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Comparative Genomics Analysis of MLO Gene Family in Cucumber, Melon and Watermelon

黄瓜、甜瓜和西瓜MLO基因家族的比较基因组学分析


MLO基因是植物特有的一类基因家族,在调控植物抵抗生物和非生物胁迫方面起着重要作用。为了揭示葫芦科作物MLO基因的遗传变异及系统发育关系,本文以黄瓜、甜瓜和西瓜基因组数据为基础,利用生物信息学方法对其MLO基因家族进行鉴定与分析。结果发现,黄瓜、甜瓜和西瓜基因组中共含有42个MLO基因家族成员,每一个物种均含有14个成员,且保守性强;系统发育关系揭示了这些成员在黄瓜、甜瓜和西瓜基因组中并不呈现一一对应关系,表明MLO型基因在这3种植物分化之后分别发生了扩展和丢失;进一步将其与模式植物拟南芥、番茄、豌豆MLO型白粉病基因进行聚类分析:一方面,借助于拟南芥MLO基因的分类标准,揭示了在黄瓜、甜瓜和西瓜基因组中也存在双子叶植物MLO型白粉病基因的特异区组,他们各自至少包含3个候选的白粉病基因,序列比对进一步发现这些基因均具有MLO型白粉病基因的典型结构特征,如7个跨膜结构域、钙调蛋白结合区以及两个缩氨酸区域(I和II);另一方面,大部分区组中包含的MLO基因均来源于拟南芥和黄瓜、甜瓜和西瓜MLO基因家族的成员,表明了MLO基因家族在拟南芥和葫芦科作物分化之前就已经存在。EST表达分析表明MLO基因广泛地参与到黄瓜、甜瓜和西瓜器官的营养生长和生殖生长。研究结果为揭示黄瓜、甜瓜和西瓜MLO基因的进化关系、功能及克隆表达分析奠定了基础。


全 文 :核 农 学 报  2014,28(6):1006 ~ 1017
Journal of Nuclear Agricultural Sciences
收稿日期:2013⁃10⁃28  接受日期:2014⁃03⁃07
基金项目:温州市科技计划项目(N20090017 编号),大宗蔬菜产业技术体系经费(CARS - 25)
作者简介:徐坚,男,副研究员,主要从事蔬菜栽培生理研究。 E⁃mail: zwxuj@ qq. com
通讯作者:同第一作者。
文章编号:1000⁃8551(2014)06⁃1006⁃12
黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO基因家族的比较基因组学分析
徐  坚  陈先知  王  燕  史建磊  朱隆静  王克磊
(温州科技职业学院,温州市农科院蔬菜科学研究所 /浙南作物遗传育种重点实验室,温州 浙江  325014)
摘  要:MLO基因是植物特有的一类基因家族,在调控植物抵抗生物和非生物胁迫方面起着重要作用。
为了揭示葫芦科作物 MLO基因的遗传变异及系统发育关系,本文以黄瓜、甜瓜和西瓜基因组数据为基
础,利用生物信息学方法对其 MLO基因家族进行鉴定与分析。 结果发现,黄瓜、甜瓜和西瓜基因组中共
含有 42 个 MLO基因家族成员,每一个物种均含有 14 个成员,且保守性强;系统发育关系揭示了这些成
员在黄瓜、甜瓜和西瓜基因组中并不呈现一一对应关系,表明 MLO 型基因在这 3 种植物分化之后分别
发生了扩展和丢失;进一步将其与模式植物拟南芥、番茄、豌豆 MLO 型白粉病基因进行聚类分析:一方
面,借助于拟南芥 MLO基因的分类标准,揭示了在黄瓜、甜瓜和西瓜基因组中也存在双子叶植物 MLO
型白粉病基因的特异区组,他们各自至少包含 3 个候选的白粉病基因,序列比对进一步发现这些基因均
具有 MLO型白粉病基因的典型结构特征,如 7 个跨膜结构域、钙调蛋白结合区以及两个缩氨酸区域( I
和 II);另一方面,大部分区组中包含的 MLO基因均来源于拟南芥和黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO基因家族的
成员,表明了 MLO基因家族在拟南芥和葫芦科作物分化之前就已经存在。 EST 表达分析表明 MLO 基
因广泛地参与到黄瓜、甜瓜和西瓜器官的营养生长和生殖生长。 研究结果为揭示黄瓜、甜瓜和西瓜
MLO基因的进化关系、功能及克隆表达分析奠定了基础。
关键词:黄瓜;甜瓜;西瓜;MLO;比较基因组分析
DOI:10􀆰 11869 / j. issn. 100⁃8551􀆰 2014􀆰 06. 1006
    MLO(mildew resistance locus O,MLO)是植物中特
有的一类基因家族,具有完整的 7 个跨膜结构域(TM1
