全 文 :广 西 植 物 Guihaia 32(3):298-303 2012年 5 月
DOI:10.3969/j.issn.1000-3142.2012.05.003
中日5个岛屿山茶种群遗传多样性研究
林 立1,2,倪 穗1,李纪元2*,陈 越1,2,应 震1
(1.宁波大学 海洋学院,浙江 宁波315211;2.中国林科院 亚热带林业研究所,浙江 富阳311400)
摘 要:运用ISSR分子标记法对中、日两国5个岛屿天然山茶种群共150个个体进行遗传多样性分析。结
果表明:筛选出的20条引物扩增得到205条清晰条带,其中183条为多态性条带,多态位点百分比(PPB)为
89.27%。经POPGENE软件分析,山茶种群平均多态位点百分比(PPB)为72.00%,Nei’s基因多样性指数
(HE)为0.2743,Shannon信息多态性指数(H)为0.4023,种群水平遗传多样性较高。基因分化系数Gst=
0.2033,表明遗传变异主要存在于种群内个体间。Mantel检验(r=0.7989,P<0.05)和UPGMA聚类表明岛
屿地理隔离对山茶种群遗传分化具有重要影响。基于岛屿山茶种群遗传结构的分析,建议加强我国岛屿自然
种群的就地保护力度。
关键词:山茶;ISSR;岛屿;遗传多样性;遗传结构
中图分类号:S685.14 文献标识码:A 文章编号:1000-3142(2012)03-0298-06
*
Studyon population genetic diversityof
Camelia japonicain 5islands
between China and Japan
LIN Li 1,2,NI Sui 1,LI Ji-Yuan2*,CHEN Yue1,2,YING Zhen1
(1.School of Marine Sciences,Ningbo University,Ningbo 315211,China;2.Research
Institute of Subtropical Forestry,CAF,Fuyang 311400,China)
Abstract:Camellia japonicais an important horticultural species,widely distributed in East-Asia.5populations of
C.japonicacolected from China and Japan were analyzed by ISSR markers to detect the genetic diversity.A total of
205discernible loci were obtained from al populations using 20primers.Of these loci,89.27% were polymorphic
(PPB=89.27%).The average percentage of polymorphic loci(PPB=72.00%),Nei’s gene diversity(HE=
0.2743)and Shannon’s Information Index(H=0.4023),estimated by POPGENE,indicated that C.japonica had
higher level genetic diversity than many other insular plant species.The coefficient gene differentiation(Gst)was
0.2033,which showed more variation were from the individuals of the populations.According to Mantel Test(r=
0.7989,P<0.05)and UPGMA,insular geographical isolation have an important influence on genetic structure.In
order to maintain genetic diversity and resource utilization of C.japonicathat natural population should be protected
in situ from human disturbance to facilitate its natural generation.
Key words:Camellia japonica;ISSR;island;genetic diversity;genetic structure
遗传多样性是生物多样性的重要组成部分,影
响物种长期生存与进化的潜力,已成为进化生物学
和生物多样性保育研究的热点内容(Elstre等,
1993)。遗传多样性受物种的繁育系统、基因流、遗
* 收稿日期:2011-10-28 修回日期:2012-01-04
基金项目:浙江省科技厅重点项目(2008C14065);宁波市国际科技合作项目(2010D10013);宁波市农村科技创新创业资金项目(2010C91026);国家
国际科技合作项目(2011DFA30490)[Supported by Key Project of Science and Technology Department of Zhejiang Porvince(2008C14065);International
Science and Technology Cooperation Project of Ningbo City(2010D10013);Rural Science and Technology Innovation Project of Ningbo City(2010C91026);
