全 文 :第7卷第5期
2009年9月
生 物 加 工 过 程
ChineseJournalofBioprocessEngineering
Vol.7No.5
Sep.2009
doi:10.3969/j.issn.1762-3678.2009.05.012
收稿日期:2008-11-03
基金项目:国家科技支撑计划资助项目(2007BAK36B00);国家高技术研究发展计划(863计划)资助项目(2006AA020301);天津科技大学引进
人才科研启动基金资助项目(20070441)
作者简介:宋 翔(1984—),男,山西太原人,硕士研究生,研究方向:代谢工程;陈 宁(联系人),教授,Email:ningch@tust.edu.cn
苹果酸对 L 谷氨酸发酵代谢流迁移的影响
宋 翔,谢希贤,徐庆阳,刘淑云,陈 宁
(天津科技大学 生物工程学院 工业微生物教育部重点实验室,天津 300457)
摘 要:为更全面深入地理解细胞内谷氨酸代谢的调控机制,以黄色短杆菌GDK 9为供试菌株,应用MATLAB软
件和代谢流分析方法定量研究添加苹果酸后L谷氨酸发酵中、后期胞内的代谢流迁移。在 L 谷氨酸发酵中、后
期添加 20g/L苹果酸后,合成副产物L 丙氨酸和乳酸的代谢流量明显减少,分别降低了221%和165%,EMP
途径和乙醛酸循环的代谢流分别减少了226%和909%,HMP途径的代谢流增加了226%,而L 谷氨酸生物合
成的代谢流从7359%增长至7992%,较未添加前提高了633%。添加适量苹果酸能使关键节点发生代谢流迁
移,提高了L谷氨酸合成中心代谢途径的代谢流量。
关键词:黄色短杆菌;L谷氨酸;线性规划;代谢流分析
中图分类号:Q93 文献标志码:A 文章编号:1672-3678(2009)05-0058-06
EfectsofmalateonmetabolicfluxtransferofLglutamicacidfermentation
SONGXiang,XIEXixian,XUQingyang,LIUShuyun,CHENNing
(KeyLaboratoryofIndustrialMicrobiologyoftheMinistryofEducation,ColegeofBiotechnology,
TianjinUniversityofScienceandTechnology,Tianjin300457,China)
Abstract:InordertounderstandtheregulatingmechanismofLglutamicacidmetabolism,themetabolic
fluxtransferduringthemiddleandlateperiodwiththeadditionofmalatewasstudiedwiththelinearpro
grammingwithMATLABsoftware.When20g/Lofmalatewasaddedtothefermentationmedium,the
metabolicfluxofbyproductsLAlaandlacticaciddecreasedby221% and165%.Atthesametime,
themetabolicchanneledtoEMPandglyoxylcircledecreasedby226% and909%.However,themet
abolicfluxchanneledtoHMPincreasedby226%.ThemetabolicfluxchanneledtotheLglutamicacid
synthesispathwayincreasedfrom7359% to7992%.Theadditionofthemalatechangedthemetabolic
fluxdistributionsofthekeynodesandstrengthenedtheLglutamicacidbiosynthesis.
