全 文 :广 西 植 物 Guihaia 32(2):203-207 2012年 3 月
DOI:10.3969/j.issn.1000-3142.2012.02.012
广西红树植物桐花树种群遗传多样性分析
潘 文1,李元跃2*,陈 攀3,周涵韬3,林 鹏3
(1.集美大学 生物工程学院,厦门361021;2.集美大学 水产学院,厦门
361021;3.厦门大学 生命科学学院,厦门361005)
摘 要:采用RAPD-PCR方法探讨广西3个不同生境下桐花树种群的遗传多样性和遗传分化。结果表明:3
个不同生境桐花树RAPD扩增多态百分率为20.2%,3个不同生境桐花树种群两两之间的遗传距离分别为
0.195、0.169、0.26,平均遗传距离为0.208。同一种群不同个体的扩增多态百分率最高为37.28%,其次为
20.93%,最小的为19.32%。Shannon’s遗传多样性指数3个种群分别为0.331、0.225和0.17,其大小顺序
与多态百分率的结果一致。种群内遗传多样性比率为62.3%,种群间遗传多样性比率为37.7%。说明广西3
个不同生境的桐花树种群的遗传变异大部分存在种群内,种群间遗传变异较小。
关键词:红树林;桐花树;种群;遗传距离;遗传多样性;RAPD
中图分类号:Q948 文献标识码:A 文章编号:1000-3142(2012)02-0203-05
① Studyon genetic diversityof mangrove plant
Aegiceras corniculatumpopulations in Guangxi
PAN Wen1,LI Yuan-Yue2*,CHEN Pan3,ZHOU Han-Tao3,LIN Peng3
(1.College of Bioengineering,Jimei University,Xiamen 361021,China;2.College of Fisheries,Jimei University,
Xiamen 361021,China;3.School of Life Sciences,Xiamen University,Xiamen 361005,China)
Abstract:RAPD-PCR markers were used to investigate the genetic diversity and genetic differentiation among 3pop-
ulations with different habitats of Aegiceras corniculatumin Guanxi.The results showed that percentage of polymor-
phic band was 20.2%,and genetic distances among 3 A.corniculatumpopulations were 0.195,0.169and 0.26,re-
spectively,and 0.208on average.The percentage of polymorphic band and Shonnon’s diversity index among individ-
uals within the same population had the same trend,and each was 37.28%and 0.331,20.93%and 0.225,19.32%
and 0.17.A large proportion of genetic variance(62.3%)of A.corniculatumwas among individuals within popula-
tion,while only 37.7%genetic variance was among populations.
Key words:angrove;Aegiceras corniculatum;populations;genetic distances;genetic diversity;RAPD
红树植物是热带海岸潮间带的木本植物群落,
是热带海岸重要的植被类型,是维护海岸生态平衡
的特殊生态系统。红树林生态系统处于海洋与陆地
的动态交接面,是不同于陆地生态系统也不同于海
洋生态系统的独特的海陆边缘生态系统。在全球生
态平衡中起着不可替代的重要作用。红树林生态系
统在抵抗潮汐防护海岸、净化陆地径流和工农业生
产活动带来的污染中起着重要的作用。全世界现有
红树植物约20科,30属,70种;东方类群有19科
23属60种,西方类群有6科7属12种。中国红树
植物属于东方类群,现有红树植物12科15属27种
(含1变种),除两种蕨类外都是高大乔木或灌木,占
全球红树植物科数的60%、属数的56%、种数的
37%。其地理分布以海南省为主,其次为广东、广
① 收稿日期:2011-06-08 修回日期:2011-12-10
基金项目:福建省科技计划重点项目(2009Y0036)[Supported by Science and Technology Planning Key Project of Fujian Province(2009Y0036)]
作者简介:潘文(1967-),女,福建浦城县人,博士,主要从事分子生态学研究和教学,(E-mail)pcpanwen@163.com。
*通讯作者:李元跃,男,博士,主要从事植物学研究和教学,(E-mail)yuanyueli@163.com。
西、台湾和福建(林鹏,1984)。
广西红树植物分布广、面积大、生境多样复杂、
地理位置特殊,孕育了多种多样的红树植物群落。
由于不同种群间栖息的生境差异,有可能影响到这
个种群的生态和遗传本质(Hartl,1987)。本试验选
