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Screening, identification and biological function evaluation of endophytic bacteria against potato storage disease

马铃薯贮藏期主要病害拮抗内生细菌的筛选、鉴定及功能评价



全 文 :书马铃薯贮藏期主要病害拮抗内生细菌的
筛选、鉴定及功能评价
王颖,王玉琴,杨成德,姚玉玲,陈秀蓉,薛莉
(甘肃农业大学草业学院 草业生态系统教育部重点实验室 甘肃省草业工程实验室 中-美草地畜牧业可持续发展研究中心,甘肃 兰州730070)
摘要:马铃薯坏疽病、炭疽病和枯萎病是甘肃省马铃薯贮藏期最主要的病害,为了获得马铃薯贮藏期病害防治的生
防菌株,利用对峙培养法从东祁连山高寒草地线叶嵩草内生细菌中筛选获得高抗菌株263XY1,其对马铃薯枯萎病
菌、马铃薯炭疽病菌和马铃薯坏疽病菌的抑菌率分别达到67.17%,86.17%和70.89%;该菌株在含有色氨酸和不
含色氨酸的金氏培养基中分泌的IAA分别为3.31和1.52mg/L,在PKO含无机磷培养基中的有效磷增量为
38.94mg/L,具有固氮能力。经 16SrDNA 序列分析,其与死谷芽孢杆菌(犅犪犮犻犾犾狌狊狏犪犾犾犻狊犿狅狉狋犻狊,登录号:
JQ547633.1)同源性达99%,初步鉴定为死谷芽孢杆菌。
关键词:内生细菌;16SrDNA鉴定;拮抗作用;生物学功能
中图分类号:S435.32  文献标识码:A  文章编号:10045759(2014)03026907
犇犗犐:10.11686/cyxb20140332  
  我国是世界第二大草地资源国家,拥有天然草地近432hm2,而在各类草地中,高寒草甸类草地面积最大,占
全国草地总面积的17.77%;线叶嵩草(犓狅犫狉犲狊犻犪犮犪狆犻犾犾犻犳狅犾犻犪)是高寒草甸类草地的优势牧草之一[1],其大量的内
生细菌是挖掘优良生物学功能菌株的微生物资源库。随着生态农业和绿色食品生产的兴起和发展,作物病虫害
的生物防治越来越受到人们的重视。已从小麦(犜狉犻狋犻犮狌犿犪犲狊狋犻狏狌犿)[23]、水稻(犗狉狔狕犪狊犪狋犻狏犪)[4]、马铃薯(犛狅犾犪
狀狌犿狋狌犫犲狉狅狊狌犿)[5]、番茄(犔狔犮狅狆犲狉狊犻犮狅狀犲狊犮狌犾犲狀狋狌犿)[6]、柑橘(犆犻狋狉狌狊狉犲狋犻犮狌犾犪狋犪)[7]、烟草(犖犻犮狅狋犻犪狀犪狋犪犫犪犮狌犿)[8]、
大豆(犌犾狔犮犻狀犲犿犪狓)[9]、棉花(犌狅狊狊狔狆犻狌犿)[10]和油茶(犆犪犿犲犾犾犻犪狅犾犲犻犳犲狉犪)[11]等植物中分离得到拮抗内生细菌。拮
抗内生细菌防治范围广,对细菌病害、真菌病害和线虫病害都有一定的作用,因此,内生细菌作为一种生防资源,
已成为近年来生防菌剂研制开发的热点[1213]。不少学者对内生细菌的生物学功能进行了深入研究,发现内生细
菌不仅可以通过产生植物生长素、赤霉素及细胞激动素等植物促生物质[14]来促进植物生长,而且可以通过溶磷
作用[1516]和固氮作用[1718]转化无效营养为有效营养,刺激和调控植物生长,增强植物抗病和抗逆能力等。因此,
开发应用内生细菌资源不仅能解决化学农药和肥料带来的诸多问题,还能保持农田微生态系统多样性,维持农田
生态平衡,提高作物产量,实现农业的可持续发展。
马铃薯坏疽病(犘犺狅犿犪犳狅狏犲犪狋犪)、炭疽病(犆狅犾犾犲狋狅狋狉犻犮犺狌犿犮狅犮犮狅犱犲狊)和枯萎病(犉狌狊犪狉犻狌犿犪狏犲狀犪犮犲狌犿)是甘肃
省马铃薯贮藏期最主要的病害,在重病区引起的烂薯率在30%以上[1921]。因此,本研究以东祁连山高寒草地线
叶嵩草内生细菌为对象,以马铃薯贮藏期坏疽病菌、炭疽病菌和枯萎病菌为指示菌进行了筛选,对拮抗细菌的分
泌IAA、溶磷和固氮等能力进行了评价,并对其进行16SrDNA序列鉴定,以期为线叶嵩草生防内生细菌的利用
