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Isolation and Expression Profiles Analysis of Two DcDREB-A1 Group Transcription Factor Genes From Carrot

胡萝卜2个DcDREB-A1类转录因子基因的克隆与比较分析


植物DREB类转录因子在植物抗逆性方面具有重要作用。本文以胡萝卜黑田五寸为材料,基于胡萝卜转录组数据,通过RT-PCR方法克隆出2个DREB-A1类转录因子基因DcDREB-A 1-1DcDREB-A1-2。序列分析显示,这2个基因均没有内含子,长度分别为780bp和669bp,分别编码259和222个氨基酸;预测其蛋白质相对分子质量分别为29.0KD和24.71KD,pI值分别为4.32和4.63。通过对氨基酸亲水/疏水性进行分析,发现这2个转录因子属于亲水性蛋白。实时定量PCR分析表明,DcDREB-A 1-1DcDREB-A1-2 基因在胡萝卜不同组织中的表达量不同,分别在叶和根中表达量最高。低温(4℃)、高温(38℃)、盐(0.2 mol·L-1 NaCl)、干旱(200 g·L-1PEG)不同时间段处理表达分析显示,DcDREB-A1-1在低温、高温、盐和干旱胁迫下被显著诱导,高温、盐和干旱处理1 h后表达量达到最高,分别比对照增加14倍、7倍、7倍,低温处理下2 h表达量最高,是对照的18倍;而DcDREB-A 1-2 在高温、低温和盐处理下响应明显,高温处理1 h后表达量为对照的12倍, 低温和干旱处理下8 h基因表达量分别比对照增加2.4倍、6.2倍,说明2个基因在响应逆境胁迫时表达不同。胡萝卜响应非生物逆境胁迫是一个复杂的过程,本试验对深入研究胡萝卜抗逆分子机制,提高胡萝卜逆境抗性等方面具有较为重要的意义。


全 文 :  核 农 学 报  2015,29(1):0029 ~ 0039
Journal of Nuclear Agricultural Sciences
收稿日期:2014⁃03⁃07  接受日期:2014⁃09⁃17
基金项目:教育部新世纪优秀人才支持计划(NCET⁃11⁃0670),国家自然科学基金项目(31272175),江苏省杰出青年基金项目(BK20130027),江
苏高校优势学科建设项目(2011PAPD),江苏省双创计划(2011JSSC)
作者简介:黄莹,女,主要从事蔬菜分子生物学的研究。 Email: 2013104056@ njau. edu. cn
通讯作者:熊爱生,男,教授,主要从事蔬菜分子生物学和遗传育种的研究。 Email: xiongaisheng@ njau. edu. cn
文章编号:1000⁃8551(2015)01⁃0029⁃11
胡萝卜 2 个 DcDREB⁃A1 类转录因子基因的
克隆与比较分析
黄  莹  徐志胜  王  枫  宋  雄  田  畅  熊爱生
(南京农业大学园艺学院 /作物遗传与种质创新国家重点实验室 /农业部华东地区园艺作物
生物学与种质创制重点实验室,江苏 南京  210095)
摘  要:植物 DREB类转录因子在植物抗逆性方面具有重要作用。 本文以胡萝卜黑田五寸为材料,基于
胡萝卜转录组数据,通过 RT⁃PCR方法克隆出 2 个 DREB⁃A1 类转录因子基因 DcDREB⁃A1⁃1 和 DcDREB⁃
A1⁃2。 序列分析显示,这 2 个基因均没有内含子,长度分别为 780bp和 669bp,分别编码 259 和 222 个氨
基酸;预测其蛋白质相对分子质量分别为 29􀆰 0KD和 24􀆰 71KD,pI 值分别为 4􀆰 32 和 4􀆰 63。 通过对氨基
酸亲水 /疏水性进行分析,发现这 2 个转录因子属于亲水性蛋白。 实时定量 PCR分析表明,DcDREB⁃A1⁃
1 和 DcDREB⁃A1⁃2 基因在胡萝卜不同组织中的表达量不同,分别在叶和根中表达量最高。 低温(4℃)、
高温(38℃)、盐(0􀆰 2 mol·L - 1 NaCl)、干旱(200 g·L - 1PEG)不同时间段处理表达分析显示,DcDREB⁃A1⁃
1 在低温、高温、盐和干旱胁迫下被显著诱导,高温、盐和干旱处理 1 h后表达量达到最高,分别比对照增
加 14 倍、7 倍、7 倍,低温处理下 2 h表达量最高,是对照的 18 倍;而 DcDREB⁃A1⁃2 在高温、低温和盐处
