全 文 :2016年 第52卷 第5期营养饲料·NutritionandFeedstuffs
油脂脂肪酸链长和饱和度直接影响脂肪的吸收
代谢[1]。Marten等[2]报道,消化道肠腔内中链脂肪酸水
解作用和吸收过程比长链脂肪酸更快更有效,即使在
缺乏胆汁盐的情况下,中链脂肪酸依然能被肠道吸
收。Ramírez等[1]报道,中链脂肪酸的吸收转运途径不
同于长链脂肪酸。长链脂肪酸需要在肠上皮细胞内重
新合成三酰甘油,再与载脂蛋白、胆固醇等形成乳糜
微粒,进入淋巴系统,最后通过胸导管进入普通血液
循环;而中链脂肪酸则通过肠上皮细胞吸收进入毛细
血管,经门静脉直接转运到肝脏进行代谢。这样,中链
脂肪酸对肝脏内脂肪酸的合成代谢就会产生影响。
近几年,高通量测序技术已应用于各种家畜组
织的差异分析,在猪的肝脏、腹部脂肪、背最长肌[3]、
背部脂肪[4]以及鸡[5]、羊[6]等各种动物组织上都有应
用。但这些报道都是从动物遗传本身进行研究,而
没有从营养角度考虑。本研究从脂肪营养因子对肝
脏转录组影响出发,用饲粮中添加富含中链饱和脂
肪酸的椰子油和不添加油脂的对照饲粮饲喂肥育
猪。待到育成屠宰,采集肝脏组织,提取RNA,进行高
通量转录组测序,以期找出肝脏中差异表达显著的
基因和相关代谢通路。
1 材料与方法
1.1 试验材料
1.1.1 试验动物及饲养管理 试验地选在吉林大
学农业试验基地纯种猪场。从5窝相同日龄军牧1
号母猪中选取18头,体重为(60±1)kg。试验猪随机
分成2组,每组3个重复,每个重复3头猪,每栏为1
个重复。第1组饲喂添加椰子油的饲粮,第2组饲喂
不添加油的饲粮。按照猪场工作时间安排,每日
05:00、11:00和16:00饲喂,自由饮水。猪舍每日清
粪2次(04:00和13:00)。预试期7 d,正试期60 d。
1.1.2 试验饲粮 试验所用椰子油,购于秦皇岛金
海特种食用油工业有限公司,属于精炼级食品加工
用油。试验饲粮参照NRC(1998)肥育猪营养需要推
荐营养水平进行等能等氮饲粮配制。饲粮组成及营
养水平见表1。椰子油常温为固态,使用前需加热融
化,再加入提前3 d混合好的基础饲粮中,每天现拌
现喂,以防饲粮变质。
1.1.3 组织样品采集 正试期结束(110 kg左右),
试验猪一次性屠宰,采集肝脏组织样品,并迅速置于
液氮中,然后置于-80℃超低温冰箱冷冻保存,以备
总RNA的提取。
——————————————
收稿日期:2015-02-07;修回日期:2015-03-13
资 助 项 目 : 吉 林 省 安 全 优 质 肉 猪 现 代 生 产 关 键 技 术 示 范
(20140301013ny);国家科技支撑计划课题 (2012bad39b03)
作者简介 :李建平 (1976-),男 ,山西兴县人 ,讲师 ,研究方向 :动
物营养与饲料科学 ,E-mail:sxljp2004@126.com
*通讯作者 :姜海龙 ,副教授 ,硕士生导师 ,E-mail: h jiang@jlau.
