全 文 :第39卷第2期
2016年3月
河 北 农 业 大 学 学 报
JOURNAL OF AGRICULTURAL UNIVERSITY OF HEBEI
Vol.39No.2
Mar.2 0 1 6
文章编号:1000-1573(2016)02-0021-07 DOI:10.13320/j.cnki.jauh.2016.0028
拟南芥响应3-羰基己酰基高丝氨酸内酯的
膜蛋白质组分析
赵 芊1,2, 牛亚丽1, 张肖晗1,3, 刘 方1,2, 贾振华1,2,
马 宏1,2, 宋水山1,2
(1.河北省科学院 生物研究所,河北 石家庄 050051;2.河北省农作物主要病害微生物控制工程技术研
究中心 ,河北 石家庄 050051;3.河北工业大学 化工学院 ,天津 300130)
摘要:为了探索植物响应细菌信号N-酰基高丝氨酸内酯(AHLs)的分子机制。本文利用二维差异凝胶电泳技
术分析了3-羰基己酰基高丝氨酸内酯(3OC6-HSL)处理引起拟南芥膜蛋白质组的变化情况,结果表明3OC6-
HSL共诱导53个蛋白点发生显著变化,涉及天然免疫、逆境胁迫响应、碳代谢、能量代谢、光合作用等多种生
物学功能,暗示了3OC6-HSL在调控植物生长发育和抗逆性方面发挥着重要作用,可为阐明植物-细菌跨界通
讯的分子机制提供更多的功能蛋白质信息。
关 键 词:N-酰基高丝氨酸内酯;膜蛋白质组;二维差异凝胶电泳;生长发育;抗逆性
中图分类号:Q946.1 文献标志码:A
收稿日期:2015-11-20
基金项目:国家自然科学基金(31270880);河北省自然科学基金(C2015302020);河北省科学院高层次人才项目
(20150503LR62-10)资助.
作者简介:赵 芊(1977-),女,河北省石家庄人,研究方向为植物-微生物跨界通讯分子机制.
通讯作者:宋水山(1963-),男,河北省石家庄人,研究方向为植物-微生物跨界通讯分子机制.
Membrane proteomics of Arabidopsisresponse to N-3-oxo-hexanoyl
homoserine lactone
ZHAO Qian1,2,NU Ya-li 1,ZHANG Xiao-han1,3,LIU Fang1,2,JIA Zhen-hua1,2,
MA Hong1,2,SONG Shui-shan1,2
(1.Biology Institute,Hebei Academy of Sciences,Shijiazhuang 050051,China;2.Hebei Engineering and
Technology Center of Microbiological Control on Main Crop Disease,Shijiazhuang 050051,China;3.Colege of
Chemistry and Engineering,Hebei University of Technology,Tianjin 300130,China)
Abstract:In this study,the membrane proteomics of Arabidopsisresponse to N-3-oxo-oc-
tanoyl homoserine lactone(3OC6-HSL)was analyzed by two-dimensional difference gel elec-
trophoresis(2D-DIGE).The results revealed that the abundance of 53protein spots was sig-
nificantly altered.These 3OC6-HSL-responsive proteins were involved in a variety of physio-
logical processes,including metabolisms of carbohydrate and energy,innate immunity,stress
resistance,photosynthesis and so on.These data indicated that 3OC6-HSL might play an im-
portant role in regulating plant growth and stress resistance.In this study,the new informa-
河 北 农 业 大 学 学 报 第39卷
tion of functional proteins wil help to reveal the mechanism of plant-bacterial cross communi-
cation.
