全 文 ：书甘肃境内鼢鼠犈狅狊狆犪犾犪狓亚属分子系统发育研究
杨红善１，何小琴２，刘荣堂３，张三亮３，常根柱１
（１．中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所，甘肃 兰州７３００５０；２．甘肃省林业调查规划设计研究院，
甘肃 兰州７３００２０；３．甘肃农业大学草业学院，甘肃 兰州７３００７０）
摘要：为了筛选评价甘肃境内鼢鼠凸颅亚属母性遗传多样性分子标记，研究该亚属的分子系统发育。测定了分布
于甘肃１１个不同地方３１只属于鼢鼠中凸颅亚属的不同鼢鼠，其中包括：９只高原鼢鼠、９只甘肃鼢鼠、９只斯氏鼢
鼠、４只秦岭鼢鼠的细胞色素ｂ基因全序列１１４０ｂｐ。从ＧｅｎＢａｎｋ获得包括平颅亚属在内的２１个细胞色素ｂ全序
列总共５２条全序列，用 ＭＥＧＡ软件分别绘制出本研究的３１条全序列和总共５２条全序列的２个系统发育树。运
用测定序列，结合相关软件分析３１条细胞色素ｂ基因全序列的变化特征；分析和探讨本试验的犈狅狊狆犪犾犪狓亚属４个
种的分类及系统发育。本研究为鼢鼠的系统发育提供了分子理论依据。
关键词：凸颅亚属；细胞色素ｂ基因；系统发育
中图分类号：Ｑ９５９．８３７；Ｑ９５１＋．４ 文献标识码：Ａ 文章编号：１００４５７５９（２００９）０６０２０４０６
关于鼢鼠的分类，自Ｌｙｏｎ、Ａｌｅｎ、Ｅｌｅｒｍａｎ进行分类和归并以来，其物种分类和系统地位一直存在争议。国
内外学者曾将鼢鼠归属于鼠科（Ｍｕｒｉｄａｅ）、仓鼠科（Ｃｒｉｃｅｔｉｄａｅ）或鼹形鼠科（Ｓｐａｌａｃｉｄａｅ）作为亚科，但多数学者认
为应归属于仓鼠科（Ｃｒｉｃｅｔｉｄａｅ）的鼢鼠亚科（Ｍｙｏｓｐａｌａｃｉｎｅ）［１，２］。在鼢鼠亚科内包含１个属还是２个属也有不同
意见。对该类群中的有效种及种间分类意见更是不一［３～５］。形态观察发现：凸颅鼢鼠（犈狅狊狆犪犾犪狓）以脑颅枕部隆
起显著区别于平颅鼢鼠（犕狔狅狊狆犪犾犪狓）。有学者将其划做一个属犕狔狅狊狆犪犾犪狓的２个亚属，即凸颅亚属（犈狅狊狆犪犾犪狓）
和平颅亚属（犕狔狅狊狆犪犾犪狓），我国学者将凸颅亚属分为５种或４种［２，３，５，６］。凸颅亚属仅见于我国。
分子生物学技术已广泛应用于物种间系统发生关系的研究，其中 ｍｔＤＮＡ的细胞色素ｂ（Ｃｙｔｂ）序列是研究
生物进化上非常有用的分子标记之一，曾被广泛地应用于鼠类属、种的系统发育研究，解决了一些分类和系统演
化关系问题［７～９］。基于分子数据的研究表明鼢鼠应属于鼹形鼠科，并指出仓鼠科的划分是由于当初一个误认标
本Ｔ３９４的影响［１０］。Ｓｈａｒｏｎ和 Ｗｅｋｓｌｅｒ［１１］根据核基因（ＩＲＢＰ）也得出相同的结论。形态分类由于其研究多基于
形态特征和地理分布、往往有一定的片面性，给其划分带来很多争议。而鼢鼠属内、种间和亚种的分子生物学研
究甚少［１２～１７］。因此从分子水平对鼢鼠属间，种间进行遗传多样性研究，可以澄清种及亚种的分类问题。
鉴于上述原因，本研究测定和分析了分布于甘肃境内的鼢鼠凸颅亚属４种鼢鼠的ｍｔＤＮＡ的Ｃｙｔｂ基因全序
列，并结合ＧｅｎＢａｎｋ中鼢鼠属的Ｃｙｔｂ基因部分序列进行了分析和比较，构建分子系统树，旨在为中国鼢鼠的起
源和遗传多样性提供科学依据。
１ 材料与方法
１．１ 材料
于２００６年６－１１月在甘肃境内１１个地区共采集３１份鼢鼠标本（表１），首先根据头骨和牙齿结构及其他形
态特征进行分类，初步确认为凸颅亚属，分别属高原鼢鼠（犕狔狅狊狆犪犾犪狓犫犪犻犾犲狔犻）、甘肃鼢鼠（犕．犮犪狀狊狌狊）、斯氏鼢鼠
（犕．狊犿犻狋犺）和秦岭鼢鼠（犕．狉狌犳犲狊犮犲狀狊）４种，然后以３１份肝脏为材料测定Ｃｙｔｂ基因全序列，并进行测序（Ｇｅｎ
Ｂａｎｋ登录号分别是ＥＦ５３０７３８～ＥＦ５３０７４４）。再结合 ＧｅｎＢａｎｋ中登录的Ｃｙｔｂ基因同源序列［登录号分别是
ＡＦ３８７０８１～ＡＦ３８７０８４，ＡＦ３２６２５５～ＡＦ３２６２５８，ＡＦ３２６２６０～ＡＦ３２６２７２，其中包括：草原鼢鼠（犕．犪狊狆犪犾犪狓）、东
