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基于实时荧光定量PCR技术的蝴蝶兰PPO和PAL基因表达分析



全 文 :中国农学通报 2015,31(7):125-130
Chinese Agricultural Science Bulletin
基于实时荧光定量PCR技术的蝴蝶兰
PPO和PAL基因表达分析
赵和文,崔金腾,周田田
(北京农学院园林学院,北京 102206)
摘 要:为研究蝴蝶兰在组织培养过程中的褐化机制,通过观察与褐化相关基因PPO和PAL在组织培养
过程中不同时期的表达量,判断上述2个基因对褐化的影响。采用实时荧光定量的方法,设计特异性引
物,获得PPO基因与PAL基因的目的片段,再以实时荧光定量方式,检验上述2个基因在蝴蝶兰组培苗
中的表达量。结果表明,获得的PPO基因目的片段与蝴蝶兰×五唇兰相似性达到97%,蝴蝶兰PPO基因
目的片段序列与蝴蝶兰×朵丽兰相似性达到 98%。通过对蝴蝶兰组培苗培养不同阶段中PPO基因及
PAL基因的表达差异研究,发现:在对组培苗叶片切割后PPO基因的表达量迅速增加,随培养时间的推
移,表达量经过缓慢的降低后逐渐增高,在10~12天阶段表达量急剧增加,在12天达到最大量,随后降
低,后期表达量浮动不大;PAL基因分别在1、8、12天表达量急剧增加,12天的表达量最大,随后,总体表
达量有降低趋势。2个基因在第12天表达量都达到最高,说明此时是褐化发生的关键时期,若此时期对
其进行有效预防措施,将会减少褐化现象。
关键词:组织培养;褐化;PPO基因;PAL基因
中图分类号:S687.3 文献标志码:A 论文编号:casb14110072
Phalaenopsis aphrodite Rchb. F. PPO and PAL Expression Based on Real-time PCR Technology
Zhao Hewen, Cui Jinteng, Zhou Tiantian
(College of Landscape, Beijing University of Agricultural, Beijing 102206)
Abstract: The paper aims at researching browning of tissue cultured-seedling of Phalaenopsis aphrodite Rchb.
F., in order to judge the influence of PPO gene and PAL gene by observing their expression at different tissue
culture time. We obtained the target sequences of PPO gene and PAL gene by designing specific primers and
tested the expression of the above mentioned genes by real-time PCR. In our study, the similarities between
Phalaenopsis aphrodite Rchb. F. PPO and Phalaenopsis aphrodite Rchb. F.×Pulcherrima PPO were up to 97%
and the similarities between Phalaenopsis aphrodite Rchb. F. PPO and Phalaenopsis aphrodite Rchb. F.t ×
Doritis PAL were up to 98%. We found that after slicing the leave of tissue cultured-seedling, the expression of
PPO dramatically increased, and as time went on, the expression first slowly decreased and then increased.
The expression dramatically increased between 10 days and 12 days and then was up to the maximum;
following that, the expression reduced and did not change much. The expression of PAL gene rapidly increased,
respectively at 1, 8 and 12 days, and the expression was the maximum at 12 days. At last, the expression was
down. Both PPO and PAL expression reached the maximum at 12 days, which indicated that it was the critical
period for browning. Precaution taken at that time could reduce browning.
