全 文 :第 14卷第 2期
2016年 3月
生 物 加 工 过 程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol 14 No 2
Mar 2016
doi:10 3969 / j issn 1672-3678 2016 02 006
收稿日期:2015-11-09
基金项目:国家自然科学基金(21476112);江苏省自然科学基金(BK20140933);材料化学工程国家重点实验室自主课题(ZK201403)
作者简介:孙朱贞(1990—),女,安徽马鞍山人,研究方向:微生物学、发酵工程;徐 虹(联系人),教授,E⁃mail:xuh@ njtech.edu.cn
一株产 ε 聚赖氨酸的白色链霉菌遗传转化体系
孙朱贞1,2,冯小海1,2,许召贤1,2,曹长虹1,2,徐 铮1,2,徐 虹1,2
(1. 南京工业大学 材料化学工程国家重点实验室,江苏 南京 210009;
2. 南京工业大学 食品与轻工学院,江苏 南京 211800)
摘 要:为了更好地研究 ε 聚赖氨酸(ε PL)生物合成的分子机制以及构建 ε PL高产基因工程菌株,拟建立一
株 ε PL产生菌株 Streptomyces albulus PD 1 的遗传转化体系。 通过对培养基类型、孢子预萌发处理、培养基中
Mg2+浓度等条件进行考察,以 Escherichia coli ET12567(pUZ8002)为供体菌,成功地将 pIB139 质粒导入 S. albulus
PD 1中。 结果表明:质粒转化效率达到(3±0 4) × 10-6个接合转化子 /受体。 接合子传代实验和 PCR 结果发现,
pIB139质粒能够稳定整合在 S. albulus PD 1染色体的 attB位点上。 本研究建立了一株 ε PL生产菌株的遗传转
化体系,为从分子水平上研究 ε PL的合成及 ε PL高产菌株的构建奠定了基础。
关键词:ε 聚赖氨酸;白色链霉菌;遗传转化体系;pIB139
中图分类号:Q933;S476 文献标志码:A 文章编号:1672-3678(2016)02-0027-06
Genetic transformation system of a ε⁃poly⁃l⁃lysine⁃producing
Streptomyces albulus strain
SUN Zhuzhen1,2,FENG Xiaohai1,2,XU Zhaoxian1,2,CAO Changhong1,2,XU Zheng1,2,XU Hong1,2
(1. State Key Laboratory of Materials⁃Oriented Chemical Engineering,Nanjing Tech University,Nanjing 210009,China;
2. College of Food Science and Light Industry,Nanjing Tech University,Nanjing 211800,China)
Abstract:To study the biosynthetic mechanism of ε⁃Poly⁃l⁃lysine ( ε⁃PL) in the producing strain, we
developed a genetic transformation system for Streptomyces albulus PD⁃1,a well⁃known ε⁃PL⁃producing
strain. Plasmid pIB139 was introduced into S. albulus PD⁃1 when Escherichia coli ET12567(pUZ8002)
was used as a donor. After optimizing for conjugal transfer conditions,a maximal conjugation frequency of
(3 0±0 4)× 10⁃6 per recipient was obtained. Further test indicated that plasmid pIB139 was integrated
into the attB site of S. albulus PD⁃1 chromosome,and the integration of plasmid pIB139 was stable after
passing several generations. This inter⁃generic conjugal transformation system for S. albulus PD⁃1 will
provide powerful tools to study ε⁃PL biosynthesis mechanism and to construct high ε⁃PL over⁃producers.
