全 文 ： Ｇｕｉｈａｉａ Ａｐｒ. ２０１６ꎬ ３６(４):４６２－４７０
ｈｔｔｐ: / / ｊｏｕｒｎａｌ.ｇｘｚｗ.ｇｘｉｂ.ｃｎ
ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ.ｇｕｉｈａｉａ－ｊｏｕｒｎａｌ.ｃｏｍ
ＤＯＩ: １０.１１９３１ / ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０１４０８０１６
王俊生ꎬ胡利宗ꎬ刘红占ꎬ等. 番茄中 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２同源基因的挖掘与鉴定[Ｊ]. 广西植物ꎬ ２０１６ꎬ ３６(４):４６２－４７０
ＷＡＮＧ ＪＳꎬＨＵ ＬＺꎬＬＩＵ ＨＺꎬｅｔ ａｌ. Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｇｅｎｅ ｔｏ Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ ｉｎ ｔｏｍａｔｏ (Ｓｏｌａｎｕｍ ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ) [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ２０１６ꎬ ３６(４):
４６２－４７０
番茄中 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２同源基因的挖掘与鉴定
王俊生ꎬ 胡利宗ꎬ 刘红占ꎬ 王永立ꎬ 陈 龙
( 周口师范学院 生命科学与农学学院ꎬ 河南 周口 ４６６００１ )
摘 要: 番茄晚疫病是番茄生产中的主要病害之一ꎬ经常会造成较大的经济损失ꎮ 晚疫病生理小种的变异和
进化常会导致番茄品种原有的遗传抗性丧失ꎬ因此不断挖掘新的抗性基因ꎬ改良番茄晚疫病抗性是番茄抗病
育种的长期任务ꎮ 该研究采用 ＢＬＡＳＴ同源比对的方法ꎬ以马铃薯野生近缘种的晚疫病抗性蛋白序列 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２
为种子序列ꎬ在 ＮＣＢＩ蛋白质序列数据库中检索得到 １１ 条番茄蛋白质序列ꎬ这些序列与种子序列相似性为
７８％~８３％ꎬ属于番茄疾病抗性蛋白家族ꎬ并对该家族成员进行了基因结构、基因定位、序列保守结构域和进化
关系等分析ꎮ 结果表明:该家族中 １０条序列分布在第Ⅵ条染色体上ꎬ１条分布在第Ⅴ染色体上ꎻ６号染色体上
的 １０序列呈现 ２个抗病基因簇分布ꎬ在染色体上分别占据 ２个和 ３个基因位点ꎻ１０条同源蛋白是 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２的
共同垂直同源蛋白ꎬ但不具有平行同源关系ꎬ大多数成员定位于细胞质ꎮ 按照蛋白质保守结构域和基因定位
的不同可分为三类ꎬ第一类共 ４条系列ꎬ包含有 ＤＵＦ３５４２和 ＮＢ￣ＡＲＣ两个保守结构域特征序列ꎻ第二类共 ６条
序列ꎬ与马铃薯 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白一样ꎬ仅包含 ＮＢ￣ＡＲＣ保守结构域特征序列ꎬ在这 ２类蛋白序列的 ＮＢ￣ＡＲＣ结构
域均位于序列中部ꎻ第三类(仅包含 ＸＰ＿００４２３９４０６.１)虽然也具有与第一类蛋白相似的 ＤＵＦ３５４２ 和 ＮＢ￣ＡＲＣ
结构域ꎬ但在结构域两端的非保守区序列较短ꎬ且位于 ５号染色体上ꎬ因此将其单独归为 １类ꎮ 前两类蛋白成
员相应的基因具有 １~２个内含子ꎬ第 ３类蛋白不含内含子ꎮ 该研究结果为利用生物技术选育番茄抗性品种提
供了理论基础ꎮ
关键词: 番茄ꎬ 晚疫病ꎬ 基因ꎬ 垂直同源ꎬ 进化分析
中图分类号: Ｑ９４３.２ꎬＳ６４１.２ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０１６)０４￣０４６２￣０９
Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｇｅｎｅ ｔｏ
Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ ｉｎ ｔｏｍａｔｏ (Ｓｏｌａｎｕｍ ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ)
ＷＡＮＧ Ｊｕｎ￣Ｓｈｅｎｇꎬ ＨＵ Ｌｉ￣Ｚｏｎｇꎬ ＬＩＵ Ｈｏｎｇ￣Ｚｈａｎꎬ ＷＡＮＧ Ｙｏｎｇ￣Ｌｉꎬ ＣＨＥＮ Ｌｏｎｇ
( Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ａｎｄ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅꎬ Ｚｈｏｕｋｏｕ Ｎｏｒｍａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｚｈｏｕｋｏｕ ４６６００１ꎬ Ｃｈｉｎａ )
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ ｉｓ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｄｅｓｔｒｕｃｔｉｖｅ ｄｉｓｅａｓｅ ｉｎ ｔｏｍａｔｏ (Ｓｏｌａｎｕｍ ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ) ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ ｗｏｒｌｄｗｉｄｅ ａｎｄ ｗｉｌｌ
ｒｅｓｕｌｔ ｉｎ ｌａｒｇｅ ｅｃｏｎｏｍｉｃ ｌｏｓｓｅｓ. Ａｓ ｔｈｅ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ａｎｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｏｒｉｇｉｎａｌ ｒａｃｅｓꎬ ｍｉｎｉｎｇ ｎｅｗ ｒｅｓｉｓｉｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ａｎｄ ｉｍｐｒｏ￣
ｖｉｎｇ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ ｉｓ ａ ｍａｊｏｒ ｉｓｓｕｅ ｉｎ ｂｒｅｅｄｉｎｇ ｎｅｗ ｖａｒｉｅｔｉｅｓ ｏｆ ｔｏｍａｔｏ ꎬ ｂｅｃａｕｓｅ ｏｆ ｔｈｅ ｎｅｗ ｒａｃｅｓ
ｗｉｌｌ ｏｖｅｒｃｏｍｅ ｔｈｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ￣ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｆｒｏｍ ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ ｖａｒｉｅｔｉｅｓ. Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ꎬ ａ ｐｏｔａｔｏ ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ
ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ａｓ ｓｅｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅꎬ ｈａｓ １１ ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｆｒｏｍ ｔｏｍａｔｏ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｄａｔａｂａｎｋ ｉｎ ＮＣＢＩ ａｎｄ
ｈａｓ ａ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｔｏ ｓｅｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒａｎｇｅ ｆｒｏｍ ７８％－８３％. Ｔｈｅ ａｂｏｖｅ ｄａｔａ ｗｅｒｅ ｏｂｔａｉｎｅｄ ｂｙ ｂｌａｓｔ￣ｐｒｏｔｅｉｎ ｗａｙ ｉｎ ｔｈｉｓ
ｓｔｕｄｙ. Ｔｈｅｎ ｔｈｅ ｇｅｎｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅꎬ ｇｅｎｅ ｌｏｃａｔｉｏｎꎬ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｄｏｍａｉｎ ｆｅａｔｕｒｅ ｏｆ １１ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓꎬ ａｎｄ ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｓｅ￣
收稿日期: ２０１４￣１１￣１２ 修回日期: ２０１５￣０４￣０３
基金项目: 河南省科技厅基础与前沿技术研究项目 (１２２３００４１０１２７)ꎻ 河南省教育厅项目 (１４Ｂ２１００２２) [Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ ｂｙ ｔｈｅ Ｂａｓｉｃ ａｎｄ Ｆｏｒｅｆｒｏｎｔ
Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｆｒｏｍ Ｈｅｎａｎ Ｏｆｆｉｃｅ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ (１２２３００４１０１２７)ꎻ ｔｈｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ ｏｆ Ｈｅｎａｎ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｏｆｆｉｃｅ (１４Ｂ２１００２２)]ꎮ
作者简介: 王俊生(１９７０￣)ꎬ男ꎬ陕西蒲城人ꎬ博士ꎬ副教授ꎬ主要从事生物信息教学与植物分子育种ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｗｊｓ００９９＠ １６３.ｃｏｍꎮ
ｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ ｂｅｌｏｎｇ ｔｏ ｄｉｓｅａｓｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｕｐ￣ｆａｍｉｌｙ ｏｆ ｔｏｍａｔｏ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ ｗｅｒｅ ｒｅ￣
ｖｅａｌｅｄ ａｎｄ ｄｉｓｃｕｓｓｅｄ. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ｔｅｎ ｏｆ ｅｌｅｖｅｎ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ｉｎ ｔｈｅ ｓｉｘｔｈ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅꎬ ｏｎｅ ｔｈｅ ｆｉｆｔｈ ｃｈｒｏｍｏ￣
ｓｏｍｅꎻ ｔｅｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ｔｈｅ ｓｉｘｔｈ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｓｈｏｗｅｄ ｔｗｏ ｇｅｎｅ ｃｌｕｓｔｅｒｓꎬ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｔｗｏ ａｎｄ ｔｈｒｅｅ ｇｅｎｅ ｌｏｃｕｓ ｉｎ
ｔｈｅ ｓｉｘｔｈ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅꎬ ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ. Ｔｈｅｙ ｗｅｒｅ ｃｏ￣ｏｒｔｈｏｌｏｇｏｕｓ ｆｏｒ Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ ｐｒｏｔｅｉｎꎬ ｂｕｔ ｎｏｔ ｐａｒａｌｏｇｏｕｓ ｅａｃｈ ｏｔｈｅｒꎬ ｔｈｅ
ｍｏｓｔ ｏｆ ｔｈｅｍ ｌｏｃａｔｅｄ ｉｎ ｃｙｔｏｐｌａｓｍ. Ａｃｃｏｒｄｉｎｇ ｔｏ ｔｈｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ ｉｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｄｏｍａｉｎ ａｎｄ ｇｅｎｅ ｌｏｃａｔｉｏｎꎬ ｔｈｅｙ ｗｅｒｅ ｄｉｖｉｄｅｄ
ｉｎｔｏ ｔｈｒｅｅ ｃａｔｅｇｏｒｉｅｓ. Ｔｈｅ ｆｉｒｓｔ ｃａｔｅｇｏｒｙꎬ ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ ｆｏｕｒ ｍｅｍｂｅｒｓꎬ ｃｏｎｔａｉｎｓ ＤＵＦ３５４２ ａｎｄ ＮＢ￣ＡＲＣ ｃｏｎｓｅｒ ｄｏｍａｉｎꎻ Ｔｈｅ
ｓｅｃｏｎｄ ｃａｔｅｇｏｒｙꎬ ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ ｓｉｘ ｍｅｍｂｅｒｓꎬ ｌｉｋｅ ｐｏｔａｔｏｅｓ Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ ｐｒｏｔｅｉｎꎬ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｏｎｌｙ ＮＢ￣ＡＲＣ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｄｏｍａｉｎꎬ ｔｈｅ
ＮＢ￣ＡＲＣ ｄｏｍａｉｎ ｉｓ ｌｏｃａｔｅｄ ｉｎ ｔｈｅ ｍｉｄｄｌｅ ｏｆ ｔｈｅｓｅ ｔｗｏ ｋｉｎｄｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓꎻ Ｔｈｅ ｔｈｉｒｄ ｃａｔｅｇｏｒｙ (ｏｎｌｙ ｃｏｎｔａｉｎｓ ＸＰ＿
００４２３９４０６. １) ａｌｓｏ ｈａｓ ＤＵＦ３５４２ ａｎｄ ＮＢ￣ＡＲＣ ｄｏｍａｉｎ ａｎｄ ｌｏｃａｔｅｄ ｏｎ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ５ꎬ ｂｕｔ ｔｈｅ ｎｏｎ￣ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ
ａｔ ｔｈｅ ｅｎｄｓ ｏｆ ｔｈｅ ｄｏｍａｉｎ ｉｓ ｓｈｏｒｔｅｒ. Ｔｈｅ ｍｅｍｂｅｒｓ ｏｆ ｔｈｅ ｆｉｒｓｔ ｔｗｏ ｃａｔｅｇｏｒｉｅｓ ｈａｖｅ ｏｎｅ ｏｒ ｔｗｏ ｉｎｔｒｏｎｓ ｉｎ ｇｅｎｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅꎬ ｔｈｅ
ｔｈｉｒｄ ｃａｔｅｇｏｒｙ ｄｏｅｓ ｎｏｔ ｃｏｎｔａｉｎ ｉｎｔｒｏｎｓ. Ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｐｒｏｖｉｄｅｓ ｔｈｅｏｒｙ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ｂｒｅｅｄｉｎｇ ｔｏｍａｔｏ ｄｉｓｅａｓｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｃｕｌｔｉｖａｒ ｂｙ
ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｉｏｌｏｇｙ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ.
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ: ｔｏｍａｔｏ (Ｓｏｌａｎｕｍ ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ)ꎬ ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔꎬ ｇｅｎｅꎬ ｏｒｔｈｏｌｏｇｏｕｓꎬ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ
番茄(Ｓｏｌａｎｕｍ ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ)是在世界范围内广
泛种植的主要蔬菜之一ꎬ被各国人民所喜爱ꎮ 番茄
晚疫病(Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ ｉｎｆｅｓｔａｎｓ)是番茄生产中的主
要病害之一ꎬ可导致植株茎叶死亡和果实变褐甚至
腐烂ꎬ每年在番茄主产区均造成较大的经济损失
(Ｋａｍｏｕｎ ꎬ２００１ )ꎬ已成为番茄生产的主要障碍之
一ꎮ 由于病源生理小种的不断变异ꎬ导致生产上番
茄品种的抗性逐渐丧失ꎬ加重了晚疫病病害的发生
(赵统敏等ꎬ２００６)ꎮ 利用抗菌剂类药物进行防治不
仅会造成环境污染ꎬ还会使病原菌产生抗耐药性ꎬ促
进生理小种变异(Ｄａａｙｆ ＆ Ｐｌａｔｔꎬ ２０１２)ꎬ不利于晚疫
病的控制ꎬ而选育抗性品种不仅可以从根本上克服
番茄晚疫病的发生ꎬ而且经济有效ꎮ 鉴定和克隆晚
疫病抗性基因是选育抗性品种的基础ꎬ尤其一些广
谱主效基因在育种上的应用会产生较好的效果ꎮ 近
年来ꎬ在番茄抗晚疫病基因克隆方面取得了较好的
进展ꎬ如 Ｃｈｕｎｗｏｎｇｓｅ ｅｔ ａｌ ( ２００２ )、 Ｍｏｒｅａｕ ｅｔ ａｌ
(１９９８)、Ｂｒｏｕｗｅｒ ｅｔ ａｌ(２００４)和 Ｋｏｌｅ ｅｔ ａｌ(２００６)分
别克隆了抗番茄晚疫病的几个主效基因ꎬ如 Ｐｈ￣１、
Ｐｈ￣２、Ｐｈ￣３和 Ｐｈ￣４ꎬ但随后发现番茄中出现了能克
服以上主效基因的晚疫病菌株(贾芝琪等ꎬ２００９)ꎻ
Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ(２０１３)把野生醋栗番茄中获得的抗性基
因 Ｐｈ￣３转入番茄栽培种中使其获得了广谱晚疫病
菌抗性ꎬ并且对其进行了染色体精细定位ꎮ 然而目
前已有的番茄野生资源中ꎬ尚没有发现更好的其他
抗性基因ꎬ尤其广谱性晚疫病抗性基因ꎮ
从植物野生近缘种中挖掘鉴定抗性基因并导入
栽培物种中ꎬ选育抗性植物品种是常用育种策略之
一ꎮ 近年来ꎬ从马铃薯野生种中克隆鉴定出了 ２０ 多
个抗性基因(周军会ꎬ２００８)ꎮ 其中ꎬＲｐｉ￣ｂｌｂ１ 和 Ｒｐｉ￣
ｂｌｂ２是从马铃薯野生种(Ｓｏｌａｎｕｍ ｂｕｌｂｏｃａｓｔａｎｕｍ)中
分离出的晚疫病广谱抗性基因(Ｖａｎ ｄｅｒ Ｖｏｓｓｅｎ ｅｔ
ａｌꎬ２００３ꎬ２００５)ꎬ并且 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 基因被转入番茄中获
得了抗马铃薯晚疫病菌株的番茄植株 ( Ｖａｎ ｄｅｒ
Ｖｏｓｓｅｎ ｅｔ ａｌꎬ ２００５)ꎬ证明了这种抗性可以在番茄和
马铃薯之间进行转移ꎬ但是否可以抵抗番茄晚疫病
生理小种尚未可知ꎮ 马铃薯和番茄同属茄科植物二
倍体物种ꎬ均具有 １２ 对染色体ꎬ是比较基因组学研
究的理想材料ꎮ 因此ꎬ本研究以野生马铃薯抗病基
因 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２的蛋白序列为种子序列ꎬ基于番茄蛋白
质序列数据库、基因组数据库、遗传图谱和物理图谱
等生物信息资源ꎬ利用生物信息学方法挖掘番茄中
与马铃薯 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２基因同源的抗性蛋白(或基因)家
族ꎬ并对其基因结构信息、定位信息、序列进化关系
等进行了较为全面的分析ꎬ为揭示该家族蛋白质的
结构与功能关系ꎬ并利用相关信息进行番茄抗晚疫
病的分子育种奠定基础ꎮ
１ 材料与方法
１.１ 番茄抗性蛋白家族序列来源
以马铃薯抗晚疫病基因 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２(核酸序列 Ａｃ￣
ｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ ＤＱ１２２１２５.１:７９６７ｂｐ)相应蛋白序列
(Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ为 ＡＡＺ９５００５.１ꎬ１２６７ 个氨基酸)
作为种子序列ꎬ在 ＮＣＢＩ ( ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ. ｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ.
