全 文 ：园 　　艺 　　学 　　报 33卷
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收稿日期 : 2006 - 04 - 26; 修回日期 : 2006 - 08 - 013 通讯作者 Author for correspondence ( E2mail: kxtang@ hotmail1com)
非洲菊 ESTs2SSR标记的频率和分布特点
王继华 1, 2 　瞿素萍 1 　唐开学 13 　李成云 2 　陈海如 2 　 (1 云南省农业科学院农业部花卉产品质检中
心 , 云南昆明 650205; 2 云南农业大学云南省植物病理重点实验室 , 云南昆明 650201)
Ana lysis of the Frequency and D istr ibution of M icrosa telllites in ESTs of G er2
bera hybrida ( A steraceae)
W ang J ihua1, 2 , Qu Sup ing1 , Tang Kaixue13 , L i Chengyun2 , and Chen Hairu2 ( 1 Yunnan A gricu lture A cadem y,
Supervision and Testing Cen tre for Flow er of A gricu lture M in istry, Kunm ing, Yunnan 650205, China; 2 Yunnan A gricu ltura l U ni2
versity, Key Laboratory for Phytopa thology of Yunnan Province, Kunm ing, Yunnan 650201, China)
关键词 : 非洲菊 ; 表达序列标签 ; 微卫星序列 ; 频率 ; 分布
中图分类号 : S 68211　　文献标识码 : A　　文章编号 : 05132353X (2006) 0521140201
采用 Tandem Repeats Finder 410软件对来源于 Plant genome Network的非洲菊 EST序列的微卫星 ( SSR) 进行系统
分析。在 17 339条 , 总长 815 Mb的 ESTs序列中 , 共有 6 294个以 1～6个核苷酸为基序的 SSR序列 (长度大于 15
bp, 匹配值大于 80% )。其核苷酸总数占整个基因组核苷酸数的 1164% , 平均 114 kPR21b就分布有一个大于 15 bp的
SSR。其中六核苷酸重复序列频率最高 , 为 1个 /413 kPR21b, 其次为单核苷酸 (1个 /610 kPR21b)、三核苷酸 (1个 /
918 kPR21b)、五核苷酸 (1个 /1017 kPR21b)、二核苷酸 (1 /1114 kPR21b) 和四核苷酸 (1个 /1618 kPR21b)。在各种
SSR s重复单元中 , 富含 A /T核苷酸的重复单元占据优势地位 , 如单核苷酸 (多聚 A /T) , 二核苷酸 (AG、AC和
AT) , 三核苷酸 ( AAG、AAT、ACC、ATG) , 四核苷酸 (AAAC、AAAT、ACCG、AAAG 和 ACAT) , 五核苷酸
(AAAAC、AAAT、AACATT和 AAACC) , 六核苷酸 (AAAAAC、AAAAAT、AAATAT、AAACAC和 AAAAAG) , 而富含
G/C的重复单元在基因编码区中含量较低。冗余与非冗余的 SSR分布频率与密度相似 , 仅存在较小的距差 , 说明可从
现有的 ESTs数据中方便地筛选出有效的微卫星标记。进一步分析表明 , 冠毛中 SSR的频率最高 , 为 1 /882 bp, 其余
为花 (1 /1 108 bp)、花茎 (1 /1 220 bp)、雄蕊 (1 /1 278 bp)、初期花序 (1 /1 483 bp)、晚期花瓣 (1 /1 641 bp)、叶
(1 /1 724 bp) 和早期花瓣 (1 /1 803 bp)。在非洲菊不同组织器官或发育阶段中 , 六核苷酸与三核苷酸在早期花瓣的
相对含量最高 , 分别为 3912%和 1910% ; 单核苷酸、二核苷酸、四核苷酸、五核苷酸相对含量最高的分别为花序、
冠毛、花茎和花 , 分别占 3517%、2014%、1018%和 1613%。 (图 1)。
图 1　不同组织器官或发育阶段 EST2SSRs的比例
1: 花 ; 2: 早期花瓣 ; 3: 晚期花瓣 ; 4: 叶 ; 5: 雄蕊 ; 6: 花茎 ; 7: 初期花序 ; 8: 冠毛。
F ig. 1　Percen t frequency of EST2SSRs am ong 8 gerbera tissues/developm en t stages
1: Flower; 2: Early petal; 3: Late petal; 4: Leaf; 5: Stamen; 6: Scape; 7: Young inflorescence; 8: Pappus bristles.
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