- TM7) [1 - 2]。 研究发现大麦中 MLO 基因的隐性突变
对所有白粉菌具有广谱性的抗性,是第一个被克隆的
抗白粉病基因[3],进一步研究表明该基因是一种在 C
端具有钙调素结合区的跨膜结构蛋白,具有调控抗病
和叶细胞死亡的双重功能[4]。 然而,尽管第一个抗白
粉病基因是从单子叶植物大麦分离得到的[5 - 6],但最
近研究者从双子叶植物中也克隆了 MLO 型抗白粉病
基因,如拟南芥[7]、番茄[8]等。 因此,MLO 型抗病基因
广泛参与了植物与白粉菌的互作反应。
葫芦科植物包括许多重要的蔬菜作物,如黄瓜
(Cucumis sativus L)、甜瓜 ( Cucumis melo L)、西瓜
[Citrullus lanatus (Thunb. ) Matsum. & Nakai]等[9]。
白粉病是瓜类生产上最重要的病害之一[10],主要危害
植株叶片,发病时白粉菌迅速增多并扩散,植株叶片大
面积死亡,通常会造成巨大的经济损失。 因此选育抗
白粉病品种是解决当前问题最为经济有效的方法。 抗
病基因的挖掘是培育抗病品种的前提,与拟南芥、水
稻、葡萄等植物相比,葫芦科植物中有关 MLO 基因的
报道较少。 近年来,研究者从黄瓜中鉴定出了 MLO基
因家族成员,并且进行相关生物信息学分析[11];此外,
Cheng等[12 - 13]通过 RT⁃PCR 技术从甜瓜中克隆得到
CmMLO1、CmMLO2 基因,进一步研究发现 CmMLO2 基
因与甜瓜白粉病抗性相关。 但系统进行葫芦科作物
MLO基因家族进化发育关系的研究未见报道。
现代生物信息学为在全基因组水平上研究基因的
结构、分布及其进化提供了方法与手段。 最近,3 个主
要葫芦科作物(黄瓜、甜瓜和西瓜)基因组测序相继完
成[14 - 16],这为在全基因组水平上比较分析 MLO 基因
6001
  6 期 黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO基因家族的比较基因组学分析
家族成员提供了平台。 本文通过在全基因组水平上对
黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO 基因家族进行系统的诠释、分
析其系统发育关系以及表达模式,以期为未来抗白粉
病基因的克隆奠定基础,同时为 MLO的遗传机制以及
黄瓜、甜瓜和西瓜抗病育种工作提供理论基础。
1  材料与方法
1􀆰 1  材料
黄瓜 MLO基因家族成员相关信息主要来自数据
库 Cucumber Genome Database ( http: / / cucumber.
genomics. org. cn / page / cucumber / index. jsp),甜瓜 MLO
基因 家 族 成 员 相 关 信 息 主 要 来 自 数 据 库
MELONOMICS (https: / / melonomics. net / ), 西瓜 MLO
基因家族成员相关信息主要来自数据库 Watermelon
Genome Database ( http: / / www. iwgi. org / watermelon.
html)。 这些基因家族成员的 EST 数据来源于
Cucurbit Genomics Database (http: / / www. icugi. org / )。
1􀆰 2  试验方法
1􀆰 2􀆰 1  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO 基因的鉴定   为全面
鉴定黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO 基因,本研究利用两种方
法对各自基因组数据库进行分析。 首先,利用拟南芥、
水稻 MLO基因家族成员的氨基酸序列作为靶序列,对
黄瓜、甜瓜和西瓜数据库进行 BlastP搜索,E值设为 1e
- 10,获得候选基因;其次,根据已经公布的植物 MLO
蛋白序列,应用 HMMER(隐马尔可夫模型)软件建立
Profile HMM检索程序,从黄瓜、甜瓜和西瓜基因组网
站下载其基因组序列,使用软件“DNATOOLs”建立本
地数据库,用 HMMER软件的 Profile HMM程序对 3 种
瓜类作物本地数据库进行检索,获得的序列被认为候
选的 MLO 蛋白;随后,将这些候选的蛋白基因序列通
过 MEGA5􀆰 0[17]软件提供的 Clustal W(多序列比对程
序)工具进行多序列比对,去除重复的基因,将剩下的
候选 MLO 蛋白然后通过 PFAM 网站 ( http: / / pfam.