Keywords:ε⁃poly⁃l⁃lysine;Streptomyces albulus;genetic transformation system;pIB139
ε 聚赖氨酸(ε poly L lysine,ε PL)是由
L 赖氨酸的 α 氨基和 ε 羧基通过酰胺键连接而
成的同型聚氨基酸。 由于其良好的抑菌性和生物
安全性,ε PL 已经作为一种天然的食品及化妆品
防腐剂被多个国家批准使用[1-2]。 2014年我国批准
ε PL及其盐酸盐作为新型食品添加剂可以在食品
行业中使用[3],极大地推动了国内 ε PL 的生产和
研究工作。
在工业上,ε PL 主要是通过放线菌发酵获得。
自 1977年第 1株 ε PL 产生菌株被筛选出来,研究
者们通过新型菌株筛选、高效菌株诱变、发酵体系优
化等措施大大提高了微生物合成 ε PL的效率[4-6],
但是关于 ε PL合成机制的研究却较少。 究其原因
是缺少 ε PL相关产生菌株的遗传转化体系。 遗传
转化体系是对菌株进行基因鉴定分析、代谢途径改造
和其他遗传操作的前提。 2000~2006年期间,Pandey
等[5,7-11]利用基于 S. albulus IFO14147内源质粒复制
子构建的复制型质粒建立了适用于 S. albulus
IFO14147的接合转移体系,并借助此遗传转化体系
进行了 ε PL的合成机制探索。 但由于此工作是基
于 S. albulus IFO14147内源质粒复制子展开的,并不
能为其他 ε PL产生菌株所借用。 尽管近年来多个
ε PL研究小组指出 ε PL产生菌株遗传转化体系
构建的重要性[12-14],但是由于放线菌丝状菌体形态、
较厚的细胞壁以及较长的生长周期等特点,未见有其
他关于 ε PL生产菌株遗传转化体系及其分子改造
的报道[15-18]。
目前链霉菌常用的遗传转化体系有 3 种:原生
质体转化、电转化和接合转移。 在此 3种方法中,接
合转移由于其操作简便、转化效率高、稳定性好而
被应用于许多链霉菌中。 根据相关报道表明,不同
链霉菌进行接合转移的培养基是不同的,例如,方
志锴等[19]研究金色链霉菌遗传转化体系时发现 MS
培养基为其最理想的接合转移培养基; Park 等[20]
发现 ISP 4是 S. mobaraensis ATCC29032最适接合
转移培养基,而以AS 2和 ISP 2 作为接合转移培
养基时无 S. mobaraensis ATCC29032接合子长出;朱
云霞等[21]发现 ISP 4 是抗生素 Bagremycin 生产菌
Streptomyces sp. Tü4128最适的接合转移培养基。 因
此,本文中,笔者尝试采用接合转移的方法应用于
遗传转化体系的建立,并尝试上述几种培养基,最
终选择转化效率最高的培养基,作为本实验的最适
培养基。 在此基础上对实验过程中各条件进行优
化,以达到最高的转化效率。
1 材料与方法
1 1 实验材料
1 1 1 菌株与质粒
ε PL高产菌株 S. alublus PD 1,由徐虹老师
课题组筛选、诱变获得,保藏于中国典型培养物保
藏中心,保藏号为 CCTCC M2011043。 pIB139 质粒
是由 pSET152质粒发展而来的大肠杆菌 链霉菌穿
梭型质粒,其中包含红霉素抗性基因强启动子、
pUC18复制子、阿泊拉霉素抗性基因以 ϕ31 的整合
酶基因和整合位点。 E. coli ET12567(pUZ8002)为
接合转移供体菌。 pIB139 质粒和 E. coli ET12567
(pUZ8002)菌株均由武汉大学瞿旭东老师馈赠。
1 1 2 培养基
LB培养基( g / L):蛋白胨 10,酵母粉 5,NaCl
10,固体培养基加 20 g / L琼脂。
胰蛋白胨大豆肉汤(TSB)培养基( g / L):TSB
30,购于 Oxoid公司。
接合转移用培养基有 MS 培养基(g / L):甘露醇
20,大豆粉 20,琼脂 20。 AS 1培养基(g / L):酵母粉
