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A Study on Genetic Diversity of Populus tremula in China by Single-copy Nuclear Markers

应用单拷贝核基因标记研究我国欧洲山杨自然居群的遗传多样性



全 文 :林业科学研究 2016,29(1):48 52
ForestResearch
  文章编号:10011498(2016)01004805
应用单拷贝核基因标记研究我国欧洲山杨自然
居群的遗传多样性
杜淑辉1,2,王兆山1,保尔江·阿布都哈米提3,邢世岩2,张建国1
(1.国家林业局林木培育重点实验室,中国林业科学研究院林业研究所,北京 100091;2.山东农业大学林学院,山东 泰安 271000;
3.新疆阿勒泰地区林业科学研究所,新疆 阿勒泰 836500)
收稿日期:20150105
基金项目:国家自然科学基金(31470665)、北京市优秀博士学位论文指导教师科技项目、江苏省高等教育联合创新计划
作者简介:杜淑辉(1985—),男,山东泰安人,山东农业大学林学博士后科研流动站,博士,从事林木种群遗传学研究。
 通讯作者:邢世岩xingsy@sdau.edu.cn、张建国zhangjg@caf.ac.cn
摘要:[目的]对分布于我国新疆地区欧洲山杨自然居群的遗传多样性与遗传分化进行研究。[方法]对4个欧洲山
杨自然居群共72个个体的6个单拷贝核基因标记(singcopynuclearmarkers)进行扩增与测序,并计算相应的遗传
多样性和遗传分化参数。[结果]表明:比对后6个基因的长度在459bp到747bp之间,平均多态核苷酸位点个数
为14,遗传多样性指数π和θw分别达到了0.0048和0.0044,基因多样性指数为0.73,以上结果表明欧洲山杨表
现出较高的遗传多样性水平。Tajima中性检验结果均不显著,表明所用6个单拷贝核基因均符合中性进化假设。
AMOVA分析表明89.72%的遗传变异存在于居群内,居群间的平均遗传分化指数 Fst为0.10,居群间平均基因流
(Nm)为3.235。[结论]高度异交,高碱基突变率及超长距离的基因流机制能够很好的解释我国新疆地区欧洲山杨
表现出的较高的遗传多样性水平与较低水平的遗传分化。
关键词:新疆;欧洲山杨;单拷贝核基因标记;遗传多样性;遗传分化
中图分类号:S71846 文献标识码:A
AStudyonGeneticDiversityofPopulustremulainChinaby
SinglecopyNuclearMarkers
DUShuhui1,2,WANGZhaoshan1,BAOERJIANGAbuduhamiti3,XINGShiyan2,ZHANGJianguo1
(1.KeyLaboratoryofTreeBreedingandCultivation,StateForestryAdministration,ResearchInstituteofForestry,ChineseAcademyofForestry,
Beijing 100091,China;2.ColegeofForestry,ShandongAgriculturalUniversity,Tai’an 271000,Shandong,China;
3.AltayResearchInstituteofForestry,Altay 836500,Xinjiang,China)
Abstract:[Objective]ThispaperaimsatinvestigatingthegeneticdiversityandgeneticdiferentiationofPopulus
tremuladistributedinXinjiang,China.[Method]Sixsinglecopynucleargenemarkersof72P.tremulaindividu
alsfrom4populationsinXinjiangwereamplifiedandsequenced.Theparametersofgeneticdiversityandgenetic
diferentiationwerecalculated.[Result]Afteraligning,thelengthofthesixgenesrangedbetween459bpand747
bpandtheaveragenumberofpolymorphismsiteswas14.Diversityparameters,πandθw,reached0.0048and
00044,respectively.Themeanvalueofgenediversitywas0.73.Theseindicatedhighlevelofgeneticdiversityof
P.tremula.TheresultsofNeutraltestsusingTajima’sDwerenotsignificant,whichindicatedalthesixgenesdid
notviolatefromneutrality.TheresultsofAMOVAanalysisshowedthat89.72% ofthetotalvarianceexistedwithin
populations.TheaveragegeneticdiferentiationparameterFstandgeneflowamongpopulationsreached0.10and
3235,respectively.[Conclusion]Highlevelofoutcrossingrateandnucleotidemutationrateaswelaslongdis
tancedispersalseedcontributedtothehighlevelofgeneticdiversityandlowgeneticdiferentiationinP.tremulain
第1期 杜淑辉,等:应用单拷贝核基因标记研究我国欧洲山杨自然居群的遗传多样性
Xinjiang,China.
