全 文 :植物病理学报
ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA 45(2): 188 ̄197(2015)
收稿日期: 2014 ̄02 ̄06ꎻ 修回日期: 2014 ̄11 ̄19
基金项目: 国家重点基础研究发展计划(2013CB127700)ꎻ国家自然科学基金(31471731)ꎻ高等学校学科创新引智计划(B07049)资助
通讯作者: 胡小平ꎬ博士ꎬ教授ꎬ主要从事植物病理学研究ꎻE ̄mail: xphu@nwsuaf.edu.cn
第一作者: 马丽杰ꎬ女ꎬ内蒙古包头人ꎬ博士生ꎬ主要从事植物病理学研究ꎻE ̄mail: malijie1016@163.comꎮ
doi:10.13926 / j.cnki.apps.2015.02.010
西藏林芝与内地小麦条锈菌
分子群体遗传结构及菌源关系
马丽杰1ꎬ 王雅婷1ꎬ 鲁传强1ꎬ 王建锋1ꎬ 詹刚明1ꎬ 王保通1ꎬ 康振生1ꎬ
杨敏娜2ꎬ 彭岳林2ꎬ 刘太国3ꎬ 陈万权3ꎬ 胡小平1∗
( 1西北农林科技大学植保学院 /旱区作物逆境生物学国家重点实验室ꎬ 杨凌 712100ꎻ 2西藏农牧学院植物科学技术学院ꎬ 林芝 860000ꎻ
3中国农业科学院植物保护研究所 /植物病虫害生物学国家重点实验室ꎬ 北京 100193)
摘要:2009-2010年春季ꎬ先后从甘肃、四川、陕西和西藏四省的 29个县(市)采集到 1 391份小麦条锈病标样ꎬ繁殖获得 961
个菌株ꎬ利用 SSR分子标记进行群体遗传分析结果表明:甘肃天水、平凉和陇南ꎬ陕西宝鸡及汉中ꎬ四川阿坝和广元等地条
锈菌的遗传多样性比较丰富ꎬ而四川宜宾及凉山、西藏林芝的遗传多样性水平相对较低ꎮ 利用 Arlequin 软件中的 AMOVA
方法分析结果表明ꎬ小麦条锈菌的遗传变异主要存在于群体内部ꎮ 内地各种群之间菌源交流频繁(Nm>4)ꎬ西藏与内地菌
源交流很少(Nm<1)ꎮ 采用 Structure及聚类分析表明ꎬ陕西宝鸡与甘肃平凉间ꎬ陕西汉中、甘肃陇南、甘肃天水及四川广元
间ꎬ存在着频繁的菌源交流关系ꎬ四川宜宾和凉山与四川阿坝、陕西汉中和甘肃陇南间存在着菌源交流关系ꎮ 而西藏与内
地间几乎没有菌源交流ꎮ 初步认为西藏林芝小麦条锈菌可能是一个相对独立的遗传群体ꎮ
关键词:小麦条锈菌ꎻ 西藏ꎻ 群体遗传结构ꎻ SSR
Molecular population genetic structure and migration relation of Puccinia striiformis
f. sp. tritici between Linzhi in Tibet and inland MA Li ̄jie1ꎬ WANG Ya ̄ting1ꎬ LU Chuan ̄
qiang1ꎬ WANG Jian ̄feng1ꎬ ZHAN Gang ̄ming1ꎬ WANG Bao ̄tong1ꎬ KANG Zhen ̄sheng1ꎬ YANG Min ̄na2ꎬ
PENG Yue ̄lin2ꎬ LIU Tai ̄guo3ꎬ CHEN Wan ̄quan3ꎬ HU Xiao ̄ping1 ( 1College of Plant Protection and State Key
Laboratory of Crop Stress Biology of Drought Regionsꎬ Northwest A&F Universityꎬ Yangling 712100ꎬ Chinaꎻ 2Plant Science and
Technology of Tibet Agricultural and Animal Husbandry Collegeꎬ Linzhi 860000ꎬ Chinaꎻ 3 Institute of Plant Protectionꎬ Chinese
Academy of Agricultural Sciences / State Key Laboratory for Biology of Plant Diseases and Insect Pestsꎬ Beijing 100193ꎬ China)
Abstract: One thousand and three hundred ninety one wheat stripe rust samples were collected from 29 counties
in Gansuꎬ Sichuanꎬ Shaanxiꎬ and Tibetꎬ China during spring of 2009-2010. Nine hundred and sixty one isolates
of Puccinia striiformis f. sp. tritici were recovered from those samples. Population genetic diversity of the
P. striiformis f. sp. tritici population containing 961 isolates was investigated with SSR technique. The results
demonstrated that the genetic diversity of Tianshuiꎬ Pingliang and Longnan populations in Gansuꎬ and Abaꎬ
Guangyuan populations in Sichuan was much higher than that in other regions. Howeverꎬ the genetic diversity of
Yibinꎬ Liangshan in Sichuanꎬ and Linzhi in Tibet was lower than that in other regions. AMOVA of SSR was
carried out using Arlequin software. Results showed that main genetic variation presented mainly within
populations. Populations in inland (Gansuꎬ Shaanxiꎬ and Sichuan) had extensive gene exchange (Nm>4)ꎬ and
little gene exchange was found between Tibet and inland (Nm <1) . The Structure and cluster analysis also
indicated that there was almost no gene exchange between Tibet and inland populations. The frequent gene
exchange was found between populations of Baoji in Shaanxi and Pingliang in Gansuꎬ among populations of
2期 马丽杰ꎬ等:西藏林芝与内地小麦条锈菌分子群体遗传结构及菌源关系
Hanzhong in Shaanxiꎬ Longnan and Tianshui in Gansuꎬ and Guangyuan in Sichuan. There was a certain gene
exchange among populations of Yibin and Liangshan in Sichuan with Aba in Sichuanꎬ Hanzhong in Shaanxiꎬ
and Longnan in Gansu. We preliminary argue that the population of P. striiformis f. sp. tritici in Tibet may be an
independent from other populations under study.