10,L 丙氨酸 0 2,L 精氨酸 0 5,可溶性淀粉 5,NaCl
2 5,Na2 SO4 10,琼脂 20; pH 7 5。 ISP 2 培养基
(g / L):酵母粉 4,麦芽提取物 10,葡萄糖 4,琼脂 20。
ISP 4培养基(g / L):可溶性淀粉 10,(NH4)2SO4 2,
MgSO4·7H2O 2,CaCO3 2,NaCl 1,K2HPO4 1,ZnSO4 1,
FeSO4·7H2O 1,MnCl2 1,琼脂 20;pH 7 2。 所有接合
转移用固体培养基均添加 10 mmol / L的 MgCl2。
1 2 实验方法
1 2 1 S. albulus PD 1 菌株对抗生素的敏感性
测试
为了确定用于 S. albulus PD 1 菌株进行遗传
操作的选择标记,笔者考察 S. albulus PD 1对阿泊
拉霉素、卡那霉素、氨苄青霉素、氯霉素、硫链丝菌
素、萘啶酮酸等 6 种常用抗生素的抗性水平。 试验
中分别配制了含 0、5、10、25、50 和 100 μg / mL 上述
抗生素的 MS 平板。 之后将 200 μL 含有约 108 个
S. albulus PD 1的孢子悬浮液均匀涂布于平板上,
30 ℃培养 7 d后对平板上菌落长出情况进行统计,
确定 S. albulus PD 1对各种抗生素的敏感性。
1 2 2 接合转移
接合转移方法参照链霉菌操作手册,且进行了
适当的优化。 首先将 pIB139 质粒通过热激转化法
转入 E. coli ET12567(pUZ8002)中,得到供体菌株
E. coli ETl2567 ( pUZ8002, pIB139)。 挑取 E. coli
ET12567( pUZ8002, pIB139)单菌落接种在 50 mL
LB培养基(含有 50 μg / mL 的阿泊拉霉素、卡那霉
素和氯霉素)中,37 ℃培养至 OD600达到 0 5 左右,
离心收集菌体。 使用同等体积的新鲜 LB 培养基洗
涤菌体 2次,以除去菌体上附着的抗生素,将洗涤好
的供体菌悬浮于 0 5 mL 新鲜 LB 培养基中待用。
82 生 物 加 工 过 程 第 14卷
同时,将事先冻藏的 S. albulus PD 1的孢子(约 108
个)悬浮于 TSB 培养基中,然后经过热激处理诱导
孢子萌发后悬浮于 0 5 mL 新鲜 LB 培养基中。 最
后,将处理好的 E. coli ET12567(pUZ8002,pIB139)
和 S. albulus PD 1孢子混合均匀分别涂布于 MS、
AS 1、ISP 2、ISP 4 固体培养基中,30 ℃培养
15~18 h 后,将 1 mL 含有阿泊拉霉素和萘啶酮酸
(质量浓度分别为 50 和 25 μg / mL)的无菌水覆盖,
以杀灭平板上的大肠杆菌和未发生质粒转化的 S.
albulus PD 1。 30 ℃培养 7 d后统计平板上接合子
菌落长出情况。
2 结果与讨论
2 1 S. albulus PD 1菌株对抗生素的敏感性测试
表 1为 S. albulus PD 1 菌株对抗生素的敏感
性试验结果。 由表 1可知:S. albulus PD 1 对硫链
丝菌素和阿泊拉霉素非常敏感,分别在质量浓度为
5和 10 μg / mL时即可完全抑制 S. albulus PD 1 在
MS平板上的生长;对卡那霉素、氨苄青霉素、氯霉
素表现出较强的抗性,在 100 μg / mL 的平板上仍有
少量 S. albulus PD 1菌落长出。 鉴于此,硫链丝菌
素和阿泊拉霉素的抗性基因可以作为 S. albulus
PD 1进行遗传操作的选择标记,以建立其遗传转
化体系。 本研究中选择的质粒是含有阿泊拉霉素
抗性基因和 ϕ31 整合酶基因的大肠杆菌 链霉菌穿
梭质粒 pIB139。 萘啶酮酸是链霉菌属间接合转移
过程中常用的一种可完全抑制供体菌(大肠杆菌)
生长的化学药品,因此在选择用于 S. albulus PD 1
菌株进行遗传操作选择标记的同时也考察了 S.