Keywords:Brevibacteriumflavum;Lglutamicacid;linearprogram;metabolicfluxanalysis
目前,基于我国整个氨基酸生产行业产酸水平和
糖酸转化率与国际同行业先进水平(尤其是日本)尚
有很大差距的现状,有必要应用代谢工程等先进方法
改造生产菌株并优化发酵过程控制工艺[1-3]。代谢
流分析(MetabolicFluxAnalysis,MFA)作为代谢网络
定量分析的重要手段之一,对于理解细胞谷氨酸代谢
的调控机制具有十分重要的意义[4-6]。近年来,国外
对谷氨酸代谢流的详尽研究为数不少[7-10],笔者在
前期研究中,已经进行了有关基于途径分析和代谢流
量分析的L 谷氨酸发酵过程优化方面的的相关研
究[11-12]。本文在前期研究构建L 谷氨酸生物合成
的代谢网络模型并对其进行代谢流量分析的基础上,
定量研究添加苹果酸后L谷氨酸发酵中后期胞内的
代谢流迁移,确定关键节点处代谢流量的分配变化对
L谷氨酸生物合成的影响。
1 材料及方法
11 菌种
黄色短杆菌(Brevibacteriumflavum)GDK 9,天
津科技大学代谢工程研究室保藏菌株。
12 培养基
参见文献[11]。
13 培养方法
131 斜面活化培养
32℃培养20~24h。
132 种子培养
500mL三角瓶中装液量20mL,9层纱布封口,于
旋转式摇床上200r/min、32℃振荡培养8~10h。
133 10L罐发酵
10L发酵罐中装液量6L,接种量600mL,34~
39℃,通风比1∶1,自动流加氨水控制pH70,通过
流加泡敌消泡,搅拌转速依据所需设定,发酵到一
定时间开始流加质量分数为80%葡萄糖补料液发
酵36h。
14 分析方法[11]
141 生物量的测定
吸取05mL试样菌液到10mL蒸馏水中,摇匀,
采用752分光光度计,620nm下测定其OD值。
142 发酵液中氨基酸含量的测定
采用EliteAAA氨基酸分析仪进行柱前衍生测
定,色谱分离条件:柱温33℃;检测波长360nm;流
动相总流量 1mL/min。
143 残糖、谷氨酸和乳酸的测定
采用SBA 40C生物传感仪测定。
144 溶氧及pH
在线测定。
15 谷氨酸生物合成代谢流平衡模型的建立方法
谷氨酸生物合成代谢流平衡模型的建立及添
加苹果酸前代谢流量计算见文献[11]。L 谷氨酸
生物合成的代谢网络如图1所示。化学计量方程见
附表1。反应速率方程组见附表2。
2 结果与讨论
21 理想代谢流量分布
在前期研究工作中,已运用基元模型分析方法
对L谷氨酸发酵过程进行了途径分析[12],得到了
L谷氨酸合成的理想代谢途径,并且计算出了 L
谷氨酸合成的理想代谢流分布,结果见图1。
(1)AcCoA:AcetylcoenzymeA;(2)G6P:Glucose6phosphate;
(3)PEP:Phosphoenolpyruvate;(4)ASA:Aspartatesemialdehyde;
(5)F6P:Fructose6phosphate;(6)GAP:Glyceradehyde3phosphate;
(7)SucCoA:SuccinylcoenzymeA;(8)Rib5P:Ribose5phosphate;
(9)Ribu5P:Ribulose5phosphate;(10)Xy15P:Xylulose5phosphate;
(11)Sed7P:Sedoheptulose7phosphate;
(12)E4P:Erythrose4phosphate;(13)OAA:Oxaloacetate
图1 L 谷氨酸生物合成代谢网络及理想代谢流分布
Fig.1 Biosynthesismetabolismpathwayandidealmetabolic
fluxdistributionofLglutamicacidfermentation
由图1可知,在理想代谢途径中,L 谷氨酸的
最大理论摩尔得率为100%,而其相应的质量得率
为817%。
在L谷氨酸合成的理想代谢途径中,丙酮酸向
丙氨酸和乳酸转化的酶活性完全丧失,反应完全被
阻断,这样可以使代谢流最大限度地流向合成L谷
氨酸的方向。因此,丙酮酸是L谷氨酸合成的关键
节点。