edu.cn
椰子油对育成猪肝脏转录组高通量测序的
影响
李建平1,2,秦贵信1,张巧灵3,赵志辉4,王大力4,孙博兴4,姜海龙1*
(1.吉林农业大学动物科学技术学院,吉林长春 130118;2.河南牧业经济学院动物科技学院,河南郑州
450011;3.吉林大学动物医学学院,吉林长春 130062;4.吉林大学农业试验基地,吉林长春 130062)
摘 要:试验设计了椰子油组和对照组2个处理 。 采集育成猪肝脏组织 ,进行转录组高通量测序 ,找出2种处理
间的差异表达基因及差异代谢通路 。 利用Illumina HiSeqTM2500高通量RNA-seq测序技术测序 ,使用TopHat2软
件将测序得到的reads序列与猪参考基因组(Sscrofa10.2)序列比对,找出差异表达基因 ,并在Nr、GO和KEGG数据
库中进行功能注释、富集分析和聚类分析。 结果表明:椰子油组和对照组肝脏中差异表达基因共有487个,与对
照组相比,椰子油组表达上调的基因有222个,下调的基因有265个。 在差异表达上/下调前15位基因中 ,有多个
基因是参考基因组中没有的新基因和功能未知基因。 GO功能分类注释到细胞组成 、分子功能和生物学过程数
据库中的差异表达基因数分别有398、368个和398个;注释到KEGG通路中差异表达基因数188个。
关键词:椰子油;高通量RNA测序;差异表达基因;肝脏;育成猪
中图分类号:S828.5 文献标识码:A 文章编号:0258-7033(2 16)05-0060-05
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2016年 第52卷 第5期 NutritionandFeedstuffs·营养饲料
表1 试验饲粮组成及营养成分
项目 对照组 椰子油组
原料/%
玉米 680 480
小麦麸 120 290
大豆粕 (46% 粗蛋白) 170 160
鱼粉 10 10
油脂 0 40
石粉 5 5
磷酸氢钙 10 10
食盐 3 3
预混料 2 2
合计 1000 1000
营养成分
消化能/ (MJ·kg-1) 13.36 13.42
粗蛋白质/% 16.24 16.71
钙/% 0.51 0.52
有效磷/% 0.33 0.36
赖氨酸/% 0.74 0.76
蛋+胱氨酸/% 0.55 0.53
注:预混料可为每千克全价料提供 :维生素A 18000 IU,维生素D3
3700 IU,维生素E 20 IU,维生素K3 2 mg,维生素B1 10 mg,维生素
B2 13 mg,维生素B6 7 mg,维生素B12 0.05 mg,叶酸 2.0 mg,生物
素 0.1 mg,泛酸钙 13 mg,烟酸(尼克酸) 62 mg,锰 7mg,铁 95 mg,
锌 110 mg,铜 10 mg,硒 0.5 mg,碘 0.5 mg,钴 0.4 mg
1.2 试验方法
1.2.1 总RNA提取及质量检测 肝脏组织总RNA提
取采用Trizol法按产品说明进行。总RNA的浓度用
Qubit 2.0检测,纯度用Nanodrop2 000检测,完整性用
Angilent2 100检测。在RNA提取前,对操作过程中用
到的所有器械进行去RNA酶处理。总RNA用干冰包
装,送北京百迈客生物科技有限公司测序。
1.2.2 上机文库制备及质量控制 总RNA样品检测
合格后,进行文库构建,主要流程如下:(1)用带有
Oligo(dT) 的磁珠富集真核生物mRNA;(2)加入
Fragmentation Buffer将mRNA进行随机打断;(3)以
mRNA为模板,用六碱基随机引物合成第1条cDNA
链,然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymerase
I合成第 2条 cDNA链,利用AMPure XP beads纯化
cDNA;(4)纯化的双链cDNA再进行末端修复、加A尾
并连接测序接头,然后用AMPure XP beads进行片段
大小选择;(5)最后通过PCR富集得到cDNA文库。文