Key words: Puccinia striiformis f. sp. trticiꎻ Tibetꎻ population genetic structureꎻ SSR
中图分类号: S435.121 文献标识码: A 文章编号: 0412 ̄0914(2015)02 ̄0188 ̄10
小麦条锈菌(Puccinia striiformis f. sp. tritici)
引起的小麦条锈病是世界性大病害ꎬ也是我国冬小
麦最重要的病害和主要防治对象[1]ꎮ 我国学者已
对小麦条锈病在西北、华北、西南主要流行区的条
锈菌群体遗传多样性和遗传结构进行了广泛而深
入的研究ꎬ明确了我国小麦条锈菌保持着较高的遗
传多样性水平[2-9]ꎬ各种群间存在着差异ꎬ群体间
和群体内都存在着一定的遗传分化ꎬ遗传变异主要
存在于群体内部ꎬ并且发现个别种群间基因交流频
繁ꎬ存在共享指纹现象[8]ꎬ证明了西北越夏区和川
西北越夏区存在着一定的基因交流ꎬ提供了中国小
麦条锈菌远距离传播的分子证据[9]ꎮ
西藏地区位于我国西南边陲ꎬ青藏高原的西南
部ꎬ平均海拔 4000 m以上ꎬ南隔喜马拉雅山脉与印
度、尼泊尔、锡金、不丹、缅甸等国接壤ꎮ 北部和东
部与青海、四川、云南等省区为邻ꎮ 长期以来ꎬ由于
西藏地区地理位置和交通等方面的原因ꎬ对于西藏
小麦条锈病的研究较少ꎮ 1990 ̄1993 年期间ꎬ
Li等[10]和Wang等[11~14]对西藏小麦条锈病进行了
阶段性研究ꎬ基本弄清了西藏小麦条锈病流行规
律、品种抗病性变异原因ꎬ开展了综合防治技术等
方面的研究ꎮ 关于西藏小麦条锈菌的群体遗传多
样性及其与内地菌源交流关系尚未见报道ꎬ仅有的
群体遗传多样性研究也由于采集标样数量少而代
表性可能不足[6ꎬ15]ꎮ 本研究利用 SSR 标记对从甘
肃、四川、陕西、西藏四省(区)不同地区采集到的
961个小麦条锈菌标样进行群体遗传多样性研究ꎬ
以期全面、深入的了解西藏小麦条锈菌的遗传多样
性及其与内地菌源间的群体遗传特征和演化关系ꎬ
对完善我国小麦条锈病流行区域划分和条锈病大
区流行规律ꎬ制定针对西藏小麦抗病育种和小麦条
锈病防治策略提供技术支撑ꎮ
1 材料与方法
1.1 标样采集与菌种繁殖
2009 ̄2010年春季ꎬ作者从甘肃省平凉市崆峒
区ꎬ天水市秦州区、麦积区和秦安县ꎬ陇南市文县和
武都区ꎬ陕西省宝鸡市陇县、陈仓区、千阳县和凤翔
县ꎬ汉中市宁强县和勉县ꎬ安康市汉滨区ꎬ四川省阿
坝州九寨沟县、松潘县和黑水县ꎬ广元市剑阁县和
元坝县ꎬ绵阳市梓潼县ꎬ成都市金堂县ꎬ凉山州德昌
县和会理县ꎬ宜宾市宜宾县、屏山县和翠屏县ꎬ西藏
林芝地区米林县、林芝县、波密县和工布江达县ꎬ采
集到小麦条锈病标样共计 1 391 份(表 1)ꎬ在感病
品种铭贤 169上采用单孢子堆接种隔离繁殖ꎬ共繁
殖获得了 961 个菌株ꎬ收集新鲜夏孢子并真空封
存ꎬ于-80 °C保藏备用ꎮ
1.2 基因组 DNA的提取
参考 Chen 等的方法[16]进行ꎮ
1.3 PCR产物的扩增及检测
采用 10对 SSR引物(表 2)对小麦条锈菌基因
组 DNA进行扩增ꎬPCR反应体系及扩增反应程序
参照 Chen 等的方法[16]进行ꎬ扩增产物经 6%变性
聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳分离和银染显示ꎮ
1.4 统计分析
电泳图谱中的每一条带视为一个分子标记ꎬ并
代表一个引物的结合位点ꎮ 根据条带确定产物分
子量ꎬ排除模糊不清和无法准确标识的条带ꎬ构建
0ꎬ1 二元数据矩阵ꎮ 利用 POPGENE version 1.32
软件[18]计算多态性条带数 NP、多态性条带百分率
P、等位基因观测数 Na、有效等位基因数 Ne、基因
多样性指数 H、Shannon 信息指数 I、Nei 的遗传距
离 Dstꎮ 应用 Nei[19]基因多度法计算遗传分化系
数 GstꎬGst =Dst / HtꎬDst =Ht ̄HsꎬHt 为总遗传多样
性ꎬHs 为群体内遗传多样性ꎬDst 为群体间遗传多
样性ꎮ 按照Wright的遗传分化指数 Fst法[20]计算
反映基因流强度的居群每代迁移数(Nm)ꎬ其关系
为:Nm(W) = (1 ̄Fst) / 4 Fstꎬ在多态位点的前提
下ꎬFst 可认为等同于 Gst[21]ꎮ 利用 DCFA1.1 统计
981
植物病理学报 45卷
Table 1 Regionꎬ number and elevation of samples of Puccinia striiformis f. sp. tritici
Province Region No. County
No. of samples
collected
No. of isolates
recovered
Altitude / m
Gansu Tianshui
1
2
3