State International Cooperation Project of China(2011DFA30490)
作者简介:林立(1985-),男,浙江丽水人,硕士研究生,研究方向为植物分子生物学,(E-mail)linli851111@163.com。
*通讯作者:李纪元,男,研究员,主要研究方向为观赏植物学,(E-mail)jiyuan@126.com。
传漂变和自然选择等诸多因素的影响(Schaal等,
1998)。岛屿物种因具有地理隔离、基因流阻隔及种
群规模较小等特点而成为种群遗传分化研究的模式
物种(Carlos等,2000)。通常的理论观点认为岛屿
种群遗 传多样性较低,具有较高的 灭 绝 风 险
(Frankham,1997),因为其有限的基因流以及历史
上可能存在的瓶颈效应使得岛屿种群遗传多样性下
降(Francisco-Ortega等,2000)。然而,许多学者研
究表明并非所有岛屿生物的遗传多样性都较低
(Fineschi等,2004;Wendel等,1985;Tsumura等,
1993;李力等,1996),岛屿生物遗传多样性变化复
杂,不仅受到自然因素的影响,也受到诸如生境破
坏、外来种引入等人为因素的影响(Wolf等,2001),
是多种因素综合作用的结果。
山茶(Camellia japonica)隶属山茶科(Th-
ease)山茶属(Camellia),为雌雄同株、虫媒传粉的
常绿灌木或小乔木(张宏达等,1998),具有较高的园
林观赏价值。野生山茶分布广泛,在我国的四川、台
湾、江西、山东以及东部沿海多个岛屿都有分布,朝
鲜半岛和日本南部岛屿也有分布(张宏达等,1998;
高继银等,2005)。由于人们对野生山茶长期的掠夺
式开发利用,使山茶资源遭到了严重破坏,自然种群
日趋萎缩(梁盛业,2000)。笔者运用ISSR(Inter Sim-
ple Sequence Repeat)分子标记这种快速、可靠、高效
的方法(Zietkiewiez等,1994)对5个天然山茶种群的
遗传结构进行分析,将有助于了解中日两国5个岛屿
山茶种群的遗传多样性水平和遗传分化程度以及岛
屿地理隔离、人为因素等对其遗传结构的影响,为野
生山茶种质资源的保护和开发利用提供科学依据。
1 材料与方法
1.1样品采集
经调查,选择中、日两国5个岛屿或半岛的野生
山茶种群为研究对象,分别是:舟山市的朱家尖岛种
群(ZJJ)、象山县的何婆岭村种群(XS)、青岛市的长
门岩岛种群(CMY)以及日本的鹿儿岛种群(Kago)
和五岛种群(Goto)(图1)。采用间隔距离取样法
(Joshi等,2000),采集每个种群嫩叶样本30个,用
冰袋保鲜运回实验室,洗净、干燥后立即放入-80℃
冷库保存。
1.2DNA提取与PCR扩增
采用改良CTAB法(Doyle等,1987)提取山茶
图1 采样地点图
Fig.1 Map showing the sampling places
基因组DNA,用1×TE溶解后放入-20℃冰箱中保
存备用。通过1%琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度
计检测DNA浓度和纯度。
1.3PCR扩增与引物筛选
经预实验检测 Mg2+ 浓度、dNTP浓度、模板
DNA含量、引物浓度及DNA聚合酶量对ISSR反
应结果的影响后,确定最适ISSR反应体系为:20
μL PCR反应体系中含2μL 10×Buffer缓冲液,
1.5mmol·L-1 Mg2+,0.2mmol·L-1 dNTP,0.6
μmol·L-
1引物,1.0UTag酶,40ng DNA模板,
14.2μL无菌水。PCR扩增程序为:94℃预变性5
min;94℃变性40s,各种温度退火45s,72℃延伸
1.5min,40个循环;72℃延伸10min,4℃保存。
PCR产物用1.5%琼脂糖凝胶(含0.5μg·mL-
1溴
化乙锭)于5V·cm-1电压下电泳90min,电泳结果
用凝胶成像系统(FR-200A)拍照并记录。
每个种群选取2个植株的DNA模板,以灭菌
双蒸水为对照,从有关山茶科植物的ISSR研究报
道中选取60个引物,由上海生工生物工程技术服务
有限公司合成。根据预实验结果从中筛选出了20
个扩增带型清晰且重复性好的引物序列(表1)。
1.4数据处理与分析
采用POPGEN1.32软件分析数据,计算多态位
点百分比PPB(Percentage of polymorphic bands)、
Nei’s遗传多样性(Nei’s gene diversity,HE)、Shan-
non’s信息指数(Shannon’s Information index,H)、观
测等位基因数(Observed number of aleles,Na)、有效
等位基因数(Efective number of aleles,Ne)和遗传分
化系数(Gst),基因流值(Nm)计算公式为:Nm=(1-
9923期 林立等:中日5个岛屿山茶种群遗传多样性研究
表1 山茶5个种群扩增的ISSR引物
Table 1 The primers used for generating ISSR markers from 5populations of C.japonica
引物
Primers
序列(5′-3′)
Sequence(5′-3′)
退火温度
Annealing
temperature(℃)
总条带数
No.of bands
recorded
多态性条带数
No.of
polymorphic bands
多态性百比
PPB(%)
UBC810 (GA)8T 54.8 11 9 81.82
UBC811 (GA)8C 54.8 12 11 91.67