异柠檬酸既是L谷氨酸合成的直接前体,亦是
L谷氨酸合成的关键节点。异柠檬酸合成所需的
95 第5期 宋翔等:苹果酸对L谷氨酸发酵代谢流迁移的影响
草酰乙酸是由乙醛酸循环和 CO2固定反应所提供
的。而异柠檬酸本身又是从 TCA循环转向乙醛酸
循环的入口代谢物,故异柠檬酸作为L谷氨酸合成
的关键节点,有着调节和平衡TCA循环与乙醛酸循
环间流量分配比例的关键作用。
22 添加苹果酸前后的代谢流迁移
本文拟对细胞的整体代谢网络进行代谢网络
定量分析,并以此为着手点,着重对添加苹果酸前
后L谷氨酸生物合成中的关键节点所发生的代谢
流迁移进行分析,以期找到菌种改造和发酵过程控
制优化的新突破点,继而进一步强化L谷氨酸生物
合成代谢流,从而使L谷氨酸发酵产酸水平及糖酸
转化率得以大幅度提高。
前期研究工作表明6 磷酸葡萄糖、丙酮酸和异
柠檬酸是黄色短杆菌 GDK 9合成 L 谷氨酸代谢
网络的关键节点。当EMP途径的流量超过 TCA循
环的代谢能力时,丙酮酸的进一步代谢受阻,故通
过其它途径进行代谢,进而导致乳酸、L 丙氨酸等
副产物的生成,造成碳架的浪费。因此,在补料分
批发酵生产 L 谷氨酸的过程中,适当减少 EMP途
径的代谢流量,降低副产物乳酸、L 丙氨酸、L 赖
氨酸等的生成以及控制乙醛酸循环和 TCA循环间
的流量分配是提高L 谷氨酸发酵产酸率和糖酸转
化率的关键。
在发酵培养基中不添加或添加20g/L苹果酸
(除苹果酸外其他培养基组分及发酵条件均控制在
同一水平且耗糖总质量一致),分别对其发酵中、后
期进行代谢流分析,并对其代谢流迁移进行研究。
测定发酵中、后期葡萄糖、3种氨基酸(L 谷氨酸、
L丙氨酸、L 赖氨酸)和乳酸的质量浓度,并对其
变化速率及代谢流量进行计算,结果分别见表1、表
2。运用MATLAB软件通过线形规划计算得到苹果
酸添加前后L谷氨酸发酵中后期的代谢流分布,结
果分别见图2、图3。
表1 添加苹果酸前后代谢产物的质量浓度
Table1 Concentrationofmetaboliteswithorwithoutadditionofmalate
ρ(苹果酸)/
(g·L-1)
时间/h
ρ/(g·L-1)
葡萄糖 L丙氨酸 乳酸 L赖氨酸 L谷氨酸
0
16 7 17 09 03 42
32 10 23 36 13 122
20
16 8 14 07 02 40
32 9 19 31 10 133
表2 添加苹果酸前后代谢产物变化速率及代谢流量
Table2 Variationrateandmetabolicfluxofmetaboliteswithorwithoutadditionofmalate
胞外物质 相对分子质量
消耗·积累速率/(g·L-1·h-1) 消耗·积累速率/(mol·L-1·h-1) 代谢流
无苹果酸 添加苹果酸 无苹果酸 添加苹果酸 无苹果酸 添加苹果酸
葡萄糖 180 83 89 004611 004944 100 100
L丙氨酸 891 00375 003125 0000421 0000351 0911 0710
乳酸 90 0169 015 000188 000167 405 338
L赖氨酸 14619 00625 005 0000428 0000342 0926 0692
L谷氨酸 14713 50 58125 003398 003951 7359 7992
由图2、图3可知:添加20g/L苹果酸后生成
L丙氨酸的代谢流(r26)降低了221%,生成乳酸
的代谢流(r25)降低了165%,生成 L 赖氨酸的代
谢流(r28)降低了253%。由此可知,苹果酸的添
加可以有效阻遏副产物乳酸、L 丙氨酸和 L 赖氨
酸的生成和积累,使得由丙酮酸节点流向L谷氨酸
生物合成途径的代谢流明显增加,从而利于L谷氨
酸的大量积累。
06 生 物 加 工 过 程 第7卷
图2 未添加苹果酸时L 谷氨酸合成代谢流分布
Fig.2 MetabolicfluxdistributionofLglutamicacid
fermentationwithoutadditionofmalate
图3 添加苹果酸后L 谷氨酸合成代谢流分布
Fig.3 MetabolicfluxdistributionofLglutamicacid
