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Purification and characterization of alkaline pectate lyase from Paenibacillus sp.WZ008

类芽胞杆菌碱性果胶裂解酶的纯化与酶学性质表征



全 文 :第 11 卷第 6 期
2013 年 11 月
生  物  加  工  过  程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol. 11 No. 6
Nov. 2013
doi:10. 3969 / j. issn. 1672 - 3678. 2013. 06. 009
收稿日期:2013 - 01 - 30
基金项目:浙江省自然科学基金(LY12B06010);教育部留学回国人员科研启动基金(第 40 批)
作者简介:熊  斌(1988—),男,湖北荆州人,硕士研究生,研究方向:生物催化与转化;汪  钊(联系人),教授,E⁃mail:hzwangzhao@ 163. com
类芽胞杆菌碱性果胶裂解酶的纯化与酶学性质表征
熊  斌,应向贤,陈丽娜,谢丽萍,魏  春,汪  钊
(浙江工业大学 生物与环境工程学院,杭州 310014)
摘  要:从类芽胞杆菌 Paenibacillus sp. WZ008 的发酵上清液中纯化得到一个高活力碱性果胶裂解酶,经 SDS⁃PAGE
电泳估算其亚基相对分子质量为 4􀆰 5 × 104。 通过对该酶进行酶学性质研究发现:该酶能催化裂解果胶酸、低酯果
胶和高酯果胶;酶催化反应最适温度范围为 55 ~ 60 ℃,最适 pH为 9􀆰 6,在最适条件下以低酯果胶为底物酶的比酶
活达3 021􀆰 6 U / mg;Ca2 +能增强该酶的活力,而 Mn2 + ,Ba2 +和 EDTA 强烈抑制该酶活力;当没有 Ca2 +存在时,高度
酯化的果胶是该酶的最适底物,在 4 mmol / L Ca2 +存在时,该酶以果胶酸为底物比酶活最高(25 467 U / mg)。 该酶 N
端序列比对分析发现与类芽胞杆菌 Paenibacillus amylolyticus strain 27c64 果胶裂解酶高度同源。
关键词:酶学性质;酯化果胶;碱性果胶酶;纯化
中图分类号:Q814        文献标志码:A        文章编号:1672 - 3678(2013)06 - 0042 - 05
Purification and characterization of alkaline
pectate lyase from Paenibacillus sp.WZ008
XIONG Bin,YING Xiangxian,CHEN Lina,XIE Liping,WEI Chun,WANG Zhao
(College of Biological and Environmental Engineering,Zhejiang University of Technology,Hangzhou 310014,China)
Abstract:An extracellular pectate lyase was purified from the culture supernatant of Paenibacillus sp.
WZ008 grown in the pectin⁃containing medium. The subunit molecular weight of the purified enzyme was
determined to be around 4􀆰 5 × 104 by SDS⁃PAGE analysis. It showed activity on both polygalacturonic
acid and methylated pectins. The optimum activity of the purified enzyme was demonstrated in a
temperature range of 55 ℃ to 60 ℃ and at pH 9􀆰 6. The specific activity of pectate lyase was up to
3 021􀆰 6 U / mg using 20% methylated pectin as substrate under the optimized conditions. The Ca2 +
enhanced the enzyme activity but Mn2 + ,Ba2 + , and EDTA strongly inhibited it. Highly methylated pectin
was the optimum substrate without Ca2 + addition while the enzyme exhibited the maximal activity(25 467
U / mg) on polygalacturonic acid in the presence of 4 mmol / L Ca2 + . The amino⁃terminal sequence of the
enzyme was highly identical to that of a pectate lyase from Paenibacillus amylolyticus strain 27c64.