库构建完成后,分别使用Qubit2.0和Agilent 2 100对文
库的浓度和插入片段大小进行检测,使用qPCR方法
对文库的有效浓度进行准确定量,以保证文库质量。
1.2.3 测序和数据处理及生物信息学分析 用
Illumina HiSeqTM2 500对检测合格的文库上机测序,
测序读长为PE100。利用TopHat2序列比对软件 [7]将测
序Reads与猪参考基因组(Sscrofa10.2)进行序列比
对,获得Mapped Data。基于Mapped Data,进行插入片
段长度检验、随机性检验等测序文库质量评估,进行
表达量分析、可变剪接分析、新基因发掘和基因结构
优化等。在差异表达基因检测过程中,将log2FC≥1
且FDR<0.01作为筛选标准。差异倍数(FC)表示两样
品(组)间表达量(FPKM)的比值。错误发现率(FDR)
是通过使用公认的Benjamini-Hochberg校正方法对
差异显著性P值进行校正得到的。根据基因在不同
样品中的表达量进行差异表达分析、差异表达基因
功能注释和功能富集等高级分析。
1.2.4 基因表达量计算 找出差异表达基因需要
准确的基因表达量,基因表达量的计算使用FPKM
法 [8],FPKM计算公式:
式中,cDNA Fragments表示比对到某一转录本上的
片段数目,即双端 Reads数目;Mapped Fragments
(Millions)表示比对到转录本上的片段总数,以106为
单位;Transcript Length(kb):转录本长度,以103个碱
基为单位。
2 结果与分析
2.1 椰子油组与对照组RNA-Seq转录组差异基因
表达结果 由表2可知,30个基因中有11个是新基
因,无基因名称,有6个基因只在ensembl数据库中能
查到,没有基因名称,基因的具体功能未知。上调基
因中有7个是已知功能基因,分别是醛脱氢酶1家
族,成员B1(aldehyde dehydrogenase 1 family,member
B1,ALDH1B1)、胰岛素受体底物1(insulin receptor
substrate 1,IRS1)、CD207 分 子 (CD207 molecule,
langerin,CD207)、锌指蛋白518A(zinc finger protein
518A,ZNF518A)、细胞视黄酸结合蛋白 1(cellular
retinoic acid binding protein 1,CRABP1)、杰纳斯激酶
和微管结合蛋白 3 (Janus kinase and microtubule
interacting protein 3,JAKMIP3)、接触蛋白3(contactin
3,CNTN3);下调基因中有6个是已知功能基因,分别
是 耳 蝶 呤 3 (otopetrin 3,OTOP3)、 转 钴 胺 素 1
(transcobalamin1,TCN1)、UNC5D(unc -5 homolog D,
UNC5D)、促甲状腺激素释放激素降解酶(thyrotropin-
FPKM= cDNA Fragments
Mapped Fragments(Millions)×Transcript Length(kb)
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releasing hormone degrading enzyme,TRH-DE)、α1,4-
半乳糖基转移酶 (alpha 1,4 -galactosyltransferase,
A4GALT)、细胞色素P1A1(cytochrome P450,family 1,
subfamily A,polypeptide 1,CYP1A1)。
2.2 椰子油组与对照组差异表达基因GO功能富集
结果 将椰子油组与对照组所有测序基因注释到
GO数据库[9]中,可得出差异表达基因富集结果。
2.2.1 椰子油组与对照组差异表达基因GO-细胞组
成富集结果 所有测序基因比对到GO-细胞组成
(CC)数据库中差异表达基因数398个。但在细胞组
成中没有差异表达基因显著富集的组分。