fermentationwithadditionofmalate
23 添加苹果酸前后ICI节点代谢流量变化
异柠檬酸是L谷氨酸生成途径中的关键节点,
亦是L谷氨酸生物合成的直接前体。由图2、图3
可知,未添加苹果酸时进入乙醛酸循环的代谢流为
4166,而继续进入TCA循环的代谢流为7788。添
加20g/L苹果酸后,进入乙醛酸循环的代谢流为
3257,而继续进入TCA循环的代谢流为8123。苹
果酸作为乙醛酸循环的终产物,对催化乙醛酸循环
第1步反应(r15)的异柠檬酸裂解酶有一定的反馈
抑制作用,故其适量添加可使一部分乙醛酸循环的
代谢流向着继续TCA循环的方向发生迁移,使异柠
檬酸更多的生成 α KG,进而更多的生成 L 谷氨
酸,而非合成乙醛酸和琥珀酸。
24 添加苹果酸前后G6P节点代谢流量变化
由图2、图3可知,未添加苹果酸时进入EMP的
代谢流为9984,进入 HMP途径的代谢流为016。
添加20g/L苹果酸后,进入 EMP的代谢流为
9758,进入 HMP途径的代谢流为 242。由此可
知,添加苹果酸可以增加 HMP途径代谢流量,减弱
EMP途径代谢流量。而 EMP途径向 HMP途径发
生的代谢流迁移,使 HMP途径的流量增加,从而增
加了作为L谷氨酸合成中心代谢途径中关键反应
所需还原力的 NADPH的量,进而使更多的代谢流
流向L谷氨酸。
25 添加苹果酸前后Pyr节点代谢流量变化
丙酮酸也是L谷氨酸生成途径中的关键节点。
TCA循环以及有机酸、氨基酸的合成都需要丙酮酸
的直接或间接参与。由图2、图3可知,未添加苹果
酸时由Pyr生成乳酸和 L 丙氨酸的代谢流分别为
405和091。在添加苹果酸后由 Pyr生成乳酸和
L丙氨酸的代谢流分别为338和071。苹果酸的
添加减弱了EMP途径,缓解了EMP途径和TCA循
环之间存在的“碳源溢流”[13-14],从而减少流向副
产物(乳酸和L 丙氨酸)代谢流并向 L 谷氨酸合
成途径发生代谢流迁移。另外,苹果酸作为TCA循
环的主要产物之一,其添加会对作为TCA循环限速
酶的柠檬酸合成酶的活性产生一定抑制作用,从而
限制TCA循环代谢流量过多,减少 CO2的生成,进
而避免了碳架的大量浪费。
3 结 论
应用代谢流分析技术定量研究了添加适量苹
果酸对L谷氨酸发酵过程中后期细胞内代谢流迁
移的影响。苹果酸的添加使合成副产物L丙氨酸、
乳酸、L 赖氨酸的代谢流量分别减少了 221%、
16 第5期 宋翔等:苹果酸对L谷氨酸发酵代谢流迁移的影响
165%、253%,EMP途径和乙醛酸循环的代谢流
分别减少了226和909,HMP途径的代谢流增加
了226,而L 谷氨酸生物合成的代谢流从 7359
增长至7992,较未添加前提高了633%。
参考文献:
[1] 张蓓.代谢工程[M].天津:天津大学出版社,2003:149154.
[2] 陈宁.氨基酸工艺学[M].北京:中国轻工业出版社,2007:
7783.
[3] 王峥,郝宁,许琳,等.谷氨酸棒杆菌生物合成 L 鸟氨酸的代
谢流分析[J].南京工业大学学报:自然科学版,2009,31(4):
3640.
WangZheng,HaoNing,XuLin,etal.Metabolicfluxanalysisof
LornithinebiosynthesisbyCorynebacteriumglutamicum[J].Jour
nalofNanjingUniversityofTechnology:NaturalScienceEdition,
2009,31(4):3640.
[4] SchusterS,KlamtS,WeckwerthW,etal.Useofnetworkanalysis
ofmetabolicsystemsinbioengineering[J].BioProcessBiosys
Eng,2002,24:363372.
[5] GoelA,FeranceJ,JeongJ,etal.Analysisofmetabolicfluxesin
batchandcontinuousculturesofBacilussubtilis[J].Biotechnol
Bioeng,1993,42(4):686696.