与开发提供理论依据,也为马铃薯贮藏期病害生物防治提供优质菌种资源。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 供试拮抗细菌 2012年7月分离自东祁连山高寒草地线叶嵩草中的44株内生细菌,现保存于甘肃农业
第23卷 第3期
Vol.23,No.3
草 业 学 报
ACTAPRATACULTURAESINICA   
269-275
2014年6月
收稿日期:20130927;改回日期:20131108
基金项目:国家自然科学基金(No.31160122)和草业生态系统教育部重点实验室(甘肃农业大学)开放课题项目(No.CYzs2011011)资助。
作者简介:王颖(1989),女,甘肃平凉人,在读硕士。Email:wywptyul@126.com
通讯作者。Email:yangcd@gsau.edu.cn
大学草业学院微生物多样性实验室。
1.1.2 供试病原真菌 马铃薯炭疽病菌、马铃薯枯萎病菌和马铃薯坏疽病菌,由甘肃农业大学草业学院植物病
理实验室提供。
1.1.3 供试培养基 NA培养基、LB培养液、PDA培养基和金氏培养基按文献[22]配制;PKO培养基、蒙金娜
培养基[23]和阿须贝无氮培养基[24]分别按文献的方法配制。
1.2 拮抗能力的测定
1.2.1 拮抗内生细菌的筛选 采用平皿对峙法测定抑菌效果。将病原真菌(马铃薯枯萎病菌、马铃薯炭疽病菌
和马铃薯坏疽病菌)打成直径为6mm的菌饼,接在PDA培养基中央,将内生细菌点接在距菌饼2.5cm处,每皿
接4点,以只接病原真菌为对照,3个重复,置于25℃恒温下培养8d,测量抑菌带并计算抑菌率,对拮抗能力强的
菌株进行以下试验。
1.2.2 对病原菌菌丝生长的影响 采用平板对峙法于接种后8d观察病原菌菌丝形态并显微照相。
1.3 菌株的鉴定
1.3.1 培养性状和形态特征 将拮抗内生菌于NA平板划单菌落,28℃下培养3d后观察并描述单菌落培养性
状;在NA平板上培养18~24h后进行革兰氏染色、测量菌体大小并显微照相。
1.3.2 16SrDNA序列鉴定 按上海生工提供的试剂盒(Ezup柱式基因组DNA抽提试剂盒,批号:82561202)
提取DNA并检测,对具有特异性 DNA 条带的提取物进行PCR扩增。扩增使用引物27F(5′AGAGTTT
GATCMTGGCTCAG3′)和1492R(5′GGTTACCTTGTTACGACTT3′)。扩增条件为:94℃预变性5min,
94℃变性1min,48℃退火30s,72℃延伸1min,30个循环;最后在72℃下延伸8min,终止反应。反应体系:
10×buffer(不含 MgCl2)5μL,MgCl2(25mmol/L)3μL,dNTP(2.5mmol/L)1μL,引物27F(10μmol/L)1
μL,引物1492R(10μmol/L)1μL,Taq酶 (2U/μL)0.5μL,TargetDNA(10ng/μL)1.2μL,ddH2O定容至
50μL。经检测具特异性条带的扩增产物送上海生工测序,所测序列与GenBank数据库中序列进行同源性对比,
采用Clustal1.8软件和 Mega4.0软件构建系统发育树,确定菌株的系统发育学地位。
1.4 固氮、溶磷、产IAA能力的测定
1.4.1 产IAA能力的定性测定 采用Salkowski比色法[25]。将100μL菌悬液分别接到含100mg/L色氨酸
和不含色氨酸的金氏培养液中,设置3个重复,以加等量无菌水的培养液为空白对照,于28℃、120r/min恒温振
荡培养12d,后分别取50μL加入等量比色液(PC比色液或S2比色液),室温静置15min后,观察显色反应,3
个重复均变红色表示能分泌IAA,否则不分泌IAA,颜色越深表示分泌数量越多。
1.4.2 产IAA能力的定量测定 采用纯3IAA制作标准曲线。配制2组浓度依次为2.5,5.0,7.5,10.0,
12.5,15.0,17.5mg/L和25,50,75,100,125,150,175mg/L的标准溶液,分别取4mL,第1组中加等量PC比