理下响应明显,高温处理 1 h后表达量为对照的 12 倍, 低温和干旱处理下 8 h 基因表达量分别比对照
增加 2􀆰 4 倍、6􀆰 2 倍,说明 2 个基因在响应逆境胁迫时表达不同。 胡萝卜响应非生物逆境胁迫是一个复
杂的过程,本试验对深入研究胡萝卜抗逆分子机制,提高胡萝卜逆境抗性等方面具有较为重要的意义。
关键词:胡萝卜;转录因子;DREB类;基因克隆;表达分析
DOI:10􀆰 11869 / j. issn. 100⁃8551􀆰 2015􀆰 01. 0029
    胡萝卜(Daucus carota L. )属于伞形科胡萝卜属
二年生草本植物,以肉质根作蔬菜食用,是世界重要的
蔬菜作物之一,栽培面积非常广泛。 我国胡萝卜种植
面积占世界胡萝卜种植面积的 40% ,总产量占世界总
产量的 1 / 3,是世界第一大胡萝卜生产国[1]。 胡萝卜
肉质根含有丰富的葡萄糖、淀粉、α⁃胡萝卜素、β⁃胡萝
卜素、维生素、矿物质、蛋白质以及特殊的果胶质等营
养物质[2]。 近年来,随着环境条件的变化和胡萝卜推
广栽培区域的扩大,胡萝卜生长发育受到环境因素的
影响越来越大。 其中低温、干旱、高盐是胡萝卜生产中
面临的主要非生物逆境胁迫因子,严重影响胡萝卜的
产量和品质。
当遭受高温、低温、干旱、高盐等环境胁迫时,植物
体内通过诱导多种基因表达引发一系列的生理生化反
应,改变植物体内相应的化学物质含量,从而使植物产
生应对这些胁迫的反应[3 - 4]。 转录因子又称反式作用
因子,是一类与专一性 DNA序列结合且可以激活或者
抑制其他功能基因转录的蛋白质分子,参与基因应答
外界环境因素所诱导的转录,或者参与决定基因在何
种组织与何种发育阶段开始转录[5 - 7]。 AP2 / ERF 家
族转录因子是存在于植物中的一类重要的转录因子,
在逆境诱导基因的表达中起信号转导的作用[8]。 根
据结构域的特征,可以将 AP2 / ERF家族转录因子分为
AP2 (APETALA2)、DREB (dehydration resistance ele⁃
ment binding protein)、ERF(ethylene responsive element
binding factors)、RAV( related to ABI3 / VP) 4 个亚族,
其中 DREB ( dehydration responsive element binding
protein / C⁃repeat binding factor) 亚族又可以进一步分
92
核  农  学  报 29 卷
为 A1 - A6 组[9 - 10]。 DREB转录因子与高等植物中抗
寒等逆境调控相关,其能够识别并且结合抗冻基因
COR (cold⁃regulated gene)中的 CTR / DRE 元件并与之
结合,从而开启一系列抗逆蛋白的表达[11]。 目前,已
经分离出 CBF1 (DREB1B)、CBF2 (DREB1C)、CBF3
(DREB1A)、CBF4 等多个成员[11 - 12]。 已在许多植物
中发现了 DREB 类似基因,包括拟南芥[13]、水稻[14]、
大豆[15]、小麦[16 - 17]、大麦[18]、棉花[19]、玉米[20]、番
茄[21]、杨树[22 - 23]、花生[24]、辣椒[25]及高羊茅[26]等,但
在胡萝卜上面的研究还鲜有报道,而且植物中的研究
主要是对单一转录因子进行功能研究,相关多个转录
因子的比较分析报道很少。
本文选取了胡萝卜黑田五寸品种为材料,克隆
得到 2 个 DREB⁃A1 转录因子基因 DcDREB⁃A1⁃1 和
DcDREB⁃A1⁃2,并进行了较为详尽的氨基酸理化性
质、疏水性 /亲水性、进化树以及序列比对等方面的
分析。 同时利用实时定量 PCR技术分析了这 2 个基
因在胡萝卜不同组织、不同逆境不同时间段处理的
表达,以期初步讨论胡萝卜同一 DREB 亚族同一组 2
个转录因子成员在胡萝卜生长发育以及逆境调控中
的作用。
1  材料与方法
1􀆰 1  菌株、质粒与植物材料
大肠杆菌菌株 DH5α,由南京农业大学伞形科蔬
菜遗传与种质创新实验室保存;质粒载体 pMD19⁃T
vector、Ex Taq 酶、反转录酶 Mlu I、DNA 回收试剂盒、
dNTP荧光定量染料 SYBR Green I 和 DL marker 2000
等购自大连 TaKaRa 公司;胡萝卜材料黑田五寸于
2013 年 10 月份种植于南京农业大学作物遗传与种质