Keywords:Xinjiang;Populustremula;singcopynuclearmarkers;geneticdiversity;geneticdiferentiation
欧洲山杨(PopulustremulaL.)是杨柳科(Sali
caceae)杨属(Populus)白杨派(sectionPopulus)代表
物种之一,为落叶植物,广泛分布于西伯利亚,高加
索及欧洲地区,而在我国只分布于新疆阿尔泰、塔
城,天山东部北坡至西部伊犁山区。欧洲山杨染色
体数目2n=38,高度异交,根系发达,主要靠根蘖繁
殖,也可靠种子繁殖,花粉和种子扩散能力强[1]。近
年来,针对分布于欧洲地区的欧洲山杨遗传多样性
及遗传分化的研究不断增多。Ingvarsson[2-3]利用
77个核基因位点对分布于欧洲地区的14个欧洲山
杨自然居群进行了研究,结果表明欧洲山杨表现出
高水平的遗传多样性。Fussi等 [4]利用叶绿体标记
的研究也得到了类似的结果。然而,目前国内外对
分布于我国新疆地区欧洲山杨自然居群遗传多样性
与遗传分化的研究还未见报道,对欧洲山杨自然居
群遗传多样性的研究,一方面可以为合理构建核心
种质,制定种质资源保存和利用策略及资源的可持
续利用提供依据,另一方面也可以为种质创新奠定
基础。
单拷贝核基因(sinelgcopynucleargenes)由于
易于扩增测序、多态核苷酸位点多、不存在基因复
制、谱系分选等优点[5],现已广泛应用于植物种群遗
传学的研究[6-7]。毛果杨(P.trichocarpa)全基因组
数据的公布[8],使得利用生物信息学的方法开发杨
属内单拷贝核基因标记成为可能[9]。因此,本研究
利用单拷贝核基因标记对分布于我国新疆地区的4
个欧洲山杨自然居群进行分析,旨在揭示其遗传多
样性与遗传分化水平,为欧洲山杨引种、育种策略的
科学制定和种质资源的有效保护及利用提供理论
依据。
1 材料与方法
1.1 试验材料
2011年5月份对新疆地区欧洲山杨进行了采
样,总共采集4个居群72个个体的样品,具体居群
编号、采样地点、样品个数等信息见表1。采样时选
取居群内生长势良好,无病虫害的单株。采样时尽
量覆盖整个居群,每个居群随机选择样品 10 20
个左右,相邻株间至少相距100m左右。每个个体
采集新鲜叶片保存于变色硅胶中,带回实验室用于
DNA的提取。
表1 欧洲山杨自然居群采样信息
居群 地点 样品个数 经纬度 海拔/m
ES 新疆自治区哈巴河县 HabaheXinjiang 17 48°22′N,85°56′E 744
SS 新疆自治区布尔津县 BuerjinXinjiang 23 47°42′N,86°50′E 472
TS 新疆自治区天山 TianshanXinjiang 20 43°47′N,87°37′E 895
AS 新疆自治区阿勒泰县 AletaiXinjiang 12 47°58′N,88°11′E 1305
1.2 试验方法
采用改良的 CTAB法提取 DNA[10]。所提 DNA
经1.5%琼脂糖凝胶电泳检测,并用分光光度法定
量后,于-20℃保存备用。6个单拷贝核基因标记
的详细信息见表2。PCR扩增采用30μL的反应体
系:50ngDNA,Mg2+2.0mmol·L-1、dNTP0.24
mmol·L-1、引物0.24μmol·L-1、Taq酶1.5U。所
有试剂均为北京天根试剂有限公司生产。PCR扩增
程序为:94℃预变性4min;94℃变性30s,退火90s
(退火温度随引物而定,见表2),72℃延伸90s,30
个循环;72℃延伸 10min;10℃保存。扩增产物用
18%琼脂糖凝胶电泳检测,GBOX紫外凝胶成像
系统观察,拍照记录。扩增产物采用 DNA纯化试剂
