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RT-PCR Detection of dsRNA Virus LeV in Lentinula edodes

香菇dsRNA 病毒LeV 的RT-PCR 检测



全 文 :·研究报告·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2014年第1期
香菇病毒 HKB(Lentinula edodes mycovirus HKB,
LeV),存在于多数感染病毒的香菇中。最近有报道
检测到一条与其基因组相关的 dsRNA,分子大小为
11 282 bp,编码两个阅读框 ORF1 和 ORF2,ORF1
编码一个假定蛋白,ORF2 推测编码 RNA 依赖的
RNA 聚合酶[1]。LeV 是一种真菌病毒,具有潜隐性
的特点,在生产过程中人们不易辩认和排除[2]。通
常感染病毒的香菇可以完成自身正常的生命周期,
病毒在很长的时期内不会产生明显的症状,但也会
偶尔出现异常症状。如基质表面白色绒毛菌丝生长
不足或转色不完全[3],子实体畸型等,这些症状往
往导致严重的经济损失。因此,为满足香菇菌株质
收稿日期 : 2013-09-23
基金项目 :福建省科技厅自然科学基金项目(2013J01080)
作者简介 :郭杰,男,助理农艺师,硕士,研究方向 :食用菌病害 ;E-mail :gjfywx_2008@163.com
通讯作者 :吴小平,男,教授,博士,研究方向 :食用菌教学与科研 ;E-mail :fjwxp@126.com
香菇 dsRNA 病毒 LeV 的 RT-PCR 检测
郭杰1,2  吴小平1
(1. 福建农林大学生命科学学院,福州 350002 ;2. 三门峡农业科学研究院,三门峡 472000)
摘 要: 香菇病毒 HKB(Lentinula edodes mycovirus HKB,LeV)是一种具有潜隐性特点的真菌病毒,广泛存在于香菇菌株中。
为了快速、准确地检测出 LeV,根据 LeV 病毒基因组序列(AB.429556.2)的信息,设计合成一对引物,对 25 个香菇菌株进行 RT-
PCR 检测,在 20 个香菇菌株中分别扩增出 LeV 病毒基因组特有的条带,在 5 个香菇菌株中未能扩增出条带。通过对 25 个香菇菌
株进行 dsRNA 提取检测,结果也表明不存在扩增片段的菌株提取不到 dsRNA,存在扩增片段的菌株能够提取得到 dsRNA。因此建
立的 RT-PCR 方法可以快速检测到香菇 dsRNA 病毒 LeV,能够对香菇的质量检测提供技术支持。
关键词 : dsRNA 真菌病毒 RT-PCR 香菇
RT-PCR Detection of dsRNA Virus LeV in Lentinula edodes
Guo Jie1,2 Wu Xiaoping1
(1. College of Life Science,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002 ;2. Institute of SanMenxia Agriculture Science,
Sanmenxia 472000)
Abstract:  Lentinula edodes mycovirus HKB(LeV)is a fungal virus with the potential symptoms and exists widely in Lentinula edodes
strains. In order to detect LeV from abundant strains rapidly and accurately, a pair of primers were designed according to the sequence of LeV
(AB.429556.2)and amplified by RT-PCR method. In a total of 25 strains, 20 strains were positive for LeV and 5 strains were negative. The
result of dsRNA extraction also showed dsRNA were obtained in the positive strains and the negative strains were not. In conclusion, the study
proved that RT-PCR is a rapid and sensitive method for detection of LeV in Lentinula edodes strains and can attribute to the control of strains
quality.