创新国家重点实验室人工气候室,待长至 2 个月龄时,
分别进行低温(4℃)、高温(38℃)、盐(0􀆰 2 mol·L - 1
NaCl)、干旱(200 g·L - 1 PEG)处理 0、1、2、4、8 和 24 h。
采用 RNA simple Total RNA Kit(北京 Tiangen公司)提
取胡萝卜黑田五寸 2 个月大小成熟健康叶片(混合取
样)的总 RNA,并用 PrimeScript RT reagent Kit (大连
TaKaRa公司)将提取的总 RNA 反转录成 cDNA。 长
至 3 个月龄时,取未经任何处理的新鲜叶片、叶柄、根,
提取总 RNA,然后反转录成 cDNA,用于荧光定量
PCR。
1􀆰 2  胡萝卜转录因子基因的克隆及序列分析
基于胡萝卜转录组数据,拼接得到 2 个胡萝卜
DREB 类转录因子基因的序列,并设计引物,基因
DcDREB⁃A1⁃1 上游引物为:5′⁃ATGGATCATTTCTTCTC
GTACT⁃3′,下游引物为:5′⁃TTAAAAACTCCATAAAGA
CAGGTCG⁃3′;基因 DcDREB⁃A1⁃2 上游引物为:5′⁃ATG
GAAAATTATTACAGCTACTCAG⁃3′,下游引物为:5′⁃A
ATAATTCCATAATGACAGGT⁃3′。 以 3 月龄新鲜胡萝卜
主根的 cDNA 的第一链为模板进行扩增,PCR 反应条
件为:94℃ 5 min,94℃ 30 s,54℃ 30 s,72℃ 40 s,共 30
个循环;72℃10 min。 反应产物经 1􀆰 5%琼脂糖凝胶电
泳回收后,连接 pMD19⁃T 载体并转化到大肠杆菌
DH5α,提取质粒后经 PCR 鉴定后委托南京金斯瑞生
物科技有限公司测序。
使用 BLAST 进行序列比对。 使用 CLUSTALX 软
件进行序列比对,利用 MEGA5􀆰 0 软件构建分子进化
树,并利用 MEGA5􀆰 0 软件对进化树进行测试和编辑,
生成报告图形[27],利用 DNAMAN 等软件进行蛋白质
的氨基酸亲水性与疏水性分析,氨基酸成分、蛋白质相
对分子质量、等电点等利用网站(http: / / www. expasy.
org)进行分析;利用 Swiss⁃Model 建立蛋白质三级空间
模型。
1􀆰 3  实时定量 PCR反应
荧光定量 PCR( quantitative real time PCR)采用
SYBR Premix Ex Taq试剂盒(大连 TaKaRa公司)、iQTM
5 software和 iQTM5 Real⁃time PCR System完成,按照操
作说明进行。 相对定量使用参照基因的 ΔΔCT法,表
达差异等于 2 - ΔΔCT ,ΔCT = CT目标基因 - CT actin。 相对定量
是基于处理和对照之间,目标基因相对内参基因的表
达量的比较。 用胡萝卜 ACTIN 基因作为内参,与目的
基因一起扩增,目的基因的表达检测引物分别为:基因
DcDREB⁃A1⁃1 上游引物 DcA11BDF:5′⁃GCCCTGTTTGG
GACACCTGAATAC⁃3′,下游引物 DcA11BDR:5′⁃CTAG
CGGCTTCCATGTCATCATTCC⁃3′;基因 DcDREB⁃A1⁃2 上
游引物 DcA12BDF:5′⁃ACGAGGAGGCGATATTCGGCA
T⁃3′,下游引物 DcA12BDR:5′⁃AGGTCAGTAGCATCTTC
CA G G T C AC⁃3′。 胡萝卜 ACTIN 基因上游引物
ACTINF:5′⁃CGGTATTGTGTTGGACTCTGGTGAT⁃3′。 下
游引物为 ACTINR:5′⁃CAGCAAGGTCAAGACGGAGTA
TGG⁃3′。
2  结果与分析
2􀆰 1  胡萝卜转录因子基因 DcDREB⁃A1 的克隆及序
列分析
以胡萝卜黑田五寸的 cDNA 为模板,经 PCR 扩增
分别得到 780、670bp 左右的片段(图 1),其所得片段
03
  1 期 胡萝卜 2 个 DcDREB⁃A1 类转录因子基因的克隆与比较分析
大小与预期的片段大小基本一致。 序列测定及分析表
明,来源于胡萝卜黑田五寸 2 个 DcDREB⁃A1 基因分别
含有 780、669bp 的开放阅读框,编码 259、222 个氨基
注:∗表示终止密码子。
Note:∗represents the stop codon,A:DcDREB⁃A1⁃1, B:DcDREB⁃A1⁃2.