色液,另1组中加等量S2比色液,设置3个重复,黑暗静置30min后测定其OD530值并制作标准曲线。将培养
12d的菌悬液和空白对照10000r/min离心10min,取上清液4mL分别加入等量比色液,黑暗静置30min后
测定OD530值,以只加比色液为空白对照。根据标准曲线计算菌株分泌IAA的量,并按照PC比色液和S2比色
液的测定范围最终确定结果[26]。
1.4.3 溶磷能力的定性测定 将263XY1分别点接于PKO和蒙金娜平板培养基上,每皿4个接菌点,重复3
次,28℃恒温培养7d后,观察并测量菌株在培养基平板上形成的溶磷圈大小。根据溶磷圈直径/菌落直径(D/d
值)确定内生菌的溶磷能力。比值越大,表示溶磷能力越强。
1.4.4 溶磷能力的定量测定 将1mL263XY1菌悬液接于PKO和蒙金娜培养液中,装液量为50/150mL,以
接入等量无菌水的培养液为对照,重复3次。28℃、160r/min恒温振荡培养10d后10000r/min离心15min,
上清液采用钼锑抗比色法测定有效磷增量[27]。计算公式如下:
犘 =犓×犞/犞1
式中,犘为有效磷增量;犓 为标准曲线查得显色液的磷含量(mg/L);犞 为显色时溶液定容的体积(mL);犞1 为显
色时吸取上清液的体积(mL)。
072 ACTAPRATACULTURAESINICA(2014) Vol.23,No.3
1.4.5 固氮能力的定性测定 将263XY1点接于阿须贝无氮平板培养基上,每皿4个接菌点,重复3次,28℃恒
温培养;同时将200μL菌悬液接于阿须贝液体培养基中,重复3次,以接种等量无菌水为对照,28℃恒温振荡培
养,于第3,5,7天观察其生长状况,若菌株能够在平板培养基上明显生长且能使液体培养基变浑浊则具有固氮能
力。
1.5 统计分析
运用Excel2007和SPSS17.0统计分析软件
进行试验数据处理与分析。
2 结果与分析
2.1 拮抗能力测定
2.1.1 拮抗菌株筛选 从44株内生细菌中筛选得
到7 株具拮抗作用的内生细菌,编 号 分 别 为
262XY1、262XY2′、262XY3、263XY1、263XG5、
263XG6 和 263XG8,其 中 263XG5、263XG6 和
263XG8分离自线叶嵩草根部,262XY1、262XY2′、
262XY3和263XY1分离自茎部。263XY1与马铃
薯枯萎病菌、马铃薯炭疽病菌和马铃薯坏疽病菌对
峙培养,具明显的抑菌带(图1),抑菌率分别为
67.17%,86.24%和70.89%(表1),其抑菌能力显
著高于其他6株拮抗细菌(犘<0.05),因此对该菌
株进行了以下试验。
表1 内生细菌的抑菌能力测定
犜犪犫犾犲1 犐狀犺犻犫犻狋犻狅狀狉犪狋犲狅犳犲狀犱狅狆犺狔狋犻犮犫犪犮狋犲狉犻狌犿狅狀狆犪狋犺狅犵犲狀犻犮犳狌狀犵犻
菌株
Strain
抑菌率Inhibitionrate(%)
马铃薯枯萎病菌
犉.犪狏犲狀犪犮犲狌犿
马铃薯炭疽病菌
犆.犮狅犮犮狅犱犲狊
马铃薯坏疽病菌
犘.犳狅狏犲犪狋犪
263XY1 67.17Aa 86.24Aa 70.89Aa
262XY1 62.38Ab 83.99ABabc 70.89Aa
262XY2′ 54.86Bc 80.15ABb 68.04Aab
262XY3 52.46Bc 78.87BCc 67.09Ab
263XG5 - 70.55Dd 67.72Ab
263XG8 - 72.79CDd 57.59Bc
263XG6 - 60.31Ee 53.16Bd
 注:大、小写字母分别表示在0.01和0.05水平差异显著;“-”表示无拮
抗作用。
 Note:Capitallettersandlowercaselettersaresignificantlydifferentat
0.01and0.05level,“-”havenoantagonismonpathogenicfungi.