Key words:  dsRNA Mycovirus RT-PCR Lentinula edodes
量检测和无毒化生产的需要,本试验根据 LeV 基因
序列,拟建立快速、简单的 RT-PCR 方法用于香菇
病毒 LeV 感染的检测诊断。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 供试菌株 香菇菌株 236,Cr33,庆科 20,
春 菇 一 号, 香 安,9319,L0200,L0205,L0213,
L0228,L0232,L0284,L0312,L0318,L0327,
L0328,L0334,L0364,L0368,L0391,L0610,
L0612,L0617,L0620, 感 染 LeV 的 菌 株 L0183[4]
均为福建农林大学菌物研究中心保存。
1.1.2 培养基 PDA 培养基 :马铃薯 200 g,葡萄糖
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2014年第1期148
20 g,琼脂 20 g,水 1 000 mL。
PDB 培养基 马铃薯 200 g,葡萄糖 20 g,H2O
1 000 mL。
1.1.3 主要试剂 RT 试剂,DNase Ⅰ和 S1 Nuclease
购 自 Fermentas 公 司 ;PCR 试 剂,pMD18-T,E.coli
DH5α 购自 TaKaRa 公司 ;Trizol 试剂盒购自 Invitro-
gen 公司 ;其它试剂均为国产。根据 LeV 的 ORF2
序列信息(GenBank :AB.429556.2)设计 1 对引物 :
LeVY-02-S :5-ACAGTAGCGGTATCTCA-3,LeVY-
02-A :5-GCCAGGCAGTTTAGT-3。
1.2 方法
1.2.1 菌丝体的制备 供试香菇菌种转接于试管中
活化(含 PDA 培养基),满管后转接于 500 mL 三角
瓶中(含 200 mL PDB 培养基),25℃下静置培养 15
d,过滤收集菌丝体,用滤纸吸干,-20℃保存备用。
1.2.2 香 菇 dsRNA 和 RNA 的 提 取 供 试 菌 株
dsRNA 和 RNA 的提取方法分别参照 dsRNA 技术[4]
和 Trizol 试剂盒操作说明书。
1.2.3 香菇 dsRNA 病毒 RT-PCR 检测反应体系 RT
反应体系,首先在 0.2 mL PCR 管中加入 RNA 模版
(100 ng),10 μmol/L 引物 LeVY-02-A 1 μL,二甲亚
砜 1 μL,补 DEPC 水至 10 μL,100℃保温 5 min,然
后迅速放置冰上 5 min。再添加 5×RT Buffer 4 μL、
10 mmol/L dNTPs 2 μL、40 U/μL Rnase inhibitor 0.5
μL、200 U/μL 反 转 录 酶 M-MuLV 0.5 μL、 用 DEPC
水补充至 20 μL,反应总体积为 20 μL,反应程序为
42℃反应 1 h,70℃灭活 10 min 立刻置于冰上,-20℃
保存。
RT 反应结束后取 1 μL RT 产物进行 PCR 反应,
添加 10×PCR Buffer 3 μL(含 15 mmol/L MgCl2),2.5
mmol/L dNTPs 1 μL、5 U/μL Taq DNA 聚合酶 0.3 μL、
10 μmol/L 引 物(LeVY-02-S,LeVY-02-A) 各 1 μL,
用 DEPC 水补充至 30 μL,反应总体积为 30 μL,反
应程序为 95℃预变性 5 min,95℃ 45 s,最佳退火
温 度 52 ℃ 45 s,72 ℃ 45 s,25 个 循 环,72 ℃ 延 伸
10 min。
1.2.4 病 毒 核 酸 类 型 鉴 定 利 用 DNase Ⅰ 和 S1
Nuclease 鉴定该病毒基因组的核酸类型,分别参照
DNase Ⅰ和 S1 Nuclease 的操作说明书。
1.2.5 RT-PCR 产物的克隆和测序 琼脂糖凝胶电
泳检测 RT-PCR 产物后,随机选取 3 个菌株扩增的
目的片段经 PCR Fragment Recover Kit 回收纯化,与
pMD18-T Vector 连接后转化 E.coli.DH5α 菌株感受态
细胞,挑取阳性克隆子,菌落 PCR 验证后,送上海
生工生物工程公司进行测序,测序结果运用 NCBI
Blast 进行同源性搜索比较分析。
2 结果
2.1 RT-PCR检测
LeVY-02 引 物 RT-PCR 结 果( 图 1) 表 明, 在
25 个 香 菇 菌 株 中,236、L0200、L0328、L0284、
L0620 菌株不存在特异性目的片段,其余菌株均