Qinzhou
Qinan
Maiji
72
33
36
1 320-1 750
Pingliang 4 Kongtong 49 1 100-1 600
Longnan
5
6
Wenxian
Wudu
56
31
800-2 100
Sub ̄total - 347 277 -
Sichuan Aba
7
8
9
Jiuzaigou
Songpan
Heishui
24
24
23
2 850-3 000
Liangshan
10
11
Dechang
Huili
16
42
1 100-1 700
Guangyuan
12
13
Yuanba
Jiange
9
22
Mianyang 14 Zitong 18
Chengdu 15 Jintang 28 450-900
Yibin
16
17
18
Yibin
Pingshan
Cuiping
7
30
10
550-950
Sub ̄total - 349 253 -
Shaanxi Baoji
19
20
21
22
Longxian
Chencang
Qianyang
Fenxiang
26
20
20
28
700-1 100
Hanzhong
23
24
Ningqiang
Mianxian
26
30
300-550
Ankang 25 Hanbin 22
-
Sub ̄total - 200 172 -
Tibet Linzhi
26
27
28
29
Miling
Linzhi
Bomi
Gongbujiangda
94
69
91
5
2 450-3 760
Sub-total - 495 259 -
Total - 1391 961 -
091
2期 马丽杰ꎬ等:西藏林芝与内地小麦条锈菌分子群体遗传结构及菌源关系
Table 2 Primers of SSR ̄PCR
Primer name Primer sequence 5′ ̄3′ Annealing temperature / °C Primer sequence origin
CPS08F
CPS08R
GATAAGAAACAAGGGACAGC
CAGTGAACCCAATTACTCAG
55 [16]
CPS09F
CPS09R
CGGGAGAAGACCTGAGC
AGAAAACGGAATGTAATGTG
58 [16]
CPS10F
CPS10R
TCTACTGGGCAGACTGGTC
CGGTTTGTTTTGTCGTTTC
56 [16]
CPS15F
CPS15R
GATGGGGAAAAGTAAGAAGT
GGTGGGGGATGTAAGTATGTA
58 [16]
CPS34F
CPS34R
GTTGGCTACGAGTGGTCATC
TAACACTACACAAAAGGGGTC
58 [16]
CPS36F
CPS36R
TCCAGGCAGTAAATCAGACGC
ATCAGCAGGTGTAGCCCCATC
54 [16]
RJ18F
RJ18R
CTGCCCATGCTCTTCGTC
GATGAAGTGGGTGCTGCTG
56 [17]
RJ20F
RJ20R
AGAAGATCGACGCACCCG
CCTCCGATTGGCTTAGGC
56 [17]
RJ21F
RJ21R
TTCCTGGATTGAATTCGTCG
CAGTTCTCACTCGGACCCAG
58 [17]
RJ24F
RJ24R
TTGCTGAGTAGTTTGCGGTGAG
CTCAAGCCCATCCTCCAACC
54 [17]
软件[22]统计群体间共享 SSR 表现型类型及数量ꎮ
利用 Arlequin3.11软件[23]中的 AMOVA 评价基因
多样性在群体间、群体内、区域间的差异和贡献ꎮ
根据 POPGENE version 1.32 软件计算获得的相似
系数ꎬ用 NTSYSpc ̄2. 11F 软件 SHAN 程序中的
UPGMA方法进行聚类分析ꎬ并通过 Tree plot模块
生成聚类图ꎮ 同时使用 Structure 2.3.4 软件[24]对
961个菌株 SSR数据按照 K 值(分类数)从 3 ̄5进
行分析ꎮ 使用 DAPC ( Discriminant Analysis of
Principal Components)软件[25]进行群体分类的判
别主成分分析ꎮ
2 结果与分析
2.1 小麦条锈菌的遗传多样性水平
10对 SSR引物共扩增出 43个位点ꎬ其中多态
位点 43个ꎬ多态位点百分率为 100%ꎮ 每一对引物
扩增条带平均值为 4.30 个ꎬ多态性条带平均值为
2.92个ꎬ各引物所揭示的遗传多样性水平不同ꎬ整
体多态性水平较高ꎮ
不同群体的遗传多样性水平具有显著差异
(表 3)ꎮ 在物种水平上ꎬ观察等位基因数(Na)为
2.00ꎬ有效等位基因数目(Ne)为 1.46ꎬNei’ s 基因
多样性指数(H)为 0.27ꎬShannon 信息指数( I)为