ｇｏｖ / ) 番茄非冗余蛋白质数据库进行 ＢＬＡＳＴ同源搜
索ꎬ蛋白序列相似性设定为≥４０％ꎬ相应的核酸序列
从蛋白质序列检索结果中超链接进入ꎮ
１.２ 蛋白基本信息和基因结构、基因定位信息获取
通过在蛋白比对结果网页中ꎬ获得比对序列之
３６４４期 王俊生等: 番茄中 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２同源基因的挖掘与鉴定
间的相似性和蛋白序列基本信息ꎬ链接目标蛋白序
列ꎬ可以获得其相应的核酸序列信息ꎻ通过相应的
ＧｅｎｅＩＤ 超链接或者利用序列网页中提供的 Ｍａｐ
Ｖｉｅｗｅｒ超链接可以获得相应基因的定位信息和基因
结构信息、基因符号和基因功能描述等ꎻ也可以从相
应的 ｍＲＮＡ序列(ＸＭ００４２４５８７５.１)注释信息中获得
基因定位识别号进行超链接ꎬ从而获得相应基因定
位信息和基因结构信息ꎮ
１.３ 蛋白分子量、等电点和保守结构域分析和亚细
胞定位
利用 ＥｘＰＡＳｙ网站提供的在线 Ｐｒｏｔ￣Ｐａｒａｍ 软件
(ｈｔｔｐ: / / ｗｅｂ.ｅｘｐａｓｙ. ｏｒｇ / ｐｒｏｔｐａｒａｍ / )进行相对分子
质量和理论等电点(ｐＩ)等分析ꎻ利用 ＣＤＤ(ｈｔｔｐ: / /
ｗｗｗ. ｎｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ / Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ / ｃｄｄ / ｗｒｐｓｂ. ｃｇｉ) 在
线软件分析蛋白序列的保守结构域ꎻ利用 Ｐｌａｎｔ￣
ｍＰｌｏｃ 软件 ( ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ. ｃｓｂｉｏ. ｓｊｔｕ. ｅｄｕ. ｃｎ / ｂｉｏｉｎｆ /
ｐｌａｎｔ￣ｍｕｌｔｉ / )进行亚细胞定位预测ꎮ
１.４ 蛋白质序列进化树构建
通 过 Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ Ｄｏｍａｉｎ ( ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ. ｎｃｂｉ.
ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ / Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ / ｃｄｄ / ｗｒｐｓｂ. ｃｇｉ)在线工具ꎬ搜
索蛋白质序列保守域ꎻ在 ＢＬＡＳＴ￣ｐｒｏｔｅｉｎ 结果页ꎬ选
择所有同源目标序列后ꎬ利用 Ｔｒｅｅ Ｖｉｅｗ功能显示比
对序列与同源序列的距离进化树 (采用 Ｎｅｉｇｈｂｏｒ
Ｊｏｉｎｉｎｇ法ꎬｋｉｍｕｒａ ｐｒｏｔｅｉｎ 距离ꎬ序列最大差异值设
定为０.７ꎬ有根树显示)ꎻ下载比对结果中的目标序列
到本地硬盘ꎬ采用 ＤＮＡｍａｎ 软件进行多序列比对
(采用缺省参数)ꎬ分析番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 蛋白家族
成员之间进化关系ꎮ
２ 结果与分析
２.１ 番茄 Ｓｌｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 蛋白家族与马铃薯 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２
蛋白是垂直同源关系
２.１.１ 番茄同源抗性蛋白序列基本信息 以野生马
铃薯抗晚疫病基因 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ (核酸序列 Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ
ｎｕｍｂｅｒ 为 ＤＱ１２２１２５.１:７９６７ ｂｐ)相应蛋白序列(Ａｃ￣
ｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ为 ＡＡＺ９５００５.１ꎬ１ ２６７ 个氨基酸)作
为种子序列ꎬ在番茄非冗余蛋白质数据库进行
ＢＬＡＳＴｐ同源搜索ꎬ获得了 １８ 条相似性在 ４０％以上
的同源序列ꎬ其中与 １１ 条序列的相似性为 ７８％ ~
８３％ꎬ１１条序列之间的相似性为 ８５％ ~１００％ꎮ 进一
步比对查询这 １１条序列的相关信息(表 １)ꎬ发现这
些序列长度不等ꎬ最长为 １ ２５７ 个氨基酸ꎬ最短 ５６６
个氨基酸ꎬ其中有 １０ 条定位于第 ６ 号染色体ꎬ１ 条
定位于 ５号染色体ꎬ均与番茄抗病性(晚疫病和根
结线虫病抗性)密切相关ꎻ位于 ６ 号染色体上的 １０
条序列分子量接近ꎬ等电点分布在 ４.８５~５.１９ 之间ꎬ
非常接近ꎬ表明这些蛋白质以酸性氨基酸为主ꎬ作用
环境偏酸性ꎮ 因此ꎬ推测这些蛋白序列可能与野生
马铃薯 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 蛋白互为共同垂直同源蛋白(Ｃｏ￣
ｏｒｔｈｏｌｏｇｓ)ꎬ他们之间互为平行同源蛋白ꎮ 位于 ５ 号
染色体上的 ＸＰ＿００４２３９４０６.１ 序列长度仅 ５６６ 个氨
基酸ꎬ推测该蛋白的祖先基因序列可能发生了部分
复制、转移和插入等进化事件ꎮ 因此ꎬ把这 １１ 条蛋
白质序列暂命名为 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白亚家族ꎮ
２.１.２ 番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 蛋白家族基因定位和亚细
胞定位 基因定位结果(表 ２ꎬ图 １)表明ꎬ该蛋白家
族分布在 ６号染色体上的 １０个成员定位在 ２.３ Ｍ~
２.７５ Ｍ之间ꎬ其中 ８个成员分布在 ５个基因位点ꎬ并
且集中分布在 ２个区段ꎬ成簇分布ꎬ其中第一族包括
３条序列(ＸＰ＿００４２４０４９９.１、ＮＰ＿００１２３４０６３.１ 和 ＸＰ＿
００４２４０４９８. １ )ꎬ 并且 ＸＰ ＿ ００４２４０４９９. １ 和 ＮＰ ＿
００１２３４０６３.１占据基因组上相同位点ꎬ这与两条序列
来自不同抗性品种相关ꎻ第二簇包括 ５条序列ꎬ分别
为 ＡＢＩ９６２１６.１、ＸＰ ＿００４２４０５２３.１、ＡＡＣ９７９３３.１、ＮＰ￣
００１２３４６２２.１和 ＡＢＩ９６２１８.１ꎬ其中后 ３条序列位于基
因组上同一位点ꎻ另外 ２ 个成员(ＡＡＣ３２２５３. １ 和
ＡＡＣ３２２５２.１)未能定位于染色体具体位置ꎮ 该蛋白
家族中的各成员在基因组成上比较简单(表 ２)ꎬ仅
有 １~３个外显子数ꎮ 采用 Ｐｌａｎｔ￣ｍＰｌｏｃ 在线软件进
行亚细胞定位结果表明ꎬ１１ 条蛋白序列均定位于细
胞质中ꎬ这与野生马铃薯 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 蛋白的亚细胞定
位结果相同ꎮ
２.１.３ 番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 蛋白家族的保守结构域分
析 对 １１ 条同源蛋白序列通过 Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ Ｄｏｍａｉｎ
在线工具ꎬ搜索其保守域ꎬ结果表明这些蛋白的精确
保守域共有 ３ 类ꎬ第一类共 ４ 条系列ꎬ包括 ＸＰ ＿
００４２４０５２３. １、 ＡＡＣ９７９３３. １、 ＮＰ ＿ ００１２３４０６３. １ 和
ＡＡＣ３２２５２.１ꎬ同时包含有 ＤＵＦ３５４２和 ＮＢ￣ＡＲＣ两个
保守 结 构 域 特 征 序 列ꎬ 第 二 类 包 括 ＸＰ ＿
００４２４０４９９. １、 ＮＰ ＿ ００１２３４６２２. １、 ＡＡＣ３２２５３. １、
ＡＢＩ９６２１８.１、ＡＢＩ９６２１６. １ 和 ＸＰ ＿００４２４０４９８. １ꎬ仅包
含 ＮＢ￣ＡＲＣ保守结构域特征序列ꎬ并且与马铃薯
Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白保守结构一致(图 １:Ｂ)ꎬ因此推测第
二类蛋白与马铃薯 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 蛋白(ＡＡＺ９５００５.１)的
进化距离最近ꎬ与这类蛋白的祖先序列最为接近ꎬ分
４６４ 广 西 植 物 ３６卷
表 １ 马铃薯 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白在番茄中的同源蛋白序列信息
Ｔａｂｌｅ １ Ｂａｓｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｔｏｍａｔｏ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｗｉｔｈ ｐｏｔａｔｏ Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ ｐｒｏｔｅｉｎ
序列登陆号
Ｓｅｑｕｅｎｃｅ
ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｃｏｄｅ
基因符号
Ｇｅｎｅ
ｓｙｍｂｏｌ
蛋白功能描述
Ｐｒｏｔｅｉｎ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ
相似性
Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ
(％)
氨基酸数
ＡＡ
分子量 (等电点)
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｗｅｉｇｈｔ
(ｐＩ)
染色体
Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ
ＸＰ＿００４２４０５２３.１ Ｍｉ￣１Ｆ ｐｕｔａｔｉｖｅ ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｈｏｍｏｌｏｇ
Ｒ１Ｂ￣１４￣ｌｉｋｅ
８２ １ ２４９ １４３ ７０８ (５.１３) ＶＩ
ＸＰ＿００４２４０４９９.１ Ｍｉ￣１Ｃ ｐｕｔａｔｉｖｅ ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｈｏｍｏｌｏｇ
Ｒ１Ｂ￣１４￣ｌｉｋｅ
８２ １ ２５１ １４４ ０８９ (５.０４) ＶＩ
ＡＡＣ９７９３３.１ Ｍｉ￣１ ｄｉｓｅａｓｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ８１ １ ２５７ １４４ ５５４ (５.１０) ＶＩ
ＮＰ＿００１２３４０６３.１ Ｍｉ￣１.２ ｒｏｏｔ￣ｋｎｏｔ ｎｅｍａｔｏｄｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ８１ １ ２５７ １４４ ５８８ (５.０９) ＶＩ
ＮＰ＿００１２３４６２２.１ Ｍｉ￣１.１ ｐｌａｎｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ８１ １ ２５５ １４４ ３５５ (５.００) ＶＩ
ＸＰ＿００４２４０４９８.１
/ ＡＢＩ９６２１４.１
Ｍｉ￣１Ｂ ｐｕｔａｔｉｖｅ ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｈｏｍｏｌｏｇ
Ｒ１Ｂ￣１４￣ｌｉｋｅ
８１ １ ２５１ １４４ ２２７ (４.８５) ＶＩ
ＡＢＩ９６２１６.１ Ｍｉ￣１Ｅ ＮＢＳ￣ＬＲＲ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ８１ １ ２４４ １４３ ２４７ (５.０５) ＶＩ
ＡＢＩ９６２１８.１ Ｍｉ￣１Ｇ ｔｒｕｎｃａｔｅｄ ＮＢＳ￣ＬＲＲ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ￣
ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ
８３ ９９６ １１４ ４１１ (５.１９) ＶＩ
ＡＡＣ３２２５３.１ Ｍｉ￣ｃｏｐｙ１ ｄｉｓｅａｓｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｈｏｍｏｌｏｇ Ｍｉ￣ｃｏｐｙ１ ８２ １ ２０４ １３８ ４８１ (５.０１) ＶＩ
ＡＡＣ３２２５２.１ Ｍｉ￣ｃｏｐｙ２ ｄｉｓｅａｓｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｈｏｍｏｌｏｇ Ｍｉ￣ｃｏｐｙ２ ８１ １ ２０６ １３８ ６６８ (５.１０) ＶＩ
ＸＰ＿００４２３９４０６.１ Ｒ１Ｃ￣３￣ｌｉｋ ｐｕｔａｔｉｖｅ ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｈｏｍｏｌｏｇ
Ｒ１Ｃ￣３￣ｌｉｋｅ
７８ ５６６ ６５ ７００ (５.６９) Ｖ
表 ２ 番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白家族基因定位与结构信息
Ｔａｂｌｅ ２ Ｇｅｎｅ ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃ ｐｏｓｉｔｉｏｎｉｎｇ ａｎｄ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｏｍａｔｏ ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ ｐｒｏｔｅｉｎ ｆａｍｉｌｙ
序列登录号
Ｓｅｑｕｅｎｃｅ
ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｃｏｄｅ
基因组序列
Ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ
基因位置
Ｇｅｎｅ ｌｏｃａｔｉｏｎ
编码区长度
Ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ
(ｂｐ)
外显子
Ｅｘｔｒｏｎ
亚细胞位置
Ｓｕｂｃｅｌｌｕｌａｒ ｌｏｃａｔｉｏｎ
品种
Ｃｕｌｔｉｖａｒ
ＸＰ＿００４２４０５２３.１ ＤＱ８６３２９２.１ ２ ７１９ ４２３－２ ７２６ １２０ ３ ７５０ ３ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ Ｈｅｉｎｚ １７０６
ＸＰ＿００４２４０４９９.１ ＤＱ８６３２９０ ２ ３５４ ６９４－２ ３６０ ０８２ ３ ７５５ ３ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ Ｈｅｉｎｚ １７０６
ＡＡＣ９７９３３.１ ＡＦ０９１０４８.１ ２ ７４５ ５７７－２ ７５０ ６９６ ３ ７７４ ３ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ Ｍｏｔｅｌｌｅ
ＮＰ＿００１２３４０６３.１ ＣＳ０２５３１９.１ ２ ３５４ ６９４－２ ３６０ ０８２ ３ ７７４ ３ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ ＶＦＮＴ Ｃｈｅｒｒｙ
ＮＰ＿００１２３４６２２.１ ＣＳ０２５３１７.１ ２ ７４５ ５７７－２ ７５０ ６９６ ３ ７６８ ３ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ ＶＦＮＴ Ｃｈｅｒｒｙ
ＸＰ＿００４２４０４９８.１ ＤＱ８６３２８９.１ ２ ３２７ ３３５－２ ３３１ ２９８ ３ ７５６ ２ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ Ｈｅｉｎｚ １７０６
ＡＢＩ９６２１６.１ ＤＱ８６３２９２.１ ２ ７０３ ０８６－２ ７０６ ８９７ ３ ６４５ ３ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ Ｈｅｉｎｚ １７０６
ＡＢＩ９６２１８.１ ＤＱ８６３２９３.１ ２ ７４５ ５７７－２ ７５０ ６９６ ２ ９９１ ３ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ Ｈｅｉｎｚ １７０６
ＡＡＣ３２２５３.１ Ｕ８１３７８.１ — ３ ６１５ １ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ Ｍｏｔｅｌｌｅ
ＡＡＣ３２２５２.１ Ｕ８１３７８.１ — ３ ６２１ １ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ Ｍｏｔｅｌｌｅ
ＸＰ＿００４２３９４０６.１ ＡＥＫＥ０２００２６２７.１ ２ ９６８ ２５１－２ ９６９ ９５１ １ ７０１ ２ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ Ｈｅｉｎｚ １７０６
ＡＡＺ９５００５.１ ＤＱ１２２１２５.１ — ３ ８０４ ３ 细胞质 Ｃｙｔｏｐｌａｓｍ —
注: “—”表示未能获得相关信息ꎮ
Ｎｏｔｅ: “—”ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｆａｉｌｅｄ ｔｏ ｇｅｔ ｒｅｌｅｖａｎｔ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ.
化较早ꎬ在这 ２类蛋白序列中ꎬＮＢ￣ＡＲＣ 结构域均位
于序列中段ꎻ 第三类 (仅包含一条序列 ＸＰ ＿
００４２３９４０６.１)虽然也具有 ＤＵＦ３５４２ 和 ＮＢ￣ＡＲＣ 结
构域ꎬ并且 ２个结构域间距与第一类非常接近ꎬ但在
结构域两端的其他序列非常短ꎬ并且该序列位于 ５
号染色体上ꎬ因此将其单独归为 １类ꎮ
２.２ 番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 蛋白家族成员的序列比对、
基因结构与进化
为了进一步确定 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 蛋白家族成员之
间以及与马铃薯 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 的同源关系ꎬ利用马铃薯
５６４４期 王俊生等: 番茄中 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２同源基因的挖掘与鉴定
图 １ 番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白家族成员
在基因组上的分布位置
