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长白山区不同花色杓兰属植物遗传多样性的ISSR分析



全 文 :第42卷 第9期
2014年9月
西北农林科技大学学报(自然科学版)
Journal of Northwest A&F University(Nat.Sci.Ed.)
Vol.42 No.9
Sep.2014
网络出版时间:2014-07-30 16:13 DOI:10.13207/j.cnki.jnwafu.2014.09.012
网络出版地址:http://www.cnki.net/kcms/doi/10.13207/j.cnki.jnwafu.2014.09.012.html
长白山区不同花色杓兰属植物
遗传多样性的ISSR分析
 [收稿日期] 2013-06-28
 [基金项目] 农业部野生植物资源调查项目(2012Z32);吉林省科技厅项目(20100254)
 [作者简介] 孙叶迎(1988-),女,吉林舒兰人,在读硕士,主要从事分子生物学研究。E-mail:sunyeying3928@163.com
 [通信作者] 刘洪章(1957-),男,吉林长春人,教授,博士生导师,主要从事果树种质资源学、经济作物资源与生物技术研究。
E-mail:lhz999@126.com
孙叶迎a,陈丽飞b,刘树英a,刘 昕a,曹 岩a,刘洪章a
(吉林农业大学a生命科学学院,b园艺学院,吉林 长春130118)
[摘 要]  【目的】分析长白山地区不同花色杓兰属植物的遗传多样性。【方法】采用ISSR分子标记技术,对长
白山区8个花色11个杓兰属植物个体的遗传多样性进行分析,用Popgen32软件分析 Nei’s基因多样性和Shannon
信息指数,采用UPGMA法进行聚类分析。【结果】筛选出11条ISSR引物,共扩增出94条条带,其中多态性条带86
条,多态基因位点比例为91.5%,平均有效等位基因数为1.418 2,平均Nei’s基因多样性为0.250 0,平均Shannon信
息指数为0.369 7,样品间的遗传距离为0.010 5~0.969 7。【结论】长白山区杓兰属植物具有较丰富的遗传多样性,
聚类结果与形态学分类结果基本一致。
[关键词] 长白山区;杓兰属;简单重复序列区间;遗传多样性
[中图分类号] S682.31 [文献标志码] A [文章编号] 1671-9387(2014)09-0137-07
ISSR analysis for genetic diversity of Cypripedium
in Changbai Mountain area
SUN Ye-yinga,CHEN Li-fei b,LIU Shu-yinga,
LIU Xina,CAO Yana,LIU Hong-zhanga
(aCollege of Life Science,b College of Horticulture,Jilin Agricultural University,Changchun,Jilin130118,China)
Abstract:【Objective】The objective of this article was to analyze the genetic diversity of Cypripedium
plants with different colors.【Method】The genetic diversity of 11 Cypripediumindividuals belonging to 8
color types in Changbai Mountain area was analyzed using ISSR marker.Nei’s genetic diversity index and
Shannon information index were calculated using Popgen 32software.Cluster analysis was also conducted
using UPGMA.【Result】Eleven primers were selected and applied for PCR amplification.A total of 94
bands were produced and 86of them were polymorphic with the PPB of 91.5%.The average effective num-
ber of aleles,Nei’s gene diversity and Shannon information index were 1.418 2,0.250 0,and 0.369 7,re-
spectively.The distance between 11individuals was 0.010 5-0.969 7.【Conclusion】Cypripediumplants
in Changbai Mountain area had comparatively great genetic diversity.Clustering analysis results were gen-
eraly consistent with morphological taxonomy results.