0.42ꎮ 在群体水平上ꎬ多态位点百分率 ( P) 为
39.53%~81.40%ꎬ平均为 67.91%ꎬ观察等位基因数
(Na)为 1.40~1.81ꎬ平均为 1.68ꎬ有效等位基因数
目(Ne)为 1.17~1.36ꎬ平均为 1.27ꎬNei’s基因多样
性指数(H)为 0.10~ 0.21ꎬ平均为 0.17ꎬShannon 信
息指数( I)为 0.15 ~ 0.33ꎬ平均为 0.26ꎮ 甘肃天水
和陇南地区的群体遗传多样性水平相对较高ꎬ川西
南、川东南和西藏林芝地区的遗传多样性水平相对
较低ꎮ 利用 Arlequin 软件中的 AMOVA 方法分析
结果表明(表 4)ꎬ小麦条锈菌群体间和群体内存在
着一定的遗传分化ꎬ群体内的遗传变异占总变异的
80.83%ꎬ群体间遗传变异占 17.31%ꎬ地区间遗传变
异占 1.87%ꎬ遗传变异主要存在于群体内部ꎮ
191
植物病理学报 45卷
Table 3 Genetic diversity of Puccinia striiformis f. sp. tritici in Gansuꎬ Sichuanꎬ Shaanxi and Tibet
Population Na Ne H I NP P / %
Tianshui 1.81 1.36 0.21 0.33 35 81.40
Pingliang 1.65 1.27 0.17 0.27 28 65.12
Longnan 1.77 1.36 0.22 0.33 33 76.74
Aba 1.67 1.32 0.18 0.28 29 67.44
Liangshan 1.40 1.17 0.10 0.15 17 39.53
Guangyuan∗1 1.72 1.31 0.19 0.30 31 72.09
Yibin 1.47 1.18 0.12 0.19 20 46.51
Baoji 1.70 1.26 0.17 0.26 30 69.77
Hanzhong∗2 1.81 1.31 0.19 0.30 35 81.40
Linzhi 1.79 1.17 0.12 0.22 34 79.07
Population average level 1.68 1.27 0.17 0.26 29.2 67.91
Species level 2.00 1.46 0.27 0.42 43 100.00
Note: Na: Observed number of allelesꎻ Ne: Effective number of allelesꎻ H Nei’ s: Nei’ s gene diversity indexꎻ I Shannon:
Shannon’s Information indexꎻ NP: number of polymorphic lociꎻ P%: Proportion of polymorphic loci. ∗1Guangyuan population
including isolates from Yuanbaꎬ Jiangeꎬ Zitongꎬ and Jintang.
∗2Hanzhong population including isolates from Ningqiangꎬ Mianxianꎬ and Hanbin.
Table 4 Analysis of molecular variance (AMOVA) among and within Puccinia striiformis
f. sp. tritici populations from Gansuꎬ Sichuanꎬ Shaanxi and Tibet
Source of variance DF SS VC PV / % F ̄statistics P value
Among regions 3 399.31 0.09 1.87 FCT: 0.02 0.1789
Among populations 6 394.02 0.84 17.31 FSC: 0.18 <0.001
Within populations 951 3722.68 3.91 80.83 FST: 0.19 <0.001
Total 960 4516.02 4.84 100.00 - -
Note: DF=Degree of freedomꎬ SS = Sum of squaresꎬ VC = Variance componentsꎬ PV (%) = Percentage of variation. FST:
Genetic differences among populationꎻ FCT: Genetic differences among groups defined a prioriꎻ FSC: Genetic differences among
population within groups.