Key words: tissue cultured; browning; PPO gene; PAL gene
基金项目:北京市属高等学校创新团队建设与教师职业发展计划项目“The Project of Construction of Innovative Teams and Teacher Career
Development for Universities and Colleges Under Beijing Municipality”(IDHT20150503)。
第一作者简介:赵和文,男,1967年出生,北京延庆人,副教授,硕士,主要从事园林植物栽培与城市林业应用。通信地址:102206北京市昌平区回龙
观镇北农路7号北京农学院园林学院,Tel:010-80799122,E-mail:zhaohewen6@sina.com。
收稿日期:2014-11-12,修回日期:2015-01-30。
中国农学通报 http://www.casb.org.cn
0 引言
蝴蝶兰(Phalaenopsis aphrodite Rchb. F.)属于兰科
(Orchidaeeae)蝴蝶兰属(Phalaenosis)。由于蝴蝶兰具有
丰富的花色,超多的品种,品质好及花期长等特点,有
很高的经济价值和观赏价值,在世界花卉产业中有重
要位置[1]。通常蝴蝶兰人工繁殖途径是利用离体器官
诱导产生原球茎(PLB),通过原球茎的增殖培养,诱导
其发育成植株,从而得到大量幼苗。此方法可以得到
品质较一致的幼苗,这具有较高增殖系数,较少变异
性,适宜大规模繁殖[2-3]。最近,发现一种蝴蝶兰快速增
殖的新途径。利用蝴蝶兰外植体如花梗腋芽、茎尖、幼
苗等直接诱导丛生芽,再将其切割继代培养。但是蝴
蝶兰在组织培养过程中,褐变现象严重。组培褐变现
象是指外植体在组织培养过程中,被切割后,其伤口迅
出形成棕褐色或暗褐色物质,这些物质将逐渐扩散到
培养基中,并且导致培养基也变褐,若褐化严重,将致
使整个外植体死亡[4-5]。发生褐变的机制,可分为酶促
褐变和非酶促褐变,外植体的褐变在一般情况下认为是
酶促褐变[6]。氧、酶和底物,是引起褐化不可缺少的[4]。
在正常细胞内,底物与PPO不能接触并不发生褐变[7],
但是当细胞膜结构被破坏并发生变化后,酶和底物就
结合在一起,在氧的作用下,生成醌,就会引起褐变。
在褐变过程中,引起植物组织褐变的天然酶促底物酚
类物质[8]被氧化后产生醌类物质,这些醌类物质呈棕
褐色,若其逐渐扩散到培养基中,就会通过抑制其他酶
的活性,毒害整个外植体组织[9]。
植物体内的酚类物质包括很多种,包括其中的苯
丙烷衍生物。因苯丙烷衍生物是氧化酶的底物,所以
苯丙烷衍生物和褐变有密切的关系 [8]。其中 PAL、
C4H、4CL是苯丙烷类代谢途径的 3个关键酶[10-11]。反
式肉桂酸由PAL催化L-苯丙氨酸解氨产生,它是苯丙
氨酸代谢途径的关键酶。所以通过有效手段,将PAL
活性抑制住,就可抑制酚类物质的合成和积累,进而减
少外植体的褐化的发生。Peiser[12]通过 PAL抑制剂
AOA处理莴苣,有效抑制了莴苣的褐化的发生,
Murata[13-14]也通过降低PAL活性,有效降低了莴苣中酚
的含量,减少莴苣的褐化。另李贺勤等[15]通过AOA处
理野葛,结果表明AOA处理可以显著抑制以苯丙氨酸
为前体的异黄酮化合物的合成。PAL首先由Koukol
和Conn从绿色植物中发现,并将其进行了纯化[16]。现
在的研究中发现,PAL基因表达的酶不但所有的绿色植
物中都存在,而且在真菌、细菌及藻类中也有发现[17]。
有研究表明,PAL在植物体中由于存在的部位不同活
性,其相应的也不相同,一般情况下,植物体越嫩的部
位,该酶活性越高。例如,检测萌发5天的黄化水稻幼
苗的幼叶、根、胚轴的PAL活性依次降低[18],而在杨树
的顶芽、幼叶、幼茎中PAL表达量最高,在成熟叶和老
茎中PAL表达量很低[19]。
组织培养褐变发生的过程中,主要是多酚氧化酶