择广西3种不同生境(沙土、沙壤土、粘土)的红树植
物广布种桐花树种群为研究对象,采用RAPD方法
开展其遗传多样性和遗传分化研究,旨在探讨红树
植物的生物进化与生态环境的关系,为红树植物的
保护和利用提供依据。
1 材料与方法
1.1种群样地的选择
选取广西山口、大冠沙、钦州港3种不同生态环
境下的桐花树种群(以下分别称为山口种群、大冠沙
种群、钦州种群)作为考察和取样地点。山口种群位
于广西东南部合埔县山口镇英罗湾的山口国家级红
树林自然保护区内,土壤质地为粘土。大冠沙种群
位于北海市西南郊区,面积约67hm2,土壤质地为
沙土。钦州种群位于钦州市西南金鼓村旁,面积约
6hm2,土壤质地为沙壤土。3个种群所处气候和土
壤理化指标引用广西海洋研究所《广西北部湾红树林
生态系及其快速恢复的研究》,详见表1。
表1 桐花树种群样地气候和土壤理化指标
Table 1 Climate and chemistry physical as characteristic
of soils in sampling sites of Aegiceras corniculatum
类 别
Classification
山口种群
Shankou
population
大冠沙
种群
Daguansha
population
钦州种群
Qinzhou
population
有机质Organic matter(%) 3.478 3.738 2.514
全氮Total nitrogen(%) 0.079 0.151 0.065
全磷Total phosphorus(P2O5%)0.033 0.036 0.033
全盐量Total salt content(‰) 20.65 21.75 22.19
pH值pH value 5.14 6.74 7.1
经度Longitude(E) 109°43′ 109°14′ 108°20′
纬度Latitude(N) 21°28′ 21°26′ 21°37′
年均温Annual temperature(℃) 22.6 22.4 23.7
降雨量Precipitation(mm) 1796.8 1666.9 3512
1.2取样方法
利用种群取样法,在选定的种群样地中选择胸
径4cm以上、无病虫害的母树,每隔10~20m取1
株,每个种群取10个个体,采集幼嫩叶片单独标记,
叶片采集后置于-20℃冰箱或液氮储存备用。
1.3RAPD-PCR反应
从100个RAPD随机引物中筛选出10个能获
得清晰多态性条带、反应稳定的引物。DNA提取、
纯化参照周涵韬等(2001)的方法进行。RAPD-
PCR扩增总体积为25μL,包括 Tris-HCl 10.0
mmol/L(pH8.0),KCl 50.0mmol/L,0.1% Tri-
tonx-100,2.5 mmol/L MgCl2,0.1 mmol/L
dNTPs,0.4μmol/L引物,80ng的DNA模板,1U
Taq聚合酶。PCR循环设置为:94℃变性1min,36
℃退火1min,72℃延伸2min,共40个循环,然后
72℃延伸7min。反应产物在含有EB的1.4%琼
脂糖凝胶中电泳检测,电压为5V/cm,2h,电泳结
束后,在紫外检测仪上观察,并在凝胶成像系统保存
图像。RAPD引物以及 Taq酶等药品均购自上海
生工生物工程技术服务有限公司。
表2 3种不同生境下桐花树种群RAPD扩增结果
Table 2 Amplification of Aegiceras corniculatum
populations in 3kinds of habitats by RAPD
引物号
Primer
序列号
Sequence
扩增
条带
No.
of DNA
band
多态
条带
No.of
poly-
morphic
多态百分
率(%)
Percen-
tage
of poly
bands
S50 GGTCTACACC 22 4 18.18
S53 GGGGTGACGA 13 4 30.77
S55 CATCCGTGCT 18 0 0
S56 AGGGCGTAAG 16 4 25
S66 GAACGGACTC 17 2 11.76
S125 CCGAATTCCC 23 6 26.09
S141 CCCAAGGTCC 28 7 25
S148 TCACCACGGT 14 2 14.28
S152 TTATCGCCCC 22 10 45.45
S156 GGTGACTGTG 25 1 4
合计Total 198 40
平均Average 19.8 4 20.2
1.4数据统计分析
在RAPD扩增电泳图谱中,有带计为“1”,无带
计为“0”,强带和弱带均计为“1”。运用 Nei指数法
(Nei等,1979)计算遗传距离,采用 UPGMA(un-
weighted pair group mean average)进行聚类分析
(Vierling等,1992)。Shannon’s遗传多样性指数
估测参照Chalmers方法(Chalmers等,1992)。
2 结果与分析
2.1不同生境下桐花树种群的遗传分化
10个RAPD引物在3种生境桐花树种群共扩
402 广 西 植 物 32卷
图1 3种不同生境下桐花树种群RAPD扩增图谱
Fig.1 Genomic DNA fingerprints of Aegiceras corniculatumpopulations in 3kinds of habitats
1.大冠沙种群;2.钦州种群;3.山口种群;M为λDNA EcoRⅠ/HindⅢ。下同。
1.Daguansha population;2.Qinzhou population;3.Shankou population;M:λDNA EcoRⅠ/HindⅢ.The same below.