Key words:Changbai Mountain;Cypripedium;ISSR;genetic diversity
  杓兰属(Cypripedium)是兰科的一个属,多年 生草本植物[1]。杓兰属植物最显著的特征是其花唇
瓣特化成兜状,因此,有人称之为“大口袋花”。杓兰
属植物低垂的花瓣酷似拖鞋,生活在终年云雾缭绕、
遍地野花的高山上,也被称为“仙女的拖鞋”,西方人
美其名曰“lady’s slipper”,即拖鞋兰[2]。此属植物
花形奇特,颜色艳丽,株型优雅多姿,观赏价值极高,
深受园艺学家们的喜爱,并将收集杓兰属植物作为
目标[3]。杓兰属的地理分布式样较杓兰亚科中其他
4个属复杂[1,4]。50余种杓兰属植物广泛分布在北
半球温带和亚热带山地,东亚和北美为主要的分布
中心[1,5]。我国杓兰属植物种类繁多,资源丰富,被
称作杓兰资源多样性中心[6-7]。据《中国植物志》记
载,中国有杓兰属植物32种及1个变种,近年来报
道或正式命名的新品种有4个[8-11],共36种,1个变
种,其中21种及1变种是我国的特有种。据《东北
植物检索表》记载,东北地区分布的杓兰属植物有大
花杓兰、斑花杓兰、杓兰和黄铃杓兰4个种及大白花
杓兰1个变型[12]。长白山地区除了上述杓兰属植
物外还有东北杓兰、山西杓兰,但在长白山地区,甚
至东北地区均未见黄铃杓兰的模式标本植物[13]。
目前,杓兰属植物由于遭破坏性采挖加之其繁育困
难,造成其种群数量下降,已处于严重濒危状态[14],
被列入《野生动植物濒危物种国际贸易公约》的保护
范围[1,15-16]。种群内遗传多样性的丢失会导致物种
对环境变化的适应性降低,增加了灭绝的危险,所
以,对于幸存的濒危物种而言,研究其遗传多样性,
对濒危物种的管理保护及遗传多样性的评定至关重
要[3,17-18]。
ISSR(Inter simple sequence repeats)又称简单
重复序列区间,是由Zietkiewicz等[19]创建的新型分
子标记技术。它是在SSR分子标记的基础上建立
起来的,与SSR分子标记相比无需知道DNA序列
的信息;重复性好,克服了RAPD分子标记不稳定
的缺点。在真核生物中,微卫星DNA分布广泛,且
变异速度快,利用ISSR引物对微卫星DNA序列进
行扩增,能够快速检测出差异位点,因此ISSR标记
在植物遗传育种研究中得到广泛应用。但在杓兰属
植物的研究中尚未见报道。
本试验采用ISSR分子标记技术对长白山区不
同花色的杓兰属植物进行研究探讨,对其遗传多样
性以及亲缘关系进行分析,全面掌握长白山区现有
杓兰属种质资源的遗传多样性,减少育种工作中亲
本选择的盲目性,提高育种效率,以期更好地对濒危
物种进行保护。
1 材料与方法
1.1 材 料
供试材料采自于长白山区,分别为大花杓兰
(Cypripedium macranthumSw.)、东北杓兰(Cyp-
ripedium×ventricosumSw.)、杓兰(Cypripedium
calceolus L.)、山西杓兰(Cypripedium shanxiense
S.C.Chen)4个种,以萼片颜色区分,共8个颜色11
个个体,具体如表1所示。于2012-06采集各种植
物新鲜叶片置于冰盒中带回,于-80℃低温冰箱保
存。
表1 供试杓兰属植物材料的概况
Table 1 General information of tested Cypripediumplants
编号
Number
种名
Species
萼片颜色
Sepals color
编号
Number
种名
Species
萼片颜色
Sepals color
B1
大花杓兰
Cypripedium macranthumSw.
浅粉红色
Baby pink
B7
杓兰
Cypripedium calceolus L.
栗色
Maroon
B2
大白花杓兰
Cypripedium macranthumSw.
白色
White B8
杓兰变型
Forma of Cypripedium
紫红色
Purple
B3
大花杓兰
Cypripedium macranthumSw.