Keywords:AHLs;membrane proteomics;2D-DIGE;growth and development;stress resist-
ance
植物与细菌的相互作用是通过许多信号分子介
导的。革兰氏阴性细菌利用N-酰基高丝氨酸内酯
(N-acyl-homoserine lactones,AHLs)介导的细菌
群体感应(Quorum sensing,QS)[1]调控细菌多种生
物学功能 [2-3]。近年来的研究表明,AHLs能够被
宿主植物感知进而调控植物的细胞反应,是介导植
物-微生物跨界通讯的信号分子[4]。Schuhegger
等[5]研究发现,番茄(Lycopersicon esculentum)根际
定殖产 AHLs的菌Serratia liquefaciens MG1可
增强番茄对病原真菌Alternaria alternata 的系统
抗性,而不产AHLs的突变株 MG44则不能产生这
种效应,基因芯片和 Northern blot的研究表明,
AHLs可诱导水杨酸和乙烯通路的防卫基因的表
达。Ortíz-Castro等[6]通过测定不同浓度 AHLs处
理后拟南芥生长表型变化,发现登酰基高丝氨酸内
酯(C10-HSL)主要改变拟南芥的根系结构,影响主
根生长以及侧根和根毛的形成和发育。Liu等[7]报
道,3-羰基己酰基高丝氨酸内酯(3OC6-HSL)和3-
羰基辛酰基高丝氨酸内酯(3OC8-HSL)促进拟南芥
主根的生长,G 蛋白偶联受体-G 蛋白信号系统、
Ca2+-CaM信号系统参与AHLs对拟南芥根生长的
调控[7-12]。但是,植物感知并响应 AHLs信号的分
子机制还不清楚。
蛋白质组学方法是在整体水平上研究植物感应
细菌AHLs的蛋白质组成及其活动规律的有效方法。
前人通过蛋白质双向凝胶电泳(2-DE)分析了植物可
溶性全蛋白对细菌AHLs的响应,发现3-羟基十二烷
酰高丝氨酸内酯(3OC12-HSL)和3OC16:1-HSL处理
蒺藜苜蓿根后,150多种蛋白质的表达量发生了变
化,其中包括参与寄主防卫反应、逆境响应、能量和代
谢活性、转录调控、蛋白质加工、细胞骨架活性和植物
激素响应调控的蛋白质[13];3OC8-HSL处理引起拟南
芥蛋白质组发生变化,涉及碳代谢、能量代谢、光合作
用、氨基酸代谢、蛋白质翻译加工、防卫反应、信号转
导、细胞骨架、物质运输等多个生物学过程[14]。二维
差异凝胶电泳(2D-DIGE)技术是在双向凝胶电泳基
础上发展起来的一种新兴的荧光标记的蛋白质组学
技术,通过双荧光标记将不同的样本在相同的凝胶中
进行分离和丰度分析,消除不同凝胶中蛋白迁移率偏
差的问题,因而具有更高的灵敏度和准确性。细胞膜
结构作为细胞系统的边界,无论是控制物质进出、信
息交流、细胞代谢还是免疫方面都有着极其重要的作
用。为此,本研究利用2D-DIGE技术分析细菌信号
分子3OC6-HSL处理引起拟南芥膜蛋白质组的变化
情况,以期为阐明植物-细菌跨界通讯的分子机制提
供更多的功能蛋白质的信息。
1 材料与方法
1.1 拟南芥的培养
拟南芥野生型(Columbia-0,Col-0)由本实验室
保存。拟南芥种子消毒与培养参见Zhao等的方
法[12]。水培培养的拟南芥,加入无菌的1μmol/L
3OC6-HSL(Sigma公司)进行处理,以未添加3OC6-
HSL处理的同期培养的拟南芥为对照,分别在处理
3h和6h取样用于膜蛋白的提取。
1.2 拟南芥粗膜蛋白的提取和2D-DIGE分离
准确称取新鲜拟南芥样品3~6g,按照 Tang
等的方法[15]进行拟南芥粗膜蛋白的提取和2D-
DIGE分离。按照CyDye DIGE(GE公司)试剂盒
的操作指南,取蛋白于冰上避光进行荧光标记,正向
标记为未处理组标记绿色荧光染料 Cy3、3OC6-
HSL处理组标记红色荧光染料Cy5,反向标记为未
处理组标记Cy5、3OC6-HSL处理组标记Cy3。标
记好的蛋白样品采用Ettan 2-D DIGE荧光差异凝
胶电泳系统(GE公司)电泳分离。蛋白含量采用
Bradford法[16]测定,上样量为100μg,采用24cm、
pH 3~10的IPG胶条,10%SDS-PAGE在4℃冷
室中避光电泳。电泳胶由 Typhoon 9300扫描仪
