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日本晚樱同源异型基因PrseAP3的克隆及其在单瓣与重瓣花中的表达分析



全 文 :第31卷 第5期
2012年 10月
华 中 农 业 大 学 学 报
Journal of Huazhong Agricultural University
Vol.31 No.5
Oct.2012,578~583
收稿日期:2011-12-27
基金项目:国家自然科学基金项目(31101202)和长江大学博士启动基金项目(801190010118)
刘志雄,博士,讲师.研究方向:园林植物生物技术.E-mail:zxliu1977@yahoo.com.cn
日本晚樱同源异型基因PrseAP3的克隆
及其在单瓣与重瓣花中的表达分析
刘志雄 于先泥
长江大学园艺园林学院,荆州434025
摘要 用同源克隆的方法和3′RACE技术,从日本晚樱(Prunus lannesiana)中分离得到了1个AP3同源
基因PrseAP3的cDNA全长,GenBank登录号为JF710371。其cDNA全长977bp,包括1个编码235个氨基酸
共708bp的开放阅读框。序列比对和分子系统发生分析表明,PrseAP3是拟南芥的AP3同源基因,其蛋白质
的C末端具有2个保守基元:PI-derived模体和paleoAP3模体,属B类转录因子中paleoAP3进化系。半定量RT-
PCR分析表明,PrseAP3主要在单瓣日本晚樱品种大岛的萼片、花瓣和雄蕊中表达;在重瓣品种一叶的花瓣、雄蕊
和叶化心皮中表达。其表达组织特异性在2个品种间表现出明显的差异,并与拟南芥的AP3基因有一定的差别。
关键词 日本晚樱;花发育;花同源异型基因;APETALA3;同源克隆;3′RACE技术;半定量RT-PCR
中图分类号 S 685  文献标识码 A  文章编号 1000-2421(2012)05-0578-06
  花瓣是观赏花木最具观赏性的结构之一,花瓣
的形态、数量及花色一直是花卉育种的3个重要方
向[1]。在拟南芥中,APETALA3(AP3)是参与控
制花瓣和雄蕊特征的B类 MADS-box基因,其表达
模式有很强的时空特异性[2]。近年研究发现,AP3
同源基因表达模式在不同被子植物类群中呈现出一
定的差异,并发生功能分化,进而参与调控植物花器
官的形态差别[3-6]。鉴于该基因在植物花型调控中
的重要作用,其表达模式和功能的研究目前正成为
花发育研究的热点领域,但主要集中在模式植物、观
赏价值较高的兰科和菊科花卉以及一些花型奇特的
基部被子植物,并发现这些基因表达模式改变和功
能分化与植物花被形态分化密切相关[3,6-7]。相对模
式植物和草本观赏花卉而言,木本植物童期长、生长
发育调控复杂以及遗传转化体系建立困难等,其花
发育调控方面的研究相对滞后。
日本晚樱(Prunus lannesiana)是蔷薇科(Ro-
saceae)樱属著名的观赏花木。因其花色娇艳,树形
优美,品种繁多,适应性广且观赏价值高,被广泛应
用于园林绿化和景观建设。本研究分别选用遗传背
景相近的日本晚樱白花单瓣品种大岛(P.lannesi-
ana ‘Makino’)与重瓣品种一叶(P.lannesiana
‘Hisakura’),比较分析其参与控制日本晚樱花瓣特
征决定的AP3同源基因的表达模式和功能,为解析
日本晚樱花瓣形态建成的分子机制积累资料。
1 材料与方法
1.1 材 料
2010年4月初采集供试品种大岛(P.lannesi-
ana‘Makino’)和一叶(P.lannesiana ‘Hisakura’)
(图1)蕾期雌雄蕊刚发育成熟时的花芽,并将萼片、
花瓣、雄蕊和雌蕊共4轮花器官分开,迅速置于液氮
中速冻,-80℃超低温冰箱中保存备用。大岛与一
叶分别采自中国农业大学校园和清华园。
1.2 RNA分离和cDNA合成
用EASYspin植物 RNA快速提取试剂盒(北
京艾德莱生物科技有限公司)提取日本晚樱花芽和
4种花器官(萼片、花瓣、雄蕊和雌蕊)的总 RNA。
用 M-MLV 逆转录酶(TaKaRa公司)合成第一链
cDNA,反应体系和操作按说明书进行。
1.3 日本晚樱AP3同源基因PrseAP3的分离
  根据NCBI上现有其他植物的AP3同源基因序
列,直接设计3′-RACE引物5′-AACAAGATCAA-
CAGGCAGGTG-3′,用 3′-ful RACE Core Set
Ver.2.0试剂盒(TaKaRa公司)进行PrseAP3基因3′
端的克隆,操作按说明书进行。再根据获得的3′-RACE
DOI:10.13300/j.cnki.hnlkxb.2012.05.018
 第5期 刘志雄 等:日本晚樱同源异型基因PrseAP3的克隆及其在单瓣与重瓣花中的表达分析  
A:大岛的花 The flower of‘Makino’;B:一叶的花 The flower of‘Hisakura’.