Key words:characterization;methylated pectin;alkaline pectate lyase;purification
    果胶裂解酶(PEL,EC 4. 2. 2. 2)能通过 β 消除
断裂聚半乳糖醛酸(PGA)的 α 1,4 糖苷键得到 4,
5 位不饱和产物[1]。 碱性果胶酶通常在 pH 8 ~ 10
的环境中催化效率较高,是对棉织物精炼效果最好
的酶[2],可以从未加工棉中去除非纤维素物质从而
提高棉的吸收能力和洁白度[3]。 与化学加工过程
相比,纺织原料的酶法生物精炼对环境更友好。 除
此之外,碱性果胶酶还可用于麻类生物脱胶、生物
制浆、果胶低聚糖制备等方面,同时它也是一种重
要的饲料用酶[4]。 最新的研究表明碱性果胶酶在
植物抗病中具有良好的诱导效果[5 6]。
碱性果胶酶的嗜碱性是其基本特征,细菌碱性
果胶裂解酶最适作用 pH一般在 8 ~ 10,有报道果胶
裂解酶最适 pH可高达 11􀆰 5[7]。 由于许多细菌在偏
碱性的环境生长良好,因而细菌是碱性果胶裂解酶
的主要微生物来源。 许多微生物碱性果胶裂解酶
的酶学性质已被表征,其微生物来源包括 Bacillus、
Paenibacillus、 Pseudomonas、 Erwinia 和 Xanthomonas
等[4]。 尽管碱性果胶酶的相关研究已有较多报道,
但发现并研究新型高活力的碱性果胶裂解酶对其
工业应用仍具有重要的意义。
碱性果胶裂解酶产生菌 Paenibacillus sp.
WZ008 是从腐烂的水果表皮筛选到的,笔者所在课
题组吴茜等[8]前期研究已表明其在生物精炼上具
有应用潜力。 在此基础上,笔者对类芽胞杆菌
Paenibacillus sp. WZ008 碱性果胶裂解酶进行分离
纯化,并对其酶学性质进行了详细表征,以期为其
工业应用提供基础数据。
1  材料与方法
1. 1  材料
1. 1. 1  菌种
类芽胞杆菌 Paenibacillus sp. WZ008 是浙江工
业大学生物细胞培养实验室筛选并保存的菌种。
1. 1. 2  试剂与药品
层析填料 Ceramic Hydroxyapatite TYPE Ⅰ,Bio⁃
Rad 公司;层析填料 SuperdexTM 200 prep grad,GE
Healthcare公司;果胶酸、低酯及高酯果胶均由衢州
果胶公司提供。 其他试剂和药品均为国产分析纯。
1. 1. 3  仪器
蛋白质电泳仪、低压层析仪(BioLogic LP,Bio⁃
Rad公司),AKTA 蛋白层析系统、紫外可见分光光
度计(Amersham公司)。
1. 2  方法
1. 2. 1  类芽胞杆菌 Paenibacillus sp. WZ008 的培养
用于类芽胞杆菌 Paenibacillus sp. WZ008 生长
的液体培养基组成:1 L的培养基中蛋白胨 10 g;酵
母膏 10 g;酯化果胶 6 g。 固体培养基在上述液体培
养基 中 加 入 20 g / L 的 琼 脂。 类 芽 胞 杆 菌
Paenibacillus sp. WZ008 在该液体培养基中于 30 ℃、
200 r / min下培养 46 h。 所得的发酵液于 6 000 g下
离心 15 min,收集上清液用作后续实验。
1. 2. 2  类芽胞杆菌 Paenibacillus sp. WZ008 果胶裂
解酶的纯化
将离心得到的 500 mL 上清液先用 50%的饱
和(NH4) 2SO4沉淀去除杂质,然后用 80%的饱和
(NH4 ) 2 SO4 沉 淀 果 胶 酶。 将 用 80% 的 饱 和
(NH4) 2SO4得到的沉淀重新悬浮于含有 5 mmol / L
K3PO4的 50 mmol / L Tris⁃HCl 缓冲液( pH 8􀆰 0)中。
悬浮好的酶液以 0􀆰 5 mL / min 的流速上样到预先
平衡好的羟基磷灰石柱中(1􀆰 5 cm × 20 cm),上样