[6] ValinoJJ,StephanopoulosG.Metabolicfluxdistributionsin
Corynebacteriumglutamicumduringgrowthandlysineoverproduc
tion[J].BiotechnolBioeng,1993,41(6):633646.
[7] KimuraE.Metabolicengineeringofglutamateproduction[M]∥
AdvancesinBiochemicalEngineering/Bioteehrology.Berlin/Hei
delberg:Springer,2003:3757.
[8] ShimizuH,HirasawaT.Molecularmechanismanalysisandmeta
bolicEngineering[M]∥AminoAcidBiosynthesis.Berlin/Heidel
berg:Springer,2007:138.
[9] TakacS,CalikG,MavitunaF,etal.Metabolicfluxdistribution
fortheoptimizedproductionofLglutamate[J].EnzymeandMi
crobialTechnology,1998,23(5):286300.
[10]PiereGourdon,NicholasD.Lindley.Metabolicanalysisofgluta
mateproductionbyCorynebacteriumglutamicum[J].Metabolic
Engineering,1999,1,224231.
[11]杜军,陈宁,刘辉,等.基于代谢流量分析的 L 谷氨酸发酵过
程优化[J].中国食品报,2008,8(2):3035.
DuJun,ChenNing,LiuHui,etal.Applicationofmetabolicflux
analysisforoptimizationofLglutamicacidfermentationprocess
[J].JournalofChineseInstituteofFoodScienceandTechnology,
2008,8(2):3035.
[12]杜军,刘辉,徐庆阳,等.基于途径分析的 L 谷氨酸发酵条件
优化[J].食品与发酵工业,2007,33(11):912.
DuJun,LiuHui,XuQingyang,etal.Applicationofpathwaya
nalysisforoptimizationofLglutamicacidproduction[J].Food
andFermentationIndustries,2007,33(11):912.
[13]陈宁,刘辉.柠檬酸钠酯对 L 亮氨酸发酵代谢流分布的影响
[J].高校化学工程学报,2008,22(3):478-483.
ChenNing,LiuHui.Efectsofsodiumcitrateonmetabolicfludis
tributionsofLleucine production by Brevibacterium flavum
TK0303[J].JournalofChemicalEngineeringofChineseUniver
sities,2008,22(3):478483.
[14]MajewskiRA,DomachMM.Simpleconstrainedoptimizationview
ofacetateoverflowinE.coli[J].BiotechnolBioeng,1990,35
(7):
櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒
732738.
附表1 化学计量方程
r1:Glc+PEP=G6P+Pyr
r2:G6P+H2O+2NADP=RIBU5P+CO2+2NADPH
r3:RIBU5P=XYL5P
r4:RIBU5P=RIB5P
r5:XYL5P+RIB5P=SED7P+GAP
r6:XYL5P+E4P=F6P+GAP
r7:GAP+SED7P=F6P+E4P
r8:G6P=F6P
r9:F6P+ATP=2GAP+ADP
r10:GAP+NAD+ADP=PEP+NADH+ATP+H2O
r11:PEP+ADP=ATP+Pyr
r12:Pyr+CoA+NAD=AcCoA+CO2+NADH
r13:AcCoA+OAA=CoA+CIT
r14:CIT=ICI
r15:ICI=SUC+GLYOXY