图 2  胡萝卜 DcDREB⁃A1 基因的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列
Fig. 2  Nucleotide acid and deduced amino acid sequence of DcDREB⁃A1 genes
酸(图 2)。 对 2 个基因分别进行氨基酸的亲水性与疏
水性分析,结果发现,转录因子基因 DcDREB⁃A1⁃1 中
第 106 位的精氨酸 ( Arg)与第 107 位的天冬酰胺
(Asn)亲水性最强,第 143 位的丙氨酸(Ala)疏水性最
强;转录因子基因 DcDREB⁃A1⁃2 中第 108 位的缬氨酸
(Val)疏水性最高,第 56 位的赖氨酸(Lys)亲水性最
强,总体来看,这 2 个转录因子中大部分氨基酸均属于
亲水性氨基酸(图 3)。
图 1  克隆胡萝卜 DcDREB⁃A1 基因
Fig. 1  DcDREB⁃A1 genes from carrot
13
核  农  学  报 29 卷
Note:A,C: DcDREB⁃A1⁃1. B,D: DcDREB⁃A1⁃2
图 3  胡萝卜 DcDREB⁃A1 转录因子亲水性、疏水性分析比较
Fig. 3  Predicted hydrophilic and hydrophobic properties of two DcDREB⁃A1 transcription factors from carrot
2􀆰 2  胡萝卜 DcDREB⁃A1 类转录因子氨基酸序列比
对以及理化性质分析
对胡萝卜黑田五寸 2 个 DcDREB⁃A1 类转录因子
的氨基酸进行 BLAST 同源性检索与比对,结果表明,
这两个转录因子均具有 AP2 保守域(图 4 - A),在
DNA结合位点上有两点不同,DcDREB⁃A1⁃2 第 4 个
DNA结合位点为丝氨酸、第 5 个 DNA 结合位点为赖
氨酸,相对应 DcDREB⁃A1⁃1 第 4 个 DNA 结合位点是
脯氨酸、第 5 个 DNA结合位点是精氨酸(图 4 - B);与
山葡萄、橡胶树、木薯、拟南芥、桑白皮变种、沙梨、烟
草、白桦等的相似性较高,相似性均在 59%以上(图 4 -
B)。 对上述植物进行氨基酸组成成分以及理化性质分
析,结果列于表 1,发现各个植物的氨基酸残基数在 202
~296之间,相对分子质量差异较小,在 22 ~ 29KD 之
间。 酸性氨基酸的比例稍高于碱性氨基酸的比例,差异
不明显。 理论等电点在 4􀆰 5 ~ 6􀆰 4 之间。 既有酸性蛋白
又有碱性蛋白,脂肪族氨基酸所占比例相对较高,芳香
族氨基酸所占比例较少,大约在 7% ~ 9% 之间,
DcDREB⁃A1⁃1氨基酸个数相对较多,相应的芳香族氨基
酸的比例较大为 11%。 蛋白质可溶性预测中主要平均
疏水特性(GRAVY)在 -0􀆰 4 ~ -0􀆰 8之间。
2􀆰 3  胡萝卜 DcDREB⁃A1 类转录因子的进化分析
将本文克隆的 2 个胡萝卜转录因子与拟南芥
AP2 / ERF家族转录因子进行同源性比对,绘制进化树
(图 5 - A)。 由对比结果得知,本文克隆的 DcDREB⁃
A1⁃1 和 DcDREB⁃A1⁃2 属于 AP2 / ERF家族中的 DREB
亚族,进一步分析属于 DREB 亚族中的 A1 组。 为了
进一步分析 2 个 DcDREB⁃A1 转录因子与其他植物中
相关蛋白的进化关系,对上述植物进行同源进化比对,
构建同源进化树结果表明,伞形科的胡萝卜与茄科的
番茄、烟草、马铃薯等植物进化关系较为接近,与蔷薇
科、葡萄科以及葫芦科进化关系相对较远(图 5 - B)。
2􀆰 4  胡萝卜 2 个 DcDREB⁃A1 类转录因子蛋白的三
级结构预测与分析
本文克隆的胡萝卜 DcDREB⁃A1⁃1 和 DcDREB⁃