(PPO)和过氧化物酶(POD)起主要作用。POD普遍存
在于各种动植物、微生物体内,是一类氧化酶。研究发
现,POD在催化酚类化合物的氧化过程中起作用 [20]。
李焕秀等[21]发现,PPO和POD表达量的高低与梨外植
体组培褐变时褐变率呈正比。蒋益虹等[22]研究了百合
储藏过程中褐变度的变化规律与PPO、POD活性变化
呈正相关。PPO是一类能催化多酚类物质氧化成醌类
的含铜质体金属酶,广泛存在于植物体的分生组织、花
器官、叶片、块茎、根中,而且越是幼嫩部分,其含量越
多[23-25]。很多学者认为,在植物体内 PPO位于叶绿体
的类囊体和其他类型质体的基质中,而多酚类物质存
在于液泡中,因此,PPO与底物分开,会较稳定[26]。但
是当植物体内发生生理紊乱或组织受损时,PPO将会
与底物相结合,发生一系列氧化反应,进而导致褐变得
发生。在控制褐化方面,已有学者成功利用PPO反义
表达载体成功转化马铃薯[27]和苹果[13],有效减轻了马
铃薯的褐化和苹果的组培褐化问题。
综上所述,酚类物质与其代谢相关的酶类在植物
组织褐变中起到了重要的作用。所以,可以通过抑制
酚类物质的合成与氧化,有效防止组织褐变发生。因
此,从蝴蝶兰组培苗长势良好的叶片中分别分离得到
PPO和PAL基因片段,并且通过实时荧光定量PCR对
其在各个时期的表达量进行分析,研究氧化酶PPO基
因及发生褐变的底物PAL基因这2个基因在蝴蝶兰体
内的时空表达情况,为探讨在蝴蝶兰叶片外植体褐变
过程中的作用提供基础。
1 材料与方法
1.1 试验材料
以蝴蝶兰白花红心品系的Dtps.Mount Lip‘Kou’长
势良好的组培苗为试验材料。用于PPO基因表达分
析的材料取自接种于添加柠檬酸 300 mg/L的培养基
培养 0、1、2、4、6、8、10、12、14、16、18和 20天的蝴蝶兰
组培苗的叶片。用于PAL基因表达分析的材料取自接
种于添加AOA 25 μmol/L的培养基培养0、1、2、4、6、8、
10、12、14、16、18和20天的蝴蝶兰组培苗的叶片。
1.2 试验方法
1.2.1 提取蝴蝶兰叶片总RNA及反转录 cDNA 采用
Trizol法(Plant RNAzol试剂)提取蝴蝶兰组培苗叶片
的总RNA。在 1.0%琼脂糖凝胶,110 V电压下,电泳
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赵和文等:基于实时荧光定量PCR技术的蝴蝶兰PPO和PAL基因表达分析
25 min条件下,检测提取的总RNA的完整性。取5 μL
总RNA作为模板,加入浓度为50 μmol/L的1 μL Oligo
(dT)18 Primer和 1 μL RNase freedH2O混合均匀,在
70℃保温10 min,在冰上冷却4 min。离心数使上述变
性溶液聚集于PCR管底部,制配总体积 10 μL的混合
液:向混合液加入2 μL 5×M-MLV Buffer,0.5 μL dNTP
Mixture,40 U/μL的 0.25 μL RNase Inhibitor,200 U/μL
的 0.25 μL RTase M-MLV (RNase H-),1 μL RNase free
dH2O。混匀,42℃反应 1 h,70℃保温 15 min,将得
到的cDNA溶液置于-20℃保存备用。
1.2.2 保守片段的引物设计及 PCR 扩增 根据
GenBank中Phalaenopsis×Doritaenopsis hybrid cultivar
的 PAL的 cDNA序列信息以及 Doritis pulcherrima ×
Phalaenopsis hybrid cultivar Queen Beer Red Sky的
PPO 的 cDNA 序 列 信 息 ,使 用 引 物 设 计 软 件
PremierPrimer 5设计相应引物,引物合成工作由上海
英俊公司完成。