盒(AmershamPharmaciaBiotech,Piscataway,USA)纯
化后利用 ABI3730DNAanalyzer(AppliedBiosys
tems,FosterCity,California,USA)直接测序。扩增和
测序采用相同引物。对于个别个体直接测序结果出
现套峰的标记位点,采用克隆测序。PCR产物经纯
化后连接至 pGEM-TeasyVectorSystemⅡ(Pro
mega,Madison,WI,USA),每个样品随机选取6 12
个阳性克隆使用通用引物 SP6(5′ATTTAGGTGA
CACTATAG3′)和 T7(5′TAATACGACTCACTAT
AGGG3′)进行双向测序。
94
林 业 科 学 研 究 第29卷
表2 引物序列及退火温度
基因 引物序列 (5’3’)
染色体
位置
退火温
度/℃
参考
文献
DSH3 F:TCTGCTTTCCACTTCTTGC VI 55
R:CATACTCTCCCATTGTCCC
DSH5 F:TGGCAGAATCACCAGACCCTC XI 59
R:CCAATTTAGCATCTTCAGCCTCAT
DSH6 F:GCCTCCTGATTATTATGC XV 54
R:TATTACAAGCCCTTCCAG [9]
DSH7 F:TGTCCACAAACGCATCC XVI 58
R:CAAACTTTACCACCCCA
DSH12
F:CACCACATCCCGCTTTCTCTCTTC
ACTT
I 57
R:TAAACCCCAGGAGGCAAAACAG
CACCAG
DSH21F:CATGCTTATGAAGGTGTGGGCTT XVI 53
R:TGCAAACATCTCACTGGTGACTG
1.3 数据统计与分析
序列数据采用 CLUSTALX[11]进行比对并利用
BioEdit[12]进行手工校正,输出用于后续分析的
FSTAT格式数据文件。利用 Dnasp5.10[13]对每个
基因的 FSTAT数据文件进行 PHASE运算(运算次
数10000次,预热100次)并计算多态核苷酸位点
数目(S)、基因多态性(Hd)
[14]、居群间基因流
(Nm)[15]和 Tajima’sD中性检验(显著性检验由
1000次联合模拟计算得到)[16]。遗传多样性水平
使用一对序列间每碱基平均差异值 π[17]和基于多
态核苷酸位点数目S的Waterson’s参数θw
[18]来衡
量,以上两个参数也由 Dnasp5.10计算得到。全部
计算完成后,由 Dnasp5.10导出软件 Arlequin3.5.
1.3[19]需要的ARF文件格式并利用Arlequin3.5.1.
3中的分子方差分析(AMOVA)计算在每个基因上
物种内居群间以及居群内差异对总变异的贡献率
(显著性检验利用1000次重复模拟得到)和居群间
的遗传分化指数Fst
[15],显著性检验同样利用1000
次重复模拟得到。
2 结果与分析
2.1 欧洲山杨自然居群遗传多样性
经过扩增测序,得到了欧洲山杨4个自然居群
72个个体在6个单拷贝核基因的全部序列。比对
后序列长度在459bp到747bp之间。在6个核基
因中,多态核苷酸位点数目从11个到17个不等,基
因多样性从0.57到0.85,平均值为0.73,各居群间
基因流的平均值达到了3.235。多样性指数π和θw
的计算结果表明,DSH5的 π值最高,为 0.0072,
DSH7的π值最低,为0.0023,6个基因π的平均值
达到了0.0048;DSH6的 θw值最高为 0.0057,而
DSH21的θw最低,为0.0039,6个基因θw的平均值
为0.0044。Tajima’sD检验结果均不显著(P>0.