北鼢鼠（犕．狆狊犻犾狌狉狌狊）、中华鼢鼠（犕．犳狅狀狋犪狀犻犲狉犻）和罗氏鼢鼠（犕．狉狅狋犺狊犮犺犻犾犱犻）］进行分子系统发育研究。
２０４－２０９
２００９年１２月
草 业 学 报
ＡＣＴＡＰＲＡＴＡＣＵＬＴＵＲＡＥＳＩＮＩＣＡ
第１８卷 第６期
Ｖｏｌ．１８，Ｎｏ．６
收稿日期：２００８１２２２；改回日期：２００９０１０７
基金项目：全球环境基金项目（ＧＥＦ）资助。
作者简介：杨红善（１９８１），男，甘肃兰州人，硕士。Ｅｍａｉｌ：ｙａｎｇｈｓｈ１２３＠１２６．ｃｏｍ
１．２ 基因组ＤＮＡ的提取
采用常规的酚氯仿抽提法提取鼢鼠基因组
ＤＮＡ［９，１２，１３］，每一样品取肝脏（０．５～１．０ｇ），用ｄｄＨ２Ｏ
洗３次，然后用 Ｈ２Ｏ２ 浸泡３０ｍｉｎ，再用ｄｄＨ２Ｏ洗３
次。用铜研钵粉碎后倒入１．５ｍＬＥｐｅｎｄｏｒｆｆ离心管
中，加入ＳＤＳ／蛋白酶 Ｋ消化过夜。抽提缓冲液５００
μＬ（１０ｍｍｏｌ／ＬＴｒｉｓＨＣｌ，０．２ｍｏｌ／ＬＥＤＴＡ，５０ｍｍｏｌ／Ｌ
ＮａＣｌ，ｐＨ 值８．０，１％ ＳＤＳ）和５μＬ 蛋白酶 Ｋ（２０
ｍｇ／μＬ），加入到以上已处理好的 Ｅｐｅｎｄｏｒｆｆ离心管
中。用标准的苯酚－氯仿法进行基因组ＤＮＡ抽提。
１．３ ＤＮＡ的ＰＣＲ扩增、ＰＣＲ产物的纯化及序列测
定
ＰＣＲ扩增所用引物为鼠类线粒体Ｃｙｔｂ基因的通
用引物，引物的设计参考文献［３，１０］的方法。引物由
上海生工生物技术有限公司合成。引物序列为Ｌ：５′
ＡＣＣＡＡＴＧＡＣＡＴＧＡＡＡＡＡＴＣＡＴＣＧＴＴ３′，Ｈ：
表１ 采样群体、地点、采样类型及样本含量
犜犪犫犾犲１ 犛狆犲犮犻犲狊，犾狅犮犪狋犻狅狀犪狀犱狀狌犿犫犲狉狅犳狊犪犿狆犾犲狊犮狅犾犲犮狋犲犱
种名Ｓｐｅｃｉｅｓ 测序数 Ｎｕｍｂｅｒ 采集地点Ｌｏｃａｔｉｏｎ
３ 甘南 Ｇａｎｎａｎ
高原鼢鼠 ２ 张掖Ｚｈａｎｇｙｅ
犕．犫犪犻犾犲狔犻 ２ 临潭Ｌｉｎｔａｎ
２ 临洮Ｌｉｎｔａｏ
２ 天祝 Ｔｉａｎｚｈｕ
甘肃鼢鼠 ２ 临洮Ｌｉｎｔａｏ
犕．犮犪狀狊狌狊 ３ 合水 Ｈｅｓｈｕｉ
２ 临潭Ｌｉｎｔａｎ
斯氏鼢鼠 ３ 平凉Ｐｉｎｇｌｉａｎｇ
犕．狊犿犻狋犺 ３ 天水 Ｔｉａｎｓｈｕｉ
３ 岷县 Ｍｉｎｘｉａｎ
秦岭鼢鼠 ２ 宕昌 Ｔａｎｃｈａｎｇ
犕．狉狌犳犲狊犮犲狀狊 ２ 岷县 Ｍｉｎｘｉａｎ
５′ＴＣＴＣＣＡＴＴＴＣＴＧＧＴＴＴＡＣＡＡＧＡＣ３′，反应体系总体积为２５μＬ，其中含有１０×ｂｕｆｆｅｒ０．５μＬ，０．２５
ｍｏｌ／ＬｄＮＴＰｓ１μＬ，１０ｐｍｏｌ／μＬ的引物各１μＬ，０．５μＬＴａｑＤＮＡ聚合酶，约５０ｎｇ／μＬ总ＤＮＡ模板１μＬ，然
后加入无菌三蒸水至２５μＬ。循环参数为：９５℃预变性５ｍｉｎ；然后进入３０个循环：９５℃４０ｓ，５１℃４５ｓ，７２℃１
ｍｉｎ；循环结束后在７２℃延伸７ｍｉｎ，然后于４℃保存。
扩增得到的ＰＣＲ产物用１．０％的琼脂糖凝胶电泳检测、回收，用ＤＮＡ片段纯化试剂盒（ＴａＫａＲａ生产）进行
ＰＣＲ产物纯化。对扩增效果良好的样品委托上海生工生物工程有限公司进行纯化和测序。
１．４ ＤＮＡ序列数据处理
通过Ｃｈｒｏｍａｓ（Ｖ１．４５）软件获得原始序列数据用ＣＬＵＳＴＡＬＸ１．８１软件对 ｍｔＤＮＡＣｙｔｂ基因序列进行同
源序列比对分析。用Ｄｎａｓｐ４．１０进行平均核苷酸分布分析，用 ＭＥＧＡ软件分析每个核苷酸变异位点数，采用最
简约法（ｍａｘｉｍｕｍｐａｒｓｉｍｏｎｙ，ＭＰ）构建系统树。
２ 结果与分析
２．１ 细胞色素ｂ序列分析
２．１．１ Ｃｙｔｂ基因变异位点 Ｄｎａｓｐ４．１０软件分析３１个鼢鼠个体的Ｃｙｔｂ基因全序列，基因序列全长为１１４０
ｂｐ，检测到２５７个变异位点，其中有２个变异的单核苷酸变异位点有４个（分别是７，４１１，４９０和１０７６），没有发现
３个和４个变异的单核苷酸变异位点；含有２个变异的单核苷酸变异的简约信息位点有２２５个，含有３个变异的
单核苷酸变异的简约信息位点有２６个，含有４个变异的单核苷酸变异的简约信息位点有２个。核苷酸多样度
（ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｄｉｖｅｒｓｉｔｙ）犘犻为０．０８７８６。
用ＤｎａＳＰ４．１０分析这１３个鼢鼠群体的３１条序列，共检测到１９种单倍型，单倍型多样度（ｈａｐｌｏｔｙｐｅｄｉｖｅｒ
ｓｉｔｙ）为０．９５９１。变异单倍型多样度（ｖａｒｉａｎｃｅｏｆｈａｐｌｏｔｙｐｅｄｉｖｅｒｓｉｔｙ）为０．０００３３，单倍型多样度标准偏差
（ｓｔａｎｄａｒｄｄｅｖｉａｔｉｏｎｏｆｈａｐｌｏｔｙｐｅｄｉｖｅｒｓｉｔｙ）为０．０１８。
２．１．２ Ｃｙｔｂ基因核苷酸组成 从１３个鼢鼠群体的Ｃｙｔｂ基因全序列核苷酸组成的平均含量（表２）来看，Ａ、Ｇ、
Ｃ、Ｔ４种碱基的含量差异较大，其中Ｔ碱基含量最高（３１．５％），Ａ次之（３０．７％），Ｃ居第３位（２５．４％），Ｇ的含量
最低（１２．５％）；同一碱基含量在１３个鼢鼠种间差异不大。
Ｔ的含量在秦岭鼢鼠中最高为３３．３％，在张掖的高原鼢鼠中最低为３０．０％，相差只有３．３％；Ｃ的含量在张
掖的高原鼢鼠中最高（２６．７％），在宕昌的秦岭鼢鼠中最低（２３．６％），最高值与最低值之间也只相差３．１％；Ａ的
５０２第１８卷第６期 草业学报２００９年
含量在张掖的高原鼢鼠中最高为３１．６％，宕昌秦岭鼢鼠中最低为３０．１％，最高值与最低值之间也只相差１．５％；
Ｇ的含量在秦岭鼢鼠中最高为１３．０％，在张掖的高原鼢鼠中最低为１１．８％，Ｇ的含量最高值与最低值之间只差
１．２％。
不同碱基在密码子１，２，３位点上的含量表现出了不同程度的变化（表２），Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｇ的含量在密码子第３位
点的变化幅度为Ｔ（２１．３％～３０．０％），Ｃ（２４．５％～３３．２％），Ａ（４１．３％～４３．９％）和Ｇ（０．８％～３．７％），明显高于
密码子第１和第２位的；碱基Ａ在密码子第３位点的含量（４３．１％）明显高于在密码子第２位（２０．２％）和第１位
（２８．７％），碱基Ｔ在密码子第２位点的含量（４３．３％）明显高于在密码子第１位（２６．３％）和第３位（２４．９％），碱基
Ｇ在密码子第３位点的含量（２．１％）明显低于在密码子第１位（２１．９％）和第２位（１３．４％）；Ｃ的含量在３个密码
子上的含量比较恒定，为２３．６％～３３．７％。
鼢鼠的Ｃｙｔｂ基因全序列的ＧＣ平均含量为３７．９％，基本符合脊椎动物ＧＣ含量（４０％～５０％）的规律。ＧＣ
含量在密码子第１位的含量（４５．１％）明显高于密码子第２位点（３７．４％）和密码子第３位点（３２．０％），由此表明，
鼢鼠的Ｃｙｔｂ基因第２和３位密码子偏向于富含ＡＴ。
２．１．３ １３个鼢鼠群体不同种间的遗传距离分析 选用Ｋｉｍｕｒｅ双参数法计算的遗传距离见表３。从校正后的
遗传距离可以看出，秦岭鼢鼠与其他鼢鼠之间的遗传距离较大，为０．１０６～０．１４２，表明秦岭鼢鼠与其他鼢鼠的遗
传分歧较大，其中宕昌的秦岭鼢鼠与张掖的高原鼢鼠之间的遗传距离最远为０．１４２；其次是斯氏鼢鼠与甘肃鼢鼠
和高原鼢鼠之间的遗传距离为０．１０６～０．１１３；其他鼢鼠群体之间的遗传距离差异不大，同时由遗传距离看出在
亚属内种间表现出一定范围内的稳定性。
表２ ３１个鼢鼠犆狔狋犫基因序列平均核苷酸组成
犜犪犫犾犲２ 犃狏犲狉犪犵犲狀狌犮犾犲狅狋犻犱犲犮狅犿狆狅狊犻狋犻狅狀狅犳犆狔狋犫犵犲狀犲狊犲狇狌犲狀犮犲狊犻狀３１狊犲狇狌犲狀犮犲狊犵犻狏犲狀犻狀狆犲狉犮犲狀狋
项目Ｉｔｅｍ Ｔ Ｃ Ａ Ｇ Ｔｏｔａｌ Ｔ１ Ｃ１ Ａ１ Ｇ１Ｐｏｓ＃１ 项目Ｉｔｅｍ Ｔ２ Ｃ２ Ａ２ Ｇ２Ｐｏｓ＃２ Ｔ３ Ｃ３ Ａ３ Ｇ３Ｐｏｓ＃３
ＳＳＨＭＸ ３１．１２５．８３０．３１２．８１１４０２５．５２４．１２８．６２１．８ ３８０ ＳＳＨＭＸ ４３．４２２．９２０．３１３．４ ３８０ ２４．５３０．４４１．９ ３．２ ３８０