UBC813 (CT)8T 51.2 8 7 87.50
UBC818 CA)8 G 51.2 9 9 100
UBC824 (TC)8 G 54.6 11 11 100
UBC825 (AC)8T 52.2 13 11 84.62
UBC827 (AC)8 G 54.8 12 11 91.67
UBC834 (AG)8 YT 53.9 7 6 85.71
UBC835 (AG)8 YC 56.2 9 7 77.78
UBC836 (AG)8 YA 51.2 9 9 100
UBC841 (GA)8 YC 56.2 13 10 76.92
UBC843 (CT)8RA 54.0 13 12 92.31
UBC848 (CA)8RG 54.8 9 8 90
UBC853 (TC)8RT 51.2 10 10 100
UBC856 (AC)8 YA 56.6 10 8 80
UBC866 (CTA)6 61.8 11 10 91.67
UBC873 (GACA)4 51.6 9 8 88.89
UBC880 (GGAGA)3 53.6 11 10 90.91
IR43 (GA)8CT 52.9 10 9 90
IR53 (CAA)8 G 56.6 8 7 87.50
平均Average 10.25 9.15
Y=(C,T),R=(A,G)。
Gst)/4Gst(Slatkin等,1989)。利用NTSYSpc2.10e软
件分析获得的遗传相似性矩阵,按 UPGMA(Un-
weighted pair group method using arithmetic averages)
法进行聚类分析,构建聚类图。
2 结果与分析
2.1山茶种群及物种水平遗传多样性
20个引物在5个山茶种群的基因组DNA上扩
增共得205条带,所得片段长度范围在100~2 000
bp,其中多态性条带183条,总的多态位点百分比
(PPB)为 89.27%,种群水平多态位点百分比
(PPB)的变化范围为67.80%~77.07%(表2),平均
值为72.00%。每条引物扩增最少得到7条带,最多
得到13条带,平均每条引物得到10.25条带,图2为
引物UBC841对ZJJ种群和CMY种群的扩增图。
有效等位基因数和Nei’s基因多样性指数是衡
量遗传变异的两个重要指标,Shannon’s多态性信
息指数本身并没有遗传学意义,只是用于同类研究
之间的比较(宁静等,2010)。利用 POPGEN1.32
软件计算得到各山茶种群的平均有效等位基因数
(Ne)是1.4849,平均 Nei’s遗传多样性(HE)是
0.2743,平均Shannon’s多态性信息指数(H)是
0.4023,三个值均低于物种水平(对应值分别为
1.6069,0.3443和0.5051)。种群间遗传多样性也
有较大差异,Kago种群遗传多样性最高,有效等位
基因数、Nei’s遗传多样性和Shannon’s多态性信
息指数分别为1.5367、0.3016和0.4407,而XS种
群则 最 低,三 个 值 分 别 为 1.4194、0.2408 和
0.3567,各遗传多样性参数在种群中变化趋势一致。
2.2山茶种群的遗传分化
5个种群的总基因多样度(HT)为0.3443,种
群内基因多样度(HS)为0.2743,种群间的遗传分
化系数Gst=0.2033,即20.33%的变异存在于种群
之间,山茶变异的主要原因还是发生在种群内部个
体之间,占总遗传变异的79.67%。基因流(Nm)为
0.9795,表明种群间基因交流程度较低。
以浙江种群(ZJJ种群和XS种群)和日本种群
(Kago种群和 Goto种群)为两个独立的研究单元
来探讨岛屿地理隔离对山茶种群遗传结构的影响,
发现浙江种群间的遗传分化系数为0.1126,日本种
群间的遗传分化系数为0.0600,两个值都小于地理
距离相隔较远的XS种群和Kago种群之间的遗传
分化系数(Gst=0.1662)。基于Nei’s遗传一致度
003 广 西 植 物 32卷
图2 引物UBC841对ZJJ种群CMY种群的ISSR扩增图
Fig.2 ISSR profiles of ZJJ and CMY populations with primer UBC841
表2 山茶5个种群的遗传多样性参数
Table 2 Genetic diversity for five populations of C.japonica
代号Code 样本数No. Na Ne HE H PPB(%)
ZJJ 30 1.7073(0.4561) 1.4546(0.3893) 0.2593(0.2025) 0.3828(0.2842) 70.73
XS 30 1.6780(0.4684) 1.4194(0.3850) 0.2408(0.2046) 0.3567(0.2882) 67.80
CMY 30 1.7122(0.4538) 1.4941(0.3900) 0.2786(0.2035) 0.4068(0.2867) 71.22
Kago 30 1.7707(0.4214) 1.5367(0.3823) 0.3016(0.1954) 0.4407(0.2718) 77.07
Goto 30 1.7317(0.4442) 1.5195(0.3882) 0.2913(0.2014) 0.4246(0.2823) 73.17
种群水平Population level 30 1.7200 1.4849 0.2743 0.4023 72.00
物种水平Species level 150 1.8927(0.3103) 1.6069(0.3350) 0.3443(0.1637) 0.5051(0.2210) 89.27
注:括号内数值为标准差。
Note:The value of standard deviation in parentheses.