2.1.2 对病原菌菌丝生长的影响 病原菌菌落生长受抑制后,菌落边缘和抑菌带接触部位的菌丝生长缓慢。镜
检发现,受抑制菌丝的生长端分支增多,菌丝顶端、中部膨大呈泡状,有明显的畸形,部分前端膨胀破裂,内含物外
溢(图2),说明263XY1可使病原菌菌丝发生畸形变化从而影响菌丝正常生长。
图1 263犡犢1对3种病原真菌的抑制效果
犉犻犵.1 犐狀犺犻犫犻狋狅狉狔犲犳犳犲犮狋狊狅犳263犡犢1狅狀3狊狆犲犮犻犲狊狅犳犳狌狀犵狌狊狆犪狋犺狅犵犲狀狊
 A:枯萎病菌对照和处理Normalandinhibitof犉.犪狏犲狀犪犮犲狌犿;B:炭疽病菌对照和处理Normalandinhibitof犆.犮狅犮犮狅犱犲狊;C:坏疽病菌对照和处理
Normalandinhibitof犘.犳狅狏犲犪狋犪;下同Thesamebelow.
图2 263犡犢1对病原菌菌丝的影响
犉犻犵.2 犜犺犲犻狀犳犾狌犲狀犮犲狅犳263犡犢1犪犵犪犻狀狊狋犺狔狆犺狅犪犲狅犳狆犪狋犺狅犵犲狀犻犮犳狌狀犵犻
172第23卷第3期 草业学报2014年
2.2 263XY1菌株的鉴定
图3 263犡犢1革兰氏染色(犃)与单菌落(犅)
犉犻犵.3 犌狉犪犿狊狋犪犻狀犻狀犵(犃)犪狀犱犪狊犻狀犵犾犲犮狅犾狅狀狔(犅)狅犳263犡犢1
 
图4 263犡犢1的16犛狉犇犖犃电泳图
犉犻犵.4 16犛狉犇犖犃犘犆犚犲犾犲犮狋狉狅狆犺狅狉犲狊犻狊犿犪狆狅犳263犡犢1
(1,2:263犡犢1;3:标记 犕犪狉犽犲狉)
 
2.2.1 形态观察 263XY1革兰氏染色阳性(图3A),
菌体大小为0.36~0.85μm×0.69~1.87μm。在
NA平板培养基上菌落大小为3~4mm,不规则形,边
缘不整齐,呈波状,表面褶皱,较干燥,不透明,米白色
(图3B)。
2.2.2 16SrDNA序列鉴定 提取的263XY1基因
组经16SrDNA引物扩增,产物经琼脂糖凝胶电泳检
测,在近1500bp处有一清晰的PCR特异性条带 (图
4),经上海生工测序得16SrDNA 基因序列长度为
1451bp,使用BLAST 程序对所得序列在Genebank
中进行同源性比较,263XY1与已报道的犅犪犮犻犾犾狌狊狏犪犾
犾犻狊犿狅狉狋犻狊(JQ765433.1),犅犪犮犻犾犾狌狊狊狌犫狋犻犾犻狊(FJ763648.1),
犅犪犮犻犾犾狌狊狊狌犫狋犻犾犻狊(JF926531.1)和犅犪犮犻犾犾狌狊犪犿狔犾狅犾犻狇狌犲犳犪
犮犻犲狀狊(JF899260.1)等多个基因序列的同源性在99%以
上,应用Clustal1.8和 Mega4.0软件进行多重序列
比较后邻接法构建系统发育树,表明 263XY1 与
犅.狏犪犾犾犻狊犿狅狉狋犻狊相似性最高(图5),因此将其鉴定为
犅犪犮犻犾犾狌狊狏犪犾犾犻狊犿狅狉狋犻狊(KF818642)。
图5 263犡犢1的16犛狉犇犖犃系统发育树
犉犻犵.5 16犛狉犇犖犃狆犺狔犾狅犵犲狀犲狋犻犮狋狉犲犲狅犳263犡犢1
 
图6 263犡犢1比色反应
犉犻犵.6 263犡犢1犮狅犾狅狉犻犿犲狋狉犻犮狉犲犪犮狋犻狅狀
 
2.3 生物学功能测定
图7 263犡犢1在蒙金娜(犃)和犘犓犗(犅)平板
培养基上形成的溶磷圈
犉犻犵.7 犎犪犾狅狅犳狆犺狅狊狆犺犪狋犲狊狅犾狌犫犻犾犻狕犪狋犻狅狀犿犻犮狉狅狅狉犵犪狀犻狊犿
263犡犢1犕狅狀犵犻狀犪(犃)犪狀犱犘犓犗(犅)狊狅犾犻犱犿犲犱犻狌犿
 
2.3.1 产IAA能力的定性测定 与CK相比,加入
不含色氨酸(Trp)的King菌悬液和含色氨酸的King
菌悬液均有显色反应,呈淡粉色(图6),说明263XY1