(GE公司)设置Cy3、Cy5双荧光通道进行扫描,Im-
age Quant软件导出胶图,DeCyder 7.0软件分析电
泳结果,将蛋白表达量丰度变化大于2倍、正反向标
记位置相同但荧光颜色变化相反的蛋白点认定为差
22
第2期 赵 芊等:拟南芥响应3-羰基己酰基高丝氨酸内酯的膜蛋白质组分析
异表达蛋白(P<0.05),导出差异表达蛋白点坐标。
1.3 差异膜蛋白的质谱鉴定
将差异蛋白坐标导入Ettan Spot picker(GE公
司),机械挖取差异蛋白点,送北京华大蛋白公司进行
MALDI-TOF质谱鉴定,与中国生物医学分析中心蛋白
质组网、Mascot工具网检索相匹配肽段的指纹图谱,在
拟南芥数据库Tair网上查询相关蛋白的功能信息。
2 结果与分析
2.1 3OC6-HSL诱导拟南芥膜蛋白质组变化
正向标记中表达量上调的蛋白点显示红色荧
光,下调蛋白点显示绿色荧光,无差异蛋白点显示黄
色荧光;反向标记差异蛋白点荧光显示与正向标记
相反。对正反向标记分离的相同位置蛋白点进行对
比分析,最终确定差异蛋白质。结果如图1所示,
2D-DIGE共分离检测到蛋白质点约4 000个,通过
正反向标记重复检测,3OC6-HSL共诱导53个蛋白
点发生显著变化(表达丰度变化>2倍,P<0.05),
其中3OC6-HSL处理3h得到具有显著表达差异的
蛋白点31个,12.9%上调,87.1%下调;3OC6-HSL
处理6h得到具有显著表达差异的蛋白点45个,
64.4%上调,35.6%下调;3h和6h共同变化的蛋
白点23个。
A.3OC6-HSL处理3h的正标图;B.3OC6-HSL处理3h的反标图;C.3OC6-HSL处理6h的正标图;D.3OC6-HSL处理6h的反标图.
图1 3OC6-HSL诱导拟南芥膜蛋白质组表达变化的2D-DIGE图
Fig.1 2D-DIGE gels results of Arabidopsis membrane proteomics induced by 3OC6-HSL
2.2 差异表达膜蛋白质的质谱鉴定和功能分类
将53个差异表达蛋白点进行 MALDI-TOF-
MS质谱分析,Mascot比对,共鉴定出24个阳性蛋
白质,蛋白分子量和等电点与理论值基本一致。这
些蛋白分别定位在细胞质膜、液泡膜、类囊体膜、叶
绿体膜、线粒体膜等部位,包括甘露糖结合凝集素超
家族、糖基水解酶超家族、热激蛋白家族、3-磷酸甘
油醛脱氢酶、果糖二磷酸醛缩酶、二磷酸核酮糖羧化
酶、ATP合酶、叶绿体蛋白等。鉴定出的蛋白质详
细信息见表1。
32
河 北 农 业 大 学 学 报 第39卷
表1 3OC6-HSL处理拟南芥差异表达蛋白质的 MALDI-TOF-MS鉴定
Table 1 Differentialy expressed proteins identified by MALDI-TOF-MS in Arabidopsis after 3OC6-HSL treatment
蛋
白
点
Spot
匹配蛋白质
Protein description
分子量(理论
值/实验值)
MW/kDa
(theoretical/
experimental)
等电点(理论
值/实验值)
PI(theoretical/
experimental)
分值
Score
基因位点
AGI
3h表达
变化
Changes
in 3h
6h表达
变化
Changes
in 6h
定位
Location
天
然
免
疫
3
甘露糖结合凝
集素超家族,JAL34
72.47/80.37 5.17/5.19 2751 At3g16460 下调 上调 细胞膜
23
甘露糖结合凝
集素超家族,JAL35
48.50/48.52 4.91/5.01 1749 At3g16470 下调 不变 细胞膜
10
糖基水解酶超
家族BGLU23,PYK10
59.71/60.20 6.91/7.01 1200 At3g09260 下调 上调 细胞膜
14
糖基水解酶超
家族BGLU22
59.78/60.14 7.22/7.92 449 At1g66280 下调 上调 细胞膜
逆
境
胁
迫
响
应
7 热激蛋白 HSP81-3 80.05/71.92 4.67/4.65 154 At5g56010 下调 上调 质膜