PALforward:5’-GACCACCTCACCCACAAG-3’;
PALreverse:5’- ATCTGCGTAAGCAAACAC- 3’;
PPOforward:5’- TGCCCACCATTCCAACAT- 3’;
PPOreverse:5’-CCTCCAATACCTCCACCTCA-3’。
将上述反转录得到的 cDNA作为模板,扩增保守
区段序列,PCR扩增反应体系为 25 μL,参照 2×Taq
PCR Green Mix试剂说明书添加试剂:1 μL cDNA,上
下游引物各 0.5 μL,12.5 μL 2×Taq PCR Green Mix,
ddH2O 10.5 μL。PCR反应过程为 94℃预变性 5 min,
94℃变性 40 s,45~55℃退火 30 s,72℃延伸 40 s,40次
循环,72℃延伸 10 min,之后 4℃条件保存。PCR产物
用 1.5.0%琼脂糖凝胶电泳并用凝胶成像系统拍照观
察,优化退火温度。
1.2.3 保守片段的克隆、测序 以 pMD19-T为载体,将
扩增产物切胶回收后连接到载体上,转入大肠杆菌感
受态TOP 10。通过蓝白斑筛选挑取阳性克隆,将菌液
送至上海英骏生物技术有限公司进行测序。
1.2.4 序列分析 利用DNAMAN对克隆所得到序列进
行相似性比较及同源树对比分析。
1.2.5 蝴蝶兰PAL基因和PPO基因的实时荧光定量表
达分析 分别以蝴蝶兰不同处理时间的 12个阶段总
RNA,以Oligo-d(T)为引物,用M-MLV反转录酶进行
反转录,用反转录后的 cDNA作模板。根据1.2.3中蝴
蝶兰PAL基因和PPO基因保守片段的测序结果,设计
实时荧光定量PCR特异引物进行PPO基因和PAL基
因表达实时荧光定量试验。
PPO forward:5’- GCCGATTGGCTCAACACC-
3’;PPO reverse:5’- GCCGACTTCGCTTTCTTC-3’;
PAL forward:5’- CGCAGAACAACATAACCA- 3’;
PAL reverse:5’- CATAAACCGACCAAGAAG-3’。
内参基因根据许传俊[28]的方法,18SrRNA基因为
内参基因(片段长度100 bp)。
18S rRNA F:5’-TCGCCGCCCGTGACTAGGCG
A-3’;18S rRNA R:5’-CAATGATCCTTCCGCAGGTT
C-3’。
琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,PPO和PAL基因
所选用的上下游引物可用于实时荧光定量 PCR反
应。反应体积为 25 μL,包括 2 μL cDNA(100 ng),
SYBR Premix Ex Taq™ II 12.5 μL,浓度为10 μmol/L的
上下游引物各 0.5 μL,剩余体积用 ddH2O补足。每个
反应重复 3次。反应程序:95℃ 30 s;95℃ 10 s,55℃
30 s,50个循环。使用 BIO-RAD公司 IQ5定量 PCR
仪,以18S rRNA作为内参基因,采用2-ΔΔCT法计算相对
表达量。
2 结果与分析
2.1 蝴蝶兰总RNA提取结果
2.1.1 琼脂糖凝胶电泳检测结果 以蝴蝶兰组培苗叶片
为材料,用Trizol法提取总RNA,电泳结果,如图 1显
示为 2条清晰的带,其中 28S约为 18S的 2倍,可以用
于下步试验。
2.1.2 核酸蛋白仪检测结果 RNA用Eppendorf公司的
BioPhotometer plus测定RNA的浓度,并确定后续反转
录试验采用的 RNA模板为 1 μL的总 DNA,如表 1
所示。
2.2 蝴蝶兰PAL基因PPO基因目的片段扩增
PAL和PPO基因片段的PCR扩增后产物,以6 μL
RNA浓度/(ng/μL)
545
A260/A280
1.92
A260/A230
2.03
提取的总RNA其中2条亮带分别是28S rRNA、18S rRNA,