janelia. org / )预测这些蛋白是否具有 MLO蛋白的保守
结构域,如果存在,即为 MLO基因家族成员。
1􀆰 2􀆰 2  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO 基因的结构及保守基
序分析  植物典型特征的 MLO 蛋白具有 7 个跨膜结
构[1]。 本研究将应用在线跨膜螺旋预测软件 TMHMM
Version 2􀆰 0 (www. cbs. dtu. dk / services / TMHMM / )鉴
定这些蛋白的跨膜结构的数目以及位置;此外,釆用在
线分析软件包 MEME (Multiple Em for Motif Elicita⁃
tion,http: / / meme. sdsc. edu / meme / cgi⁃bin / meme. cgi)
分析其蛋白的保守基序,MEME 参数 Minimum width =
6, Maximum width = 40, Maximum number of motifs to
find = 20,其他默认。
1􀆰 2􀆰 3  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO 蛋白序列比对及系统
发育树的构建  为揭示葫芦科 MLO 基因的保守性以
及同源基因(直系同源和旁系同源)的得失,本研究将
检索到的黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO蛋白的氨基酸序列用
FASTA格式保存,然后通过 BioEdit 软件中 Clustal W
工具[18]进行 MLO 蛋白序列比对,利用 MEGA 5􀆰 0[17]
软件中的邻接法(Neighbor⁃Joining)对其氨基酸序列构
建系统发育树,Bootstrap 值设为 1000,去除 Bootstrap
支持率低于 50%的节点,显示各分支长度。 其次,为
了进一步揭示葫芦科植物 MLO基因的进化关系,还选
取拟南芥 MLO基因家族成员[7]以及番茄、豌豆的抗白
粉病 MLO基因[8,19]进行聚类分析,运用的软件和方法
同上。
1􀆰 2􀆰 4  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO 基因的 EST 分析  为
了分析 MLO基因在黄瓜、甜瓜和西瓜中的表达情况,
以 3 个葫芦科物种的 MLO 基因的编码区序列对葫芦
科 EST 数据库(http: / / www. icugi. org / cgi⁃bin / ICuGI /
tool / blast. cgi)进行 Blast搜索,E值设为 1e - 2。
2  结果与分析
2􀆰 1  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO 基因家族的检索、鉴定
及特征分析
通过 BlastP和 HMMER程序同源性搜索,从黄瓜、
甜瓜和西瓜基因组数据库中共检索出 42 条 MLO 蛋
白,平均编码 14 条 MLO 蛋白。 它们分别被命名为
CsMLO01 - CsMLO14、 CmMLO01 - CmMLO14 和
ClMLO01 - ClMLO14。 在黄瓜中,其编码区长度从
513bp(CsMLO03) ~ 1824bp(CsMLO06)之间,编码 170
~ 607 个氨基酸;在甜瓜中,其编码区长度从 453 bp
(CmMLO01) ~ 1752bp(CmMLO10)之间;在西瓜中,他
们编 码 区 长 度 从 1470bp ( ClMLO06 ) ~ 1749bp
(ClMLO02)之间。 在这 3 个物种中,分子量变化具有
显著差异,最大分子量是 CsMLO07(Csa015858),达到
70􀆰 11kDa,而最小分子量的是 CsMLO03(Csa017196),
仅为 19􀆰 16kDa;等电点变化范围比较小,大半数分布
在 8 ~ 9 之间,最高等电点为 ClMLO08(Cla009651),达
到 9􀆰 62,而最低等电点的为 CsMLO03(Csa017196),仅
为 6􀆰 15,从酸性到碱性均有分布(表 1)。
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表 1  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO基因家族的鉴定
Table 1  Identification of MLO gene family in cucumber, melon and watermelon
材料
Materials
编号
Number
基因
Gene
ORF长度
ORF length / bp
氨基酸长度
Protein length / AA
分子量
Molecular weight / Da
等电点
PI
黄瓜 CsMLO01 Csa019070 1749 582 66􀆰 91 9􀆰 21
Cucumber CsMLO02 Csa017197 1080 359 40􀆰 88 7􀆰 32
CsMLO03 Csa017196 513 170 19􀆰 16 6􀆰 15
CsMLO04 Csa017252 1017 338 40􀆰 34 8􀆰 61
CsMLO05 Csa015734 1668 555 63􀆰 35 8􀆰 54
CsMLO06 Csa015766 1824 607 68􀆰 71 8􀆰 53
CsMLO07 Csa015858 1842 613 70􀆰 11 8􀆰 82