图1 单瓣日本晚樱大岛与重瓣日本晚樱一叶花器官形态比较
Fig.1 The morphological diference between single-flowered P.lannesiana
‘Makino’and double-flowered P.lannesiana‘Hisakura’
序列的非翻译区(3′-UTR)和蔷薇科近缘种AP3同
源基 因 5′-UTR 的保守序列设计 上 下 游 引 物
FLAP3F (5′-TTATGGGTCGTGGGAAGATTG-
3′) 和 FLAP3R (5′-CCGAGTCCAAGTC-
CAAGTCTAAG-3′),分别从大岛和一叶花芽总
RNA逆转录产物中获取基因的全长。PCR反应体
系、扩增程序和阳性克隆的鉴定参照文献[8],鉴定
后送样测序,分离出PrseAP3基因。所有引物均由
上海生工生物技术有限公司合成,DNA测序由华大
基因公司完成。
1.4 蛋白质序列比对与系统发生分析
将PrseAP3基因开放阅读框(open reading
frame,ORF)编码的氨基酸序列在EBI数据库中进
行Blast分析。用Clusta1X1.83软件,将PrseAP3
基因推导的氨基酸序列同NCBI上AP3同源蛋白序
列 MdAP3(苹果 Malus×domestica,BAC11907)、
RrAP3(玫瑰Rosa rugosa,BAB63261)、TrAP3(太行
花Taihangia rupestris,ABB59992)、HmAP3(八仙花
Hydrangea macrophylla,BAG68950)、PtAP3(毛白
杨Populus tomentosa,AAO49713)、AP3(拟南芥Ar-
abidopsis thaliana,BAA04665)、VvAP3(葡萄 Vitis
vinifera,XP_002273223)、TaAP3(昆栏树Trochoden-
dron aralioides,ABE11601)、EpAP3(领春木Eupte-
lea pleiosperma,ADC79696)、PaAP3(二球悬铃木
Platanus×acerifolia,ABO93622)、AktAP3(三叶木
通 Akebia trifoliata,AAT46097)、DEF(金鱼草
Antirrhinum majus,BAI68389)和PhDEF(矮牵牛
Petunia×hybrida,AAQ72510)进行多重比较。
在对上述来自不同类群植物的12个AP3同源基因
进行系统发生分析时,选择拟南芥的 AP1 (AP-
ETALA1,NP_177074)、PI(PISTILLATA,NP_
197524)、AG (AGAMOUS,NP_567569)、AGL1/
SHP1(SHATTERPROOF1,NP_191437)、AGL5/
SHP2(SHATTERPROOF2,NP_850377)、STK/
AGL11(SEEDSTICK,NP_192734)、SEP1(SEPA-
LLATA,NP_568322)、SEP2(NP_186880)、SEP3
(NP_850953)和SEP4(NP_849930)以及日本晚樱
的CLAP1(ACT67688)共11个 ABCDE类蛋白作
外类群,用 MEGA4.0软件,以连接近邻法(neigh-
bour joining,NJ)构建系统进化树[9]。
1.5 半定量RT-PCR与组织表达特异性分析
用半定量RT-PCR技术检测PrseAP3基因在
供试的2个日本晚樱品种共4轮花器官中表达的组
织特性。根据日本晚樱PrseAP3基因的序列分别
设计上下游引物 RTAP3F(5′-ATGGGTCGTGG-
GAAGATTG-3′)和 RTAP3R(5′-TATCAATAG-
CAGCGTCAGTCAAG-3′),并在进行 RT-PCR之
前,检测引物的特异性;以日本晚樱actin基因作内
参,内参引物和RT-PCR方法参照文献[8]进行。
2 结果与分析
2.1 PrseAP3基因全长cDNA序列的克隆
同源克隆结合RACE技术,分别从大岛和一叶
中克隆得到了完整的PrseAP3基因全长cDNA。
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   华 中 农 业 大 学 学 报 第31卷 
结果表明,PrseAP3基因序列结构在2个品种中完
全一致,其cDNA序列全长977bp,包括269bp的
3′非翻译区和708bp的完整ORF,编码235个氨基
酸和1个终止密码子。根据NCBI网站的Blast分
析,它与 MADS-box基因家族中paleoAP3进化系
基因的同源性最高,命名为PrseAP3,GenBank登
录号为JF710371。
2.2 蛋白质序列比对与分子系统发生分析
蛋白质序列同源比对结果(图2)显示:PrseAP3
拥有1个高度保守的 MADS结构域(MADS do-
main)、1个次级保守的 K结构域、1个保守性相对
较低的Ⅰ区和1个变异较大的C末端结构域。其
中,M区(1~57)含57个氨基酸,Ⅰ区(58~86)有
2 9个氨基酸,K区(87~168)含82个氨基酸,C结构
 第1个和第2个画线的部分分别代表 MADS-box区和K区;其他物种同源蛋白氨基酸残基与PrseAP3相同的部分用圆点表示 PI-
derived motif,apaleoAP3-motif and euAP3-motif of AP3-like sequences are boxed.The first and second underlined regions represent
the MADS domain and K domain,respectively.Amino acid residues identical to PrseAP3are indicated as dots.