ＳＳＨＴＳｈ ３１．１２５．５３０．４１２．９１１４０２５．５２３．４２９．０２２．１ ３８０ ＳＳＨＴＳｈ ４３．４２２．９２０．３１３．４ ３８０ ２４．５３０．５４１．８ ３．２ ３８０
ＳＳＨＰＬ ３１．４２５．５３０．３１２．８１１４０２５．５２３．９２８．７２１．８ ３８０ ＳＳＨＰＬ ４３．４２２．９２０．３１３．４ ３８０ ２５．３２９．７４１．８ ３．２ ３８０
ＱＬＴＣｈ ３３．３２３．６３０．１１３．０１１４０２６．６２２．９２８．７２１．８ ３８０ ＱＬＴＣｈ ４２．９２３．４２０．３１３．４ ３８０ ３０．５２４．５４１．３ ３．７ ３８０
ＱＬＭＸ ３３．２２３．７３０．２１３．０１１４０２６．６２２．９２８．７２１．８ ３８０ ＱＬＭＸ ４２．９２３．４２０．３１３．４ ３８０ ３０．０２４．７４１．６ ３．７ ３８０
ＧＳＨＳｈ ３１．８２４．９３１．１１２．２１１４０２６．１２３．２２９．２２１．６ ３８０ ＧＳＨＳｈ ４３．４２２．９２０．３１３．４ ３８０ ２６．１２８．７４３．７ １．６ ３８０
ＧＳＬＴａｎ ３２．１２４．６３１．２１２．１１１４０２６．３２２．９２９．５２１．３ ３８０ ＧＳＬＴａｎ ４３．４２２．９２０．３１３．４ ３８０ ２６．６２７．９４３．９ １．６ ３８０
ＧＳＬＴａｏ ３２．１２４．６３１．２１２．１１１４０２６．３２２．９２９．５２１．３ ３８０ ＧＳＬＴａｏ ４３．４２２．９２０．３１３．４ ３８０ ２６．６２７．９４３．９ １．６ ３８０
ＧＳＴＺＨ ３１．８２４．９３１．０１２．３１１４０２６．６２２．９２８．９２１．６ ３８０ ＧＳＴＺＨ ４３．４２２．９２０．３１３．４ ３８０ ２５．５２８．９４３．７ １．８ ３８０
ＧＹＺｈＹ ３０．０２６．７３１．６１１．８１１４０２５．８２３．９２９．２２１．１ ３８０ ＧＹＺｈＹ ４２．９２３．４２０．３１３．４ ３８０ ２１．３３２．６４５．３ ０．８ ３８０
ＧＹＧＮ ３０．５２６．５３０．７１２．３１１４０２７．１２２．６２７．９２２．４ ３８０ ＧＹＧＮ ４３．２２３．２２０．３１３．４ ３８０ ２１．３３３．７４３．９ １．１ ３８０
ＧＹＬＴａｏ ３０．５２６．５３０．７１２．３１１４０２７．１２２．６２７．９２２．４ ３８０ ＧＹＬＴａｏ ４３．２２３．２２０．３１３．４ ３８０ ２１．３３３．７４３．９ １．１ ３８０
ＧＹＬＴａｎ ３０．６２６．２３０．８１２．４１１４０２７．１２２．４２７．９２２．６ ３８０ ＧＹＬＴａｎ ４３．２２３．２２０．３１３．４ ３８０ ２１．６３３．２４４．２ １．１ ３８０
平均
Ａｖｅｒａｇｅ
３１．５２５．４３０．７１２．５１１４０２６．３２３．２２８．７２１．９ ３８０ 平均
Ａｖｅｒａｇｅ
４３．３２３．０２０．３１３．４ ３８０ ２４．９２９．９４３．１ ２．１ ３８０
注：数字＃１，＃２，＃３分别代表密码子第１，２，３位点。ＧＳ＝甘肃鼢鼠；ＳＳＨ＝斯氏鼢鼠；ＱＬ＝秦岭鼢鼠；ＧＹ＝高原鼢鼠；ＬＳｈ＝罗氏鼢鼠；ＺｈＨｕａ
＝中华鼢鼠；ＣＹｕａｎ草原鼢鼠；ＤＢｅｉ＝东北鼢鼠；ＭＸ＝岷县；ＴＳｈ＝天水；ＰＬ＝平凉；ＴＣｈ＝宕昌；ＨＳｈ＝合水；ＬＴａｎ＝临潭；ＬＴａｏ＝临洮；ＴＺＨ＝天
祝；ＺｈＹ＝张掖；ＧＮ＝甘南；ＳＳＨＭＸ＝岷县采集的斯氏鼢鼠，同类表达相同均为鼢鼠名加地名，下同。
Ｎｏｔｅ：Ｔｈｅｎｕｍｂｅｒ＃１，＃２，＃３ｉｎｄｉｃａｔｅｔｈｅｆｉｒｓｔ，ｓｅｃｏｎｄａｎｄｔｈｉｒｄｐｏｓｉｔｉｏｎｏｆｃｏｄｏｎ．ＧＳ＝Ｇａｎｓｕｚｏｋｏｒ；ＳＳＨ＝Ｓｍｉｔｈ’ｓｚｏｋｏｒ；ＱＬ＝Ｑｉｎｌｉｎｇ
ｚｏｋｏｒ；ＧＹ＝Ｂａｉｌｅｙ’ｓｚｏｋｏｒ；ＬＳｈ＝Ｒｏｔｈｓｃｈｉｌｄ’ｓｚｏｋｏｒ；ＺｈＨｕａ＝Ｃｈｉｎｅｓｅｚｏｋｏｒ；ＣＹｕａｎ＝Ｇｒａｓｓｌａｎｄｚｏｋｏｒ；ＤＢｅｉ＝Ｎｏｒｔｈｅａｓｔｚｏｋｏｒ；ＭＸ＝Ｍｉｎｘｉａｎ；
