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豆蔻酰转移酶的噬菌体展示抑制肽筛选研究



全 文 :第 30卷 第 2期
1998年 3月
生物化学与生物物理学报
ACT A BIOCHIMICA et BIOPHYSICA SINICA
Vo l. 30, No. 2
M ar. , 1998
收稿日期: 1997— 05— 22  接受日期: 1997— 06— 27
* 浙江大学生物科学与技术系
豆蔻酰转移酶的噬菌体展示抑制肽筛选研究
许正平*  段治军 陈 虎 陈长征 李伯良
( 中国科学院上海生物化学研究所 , 上海 200031 )
摘要  用固相柱筛库法和包被筛库法 , 从噬菌体展示的随机 15肽库中亲和结合筛选艾滋病、肿瘤等疾病相关酶
—— 豆蔻酰转移酶的噬菌体展示抑制肽。在筛选得到亲和结合噬菌体后 , 用建立的体外豆蔻酰转移酶 ( NM T )抑
制活性分析系统 , 获得了 16个具有抑制 NM T活性作用的噬菌体展示抑制肽。通过 DNA序列测定、相应随机肽
序列推定和序列联配等一系列分析 , 表明两种筛库方法所得抑制肽序列有重叠 , 并包含一个较为特征性的 PX0-3
H /R或 H /RX0-3P序列 , 其中 X为非特异氨基酸残基。
关键词   豆蔻酰转移酶 ; 噬菌体展示 ; 抑制剂 ; 药物分子筛选
  豆蔻酰辅酶 A: 蛋白质 N端豆蔻酰转移酶
( my risto yl CoA: pro tein N-myristoyl t ransferase,
N MT) 是一种催化真核细胞中蛋白质 N端甘氨酸
残基豆蔻酰化的修饰酶。研究发现豆蔻酰化蛋白质
往往是一些调节细胞生长发育、参与信号转导、肿瘤
发生和病毒复制组装等过程的重要功能性蛋白质 ,
如 G蛋白 α亚基、丝氨酸 /苏氨酸 /酪氨酸蛋白激
酶、蛋白磷酸酯酶、 HIV的 pr55ga g和 Nef蛋白、以及
癌基因和原癌基因产物 (如 pp60v-src、 pp60c-src )
等 [1~ 3 ]。且已有在肿瘤细胞中 NM T活性异常升高
的实验报道 [4 ]。因此 , 国际上已将 NMT作为抗肿
瘤、抗病毒、抗真菌感染治疗的一个靶蛋白 [5, 6 ]。
酶的抑制剂研究是药物筛选的一个极其重要的
方面。目前 , 国际上把 NM T抑制剂筛选的重点放
在其酰基底物—— 豆蔻酰 CoA或豆蔻酸的异原子
取代物上 [ 5]。已发现一些豆蔻酸异原子取代物可抑
制 HIV-1中 pr55gag的豆蔻酰化 , 从而抑制 HIV -1
的繁殖和感染 , 也可使劳氏肉瘤病毒的 pp60v-src失
去转化活性。另外 , 也有从 NMT的蛋白底物出发 ,
通过确定其与 NM T识别和结合的关键氨基酸序列
后 , 加以改造、修饰 , 发展出拟肽 ( peptidomimetic)
抑制剂的报道 [7 ]。但是以上两种方法均很难适应于
规模性筛选的需要。
近年来发展的噬菌体展示技术可用于构建含
107以上个不同分子的随机肽库 , 并成功地用于受
体、酶等抑制剂的大规模生物筛选 [8 ]。我们实验室
构建了多种噬菌体展示随机肽库 , 并筛选获得了
cAMP依赖蛋白激酶 ( cAPK)催化亚基的底物和抑
制剂序列 [9, 10 ]。同时 , 在蛋白质 N端修饰加工研究
中成功地克隆表达了酵母 NMT基因 , 建立了 in
vit ro和 in vivo NM T测活系统 [ 11, 12]。在这些基础
上 , 本文应用固相柱化 HrNM T柱和包被法从噬菌
体展示的随机 15肽库中筛选 NMT的噬菌体展示
抑制肽 , 并进行序列测定与活性分析 , 为进一步探
索建立肿瘤、艾滋病等的药物分子筛选系统奠定基
础。
材 料 和 方 法
1. 1 材料
1. 1. 1 质粒、菌种和噬菌体  表达质粒 pMFT-