存在一条大小约 434 bp 的特异性目的片段。因此,
236、L0200、L0328、L0284、L0620 菌 株 中 不 含 有
香菇真菌病毒,其余 20 个菌株中可能含有香菇真菌
病毒 LeV。
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M L0200 ᒶ、20 L0617 俉ᆹ L0368
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bp
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Cr33 9319 L0610 L0328 L0284 L0312 L0620 L0364
236 L0183 L0232
M ᱕㧷аਧ L0205 L0213 L0228 L0318 L0612 L0391 L0327 L0334
M :DL2000 Markers
图 1 RT-PCR 检测香菇真菌病毒 LeV 的琼脂糖凝胶电泳
图谱
2014年第1期 149郭杰等 :香菇 dsRNA 病毒 LeV 的 RT-PCR 检测
2.2 序列分析
L0183、L0232、L0617 菌 株 RT-PCR 扩 增 的 目
的片段克隆测序后,结果(图 2)表明 3 个片段的
序列分别与 LeV(AB.429556.2)对应序列的相似性
为 98%(L0232)、99%(L0183)、99%(L0617)。
由此,可以认为存在扩增片段的 20 个菌株中含有香
80LeV.seq
80L0183.seq
80L0617.seq
80L0232.seq
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434L0183.seq
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图 2 多序列比对结果
菇真菌病毒 LeV,但其 dsRNA 可能有差异。
2.3 病毒核酸类型
经过 DNase Ⅰ和 S1 Nuclease 鉴定该病毒基因组
的核酸类型为 dsRNA(图 3)。通过 dsRNA 的提取
结果也表明不存在扩增片段的菌株提取不到 dsRNA,
存在扩增片段的菌株能够提取得到 dsRNA。
M L0183 L0232 L0617
23130
bp
9416 11282
bp
dsRNA
M :λDNA/Hind Ⅲ Markers
图 3 香菇真菌病毒 LeV 基因组琼脂糖凝胶电泳
3 讨论
通常 dsRNA 病毒可以通过电子显微镜进行病
毒颗粒的检测[5-8],但是电镜检测需要的样品量大,
过程复杂且灵敏度相对较低,对于一些特殊的病毒,
电镜也无法进行检测。已有研究表明,LeV 是一种
线性真菌病毒,通过电子显微镜没有发现同 dsRNA
相关的病毒颗粒,通过原子力显微镜才获得了病毒
的分子成像[1],但昂贵的设备,更高要求的检测
方法令一般的研究单位难以负担。dsRNA 病毒还
可以通过提取病毒基因组进行检测[9-11],但传统的
dsRNA 提取技术检测香菇病毒,经常性地出现杂带
影响或提取不到 dsRNA[4]。RT-PCR 检测是一种常
规的检测技术,在动植物病毒检测方面已有多篇报
道[12-14],在食用菌 dsRNA 病毒检测中也有相关报
道[15,16],但在国内尚未见利用 RT-PCR 对香菇病毒
HKB(LeV)检测的报道。经过 LeV 的 RT-PCR 检
测试验证实,RT-PCR 方法较其他检测方法,不需要
特殊且贵重的仪器设备,也无需活性病毒,只要存
在未降解的核酸片段,且达到检测的最低病毒量就
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2014年第1期150
能够检测,具有操作简单,快速、灵敏性高的特点,
可以避免提取病毒颗粒和基因组等检测方法操作繁
琐或效果不理想等问题。
香菇 LeV 病毒 RT-PCR 检测方法还需要继续完
善,如进行 RT-PCR 方法的优化试验,提高检测的
经济性 ;或开发具有荧光素标记或其他发光物质标
记的 RT-PCR,提高检测结果的可视性 ;或在香菇病
毒分子生物学的深入研究下,完成病毒基因组的全
序列分析,建立核酸分子杂交检测方法,免疫学血
清检测方法,酶联免疫吸附检测方法和蛋白质微列
阵检测方法等,开发出简便、灵敏的病毒检测试纸条,
无论是在研究上或应用上都具有广泛的现实意义。
4 结论
建立了一种可对香菇 LeV 病毒核酸进行扩增的
RT-PCR 方法,适用于香菇 LeV 病毒的诊断和快速
检测。
参 考 文 献
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(责任编辑 李楠)