量为 10 mL,用含有 5 ~ 250 mmol / L K3PO4的 Tris⁃
HCl(50 mmol / L,pH 8􀆰 0)线性梯度洗脱果胶酶,洗
脱流速为 1 mL / min。 将含有果胶酶活力的洗脱组
分合并到一起,并通过 PM 30 的超滤膜浓缩。 浓
缩好的试样(0􀆰 5 mL)用于后续 Superdex 200 凝胶
过滤色谱(1􀆰 0 cm × 30 cm),该柱的平衡和洗脱都
以 50 mmol / L Tris⁃HCl(pH 8􀆰 0)为缓冲液,流速为
0􀆰 5 mL / min。 在分离过程中,果胶裂解酶试样通
过 SDS⁃PAGE 电泳来验证其纯度。 纯化后的果胶
裂解酶 N 端序列测定由上海基康生物技术公司
完成。
1. 2. 3  果胶裂解酶活力测定
果胶裂解酶活力的测定是通过测定其在 235
nm处的吸光度增值来实现的[9]。 反应的具体流程
如下:先将 400 μL 的底物溶液(50 mmol / L pH 9􀆰 6
的 Gly⁃NaOH缓冲液中含有 0􀆰 33%的聚半乳糖醛酸
或果胶)于 55 ℃下预热,然后加入 200 μL 的酶液,
于 55 ℃下保温 10 min。 取出 200 μL的反应液加入
1􀆰 8 mL HCl(0􀆰 01 mol / L)终止反应,最后测定波长
235 nm的吸光值。 一个酶活力单位定义为每分钟
产生 1 μmol不饱和半乳糖醛酸所需的酶量,计算所
使用的摩尔消光系数为 4 600 cm2 / mol[10]。 文中所
有相对活力的 100%均指以 20%酯化果胶为底物测
得的比酶活。
1. 2. 4  果胶裂解酶的性质表征
用于果胶裂解酶最适 pH 测定的缓冲液为 50
mmol / L Tris⁃HCl( pH 7􀆰 9 ~ 8􀆰 8)和 Gly⁃NaOH(pH
8􀆰 8 ~ 11􀆰 1 ) 。 酶的 pH 稳定性测定是将酶置于
pH 9􀆰 3 或 9􀆰 6 的缓冲液中于 4 ℃下保留一段时
间,然后测定残留活力。 温度对酶活力影响是在
pH 9􀆰 6 的 Gly⁃NaOH 中进行,温度变化范围 40 ~
34  第 6 期 熊  斌等:类芽胞杆菌碱性果胶裂解酶的纯化与酶学性质表征
70 ℃ 。 0􀆰 33 mmol / L 不同金属离子加入到反应
体系中,然后检测活力,从而确定不同金属离子
对酶的影响。 为了测定酶的热稳定性,先将酶液
分别于 50、55 和 60 ℃孵育,然后按照常规的活
力测定方法测定其残留活力。 酶动力学参数测
定反应体系如下,底物质量浓度范围为0􀆰 2 ~ 8
mg / mL,温度为 55 ℃ ,缓冲液为 pH 9􀆰 6 的 50
mmol / L Gly⁃NaOH,利用双倒数作图法计算 Vmax
和 Km值。
1. 2. 5  蛋白质浓度和果胶裂解酶亚基相对分子质
量的测定
蛋白质浓度的测定采用 Bradford 检测法[11],果
胶酶亚基相对分子质量通过 SDS⁃PAGE电泳测定。
2  结果与讨论
2. 1   类芽胞杆菌 Paenibacillus sp. WZ008 果胶裂
解酶的分离纯化
    通过(NH4) 2SO4沉淀、羟基磷灰石和凝胶过滤
色谱等步骤对类芽胞杆菌 Paenibacillus sp. WZ008
果胶酶进行分离纯化,结果见表 1。 由表 1 可知:
总纯化倍数为 53􀆰 5 倍,酶活力总收率为 27% ,纯
酶的比酶活达到 3 021􀆰 6 U / mg,高于已报道的果
胶裂解酶活力[1,12 - 13] ,属于高活力果胶裂解酶。
SDS⁃PAGE 电泳鉴定结果见图 1。 由图 1 可知,纯
化后的酶只有单一条带,估算其亚基相对分子质
量为4􀆰 5 × 104。
表 1  类芽胞杆菌 Paenibacillus sp. WZ008 果胶裂解酶的分离纯化
Table 1  Purification of pectate lyase from Paenibacillus sp. WZ008