A1⁃2 转录因子与拟南芥 AP2 / ERF 家族中 AtERF1 转
录因子的 DNA 结合域相似度最高,其中转录因子
DcDREB⁃A1⁃1 与拟南芥 AtERF1 转录因子有 2 个位点
的 DNA结合域不同,分别是第 108 位脯氨酸、第 110
位的精氨酸; 转录因子 DcDREB⁃A1⁃2 与拟南芥
AtERF1 转录因子有一个 DNA 结合位点差异,即第 73
位的丝氨酸。 以 AtERF1(PDB ID:1gccA)为模型,分
别对 DcDREB⁃A1⁃1 和 DcDREB⁃A1⁃2 进行蛋白质三级
结构建模分析, AtERF1、 DcDREB⁃A1⁃1 和 DcDREB⁃
A1⁃2 的三级结构非常相似(图 6),均有 1 个 α 螺旋和
3 个 β折叠(β1 ~ β3),上述氨基酸位点的变化没有导
致三者空间结构的变化(图中标注的为 DNA 结合位
点)。
2􀆰 5  胡萝卜 2 个 DcDREB⁃A1 基因在不同组织中的
表达差异
利用荧光定量 PCR 检测胡萝卜 DcDREB⁃A1⁃1 和
DcDREB⁃A1⁃2 基因在同时期胡萝卜根、叶、叶柄中的表
23
  1 期 胡萝卜 2 个 DcDREB⁃A1 类转录因子基因的克隆与比较分析
        表 1  不同植物来源 DREB⁃A1 转录因子氨基酸组成成分及理化性质分析
Table 1  The comparison of composition and physical and chemical characterization of amino acid
sequences of DREB⁃A1 transcription factor among the different plants
植物
Plants
登录号
Accession
number
氨基酸
残基数
Number of
amino acid
理论相对
分子质量
Theoretical
relative
molecular
mass / Da
理论等
电点
Theoretical
pI
酸性氨基
酸比例
Ratio of
positive
amino
acid / %
碱性氨基
酸比例
Ratio of
negative
amino
acid / %
芳香族氨
基酸比例
Ratio of
aromatics
amino
acid / %
脂肪族氨
基酸指数
Aliphatic
index / %
平均疏
水性
Average of
hydropathicity
胡萝卜 D. carota DcDREB⁃A1⁃1 296 28 993􀆰 8 4􀆰 91 13 10 11 52􀆰 86 - 0􀆰 725
胡萝卜 D. carota DcDREB⁃A1⁃2 222 24 709􀆰 2 4􀆰 58 18 12 7 60􀆰 77 - 0􀆰 766
马铃薯 S. tuberosum NM_001287965􀆰 1 218 24 366􀆰 2 5􀆰 20 15 13 8 55􀆰 60 - 0􀆰 633
番茄 S. habrochaites XM_004234303􀆰 1 203 22 717􀆰 6 5􀆰 37 16 14 7 61􀆰 63 - 0􀆰 589
辣椒 C. annuum HM748942􀆰 1 215 23 830􀆰 9 6􀆰 34 13 14 9 65􀆰 95 - 0􀆰 443
烟草 N. tabacum EU727157􀆰 1 217 24 141􀆰 1 6􀆰 00 14 14 7 57􀆰 28 - 0􀆰 631
橡胶树 H. brasiliensis AY960212􀆰 1 231 25 501􀆰 7 5􀆰 52 14 14 9 63􀆰 94 - 0􀆰 452