表3 3个不同生境下桐花树种群间遗传距离
Table 3 Genetic distance of Aegiceras corniculatum
populations in 3kinds of habitats by RAPD
大冠沙种群
Daguansha
population
钦州种群
Qinzhou
population
山口种群
Shankou
population
大冠沙种群
Daguansha population 0 0.805 0.831
钦州种群
Qinzhou population 0.195 0 0.740
山口种群
Shankou population 0.169 0.260 0
图2 3种不同生境下桐花树种群的遗传聚类图
Fig.2Molecular dendrogram of Aegiceras corniculatum
populations in three kinds of habitats by RAPD
增出198条带,其中具有多态性的扩增条带有40
条,扩增多态百分率为20.2%(表2),RAPD反应扩
增片断大部分集中在0.35~3.5kb范围内(图1)。
根据RAPD扩增结果,运用Nei指数法计算3
种不同生境桐花树种群间的遗传距离,大冠沙-钦
州、大冠沙-山口、钦州-山口两两之间的遗传距离
分别为0.195、0.169、0.26(表3)。表明3种不同生
境桐花树种群存在遗传分化,平均遗传距离为
0.208。聚类结果,大冠沙与山口2个种群聚为一
组,钦州种群单独聚为一组(图2)。
2.2不同生境桐花树种群的遗传多样性
10个RAPD引物在3种不同生境桐花树种群
内不同个体中扩增的条带数不一样(图3,图4),多
态百分率最高为钦州种群37.28%,其次为山口种
群20.93%,最小的为大冠沙种群19.32%(表4)。
从Shannon’s遗传多样性指数看,不同生境桐花树
种群有明显差异,以钦州种群最高,遗传多样性指数
为0.331,其次为山口种群,遗传多样性指数为
0.225,大冠沙种群的最低,遗传多样性指数为0.17
(表5),其大小顺序与多态百分率的结果一致。
由表6可知,3个种群内遗传多样性指数平均
为0.242,总的遗传多样性指数为0.394。其中种群
内遗传多样性比率为62.3%,种群间多样性比率为
37.7%。说明种群的遗传变异大部分存在种群内。
3 结论与讨论
3.1植物种群的遗传变异受其生长环境的影响
植物种群遗传变异性的分布和该物种的地理分
布情形、生态特征都有关系(Loveless等,1984)。遗
传分化是种群的普遍现象,影响遗传分化的因素很
多,尤其是微生境的异质性,因此各物种种群内遗传
分化也不同。不同的基因型在不同的微生境上适合
度相异,导致具相同基因型的个体集聚在其适宜的
生境中。黄生(1994)研究了秋茄(Kandelia can-
del)的区域性种群遗传结构,结果表明:生长在沼泽
区比干燥地带和潮湿地带的秋茄遗传上的分化程度
更低,并认为可能是沼泽区内的基因流更顺畅(Nm
5022期 潘文等:广西红树植物桐花树种群遗传多样性分析
图3 3种不同生境下桐花树种群内RAPD扩增图谱 (S156引物)
Fig.3 Genomic DNA fingerprints of Aegiceras corniculatumpopulations in 3kinds of habitats by S156RAPD primer
1-10.大冠沙种群;11-20.钦州种群;21-30.山口种群;M.λDNA EcoRⅠ/HindⅢ 分子量。下同。
1-10.Daguansha population;11-20.Qinzhou population;21-30.Sankou population;M.λDNA EcoRⅠ/HindⅢ.The same below.
图4 3种不同生境下桐花树种群内RAPD扩增图谱(S53引物)
Fig.4 Genomic DNA fingerprints of Aegiceras corniculatumpopulations in 3kinds of habitats by S53RAPD primer
表4 3种不同生境下桐花树种群内的RAPD扩增结果
Table 4 Amplification of Aegiceras corniculatumpopulations in 3kinds of 3habitats by RAPD
引物号
Primer
No.
大冠沙种群
Daguansha population
钦州种群
Qinzhou population
山口种群
Shankou population
扩增条带
No.of
DNA
band
多态性条带
No.of
polymorphic
多态百分率
Percentage of
poly bands
(%)
扩增条带
No.of
DNA
band
多态性条带
No.of
polymorphic
多态百分率
Percentage of
poly bands
(%)
扩增条带
No.of
DNA
band
多态性条带
No.of
polymorphic
多态百分率
Percentage of
poly bands
(%)
s50 38 18 47.37 23 13 56.52 22 12 54.55
s53 43 13 30.23 40 20 50 46 6 13.04
s55 58 18 31.03 36 16 44.44 34 14 41.18
s56 31 1 3.23 30 0 0 30 0 0
s66 48 8 16.67 48 28 58.33 37 17 45.95
s125 24 4 16.67 23 3 13.04 29 9 31.03
s141 71 11 15.49 60 40 66.67 68 8 11.76
s148 43 3 6.98 40 10 25 50 10 20
s152 40 0 0 37 3 8.11 35 5 14.29
s156 75 15 20 68 18 26.47 79 9 11.39
合计
Total
471 91 405 151 430 90
平均
Average
47.1 9.1 19.32 40.5 15.1 37.28 43 9 20.93
602 广 西 植 物 32卷
表5 RAPD引物对3种不同生境下
桐花树种群的遗传多样性指数
Table 5 Genetic diversity of Aegiceras corniculatum
populations in three kinds of habitats by RAPD
引物号
Primer No.