纯化步骤 总蛋白质量 /mg
总酶活力a /

比酶活 /
(U·mg - 1) 纯化倍数
得率 /

粗酶液 476􀆰 0 26 880 56􀆰 5 1􀆰 0 100􀆰 0
(NH4) 2SO4沉淀 95􀆰 8 15 115 157􀆰 8 2􀆰 8 56􀆰 2
羟基磷灰石柱层析 14􀆰 5 9 305 641􀆰 9 11􀆰 4 34􀆰 6
凝胶过滤柱层析 2􀆰 4 7 260 3021􀆰 6 53􀆰 5 27􀆰 0
          注:a是指以 20%酯化果胶为底物进行果胶裂解酶活力测定的结果。
1—蛋白质质量标准; 2—纯化后的果胶酶
图 1  Paenibacillus sp􀆰 WZ008 果胶裂解
酶的 SDS⁃PAGE分析结果
Fig. 1  SDS⁃PAGE analysis of purified pectate
lyase from Paenibacillus sp. WZ008
2. 2   类芽胞杆菌 Paenibacillus sp. WZ008 果胶裂
解酶的酶学性质
2. 2. 1  pH对酶活力影响
考察 pH对 Paenibacillus sp. WZ008 果胶裂解酶
的催化活力的影响,结果见图 2。 由图 2 可知:在
pH 7􀆰 8 ~ 11􀆰 1 范围内该酶都有活力,当 pH 为 9􀆰 6
时酶活力最高,因此该果胶酶属于碱性果胶酶家
族。 对其 pH 稳定性的分析表明,当酶在 4 ℃下于
图 2  pH对 Paenibacillus sp. WZ008
果胶裂解酶的催化活力影响
Fig. 2  Effects of pH on activity of purified pectate
lyase from Paenibacillus sp􀆰 WZ008
pH 9􀆰 3 和 9􀆰 6 缓冲液中孵育 4 h 后,酶的残留活力
分别为初始活力的 96􀆰 5%和 74􀆰 7% ,表明该酶在碱
性条件下具有良好的稳定性。
44 生  物  加  工  过  程    第 11 卷 
2. 2. 2  温度对酶活力影响
由于细菌碱性果胶裂解酶的最适作用温度一般
为 40 ~ 70 ℃ [14],所以笔者考察不同温度 (40 ~
70 ℃)下,温度对 Paenibacillus sp. WZ008果胶裂解酶
活力的影响,结果见图 3。 由图 3可知:酶的最适温度
范围为 55 ~ 60 ℃。 纯酶在低于 50 ℃的条件下活力
相对比较稳定,同时,该酶在 50 ℃下活力半衰期为 15
h。 当温度增加到 55 ℃时,酶的半衰期降至 3 h,而温
度高于 60 ℃时,酶则会很快失活(图 4)。
图 3  温度对 Paenibacillus sp. WZ008
果胶裂解酶活力的影响
Fig. 3  Effects of temperature on activity of pectate
lyase from Paenibacillus sp. WZ008
图 4  Paenibacillus sp. WZ008 果胶裂解酶的热稳定性
Fig. 4  Thermostability of pectate lyase from
Paenibacillus sp. WZ008
2. 2. 3  金属离子和 EDTA对酶活力影响
考察不同金属离子对酶活力影响,结果见图 5。
由图 5 可知:0􀆰 33 mmol / L 的 Ca2 +极大增强了酶的
活力,与不加 Ca2 +对照相比,活力提高了 1􀆰 7 倍,同
时,其他二价金属离子,如 Mg2 + 、Cu2 + 、Co2 + 、Ni2 +和
Zn2 +对酶活力影响不明显,酶活力范围为不加 Ca2 +
对照的 95% ~ 109% (图 5)。 Ba2 +能强烈地抑制该
果胶裂解酶的活力,其酶活力仅为不加 Ca2 +对照的
7% ,这一性质与报道的来自芽胞杆菌 Bacillus sp.