木薯 M. esculenta JQ339740􀆰 1 231 25 572􀆰 7 5􀆰 36 15 14 8 62􀆰 64 - 0􀆰 495
科民茄 S. commersonii EU365383􀆰 1 217 24 265􀆰 2 5􀆰 47 14 14 8 55􀆰 85 - 0􀆰 624
高羊茅 F. arundinacea AJ786398􀆰 1 219 24 463􀆰 4 5􀆰 14 16 14 8 60􀆰 32 - 0􀆰 590
白桦 B. pendula EF530204􀆰 1 202 22 447􀆰 2 5􀆰 67 15 15 9 62􀆰 43 - 0􀆰 525
达情况(图 7)。 结果表明,基因 DcDREB⁃A1⁃1 在各组
织中的表达量为叶 >叶柄﹥根,在叶中的表达量最高,
表达量分别为叶柄、根表达量的 5􀆰 6 倍和 5􀆰 8 倍;而基
因 DcDREB⁃A1⁃2 在根中的表达量化最高,其次是叶,
在叶柄中的表达量最低,在根中的表达量分别为叶的
2􀆰 4 倍,叶柄的 5 倍。
2􀆰 6  胡萝卜 2 个 DcDREB⁃A1 基因在不同逆境处理
下表达情况
利用实时定量 PCR 技术检测了在 38℃高温、4℃
低温、0􀆰 2 mol·L - 1 NaCl、200 g·L - 1PEG 4 种处理下 2
个胡萝卜 DcDREB⁃A1⁃1 和 DcDREB⁃A1⁃2 基因在胡萝
卜叶片中的表达。 如图 8 - A 所示,基因 DcDREB⁃A1⁃
1 在 4℃低温处理以及在 NaCl、38℃高温及 PEG 处理
下均有响应,其中 4℃处理响应显著,4℃处理下 1、2、4
h表达量明显增加,基因的表达量分别比 0 h 增加 13
倍、17 倍和 7 倍;NaCl 处理下不同时间段处理下的表
达量有所增加,其中 1 h处理下的表达量增加显著,表
达量是对照的 8 倍;38℃高温处理及 PEG 处理时,处
理 1 h 后基因 DcDREB⁃A1⁃1 表达量明显高于对照,分
别为对照的 15 倍、8 倍,其他时间段表达量增减不明
显。 如图 8 所示,基因 DcDREB⁃A1⁃2 在 38℃高温、4℃
低温处理及 NaCl下响应明显,4℃低温下 4 ~ 8 h 表达
量显著增加,增加倍数分别为 1􀆰 3 倍、2􀆰 4 倍;38℃处
理 1、2 h后表达量明显增加,分别比对照提高 11 倍、
10 倍,其他时间段表达量不明显;NaCl 处理下 1 h 基
因表达量明显增加;PEG 处理 8 h 基因的表达量明显
比对照提高了 7􀆰 2 倍,其他时间段表达量变化不明显。
3  讨论
植物响应逆境胁迫的过程是一个复杂的调控网
络,转录因子是其中重要的调控因子之一,植物对逆境
的调控需要不同转录因子来参与[28 - 30]。 不同逆境处
理对植物中的转录因子的表达活性有着显著影响[31]。
植物 DREB类转录因子是植物应对环境胁迫的调控因
子之一,该类转录因子含有一个 AP2⁃DNA 结合域,能
够特异性的结合 DRE / CRT 顺式作用元件,从而调控
一些相关逆境基因的表达,参与植物的抗旱,抗盐碱以
及抗寒过程,在植物的生长发育过程中起着重要的作
用[32 - 33]。
通过对本文克隆的 2 个胡萝卜 DREB 亚族 A1 组
转录因子的氨基酸理化性质分析显示,2 个同属于一
组的 DREB类转录因子大部分氨基酸属于亲水性氨基
酸,但是在不同的物种间,氨基酸的各种理化性质之间
存在一定的差异,这些差异可能与物种间进化有关,也
可能与其参与不同的逆境调控有关[29]。 通过对这 2
个胡萝卜 DREB⁃A1 转录因子进行蛋白质三级结构预
测可以得知,这两个转录因子的 DNA结合域与拟南芥
33
核  农  学  报 29 卷
注: ∗代表 10 个 DNA结合位点。
Note: ∗marks the 10 DNA binding sites.