r16:AcCoA+GLYOXY=CoA+MAL
r17:ICI+H2O+NADP=α-KG+CO2+NADPH
r18:NH3+α-KG+NADPH=Glu+H2O+NADP
r19:α-KG+CoA+NAD=SUCCoA+CO2+NADH
r20:SUCCoA+ADP=SUC+CoA+ATP
r21:SUC+FAD=FUM+FADH2
r22:FUM=MAL
r23:MAL+H2O+NAD=OAA+NADH
r24:PEP+CO2=OAA
r25:Pyr+NADH=Lac+NAD
r26:Pyr+Glu=Ala+α-KG
r27:OAA+Glu+ATP+NADPH=α-KG+ASA+NADP+ADP+P
r28:ASA+PYR+NADPH+SucCoA+Glu=Lys+
NADP+Suc+CoA+α-KG+CO2
r29:Glu=Gluex
附表2 反应速率方程组
(1)G6P:r1-r2-r8=0
(2)F6P:r6+r7+r8-r9=0
(3)GAP:r5+r6-r7+2r9-r10=0
26 生 物 加 工 过 程 第7卷
(4)PEP:-r1+r10-r11-r24=0
(5)Pyr:r1+r11-r12-r25-r26-r28=0
(6)AcCoA:r12-r13-r16=0
(7)Ribu5P:r2-r3-r4=0
(8)Xyl5P:r3-r5-r6=0
(9)Rib5P:r4-r5=0
(10)Sed7P:r5-r7=0
(11)E4P:r7-r6=0
(12)OAA:-r13+r23+r24-r27=0
(13)CIT:r13-r14=0
(14)ICI:r14-r15-r17=0
(15)α-KG:r17-r18-r19+r26+r27+r28=0
(16)SucCoA:r19-r20-r28=0
(17)SUC:r15+r20-r21+r28=0
(18)FUM:r21-r22=0
(19)MAL:r16+r22-r23=0
(20)GLYOXY:r15-r16=0
(21)Glu:r18-r26-r27-r28-r29=0
(22)ASA:r27-r28=0
(23)CoA:-r12+r13+r16-r19+r20+r28=0
(24)NADPH:
櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒櫒
2r2+r17-r18-r27-r28=0
国外动态
欧美兴建大型生物基丁二酸装置
在加拿大蒙特利尔召开的第六届工业生物技术和生物加工世界大会上,DNP绿色技术公司总裁吉恩
佛朗哥斯华克透露,BioAmber公司在法国Pomacle的2000t/a示范装置将在2009年10月开始批量生产生
物基丁二酸。大型生物基丁二酸生产装置建设将在2011年前后开始启动。
美国的Myriant技术公司专用化学品经理阿里夫萨乐哈也表示,公司将在2010年下半年开始商业化生
产生物基丁二酸,2009年第四季度将向客户出售数以吨计的生物基丁二酸以检验产品的规格和质量。
荷兰生命科学和材料公司帝斯曼近期也表示,该公司与罗盖特公司在法国 Lestrem合作新建的产能为
500t/a的生物基丁二酸示范装置将在今年底前开始运营。帝斯曼白色生物技术公司生物基化学品和燃料
部门负责人称:“在进一步优化生物基丁二酸的生产工艺后,计划2011~2012年将这套示范装置升级为大型
商业化装置。”
日研究称绿茶提取物经加工后可抑制流感病毒
日本大阪大学和横滨市卫生研究所研究人员利用一种绿茶提取物开发出一种新型抗流感药物。这种
药物是利用绿茶中的儿茶素EGCG加工而成的。此前人们已知道EGCG具有抑制病毒的作用,但直接饮用
绿茶,EGCG会立刻在体内分解,无法发挥作用。为此,研究人员让EGCG与一种脂肪酸相结合,使其在体内
不被分解。
研究人员把加工后的EGCG混入季节性流感或禽流感病毒中,再注射入狗的肾脏细胞,研究病毒的感染
能力。结果发现,加工后的EGCG抑制病毒感染的效果可媲美抗流感药物达菲。研究人员的分析显示,经过
加工的EGCG确实能防止病毒入侵细胞,即使病毒成功入侵,也能抑制它在细胞中的增殖。
科学家用胚胎细胞培养出功能健全牙齿
日本东京理科大学科技研究所的崇史香织(TakashiTsuji)领导的研究组已经利用从胚胎里获得的细胞,
移植37d后,让成年老鼠长出了功能健全的牙齿。这些新牙还拥有神经元,老鼠在疼痛试验中做出了反应。
他们希望以后利用该技术培养出功能健全的生物工程器官,用来取代因疾病、受伤或衰老而受损或失去的
器官。
(文伟河)
36 第5期 宋翔等:苹果酸对L谷氨酸发酵代谢流迁移的影响