albulus PD 1 对萘啶酮酸的敏感性,最终发现 50
μg / mL的萘啶酮酸可抑制部分 S. albulus PD 1 的
生长,而在 25 μg / mL 萘啶酮酸时 S. albulus PD 1
即可较好的生长,因此在接合转移过程完成后,选
定萘啶酮酸的工作浓度为 25 μg / mL,可以高效地抑
制供体大肠杆菌的生长而对 S. albulus PD 1 的生
长没有影响。
表 1 S. albulus PD 1菌株对不同抗生素的抗性
Table 1 Antibiotics sensitivity for S. albulus PD⁃1
抗生素种类
抗生素在 MS培养基中的质量浓度 / (μg·mL-1)
0 5 10 25 50 100
阿泊拉霉素 +++++ + - - - -
卡那霉素 +++++ +++++ ++++ +++ + +
氨苄青霉素 +++++ +++++ ++++ ++++ +++ ++
氯霉素 +++++ +++++ ++++ +++ +++ +
硫链丝菌素 +++++ - - - - -
萘啶酮酸 +++++ +++++ +++++ ++++++ +++ -
2 2 培养基类型对 S. albulus PD 1 接合转移效
率的影响
表 2为不同培养基对 S. albulus PD 1 的接合
转移效率的影响结果。
表 2 培养基类型对接合转移效率的影响
Table 2 Effects of medium on the efficiency of
inter⁃generic conjugation
培养基 转移效率
AS 1 (6 0 ±0 3)× 10-8
ISP 2 (2 0±0 5)× 10-8
ISP 4 0
MS (4 0±0 5)× 10-7
由表 2可知,固体培养基种类对 S. albulus PD
1的接合转移效率具有很大影响。 使用 MS 培养基
接合转移时的效率最高,为 (4 0 ± 0 5) × 10-7,而
ISP 4作为接合转移培养基并没有转化子长出。 因
此,选定 MS培养基为 S. albulus PD 1 接合转移时
使用的培养基。
2 3 孢子热激处理对 S. albulus PD 1 接合转移
效率的影响
除了培养基的选择,对受体菌孢子进行热激
处理能够在一定程度上提高接合转移的效
率[19,21-22] 。 因为链霉菌孢子成熟后细胞壁较厚,
不易与大肠杆菌发生接合转移;但经过热激处理
后能够促使孢子快速萌发,进而能够提高接合转
92 第 2期 孙朱贞等:一株产 ε 聚赖氨酸的白色链霉菌遗传转化体系
移的效率。 根据链霉菌孢子常用热激温度,选取
30 ~ 60 ℃下对孢子处理不同的时间来研究热激处
理对接合转移效率的影响,结果见图 1。 由图 1 可
知,在孢子进行 50 ℃热激处理 10 min时接合转移
效率最佳。 太高和太低的热激温度均不利于 S.
albulus PD 1 接合转移的进行,可能是由于太高
的热激温度会对孢子造成损伤而太低的热激温度
下孢子萌发不完全。
图 1 孢子热激处理温度对 S. abulus PD 1
接合转移效率的影响
Fig 1 Heat shock treatment of spores on the trans⁃
conjugation efficiency of S. albulus PD 1
2 4 其他处理条件对接合转移效率的影响
除培养基种类和热激处理条件以外,培养基中
MgCl2的浓度和供体菌 /受体菌的比例同样对接合转
移效率有着重要的影响。 因此,后续对接合转移培
养基中不同 MgCl2的浓度 (5、10、20、40、60 和 80
mmol / L)进行试验,发现初始条件的培养基中含 10
mmol / L MgCl2时接合转移效率最高。 同样,改变供
体菌和受体菌的比例也未进一步提高接合转移的
效率。 最终以 S. albulus PD 1孢子作为受体菌,50
℃热激处理 10 min,使用含有 10 mmol / L MgCl2的
MS 培养基进行接合转移,其转化效率最高,为
(3 0±0 4)×10-6(图 2)。 此外,抗生素覆盖时间也
对接合转移效率同样影响显著:就本实验而言,16 ~
18 h覆盖效果最佳;时间少于 16 h,接合转移不完
全;时间长于 18 h,由于菌丝体大量生长,工作浓度
的抗生素则无法完全抑制未发生接合转移的 S.