图 4  胡萝卜 2 个 DcDREB⁃A1 转录因子基因保守域(A)及与其他物种氨基酸序列的多重比对(B)
Fig. 4  The conserver domain (A) of DcDREB -A1 transcription factors and alignment of amino acid sequences
from carrot and other different plants(B)
AP2 / ERF家族中 AtERF1 转录因子相似度最高,仅有
2 个 DNA结合域不同,且 3 者的蛋白质三级结构基本
相同,据此推测,胡萝卜中这 2 个 DREB⁃A1 转录因子
与拟南芥中 AP2 / ERF 转录因子可能具有相类似的功
能,基因 DcDREB⁃A1⁃1 与 DcDREB⁃A1⁃2 在 AP2⁃DNA
结合域上 2 个位点的不同,这可能与两者在相同逆境
下响应差异密切相关。
本文通过表达分析结果显示 DcDREB⁃A1⁃1 和
DcDREB⁃A1⁃2 基因具有明显的组织表达特异性,即转
录因子基因 DcDREB⁃A1⁃1 主要在叶片中发挥作用,而
基因 DcDREB⁃A1⁃2 主要在根中发挥作用。 由此可以
表明,同一亚族,甚至是同一组的不同转录因子基因在
43
  1 期 胡萝卜 2 个 DcDREB⁃A1 类转录因子基因的克隆与比较分析
图 5  胡萝卜 DcDREB⁃A1 转录因子的进化分析(A)及部分物种氨基酸序列的系统进化树(B)
Fig. 5  Phylogenetic analysis(A) and Phylogenetic tree (B) of amino acid sequences of the DcDREB⁃A1
transcription factor from several plant species
同一植物不同组织中的表达是不同的,其对胡萝卜生
长发育或逆境调控的作用不同[29]。 通过对胡萝卜进
行 4℃、38℃、0􀆰 2 mol·L - 1 NaCl、200 g·L - 1PEG不同时
间段处理表达分析发现,在相同逆境处理下 DcDREB⁃
A1⁃1 和 DcDREB⁃A1⁃2 基因表达在不同时间段的响应
程度有很大差异,如在 4℃低温处理下基因 DcDREB⁃
A1⁃1 在 1 ~ 4 h内表达均表现上调,而 8 ~ 24 h 表达量
下降,基因 DcDREB⁃A1⁃2 在 1 ~ 2 h内表达量没有明显
变化,在 4 ~ 8 h 内表达量显著增加。 研究证实,油菜
中不同的 DREB转录因子对逆境响应有互作的关系,
本研究结果也说明胡萝卜逆境调控中 DcDREB⁃A1⁃1
和 DcDREB⁃A1⁃2 基因可能存在相互调控的关系[29]。
即低温胁迫下,基因 DcDREB⁃A1⁃1 先表达,调控下游
相关基因的表达,增强植物的抗逆性,当表达量达到一
定水平时,基因 DcDREB⁃A1⁃2 被 DcDREB⁃A1⁃1 或者其
他未知调控机制激活,与作用元件结合,降低表达水
平,关闭信号转导途径。 与植物抗寒性直接相关的功
能性蛋白基因的启动子上常含有相同反式因子调控的
53
核  农  学  报 29 卷
注:绿色代表不同 DNA结合位点;红色部分为 α螺旋;蓝色部分为 β折叠。
Note: Green represents different DNA binding site; the red and blue parts mark the alpha helix and beta turn.