2.2.2 椰子油组与对照组差异表达基因GO-分子功
能富集结果 所有测序基因比对到GO-分子功能
(MF)数据库中差异表达基因数368个。由表3可知,椰
子油组与对照组的GO-分子功能中,显著富集在前列
腺素-E 2,9-还原酶活性中的差异表达基因有6个,占
该分子功能基因数的60%,占比对到MF数据库所有差
异表达基因数的1.63%;显著富集在前列腺素-F合酶
活性中的差异表达基因有5个,占该分子功能基因数
的71.43%,占比对到MF数据库所有差异表达基因数
的1.36%;显著富集在胆甾烯酮还原酶活性中的差异
表达基因有5个,占该分子功能基因数的71.43%,占比
对到MF数据库所有差异表达基因数的1.36%。
2.2.3 椰子油组与对照组差异表达基因GO-生物学
过程富集结果 所有测序基因比对到GO-生物学过
程(BP)数据库中差异表达基因数398个。由表3可
知,椰子油组与对照组的GO-生物学过程中,显著富
集在胆固醇生物合成过程中的差异表达基因有11
个,占该生物过程基因数的42.31%,占比对到BP数
据库所有差异表达基因数的2.76%;显著富集在氧
化-还原过程中的差异表达基因有40个,占该生物
学过程基因数的7.04%,占比对到BP数据库所有差
异表达基因数的10.05%;显著富集在细胞对前列腺
素刺激的应答中的差异表达基因有5个,占该生物过
程基因数的55.56%,占比对到BP数据库所有差异表
达基因数的1.26%。
2.3 椰子油组与对照组差异表达基因KEGG功能富
集结果 将椰子油组与对照组所有测序基因注释到
KEGG数据库 [10]中,可注释到差异表达基因显著富集
通路8个,见表4。
3 讨 论
本研究采用新一代高通量测序技术探讨脂肪营
养因子对肝脏转录组基因差异表达的影响。由于椰
子油富含中链饱和脂肪酸,又能快速吸收到达肝脏,
从而对肝脏脂肪酸合成代谢产生影响,导致肝脏内
相关基因差异表达,进而影响代谢通路。
3.1 椰子油组与对照组差异基因表达分析 高通
量转录组测序结果显示,椰子油组与对照组肝脏组
织中差异表达的基因共有487个,与对照组相比,椰
子油组表达上调的基因有222个,下调的基因有265
个。在上/下调最大共30个基因中有11个是本次测序
比对预测到的新基因,有6个基因只在ensembl数据
库中能查到,没有基因名称,属于已公布的新基因范
畴,基因的具体功能未知,还有13个基因是已知基
因。椰子油组显著上调的前3个差异表达基因是
表2 与对照组相比 、 椰子油组上调 /下调幅度最大的前15位基
因
基因名称
椰子油组
FPKM
对照组
FPKM
log2FC
上/
下调
ENSSSCG00000022724 42.18 0.21 7.45 Up
ALDH1B1 4.54 0.003 6.47 Up
ENSSSCG00000028994 2.70 0.03 6.45 Up
IRS1 1.51 0.01 6.27 Up
ENSSSCG00000006771 2.84 0 5.96 Up
ENSSSCG00000029446 3.13 0.05 5.70 Up
Pig_newGene_1455 1.52 0 5.62 Up
CD207 18.45 0.33 5.59 Up
Pig_newGene_54 1.01 0 5.56 Up
ZNF518A 0.62 0 5.27 Up
Pig_newGene_927 2.00 0.02 5.27 Up
CRABP1 21.52 0.54 5.12 Up
JAKMIP3 0.65 0 5.00 Up
ENSSSCG00000024011 2.09 0 4.92 Up
CNTN3 0.40 0 4.78 Up
OTOP3 0.03 4.98 -7.26 Down
Pig_newGene_6220 0 6.48 -7.16 Down
Pig_newGene_2379 0 3.01 -7.10 Down
Pig_newGene_3418 0 0.77 -5.55 Down
Pig_newGene_3823 0 92.11 -5.32 Down