albulus PD 1生长。
2 5 pIB139质粒在 S. albulus PD 1 菌株中的稳
定性测试
为了检测 pIB139质粒在 S. albulus PD 1 菌株
中的稳定性,将转化子接种到不含抗生素的 MS 培
养基中培养 5 d,再转接到新的不含抗生素的 MS 培
养基中。 转接 10代后,随机挑选 100个单菌落分别
图 2 优化前和优化后 S. albulus PD 1
接合子在平板上的生长情况
Fig 2 Transformation efficiency of conjugational
transfer before optimization and
after optimization
转接到含有阿泊拉霉素的 MS 平板上,结果这些单
菌落全部可以在含有阿泊拉霉素的 MS 平板上生
长。 该实验表明 pIB139质粒在 S. albulus PD 1 中
稳定存在,并未发生质粒丢失的情况。 Hamano
等[11]在此前的研究中截取 S. albulus IFO14147内源
质粒 pNO33的复制子,并基于此复制子构建了一系
列在适用于 S. albulus CR1(内源质粒 pNO33被消除
的 S. albulus IFO14147 菌株)的复制型质粒。 但是
由于游离质粒的不稳定性,在使用该质粒的过程中
需要添加 25 μg / mL 新霉素来维持质粒的存在,若
投入工业化生产中, 10 t的发酵罐则需要添加 175 g
的新霉素(按装液量 70%计算),而按照目前的市场
价格,生产成本将增加 714 元;且若后期分离不当,
则会造成 ε PL产品的抗生素污染,将无法作为食
品防腐剂应用到食品生产中。 pIB139 质粒能稳定
整合在 S. albulus PD 1染色体上,因此使用 pIB139
质粒对 S. albulus PD 1 基因组进行修饰则可避免
相应抗生素的使用,节约生产成本,更适用于工业
菌株规模化生产。
2 6 pIB139在 S. albulus PD 1中整合位点的确定
pIB139属于链霉菌基因整合型质粒,不能单独存
在于细胞质中,而是通过整合酶和 attP位点整合到链
霉菌基因组的 attB位点上。 目前已发现多个链霉菌的
attB位点,并且该位点多存在于染色体缩合蛋白或者
匹林类似蛋白(SCO3798)中[23]。 通过对 S. albulus
PD 1基因组序列的分析,发现了1个 SCO3798相似蛋
白(图 3(a))。 为了进一步验证此位点即为 S. albulus
PD 1中 attB插入位点,以此位点两翼的核苷酸序列
设计引物,进行 PCR,获得了 pIB139质粒的全部碱基
03 生 物 加 工 过 程 第 14卷
以及部分 attB序列(结果未列出)。 这个实验结果表明
pIB139质粒成功地插入到了 S. albulus PD 1染色体
的 attB 位点上(图 3(b))。 后续的实验同时证明
pIB139质粒的引入并未引起 S. albulus PD 1菌株表
型以及 ε PL生产能力的变化,因此 pIB139质粒适用
于 S. albulus PD 1菌株改造。
图 3 pIB139插入 S. albulus PD 1位点分析
Fig 3 Analysis of pIB139⁃based transconjugants of S. albulus PD⁃1
3 结论
通过对上述几种条件的探索,最终确定:以 S.
albulus PD 1 孢子作为受体菌,50 ℃热激处理 10
min,使用含有 10 mmol / L MgCl2的 MS 培养基进行
接合转移,且 16 h 后进行抗生素覆盖,其转化效率
最高,达到(3 0±0 4) ×10-6;经过传代实验和 PCR
验证表明 pIB139 质粒能够稳定存在于 S. albulus
PD 1 染色体的 attB 位点上。 在此研究中除了
pIB139质粒,也曾尝试将复制型质粒 pIJ702 和温敏
型质粒 pKC1139导入到 S. albulus PD 1中,但并未
得到相对应的转化子,猜测这些质粒的复制子不能
在 S. albulus PD 1中行使其功能,只能作为自杀型
质粒存在,但这些质粒携带同源片段可以进行 S.
albulus PD 1特定基因的敲除工作。 因此,笔者建
立了相对高效的 ε PL 生产菌株 S. albulus PD 1
的遗传转化体系,为将来 ε PL 生产菌株在分子水
平上的研究奠定了基础。
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(责任编辑 荀志金)
23 生 物 加 工 过 程 第 14卷