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Sequence analysis of the coding region in mitochondrial cytochrome b gene from Siniperca chuatsi

翘嘴鳜线粒体DNA细胞色素b基因序列分析


测定了翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)的线粒体细胞色素b基因编码区全序列1140个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列,A/T所占比例为53.4%,G+C约占46.6%。该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡,第2位核苷酸中T的使用率较高,G的使用率较低;而密码子第3位C/A的使用率高,而G的使用率仅为3.7%;在氨基酸序列中Leu所占比例16.36%,远高于其它氨基酸;而Cys使用比例仅为0.79%。本研究为鳜类的系统发育、资源保护和利用提供了核苷酸序列方面的资料,至于翘嘴鳜线粒体细胞色素b基因序列中密码子不同位置碱基使用比率以及氨基酸组成是翘嘴鳜特有还是鳜类共有特征,尚有待进一步研究。

nucleotides of the coding region have been sequenced in the mitochondrial cytochrome b gene from Mandarin fish S. chuatsi and the corresponding amino acid sequence has also been deduced. The contents of A+T and G+C are 53.4% and 46.6% respectively。While the first positions of the codons have more or less even usage in 4 nucleotides, the second positions of the codons in the gene have bias to higher T and lower G;and only 3.7% G were found in the third positions. In deduced amino acid sequences, the percentage of Leu used in cytb gene were over twice than any other amino acids, the usage of Cys accounted for only 0.79%. Further studies will determine whether the nucleotide usage in different positions of codons and composition of amino acids were characteristic of S. chuatsi or sinipercinae, and molecular phylogeny and phylogeography of Sinipercinid fishes.