2.2 西藏与内地条锈菌群体间的菌源关系
SSR 标记结果揭示出西藏与内地总的遗传分
化系数(Gst)为 0.32ꎬ群体内遗传多样性占总群体
的 68%ꎬ群体间遗传多样性占总群体的 32%ꎬ群体
内多样性大于群体间多样性ꎬ也说明群体遗传变异
主要存在于群体内部ꎮ 甘肃、陕西、四川及西藏的
Gst值分别为 0.09、0.08、0.23 和 0.12ꎬ群体内的变
异分别为 91%、92%、77%和 88%ꎮ 从 Nm 参数可
以看出ꎬ甘肃、四川、陕西间的菌源交流十分频繁
(Nm>4)ꎬ但它们与西藏间菌源交流受到了一定阻
隔(Nm<1)(表 5)ꎮ
聚类分析结果表明ꎬ10 个种群可分为 2 个类
群ꎬ西藏的林芝地区为一个类群(Group B)ꎬ另外 9
个种群为一个类群(Group A)ꎻ其中 Group A 又可
分为两个亚群ꎬ即四川的川西南地区为一个亚群
(Subgroup B)ꎬ另外 8 个种群为一个亚群( Sub ̄
group A)(图 1)ꎮ 内地群体之间菌源交流频繁ꎬ遗
传距离较近ꎬ遗传相似性较高ꎬ而西藏林芝地区小
麦条锈菌与内地的遗传距离较远ꎬ遗传相似性
较低ꎮ
291
2期 马丽杰ꎬ等:西藏林芝与内地小麦条锈菌分子群体遗传结构及菌源关系
Table 5 Gene differentiation and gene flow of Puccinia striiformis f. sp. tritici within and
among geographical regions in Gansuꎬ Sichuanꎬ Shaanxi and Tibet
Gp Ht Hs Dst Gst Nm
Cansu 0.22 0.20 0.02 0.09 2.56
Sichuan 0.19 0.15 0.04 0.23 0.82
Shaanxi 0.19 0.18 0.01 0.08 2.78
Tibet 0.12 0.10 0.02 0.12 1.90
Cansu / Sichuan - - - - 6.17
Cansu / Shaanxi - - - - 7.55
Sichuan / Shaanxi - - - - 4.71
Cansu / Tibet - - - - 0.41
Sichuan / Tibet - - - - 0.39
Shaanxi / Tibet - - - - 0.38
Note: Gp: Geographical populationꎻ Ht: Gene diversity in the speciesꎻ Hs: Gene diversity within populationsꎻ Dst: Gene
diversity among populationsꎻ Gst: Population genetic differentiationꎻ Nm: Gene flow.
Fig. 1 UPGMA dendrogram of 10 natural populations of Puccinia striiformis f. sp. tritici
使用 Structure软件分析发现(图 2)ꎬ当 K值为
2时ꎬ961个菌株可分为 2 个类群ꎬ分别是红色代表
的西藏林芝类群和绿色代表的其他菌源类群ꎬ当 K
值为 3-5时ꎬ可将 961个菌株依次分为 3-5个类群ꎬ
但红色代表的西藏林芝类群一直保持独立ꎬ增加的
类群只是在绿色代表的其他菌源类群中进一步分
化ꎮ 从图 2可以看出ꎬ西藏林芝类群的遗传多样性
较其它类群的低ꎬ且与其它类群间几乎没有菌源交
流ꎻ而陕西宝鸡与甘肃平凉的菌源ꎬ以及汉中、陇南、
广元及天水间的菌源遗传多样性具有高度的一致
性ꎬ可能存在着频繁的菌源交流ꎬ而四川宜宾和凉山
与四川阿坝、陕西汉中和甘肃陇南间存的遗传多样
性一致性相对较低ꎬ可能存在着一定的菌源交流关
系ꎮ 主成分判别分析结果表明ꎬ从 Bayesian 信息准
则(BICꎬBayesian Information Criterion)判断ꎬ即最
佳的分类数应该定在分类数进一步增加时对BIC值
增减变化影响不大的数值上[25]ꎬ这 961个条锈菌应
该分为 2类ꎬ且它们之间没有重叠(图 3)ꎮ
391
植物病理学报 45卷
Fig. 2 Bayesian clustering of 961 Puccinia striiformis f. sp. tritici SSR loci
K: Cluster numberꎻ 1-31: Stand for sampling locations (Table 1) .