TCN1 0.06 2.44 -5.25 Down
Pig_newGene_5574 0 0.82 -5.14 Down
UNC5D 0 0.87 -4.97 Down
Pig_newGene_3380 0.44 -4.82 Down
TRH-DE 0.22 3.68 -4.73 Down
Pig_newGene_7470 1.35 38.05 -4.72 Down
A4GALT 0 1.96 -4.72 Down
Pig_newGene_697 0.11 2.88 -4.59 Down
ENSSSCG00000002626 4.24 99.89 -4.58 Down
CYP1A1 93.25 2122.85 -4.52 Down
注:Pig_newGene_****: 本研究转录组测序样品中发现的新基因
(测序公司自编名称 ),ENSSSCG0000000****:ensembl数据库中
的基因代码
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注:1.比对到KEGG数据库某通路中的差异基因数 ,2.比对到KEGG数据库中某通路中所有基因数
通路 差异表达基因 1(188 个) KEGG2 (7026 个) 校正 P 值 通路 ID
类萜骨架生物合成 8 16 3.84e-07 ko00900
类固醇生物合成 8 21 5.41e-06 ko00100
丙酮酸代谢 10 50 9.49e-05 ko00620
药物代谢-细胞色素 P450 10 63 8.73 e-04 ko00982
生物异源物质细胞色素 P450 代谢 9 58 3.15 e-03 ko00980
脂肪酸生物合成 4 8 5.05 e-03 ko00061
视黄醇代谢 9 62 5.47 e-03 ko00830
酪蛋白氨基酸代谢 4 9 8.90 e-03 ko00460
基因
基因簇频率 1 DEG
CF/%
基因组频率 2 EG GF/% 校正 P 值
细胞组成
生物学过程
胆固醇生物合成过程 11 2.76 26 0.14 2.23e09
氧化还原过程 40 10.05 568 2.96 2.06e08
细胞对前列腺素刺激的应答 5 1.26 9 0.05 6.27 e04
睾酮生物合成过程调节 5 1.26 9 0.05 6.27 e04
视黄酸生物合成过程的负调节 5 1.26 9 0.05 6.27 e04
细胞对皮质类固醇刺激的应答 5 1.26 9 0.05 6.27 e04
视黄酸受体信号通路的调节 5 1.26 10 0.05 1.23 e03
一元羧酸分解过程 5 1.26 11 0.06 2.22e03
分子功能
前列腺素 E 2,9 还原酶活性 6 1.63 10 0.06 7.10e06
前列腺素 F 合酶活性 5 1.36 7 0.04 3.64e05
胆甾烯酮还原酶活性 5 1.36 7 0.04 3.64e05
前列腺素 D2,11 酮还原酶活性 5 1.36 7 0.04 3.64e05
雄酮脱氢酶活性 5 1.36 7 0.04 3.64e05
视黄醛脱氢酶活性 7 1.90 20 0.11 4.50e05
睾酮 17β 脱氢酶(NADP+)活性 5 1.36 8 0.04 9.54e05
ENSSSCG00000022724(log2FC=7.45)、ALDH1B1(log2FC =
6 . 47)和 ENSSSCG00000028994(log2FC = 6 . 45)。分
别比对到Nr数据库(属于蛋白质数据库)中获得功能
注释,ENSSSCG00000022724注释是葡萄糖醛酸基转
移酶2B18,功能是催化胆汁酸、类固醇、甲状腺激
素、胆红素和脂肪酸等外源性物质的代谢 [11 -12];
ALDH1B1注释是线粒体醛脱氢酶,能催化代谢各种
醛类物质,如脂肪族醛、芳香族醛和脂类过氧化产物
等 [13]。ENSSSCG00000028994没有注释到功能。椰子油
组显著下调的前3个差异表达基因是OTOP3(log2FC=
- 7.26)、Pig_newGene_6220(log2FC=-7.16)和Pig_new