图2 PrseAP3基因所编码氨基酸结构域Blast分析及PI-derived模体、paleoAP3和euAP3模体
Fig.2 Alignment of the domain of the predicted amino acid sequence of PrseAP3
with the most similar sequences identified in Blast
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 第5期 刘志雄 等:日本晚樱同源异型基因PrseAP3的克隆及其在单瓣与重瓣花中的表达分析  
图3 PrseAP3蛋白与其他AP3同源蛋白的分子系统发生分析
Fig.3 Phylogenetic analysis of PrseAP3 with other AP3-like MADS-box proteins
域(169~235)含 67 个氨基酸。在 K 结构域,
这2个基因产物都包括3个保守的区域 K1(87~
108)、K2(121~135)和K3(143~168),并且这3个
保守的区域含有许多疏水氨基酸位点[10]。另外
PrseAP3的C末端结构域拥有保守的PI-derived模
体和paleoAP3模体,属B类转录因子中paleoAP3
进化系,与拟南芥 AP3蛋白所属的euAP3进化系
不同,并与其他 ACDE类基因区分开来(图2、3)。
分子系统发生分析表明,日本晚樱PrseAP3和苹果
的 MdAP3聚于进化树的一个分支,亲缘关系最近,
与太行花、玫瑰的亲缘关系次之,但是蔷薇科植物共
同聚于一个大的分支,与其他科中物种区分开来,与
传统分类学所得的结果基本一致(图3)。
2.3 半定量RT-PCR与组织表达特异性分析
半定量RT-PCR技术检测PrseAP3在日本晚
樱单重瓣品种4轮花器官中表达的组织特异性结果
(图4、5)显示,PrseAP3主要在单瓣日本晚樱品种
大岛的萼片、花瓣和雄蕊中表达,且在花瓣和雄蕊中
的表达量极显著高于萼片(P<0.01),但花瓣和雄
蕊中的表达量无显著差异(P>0.05),在心皮中仅
能检测到微弱的转录信号。PrseAP3主要在重瓣
日本晚樱品种一叶的花瓣、雄蕊和叶化的心皮中表
达,且 在 这 3 轮 花 器 官 中 的 表 达 量 无 显 著 差
异(P>0.05),在萼片中仅能检测到微弱的转录信
号,但极显著低于内3轮花器官(P<0.01),其在重瓣
品种中表达的组织特异性与单瓣品种明显不同。进一
步对PrseAP3在单瓣和重瓣品种同轮花器官中的表达
量进行方差分析,结果显示,其在2个品种萼片、花瓣
和雄蕊等3种器官中的表达量无显著差异(P>0.05),
但在重瓣品种一叶叶化雌蕊中的表达量极显著高于单
瓣品种大岛正常雌蕊中的表达量(P<0.01)。
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 Se:萼片Sepal;pe:花瓣Petal;st:雄蕊Stamen;ca:心皮 Car-
pel.