CsMLO08 Csa009424 1434 478 54􀆰 33 8􀆰 77
CsMLO09 Csa010789 1635 544 63􀆰 00 8􀆰 86
CsMLO10 Csa010846 1683 560 64􀆰 24 9􀆰 31
CsMLO11 Csa020079 1596 531 60􀆰 75 9􀆰 17
CsMLO12 Csa013199 1635 544 62􀆰 00 8􀆰 97
CsMLO13 Csa000519 1638 545 61􀆰 91 9􀆰 21
CsMLO14 Csa026261 1551 516 58􀆰 05 9􀆰 04
甜瓜 CmMLO01 MELO3C000169P1 453 150 16􀆰 11 8􀆰 71
Melon CmMLO02 MELO3C005038P1 588 195 21􀆰 52 9􀆰 08
CmMLO03 MELO3C005044P1 1743 580 66􀆰 66 9􀆰 38
CmMLO04 MELO3C007979P1 1749 582 66􀆰 37 9􀆰 34
CmMLO05 MELO3C012438P1 1713 570 65􀆰 35 9􀆰 25
CmMLO06 MELO3C013709P1 1719 572 64􀆰 58 8􀆰 84
CmMLO07 MELO3C013761P1 1443 480 54􀆰 85 7􀆰 25
CmMLO08 MELO3C016709P2 1683 560 63􀆰 76 9􀆰 23
CmMLO09 MELO3C019435P1 1671 556 63􀆰 73 9􀆰 02
CmMLO10 MELO3C021515P1 1752 583 67􀆰 49 8􀆰 75
CmMLO11 MELO3C022486P1 1107 368 42􀆰 22 9􀆰 18
CmMLO12 MELO3C023219P1 1398 465 54􀆰 87 9􀆰 48
CmMLO13 MELO3C025761P1 1314 437 50􀆰 25 9􀆰 35
CmMLO14 MELO3C026525P1 1629 542 61􀆰 59 8􀆰 69
西瓜 ClMLO01 Cla002071 1587 528 60􀆰 31 9􀆰 51
Watermolen ClMLO02 Cla005044 1749 582 66􀆰 51 9􀆰 39
ClMLO03 Cla005046 1593 530 59􀆰 83 8􀆰 26
ClMLO04 Cla006975 1533 510 56􀆰 84 9􀆰 07
ClMLO05 Cla008753 1803 600 68􀆰 78 9􀆰 50
ClMLO06 Cla008904 1470 489 55􀆰 17 8􀆰 66
ClMLO07 Cla008957 1737 578 64􀆰 81 8􀆰 75
ClMLO08 Cla009651 1494 497 56􀆰 80 9􀆰 62
ClMLO09 Cla010381 1650 549 63􀆰 42 8􀆰 86
ClMLO10 Cla013018 1527 508 57􀆰 46 8􀆰 80
ClMLO11 Cla014358 1680 559 63􀆰 05 9􀆰 34
ClMLO12 Cla020573 1674 557 63􀆰 97 9􀆰 34
ClMLO13 Cla021922 1560 519 58􀆰 73 9􀆰 08
ClMLO14 Cla023394 1491 496 56􀆰 29 9􀆰 24
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  6 期 黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO基因家族的比较基因组学分析
2􀆰 2  3 种葫芦科作物 MLO型基因的系统发育关系分

为揭示黄瓜、甜瓜和西瓜物种间 MLO基因的遗传
变异程度,对这 3 个物种的 MLO蛋白进行了系统发育
图 1  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO型基因的系统发育关系分析
Fig. 1  Phylogenetic relationship of MLO gene family in cucumber, melon and watermelon
关系分析。 从图 1 中可以看出,来自黄瓜、甜瓜和西瓜
的 MLO基因可以分为 6 类,即为 A、B、C、D、E、F。 借
助于高的 Bootstrap 值,A 类进一步分为六个亚类,即
A1 ~ A6,共包括 18 个 MLO 基因,它们包含的基因最
多,约占整个 MLO基因家族的 40% ;D 类可分为四个
亚类,每个亚类包括 3 个成员,共 12 个 MLO 基因,约
占整个 MLO 基因的 30% ;C 类可分为两个亚类,共 6
个 MLO基因,约占整个 MLO 基因的 14% 。 其余的 3
类(F、B和 E类)含有的基因数目较少,分别含有 1、2、
3 个成员。 从这些结果可以看出,尽管黄瓜、甜瓜和西
瓜的 MLO基因在数目上是完全保守的,但是区组之间
的数目保守性是不同的,区组 A、D 和 E 是完全保守
的,而 B、C和 F区组发生了变化。
在区组 A、D 和 E 中,所有 MLO 蛋白都以直系同
源蛋白的形式存在,即每一个成员都来自于黄瓜、甜瓜
和西瓜基因组中。 B 组仅包括来自西瓜的 2 个 MLO
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基因;C1 亚组包括 4 个 MLO基因,1 个来自黄瓜,1 个