05),表明所选基因均符合中性进化假设(表3)。
表3 各位点遗传多样性计算结果
基因 长度L
多态位点数目

核苷酸多样性
π
核苷酸多样性
θw
Tajima’sD

基因多样性
Hd
基因流
Nm
DSH3 602 13 0.0054 0.0039 1.01 0.85 1.66
DSH5 459 11 0.0072 0.0044 1.62 0.70 0.53
DSH6 542 17 0.0059 0.0057 0.105 0.85 6.37
DSH7 529 14 0.0023 0.0048 -1.365 0.57 4.81
DSH12 548 12 0.0052 0.0040 0.799 0.62 0.56
DSH21 747 16 0.0026 0.0039 -0.849 0.81 5.48
平均值 571 14 0.0048 0.0044 - 0.73 3.235
2.2 欧洲山杨自然居群间遗传分化
AMOVA分析结果表明,在6个核基因位点欧洲
山杨自然居群间和居群内都存在显著的遗传变异
(P<0.01),其中居群间变异占总变异的百分比从
5.03%到16.34%不等,平均值为10.28%,而居群
内变异占总变异的百分比在83.66%到97.12%之
间,平均值为89.72%。遗传分化指数 Fst计算结果
均显著(P<0.01),最大值为0.16(DSH3),最小值
为0.029(DSH6),平均值为0.10(表4)。
表4 遗传分化计算结果
变异来源 DSH3 DSH5 DSH6 DSH7 DSH12 DSH21 平均值
居群间 16.34 15.51 2.88 5.03 9.79 5.44 10.28
居群内 83.66 84.49 97.12 94.97 90.21 94.56 89.72
Fst 0.16 0.16 0.029 0.050 0.098 0.054 0.10
05
第1期 杜淑辉,等:应用单拷贝核基因标记研究我国欧洲山杨自然居群的遗传多样性
3 讨论
3.1 欧洲山杨自然居群遗传多样性
尽管不同基因标记间遗传多样性有一定差异,
分布于我国新疆地区的欧洲山杨在6个核基因上表
现出较高的遗传多样性(π=0.0023 0.0072,平
均值为0.0048,θw=0.0039 0.0057,平均值为
0.0044)(表3),比其他同纬度分布的木本植物如
挪威云杉(Piceaabies,π=0.0039)[20]和同属的香
脂杨(P.balsamifera,π=0.00375,θw=0.004)、毛
果杨(P.trichocarpa,π=0.0029,θW=0.0020)
[21],
窄叶杨(P.angustifolia,π=0.0024)[22]等物种的遗
传多样性要高,而与其近缘种中国山杨(P.davidi
ana,π=0.0044)和美洲山杨(P.tremuloides,π=
00035)[23]表现出相似的遗传多样性水平。而比
分布于欧洲地区的欧洲山杨的遗传多样性水平略低
(π=0.007 0.0120,θw=0.005 0.0129)
[2-3],
这主要是由于 Ingvarsson[2-3]的研究中所使用的基
因受到了平衡选择(balancingselection)的影响,而
平衡选择可使受影响的基因区域保持较高的遗传多
样性水平[6]。
影响物种遗传多样性水平的因素很多,包括取
样的代表性、碱基突变速率、繁育系统及自然选择
等[24]。本研究取样代表性问题我们给予了充分的
考虑,所取样品遍及欧洲山杨在我国新疆地区的分
布范围,因此应排除取样代表性对研究结果的影响。
自然选择会对遗传多样性产生显著的影响[24],根据
本研究中Tajima’sD检测结果表明所有位点均符合
中性进化模型,因此,自然选择作用也不是导致欧洲
山杨表现出较高的遗传多样性水平的因素。杨属物
种为高度异交植物,异交能够增加物种的有效群体
大小和有效重组率,从而增加物种的遗传多样性水
平[25]。另据Richardson等[26]估计,多年生木本植物
核基因的突变率大约在3.2×10-10到5.7×10-10/
年/同义碱基之间,而杨属核基因突变率却高达2.5
×10-9/年/同义碱基[8]。因此高度异交和高碱基突
变率能够很好的解释欧洲山杨表现出的较高的遗传
多样性水平。
3.2 欧洲山杨自然居群的遗传分化
杨属物种为异交风媒植物,并且种子和花粉的
扩散能力很强,因此杨属物种内居群间遗传分化应
该相对略低[27]。如表4所示,在6个核基因中,欧
洲山杨不同居群间遗传分化指数Fst平均值为0.10,
要略低于杨属不同物种内居群间平均遗传分化水平
(Fst=0.11)
[28]。AMOVA分析结果表明居群内的
变异占总变异的绝大部分(89.72%),只有一小部
分变异存在于居群间(10.28%)。针对分布于欧洲
地区的欧洲山杨的研究也得到了类似的结果[4],并
且这种情况也普遍存在于其他杨属物种中[22]。张
建国[29]通过研究欧洲山杨的克隆多样性发现欧洲
山杨具有超长距离的基因流机制(种子飞散特性)。
本研究中也发现在6个核基因上居群间基因流平均
值达到了3.235。超长距离的基因流机制能够很好
的解释本研究中欧洲山杨自然居群间表现出的遗传
分化水平。
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(责任编辑:张 研)
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