图4 PrseAP3基因在2个品种4轮花器官中
表达的半定量RT-PCR分析
Fig.4 Expression analysis of PrseAP3in sepal,
petal,stamen and carpel of two P.lannesiana cultivars
by semiquantitative RT-PCR with actin as control
图5 PrseAP3基因在2个品种4轮花器官中的表达比较
Fig.5 Expression diference of PrseAP3in sepal,
petal,stamen and carpel of‘Makino’and‘Hisakura’by
semiquantitative RT-PCR with actin as control
3 讨 论
测序结果表明,从单瓣大岛和重瓣一叶中分离
到的PrseAP3基因核苷酸序列完全一致。蛋白质
序列同源比对分析(图2)表明,PrseAP3的C末端
结构域拥有保守的PI-derived模体和paleoAP3模
体,分子系统发生和进化树重建(图3)进一步证实
其属B类转录因子中paleoAP3进化系,是拟南芥
AP3的同源蛋白;但拟南芥的 AP3属euAP3型蛋
白,PrseAP3属于paleoAP3型蛋白。功能分析表
明,MADS-box转录因子 C末端结构域在转录激
活、蛋白四聚体形成以及蛋白功能特化方面有着非
常重要的作用[11],因此,日本晚樱PrseAP3基因的
表达模式和功能可能与拟南芥的AP3呈现差别。
半定量RT-PCR分析表明,PrseAP3主要在单瓣日
本晚樱品种大岛的萼片、花瓣与雄蕊中表达,且在花
瓣和雄蕊中的表达量极显著高于萼片(P<0.01);
在重瓣品种一叶中,其转录活性主要局限在花瓣、雄
蕊和叶化的雌蕊中,并且在一叶叶化雌蕊中的表达
量极显著高于单瓣品种大岛正常雌蕊中的表达
量(P<0.01)。重瓣品种一叶心皮叶化(图1),雌蕊
通过同源 异 型 转 变 形 成 类 似 萼 片 的 结 构[12];
PrseAP3在重瓣品种雌蕊轮的表达量显著升高可
能与其参与这种萼片化结构的发育相关,进而造成
日本晚樱单重瓣花雌蕊轮的形态差异。
从基因表达的组织特异性看,PrseAP3主要在
日本晚樱花瓣和雄蕊轮表达,在萼片和雌蕊轮也能
检测到转录信号,其表达组织特异性与E类基因相
似,但蛋白序列比对和分子系统发生分析又将其与
E类基因区分开来(图3)。其他植物paleoAP3型
基因的表达也呈现类似的结果,在兰科(Orchidace-
ae)植物文心兰属(Oncidium)植物中,其paleoAP3
型基因OMADS3在4轮花器官中都有表达[4];进
一步研究发现,其他兰科植物paleoAP3型基因的
表达调控也类似[6]。在睡莲科(Nymphaeaceae)植
物圆叶萍蓬草(Nuphar advena)中,其paleoAP3
型基因Nu.ad.AP3.1在4轮花器官中表达量均
很高;而在佛罗里达八角茴香(Illicium florida-
num)和荷花玉兰(Magnolia grandiflora)中,其
paleoAP3型基因主要在萼片、花瓣和雄蕊中表达,
在雌蕊轮不表达[13]。在基部真双子叶植物三叶木
通(Akebia trifoliata)中,其paleoAP3型基因Ak-
tAP3_3在每轮花器官均有表达[14]。可见paleo-
AP3型基因的表达模式在不同植物花发育调控中
呈现差异,这种差异是基因功能进化和分化的结果,
并参与植物花器官形态多样化的进化[5,15]。在日本
晚樱近缘种蔷薇科李亚科植物中,有关AP3同源基
因调控花发育的相关研究也未见报道,日本晚樱
paleoAP3型基因PrseAP3参与花发育调控的生
理活性和功能,仍有待进一步研究。
参 考 文 献
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Cloning and expressing analysis of a floral homeotic
gene PrseAP3 fromPrunus lannesiana
LIU Zhi-xiong YU Xian-ni
College of Horticulture and Gardening,Yangtze University,Jingzhou 434025,China
Abstract To find genes involved in the floral organogenesis of Prunus lannesiana,cDNAs for one
MADS-box genes,PrseAP3with GenBank accession No.JF710371,was cloned using homologous clo-
ning and 3′-RACE method based on the sequence database of NCBI.The ful length of PrseAP3cDNA is
977bp,containing an open reading frame(ORF)of 708bp and coding for a polypeptide of 235amino
acid residues.Sequence comparison and phylogenetic analysis revealed that PrseAP3was highly homolo-
gous to protein AP3in Arabidopsisand belonged to the paleoAP3clade of class B.However,semiquanti-
tative RT-PCR analysis showed that PrseAP3was strongly expressed in petal and stamen of single-
flowered P.lannesiana cultivar‘Makino’,and in petal,stamen and leaf-like carpel of double-flowered
cultivar‘Hisakura’,obviously different from the expression pattern of AP3in Arabidopsis.
Key words Prunus lannesiana;flower development;floral homeotic gene;APETALA3;homolo-
gous cloning;3′-RACE method;semiquantitative RT-PCR
(责任编辑:张志钰)
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