来自甜瓜,2 个来自西瓜。 C2 亚组包括分别来自黄瓜
和甜瓜的 1 个MLO基因。 而 F组仅包括来自黄瓜的 1
个 MLO基因。 总之,近 80%的 MLO 基因以物种内直
系同源基因形式存在,其中 A、D和 E区组成员全部以
同源基因形式存在。
图 2  黄瓜、甜瓜、西瓜、拟南芥、番茄和豌豆 MLO型基因的进化关系分析
Fig. 2  Evolutionary relationship of MLO gene family in cucumber, melon, watermelon, Aarabidopsis and pea
2􀆰 3  3 种葫芦科作物 MLO型基因的进化关系
为揭示黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO基因家族的进化关
系,将模式植物拟南芥全基因组 MLO 基因家族[7]、番
茄抗白粉病 MLO 基因( SlMLO) [8]和豌豆抗白粉病
MLO基因(PsMLO) [19]一起构建系统发育树(图 2)。
按照拟南芥MLO基因家族分类方法,将所采用的MLO
基因家族成员被分为 6 个区组( I 组、II 组、III 组、IV
组、V组和 VI组)。 每一组含有的基因数目是变异的,
从 2 个(IV 组)到 15 个( I 组)不等。 除 IV 组包含的
是西瓜的两个成员(Cla009651 和 Cla002071)外,剩下
的 5 个区组都包含来自于拟南芥和葫芦科植物的
MLO基因家族成员。
此外,在 V 类区组中,拟南芥抗白粉病基因
(AtMLO02、AtMLO06 和 AtMLO12) [7],番茄抗白粉病基
因(SlMLO) [8],豌豆抗白粉病基因(PsMLO) [19]和来自
于 黄 瓜 MLO 基 因 ( Csa010846、 Csa019070 和
Csa020079)、甜瓜的 MLO 基因 (MELO3C012438P1、
MELO3C005044P1 和 MELO3C025761P1 ) 和西瓜的
MLO基因(Cla020573、Cla005044 和 Cla008753)聚类
在一起。 这种现象在以前的研究中也有报道,即双子
叶植物 MLO型白粉病基因聚类一类[20 - 21]。
2􀆰 4  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO 型白粉病基因的多序列
比对
为了揭示这 9 个候选抗白粉病基因是否具有
MLO型抗白粉病基因的结构特点,对其氨基酸序列进
行了多序列比对(图 3)。 先前的研究已经发现大麦、
拟南芥 MLO 型抗白粉病基因都具有 7 个跨膜结构域
(TM1 - TM7)、一个钙调蛋白结合区(CaMBD)以及两
个对识别白粉病其重要作用的缩氨酸保守区( I 和
II) [22]。 在这 9 个候选的黄瓜、甜瓜和西瓜白粉病基
因中,除少数特征外,大多数特征区域具有很高的保守
性;两个 MLO 基因 Csa010846 和 Cla020573 缺失了第
2 个跨膜区域(TM2),Csa020079 缺失了第 4 个、第 5
个跨膜区域 (TM4 和 TM5),MEL03C025761P1 缺失了
0101
  6 期 黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO基因家族的比较基因组学分析
钙调蛋白结合区 CaMBD 以及 2 个对识别白粉病其重
要作用的缩氨酸保守区Ⅰ和Ⅱ。
表 2  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO基因家族的保守基序分析
Table 2  Conserved motifs analysis of MLO gene family in cucumber, melon and watermelon
基序
Motifs
宽度
Width
最佳匹配度
Best possible match
1 40 SCFMDNHEDIIIRLGMGVIVQFLCSYVTLPLYALVTQMGS
2 40 GLHQLHIFIFVLAVFHVLYCCITMALGRAKMRGWKAWENE
3 40 PVVQPRDDYFWFNRPQLILYLIHFILFQNAFQMAYFFWTW
4 40 KHKKALYEALEKMKEELMLLGFISLLLTVGQNYISNICI
5 29 WMVCFFRQFYRSVPKADYLTLRHGFIMNH
6 25 GSKYDFQKYMKRSMEDDFKVVVGIS
7 38 LWGFAVLFLLFNVHGWNAYFWLPFIPLIIILLVGTKLQ
8 40 EGRSLEQTPTWAVAAVCFIMVAISIFLERVIHRLGKWLKK
9 29 NMKKAIFDERVREALHNWHKRAKKKRKKR
10 29 THEYQFNNDPARFRFARDTSFGRYHTSFW
11 15 IITKMALEIQERHAV
12 40 RGSTTPMSSRPATPTHGMSPVHLLRHYQHEVDSPHTSPRR
13 15 KYANTMLPCTREEKD
14 11 CCKKGKEPFIS
15 39 SPGYSLHRFKTTGHSNRVPMYDDNDASDYEGDPLAPPTQ
16 21 DEDEHHRRLQWYERRRLAGGG
17 29 PLLQPSTSLSTPVDHNFEVGNPMRSFSM
18 15 HHEQTRNPDDFSFDK