ＴＳｈ＝Ｔｉａｎｓｈｕｉ；ＰＬ＝Ｐｉｎｌｉａｎｇ；ＴＣｈ＝Ｔａｎｃｈａｎｇ；ＨＳｈ＝Ｈｅｓｈｕｉ；ＬＴａｎ＝Ｌｉｎｔａｎ；ＬＴａｏ＝Ｌｉｎｔａｏ；ＴＺＨ＝Ｔｉａｎｚｈｕ；ＺｈＹ＝Ｚｈａｎｇｙｅ；ＧＮ＝Ｇａｎｎａｎ；
ＳＳＨＭＸｍｅａｎｓｔｈｅｚｏｋｏｒｃｏｌｅｃｔｅｄｆｒｏｍＭｉｎｘｉａｎ．Ｔｈｅｓａｍｅｂｅｌｏｗ．
６０２ ＡＣＴＡＰＲＡＴＡＣＵＬＴＵＲＡＥＳＩＮＩＣＡ（２００９） Ｖｏｌ．１８，Ｎｏ．６
表３ １３个鼢鼠群体的犓犻犿狌狉犪双参数遗传距离
犜犪犫犾犲３ 犓犻犿狌狉犪’狊狋狑狅狆犪狉犪犿犲狋犲狉犱犻狊狋犪狀犮犲犪犿狅狀犵１３狕狅犽狅狉狊狊狆犲犮犻犲狊
项目Ｉｔｅｍ ＳＳＨＭＸＳＳＨＴＳｈＳＳＨＰＬ ＱＬＴＣｈ ＱＬＭＸ ＧＳＨＳｈ ＧＳＬＴａｎＧＳＬＴａｏ ＧＳＴＺＨ ＧＹＺｈＹ ＧＹＧＮ ＧＹＬＴａｏ ＧＹＬＴａｎ
ＳＳＨＭＸ
ＳＳＨＴＳｈ ０．０１０
ＳＳＨＰＬ ０．０１６ ０．０１７
ＱＬＴＣｈ ０．１１２ ０．１１３ ０．１１０
ＱＬＭＸ ０．１０６ ０．１０７ ０．１０４ ０．００６
ＧＳＨＳｈ ０．１１８ ０．１１６ ０．１１８ ０．１３４ ０．１２８
ＧＳＬＴａｎ ０．１２７ ０．１２７ ０．１２９ ０．１２９ ０．１２６ ０．０４１
ＧＳＬＴａｏ ０．１２７ ０．１２７ ０．１２９ ０．１２９ ０．１２６ ０．０４１ ０．０００
ＧＳＴＺＨ ０．１１９ ０．１１９ ０．１１９ ０．１３５ ０．１３０ ０．０３６ ０．０１７ ０．０１７
ＧＹＺｈＹ ０．１２０ ０．１１８ ０．１１６ ０．１４２ ０．１３９ ０．１１５ ０．１１３ ０．１１３ ０．１０７
ＧＹＧＮ ０．１１７ ０．１１６ ０．１２３ ０．１２８ ０．１２９ ０．１２５ ０．１２５ ０．１２５ ０．１２０ ０．０６５
ＧＹＬＴａｏ ０．１１７ ０．１１６ ０．１２３ ０．１２８ ０．１２９ ０．１２５ ０．１２５ ０．１２５ ０．１２０ ０．０６５ ０．０００
ＧＹＬＴａｎ ０．１１６ ０．１１５ ０．１２３ ０．１２７ ０．１２９ ０．１２５ ０．１２５ ０．１２５ ０．１２１ ０．０６７ ０．００４ ０．００４
２．２ 系统发育分析
图１ １３个鼢鼠群体３１条序列的犝犘犌犕犃树
犉犻犵．１ 犝犘犌犕犃狋狉犲犲狅犳１３狕狅犽狅狉狆狅狆狌犾犪狋犻狅狀狊
图１是本研究的４种凸颅亚属鼢鼠１３个鼢鼠群
体，３１条全序列构建的 ＵＰＧＭＡ 树。图２是结合
ＧｅｎＢａｎｋ中的２１条序列共同构建的鼢鼠属 ＵＰＧＭＡ
树。２个Ｃｙｔｂ基因序列的 ＵＰＧＭＡ树，ｂｏｏｔｓｔｒａｐ值
为１０００。
高原鼢鼠形成的进化枝中（图１），甘南、临洮和临
潭的高原鼢鼠聚集在一起形成一小枝，这３个地方的
核苷酸变异较少，基本相同，说明具有相同的祖先。张
掖的高原鼢鼠形成一个独立小枝。
在甘肃鼢鼠枝中，临洮和临潭的甘肃鼢鼠为一小
枝并与天祝的甘肃鼢鼠形成一枝，可能具有相同的祖
先，合水的甘肃鼢鼠与其他地方的甘肃鼢鼠遗传距离
稍远。
在斯氏鼢鼠枝中，天水和岷县的斯氏鼢鼠聚集在
一起，没有发生小的分歧，平凉的斯氏鼢鼠另成独立的
一枝。
秦岭鼢鼠与斯氏鼢鼠组成的一大枝中，在甘肃分
布于宕昌和岷县两地，虽具有相同的血缘关系，但核苷
酸已有一定的变异，说明已经过多次进化，形成分歧。
本研究的４种凸颅亚属明显分为２支类（图２），
从分子生物学角度推测凸颅亚属可能有２个起源，其
中高原鼢鼠是一个起源：由于地区的不同，分布于河西
走廊的高原鼢鼠和甘南
!
临洮的高原鼢鼠部分核苷酸已发生变异，可能已经逐步开始分化；甘肃鼢鼠、秦岭鼢鼠
和斯氏鼢鼠３种是另一个起源：其中秦岭鼢鼠和斯氏鼢鼠的亲缘关系要比与甘肃鼢鼠的关系近。本研究的４
７０２第１８卷第６期 草业学报２００９年
种鼢鼠与平颅亚属在系统发育树上遗传距离较远，其
图２ 结合犌犲狀犅犪狀犽５２条序列的犝犘犌犕犃树
犉犻犵．２ 犝犘犌犕犃狋狉犲犲狅犳５２狊犲狇狌犲狀犮犲狊犮狅犿犫犻狀犲狑犻狋犺犌犲狀犅犪狀犽