BP 23 果胶裂解酶相似[15]。 另外, Mn2 +和 EDTA
也对酶有明显的抑制作用,其酶活力分别为不加
Ca2 +对照的 66%和 53% 。 在没有外加 Ca2 +的情况
下该酶仍有较高活力,这可能是由于底物中微量的
残留 Ca2 +引起的。 当 PGA、20%酯化果胶和 70%酯
化果胶分别用作底物时,最适 Ca2 +添加浓度分别为
2、4 和 4 mmol / L(图 6)。
图 5  金属离子和 EDTA对酶活力的影响
Fig. 5  Effects of metal ions on activity of pectate
lyase from Paenibacillus sp. WZ008
图 6  Paenibacillus sp. WZ008 果胶裂解酶的底物特异性
Fig. 6  Substrate specificity of purified pectate
lyase from Paenibacillus sp. WZ008
2. 2. 4  底物特异性
分别考察该果胶裂解酶对 PGA、20%酯化果胶
和 70%酯化果胶的特异性,催化反应中 Ca2 +添加量
范围是 0 ~ 10 mg / mL。 当不向反应中外加 Ca2 +时,
该果胶酶对 70% 酯化果胶活力最高 ( 25 467
U / mg),分别是 PGA 和 20%酯化果胶活力的 3􀆰 09
和 1􀆰 88 倍。 当反应混合体系中加入 4 mmol / L
CaCl2时,酶对 PGA活力最高,分别是 20%和 70%酯
化果胶活力的 1􀆰 25 和 1􀆰 46 倍(图 6)。
2. 2. 5  动力学参数
分别以 PGA,20%酯化果胶和 70%酯化果胶为
底物,在 0􀆰 2 ~ 8 mg / mL 底物质量浓度范围内测定
酶的比酶活,结果见图 7。 由图 7 可知:在不同底物
下,该果胶裂解酶的酶促反应动力学均符合
54  第 6 期 熊  斌等:类芽胞杆菌碱性果胶裂解酶的纯化与酶学性质表征
Michaelis⁃Menten动力学,因而经 Lineweaver⁃Burk 双
倒数作图法计算酶动力学参数 Km和 Vmax值。 当所
用底物为 20% 酯化果胶时,酶的 Km 值为 3􀆰 77
mg / mL,酶促反应的 Vmax为 8 560 U / mg,而底物变为
70%酯化果胶时,酶的 Km值增加到 4􀆰 17 mg / mL,酶
促反应 Vmax则变为 10 800 U / mg。 该果胶裂解酶对
PGA的 Km值为 3􀆰 39 mg / mL,同时酶促反应 Vmax为
9 400 U / mg。
图 7  酶在不同底物浓度下的比酶活
Fig. 7  Effects of substrate concentrations on activity of
pectate lyase from Paenibacillus sp. WZ008
2. 2. 6  N 端序列结果
经测定得到该果胶裂解酶的 N 端序列为
AGNADYNLTGFSQGN,通过 Blast 序列比对发现,该
序列与来自类芽胞杆菌 Paenibacillus amylolyticus
strain 27c64 果胶裂解酶 PelB 的同源序列具有很高
的相似度(14 / 15 的相似度)。 与 Paenibacillus sp.
WZ008 果胶裂解酶类似,该类芽胞杆菌果胶裂解酶
也表现出对酯化果胶和聚半乳糖醛酸均有活力[15],
但其活力却远远低于本文所报道的果胶裂解酶。
另外,作为胞外酶,Paenibacillus sp. WZ008 果胶裂解
酶的 N 端序列以丙氨酸而不是以甲硫氨酸为起始
氨基酸,这也意味着该酶的信号肽在翻译后已被
切除。
3  结  论
通过(NH4)2SO4沉淀、羟基磷灰石柱层析及凝胶
过滤柱层析从类芽胞杆菌发酵液中纯化得到一个果
胶裂解酶。 该酶底物谱广,以果胶酸、低酯果胶或高
酯果胶为裂解底物时该酶均表现出高活力。 该酶最
适作用 pH为 9􀆰 6,属于碱性果胶裂解酶,在碱性条件
下具有良好的稳定性。 最适作用温度范围为 55 ~
60 ℃,在 50 ℃下热稳定性较好。 Ca2 +对酶的活力具
有显著促进作用。 该酶 N 端序列比对分析表明与
一个解淀粉类芽胞杆菌果胶酶高度同源,而其活力远
高于解淀粉类芽胞杆菌果胶酶,以高酯果胶为底物时
酶动力参数 Vmax可高达 10 800 U / mg。
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