用此法提取的总RNA无5S rRNA
图1 蝴蝶兰总RNA琼脂糖电泳结果
表1 蝴蝶兰总RNA质量检验结果
28S
18S
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上样量进行琼脂糖凝胶电泳,如图2和图3所示。由图
2可知,8个温度梯度 6个得到条带,4、5、7和 8得到 4
条清晰的条带,1和3两条较模糊的条带,2和6两个温
度未得到目的条带。由图3可知,8个温度梯度5个得
到条带,6、7和8得到3条清晰的条带,1和3两条较模
糊的条带,2、4和5未得到目的条带。综合比较图2和
图3结果,2个基因扩增均采用55℃退火温度。
2.3 蝴蝶兰 PAL基因和 PPO基因表达实时荧光定量
PCR分析
2.3.1 荧光定量PCR引物检验 由图 4所示,所设计的
荧光定量所需的引物扩增出的条带单一明亮,无引物
二聚体出现,符合荧光定量PCR所需标准可以用于下
一步实验。
2.3.2 蝴蝶兰组织培养过程中不同时期组织材料的第
一链 cDNA的准备 蝴蝶兰外植体叶片中含有大量的
糖类、酚类物质,导致蝴蝶兰叶片总RNA提取存在一
定的困难。试验中2个基因各自提取的12个时间梯度
的RNA经过核酸蛋白仪测定浓度后,根据每10 μL反
转录体系中Total RNA量为500 ng,每次每个样品3个
重复,取3次平均值,采用2-ΔΔCT法分析后续数据。
(1)实时荧光PCR扩增蝴蝶兰PPO基因表达结果
分析。根据荧光定量PCR内参基因18S rRNA和PPO
基因的Ct值,见表2。
由图 5可知:蝴蝶兰组培苗叶片培养过程中不同
培养阶段PPO基因的表达,在对组培苗叶片切割后表
达量迅速增加,接着随培养时间的推移表达量经过缓
1~8分别为45、45.6、47、48.9、51.3、53.3、54.4、55℃
图2 PAL基因琼脂糖凝胶电泳检测图
1~8分别为45、45.6、47、48.9、51.3、53.3、54.4、55℃
图3 PPO基因琼脂糖凝胶电泳检测图
1和2为以设计的荧光定量PCR蝴蝶兰PPO基因引物常规PCR扩增结果图,3和4为以设计的荧光定量PCR蝴蝶兰PAL基因
引物常规PCR扩增结果图,5和6为以设计的荧光定量PCR蝴蝶兰18S rRNA基因引物常规PCR扩增结果图
图4 荧光定量PCR引物检验
M 1 2 3 4 5 6 7 8 M 1 2 3 4 5 6 7 8
M 1 2 3 4 5 6
750 bp
400 bp
300 bp
200 bp
100 bp
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赵和文等:基于实时荧光定量PCR技术的蝴蝶兰PPO和PAL基因表达分析
慢的降低后逐渐增高,在 10~12天阶段表达量急剧增
加在12天时达到最高后随即表达量急速降低,在12天
后表达量随然有些增高降低的浮动但浮动趋势不是太
大,总体有降低趋势。
(2)实时荧光PCR扩增PAL基因和参照基因的参
数分析。根据荧光定量 PCR内参基因 18S rRNA和
PAL基因的Ct值,见表3。
由图 6结果可知:蝴蝶兰组培苗叶片培养过程中
不同培养阶段PAL基因的表达,在对组培苗叶片切割
后表达量迅速增加,接着随培养时间的推移表达量经
不同取材时期
PPO(Ct)
18S rRNA(Ct)
2-ΔΔCt
0 d
32.24
25.85
1 d
29.73
25.87
6.19
2 d
32.47
24.33
3.37
4 d
32.03
25.17
2.14
6 d
32.36
27.02
2.31
8 d
31.20
26.78
4.04
10 d
31.02
26.98
5.96
12 d
28.75
27.74
42.04
14 d
31.09
26.04
2.55
16 d
29.97
26.49
7.63
18 d
30.76
25.88
2.89
20 d
28.54
24.85
6.77
不同取材时期
PPO(Ct)