19 21 LHFHDNNYTFRRILAAAGGDD
20 33 ARDGNGEMSNQPHNQMDGQLEMPVESSSPNQDS
2􀆰 5  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO型基因的保守基序分析
利用 MEME 在线工具对黄瓜、甜瓜和西瓜 42 个
MLO型蛋白的保守基序进行分析,结果表明 42 个
MLO蛋白具有 20 个保守基序,长度在 11 ~ 40 个氨基
酸之间(表 2)。
    为进一步鉴定 MLO 型蛋白七个跨膜区域的保守
性,对上述 20 个保守基序进行了分析。 结果发现,3
个葫芦科作物 MLO 型蛋白的七个跨膜区域对应于 7
个保守基序,TM1 - TM3 分别位于基序 8、基序 4、基序
2 中,TM5 - TM7 分别位于基序 7、基序 3 和基序 1 中,
而 TM4 位于被基序 6 和基序 7 分开,由 TM4 - 1 和
TM4 -2 组成(图 4)。
2􀆰 6  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO型基因的表达分析
为分析黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO 基因的表达模式,
以 3 个物种 MLO 基因编码区序列分别对葫芦科网站
EST 数据库 ( http: / / www. icugi. org / cgi⁃bin / ICuGI /
tool / blast. cgi)进行了 BLAST程序搜索。 结果发现,在
葫芦科作物的 ESTs 数据库中,含有 513801 个黄瓜
ESTs序列,分别来自黄瓜不同组织类型,包括果实、雌
花、两性花和雄花;含有 129240 个甜瓜 EST序列,分别
来自甜瓜不同组织类型,包括根、果实、子叶、真叶、愈
伤组织和花;含有 588800 个 EST 序列,来自于西瓜不
同发育时期的果实(表 3)。
通过序列检索发现, 在黄瓜 14 个 MLO 基因中其
中 10 个存在对应的 EST,表明他们是表达的,4 个
MLO基因未发现相应的 EST;在这 10 个表达的基因
中,每一个MLO基因检索到的 EST数目存在显著的变
异(1 - 76),其中,Csa026261 对应的 ESTs 最多,达到
76 个,而 Csa000519、Csa017252 和 Csa020079 最少,仅
为 1 个;Csa000519 和 Csa015858 仅在果实中表达,
Csa017252 在雌花中表达,Csa020079 在两性花中表
达,剩下的 7 个 MLO 基因均在多种组织中表达,包括
果实、雌花和两性花。 在甜瓜 14 个 MLO基因中,除了
MELO3C023219P1 和 MELO3C026525P1 外,剩下的 12
1101
核  农  学  报 28 卷
图 3  黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO型白粉病候选基因的多序列比对分析
Fig. 3  Multiple sequence alignment of MLO genes related to powdery mildew in
cucumber, melon and watermolen
个基因从不同的甜瓜组织中都检索到了相应的 EST;
可以看出,大多数 MLO基因在根和愈伤组织中均有表
达, 2 个 基 因 ( MELO3C005044P1 和
MELO3C012438P1 ) 仅 在 根 和 子 叶 中 表 达, 而
MELO3C007979P1 和 MELO3C022486P1 仅仅分别在
花和真叶中表达,剩下的 MLO 基因在多种组织中表
达,包括果实和子叶。 在西瓜 14 个 MLO基因中,仅发
现 5 个 基 因 ( cla006975, cla008904, cla008957,
cla009651, cla013018)在果实中表达,剩下基因均未
检索到相应的 EST(由于西瓜的 EST 都来自于果实,
所以在表 3 中未列出)。
2101
  6 期 黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO基因家族的比较基因组学分析
图 4  黄瓜、甜瓜和西瓜MLO 基因 7 个跨膜区的保守性分析
Fig. 4  The motif sequence logos of seven⁃transmembrane domains of MLOs in cucumber, melon and watermelon
3  讨论
MLO抗病基因于 1937 - 1938 年在埃塞俄比亚采
集的大麦品种中被发现,此基因突变可以使大麦对几
乎所有已知大麦白粉病菌的生理小种产生持久、广谱
的抗性[5]。 隐性突变 mlo对植物的抗病过程起负调控
作用,在一定程度上相当于植物的“感病”基因,这类
基因的突变或缺失能够发生类似非寄主的识别反应,
导致植物产生对病原菌所有己知小种的广谱抗
性[1,22 - 23]。 因此,MLO基因在改善植物抗性方面具有
重要的意义。 在过去的 50 年里,研究者普遍认为,
MLO的广谱抗性似乎是单子叶植物大麦所独有的[22],
随着拟南芥基因组测序工作的完成,人们在拟南芥基
因组的研究中发现,野生型拟南芥具有 15 个 MLO 家
族成员[24],其中的 AtMlo2、AtMlo06 和 AtMlo12 这 3 个
基因突变体可以使拟南芥对白粉病菌完全免疫[7]。
研究结果表明,MLO的广谱抗性在拟南芥等双子叶植