中罗氏鼢鼠与本研究的４个种遗传距离最近，其次为
中华鼢鼠和东北鼢鼠，而草原鼢鼠是最古老的一个种，
与其他鼢鼠遗传距离最远。
３ 讨论与结论
就凸颅亚属的分类，国内外学者一直存在争议，就
凸颅亚属包括的种，宋世英［１４］认为凸颅亚属有４个
种，即中华鼢鼠、甘肃鼢鼠、罗氏鼢鼠、秦岭鼢鼠；樊乃
昌和施银柱［３］认为我国凸颅亚属应为５种，即中华鼢
鼠、甘肃鼢鼠、高原鼢鼠、罗氏鼢鼠及斯氏鼢鼠。但是
从分子生物学角度，试验分析得出的Ｃｙｔｂ全序列结合
ＧｅｎＢａｎｋ中包括平颅亚属在内的鼢鼠系统发育树可
以看出：秦岭鼢鼠和斯氏鼢鼠在同一进化枝上，其核苷
酸变异不大，本研究的４个种与草原鼢鼠、东北鼢鼠、
中华鼢鼠、罗氏鼢鼠在系统发育上遗传距离较远，可以
认为本研究的４种鼢鼠：甘肃鼢鼠、高原鼢鼠、秦岭鼢
鼠和斯氏鼢鼠从分子生物学角度都属于凸颅亚属，与
草原鼢鼠等其他本研究未涉及的鼢鼠间的属关系有待
进一步研究，据初步假定应该不属于同一亚属，因为
ｍｔＤＮＡ的细胞色素ｂ（Ｃｙｔｂ）序列是研究生物进化上
非常有用的分子标记之一，是一个比较稳定的基因序
列片段。由于系统发育受时间、地理位置等多方面因
素的影响，因此就凸颅亚属的分类本研究初步假设应
为５个种：甘肃鼢鼠、高原鼢鼠、秦岭鼢鼠、斯氏鼢鼠和
罗氏鼢鼠，与宋世英［１４］及樊乃昌和施银柱［３］得出的结
论有相似之处，也有所不同，结论的准确性有待于进一
步扩大鼢鼠的采集范围来更深入的进行研究。
本研究的４种鼢鼠：宕昌的秦岭鼢鼠与张掖的高
原鼢鼠之间的遗传距离最远，岷县的秦岭鼢鼠与斯氏
鼢鼠之间的遗传距离最近。
本研究的４种鼢鼠：甘肃鼢鼠、高原鼢鼠、秦岭鼢鼠和斯氏鼢鼠从分子生物学角度都属于凸颅亚属，与形态学
分类一致。
凸颅亚属的分类初步假设应为５种：甘肃鼢鼠、高原鼢鼠、秦岭鼢鼠、斯氏鼢鼠和罗氏鼢鼠。
根据Ｃｙｔｂ基因序列构建的鼢鼠系统发育树表明，鼢鼠经过多次进化。本研究的４种凸颅亚属鼢鼠从分子生
物学角度推测可能有２个起源，其中高原鼢鼠是一个起源，甘肃鼢鼠、秦岭鼢鼠和斯氏鼢鼠３个种是另一起源。
参考文献：
［１］ 刘仁华．中国鼢鼠的分类及地理区划［Ｊ］．国土与自然资源研究，１９９５，３：５４５６．
［２］ 李华．中国鼢鼠亚科的分类研究［Ｊ］．首都师范大学学报（自然科学版），１９９５，１６（１）：７５８０．
［３］ 樊乃昌，施银柱．中国鼢鼠犈狅狊狆犪犾犪狓亚属分类研究［Ｊ］．兽类学报，１９８２，２（２）：１８３１９６．
［４］ 巩元芳，李祥龙，刘铮铸，等．我国主要地方绵羊品种随机扩增多态ＤＮＡ研究［Ｊ］．遗传，２００２，２４（４）：４２３４２６．
［５］ 李保国，陈服官．鼢鼠属犈狅狊狆犪犾犪狓亚属的系统发育关系及其物种形成和起源中心的研究［Ｊ］．西北大学学报（自然科学版），
８０２ ＡＣＴＡＰＲＡＴＡＣＵＬＴＵＲＡＥＳＩＮＩＣＡ（２００９） Ｖｏｌ．１８，Ｎｏ．６
１９８６，１６（３）：５９６４．
［６］ 李晓晨，王廷正．论鼢鼠属（犈狅狊狆犪犾犪狓）亚属的分类及系统演化［Ｊ］．陕西师范大学学报（自然科学版），１９９６，２４（３）：７５７８．
［７］ ＡｌｅｎＧＭ．ＴｈｅｍａｍｍａｌｓｏｆＣｈｉｎａａｎｄＭｏｎｇｏｌｉａ．ｐｔ．Ⅱ［Ｍ］．ＮｅｗＹｏｒｋ：Ａｍｅｒ．Ｍｕｓ．Ｈｉｓｔ，１９４０．９１３９３７．
［８］ ＢｒｏｗｎＷ Ｍ．ＥｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆａｎｉｍａｌｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＤＮＡｓ［Ａ］．Ｉｎ：ＮｅｉＭ，ＫｏｅｈｎｅｄＲＫ．ＥｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆＧｅｎｅｓａｎｄＰｒｏｔｅｉｎｓ［Ｍ］．
Ｓｉｎａｕｅｒ：ＳｕｎｄｅｒｌａｎｄＭＡ，１９８３．６２８８．