18S rRNA(Ct)
2-ΔΔCt
0 d
30.17
25.78
1 d
26.27
24.81
7.72
2 d
27.15
24.76
3.95
4 d
27.81
25.94
5.75
6 d
29.44
27.81
6.97
8 d
25.74
25.60
18.90
10 d
27.64
26.32
8.40
12 d
25.03
26.54
60.17
14 d
27.61
27.10
14.70
16 d
27.71
26.14
7.07
18 d
27.04
26.13
11.16
20 d
27.59
26.05
7.19
0
10
20
30
40
50
60
70
0 1 2 4 6 8 101214161820
培养天数/d
PAL








05
1015
2025
3035
4045
0 1 2 4 6 8 101214161820
培养条数/d
PPO








表2 蝴蝶兰组培过程中18S rRNA和PPO基因的Ct值
注:表中Ct值为3个平行样均值。
过缓慢的降低后逐渐增高,在10天时较8天时有所表
达量降低,但随即表达量急剧增加,在 12天时达到最
高后随即表达量急速降低,在 12天后表达量随然有
些增高降低的浮动但浮动趋势不是太大,总体有降低
趋势。
3 结论与讨论
本试验采用 Trizol法提取蝴蝶兰组培苗叶片总
RNA,提取结果较为理想。完整的、高质量RNA的提
取和纯化,是进行 RNA方面研究工作的基础,如
Northern杂交、逆转录 PCR、定量 PCR、cDNA合成及
体外翻译等的前提。在目的片段的获取中通过多次
PCR扩增反应,得出扩增不成功的主要因素一般是引
物的问题而扩增效率低的主要原因一般为 PCR反应图5 不同阶段PPO基因的相对表达量
表3 蝴蝶兰组培过程中18S rRNA和PAL基因的Ct值
注:表中Ct值为3个平行样均值。
图6 不同阶段PAL基因的相对表达量
体系中的褪火温度选择不理想及本身模板cDNA浓度
不够。这就要求在引物设计时特别注意,另外在退火
温度的选择上可以根据引物返回要求的温度上下浮动
采取温度梯度 PCR进一步确认。本研究最终获得的
PPO基因目的片段与其他物种PPO基因的序列具有
一定的相似性,尤其与蝴蝶兰×五唇兰相似性达到
97%,这进一步说明所克隆的基因属于PPO基因家族
的成员;获得的PAL基因目的片段与其他物种PAL基
因的序列达到 70%以上的相似性,尤其与蝴蝶兰×朵
丽兰相似性达到 98%,这进一步说明所克隆的基因属
于PAL基因家族的成员。
通过实时荧光定量对蝴蝶兰叶片培养过程分时间
段取材观察发现,在添加了柠檬酸处理的蝴蝶兰叶片
·· 129
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在组织培养的过程中,PPO基因的表达量在培养 1天
迅速增加,随后表达量经过降低后又增加,在 12天时
达到最大值其表达量接近1天时的7倍,随后表达量迅
速降低后表达量呈上下波动趋势,但总体又呈缓慢降
低趋势;在添加AOA处理的蝴蝶兰叶片在组织培养的
过程中,PAL基因的表达量在培养1天迅速增加,随后
表达量经过降低后又增加,在12天时达到最大值其表
达量接近1天时的8倍,随后表达量迅速降低后表达量
呈上下波动趋势,但总体又呈明显的降低趋势,该研究
结果PAL基因的表达量的变化与许传俊等研究有一定
的一致性,在培养初期表达量急速增加。但是本研究
发现,在之后其表达量又有增加,在 12天才达到最高
峰后才呈现降低趋势。2种基因都是在12天表达量最
高,这与许传俊等的研究有一定的差异。表明,在组织
培养的第 12天才是褐化的关键时期。目前对于PPO
和PAL如何参与调控植物的褐变发生还不是很清楚,
这需要利用分子生物学新技术进一步的研究,加深对
植物组织培养褐化现象的研究。
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