大冠沙种群
Daguansha
population
钦州种群
Qinzhou
population
山口种群
Shankou
population
s50 0.454 0.545 0.526
s53 0.282 0.48 0.11
s55 0.29 0.424 0.392
s56 0.012 0 0
s66 0.147 0.563 0.44
s125 0.147 0.11 0.29
s141 0.135 0.647 0.098
s148 0.049 0.23 0.18
s152 0 0.061 0.123
s156 0.18 0.245 0.094
平均Average 0.17 0.331 0.225
表6 3种不同生境桐花树种群内和
种群间的遗传多样性
Table 6 Genetic diversity with and betweent
Aegiceras corniculatumpopulations in
three kinds of habitats by RAPD analysis
引物号
Primer
种群内的遗
传多样性
Hpop
总的遗传
多样性
Hsp
种群内遗
传多性所
占比率
Hpop/Hsp
种群间多样
性所占比率
(Hsp-Hpop)
/Hsp
s50 0.508 0.619 0.821 0.179
s53 0.291 0.515 0.565 0.435
s55 0.369 0.514 0.718 0.282
s56 0.004 0.005 0.8 0.2
s66 0.383 0.403 0.95 0.05
s125 0.182 0.454 0.401 0.599
s141 0.293 0.679 0.432 0.568
s148 0.153 0.303 0.505 0.495
s152 0.061 0.116 0.526 0.474
s156 0.173 0.335 0.516 0.484
平均Average 0.242 0.394 0.623 0.377
=5.56),抵消了可能发生的种群分化。另一方面,
李军等(1995)对野生大豆种群内分化的研究表明,
种群内存在大量的遗传变异,但各样本的生化遗传
结构与环境之间不存在显著的相关性。这些研究有
力的说明种群内遗传分化受环境异质性的影响,而
分化大小则受到物种生物学性质的作用。
3.2广西不同生境桐花树遗传变异主要存在种群内
黎中宝等(2000)用等位酶研究不同生境桐花树
种群的遗传多样性和遗传分化,表明桐花树物种和
种群水平都维持有较高的遗传变异性,种群间的分
化度较低。种群间遗传分化系数为0.127,只有
12.7%的变异来自种群间。本研究表明,3种生境
桐花树种群间存在较低的遗传分化,种群间平均遗
传距离为0.208。根据Shannon遗传多样性指数显
示,3种生境桐花树种群间遗传多样性比率为
37.7%,种群内遗传多样性比率占62.3%,说明广
西桐花树种群的遗传变异大部分存在种群内。这与
黎中宝等(2000)的研究结论一致。
种群间分化与环境因子的选择和基因流的阻隔
有关。有些研究显示生态小环境的变异可导致不同
种群间在遗传结构上的显著差异 (Taylor等,
1990)。因此,不同种群间遗传变异大小可在某种程
度上说明该生物对不同环境适应的广泛程度。种群
间变异越大,该物种适应环境能力越强。桐花树为
广布红树种,且是虫媒异花授粉植物,配子为随机分
布。红树植物形成了适应漂流传播繁殖体的方式,
种子的传播是随机的。黎中宝等(2000)分析广西桐
花树种群间的基因流Nm=2.187。强大的基因流
可以阻止种群间的遗传分化,维持较低的遗传变异。
3.3适宜的环境有利于种群遗传变异的积累
遗传多样性是物种长期进化的产物,是种群生
存和发展的前提。任何物种,只有具备一定的遗传
多样性才能抵御自然界中的各种生存压力,否则灭
绝将是不可避免的(Avise等,1996)。当一个物种
遇到比较适宜的环境条件时,其个体就能不断增多,
种群结构也会发生变化,有利于遗传变异的积累。
本试验的三种生境中,大冠沙种群土质为沙土,遗传
多样性水平最低,山口种群土质为粘土,遗传多样性
水平次之,钦州种群生境为沙壤土,土壤质地优于大
冠沙种群和山口种群,其多样性水平也高于大冠沙
种群和山口种群,最有利于桐花树生长。可见,土壤
质地对红树植物遗传多样性具有一定的影响。
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