［９］ ＨｉｌｉｓＤ，ＭｏｒｉｔｚＭＣ，ＭａｂｌｅＢＫ．ＭｏｌｅｃｕｌａｒＳｙｓｔｅｍａｔｉｃｓ［Ｍ］．Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ：ＳｉｎａｕｅｒＡｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｉｎｃ．Ｐｕｂｌｉｓｈ
ｅｒｓ，１９９６．３４２３４３．
［１０］ ＥｌｅｒｍａｎＪＲ，ＭｏｒｒｉｓｏｎＳｃｏｔｔＴＣＳ．ＣｈｅｃｋＬｉｓｔｏｆＰａｌａｅａｒｃｔｉｃａｎｄＩｎｄｉａｎＭａｍｍａｌｓ［Ｍ］．Ｌｏｎｄｏｎ：Ｂｒｉｔ．Ｍｕｓ．（ＮａｔＨｉｓｔ），
１９５１．６４８６５２．
［１１］ ＳｈａｒｏｎＡＪ，ＷｅｋｓｌｅｒＭ．Ｐｈｙｌｏｇｅｎｙｏｆｍｕｒｏｉｄｒｏｄｅｎｔｓ：ＲｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓｗｉｔｈｉｎａｎｄａｍｏｎｇｍａｊｏｒｌｉｎｅａｇｅｓａｓｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄｂｙＩＲＢＰ
ｇｅｎｅｓｅｑｕｅｎｃｅ［Ｊ］．ＭｏｌｅｃｕｌａｒＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓＥｖｏｌｕｔｉｏｎ，２００４，３１：２５６２７６．
［１２］ ＫｕｍａｒＳ，ＴａｍｕｒａＫ，ＮｅｉＭ．ＭＥＧＡ３：Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄｓｏｆｔｗａｒｅｆｏｒｍｏｌｅｃｕｌａｒｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｇｅｎｅｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓａｎｄｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎ
ｍｅｎｔ［Ｊ］．ＢｒｉｅｆｉｎｇｓｉｎＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２００４，５：１５０１６３．
［１３］ 王文，施立明．一种改进的动物线粒体ＤＮＡ提取方法［Ｊ］．动物学研究，１９９３，４（２）：１９７１９８．
［１４］ 宋世英．两种鼢鼠的分类订正［Ｊ］．动物世界，１９８６，３（３）：３１３９．
［１５］ 孙飞达，龙瑞军，蒋文兰，等．三江源区不同鼠洞密度下高寒草甸植物群落生物量和土壤容重特性研究［Ｊ］．草业学报，
２００８，１７（５）：１１１１１６．
［１６］ 韩天虎，花立民，许国成．高原鼠兔危害级别划分［Ｊ］．草业学报，２００８，１７（５）：１３０１３７．
［１７］ 肖苏，张新全，马啸，等．野生鹅观草种质的醇溶蛋白遗传多样性分析［Ｊ］．草业学报，２００８，１７（５）：１３８１４４．
犕狅犾犲犮狌犾犪狉狆犺狔犾狅犵犲狀犲狊犻狊狅犳狋犺犲犈狅狊狆犪犾犪狓狊狌犫犵犲狀狌狊犻狀狋犺犲犌犪狀狊狌狆狉狅狏犻狀犮犲
ＹＡＮＧＨｏｎｇｓｈａｎ１，ＨＥＸｉａｏｑｉｎ２，ＬＩＵＲｏｎｇｔａｎｇ３，ＺＨＡＮＧＳａｎｌｉａｎｇ３，ＣＨＡＮＧＧｅｎｚｈｕ１
（１．ＬａｎｚｈｏｕＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＡｎｉｍａｌ＆ＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓＳｃｉｅｎｃｅｓ，ＣＡＡＳ，Ｌａｎｚｈｏｕ７３００５０，Ｃｈｉｎａ；
２．ＦｏｒｅｓｔｙＩｎｖｅｓｔｉｎｇａｎｄＰｌａｎｎｉｎｇＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｌａｎｚｈｏｕ７３００２０，Ｃｈｉｎａ；３．ＣｏｌｅｇｅｏｆＧｒａｓｓｌａｎｄ
Ｓｃｉｅｎｃｅ，ＧａｎｓｕＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｌａｎｚｈｏｕ７３００７０，Ｃｈｉｎａ）