Fig. 3 Discriminant analysis of principal
components of SSR loci from 961
Puccinia striiformis f. sp. tritici
isolates
Blueꎬ stands for isolates from Linzhiꎬ Tibetꎻ Redꎬ stands for
isolates from other regions.
3 讨论
传统的病原菌毒性鉴定及病害调查方法对控
制病害的流行起到了十分重要的作用[22]ꎬ但是小
麦条锈菌传统的毒性小种鉴定因受寄主抗病基因
的限制ꎬ毒性标记只代表了病菌群体内遗传变异中
很少的一部分ꎬ不能完全反映遗传本质ꎬ因此毒性
鉴定应用于遗传结构分析时具有一定的局限
性[26]ꎬ而 DNA的 SSR 标记通常在遗传上是中性
的ꎬ可用于反映病菌菌系间的亲缘关系ꎮ 分子遗传
标记体系的研究可以更加清楚地认识条锈菌的群
体遗传结构及其动态[2~9ꎬ 27ꎬ 28]ꎬ揭示其毒性变异和
进化规律ꎮ
本研究所涉及的地区是我国小麦条锈病的易
发区[29]ꎬ利用 SSR 分子标记对小麦条锈菌进行群
体遗传分析ꎬ研究结果表明ꎬ甘肃天水、平凉、陇南ꎬ
陕西的宝鸡及汉中ꎬ四川的阿坝和广元等地小麦条
锈病菌的遗传多样性比较丰富ꎬ而四川的宜宾及凉
491
2期 马丽杰ꎬ等:西藏林芝与内地小麦条锈菌分子群体遗传结构及菌源关系
山、西藏林芝地区的 Nei’s基因多样性指数均小于
0.15ꎬ遗传多样性水平相对较低ꎮ 各群体间小麦条
锈菌遗传多样性水平存在差异ꎬ群体间和群体内都
存在着一定的遗传分化ꎬ遗传变异主要存在于群体
内部ꎬ这与文献[3ꎬ 8ꎬ 30]关于我国小麦条锈菌种群结
构的研究结果相一致ꎮ 出现此种情况的原因可能
是来自条锈菌的突变、异核现象或准性生殖ꎬ甚至
有可能存在有性杂交的情况[31]ꎮ
Wang[11]曾对西藏小麦条锈病做了比较全面
的研究ꎬ认为西藏地区小麦条锈菌周年侵染循环以
本地循环为主ꎬ而西藏林芝地区的小麦条锈病菌既
可以越夏又可以越冬可在当地完成周年侵染循环ꎬ
林芝地区的地理位置又十分特殊ꎬ推测西藏林芝地
区很有可能是一个相对独立的群体ꎬ这与 Hu
等[32]通过生理小种组成的研究结果基本一致ꎮ 但
生理小种是依据其在鉴别寄主上引起的反应型而
划分的ꎬ不能全面反映其遗传本质ꎬ据此来分析群
体遗传结构有一定的局限性[33]ꎮ Kuang 等[6ꎬ15]曾
对西藏、四川、云南所采集的 70个条锈菌标样通过
AFLP分析ꎬ得出西藏条锈病菌是一个相对独立的
类群ꎬ具有其独特的毒性和遗传类型ꎬ认为西藏条
锈病菌和四川地区有一定的亲缘关系ꎬ存在着菌源
交流的可能性ꎮ 我们通过对西藏、四川、陕西、甘肃
等小麦条锈病易发区进行大规模采样ꎬ采用 SSR
分子标记技术条锈菌的群体遗传结构及菌源关系
进行了比较研究ꎬ结果发现西藏与四川、陕西、甘肃
条锈菌群体间几乎没有菌源交流(Nm<1)ꎬ这可能
与西藏林芝地区的地形地貌有一定的关系ꎬ林芝位
于平均海拔在 5500 m以上的昆仑山脉的西南ꎬ平均
海拔在 4 100 m 以上的横断山脉的西部ꎬ在西藏林
芝与内地间形成了一个天然的屏障(图 4)ꎮ 而陕
西、甘肃、四川的Nm值均大于4(表5) ꎬ表明三地
Fig. 4 Sampling site and topography map of Linzhi. solid black
Dot: Sampling siteꎻ Red ribbon: Mountain. Black dotꎬ stands for sampling regions.