8 热激蛋白 HSP 70 71.10/71.46 4.88/4.80 40 At3g12580 下调 上调 质膜,液泡膜
37 GDSL-脂肪酶,GLL23 43.14/43.57 8.19/8.96 1167 At1g54010 下调 上调 液泡膜
4 转酮醇酶1,TKL1 79.97/80.29 6.32/5.32 328 At3g60750 下调 上调 叶绿体膜
49 乙二醛酶1,GLX1 36.29/31.97 5.16/4.81 775 At1g11840 下调 下调
叶绿体膜,
质膜
36 过氧化物酶超家族 39.34/39.60 6.21/8.43 449 At3g32980 下调 上调 细胞膜
碳
代
谢
40
3-磷酸甘油醛脱氢酶,
GAPA-1
42.49/40.75 7.89/7.73 1057 At3g26650 不变 下调 叶绿体膜
35
3-磷酸甘油醛脱氢酶,
GAPA-2
42.85/39.11 8.20/8.02 1121 At1g12900 下调 不变 叶绿体膜
26
3-磷酸甘油醛脱氢酶
GAPB
47.66/45.09 6.78/6.10 1679 At1g42970 不变 下调 叶绿体膜
41
3-磷酸甘油醛脱氢酶,
GAPC
36.91/40.01 7.15/7.59 128 At3g04120 不变 下调
线粒体膜,
质膜,液泡膜
30 磷酸核酮糖激酶,PRK 44.46/43.72 5.91/5.05 415 At1g32060 不变 下调 类囊体膜
22
二磷酸核酮糖羧化
酶大亚基,RBCL
52.95/49.44 6.24/4.90 510 AtCg00490 下调 不变 类囊体膜
21
二磷酸核酮糖羧化
酶活化酶,RCA
51.98/51.35 5.93/4.25 2071 At2g39730 上调 上调 类囊体膜
31
果糖二磷酸醛缩酶,
FBA1
43.08/37.08 6.18/5.31 247 At2g21330 不变 下调 叶绿体膜
32
果糖二磷酸醛缩酶,
FBA2
42.99/38.13 7.34/5.52 1889 At4g38970 不变 下调 叶绿体膜
28
景天庚酮糖二磷酸酶,
SBPASE
42.41/42.79 6.52/4.60 817 At3g55800 不变 下调 叶绿体膜
能
量
代
谢
18 ATP合酶α亚基 55.33/55.35 4.90/4.90 1520 AtCg00120 下调 上调 类囊体膜
19 ATP酶V1-B亚基 54.31/54.39 4.73/4.42 1334 At1g20260 不变 上调 质膜,液泡膜
光
合
作
用
33 叶绿体RNA结合蛋白 42.76/41.90 8.19/7.22 1626 At1g09340 上调 上调 叶绿体膜
53
叶绿素 A/B结合
蛋白3,CAB3
28.23/25.27 5.09/4.80 563 At1g29910 下调 上调 类囊体膜
对鉴定出的差异表达膜蛋白进行生物信息学分
析和功能分类,显示3OC6-HSL诱导的膜蛋白主要
涉及天然免疫、逆境胁迫响应、碳代谢、能量代谢、光
合作用等多种生物学功能(图2)。其中所占比例最
大的为与碳代谢相关的酶类,占到差异蛋白总数的
41.7%;其次为逆境胁迫响应和具有天然免疫能力
的蛋白,分别占25.0%和16.7%。这一结果暗示
3OC6-HSL在调控植物生长发育及抗逆性方面发挥
42
第2期 赵 芊等:拟南芥响应3-羰基己酰基高丝氨酸内酯的膜蛋白质组分析
着重要作用。
图2 3OC6-HSL响应膜蛋白质功能分类
Fig.2 Classification of 3OC6-HSL-responsive
membrane proteins
3 讨论与结论
通过2D-DIGE技术,获得大量响应细菌信号
3OC6-HSL的植物膜蛋白信息。3-磷酸甘油醛脱氢
酶(GAPDH)、磷酸核酮糖激酶(PRK)、果糖二磷酸
醛缩酶(FBA)、二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶(Rubi-
sco)、景天庚酮糖二磷酸酶(SBPASE)是糖酵解/糖
异生、卡尔文循环和戊糖磷酸循环过程中的关键酶,
在碳代谢过程中起着核心作用。GAPA(蛋白点