深粉红色
Radiance B9
山西杓兰
Cypripedium shanxiense.S.C.Chen
褐色
Brown
B4
东北杓兰
Cypripedium×ventricosumSw.
粉白色
Pink-white
B10
东北杓兰
Cypripedium×ventricosumSw.
紫红色
Purple
B5
杓 兰
Cypripedium calceolus L.
紫红色
Purple
B11
山西杓兰
Cypripedium shanxiense.S.C.Chen
褐色
Brown
B6
大花杓兰
Cypripedium macranthumSw.
粉红色
Pink
1.2 方 法
1.2.1  基因组 DNA 提取及质量检测   采用
CTAB法[20-21]提取4种植物11个个体的基因组
DNA,并用10g/L琼脂糖凝胶电泳检测基因组
DNA质量,凝胶成像系统(UVP GelDoc-ItTM 型)
照相,保存。再用Bi-PHotomete(EPpendor公司)
核酸检测仪测定OD260/OD280及OD260/OD230,检测
DNA样品的纯度与浓度。
1.2.2 ISSR-PCR扩增与电泳 试验用哥伦比亚
大学报道的植物通用的ISSR引物和相关文献报道
的引物[22-23],均由北京三博远志生物技术有限责任
公司合成,共37个。从中筛选扩增条带清晰、多态
831 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第42卷
性高、重现性好的引物,参考不同引物的退火温度,
采用梯度PCR确定每个引物的退火温度。扩增反
应在PCR(德国Eppendorf Mastercycler personal)
扩增仪上进行。ISSR 反应体系25μL:1.5μL
DNA模板(20ng/μL),1.5μL引物(10μmol/L),2
μL dNTP(2.5mmol/L,宝生物工程 (大连)有限
公司),2.5μL 10×PCR buffer,0.15μL Taq DNA
聚合酶(5U/μL,宝生物工程 (大连)有限公司);
17.35μL ddH2O。PCR扩增程序:94℃预变性4
min,94℃变性1min;55~57℃退火1min,72℃
延伸1.5min,35个循环;72℃延伸10min,4℃15
min终止反应。所得产物用60g/L聚丙烯酰胺凝
胶电泳(1×TBE)检测,560V电压电泳1h,再用体
积分数10%醋酸溶液固定30min,银染10min,强
碱显影直至条带清晰,照相,观察扩增结果。所有试
验均重复2次。
1.3 数据统计与分析
用聚丙烯酰胺凝胶对扩增产物进行分离后,对
电泳图进行人工读带。其中每条带视为1个分子标
记[21],即1个引物的结合位点,以250bp DNA lad-
der为标准,对重复性好的条带进行统计,无论强弱
有则记为1,无则记为0,模糊不清的条带也记为0。
将数据输入数据矩阵,使用 NTSYS-pc软件对不同
花色杓兰属植物之间的相似系数进行分析,采用
UPGMA法分析样品间的遗传关系,进行聚类分析。
用Popgene32软件[24]分析观测的等位基因数(na)、
有效等位基因数(ne)、Nei’s基因多样性(He)、
Shannon信息指数(Ho)和遗传距离。
2 结果与分析
2.1 ISSR-PCR引物筛选及扩增
随机选取3份供试材料作为模板进行扩增,结
果显示,在37个引物中筛选出14个条带清晰、具有
差异的引物;再用这14个引物分别对11份材料进
行复筛,最终确定扩增效果较好的11个引物(表
2)。引物 UBC835对11个个体的DNA扩增结果
见图1。经统计11个引物共扩增出94条条带,平
均每个引物获得8.5条条带,其中多态性条带为86
条,多态基因位点比例为91.5%(表2)。
表2 对11份杓兰属植物材料扩增效果好的ISSR引物序列及多态性分析
Table 2 Sequences of ISSR primers and polymorphic analysis
引物
Primer
序列
Sequence
退火温度/℃
Annealing temp.