7-5-NMT 和 pMFHTNMT 分别含成熟和 N 端
His6 融 合 的 酵 母 N MT 基 因。 表 达 质 粒
pZPmCα4H携带 C端截短 96 bp并与 His6融合的
cAPK催化亚基α基因。以上质粒均由本组构建。
大肠杆菌 BL21 ( DE3) 整合有包含 T7 RNA
聚合酶基因的λDE3区 DNA片段 , 用作表达宿主
菌。大肠杆菌 K91kan作为噬菌体转导单位 ( Tu )
测定和扩增的宿主菌。
展示于噬菌体 fd-tet表面的、与 g III蛋白 N端
融合的噬菌体展示随机 15肽库及其野生型噬菌体
fd-tet均由 Geo rge Smith教授 ( Universi ty of Mis-
souri, Co lumbia) 惠赠。
1. 1. 2 酶和化学试剂   Pseudomonas acyl CoA
synthetase、 LiCo A、 acrylamide、 bisacrylamide、 IDA-
Sepharose 6B和 imidazole购自 Sigma公司。 Se-
quenase Ki t购自 USB公司 ; AmplifyTM、 Hyperfi lm
MP、 [α-32 P] d ATP和 [9, 10(n ) -3H] my ristic acid
由 Amersham公司提供。
1. 2 方法
1. 2. 1 蛋白的表达和纯化   NM T的表达和纯
化 按 文 献 [9 ]方 法。 N 端 His6 融 合 NMT
( HrNMT)的表达和纯化按文献 [13]进行。 C端截
短的并与 His6融合的 cAPK催化亚基α( mCα4H)
作为 NMT的底物 , 其表达和纯化参照文献 [13 ]进
行。
1. 2. 2 固相柱法亲和筛选噬菌体展示 15肽库  
参照文献 [12 ] , 将约 300μg HrNMT固相化于 200
μl Ni2+ - IDA Sepharose 6B ( 50%悬浮液 )上后 , 以
噬菌体展示 15肽库为流动相进行亲和筛选。
1. 2. 3 包被法亲和筛选噬菌体展示 15肽库  取
约 1μg NM T加入到含 100μl酶标包被液 ( 1. 6 g /
L Na2 CO3 , 2. 92 g /L NaHCO3 , pH 9. 5)的 Falcon
可拆卸式酶标板小孔中 , 4°C过夜。用酶标洗涤液
( 20 mmo l /L Tris-HCl, 0. 05% Tween-20, pH
7. 4) 洗 3次后 , 每孔加入 400μl封闭液 ( 0. 1 mo l /
L NaHCO3 , 5 g /L BSA, 0. 02% NaN3 ) , 4℃封闭
3 h。用 TBS /1 g /L gelatin洗 3次后 , 加入 90μl
TBS /1 g /L gelatin和 10μl噬菌体 15肽库 (约 1010
个噬菌体颗粒 ) , 4°C结合 4 h。用 TBS /0. 5%
Tween洗孔 10次 , TBS洗 3次。专一结合噬菌体
用 100μl洗脱缓冲液 ( 0. 1 mol /L Gly-HCl, 1 g /L
BSA, 0. 1 g /L pheno l red ) 洗脱 , 并用 1 mol /L
Tris-HCl ( pH 9. 0) 中和。洗脱液感染大肠杆菌
K91kan测定转导单位 ( Tu) 或经扩增后进行下一
轮筛选。
1. 2. 4 噬菌体转导单位测定、扩增或纯化  按照
文献 [12 ]进行。
1. 2. 5 体外 NM T抑制剂活性分析  按文献 [9]
用 acyl CoA synthetase合成 3H标记的豆蔻酰 CoA
后 , 在 30μl反应体系中加 3μl 10×反应缓冲液
( 300 mmo l /L Tris-HCl, 5mmol /L EGT A, 4. 5