Gene_2379(log2FC=-7.10)。分别比对到Nr数据库中获
得功能注释,OTOP3注释是耳蝶呤3,编码多种跨膜结构
域蛋白,参与细胞信号转导 [14]。Pig_newGene_6220和
Pig_newGene_2379没有注释到功能。
3.2 椰子油组与对照组差异表达基因GO功能富集
分析 所有测序基因比对到GO数据库,GO富集分
析显示,比对到GO-细胞组成数据库中,没有发现差
异表达基因显著富集的组分。说明饲喂椰子油对肝
脏细胞组成影响不大。比对到GO-分子功能数据库
中,差异表达基因显著富集在前列腺素-E 2,9-还
原酶活性、前列腺素-F合酶活性、胆甾烯酮还原酶
活性、前列腺素D2,11-酮还原酶活性、雄酮脱氢酶
活性、视黄醛脱氢酶活性等。说明饲喂富含中链饱
和脂肪酸的椰子油对肝脏中的酶类,尤其是前列腺
素家族相关酶类有显著影响。比对到GO-生物学过
程数据库中,差异表达基因显著富集在胆固醇生物
合成过程、氧化-还原过程、细胞对前列腺素刺激的
应答、睾酮生物合成过程调节、视黄酸生物合成过程
的负调节、细胞对皮质类固醇的应答等,这些生物学
表3 椰子油组与对照组差异表达基因GO富集结果
注 :CF=DEG/TDEG×100%。 CF:对应GO term中差异表达基因簇的频率 ,DEG:对应GO term中差异表达基因的数量 ,TDEG:比对到对应
GO term中所有差异基因数 。 GF=EG/TEG×100%。 GF:比对到对应GO term中基因的频率;EG:对应GO term中基因的数量;TEG:比对到对
应GO term中所有基因数
表4 椰子油组与对照组差异表达基因显著性富集通路
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过程的显著差异与椰子油在肝脏细胞内的快速分解
代谢有关。
3.3 椰子油组与对照组差异表达基因KEGG功能富
集分析 KEGG数据库可以进行差异表达基因代谢
通路注释,有助于进一步解读基因的功能。本研究
KEGG通路注释和聚类分析结果显示,差异表达基因
显著富集的通路中,属于脂类代谢的是:类固醇生物
合成和脂肪酸生物合成;属于类萜代谢的是:类萜骨
架生物合成;属于糖代谢的是:丙酮酸代谢;属于生
物异源物质生物降解与代谢通路的是:药物代谢-
细胞色素P450、生物异源物质细胞色素P450代谢;属
于辅助因子和维生素代谢的是视黄醇代谢;属于氨
基酸代谢的是:酪蛋白氨基酸代谢。Xing等 [15]报道,
对背部脂肪厚与背部脂肪薄(相差2~3倍)的2组全
同胞松辽黑猪肝脏进行高通量转录组测序分析,上
调基因显著富集的通路有生物异源物质细胞色素
P450代谢、药物代谢-细胞色素P450、视黄醇代谢和
色氨酸代谢,前3种通路变化与本研究符合,色氨酸
代谢在本研究中不是显著富集通路。Morton等 [16]报
道,皮下脂肪、附睾脂肪、肠系膜脂肪3种组织与肝
脏、肌肉、肾脏3种组织对比,差异表达基因显著富
集通路有PPAR信号通路和ECM-受体互作通路,而
在本研究中没有显著富集。本研究KEGG注释结果
与前人报道一致。
4 结 论
本研究从营养角度出发,在饲料中添加椰子油,
研究育成猪肝脏转录组差异。高通量测序结果显
示,椰子油组与对照组上/下调前15位差异表达显著
基因中三分之二是参考基因组中没有的新基因和未
知功能基因。差异表达基因GO功能富集分析中,没
有差异表达基因显著富集的细胞组分,分子功能和
生物学过程显著富集的功能都与椰子油代谢相关。
在KEGG差异基因显著富集代谢通路中,类固醇生物
合成通路和脂肪酸生物合成通路直接与脂肪代谢有
关。总体看,饲粮中添加椰子油对猪肝脏转录组有
重要影响。
参考文献:
[1] Ramírez M, Amate L, Gil A. Absorption and distribution of
dietary fatty acids from different sources [J]. Early Hum Dev,
2001, 65 Suppl: S95-S101.