扩增条带数
Nb
多态条带数
Npb
多态基因位点比例%
Ratio
UBC811 (GA)8C  56  4  3  75.0
UBC826 (AC)8C  57  7  6  85.7
UBC827 (AC)8G  58  8  8  100.0
UBC834 (AG)8YT  55  15  15  100.0
UBC835 (AG)8YC  57  13  11  84.6
UBC836 (AG)8YA  57  5  4  80.0
UBC840 (GA)8YT  57  9  9  100.0
UBC841 (GA)8YC  55  8  8  100.0
UBC844 (CT)8RG  56  9  9  100.0
UBC855 (AC)8YT  57  9  8  88.9
UBC856 (AC)8YA  57  7  5  71.4
总计 Total - - 94  86  91.5
图1 引物UBC835对11份杓兰属植物材料的ISSR-PCR扩增结果
Fig.1 ISSR-PCR amplification of 11 Cypripediumplants by primer UBC835
931第9期 孙叶迎,等:长白山区不同花色杓兰属植物遗传多样性的ISSR分析
2.2 杓兰属植物的ISSR特异性标记
图2、3分别为引物 UBC844、UBC856对11分
杓兰属植物材料基因组DNA的扩增结果。本研究
中,11条引物共产生了9条特异性条带,具有特异
性条带的植物样品见表3。由表3可以看出,深粉
色大花杓兰B3 和栗色的杓兰B7 特异性标记最多,
各有3条;紫红色杓兰B5、粉红色大花杓兰B6、紫红
色东北杓兰B10各有1条特异性条带。
图2 引物UBC844对11份杓兰属植物材料的ISSR-PCR扩增结果
箭头所示为特异性条带,下图同
Fig.2 ISSR-PCR amplification of 11 Cypripediumplants by primer UBC844
Arrows indicated the specific bands,the same below
图3 引物UBC856对11份杓兰属植物材料的ISSR-PCR扩增结果
Fig.3 ISSR-PCR amplification of 11 Cypripediumplants by primer UBC856
表3 杓兰属植物的ISSR特异性标记样品
Table 3 Specific markers for Cypripediumsamples
样品编号
Sample code
种名
Species
萼片颜色
Sepals color
特异性标记
Specific marker
B3 大花杓兰Cypripedium macranthumSw. 深粉红色 Radiance  UBC844 15 000bp,900bp;UBC856 1 200bp
B5 杓兰Cypripedium calceolus L. 紫红色Purple  UBC840 2 000bp
B6 大花杓兰Cypripedium acranthumSw. 粉红色Pink  UBC855 2 000bp
B7 杓兰Cypripedium calceolus L. 栗色 Maroon  UBC834 500bp;UBC856 2 000bp,1 000bp
B10 东北杓兰Cypripedium×ventricosumSw. 紫红色Purple  UBC844 1 000bp
2.3 杓兰属植物的遗传多样性
表4显示,11份材料的平均有效等位基因数为
1.418 2,平均 Nei’s基因多样性为0.250 0,平均
Shannon信息指数为0.369 7。其中 Nei’s基因多
样性最大值为0.500 0,最小值为0.0000;Shannon
信息指数最大值为0.693 1,最小值为0.0000,可
见,各位点遗传多样性程度存在较大差别。
表4 不同花色杓兰属植物材料的遗传多样性
Table 4 Genetic diversity of Cypripediumplants with different colors
样品
Sample code
样本大小
Sample size
观测的等位基因数
na
有效等位基因数
ne
Nei’s基因多样性
He
Shannon信息指数
Ho
B1 4  1.000 0  1.000 0  0.000 0  0.000 0