mmol /L EDT A, 45 mmo l /Lβ-巯基乙醇 , 10% Tri-
ton X-100, pH 7. 2) , 5μl 3H标记豆蔻酰 Co A, 约
0. 1μg NMT及约 1011亲和结合筛选到的噬菌体或
野生型噬菌体颗粒 , 混匀 , 室温放置 10 min。加入
约 4μg mCα4H启动反应 , 30°C保温 20 min。加等
体积 2×还原型蛋白电泳上样缓冲液 , 煮沸 3 min。
从中吸取 40μl进行 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳 , 用
放射自显影方法确定噬菌体的抑制能力。
1. 2. 6 放射自显影分析  将电泳胶在固定液
( 25%异丙醇 , 10%冰醋酸 )中固定 30 min, 再浸泡
在 AmplifyTM中 30 min, 真空加热干燥。在 - 70°C
与 Hyperfilm MP感光片曝光。以野生型噬菌体为
对照 , 从条带灰度强弱 (用灰度密度扫描仪确定 )判
断抑制程度。抑制活性表示为 ( 1- 样品条带灰度 /
对照条带灰度 )× 100。
1. 2. 7  DNA序列分析  根据文献 [12 ]用煮沸法
制备单链 DNA模板后 , 按 USB Sequenase Kit操
作手册进行。 测序用引物为 GAATT T TCTG
TA TGA GGT。
结 果
2. 1 固相化 HrNMT柱亲和结合筛选 NMT的噬
菌体展示抑制肽
将 HrNMT固定化于 Ni2+ -IDA树脂上后 , 加
入一定量的噬菌体肽库 (约 1010个噬菌体 )进行亲
和结合筛选。经充分洗涤除去非专一结合噬菌体
后 , 用 0. 1 mo l /L Gly /HCl ( pH 2. 2)洗脱专一结
合噬菌体 , 再在大肠杆菌 K91kan中进行扩增 , 扩
增噬菌体用于下一轮筛选。表 1所列结果显示前 3
轮筛选的回收率不断增高 , 表明有专一性结合的噬
菌体存在。经第 4轮亲和筛选后 , 噬菌体的回收率
达到稳定 , 说明亲和结合趋近饱和 (表 1A, 图
1A )。 同 时 , 以 不 加 HrNM T 的 Ni2+ -IDA
Sepha rose 6B柱为对照同样进行亲和结合筛选 , 其
噬菌体回收率保持在 10- 6%左右 , 表明非特异性吸
附引起的结合在统计学上可忽略不计 (图 1A)。
  从第 3、 4轮筛选所得的克隆中随机挑取噬菌体单
克隆 , 经扩增、纯化后以 TBS缓冲液和野生型噬菌体
fd-tet为对照 , 分析它们对 NMT活力的抑制作用。
图 2为亲和结合噬菌体抑制活性测定的放射自显影结
果 , 显示均有明显的抑制 NMT活性作用。
Table 1  Phage recovery during screening phage display
libra ry
( A) Scr eening with immobilized HrNM T
Round
Load ed phages
( particles)
Elu ted ph ag es
( part icles )
Ph age recovery
/% a
I 3× 1010 3× 104 10- 4
II 2× 1010 2× 105 10- 3
III 1× 1010 1× 107 0. 1
IV 4× 109 8× 106 0. 2
155第 2期 许正平等 :豆蔻酰转移酶的噬菌体展示抑制肽筛选研究
Fig. 1  Sc reening o f the phage display libr ary
( A) s creening w ith immobili zed HrNM T;■ , no HrNM T; □ , HrNM T.  ( B) screening wi th coated NM T;■ , no NM T; □ , NM T.