Ｆｉｇ. １ Ｌｏｃａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｍｅｍｂｅｒｓ ｏｆ ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２
ｐｒｏｔｅｉｎ ｆａｍｉｌｙ ｉｎ ｔｏｍａｔｏ ｇｅｎｏｍｅ
Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白与番茄蛋白数据库中相似性达到 ４０％
以上的 １８条抗性蛋白(包括晚疫病抗性蛋白)序列
构建拓扑结构树ꎬ结果(图 ３)表明ꎬ野生马铃薯 Ｒｐｉ￣
ｂｌｂ２ 蛋白(图 ３中红色箭头所指)与表 １ 中的 １１ 条
番茄蛋白序列归为一大类(图 ３:Ａ 中蛋白家族 Ｉ)ꎬ
其他 ７条序列分为蛋白家族 ＩＩ 和蛋白家族Ⅲꎮ 表
明这 １１条序列与马铃薯晚疫病抗性蛋白序列 Ｒｐｉ￣
ｂｌｂ２ 可能为共同垂直同源蛋白ꎮ 将 １１ 条序列与种
子序列进行多序列比对分析(图 ４)ꎬ结果表明ꎬ有 ４
条序列 (分别为 ＡＢＩ９６２１８. １ ( ９９６ 个氨基酸)、
ＡＡＣ３２２５３.１ (１２０４ 个氨基酸)、ＡＡＣ３２２５２. １ (１２０６
个氨基酸)和 ＸＰ＿００４２３９４０６.１(５６６ 个氨基酸)的长
度与种子序列差异较大ꎬ其他 ７ 条与番茄 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２
序列基本可以完全匹配ꎬ这 ７ 条序列与马铃薯 Ｒｐｉ￣
ｂｌｂ２蛋白序列相比ꎬ在 Ｎ端存在 ２ 个明显的较短缺
失序列(图 ４:Ⅰꎬ缺失 ３ 个氨基酸ꎻ图 ４:Ⅱꎬ缺失 ６
个氨基酸)ꎻＡＢＩ９６２１８.１与 ＡＢＩ９６２１６.１相比ꎬ最大差
异在于 Ｃ端缺失了 ２４９ 个氨基酸序列ꎬ这可能是两
者的祖先基因因为部分染色体片段缺失造成的ꎬ也
可能是碱基突变造成编码序列提前终止引起的ꎮ 基
因结构(图 ３:Ｂ)表明ꎬ该家族成员有 ３ 种基因结构
类型ꎬ第一类含有 ２个内含子(５条序列)ꎬ第二类含
有一个较小的内含子(２ 条序列)ꎬ第三类不具有内
含子结构(ＸＰ＿００４２３９４０６)ꎬ比较这些基因内含子序
列发现ꎬ第一个内含子序列相对较长ꎬ且长度差异较
大(５５６~２ １９９ ｂｐ)ꎬ序列间相似性差异也较大ꎻ第二
内含子位于靠近蛋白质 Ｎ 段的编码区内ꎬ所有同源
蛋白相应核酸序列的第二内含子长度均为 ７５ ｂｐꎬ且
序列高度保守ꎬ这表明第二内含子是一个相当保守
的区域ꎬ可能对这类蛋白具有重要作用ꎬ因此进化过
程中不易发生改变ꎮ
３ 讨论
通过对生物信息数据进行加工获取有用知识ꎬ
指导科研方向ꎬ是生物信息学常用的方法ꎮ 马铃薯
和番茄同属茄科ꎬ进化关系密切ꎬ因此利用马铃薯晚
疫病抗性基因 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 序列ꎬ从番茄蛋白数据库中
获得了一个包含 １１ 条蛋白序列的蛋白家族 ＳＬｙ￣
Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ꎬ通过鉴定该家族成员与 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 的进化
关系、基因结构、蛋白保守域特性等ꎬ确定该家族与
种子序列是垂直同源关系ꎮ 随后对家族成员之间的
进化事件进行了分析ꎬ表明该家族的共同祖先基因
在漫长的进化历史中发生了基因复制、重排、可变剪
接以及水平转移事件ꎬ从而形成了较为丰富的后代
同源基因(蛋白)ꎬ但与祖先基因(蛋白)序列相比ꎬ
可能由于保守域序列的改变ꎬ从而导致不同成员在
抗病的能力上发生了改变ꎮ
３.１ 番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐ￣Ｂｌｂ２蛋白家族与 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２可能是
垂直同源关系
ＮＢＳ 是指核苷酸结合位点ꎬ植物疾病抗性蛋白
中的 ＮＢＳ是一个大约 ３２０ 个氨基酸的高度保守序
列ꎬ具有这种保守序列的蛋白可能是利用蛋白质构
象变化调节 ＮＴＰ 的水解ꎬ从而通过信号转导ꎬ使寄
主对病原菌正确识别ꎬ促进寄主抗性防御信号的启
动(Ｂｅｌｋｈａｄｉｒ ｅｔ ａｌꎬ ２００４ꎻ Ｌｅｉｐｅ ｅｔ ａｌꎬ ２００４)ꎮ 在植
物抗性蛋白质中 ＮＢ￣ＡＲＣ 结构域就是 ＮＢＳ￣ＬＲＲ 保
守结构域(Ｓｔｕａｒｔ Ｓｅａｈ ｅｔ ａｌꎬ ２００７)ꎮ 本研究中的种
子序列 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２(Ｖａｎ ｄｅｒ Ｖｏｓｓｅｎ ｅｔ ａｌꎬ ２００５) 具有
显著的 ＮＢ￣ＡＲＣ 保守结构域序列特征ꎬ属于 ＡＡＡ￣
ＡＴＰａｓｅ 超级家族(图 ２)ꎬ可能与这类蛋白参与病毒
产生的植物过敏反应或程序性死亡有关(Ｖａｎ ｄｅｒ
Ｂｉｅｚｅｎ１ꎬ１９９８)ꎮ ＤＵＦ３５４２ 保守域序列的功能尚未
可知ꎬ但具有 ＤＵＦ３５４２ 结构域的蛋白序列长度一般
在 ５１６~１ ２８４个氨基酸ꎬ并且这类蛋白多与 ＮＢ￣ＡＲＣ
结构域有关(ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ / Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ /
ｃｄｄ / ｗｒｐｓｂ.ｃｇｉ? ＩＮＰＵＴ＿ＴＹＰＥ ＝ ｌｉｖｅ＆ＳＥＱＵＥＮＣＥ ＝ＸＰ
＿００４２４０５２３.１)ꎮ 在番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐ￣Ｂｌｂ２ 蛋白家族中ꎬ
有 ７条序列与马铃薯 Ｒｐ￣ｂｌｂ２ 蛋白具有相同的保守
结构域ꎬ仅具有 ＮＢ￣ＡＲＣ结构域序列特征ꎬ另 ４条序
列同时具有 ＮＢ￣ＡＲＣ 和 ＤＵＦ３５４２ 结构域序列特征ꎮ
通过对马铃薯 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白和番茄蛋白数据库中相
６６４ 广 西 植 物 ３６卷
图 ２ 番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白家族成员结构域
Ｆｉｇ. ２ Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｄｏｍａｉｎ ｆｏｒ ｔｏｍａｔｏ ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ ｐｒｏｔｅｉｎ ｆａｍｉｌｙ
图 ３ 番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２的系统进化树(Ａ)及 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２家族成员基因结构(Ｂ) 基因结构图中ꎬ
上部粗线段表示 ｍＲＮＡ序列ꎬ细线段表示基因组中内含子序列ꎬ下部粗线表示蛋白编码区ꎮ
Ｆｉｇ. ３ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅ ｏｆ ｔｏｍａｔｏ ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ ｐｒｏｔｅｉｎ ｆａｍｉｌｙ Ａｂｏｖｅ ｂｌｏｄ ｌｉｎｅｓ ｉｎｄｉｃａｔｅ ｍＲＮＡꎬ
ｓｌｉｍ ｌｉｎｅｓ ｉｎｄｉｃａｔｅ ｉｎｔｒｏｎ ｉｎ ｇｅｎｏｍｅꎬ ｂｅｌｏｗ ｂｌｏｄ ｌｉｎｅｓ ｉｎｄｉｃａｔｅ ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ.
似性较高(４０％以上)的同源蛋白构建序列进化树
(图 ３)和亚细胞定位分析(表 ２)ꎬ进一步证明番茄
ＳＬｙ￣Ｒｐ￣Ｂｌｂ２蛋白家族与野生马铃薯 Ｒｐ￣ｂｌｂ２ 蛋白
可能是垂直同源关系ꎬ由共同祖先种通过物种分化
形成的ꎮ
在 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白家族中ꎬ序列 ＡＡＣ９７９３３.１
(Ｍｉ￣１)及其抗性蛋白同源序列(ＮＰ＿００１２３４０６３.１、
ＮＰ＿００１２３４６２２.１、ＡＡＣ３２２５２.１和 ＡＡＣ３２２５３.１)所在
的染色体区段是利用胚胎挽救技术从茄科物种 Ｓｏ￣
ｌａｎｕｍ ｐｅｒｕｖｉａｎｕｍ中渐渗入番茄栽培种中的(Ｓｍｉｔｈꎬ
１９４４)ꎬ且导入的染色体片段位于番茄 ６号染色体短
臂ꎬ而后通过育种实践和长期自然进化ꎬ把渗入的染
色体片断减少到了约 ６５０ ｋｂ 的区间ꎬ这一区间的抗
性基因和不良性状的紧密连锁导致抗性基因与其它
７６４４期 王俊生等: 番茄中 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２同源基因的挖掘与鉴定
图 ４ 番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白家族成员序列比对
Ｆｉｇ. ４ Ａｌｉｇｎｅｄ ｍｕｌｔｉ￣ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｆｏｒ ｍｅｍｂｅｒｓ ｏｆ ｔｏｍａｔｏ ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｕｂｆａｍｉｌｙ
品种优良基因重组率严重降低 ( Ｌｉｈａｒｓｋａ ｅｔ ａｌꎬ