B2 4  2.000 0  1.600 0  0.375 0  0.562 3
B3 4  1.000 0  1.000 0  0.000 0  0.000 0
041 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第42卷
续表4 Continued table 4
样品
Sample code
样本大小
Sample size
观测的等位基因数
na
有效等位基因数
ne
Nei’s基因多样性
He
Shannon信息指数
Ho
B4 4  2.000 0  1.600 0  0.375 0  0.562 3
B5 4  2.000 0  1.600 0  0.375 0  0.562 3
B6 4  1.000 0  1.000 0  0.000 0  0.000 0
B7 4  1.000 0  1.000 0  0.000 0  0.000 0
B8 4  2.000 0  1.600 0  0.375 0  0.562 3
B9 4  2.000 0  1.600 0  0.375 0  0.562 3
B10 4  2.000 0  2.000 0  0.500 0  0.693 1
B11 4  2.000 0  1.600 0  0.375 0  0.562 3
平均值 Mean  4  1.636 4  1.418 2  0.250 0  0.369 7
2.4 杓兰属植物的遗传距离和相似系数
11份材料的遗传距离和遗传相似系数见表5。
表5显示,样本间的遗传距离为0.010 5~0.969 7,
其中B4 大花杓兰(浅粉红色)与B6 东北杓兰(粉白
色)之间的遗传距离最小,为0.010 5;B4 大花杓兰
(浅粉红色)与B5 杓兰(紫红色)及B9 山西杓兰(褐
色)与B10东北杓兰(紫红色)的遗传距离均最大,为
0.969 7。
表5 不同花色杓兰属遗植物的遗传距离(对角线以下)和相似系数(对角线以上)
Table 5 Nei’s genetic distance(above diagonal)and identity(below diagonal)of Cypripediumplants with different colors
编号
Code B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B10 B11
B1 **** 0.840 6  0.977 3  0.715 2  0.897 9  0.447 7  0.841 7  0.269 1  0.758 9  0.628 6  0.422 4
B2 0.159 4 **** 0.633 4  0.664 7  0.664 7  0.341 6  0.210 2  0.438 2  0.823 5  0.604 4  0.686 3
B3 0.022 7  0.366 6 **** 0.491 9  0.253 7  0.741 9  0.742 3  0.232 7  0.292 1  0.893 9  0.712 7
B4 0.284 7  0.335 3  0.508 6 **** 0.030 3  0.989 6  0.491 0  0.696 6  0.961 9  0.441 2  0.202 1
B5 0.102 1  0.335 3  0.746 3  0.969 7 **** 0.048 7  0.663 6  0.752 2  0.048 7  0.637 4  0.483 3
B6 0.552 3  0.658 4  0.258 1  0.010 5  0.951 3 **** 0.125 5  0.728 7  0.731 3  0.607 3  0.884 0
B7 0.158 3  0.789 8  0.257 7  0.529 1  0.336 4  0.874 7 **** 0.211 8  0.339 8  0.814 6  0.365 5
B8 0.730 9  0.562 0  0.767 3  0.303 4  0.247 8  0.271 3  0.789 8 **** 0.524 8  0.705 6  0.434 6
B9 0.241 1  0.176 4  0.707 9  0.038 1  0.951 3  0.268 7  0.660 2  0.475 2 **** 0.030 1  0.922 4