591
植物病理学报 45卷
间存在着频繁的菌源交流关系ꎮ 从图 2 可以进一
步看出ꎬ这种菌源交流关系主要体现在宝鸡与平凉
间的菌源交流ꎬ以及汉中、陇南、广元及天水间的菌
源交流ꎮ 从图 1聚类分析结果中可以看出ꎬ甘肃陇
南菌源与陕西宝鸡、甘肃平凉菌源遗传关系更近ꎬ
但陇南的采集标样地点主要集中在武都和文县ꎬ更
靠近四川ꎬ与平凉和宝鸡地理距离相对较远ꎬ他们
之间的菌源交流关系尚需研究确认ꎮ
西藏林芝地区位于西藏自治区东南部ꎬ东部和
北部分别与昌都地区、那曲地区相连ꎬ西部和西南
部分别与拉萨、山南两地市相连ꎬ南部与印度、缅甸
两国接壤ꎬ西藏是否与印度、缅甸、尼泊尔等邻国ꎬ
以及与拉萨及山南地区的小麦条锈病菌间存在着
交流关系ꎬ需要进一步研究证实ꎮ
参考文献
[1] Shang H S. Wheat stripe rusts and its control ( in Chi ̄
nese) [M] . Beijing: Jindun Publishing House(北京:
金盾出版社)ꎬ 2008.
[2] Shan W Xꎬ Chen S Yꎬ Kang Z S. Genetic diversity in
Puccinia striiformis Westend. f. sp. tritici revealed by
pathogen genome ̄specific repetitive sequence [ J ] .
Canadian Journal of Botanyꎬ 1998ꎬ 76: 587-595.
[3] Wang J Fꎬ Chen C Qꎬ Lu N Hꎬ et al. SSR analysis of
population genetic diversity of Puccinia striiformis f.
sp. tritici in Sichuan provinceꎬ China [ J] . Mycosys ̄
tema(菌物学报)ꎬ 2010ꎬ 29(2):206-213.
[4] Liu X Fꎬ Huang Cꎬ Sun Z Yꎬ et al. Analysis of
population structure of Puccinia striiformis in Yunnan
Province of China by using AFLP [ J ] . European
Journal of Plant Pathologyꎬ 2011ꎬ 129: 43-55.
[5] Wang Y Tꎬ Yang M Nꎬ Lu C Qꎬ et al. Molecular
population genetic structure of Puccinia striiformis f.
sp. tritici in Nyingchi of Tibet [J] . Journal of Triticeae
Crops(麦类作物学报)ꎬ2012ꎬ32(5):880-884.
[6] Kuang W Jꎬ Zhang Z Yꎬ Ji H Lꎬ et al. Population di ̄
versity of Puccinia striiformis in Linzhi of Tibet[ J] .
Southwest China Journal of Agricultural Sciences(西南
农业学报)ꎬ2012ꎬ25(5):1668-1673.
[7] Wang J Fꎬ Lu N Hꎬ Chen C Qꎬ et al. Analysis of pop ̄
ulation genetic structure of Puccinia striiformis f. sp.
tritici in Shaanxi[J] . Acta Phytopath. Sin. (植物病理
学报)ꎬ 2013ꎬ 43(3): 294-300.
[8] Chen C Q. Molecular population genetic structure of
Puccinia striiformis f. sp. tritici in China ( in Chinese)
[D] . Northwest Agriculture & Forestry University(西
北农林科技大学)ꎬ 2008.
[9] Lu N Hꎬ Wang J Fꎬ Chen X Mꎬ et al. Spatial genetic
diversity and interregional spread of Puccinia striifor ̄
mis f. sp. tritici in Northwest China [ J] . Eur. J Plant
Pathol.ꎬ 2011ꎬ 131(4): 685-693.
[10] Li X Zꎬ Wang Z H. Study on infection cycle rule of
wheat crops Puccinia striiformis in nurseries in Tibet
( in Chinese ) [ J ] . Tibet Journal of Agricultural
Sciences(西藏农业科技)ꎬ 1990ꎬ (1): 61-64.
[11] Wang Z H. Oversummering and overwintering of Puc ̄
cinia striiformis west in Tibet ( in Chinese ) [ J ] .
Southwest China Journal of Agricultural Sciences(西南
农业学报)ꎬ 1992ꎬ 5(1): 64-68.
[12] Wang Z Hꎬ Wang M. Analysis on variability of
resistance to wheat stripe rust of varieties in nurseries in
tibet on 1986 - 1992 ( in Chinese) [ J] . Southwest
China Journal of Agricultural Sciences (西南农业学
报)ꎬ 1992ꎬ 5(4): 88-92.
[13] Wang Z H. Regional epidemics of stripe rust on barley
and wheat in Tibet ( in Chinese) [J] . Southwest China
Journal of Agricultural Sciences (西南农业学报)ꎬ
1992ꎬ 5(2): 79-84.
[14] Wang Z H. Epidemiology and the comprehensive
prevention and control of wheat stripe rust in Tibet ( in
Chinese) [ J] . Tibet Journal of Agricultural Sciences
(西藏农业科技)ꎬ 1993ꎬ 15(2): 6-11.
[15] Kuang W J. Population diversity of Puccinia striiformis
f. sp. tritici in Tibet ( in Chinese) [ D] . Sichuan
Agricultural University(四川农业大学)ꎬ 2010.