可以分泌IAA。
2.3.2 产IAA能力的定量测定 263XY1经连续培
养12d后,测定OD530值,结果表明,不含色氨酸时其
分泌IAA的浓度为1.52mg/L;含100mg/L色氨酸
的金氏培养液中其分泌IAA的浓度为3.31mg/L,是
前者的2倍,说明色氨酸的存在能增加263XY1合成
272 ACTAPRATACULTURAESINICA(2014) Vol.23,No.3
IAA的量,即外源色氨酸可以作为263XY1合成IAA的前体物质。
2.3.3 溶磷能力的定性测定 263XY1在蒙金娜培养基上溶磷圈不明显(图7A),D/d值为1.10;但在PKO培
养基上溶磷圈明显(图7B),D/d值为2.10,说明对无机磷有明显溶磷能力,而对有机磷的溶解能力较差。
2.3.4 溶磷能力的定量测定 263XY1在PKO和蒙金娜液体培养基培养10d后,有效磷增量分别为38.94和
0.11mg/L,说明263XY1对无机磷有较强的溶磷能力,但对有机磷溶磷能力差。
2.3.5 固氮能力的定性测定 263XY1点接于阿须贝平板培养基后,在第3天时形成菌落;接种于阿须贝液体
培养基,7d后培养液变浑浊,说明262XY1有固氮能力。
3 结论与讨论
近年来,草地退化问题严重,在草地的生产中,应及时采取措施,才可逆转草地的退化进程,实现草地的可持
续利用。恢复退化的草地已成为亟待解决的问题,而养分供给能力是成功恢复退化草地主要依赖的因素之
一[2830]。开发具有拮抗作用等多功能的牧草内生细菌应用于草地,一方面可以补充草地自身养分,协调草地资源
利用中生产功能与生态功能的冲突;另一方面也可以应用于农作物病虫害的生物防治中。本研究以东祁连山高
寒草地线叶嵩草中分离的内生细菌263XY1为对象,经16SrDNA序列鉴定为芽孢杆菌属的细菌。目前,在国内
外内生细菌多样性研究的报道中,认为芽孢杆菌作为优势菌种[3132],具有开发成为生物农药和生物肥料的潜力,
且效果显著[3334],有进一步开发利用的价值。
内生细菌通过释放土壤中不溶性的磷元素,促进植物生长和次级代谢物积累已有报道[15,16]。263XY1在
PKO含无机磷培养基中的有效磷增量为38.94mg/L,说明263XY1有较好溶解无机磷的能力,即具有较好促生
作用,但是其溶磷机制有待进一步研究。周佳宁等[35]从茅苍术(犚犺犻狕狅犿犪犪狉犲犪犮狋狔犾狅犱犻狊)叶片中分离得到45株内
生细菌研究其促生潜力,其中43株能够分泌IAA,其浓度在22~268mg/L,说明内生细菌可以分泌IAA促进宿
主生长和抗逆;张英等[36]研究4株牧草根际促生细菌互作效应中发现,其分泌IAA量为0.212~9.33mg/L,低
于单株263XY1分泌的IAA量,263XY1与其他菌株复配时产生IAA的能力可能更强,但还有待进一步研究。
263XY1分离自高寒草地线叶嵩草,其生存的极端环境可能有利于内生细菌在逆境中适应力的提高,如拮抗或增
加IAA的分泌量等,发挥更好的促生作用[37]。另外,高寒的生存环境与马铃薯在贮藏期所需要的低温条件正好
吻合,更加适合于开发为防治马铃薯贮藏期病害的生物农药。
目前报道的具生物学功能的内生细菌较多,但同时具备多种功能于一体的内生细菌并不多。263XY1为
G+,经16SrDNA序列分析将其鉴定为死谷芽孢杆菌,对马铃薯枯萎病菌、马铃薯炭疽病菌和马铃薯坏疽病菌均
具有较强拮抗作用,抑菌率分别达到67.17%,86.17%和70.89%,且还具有较强溶磷、产生IAA和固氮能力,是
一株多功能拮抗内生细菌。因此,该菌株有进一步开发为防治马铃薯贮藏期病害的微生物产品的巨大潜力。