全 文 :生 态 科 学2004年5月第23卷 第2期 ECOLOGICSC ENCEMay,2004,23(2):i54~155
翘嘴鳜线粒体DNA细胞色素b基因序列分析
陈艺燕,钱开诚,章群’(暨南人学水生生物研究所,中国广州510632)
【摘要】 测定丫翘嘴鳜(Sinipercachuatsi)的线粒体细胞色素b装l六|编码区全序列1140个核苷酸序列,并且由此推导出对
应的氨暴酸序歹0,A/T所占比例为53.4%,G+C约l_l亍46.6%。该幕Ixl中拼码予第1位核苷酸中4种碱幕组成较为均衡,第2
位核廿酸中T的使用率较t荔,G的使用率较低:丽密码予第3位C/A的使用率高,而G的使用率仅为3.7%:在氨慕酸序列
中Leu所占比例16.36%,远高于JC它氨幕暧;i面Cys使用比例仅为0.79%。本研究为鳜类的系统发育、资源保护和利用提供
丫核苷酸序列方面的资料,仝于翘嘴鳜线粒体细胞色索b慕凼序列中密码予4i同位置碱基使用比率以及氨慕酸组成是翘嘴鳜
特有还足鳜类共有特征,尚有待进一步研究。
关键涮:鳜;fill胞也素b媾㈥;序列分析
中图分类号·Q173 文献标识tLq.A 文章编号01008·887302004002-154·06
Sequencea alysisofthecodingregioninmitochondrialcytochromebgenefromSinipercachuatsi,CHENYi-yan,QIAN
Kai.chen.ZHANGQun(Instituteofhydrobiology,JinanUniversity,Guangzhou5l0632,C ina)
Abstractl140nucleotidesofthcodingre ionhavebeensequencedinthemitochondrialcytochromebgenfromMandarinfishS
chuatsiandthecorrespondingaminoacidsequencehasalSObeendeduced.Thecont ntsofA+TandG+Care53.4%and46.6%
respectively。WhilethefirstpositionsofthecodonshavemoreorlessevenUSagein4nucleotides.thesecondpositionsofthecodons
inthegenehavebiastohigherTandlowerG:andonly3.7%Gwerefoundinthethirdpositions.Indeducedaminoacidsequences,
thepercentageofLeusedincytbgenewereovertwicethananyotheraminoacids.theusageofCysaccountedforonly0.79%.
Furtherstudieswilldeterminewhetherthenucleotideusageindifferentpositionsofcodonsandcompositionofaminoacidswere
characteristicofS.chuatsior nipercinae,andmolecularphylogenyandphylogeographyofSinipercinidfishes.
Keywords:Sinipercachuatsi;Cytochromebgene;Sequencea alysis
鳜类是东Ⅱ鲈形目中特有淡水鱼类,主要分布于
中国、朝鲜、日本和越南,是我国重要渔业资源¨I。
鳜类物种分化较多,在探讨低等鲈类系统发育和东亚
鱼类起源研究方面具有重要学术价值。长期以米,关
丁.鳜类的系统发生、形态解剖、化石n己录等都是人们
感兴趣的课题,吸引了国内外学者从不同层次、不同
角度对其进行研究,获得许多有意义的结论,但目前
关丁鳜类的分类报道,主要根据仍是形态特征的差异,
由于方法的局限性和取样的代表性不足等问题,鳜类
在鲈形目鱼类中的系统位置仍不清楚,鳜类属种的划
分至今仍存在多种不同意见12与l。随着分子生物学技术
的发展,DNA分子成为鉴定物种的有效手段,动物线
粒体结构简单、进化速度快,广泛应用于系统进化、
遗传结构、生物地理学等研究,其中细胞色素b基因
在分子系统进化中应用最为广‘泛16。7l。翘嘴鳜肉质细
嫩,味道鲜美,营养丰富,是一种经济价值极高的名
贵水产品,在我国淡水养殖业中的重要经济地位,但
由于种种原因,近年米翘嘴鳜资源显著减少,在有些
地方甚至成为偶见种18I,因此开展翘嘴鳜的分子生物
学研究,将能揭示翘嘴鳜的遗传特征,进一步从分子
水平探讨鳜类的系统发生及演化过程,为渔业利刚提
供相关资料,为翘嘴鳜的人:t养殖及资源保护提供科
学依据。
l材料与方法
实验用翘嘴鳜样品予2003年lO月购于武汉大东门市
场,取背部肌肉室温下保存予95%的酒精中,带同暨
南火学水生生物研究所实验窒。根据我们已有的:]:作
基础,取1条鱼用于线粒体细胞色素b基因序列分析。
DNA提取采用标准的酚,氯仿方法提取,PCR扩增和
测序引物由上海博亚公司合成;PCR反应条件为:95℃
保温3’后,接着以95℃45”变性.55℃退火45”.72℃延
伸1’循环30次,最后72℃5’,反应体积为30ul。利
用未加模板DNA的反应液作空白对照,以检查是否
有污染存在。PCR产物用l%的琼脂糖电泳检测,于
.20℃保存。PCR产物经QIAquickPCR纯化试剂合纯
化,川BigDye循环测序试剂盒在ABI3700自动测序
仪上测定DNA序列。
作者简介陈艺燕(1980-),硕士研究生,主要研究方向为熊类分子
系统学。Email:£henYiyan@fcl8.corn"+通讯联系人,—tazhan£@i—nu.edu.cn
2004—01.10收稿.2004.05.20接受
万方数据
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翘嘴鳜线粒体DNA细胞色素b基因序列分析
作者: 陈艺燕, 钱开诚, 章群
作者单位: 暨南大学水生生物研究所,中国,广州,510632
刊名: 生态科学
英文刊名: ECOLOGIC SCIENCE
年,卷(期): 2004,23(2)
被引用次数: 1次

参考文献(8条)
1.张春光;赵亚辉 我国鳜资源现状及其恢复和合理利用的途径 1999(12)
2.何舜平;刘焕章;陈宜瑜 基于细胞色素b基因序列的鲤科鱼类系统发育研究(鱼纲:鲤形目)[期刊论文]-中国科学
C辑 2004(01)
3.Kocher TD;Stepien CA Molecular systematics of fishes 1997
4.刘焕章 鳜类系统位置探讨兼论低等鲈形目鱼类相互关系 1997
5.孔晓瑜;周才武 中国鳜亚科(Sinipercinae)七种鱼类骨骼形态特征的比较研究 1993(03)
6.李思忠 鳜亚科鱼类地理分布的研究 1991(04)
7.周才武;杨青;蔡德霖 鳜亚科Sinipercinae鱼类的分类整理和地理分布[期刊论文]-动物学研究 1988(02)
8.彭建华;刘家寿 水体对网箱养鳜的承载力[期刊论文]-生态学报 2004(01)

引证文献(1条)
1.LUO Xiao-hua.罗小华.刘臻.肖克宇.张建社.梅秋兰.房志家.鲁双庆 翘嘴鳜生长激素cDNA克隆及其真核表达载体
的构建[期刊论文]-淡水渔业 2009(3)


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