[2] Marten B, Pfeuffer M, Schrezenmeir J. Medium-chain triglycerides
[J]. Int Dairy J, 2006, 16: 1374-1382.
[3] Chen C, Ai H, Ren J, et al. A global view of porcine
transcriptome in three tissues from a full -sib pair with extreme
phenotypes in growth and fat deposition by paired -end RNA
sequencing[J]. BMC Genomics, 2011, 12: 448.
[4] Corominas J, Ramayo-caldas Y, Puig-oliveras A, et al. Analysis
of porcine adipose tissue transcriptome reveals differences in de
novo fatty acid synthesis in pigs with divergent muscle fatty acid
composition[J]. BMC Genomics, 2013, 14: 843.
[5] Sevane N, Bialade F, Velasco S, et al. Dietary Inulin
Supplementation Modifies Significantly the Liver Transcriptomic
Profile of Broiler Chickens[J]. PLos One, 2014, 9(6): e98942.
[6] Fan R W, Xie J S, Bai J M, et al. Skin transcriptome profiles
associated with coat color in sheep [J]. BMC Genomics, 2013, 14:
389.
[7] Kim D, Pertea G, Trapnell C, et al. TopHat2: accurate alignment
of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and
gene fusions[J]. Genome Biol, 2013, 14(4): R36.
[8] Trapnell C, Williams B A, Pertea G, et al. Transcript assembly
and quantification by RNA Seq reveals unannotated transcripts
and isoform switching during cell differentiation[J]. Nat Biotechnol,
2010, 28(5): 511-515.
[9] Ashburner M, Ball C A, Black J A, et al. Gene ontology: tool for
the unification of biology. The Gene Ontoloy Consortium[J]. Nat
Genet, 2000, 25(1): 25-29.
[10] Kanehisa M, Goto S, Kawashima S, et al. The KEGG resource
for deciphering the genome [J]. Nucleic Acids Res, 2004, 32
(Database issue): D277-D280.
[11] Little J M, Lester R, Kuipers F, et al. Variability of human
hepatic UDP-glucuronosyltransferase activity [J]. Acta Biochim
Pol, 1999, 46(2): 351-363.
[12] Lampe J W, Bigler J, Bush A C, et al. Prevalence of
Polymorphisms in the Human UDP -Glucuronosyltransferase 2B
Family: UGT2B4 (D458E), UGT2B7 (H268Y), and UGT2B15
(D85Y) [J]. Cancer Epidem Biomar, 2000, 9(3): 329-333.
[13] Chen Y, Orlicky D J, Matsumoto A, et al. Aldehyde dehydrogenase
1B1 (ALDH1B1) Is a Potential Biomarker for Human Colon
Cancer[J]. Biochem Bioph Res Co, 2011, 405(2): 173-179.
[14] Hughes I, Binkley J, Hurle B, et al. Identification of the
Otopetrin Domain, a conserved domain in vertebrate otopetrins
and invertebrate otopetrin -like family members [J]. BMC Evol
Biol, 2008, 8: 41.
[15] Xing K, Zhu F, Zhai L W, et al. The liver transcriptome of two
full -sibling Songliao black pigs with extreme differences in
backfat thickness[J]. J Anim Sci Biotechnol, 2014, 5: 32.
[16] Morton N M, Nelson Y B, Michailidou Z, et al. A stratified
transcriptomics analysis of polygenic fat and lean mouse adipose
tissues identifies novel candidate obesity genes [J]. PLos One,
2011, 6(9): e23944.