图 6  胡萝卜两个 DREB⁃A1 转录因子蛋白的三维结构预测
Fig. 6  The three⁃dimension structures of the two DREB -A1 transcription factors from carrot
图 7  胡萝卜 DcDREB⁃A1⁃1 和 DcDREB⁃A1⁃2 转录
因子基因在不同组织中的表达情况
Fig. 7  Expression analysis of the DcDREB⁃A1⁃1
and DcDREB⁃A1⁃2 genes of carrot in different tissues
顺式作用元件[34 - 35]。 本研究中胡萝卜 2 个基因
DcDREB⁃A1⁃2 和 DcDREB⁃A1⁃1 都具有 AP2 结构域,具
有结合 DRE顺式作用元件能力,能够调控下游相关基
因表达,提高胡萝卜对逆境的响应。 但是这 2 个基因
应对不同非生物逆境响应表现不同,与 2 基因结合
DRE顺式作用元件能力不同有关,或与两基因启动的
先后顺序不同有关。 甘蓝型油菜中研究证实,甘蓝型
油菜中 DREB类转录因子存在 DREBI 和 DREBII 2 种
类别,不同类别的甘蓝型油菜 DREB 类转录因子在非
生物逆境调控中作用不同,存在相互调控关系[28]。 因
此,胡萝卜同属于 DREB 亚族中 A1 组的两个转录因
子对非生物胁迫调控机制还有待进一步的研究。 由于
胡萝卜中 DREB类转录因子成员众多,上述研究结果
也证实胡萝卜非生物胁迫逆境调控是一个复杂的过
程。
4  结论
植物 DREB转录因子在植物的抗逆作用中起着重
要作用,本文从胡萝卜黑田五寸中克隆了 2 个 DREB
类转录因子基因 DcDREB⁃A1⁃1 和 DcDREB⁃A1⁃2,并分
析了相关的表达。 本研究通过分析发现转录因子中同
一亚族同一组中 2 个不同的转录因子对胡萝卜生长发
育及逆境调控是不同的,不同转录因子之间可能存在
相互调控关系,但是具体的作用机制还有待进一步研
究。 本文将有助于丰富胡萝卜抗逆相关分子机制的研
究。
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  1 期 胡萝卜 2 个 DcDREB⁃A1 类转录因子基因的克隆与比较分析
图 8  胡萝卜 DcDREB⁃A1⁃1 和 DcDREB⁃A1⁃2 转录因子基因在不同逆境以及不同时间段处理的表达情况
Fig. 8  Expression analysis of the two DcDREB⁃A1⁃1 and DcDREB⁃A1⁃2 genes of
carrot in different abiotic stress treatments
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Journal of Nuclear Agricultural Sciences
2015,29(1):0029 ~ 0039
Isolation and Expression Profiles Analysis of Two DcDREB⁃A1
Group Transcription Factor Genes From Carrot
HUANG Ying  XU Zhisheng  WANG Feng  SONG Xiong  TIAN Chang  XIONG Aisheng
(State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement / Ministry of Agriculture Key Laboratory of
Biology and Germplasm Enhancement of Horticultural Crops in East China / College of Horticulture,
Nanjing Agricultural University, Nanjing, Jiangsu  210095)
Abstract:In higher plant, DREB (Dehydration Resistance Element Binding Protein) transcription factors play important
roles in plant stress resistance. Here, the cDNA sequences encoding two DREB transcription factors DcDREB⁃A1⁃1 and
DcDREB⁃A1⁃2 were cloned from carrot cultivar ‘Heitianwucun’ with RT⁃PCR method. The lengths of two DcDREB⁃A1
genes were 780 bp and 669 bp, and encoding 259 and 222 amino acids, respectively. The predicted molecular weights
of the two DcDREB⁃A1 transcription factors were 29􀆰 0 kD and 24􀆰 71 kD, and the pI values were 4􀆰 32 and 4􀆰 63. The
two DcDREB⁃A1 transcription factors were hydrophilic protein, and had similar three⁃dimension structure with AtERF1
of Arabidopsis thaliana. Quantitative real⁃time PCR analysis showed that the expression profiles of the two genes are
different in different tissues in carrot. The DcDREB⁃A1⁃1 gene was mainly expressed in root, while the DcDREB⁃A1⁃2
gene was mainly expressed in leaf. When exposed to various abiotic treatments (4℃, 38℃, NaCl and PEG) for 0, 1,
2, 4, 8, 24 h, the results showed a significant difference between the two genes in the expression profiles under different
treatments. The expression levels of DcDREB⁃A1⁃1 were significantly increased after high temperature, salt, drought
treatments. The expression levels of DcDREB⁃A1⁃1 were increased 14, 7 and 7 times at 1 h after high temperature, salt,
drought treatments. The expression level was increased 18 times when exposed at low temperature 2 h. The gene of
DcDREB⁃A1⁃2 was induced by high temperature, low temperature and drought treatments, respectively. The expression
level of DcDREB⁃A1⁃2 was increased 12 times at 1 h after high temperature treatment, and the expression levels after low
temperatures and drought treatments at 8 h were increased 2􀆰 4 and 6􀆰 2 times respectively. The results indicated that the
two genes involved in the response abiotic stress and interacted with each other when exposed in different abiotic stresses
in carrot. Resistance to abiotic stress in carrot is a complex process. The study is useful for the depth research on the
molecular mechanisms and improving resistance to abiotic and biotic stress of carrot.
Keywords:carrot, transcription factor, DREB, gene cloning, expression analysis
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