１９９６ꎻＫａｌｏｓｈｉａｎ ｅｔ ａｌꎬ１９９８ꎻＳｃｈｕｌｔｅ ｅｔ ａｌꎬ２００６)ꎮ 但
杂交和回交等技术的频繁利用ꎬ使渗入了携带 Ｍｉ￣
１.１基因的染色体区段不断发生染色体内部重组、
复制、重排以及染色体之间的交换ꎬ从而导致现在的
抗性番茄品种(携带 Ｍｉ￣１.１ 基因区段)在这一区段
与不具有 Ｍｉ￣１.１ 基因位点的易感根结线虫品种相
应区段不完全一样ꎬ这一点已得到证明(Ｋｕａｎｇ ｅｔ
ａｌꎬ２００５ꎻ Ｓｔｕａｒｔ ｅｔ ａｌꎬ ２００７)ꎮ 因此ꎬ番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣
ｂｌｂ２蛋白家族中的序列不再是简单的平行同源关
系ꎮ 从系统树(图 ３:Ａꎬ有根树ꎬ距离长短表示进化
速率快慢)的末端节点到共同祖先节点距离来看ꎬ
番茄 １１ 条序列的共同祖先序列为图 ３ 中节点 Ｂ 代
表的序列ꎬ从节点 Ｂ 到 １１ 条末端序列进化中ꎬ只有
８６４ 广 西 植 物 ３６卷
序列 ＸＰ＿００４２４０５２３.１进化距离最短ꎬ并且没有产生
序列分化ꎬ其他 １０条序列到节点 Ｂ之间存在相对复
杂的进化过程(存在较多的节点)ꎬ因此推测 ＸＰ＿
００４２４０５２３.１ 是番茄中这类蛋白的祖先序列(或最
原始序列)ꎬ其他序列可能是由该序列进化而来ꎮ
当然这仅是根据构建的距离进化树推断ꎬ如果改变
进化树构建方法或考虑基因结构及相应蛋白序列的
保守域特性ꎬ可能会有不同的推断结论ꎮ
３.２ 番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２蛋白在基因组上成簇分布
植物基因组中抗性基因一般具有成簇存在的特
点(Ｈｕｌｂｅｒｔ ｅｔ ａｌꎬ ２００１ꎻ Ｃａｎｎｏｎ ｅｔ ａｌꎬ ２００２)ꎬ这类基
因编码的蛋白的一个主要功能就是作为检测分子可
以侦测到特定病原物和害虫的感染ꎮ Ｖａｎ ｄｅｒ
Ｖｏｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ(２００３)研究表明ꎬ在野生马铃薯 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ１
基因(ＲＧＡ２￣ｂｌｂ)座位两侧分布有 ＲＧＡ３￣ｂｌｂ、ＲＧＡ１￣
ｂｌｂ和 ＲＧＡ４￣ｂｌｂ 同源基因(互为平行同源基因)ꎬ这
些基因编码的平行同源蛋白的序列相似性很高
(７０％~８１％)ꎬ并且 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ１ 基因是祖先基因 ＲＧＡ１￣
ｂｌｂ和 ＲＧＡ３￣ｂｌｂ通过重组事件进化而来ꎮ 已有证据
表明(Ａａｒｏｎ ＆ Ｂａｒｂａｒａꎬ ２００７)抗性基因簇可以通过
重组过程中的错配ꎬ产生新的抗性基因序列ꎬ改变抗
性特异性(抵抗新的病毒生理小种)或改变抗性基
因的表达模式ꎬ而这一特性促进了抗性基因的进化ꎻ
另外ꎬ抗性基因成簇分布ꎬ利于这些平行基因之间的
序列交流ꎬ从而促进和加速了抗性基因的进化ꎮ
在茄科植物不同物种的 ６号染色体短臂区均分
布着抗性基因集合ꎬ执行对不同病原菌的抗性
(Ｓｔｕａｒｔ ｅｔ ａｌꎬ２００７)ꎮ 本研究获得的番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣
ｂｌｂ２蛋白家族共 １１ 条序列ꎬ１０ 条成簇分布在 ６ 号
染色体的短臂序列 (２ ３２７ ３３５ ~ ２ ７５０ ６９６ ｂｐꎬ总长
６２４ ｋｂ)中ꎬ在染色体上的位置较靠近ꎬ执行不同的
抗性功能(表 １)ꎮ 其中第一簇有 ３ 条序列ꎬ占 ２ 个
基因位点(图 １ꎬＣｌｕｓｔｅｒ １ｐ)ꎬ在 Ｍｉ￣１Ｂ基因上游的基
因位点 ＬＯＣ１０１２６５０３３长度为 ３ １９１ ｂｐꎬ是一个假定
的晚疫病抗性蛋白同源序列ꎬ但不具有编码蛋白功
能ꎬ属于假基因ꎻ第二簇有 ５ 条序列(Ｃｌｕｓｔｅｒ ２ｐ)ꎬ占
３个基因位点ꎬ这一簇中ꎬ还分布两个基因位点ꎬ分
别是 ＬＯＣ１０１２２６７１２２ 和 ＬＯＣ１０１２６７４１２ꎬ其相应的
蛋白序列均与运输抑制响应蛋白高度相似ꎬ这可能
与该簇基因对疾病抗性的响应密切相关ꎮ 另外 ２ 条
ＡＡＣ３２２５２.１ 和 ＡＡＣ３２２５３.１ 未能定位到具体的位
置ꎬ但这 ２条序列来源于抗根结线虫栽培品种 Ｍｏ￣
ｔｅｌｌｅꎬ这一品种中的抗性基因均来源于茄科物种 Ｓｏ￣
ｌａｎｕｍ ｐｅｒｕｖｉａｎｕｍ 中 ( Ｓｍｉｔｈꎬ １９４４)ꎬ这一结论与
Ｓｔｕａｒｔ ｅｔ ａｌ(２００７)基本一致ꎮ
番茄 ＳＬｙ￣Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ 蛋白家族中 １１ 个成员间的
序列相似性在 ８５％以上ꎬ来自于抗性品种(Ｍｏｔｅｌｌｅ
或 ＶＦＮＴ Ｃｈｅｒｒｙ)的成员有 ５ 个ꎬ包括 ＡＡＣ９７９３３.１、
ＮＰ＿００１２３４０６３.１、ＮＰ＿００１２３４６２２.１、ＡＡＣ３２２５３.１ 和
ＡＡＣ３２２５２.１ꎬ其他 ６ 个成员来自于易感根结线虫品
种(Ｈｅｉｎｚ １７０６)ꎬ因此部分成员在基因组被定位在
相同位置 (图 １)ꎬ如 ＮＰ ＿ ００１２３４０６３. １ 和 ＸＰ ＿
００４２４０４９９.１分享同一基因位点ꎬＡＡＣ９７９３３.１、ＮＰ＿
００１２３４６２２.１和 ＡＢＩ９６２１８.１分享同一基因位点ꎮ 这
些蛋白在番茄抗病反应中的功能目前并不完全清
楚ꎮ Ｍｉ￣１ 蛋白序列 (ＡＡＣ９７９３３. １)与马铃薯 Ｒｐｉ￣
ｂｌｂ２ 具有 ８２％的相似性 ( ｖａｎ ｄｅｒ Ｖｏｓｓｅｎ ｅｔ ａｌꎬ
２００５)ꎬ近来被证明是在 ＥＴＲ３ 蛋白参与下ꎬ通过感
知荷尔蒙来介导番茄植株对根结线虫的抗性(Ｍａｎ￣
ｔｅｌｉｎ ｅｔ ａｌꎬ２０１３)ꎬ其同源序列 Ｍｉ￣１.２ 被证明具有根
结线虫抗性的功能(Ｎｏｍｂｅｌａ ｅｔ ａｌꎬ ２００３)ꎬ其他同源
蛋白由于没有相应的独立表现型ꎬ因此对其功能的
鉴定比较困难(Ｓｔｕａｒｔ ｅｔ ａｌꎬ ２００７)ꎮ 但由于可变剪
接产生的较短的抗性蛋白质同源序列ꎬ如本研究中
的 ＡＢＩ９６２１８.１(Ｍｉ￣１Ｇ)编码 ９９６ 个氨基酸ꎬ具有完
整 Ｎ 段区域ꎬ能反向调节 Ｍｉ￣１. ２ ( Ｓｔｕａｒｔ ｅｔ ａｌꎬ
２００７)ꎬ从而调节番茄抗病性ꎮ 定位于 ５号染色体上
的蛋白质序列 ＸＰ＿００４２３９４０６.１(５６６ 个氨基酸)ꎬ与
其他 １０ 条序列相比ꎬ该序列在 Ｎ 段和 Ｃ 段分别缺
失了大约 ５００ 个氨基酸和 １００ 个氨基酸的片段(图
２和图 ４)ꎬ但该序列仍保留了 ２ 个保守域的序列特
征(图 ２)ꎬ从这一点来看ꎬ该序列与图 ２ 中第一类序
列应归为同一类ꎻ该基因编码区序列是完整的ꎬ这意
味着该基因(蛋白)可能具有新的功能ꎬ在后续功能
研究中应作为重点研究之一ꎬ然而该基因与其他同
源基因的进化关系目前尚不能完全确定ꎮ
本研究获得的同源蛋白序列(基因)ꎬ大多数功
能尚未被鉴定ꎬ因此在后续研究中可以重点鉴定其
表达模式和性状表现ꎬ以分析和鉴定其功能ꎬ为番茄
抗病分子辅助育种提供理论依据ꎮ
参考文献:
ＡＡＲＯＮ ＲＦꎬ ＢＡＲＢＡＲＡ ＪＢꎬ ２００７. Ｔｈｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ
ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｍｕｌｔｉ￣ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｌａｎｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｓｙｓｔｅｍｓ [Ｊ]. Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ
Ｇｅｎｅｔ ＆ Ｄｅｖꎬ１７:４９３－４９９.
ＢＥＬＫＨＡＤＩＲ ＹꎬＳＵＢＲＡＭＡＮＩＡＭ ＲꎬＤＡＮＧＬ ＪＬꎬ ２００４. Ｐｌａｎｔ ｄｉｓ￣
ｅａｓｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ: ＮＢＳ￣ＬＲＲ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ
９６４４期 王俊生等: 番茄中 Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２同源基因的挖掘与鉴定
ｐａｒｔｎｅｒｓ [Ｊ]. Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｐｌａｎｔ Ｂｉｏｌ(４)ꎬ７:３９１－３９９.
ＢＲＯＵＷＥＲ ＤＪꎬＪＯＮＥＳ ＥＳꎬＣＬＡＩＲ ＤＡＳꎬ ２００４. ＱＴＬ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ
ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ ｉｎｆｅｓｔａｎｓ ( ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ)
ｉｎ ｔｏｍａｔｏ ａｎｄ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｓ ｗｉｔｈ ｐｏｔａｔｏ [ Ｊ] . Ｇｅｎｏｍｅꎬ４７(３):
４７５－４９２.
ＣＡＮＮＯＮ ＳＢꎬ ＺＨＵ ＨＹꎬ ＢＡＵＭＧＡＲＴＥＮ ＡＭꎬ ｅｔ ａｌꎬ ２００２.
Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎬｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ａｎｄ ａｎｃｉｅｎｔ ｔａｘａｎｏｍｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｗｉｔｈｉｎ
ｔｈｅ ＴＩＲ ａｎｄ ｎｏｎ￣ＴＩＲ ＮＢＳ￣ＬＲＲ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｓｕｂｆａｍｉｌｉｅｓ
[Ｊ]. Ｊ Ｍｏｌ Ｅｖｏｌꎬ５４(４):５４８－５６２.
Ｃｈｕｎｗｏｎｇｓｅ ＪꎬＣｈｕｎｗｏｎｇｓｅ ＣꎬＢｌａｃｋ Ｌꎬｅｔ ａｌꎬ １９９８. Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｐ￣
ｐｉｎｇ ｏｆ ｔｈｅ Ｐｈ￣３ ｇｅｎｅ ｆｏｒｌａｔｅｂｌｉｇｈ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｉｎ ｔｏｍａｔｏ [ Ｊ]. Ｊ
Ｈｏｒｔｉｃ Ｓｃｉ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌꎬ７７(３): ２８１－２８６.
ＤＡＡＹＦ ＦꎬＰＬＡＴＴ ＨＷꎬ ２０１２. Ｃｈａｎｇｅｓ ｉｎ ｍｅｔａｌａｘｙｌ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ａ￣
ｍｏｎｇ ｇｌｕｃｏｓｅ ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｉｓｏｍｅｒａｓｅ ｇｅｎｏｔｙｐｅｓ ｏｆ Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ ｉｎ￣
ｆｅｓｔａｎｓ ｉｎ Ｃａｎａｄａ ｄｕｒｉｎｇ １９９７ ａｎｄ １９９８ [Ｊ]. Ａｍ Ｊ Ｐｏｔａｔｏ Ｒｅｓꎬ
７７(５): ３１１－３１８.
ＨＵＬＢＥＲＴ ＳＨꎬＷＥＢＢ ＣＡꎬ ＳＭＩＴＨ ＳＭꎬ ｅｔ ａｌꎬ ２００１. Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ
ｇｅｎｅ: ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ: ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ [Ｊ]. Ａｎｎ Ｒｅｖ Ｐｈｙｔｏ￣
ｐａｔｈｏｌꎬ３９:２８５－３１２.
ＪＩＡ ＺＱꎬＣＵＩ ＹＨꎬＬＩ Ｙꎬ ｅｔ ａｌꎬ ２００９. Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｔｈｅ ｐｏｔａｔｏ ｌａｔｅ
ｂｌｉｇｈｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ｇｅｎｅ Ｒ３ａꎬＲ１ ａｎｄ ＲＢ ｉｎ ｔｏｍａｔｏ [Ｊ]. Ａｃｔａ Ｈｏｒｔｉｃ
Ｓｉｎꎬ３６ ( ８): １ １５３ － １ １６０. [贾芝琪ꎬ崔艳红ꎬ李颖ꎬ等ꎬ
２００９. 马铃薯抗晚疫病基因 Ｒ３ａ、Ｒ１和 ＲＢ 在番茄中的表达
[Ｊ]. 园艺学报ꎬ３６(８):１ １５３－１ １６０.]
ＫＡＭＯＵＮ Ｓꎬ ２００１. Ｎｏｎ￣ｈｏｓｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ: ｎｏｖｅｌ
ｐｒｏｓｐｅｃｔｓ ｆｏｒ ａ ｃｌａｓｓｉｃａｌ ｐｒｏｂｌｅｍ [Ｊ]. Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｐｌａｎｔ Ｂｉｏｌꎬ４
(４): ２９５－３００.
ＫＯＬＥ ＣꎬＡＳＨＲＡＦＩ ＨꎬＬＩＮ Ｇꎬｅｔ ａｌꎬ ２００６. Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｏ￣
ｌｅｃｕｌａｒ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ａ ｎｅｗ Ｒ ｇｅｎｅꎬＰｈ￣４ꎬｃｏｎｆｅｒｒｉｎｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ
ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ ｉｎ ｔｏｍａｔｏ [Ｃ]. Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ ＣｏｎｆꎬＵｎｉｖ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎꎬ
ＭａｄｉｓｏｎꎬＡｂｓｔｒ４４.
ＫＡＬＯＳＨＩＡＮ ＩꎬＹＡＧＨＯＯＢＩ ＪꎬＬＩＨＡＲＳＫＡ Ｔꎬｅｔ ａｌꎬ １９９８. Ｇｅｎｅｔｉｃ
ａｎｄ ｐｈｙｓｉｃａｌ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｒｏｏｔ￣ｋｎｏｔ ｎｅｍａｔｏｄｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｌｏ￣
ｃｕｓ Ｍｉ ｉｎ ｔｏｍａｔｏ [Ｊ]. Ｍｏｌ Ｇｅｎ Ｇｅｎｅｔꎬ２５７(３):３７６－３８５.
ＫＵＡＮＧ ＨꎬＷＥＩ ＦꎬＭＡＲＡＮＯ ＭＲꎬｅｔ ａｌꎬ ２００５. Ｔｈｅ Ｒ１ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ
ｇｅｎｅ ｃｌｕｓｔｅｒ ｃｏｎｔａｉｎｓ ｔｈｒｅｅ ｇｒｏｕｐｓ ｏｆ ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔｌｙ ｅｖｏｌｖｉｎｇꎬｔｙｐｅ
Ｒ１ ｈｏｍｏｌｏｇｕｅｓ ａｎｄ ｓｈｏｗｓ ｓｕｂｓｔａｎｔｉａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ａｍｏｎｇ
ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ ｏｆ Ｓｏｌａｎｕｍ ｄｅｍｉｓｓｕｍ [Ｊ]. Ｐｌａｎｔ Ｊꎬ４４(１): ３７－５１.
ＬＥＩＰＥ ＤＤꎬＫＯＯＮＩＮ ＥＶꎬＡＲＡＶＩＮＤ Ｌꎬ ２００４. ＳＴＡＮＤꎬａ ｃｌａｓｓ ｏｆ
Ｐ￣ｌｏｏｐ ＮＴＰａｓｅｓ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ａｎｉｍａｌ ａｎｄ ｐｌａｎｔ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｓ ｏｆ ｐｒｏ￣
ｇｒａｍｍｅｄ ｃｅｌｌ ｄｅａｔｈ: ｍｕｌｔｉｐｌｅꎬｃｏｍｐｌｅｘ ｄｏｍａｉｎ ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅｓꎬｕｎ￣
ｕｓｕａｌ ｐｈｙｌｅｔｉｃ ｐａｔｔｅｒｎｓꎬａｎｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｂｙ ｈｏｒｉｚｏｎｔａｌ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ
[Ｊ]. Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌꎬ３４３(１):１－２８.
ＬＩＨＡＲＳＫＡ ＴＢꎬＫＯＯＲＮＮＥＥＦ Ｍꎬ ＶＡＮ ＷＯＲＤＲＡＧＥＮ Ｍꎬ ｅｔ ａｌꎬ
１９９６. Ｔｏｍａｔｏ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ６: ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ａｌｉｅｎ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ ｓｅｇｍｅｎｔｓ
ｏｎ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ [Ｊ]. Ｇｅｎｏｍｅꎬ３９(３):４８５－４９１.
ＭＡＮＴＥＬＩＮ ＳꎬＢＨＡＴＴＡＲＡＩ ＫＫꎬＪＨＡＶＥＲＩ ＴＺꎬｅｔ ａｌꎬ ２０１３. Ｍｉ￣１￣
ｍｅｄｉａｔｅｄ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ Ｍｅｌｏｉｄｏｇｙｎｅ ｉｎｃｏｇｎｉｔａ ｉｎ ｔｏｍａｔｏ ｍａｙ ｎｏｔ
ｒｅｌｙ ｏｎ ｅｔｈｙｌｅｎｅ ｂｕｔ ｈｏｒｍｏｎｅ ｐｅｒｃｅｐｔｉｏｎ ｔｈｒｏｕｇｈ ＥＴＲ３ ｐａｒｔｉｃｉ￣
ｐａｔｅｓ ｉｎ ｌｉｍｉｔｉｎｇ ｎｅｍａｔｏｄｅ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｉｎ ａ ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｌｅ ｈｏｓｔ
[Ｊ]. ＰＬｏＳ ＯＮＥꎬ８(５):６３ ２８１.
ＭＯＲＥＡＵ Ｐꎬ ＴＨＯＱＵＥＴ Ｐꎬ ＯＬＩＶＥＲ Ｊꎬ ｅｔ ａｌꎬ １９９８. Ｇｅｎｅｔｉｃ
ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ Ｐｈ￣２ꎬａ ｓｉｎｇｌｅ ｌｏｃｕｓ ｃｏｎｔｒｏｌｌｉｎｇ ｐａｒｔｉａｌ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ
Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ ｉｎｆｅｓｔａｎｓ ｉｎ ｔｏｍａｔｏ [Ｊ]. Ｍｏｌ Ｐｌａｎｔ Ｍｉｃｒ Ｉｎｔｅｒａｃｔꎬ
１１(４): ２５９－２６９.