35、40)和GAPB(蛋白点26)是GAPDH的A亚基
和B亚基,在同化CO2 的卡尔文循环中起中心作
用[17],GAPA/B还与PRK(蛋白点30)、叶绿体内在
蛋白CP12形成可逆的多酶复合体协同调控卡尔文
循环[18];GAPC(蛋白点41)是GAPDH 的C亚基,
催化糖酵解/糖异生中唯一的氧化/还原反应[19],
GAPC突变体植株生长延缓、果实形状改变、种子数
减少、育性降低[20]。FBA(蛋白点31、32)催化果糖-
1,6-二磷酸生成磷酸二羟丙酮和3-磷酸甘油醛,促
进糖酵解途径[21],而戊糖磷酸循环和卡尔文循环也
都有FBA的参与[22]。Rubisco是光合碳同化的关
键酶,具有双重作用,分别催化卡尔文循环和光呼吸
途径的首要步骤[23]。Rubisco的活性中心位于其大
亚基RBCL(蛋白点22),通过Rubisco活化酶RCA
(蛋白点21)的激活表现出活性[24]。3OC6-HSL处
理引起酶蛋白表达变化,并显著诱导 RCA蛋白上
调,这与 Mathesius等[13]和 Miao等[14]报道的结果
类似,表明3OC6-HSL可能通过影响细胞碳源的流
向和氧化磷酸化作用来调控细胞ATP水平,进而调
控植物的生长发育。
Jacalin类凝集素系统和芥子酶防御系统是植
物中重要的天然免疫防御系统,在抵御虫害、真菌、
病毒、细菌 病 原 体 侵 染 中 发 挥 重 要 作 用[25-26]。
JAL34、JAL35(蛋白点3、23)是一类特异结合甘露
糖的Jacalin类凝集素,响应JA激素刺激、诱导植物
防卫反应以及增强植物对盐、冷等非生物胁迫的抗
性[25]。糖基水解酶超家族成员 PYK10、BGLU22
(蛋白点10、14)具有芥子酶活性,通过水解硫代葡
萄糖苷产生异硫氰酸盐、腈、唑烷-2-硫酮或硫氰酸
盐等有毒物质,毒杀害虫和病原物,此外还参与硫、
氮代谢以及生长调节[26-27]。3OC6-HSL诱导甘露
糖结合凝集素和芥子酶家族蛋白积累增加,表明
3OC6-HSL在增强植物抗病免疫方面发挥重要
作用。
热激蛋白 HSP81-3和 HSP70(蛋白点7、8)、
GDSL-脂肪酶 GLL2(蛋白点37)、转酮醇酶 TKL1
(蛋白点4)、乙二醛酶GLX1(蛋白点49)和过氧化
物酶超家族蛋白(蛋白点36)属于逆境胁迫响应蛋
白。热激蛋白在植物生长发育、对高温、低温、高盐
和干旱等胁迫环境的应答以及抗病性中起着重要作
用[28-29]。HSP70 在苜蓿响应细 菌 信 号 3OC12-
HSL/3OC16∶1-HSL和拟南芥响应3OC8-HSL时蛋
白表达量增加[13-14]。GDSL脂肪酶除了参与油脂代
谢还参与调控植物生长发育、形态建成和抗逆性。
Naranjo等[30]的研究发现,拟南芥的一种GDSL脂
肪酶基因在盐诱导下过表达能增强植物的耐盐性,
并在水杨酸的调节下激活对植物病原的抗性。
TKL1是磷酸戊糖途径的关键酶,在植物受盐、渗透
胁迫和ABA诱导时表达上调[31]。GLX1通过将逆
境产生的甲基乙二醛等有毒物质转化成无毒的谷胱
甘肽来增强植物的非生物胁迫抗性[32],盐、低温、乙
烯利诱导 GLX1上调表达,而干旱、水分胁迫下
GLX1下调表达[32-34]。3OC6-HSL诱导逆境胁迫响
应蛋白积累增加,表明其在植物抵御逆境胁迫中起
着重要作用。另外,3OC6-HSL还通过调控 ATP
合酶α亚基、ATP酶V1-B亚基、叶绿体RNA结合
蛋白、叶绿素A/B结合蛋白3的积累来增强植物的
物质和能量等基础代谢,对植物的整体代谢水平起
到正调控作用。
总的来说,拟南芥膜蛋白质组研究体现了植物
响应细菌信号3OC6-HSL的复杂性和3OC6-HSL
调控植物的多功能性,为解析植物-细菌跨界通讯的
52
河 北 农 业 大 学 学 报 第39卷
分子机制提供了非常有用的功能蛋白质的信息。然
而,本试验鉴定出的蛋白质仅代表了拟南芥响应细
菌QS信号的蛋白质中的一小部分,还有大量未知
的QS响应蛋白需要更深入的研究。
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(编辑:李 川)
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