犃犫狊狋狉犪犮狋：Ｍａｔｅｒｎｉｔｙｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆｔｈｅｓｕｂｇｅｎｕｓ犈狅狊狆犪犾犪狓ｉｎＧａｎｓｕｐｒｏｖｉｎｃｅｗａｓｅｖａｌｕａｔｅｄｂｙｓｔｕｄｙｉｎｇ
ｔｈｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｐｈｙｌｏｇｅｎｅｓｉｓｏｆｔｈｉｓｓｕｂｇｅｎｕｓ．Ｔｈｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｃｏｍｐｌｅｔｅｓｅｑｕｅｎｃｅｖａｒｉａｔｉｏｎｓｏｆｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ
ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）ａｎｄｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅＢｇｅｎｅ（１１４０ｂｐ）ｗｅｒｅｅｘａｍｉｎｅｄ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅｄａｔａｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄｆｒｏｍ３１ｓａｍ
ｐｌｅｓｏｆｔｈｅｓｕｂｇｅｎｕｓ犈狅狊狆犪犾犪狓ｆｒｏｍ１１ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｐｌａｃｅｓｉｎＧａｎｓｕｐｒｏｖｉｎｃｅａｎｄ２１ｏｔｈｅｒｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｅｒｅａｃｑｕｉｒｅｄ
ｆｒｏｍＧｅｎＢａｎｋ．ＦｏｕｒＧａｎｓｕｓｐｅｃｉｅｓｗｅｒｅＱｉｎｌｉｎｇｚｏｋｏｒ，Ｇａｎｓｕｚｏｋｏｒ，Ｂａｉｌｅｙ’ｓｚｏｋｏｒ，ａｎｄＳｍｉｔｈ’ｓｚｏｋｏｒ．
Ｔｗｏｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｓｗｅｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ，ｏｎｅｆｒｏｍｔｈｅ３１ｎｅａｒｃｏｍｐｌｅｔｅＣｙｔｂｓｅｑｕｅｎｃｅｓｆｒｏｍｏｕｒｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ
ａｎｄ５２ＣｙｔｗｈｉｃｈｗｅｒｅａｌｉｇｎｅｄｗｉｔｈＧｅｎｅＢａｎｋ．Ｕｓｉｎｇｔｈｅｓｅｒｅｓｕｌｔｓａｎｄｒｅｌａｔｅｄｓｏｆｔｗａｒｅ，ｗｅａｎａｌｙｓｅｄｔｈｅ
ｃｈａｎｇｅｏｆＣｙｔｂｇｅｎｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓａｎｄｄｉｓｃｕｓｓｅｄｔｈｅｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄｐｈｙｌｏｇｅｎｅｓｉｓｏｆｆｏｕｒｓｐｅｃｉｅｓｏｆｔｈｅｓｕｂｇｅｎｕｓ
犈狅狊狆犪犾犪狓．Ｔｈｉｓｓｔｕｄｙｐｒｏｖｉｄｅｓｔｈｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｂａｓｉｓｆｏｒｔｈｅｐｈｙｌｏｇｅｎｅｓｉｓｏｆｔｈｅｓｕｂｇｅｎｕｓ犈狅狊狆犪犾犪狓．
犓犲狔狑狅狉犱狊：ｓｕｂｇｅｎｕｓ犈狅狊狆犪犾犪狓；ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅｂｇｅｎｅ；ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｓｉｓ
９０２第１８卷第６期 草业学报２００９年