ＮＯＭＢＥＬＡ ＧꎬＷＩＬＬＩＡＭＳＯＮ ＶＭꎬＭＵＮＩＺ Ｍꎬ ２００３. Ｔｈｅ ｒｏｏｔ￣ｋｎｏｔ
ｎｅｍａｔｏｄｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ Ｍｉ￣１.２ ｏｆ ｔｏｍａｔｏ ｉｓ ｒｅｓｐｏｎｓｉｂｌｅ ｆｏｒ ｒｅ￣
ｓｉｓｔａｎｃｅ ａｇａｉｎｓｔ Ｗｈｉｔｅｆｌｙ Ｂｅｍｉｓｉａ ｔａｂａｃｉ [ Ｊ]. Ｍｏｌ Ｐｌａｎｔ Ｍｉｃｒｏｌ
Ｉｎｔｅｒａｃｔꎬ１６(７):６４５－６４９.
ＳＭＩＴＨ ＰＧꎬ １９４４. Ｅｍｂｒｙｏ ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ ａ ｔｏｍａｔｏ ｓｐｅｃｉｅｓ ｈｙｂｒｉｄ. Ｐｒｏｃ
Ａｍ Ｓｏｃ Ｈｏｒｔｉｃ Ｓｃｉꎬ４４:４１３－４１６.
ＳＣＨＵＬＴＥ Ｄꎬ ＣＡＩ ＤＧꎬ ＫＬＥＩＮＥ Ｍꎬ ｅｔ ａｌꎬ ２００６. Ａ ｃｏｍｐｌｅｔｅ
ｐｈｙｓｉｃａｌ ｍａｐ ｏｆ ａ ｗｉｌｄ ｂｅｅｔ (Ｂｅｔａ ｐｒｏｃｕｍｂｅｎｓ ) ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎ ｉｎ
ｓｕｇａｒ ｂｅｅｔ [Ｊ]. Ｍｏｌ Ｇｅｎ Ｇｅｎｏｍꎬ２７５(５):５０４－５１１.
ＺＨＡＮＧ ＣꎬＬＩＵ ＬꎬＺＨＥＮＧ Ｚꎬｅｔ ａｌꎬ ２０１３. Ｆｉｎｅ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｔｈｅ Ｐｈ￣
３ ｇｅｎｅ ｃｏｎｆｅｒｒｉｎｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ (Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ ｉｎｆｅｓ￣
ｔａｎｓ) ｉｎ ｔｏｍａｔｏ [Ｊ]. Ｔｈｅｏｒ Ａｐｐｌ Ｇｅｎｅꎬ１２６(１０):２ ６４３－５３.
ＺＨＯＵ ＪＨꎬ ２００８. Ａｄｖａｎｃｅｍｅｎｔ ｏｆ ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｐｏ￣
ｔａｔｏ [Ｊ]. Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｕｌｌꎬ５: １３－１７. [周军会ꎬ２００８. 马铃薯晚
疫病抗病基因研究进展 [Ｊ]. 生物技术通报ꎬ５: １３－１７.]
ＳＴＵＡＲＴ ＳꎬＡＤＡＭ ＣꎬＴＥＬＬＥＥＮꎬｅｔ ａｌꎬ ２００７. Ｉｎｔｒｏｇｒｅｓｓｅｄ ａｎｄ ｅｎ￣
ｄｏｇｅｎｏｕｓ Ｍｉ￣１ ｇｅｎｅ ｃｌｕｓｔｅｒｓ ｉｎ ｔｏｍａｔｏ ｄｉｖｅｒ ｂｙ ｃｏｍｐｌｅｘ ｒｅａｒ￣
ｒａｎｇｅｍｅｎｔｓ ｉｎ ｆｌａｎｋｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ａｎｄ ｓｈｏｗ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｅｘｃｈａｎｇｅ
ａｎｄ ｄｉｖｅｒｓｉｆｙｉｎｇ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｍｏｎｇ ｈｏｍｏｌｏｇｕｅ [ Ｊ]. Ｔｈｅｏｒ Ａｐｐｌ
Ｇｅｎｅｔꎬ１１４(７):１ ２８９－１ ３０２.
ＶＡＮ ＤＥＲ ＶＯＳＳＥＮ ＥＡꎬＧＲＯＳ ＪꎬＳＩＫＫＥＭＡ Ａꎬｅｔ ａｌꎬ ２００５. Ｔｈｅ
Ｒｐｉ￣ｂｌｂ２ ｇｅｎｅ ｆｒｏｍ ｓｏｌａｎｕｍ ｂｕｌｂｏｃａｓｔａｎｕｍ ｉｓ ａｎ Ｍｉ￣１ ｇｅｎｅ
ｈｏｍｏｌｏｇ ｃｏｎｆｅｒｒｉｎｇ ｂｒｏａｄ￣ｓｐｅｃｔｒｕｍ ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｉｎ
ｐｏｔａｔｏ [Ｊ]. Ｐｌａｎｔ Ｊꎬ４４(２): ２０８－２２２.
ＶＡＮ ＤＥＲ ＢＩＥＺＥＮ１ ＥＡꎬＪＯＮＥＳ ＪＤꎬ １９９８. Ｔｈｅ ＮＢ￣ＡＲＣ ｄｏｍａｉｎ:
ａ ｎｏｖｅｌ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ｍｏｔｉｆ ｓｈａｒｅｄ ｂｙ ｐｌａｎｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｐｒｏｄｕｃｔｓ
ａｎｄ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｓ ｏｆ ｃｅｌｌ ｄｅａｔｈ ｉｎ ａｎｉｍａｌｓ [ Ｊ]. Ｃｕｒｒ Ｂｉｏｌꎬ８(７):
２２６－２２８.
ＶＡＮ ＤＥＲ ＶＯＳＳＥＮ ＥＡꎬ ＳＩＫＫＥＭＡ Ａꎬ ＨＥＫＫＥＲＴ Ｂꎬ ｅｔ ａｌꎬ
２００３. Ａｎ ａｎｃｉｅｎｔ Ｒ ｇｅｎｅ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｗｉｌｄ ｐｏｔａｔｏ ｓｐｅｃｉｅｓ ｓｏｌａｎｕｍ
ｂｕｌｂｏｃａｓｔａｎｕｍ ｃｏｎｆｅｒｓ ｂｒｏａｄ￣ｓｐｅｃｔｒｕｍ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ
ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ ｉｎｆｅｓｔａｎｓ ｉｎ ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ ｐｏｔａｔｏ ａｎｄ ｔｏｍａｔｏ [Ｊ]. Ｐｌａｎｔ
Ｊꎬ３６(６): ８６７－８８２.
ＺＨＡＯ ＴＭꎬＺＨＯＵ ＣＹꎬＹＵ ＷＧꎬｅｔ ａｌꎬ ２００６. Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｏｎ ｔｏ￣
ｍａｔｏ ｌａｔｅ ｂｌｉｇｈｔ ａｎｄ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｂｒｅｅｄｉｎｇ [Ｊ]. Ｊｉａｎｇｓｕ Ｊ Ａｇｒｉｃ Ｓｃｉꎬ４
(２): １７５－１８０. [赵统敏ꎬ邹茶英ꎬ余文贵ꎬ等ꎬ ２００６. 番茄晚疫病
及其抗病育种研究 [Ｊ]. 江苏农业学报ꎬ４(２): １７５－１８０.]
( 上接第 ４４８页 Ｃｏｎｔｉｎｕｅ ｆｒｏｍ ｐａｇｅ ４４８ )
ＺＨＡＮＧ ＺＬꎬ ＺＨＯＵ ＴＣꎬ ＨＥ Ｍꎬ ｅｔ ａｌꎬ ２０００. Ｇｕｉｚｈｏｕ
Ｈａｎｄｅｌｉｏｄｅｎｄｒｏｎ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ｓｕｒｖｅｙ [ Ｊ]. Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｓｃｉꎬ１８(４):
２８８－２９３. [张著林ꎬ邹天才ꎬ何梅ꎬ等ꎬ ２０００. 贵州掌叶木群落
调查 [Ｊ]. 贵州科学ꎬ１８(４):２８８－２９３.]
ＺＨＡＮＧ ＺＬꎬＬＩＮ ＣＨꎬ ２００６. Ｓｔｕｄｙ ｏｎ ｔｈｅ ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｒｅｓｅｒｖａ￣
ｔｉｏｎ ｏｆ Ｈａｎｄｅｌｉｏｄｅｎｄｒｏｎ ｂｏｄｉｎｉｅｒ ( ｌｅｖｌ.) ｒｅｈｄ ｗｅｉ ｉｎ ａｌｌｏｐａｔｒｙ
[Ｊ]. Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｓｃｉꎬ２４(４):４５－４８. [张著林ꎬ林昌虎ꎬ ２００６. 掌叶
木异地引种保护研究 [Ｊ]. 贵州科学ꎬ２４(４):４５－４８.]
ＺＨＡＮＧ ＨＪꎬＬＵ ＧＬꎬＧＵＡＮ ＹＪꎬ １９９１. Ｍｅｃｈａｎｉｃａｌ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ ｌｅａｖｅｓ
ａｎｄ ｓｅｅｄｓ ｏｆ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ ｓｕｂｓｔａｎｃｅｓ ａｎｄ ｓｅｅｄ ｇｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ (Ｂｒｉｅｆ)
[Ｐ]. Ｐｌａｎｔ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｃｏｍｍꎬ２７(４):２８１－２８３. [张化疆ꎬ路广利ꎬ关
玉杰ꎬ １９９１. 叶械种子中的抑制物质及其与种子萌发的关系(简
报) [Ｐ]. 植物生理学通讯ꎬ２７(４):２８１－２８３.]
０７４ 广 西 植 物 ３６卷