间,小部分存在
于群体内,这可能是由于自然选择、遗传漂变、迁移和突变[12]。本试验结果表明鱼腥草群体遗传多样性主要存在
于群体间(51%),与此结论一致。
3.2 鱼腥草群体的分化原因
统计学检验表明,在群体水平上影响遗传变异大小的因素依次为:繁育系统>分布范围>生活型>分类地
位>种子散播机制[13]。繁育系统是影响群体遗传结构的最重要的因素之一[1416]。一般来说,远交、晚期演替的
物种拥有较高的群体遗传多样性水平,而自交和混交物种的总体遗传变异水平低于异交物种。鱼腥草兼有有性
生殖与无性生殖,鱼腥草遗传结构的形成可能与其生活史特性有关。鱼腥草营养体的茎节处可以生根,伸入土壤
吸取养分,进行营养繁殖,一旦定居下来,植株在几个月内能够覆盖大片面积;鱼腥草又能进行有性生殖,种子小
且轻,成熟后可随风漂散。但鱼腥草属于自交还是异交有待于进一步的研究。
有学者认为群体间的地理分布和遗传多样性分布没有直接的相关性[17,18]。本试验相关性分析表明,群体的
Gst值和Nm值与地理分布没有显著的相关性,但群体间的分化较大。这一方面表明海拔、纬度和经度等的变化
还不足以影响鱼腥草的遗传多样性水平,另一方面也说明鱼腥草基因型的地域性分布强,即鱼腥草分布在不同的
海拔、纬度和经度条件下,经过长期的自然选择,其在分布上有着广泛的生态适应性。
此外,关于生境对植物遗传多样性的影响存在不同的看法。第一种观点认为生境尤其是逆境能增大遗传分
化,增加遗传多样性。虽然逆境是植物生长的限制因子,但经过长期的适应性进化,逆境环境下的植物形成了一
整套抗逆境机制和丰富的抗逆境基因以及与环境相适应的遗传结构[19],从而增大了群体内的遗传亚分化。另一
种观点则认为并未发现生境异质性与遗传多样性的相关性[20]。本试验也表明,在鱼腥草各群体中,并不存在明
显的生境异质性,然而,鱼腥草群体间存在有少量的基因流,并且有性繁殖在群体更新中起重要作用。因此,有限
的基因流和有性繁殖可能在群体内遗传多样性维持中起着较为重要的作用。
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犌犲狀犲狋犻犮狊狋狉狌犮狋狌狉犲犪狀犱狏犪狉犻犪狋犻狅狀犻狀犱犻犳犳犲狉犲狀狋犵犲狅犵狉犪狆犺犻犮犪犾狆狅狆狌犾犪狋犻狅狀狊狅犳犎狅狌狋狋狌狔狀犻犪犮狅狉犱犪狋犪
ZHONGJun1,3,WANGKun2,QIUPing3,ZENGWeijun3,XiongXingyao4
(1.ColegeofAgriculture,HunanAgriculturalUniversity,Changsha410128,China;2.Colegeof
Bioscienceandtechnology,HunanAgriculturalUniversity,Changsha410128,China;3.Hunan
ZhengqingPharmaceuticalCo.LTD,Huaihua418000,China;4.ColegeofHorticulture
andGardening,HunanAgriculturalUniversity,Changsha410128,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:Thegeneticdiversityandgeneticstructureof犎狅狌狋狋狌狔狀犻犪犮狅狉犱犪狋犪populationsinHuaihuawereana
lyzedbySRAP(sequencerelatedamplifiedpolymorphism).Thepercentagesofpolymorphy(PPB)ofthesix
teenpopulationsvariedfrom53.66%to85.35%andtheaverageheterozygositiesrangedfrom0.07to0.23,
TheShannonindexofthetotalpopulationwas0.10-0.34,whichsuggestedrelativelyhighgeneticvariability
in犎.犮狅狉犱犪狋犪.Thegeneticdifferentiationcoefficient(Gst)was0.51soitisproposedthatmostofthegenetic
variationoccurredbetweenpopulationswithacertainfrequencyofgeneflowwithinpopulations(Nm=0.326).
AclusteranalysisbasedontheUPGMAmethodgroupedthemajorityofthe16populationsatD=0.5intofive
mainclustersthatcorrespondedtotheirgeographicregions.Theresultssuggestedtherewasalackofsignifi
cantassociationbetweengeneticdiversityandenvironmentalfactorsamongthe16犎.犮狅狉犱犪狋犪populations,al
thoughGstandNmwereenhancedathigheraltitudes,whereweredecliningalongwithraisinglatitudeandlon
gitude.
犓犲狔狑狅狉犱狊:犎狅狌狋狋狌狔狀犻犪犮狅狉犱犪狋犪;geographicalpopulations;geneticdiversity;geneticstructure
332第20卷第2期 草业学报2011年