物中也存在 MLO 基因对白粉病的负调控机制。 白粉
病是瓜类作物生产上最重要的病害之一,因此,鉴定瓜
3101
核  农  学  报 28 卷4101

3 






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  6 期 黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO基因家族的比较基因组学分析
类作物中的 MLO 基因为将来解析抗病基因的功能和
抗病育种奠定良好的基础。 最近,作物基因组测序的
完成为我们在全基因组水平上分析基因家族提供了条
件[25 - 26]。 本研究在全基因组水平上分析和鉴定了黄
瓜、甜瓜和西瓜的 MLO 型基因,尽管这 3 个作物的基
因组大小存在显著的差异 (黄瓜 367Mbp、甜瓜
450Mbp、西瓜 425Mbp) [14 - 16],但是他们含有 MLO 基
因的数目却是相同的,均编码 14 个 MLO型基因,表明
MLO型基因在葫芦科作物具有较好的保守性。 与大
豆[27]相比,葫芦科 MLO基因家族成员数目相对较少,
然而这种现象在拟南芥和水稻也存在。 总之,这些
MLO基因为未来分析其功能提供了基因资源。
构建系统发育树不仅有助于寻找物种间直系同源
和物种内旁系同源基因,而且还有助于分析基因间的
进化关系。 由图 1 中可见,尽管黄瓜、甜瓜和西瓜的
MLO基因的数目是相同的,但是通过系统发育树显示
出它们具有显著的遗传多样性。 在区组 A、D和 E 中,
黄瓜、甜瓜和西瓜的 MLO 基因呈现 1 ∶ 1 ∶ 1的现象,即
他们之间以直系同源基因的形式存在。 而在 B、C和 F
区组的 MLO基因发生显著的变化,在 B组中,黄瓜、甜
瓜和西瓜 MLO基因呈现 0∶ 0∶ 2的现象,即前两种作物
可能发生了丢失;在 C1 区组中,黄瓜、甜瓜和西瓜
MLO基因呈现 1∶ 2∶ 1,即在甜瓜基因组中发生了扩展;
在 C2 区组中,黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO 基因呈现 1 ∶ 1 ∶
0,即 Csa017252 和MELO3C023219P1 的直系同源基因
在西瓜基因组中发生了丢失;在 F 区组中,仅仅含有
一个来自黄瓜的 MLO 基因(Csa017197),而相应的来
自甜瓜和西瓜的直系同源基因发生了缺失。 这些结果
表明了在葫芦科作物进化过程中,MLO 基因发生广泛
的丢失和扩展。 前人在拟南芥和琴叶拟南芥中发现,
MADX⁃box 基因家族也发生了类似的现象[28],表明基
因家族在相近物种进化过程中,发生基因的丢失和扩
展是一种普遍的现象。
此外,进一步以模式植物拟南芥、番茄、豌豆全基
因组 MLO基因家族和黄瓜、甜瓜、西瓜 MLO 基因一起
构建了系统发育树(图 3),根据拟南芥 MLO基因家族
的分类标准,来自拟南芥、番茄、豌豆、黄瓜、甜瓜和西
瓜的 MLO基因被分成了 6 个区组,并且拟南芥、黄瓜、
甜瓜和西瓜的 MLO基因在大部分区组中均有分布,表
明这一基因家族的基本特征的形成早于拟南芥和葫芦
科植物分化之前;事实上,第一个克隆的 MLO 抗白粉
病基因来自于单子叶植物大麦[3],这进一步暗示了
MLO类基因在单子叶植物与双子叶植物分化之前就
已经形成。 另外,本研究发现 IV区组仅包含来自西瓜
一对 MLO基因,表明 MLO 基因家族在西瓜基因组中
进行了扩展。 此种现象在植物其他基因家族研究中也
得到了广泛的验证[29 - 31]。 此外,在 V 类区组中,拟南
芥、番茄、豌豆抗白粉病基因[7 - 8,19]和黄瓜 MLO 基因
(Csa010846、Csa019070 和 Csa020079)、甜瓜 MLO 基
因 ( MELO3C012438P1、 MELO3C005044P1 和
MELO3C025761P1) 和西瓜 MLO 基因 ( Cla020573、
Cla005044 和 Cla008753)聚类在一起。 因此,我们推
测本研究中,V类区组 MLO 型基因可能是黄瓜、甜瓜
和西瓜抗白粉病基因的特异区组。 黄瓜的 3 个 MLO
基因(Csa010846、Csa019070 和 Csa020079)、甜瓜的 3
个 MLO 基因 (MELO3C012438P1、MELO3C005044P1
和 MELO3C025761P1 ) 和西瓜的 3 个 MLO 基因
(Cla020573、Cla005044 和 Cla008753)可能为黄瓜、甜
瓜和西瓜抗白粉病基因的候选基因。 这些 MLO 型白
粉病基因的鉴定为将来它们对白粉菌的功能分析奠定
了基础。
本研究揭示了黄瓜 MLO 型基因参与了果实、雌
花、雄花和两性花等生殖器官的发育;甜瓜 MLO 型基
因参与了根、子叶,真叶、愈伤组织、花和果实等营养器
官和生殖器官的生长发育;西瓜 MLO型基因参与了不
同发育时期果实的生长发育;表明了这些基因在葫芦
科作物营养生长和生殖生长中具有重要的作用。
4  结论
先前研究发现 MLO 基因广泛地参与了植物对生
物胁迫和非生物胁迫的反应,表明这些基因在植物应
答逆境环境过程中具有重要的作用。 本文从黄瓜、甜
瓜和西瓜全基因组水平上鉴定了 MLO基因家族成员;
通过构建系统发育树,分析其进化关系;发现 MLO 基
因家族在拟南芥和葫芦科作物分化之前就已经存在。
进一步通过 EST 表达分析,发现 MLO 基因参与了黄
瓜、甜瓜和西瓜器官的营养生长和生殖生长。 研究结
果为揭示黄瓜、甜瓜和西瓜 MLO 基因的功能奠定基