Th e phage display lib rary ( about 1010 ) w as used to screen. Af ter incubation and washing, th e bound phages w ere eluted and ti tered as
described in Material and Meth ods. Phage recov ery was repres en ted as percentage of eluted phages compared to that loaded.
( B) Scr eening with coa ted NM T
Round
Loaded ph ages
( particles )
Eluted phages
( particles)
Phage recov ery
/% a
I 3× 1010 1× 104 3× 10- 5
II 5× 109 4. 3× 103 9× 10- 5
III 6× 108 2. 6× 103 4. 3× 10- 4
IV 5× 107 195 3. 9× 10- 4
   a Phage recovery w as represented as percen tage of eluted ph ag es
compared to that load ed.
  以上结果说明 , 利用固相柱法经过 4轮亲和结
合筛选 , 可以从噬菌体随机肽库中专一性地获得
NMT的噬菌体展示抑制肽。
2. 2 包被法亲和结合筛选 NMT的噬菌体展示抑
制肽
在上述亲和结合筛选发现存在 NM T的噬菌体
展示抑制肽的工作基础上 , 进一步摸索发展一种快
速、简便地筛选 NM T噬菌体展示抑制肽的包被法
Fig. 2  I n v itro NM T inhibition assay
Selected phages were subjected to in vi tro inhibiti on activi ty
as say as des cribed in M aterial and Meth od s. Af ter running
SDS-PAGE, the gel w as performed autoradiog raphy to iden-
tify th eir capabili t y of inhibiting NM T activi ty. 1— 7 w ere
ph ag es s elected by immobi li zed HrN M T. 8 ( con trol ) , fd-tet
phag e. 9 (cont rol) , TB S buf fer.
亲和结合筛选系统。将重组表达的 NMT包被于酶
标板 (每孔 1μg ) , 然后加入噬菌体展示肽库进行
亲和结合筛选。经过 4轮筛选后 , 噬菌体回收率趋
近稳定 , 比不加 NMT的对照筛选回收率高 1 000
倍以上 (表 1B, 图 1B) , 说明已获得与 NM T亲和
结合的噬菌体。
随机挑取筛选到的亲和结合噬菌体单克隆 , 经
扩增、纯化后同样分析其对 NMT活性的抑制作用。
图 3为亲和结合噬菌体抑制活性测定的放射自显影
结果 , 显示除 6号外 , 其他亲和结合的噬菌体均有
不同程度的抑制 NM T活性作用。 6号噬菌体可能
是非特异吸附引起的 , 也可能是能与 NMT结合、
但不具有抑制 NMT活性的噬菌体。
Fig . 3  In vitro NM T inhibition assay
The m ethod was as des cribed in th e leg end to Fig. 2. 1— 10
w ere ph ag es s elected by coated NM T; 11, fd -tet ph ag e.
2. 3 噬菌体展示的 NMT抑制肽序列测定和分析
由于随机肽是融合于单链噬菌体 fd-tet的 g III
蛋白的游离 N端 , 既有利于亲和结合筛选 ,也可方
便地获得单链 DNA进行序列测定 , 进而推定噬菌
体展示的相应随机肽序列。
将上述筛选得到的具有抑制 NMT活性的噬菌
体扩增后 , 经 PEG /NaCl ( 167 g /L PEG8000, 3. 3
mo l /L NaCl)一次沉淀获得噬菌体颗粒 , 煮沸法制
备相应的单链 DNA。利用 USB公司测序试剂盒分
析各个抑制肽噬菌体的随机区序列 , 从而推定相应
156   生 物 化 学 与 生 物 物 理 学 报 第 30卷
的抑制肽序列见表 2和表 3。
Table 2  Amino acid sequences o f the random peptide r e-
g ion displa yed on the NM T inhibito r phages selected
by immobilized HrNM T
No. Amino acid sequence
Inhibi tion activi ty
/% a
1 N-L- I-G-H-H- F-P-H- F-R- A-L-S-S 59
2 T-W-P-V-V-H-G-A-C-R-A-H-G-H-C 97
3 G-G-F-S-L-H-P-W-W-R-F-Y-H-D-R 95
4 T-H-S-H-Q-W-R-H-H-Q-F-P-A-P-T 92
5 Q-H-G-H-F-T-D-G-Y-H-L-P-S-R-L 65
6 G-F-T-D-V- H-L-H-L-P-G-N-S-H-R 87
7 L-T-L-S- H-P-H-W-V-L-N-H-F-V-S 85
   a Inhibiti on activi ty (% ) = ( 1- th e sample band gray scales /
th at of con trol band)× 100. No. was corresponding to th e number in
Fig. 2.