B10 0.371 4  0.395 9  0.106 1  0.558 8  0.362 6  0.392 7  0.185 4  0.294 4  0.969 7 **** 0.785 1
B11 0.577 6  0.313 7  0.287 3  0.797 9  0.516 7  0.116 0  0.634 5  0.565 4  0.077 6  0.215 1 ****
2.5 杓兰属植物的聚类分析
图5为8个不同花色11个杓兰属植物个体的
ISSR聚类图。在相似系数为0.62时,将11个材料
分为2类,4种颜色的大花杓兰分为一类,另一类为
2种花色的杓兰、东北杓兰、山西杓兰以及紫红色杓
兰变型。相似系数为0.66时,将第1类中的粉红色
大花杓兰单分为一组;第2类中分为2组:2种花色
的杓兰与2种花色的东北杓兰分为一组,2种花色
山西杓兰与杓兰变型分为一组。
图4 11个杓兰属植物的聚类分析结果
Fig.4 UPGMA dendrogram of 11 Cypripediumplants
141第9期 孙叶迎,等:长白山区不同花色杓兰属植物遗传多样性的ISSR分析
3 讨 论
3.1 杓兰属植物的遗传多样性
本研究结果表明,长白山区杓兰属植物的多态
基因位点比例为91.5%,平均 Nei’s基因多样性
(He)为0.250 0,平均Shannon信息指数(Ho)为
0.369 7,表现出较高的遗传多样性。Takeshi等[3]
对日本礼文岛濒危大花杓兰的遗传多样性研究结果
表明,礼文岛的大花杓兰具有较高的遗传多样性,多
态基因位点比例为62%,观测的等位基因数为
1.85,有效等位基因数为1.28,Nei’s基因多样性为
0.187,Shannon信息指数为0.163,较长白山区杓
兰属植物遗传多样性低;Brzosko等[25]研究表明,
C.calceolus的遗传多样性(多态基因位点比例为
46%,观测的等位基因数为1.73,Nei’s基因多样性
为0.156,Shannon信息指数为0.184)也比长白山
区杓兰属植物低。而蔡凝枫等[26]采用RAPD标记
对云南中甸黄花杓兰的遗传多样性进行研究,发现
其多态基因位点比例为82.69%,Nei’s基因多样性
为0.288 4,Shannon信息指数为0.431 2;Michael
等[27]发现,欧洲西北部杓兰的多态基因位点比例为
82.5%,观测的等位基因数为1.278,Nei’s基因多
样性为0.40~0.53。可见以上地区杓兰属植物均
较长白山区杓兰属植物的遗传多样性高。推断野生
杓兰属资源遭到破坏的主要原因是人类的滥采滥
挖,对其进行保护可从以下2点入手:1)建立自然
保护区,加强对其生境的保护,禁止滥采滥挖,尤其
是商业性质的采集;2)生境破坏严重的地区可以进
行迁地保护。
3.2 杓兰属植物的聚类分析
杓兰属植物隶属于兰科杓兰属,与其他兰科植
物一样,都是单子叶植物,杂交范围宽,种间甚至属
间都能杂交。兰科植物多适应虫媒传粉,花部特征
都表现出高度适应和特化,在自然杂交中变异性大,
种间种类很多,种的界限不清楚,一般多依照形态学
分类。本研究采用ISSR分子标记方法,对长白山
区8种不同花色11个杓兰属植物个体进行了分类,
结果显示,分子标记的分类结果与形态学的分类结
果存在一定程度的一致性,大白花杓兰B2 是大花杓
兰的一个变型,其花唇瓣与萼片颜色都为纯白色。
由聚类结果可知,大白花杓兰与浅粉红色的大花杓
兰B1 关系更近,在聚类图上处于同一分支,这与形
态学分类结果一致;而东北杓兰是杓兰与大花杓兰
的天然杂交种,花型在形态上更接近于大花杓兰,但
却与杓兰聚为一类,由此可见,东北杓兰与杓兰的关
系更为密切。杓兰变型(B8)植物中,其每株植株上
具有2朵花,萼片颜色为紫红色,花唇瓣颜色为黄
色,具有褐色斑点,颜色与杓兰相似;此外,其上面花
朵的下萼片浅裂,下面花朵的下萼片深裂,与山西杓
兰相似,可见B8 是介于杓兰与山西杓兰之间的一个
变型,但在有关的文献中并无记载,是一个新类型,
本研究将其暂定为杓兰变型,聚类结果显示其与山
西杓兰聚为一类,可见其与山西杓兰的亲缘关系更
近一些,是山西杓兰的一个变型。
[参考文献]
[1] Cribb P.The genus Cypripedium [M].Portland:Time Press,
1997:126.
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