础。
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Comparative Genomics Analysis of MLO Gene Family in
Cucumber, Melon and Watermelon
XU Jian  CHEN Xian⁃Zhi  WANG Yan  SHI Jian⁃Lei  ZHU Long⁃Jing  WANG Ke⁃Lei
(Key Laboratory of Crop Breeding in South Zhejiang / Institute of Vegetable Crops, Wenzhou Academy of
Agricultural Sciences, Wenzhou Vocation College of Science & Technology, Wenzhou, Zhejiang  325014)
Abstract:MLO is a plant⁃peculiar gene family, and plays an important role in plant response to powdery mildew
infection. To elaborate genetic diversity and phylogenetic relationship of MLO genes in Curcurbitaceae crops, three crop
genome data ( cucumber, melon and watermelon ) were used to identify MLO gene family of members through
bioinformatics method. Results show that a total of 42 MLO genes were identified in cucumber (14), melon (14) and
watermelon (14), respectively. Phylogenetic relationship reveals that the members of these gene family in cucumber,
melon and watermelon is not present corresponding relationship (1:1:1), which showed that gene expand and loss have
occurred after differentiation of three plant species. Furthermore, Phylogenetic tree of MLO genes from the model plant
Arabidopsis thaliana, tomato, pea and cucumber, melon, and watermelon was constructed. On the one hand, based on
the classification criterion in Arabidopsis, a dicot⁃specific susceptible to powdery mildew group was identified. There are
at least three candidate genes related to powdery mildew in the cucumber, melon and watermelon genome, and these
genes have typical of structure characteristics of MLO type of powdery mildew disease genes, such as seven⁃
transmembrane domains, calmodulin⁃binding protein domain and peptide domains (I and II) . On the other hand, most
of these clades were comprised of MLO genes from A. thaliana, cucumber, melon, and watermelon, suggesting that
these genes may have existed before differentiation of Arabidopsis and Cucurbitaceae crops. EST⁃based expression
analysis showed that MLO gene is involved widely in vegetative and reproductive growth in cucumber, melon and
watermelon. These results will lay a foundation for understanding original, function, clone and expression analysis of
MLO genes in cucumber, melon and watermelon in the future.
Key words:Cucumber; Melon; Watermelon; MLO; Comparative genomics analysis
7101