表3 5个种群的Nei’s遗传距离(左下角)
和地理距离(右上角,公里)
Table 3 Nei’s genetic distance(below diagonal)and
geographical distance(above diagonal,km)
种群
Population ZJJ XS CMY Kago Goto
ZJJ **** 75 688 794 701
XS 0.0826 **** 734 864 779
CMY 0.1293 0.1216 **** 1040 839
Kago 0.1475 0.1534 0.1207 **** 202
Goto 0.1410 0.1502 0.1274 0.0481 ****
和遗传距离可进一步分析种群间的遗传分化程度
(Nei,1978)。5个种群中以ZJJ种群和XS种群之
间地理距离最近(75km),遗传距离也最近(D=
0.0826);XS种群和 Kago种群之间地理距离较远
(864km),遗传距离最大(D=0.1534)(表3),表明
岛屿地理隔离可能对山茶种群的遗传分化具有重要
影响。经 Mantel检验,发现地理距离与遗传距离存
在显著相关性,相关系数r=0.7989,P<0.05,进一
步证明了该种可能性。
2.3聚类分析
根据Nei’s遗传一致度按 UPGMA法进行聚
类,日本的鹿儿岛种群和五岛种群亲缘关系最近,聚
为一支,其后与长门岩岛种群聚为一大支;浙江朱家
1033期 林立等:中日5个岛屿山茶种群遗传多样性研究
尖岛种群则与象山种群关系较近,另聚为一大支。
2.4主坐标分析
利用GenAlEx 6.41软件进行主坐标分析可以
将种群间遗传关系在两维或三维空间给以形象展
示。主坐标分析结果表明前三个坐标分别占山茶总
遗传变异的41.07%,21.53%和13.15%(累积代表
总遗传变异的75.74%)。主坐标分析结果与聚类
分析结果基本一致,浙江种群、青岛种群和日本种群
相互之间较为独立,而同地区种群间则出现个体混
杂情况,表明同地区种群之间基因交流较为频繁。
图3 山茶种群Nei’s遗传一致度的UPGMA聚类图
Fig.3 UPGMA dendrogram for five populations of
C.japonicabased on Nei’s genetic identity
图4 5个山茶种群的主坐标分析结果
Fig.4 PCA analysis on five populations of C.japonica
3 讨论
3.1山茶遗传多样性分析
Frankham(1997)研究发现非岛屿特有植物在
岛屿和陆地分布所具有的杂合度比值(HIS/HM=
0.71)高于岛屿特有植物与陆地近缘种的杂合度比
值(HIS/HM=0.54),表明非岛屿特有植物较岛屿
特有植物遗传多样性高。ISSR分子标记揭示了山
茶种群水平的多态位点百分比(PPB=72.00%),
种群内基因多样度(HE=0.2743)和Shannon多态
性信息指数(H=0.4023),均高于舟山群岛特有种
全缘冬青(Ilex integra)(PPB=41.20%,HE=
0.1530,H=0.2270),与Frankham(1997)结论相
符。但也有例外,Crete岛特有植物Zelkova abelice
种群内基因多样度 HE=0.3597(Fineschi等,
2004),远高于山茶。Nybom(2004)统计了基于IS-
SR位点分析物种的种群内基因多样度(HE)平均
值为0.2200,低于山茶种群(HE=0.2819),表明山
茶种群的遗传多样性较高,该结果与李力等(1996)
利用同工酶对青岛长门岩、大管岛和浙江普陀山3
个山茶种群的研究结果相符。Wendel等(1985)和
Chung等(1996)对分布于日本和韩国的山茶种群
进行了遗传多样性研究,结果都表明山茶的遗传多
样性较高,这可能与山茶为木本、生命周期长、虫媒
异交(Hamrick等,1989)的特征有关。
岛屿种群间的遗传多样性程度也存在着较大差
异,日本种群(Kago种群和Goto种群)遗传多样性
较国内种群(ZJJ种群、XS种群和CMY种群)高,遗