[16] Chen C Qꎬ Zheng W Mꎬ Huang L Lꎬ et al. Isolation
of microsatellite loci from expressed sequence tags
(ESTs) library of Puccinia striiformis f. sp. tritici
[J] . Mol. Ecol. Resour.ꎬ 2009ꎬ (9):236-238.
[17] Enjalbert Jꎬ Duan X Yꎬ Giraud T. Isolation of twelve
microsatellite lociꎬ using an enrichment protocol in the
phytopathogenic fungus Puccinia striiformis f. sp. triti ̄
ci [J] . Mol. Ecol. Notesꎬ 2002ꎬ (2):563-565.
[18] Yeh F Cꎬ Yang R Cꎬ Boyle T B J. POPGENEꎬ the
691
2期 马丽杰ꎬ等:西藏林芝与内地小麦条锈菌分子群体遗传结构及菌源关系
user-friendly share are for population genetic analysis
[J] . Molecular Biotechnology Centerꎬ 1997ꎬ 24: 112
-118.
[19] Nei M. Molecular Evolutionary Genetics [M] . New
York: Columbia University Pressꎬ 1987.
[20] Wright S. The genetical structure of population [ J] .
Annual Eugeneticsꎬ 1951ꎬ 15: 323-354.
[21] Culley T Mꎬ Wallace L Eꎬ Gengler-Nowak K Mꎬ et
al. comparison of two methods of calculating GSTꎬ a
genetic measure of population differentiation [ J ] .
American Journal of Botanyꎬ 2002ꎬ 89(3): 460-465.
[22] Zhang F Mꎬ Ge S. Data analysis in population genetics
I. Analysis of RAPD data with AMOVA ( in Chinese)
[J] . Biodiversity Science (生物多样性)ꎬ 2002ꎬ 10
(4): 438-444.
[23] Excoffier L Gꎬ Lavalꎬ Schneider. Arlequin ver. 3. 0:
an integrated software package for population genetics
data analysis [J] . Evolutionary Bioinformaticsꎬ 2005ꎬ
(1): 47-50.
[24] Pritchard J Kꎬ Stephens Mꎬ Donnelly P. Inference of
population structure using multilocus genotype data
[J] . Geneticsꎬ 2000ꎬ 155: 945-959.
[25] Jombart Tꎬ Devillard Sꎬ Balloux F. Discriminant
analysis of principal components: a new method for the
analysis of genetically structured populations [ J ] .
BMC Geneticsꎬ 2010ꎬ 11:94.
[26] Wan A Mꎬ Niu Y Cꎬ Wu L Rꎬ et al. Physiologic
specialization of stripe rust of wheat in china during
1991- 1996 ( in Chinese) [ J] . Acta Phytopath. Sin.
(植物病理学报)ꎬ 1999ꎬ 29(1): 15-21.
[27] Chen Xꎬ Line R Fꎬ Leung H. Relationship between
virulence variation and DNA polymorphism in Puccinia
striiformis [J] . Phytopathologyꎬ 1993ꎬ 83(12): 1489
-1497.
[28] Enjalbert Jꎬ Duan Xꎬ Giraud Tꎬ et al. Isolation of
twelve microsatellite lociꎬ using an enrichment protocol
in the phytopathogenic fungus Puccinia striiformis
f. sp. tritici [ J] . Molecular Ecology Notesꎬ 2002ꎬ 2:
563-565.
[29] Zeng S M. On the mathematical analysis of the epiphy ̄
totics of wheat stripe rust ( in Chinese) [J] . Acta Phy ̄
tophyl. Sin. (植物保护学报)ꎬ 1962ꎬ 1(1): 35-48.
[30] Lu N Hꎬ Zheng W Mꎬ Wang J Fꎬ et al. SSR analysis
of population genetic diversity of Puccinia striiformis
f. sp. tritici in Longnan region of Gansu ( in Chinese)
[ J] . Scientia Agricultura Sinica (中国农业科学)ꎬ
2009ꎬ 42(8): 2763-2770.
[31] Duan Xꎬ Tellier Aꎬ Wan Aꎬ et al. Puccinia striiformis
f. sp. tritici presents high diversity and recombination
in the over ̄summering zone of Gansuꎬ China [ J] .
Mycologiaꎬ 2010ꎬ 102: 44-53.
[32] Hu Xꎬ Li Jꎬ Wang Yꎬ et al. Race composition of
Puccinia striiformis f. sp. tritici in Tibetꎬ China [ J] .
Plant Diseaseꎬ 2012ꎬ 96: 1615-1620.
[33] Wan A Mꎬ Niu Y Cꎬ Wu L Rꎬ et al. Physiologic
specialization of stripe rust of wheat in china during
1991 ̄1996 ( in Chinese) [ J] . Acta Phytopath. Sin.
(植物病理学报)ꎬ 1999ꎬ 29(1): 15-21.
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