表 2和表 3显示其中有两个序列是重叠的 , 即
表 2的第一行与表 3的第二行和表 2的第二行与表
3的第一行完全一样 , 相互证明了以上两种亲和结
合筛选方法均是可行的。通过序列联配和肽结构分
析 , 发现这些抑制肽序列中包含一种较为特征性的
序列 PX0-3H /R或 H/RX0-3 P, 其中 X为非特异氨基
酸残基。在所获得的 16个抑制肽序列中 , X0和 X3
各为 1种 , X1为 4种 , 而 X2有 8种 , 说明 P与 H/
R之间相隔两个氨基酸残基较为有利 , 而序列的方
向性则似乎不专一。
讨 论
   NM T是一种具有重要生物学功能的酶 , 其抑
制剂不仅可用于研究豆蔻酰化的生物学功能 , 而且
可作为肿瘤、艾滋病和真菌感染等疾病治疗药物的
前导分子。豆蔻酸异原子取代物虽然已成功地抑制
了豆蔻酰化 [5 ] , 但是由于豆蔻酰 Co A是 NM T的高
度专一性底物 , 具有较强的细胞毒性。而 NMT的
肽底物一级结构专一性较差 , 除 N端绝对需要甘氨
酸残基外 , 其余位点氨基酸残基是可变的 [1 ] , 故难
以设计出合理的专一性蛋白底物抑制剂。目前 , 作
用于 NM T自身的非底物抑制剂尚未见报道。我们
利用噬菌体展示技术和 NM T克隆表达、测活两方
面的工作积累 , 探索建立了一种可规模性筛选
NMT噬菌体展示抑制肽的方法系统 , 并成功地从
噬菌体展示随机肽库中筛选获得了噬菌体展示的抑
制肽 , 为深入研究作用于 NMT自身的非底物抑制
剂奠定了很好的基础。实际上 噬菌体展示随机肽
库作为一种组合文库 , 具有 107个以上不同的分子
类型 , 且其展示的随机肽序列可通过测定噬菌体
DNA相应序列而推定 (所谓的基因型与表型直接相
连 ) , 已在药物分子筛选设计中显示出强大的生命
力 [14 ]。
Table 3  Amino acid sequences o f the random peptide re-
gion display ed on the phages selected by coated NM T
No. Amino acid s equence
Inhibi ti on activity
/% a
1 T-W-P-V-V-H-G-A-C-R-A-H-G-H-C 96
2 N-L- I-G-H-H-F-P-H-F- R-A-L-S-S 59
3 G-L-D-L-L-G-A-V-R-K-P-V -V -R-R 82
4 G-A-L-V-L-S-R-V-D-R-W-F-L-V-A 59
5 T-A-S- L-V-F-F-R-D- G-T-L-S-N-R 66
6b L-V-R-H-G-R-Y-L-V-T-A-W-H-S-Y 0
7 A-F-V-A-L-G-S-L-S-Y-G-L-H-G-P 55
8 F-A-F-G- F-F-G-G-R-V-W-I-P-R-G 66
9 E-F-L-H-L-S-P-T-G-G-V-W-L-A-S 68
10 A-G-P-L-R-G-F-Y-M-C-S-W-C-T-P 74
   a Inhibi tion activi ty (% ) = ( 1- th e sample band g ray s cales /
that of cont rol band)× 100.