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2016年 第52卷 第5期 NutritionandFeedstuffs·营养饲料
Effect of Coconut Oil on Transcriptomes of Finishing Pig Liver Based on High-throughput RNA
Sequencing
LI Jian-ping1, 2, QIN Gui-xin1, ZHANG Qiao-ling3, ZHAO Zhi-hui4, WANG Da-li4, SUN Bo-xing4, JIANG Hai-long1*
(1. College of Animal Science and Technology, Jilin Agricultural University, Jilin Changchun 130118, China;
2. Department of Animal Husbandry, Henan University of Animal Husbandry and Economy, Henan Zhengzhou
450011, China; 3. College of Animal Science and Veterinary Medicine, Jilin Changchun 130062, China;
4. Agriculture Test Station, Jilin Changchun 130062, China)
Abstract: The study was conducted to detect the differentially expressed genes and clustered metabolism pathways
between coconut oil group and control group finishing pigs. The chosen finishing pigs were slaughtered and liver
tissues were isolated and their mRNA were respectively extracted. The liver transcriptomes were analyzed by Illumina
HiSeqTM2 500 high-throughput RNA sequencing system. All RNA-Seq reads were mapped on the reference genome
(Sscrofa10.2) using TopHat2 software. All genes were annotated using Nr,GO and KEGG databases. The results
showed that there were 487 differentially expressed genes in two groups, in which 222 genes were up-regulated and
265 genes were down-regulated in coconut oil group vs control group. There were 398 differentially expressed genes
annotated into database of cellular component, 398 into biological process, 368 into molecular function in GO
databases; There were 188 differentially expressed genes annotated into KEGG databases, and differentially expressed
genes pathways clustered were associated with lipid metabolism and relative metabolism.
Key words: coconut oil;high-throughput RNA sequencing;differentially expressed gene;liver;finishing pig
作为功能性饲料添加剂,酿酒酵母、酵母代谢物
以及酵母培养物等具有改善畜禽消化道健康、维持
正常菌群平衡、增强机体免疫能力、改善瘤胃内环
境、增加采食量等作用 [1-2]。在家禽养殖方面,尤其是
鸡生产上,日粮添加酵母培养物可以提高蛋鸡采食
——————————————
收稿日期:2015-01-24;修回日期:2015-03-18
资助项目:吉林省重大科技攻关项目 (2012ZDGG006)
作者简介:荣博涵(1990-),男,蒙古族 ,内蒙古通辽市 ,硕士研究
生,研究方向为动物营养与饲料 ,E-mail:824034684@qq.com
*通讯作者 :甄玉国 (1970-),男 ,副教授 ,博士 ,研究方向为动物
营养,E-mail:nickzhen@263.net
过量添加酿酒酵母培养物对肉仔鸡
生长性能的影响
荣博涵1,2,甄玉国1*,秦贵信2,赵小丽1,于潇滢2,孙赵洋2
(1.吉林农业大学吉农博瑞奶牛饲料研发中心, 吉林长春 130118;
2.吉林农业大学动物生产与产品质量安全教育部重点实验室, 吉林长春 130118)
摘 要:本试验研究酿酒酵母培养物作为饲料添加剂时,在过量添加的情况下对肉仔鸡的影响机制。 选取144只公
母各半,健康状况良好,体重相近的1日龄AA肉仔鸡,随机分为6组,每组4个重复,每个重复6只鸡。 对照组饲喂基
础日粮 ,其他试验各组日粮按不同比例添加酵母培养物 ,其添加剂量分别为0.03%、0.06%、0.12%、0.
24%以及0.48%,试验期为42d。结果表明:与对照组相比,日粮中添加0.03%以上酵母培养物会显著降低1~42日龄
内AA肉仔鸡的平均日增重(P<0.05)与前期(18~21 d)氮素表观沉积率,提高料肉比(P<0.05);添加0.06%以上酵母
培养物会显著降低后期(39~41 d)氮素表观沉积率;添加剂量在0.03%~0.24%范围内可以提高血清中尿素氮与球
蛋白水平,降低碱性磷酸酶水平;酵母培养物的过量添加也会降低仔鸡小肠粘膜发育,降低绒毛高度与VCR比值。
关键词:酵母培养物,过量添加,AA肉仔鸡,生产性能
中图分类号:S831.5 文献标识码:A 文章编号:0258-7033(2016)05-0065-05
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