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472 ACTAPRATACULTURAESINICA(2014) Vol.23,No.3
犛犮狉犲犲狀犻狀犵,犻犱犲狀狋犻犳犻犮犪狋犻狅狀犪狀犱犫犻狅犾狅犵犻犮犪犾犳狌狀犮狋犻狅狀犲狏犪犾狌犪狋犻狅狀狅犳犲狀犱狅狆犺狔狋犻犮
犫犪犮狋犲狉犻犪犪犵犪犻狀狊狋狆狅狋犪狋狅狊狋狅狉犪犵犲犱犻狊犲犪狊犲
WANGYing,WANGYuqin,YANGChengde,YAOYuling,CHENXiurong,XUELi
(ColegeofprataculturalScience,GansuAgriculturalUniversity,KeyLaboratoryofGrasslandEcosystem,
GansuAgriculturalUniversity,MinistryofEducation,PrataculturalEngineeringLaboratoryofGansu
Province,SinoU.S.CenterforGrazinglandEcosystemSustainability,Lanzhou730070,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:犘犺狅犿犪犳狅狏犲犪狋犪,犆狅犾犾犲狋狅狋狉犻犮犺狌犿犮狅犮犮狅犱犲狊and犉狌狊犪狉犻狌犿犪狏犲狀犪犮犲狌犿 are3speciesofpotatostorage
pathogens.Thehighlyresistantbacterialstrain263XY1testedagainstpotatostoragediseaseswasscreened
fromendophyticbacteriaisolatedfrom 犓狅犫狉犲犪狊犻犪犮犪狆犻犾犾犻犳狅犾犻犪underalpinegrasslandintheEasternQilian
Mountainsusingtheconfrontculturemethod.Theinhibitionratesof263XY1against犉.犪狏犲狀犪犮犲狌犿,犆.犮狅犮
犮狅犱犲狊and犘.犳狅狏犲犪狋犪were67.17%,86.17%and70.89%,respectively.TheconcentrationofIAAsecretedby
263XY1was3.31mg/LintheKingmediumwithTrp,and1.52mg/LwithoutTrp.Theincrementofavaila
blePwas38.94mg/LobtainedbydissolvinginorganicP(phosphateofcalcium)andbacterialstrain263XY1
possessedtheabilitytofixnitrogen.The16SrDNAsequenceanalysisindicatedthat263XY1shared99%ho
mologywith犅犪犮犻犾犾狌狊狏犪犾犾犻狊犿狅狉狋犻狊(GenBankaccessionNo.JQ547633.1),so263XY1wasidentifiedas犅.狏犪犾
犾犻狊犿狅狉狋犻狊.
犓犲狔狑狅狉犱狊:endophyticbacteria;identificationbasedon16SrDNA;antagonisticeffect;biologicalfunction
572第23卷第3期 草业学报2014年