   No. was co rresponding to the number in Fig. 3.
   bNo. 6 has no NM T inhibi tion activi ty, bu t i ts s equence is a
cont rol of th e oth er inhibi ti on s equences.
在对重组克隆 NMT基因的表达及其产物活性
测定等的一系列研究中 , 发现在 NMT的 N端融合
6个 His残基基本上不影响原酶的结构和功能 [13 ] ,
而且 6个 His残基的存在使得 NM T能被方便地固
定化于 Ni2+ -IDA Sepharose 6B树脂上 , 从而可探
索通过亲和层析法从噬菌体展示 15肽库中筛选与
NM T专一亲和结合的噬菌体。同时 , 受 ELISA方
法的启示 , 探索将重组表达 NM T直接吸附于酶标
板壁上进行亲和结合筛选。本研究成功地建立了固
相柱和包被两种筛库方法。固相柱筛库法的噬菌体
回收率较高 , 但其所用的蛋白量也远高于包被法 ,
并且需要在蛋白质中融合一段 His残基作为亲和手
臂 , 因而不适合于那些融合 His-tag后影响本身结
构功能的蛋白质。包被法使用的重组表达 NM T量
极低 (仅固相法的 1 /300) , 而且由于是吸附于酶标
板壁上 , 每分子 NM T可供亲和结合的部位低于固
相法 , 所以回收率比固相法低得多 , 但仍比对照高
出 1 000倍以上 (图 3) , 并且能获得 NMT噬菌体
展示抑制肽。相比而言 , 包被法简单而易于操作 ,
157第 2期 许正平等 :豆蔻酰转移酶的噬菌体展示抑制肽筛选研究
且不需要外加固相化基质。另外 , 包被法利用的是
蛋白质与酶标板的非共价吸附 , 不需要 His-tag的
存在 , 因此能吸附于酶标板等的蛋白质均可用于筛
库研究。表 3和表 4的大多数肽序列中包含 P和 H/
R氨基酸残基 , 且构成此特征序列的两个特异性残
基。通过对所筛选到的 NM T抑制肽噬菌体中的随
机肽 ( 15个氨基酸残基 )的单点、双点和不同区段
缺失等一系列定点突变研究 , 已证实 P和 H/R, 特
别是 P在抑制肽的作用中是至关重要的 (结果另文
发表 )。
综上所述 , 我们从噬菌体展示随机 15肽库中
成功地筛选获得了豆蔻酰转移酶的噬菌体展示抑制
肽 , 不仅为深入研究该酶及豆蔻酰化在真核细胞内
的生物学功能奠定了基础 , 更重要的是可为探索艾
滋病和肿瘤等的治疗药物开拓新的途径。
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Selection of Myristoyltransferase Inhibitor Phages from Phage
Display Random Peptide Library
XU Zheng-Ping , DUAN Zhi-Jun, CHEN Hu, CHEN Chang-Zheng and LI Bo-Liang
( Shanghai Insti tute of B ioch emistr y, the Ch inese Acad emy of Sciences , Shanghai 200031, China )
ABSTRACT   Through screening library wi th ei ther immobili zed or coated enzymes, we selected dis-
ease-related my ristoyl t ransferase inhibitor phages f rom phage display random peptide library. Af ter high-
af fini ty bound phages w ere obtained, they w ere subjected to in v itro NMT inhibition assay to identi fy in-
hibi to r phages. The results o f DN A sequencing , peptide sequence deducing and sequence aligning of the 16
inhibi tor phages suggested tha t the sequences of inhibi to r peptides obtained by the tw o sepa rate screening
methods appeared overlapping , and included a consensus mo tif PX0-3H/R o r H /RX0-3 R, in w hich X repre-
sented a non-specific amino acid.
KEY WORDS   Myristoyl t ransferase; phage display; inhibitor; molecula r screening o f drug
158   生 物 化 学 与 生 物 物 理 学 报 第 30卷