传多样性参数 PPB、HE 和 H 的平均值分别为
75.12%、0.2965 和 0.4327,而 国 内 种 群 为
69.92%、0.2596和0.3821。日本的鹿儿岛和五岛
分布的主要是天然山茶大树林,种群规模较大,长势
良好,而国内山茶种群的规模相对较小,人为破坏也
更严重。朱家尖岛海拔在200~500m,生境较为单
一、种群遗传背景较为相似(冷欣等,2006),山茶种
群呈片段状分布。长门岩岛地处黄海深处,面积仅
0.16km2,山茶数量较小,人为破坏严重(周汝伦
等,1994)。何婆岭村位于象山县中西部,属半岛地
型,当地居民中有以卖野生山茶为业的,山上原有的
大面积山茶原生林已遭严重的人为破坏,目前只有
几座较高的山上有少量野生山茶分布。国内山茶种
群分布地域较狭窄,规模较小,且受到严重人为破
坏,这些因素使得国内种群近交频度增加,遗传漂变
导致等位基因流失,降低了种群的遗传多样性水平。
3.2山茶种群遗传结构分析
Mantel等(2003)认为岛屿地理隔离阻碍基因
交流,地理距离相对较近的浙江种群间以及日本种
群间的遗传分化程度都较小(Gst分别为0.1126和
0.0600),而象山种群和鹿儿岛种群相距较远,两者
的遗传分化程度也较高(Gst=0.1662),UPGMA也
将距离较近种群聚为亲缘关系更近的一支,表明岛
203 广 西 植 物 32卷
屿地理隔离可能对山茶种群的遗传分化具有重要影
响,Mantel检验(r=0.7989,P<0.05)进一步证实
了此种可能。
山茶虽为完全两性花,但其自花授粉结实率低,
主要还是靠虫媒进行异花授粉(Wendel等,1985),
种群间花粉传播较广泛(Chung等,1996;Oh等,
1996;Ueno等,2000)。开红花的山茶也具备典型
鸟媒植物的一些特征,而容易取得的花蜜也吸引了
很多非专性嗜蜜的鸟类(Chung等,1996),如暗绿
绣眼鸟(Zosterops japonica)(Kunitake,2004等;
Yoko等,2004)。对于岛屿山茶种群来说,虫媒或
鸟媒在种群间传播花粉的能力必定受到岛屿间隔距
离的约束,近距离岛屿种群间花粉传播程度会更高,
亲缘关系也就更近(冷欣等,2006)。除了虫媒和鸟
媒,选择压力也是一个影响遗传结构的重要因素(文
亚峰等,2010),近距离岛屿种群所面对的降雨、温度
等诸多方面的选择压力更相似,可能也会在一定程
度上减少近距离岛屿种群间的遗传分化程度,使得
距离较近种群间的遗传结构更为相似。
3.3山茶种质资源的遗传多样性保护
日本岛屿山茶种群的遗传多样性较高,这与该
国对山茶资源的保护是分不开的。目前,日本南部
多个岛屿还保有大面积的天然山茶大树林作为优势
种存在,生长状况良好。我国舟山群岛、长门岩岛等
一些岛屿所分布的天然山茶生长状况却大不一样,
采挖、砍伐以及人为活动所引起的生境破坏已经严
重威胁到我国岛屿野生山茶资源的生存(梁盛业,
2000)。
基于岛屿山茶种群遗传结构的分析,建议加强
我国岛屿自然种群的就地保护力度,避免加剧对现
有岛屿生境的破坏与侵占;增强岛屿居民的生态保
护意识,禁止挖掘山茶幼苗及采摘种子,以维护种群
的自然更新。其次,在这些岛屿建立山茶种质资源
库,最大限度地保护各岛屿种群的遗传资源。最后,
加大山茶研究力度,为山茶资源的保护和合理利用
提供基础。
致谢 感谢青岛东都实业有限公司辛兆才董事
长、日本玉川大学山口聪教授、浙江舟山市林科所王
国明所长在取样时给予的大力协助。
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3033期 林立等:中日5个岛屿山茶种群遗传多样性研究
枝叶无毛,叶片长渐尖、尾尖的类群之中,故这些植
株也归属于西南山茶较为适宜。
致谢 西昌学院农学系2002~2008级杨志、胡
世雄、王正旭、姜欣华、田云峰等10余位同学协助野
外调查和实验,中科院昆明植物研究所韦仲新研究员
带病耐心为笔者讲解花粉粒表面纹饰知识并赠送资
料,谨致真诚的谢意!
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