全 文 ：书食用菌学报２０１４．２１（２）：１～８
收稿日期：２０１４－０３－２９原稿；２０１４－０５－０６修改稿
基金项目：上海市科委重点科技攻关项目（编号：１０３９１９００９００）、种业发展专项［编号：沪农科种字（２０１２）第６号］、国
家科技支撑项目（编号：２０１３ＢＡＤ１６Ｂ０２）、上海市农业科学院青年科技基金［编号：农青年科技２０１３（２０）］
的部分研究内容
作者简介：张　丹（１９８６－），男，２０１１年毕业于扬州大学农学院作物遗传育种专业，硕士，研究实习员，主要从事食
用菌遗传育种研究。
＊本文通讯作者　Ｅ－ｍａｉｌ：Ｓ６２２０９７６０＠１６３．ｃｏｍ
文章编号：１００５－９８７３（２０１４）０２－０００１－０８
基于全基因组序列的香菇商业菌种
ＳＳＲ遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建的研究
张　丹１，宋春艳１＊，章炉军１，巫　萍１，２，鲍大鹏１，尚晓冬１，谭　琦１
（１上海市农业科学院食用菌研究所，农业部南方食用菌资源利用重点实验室，国家食用菌工程技术研究中心，
上海市农业遗传育种重点开放实验室，上海２０１４０３；２南京农业大学生命科学学院，江苏南京２１００９５）
摘　要：香菇（Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ）是世界主要栽培食用菌之一，香菇菌种的准确鉴定是香菇大规模生产和菌种
知识产权保护的重要前提。本研究基于香菇全基因组序列开发２００对ＳＳＲ标记用于２５份常用香菇栽培菌种
的遗传多样性分析和菌种鉴定。结果表明：供试材料的遗传相似性较高，遗传相似系数平均值为０．７７６，最小
值为０．５６７，最大值为１。基于遗传多样性分析结果，筛选出７对带型清晰且重复性好的ＳＳＲ标记，并成功构
建了１１份香菇商业菌种的多位点ＳＳＲ指纹图谱。这１１份菌种分别为：Ｃｒ－０２、闵丰１号、香菇２４１－４、森源１
号、森源８４０４、香九、广香５１号、华香５号、Ｌ９５２、Ｌ９３１９、Ｌ８０８。
关键词：香菇；简单重复序列；商业菌种；遗传多样性；指纹图谱
　　香菇（Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ）是我国十分重要的
栽培食用菌。自上世纪７０年代以来，随着品种
改良以及代料栽培技术的推广，我国香菇总产量
有了极大的提高，逐渐占到世界总产量的７０％以
上［１］。据中国食用菌协会统计，２０１２年我国香菇
总 产 量 达 到 ４００ 万 吨，仅 次 于 糙 皮 侧 耳
（Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ　ｏｓｔｒｅａｔｕｓ），是我国第二大栽培食用
菌。随着香菇栽培规模的逐步扩大，香菇栽培菌
种的使用数量也越来越多，目前已有２５份香菇
菌种通过了国家品种审定委员会的认定，用于大
规模的商业生产。
对于香菇产业来说，优质的菌种对香菇产量
和质量的贡献至关重要。目前，我国的香菇栽培
正逐步从分散的小农小户生产向着专业化、分工
化、规模化的方向发展，对香菇栽培菌种的质量
和真实性要求越来越严格。由于缺乏简洁高效
的菌种检测手段，生产上假菌种、退化菌种时常
冒充优良商业菌种流通于市场，导致菌种供应者
和香菇生产者遭受巨大经济损失，迫切需要研制
简便、快速、准确的菌种鉴定技术，以保证生产用
种的准确无误。
菌种的真实性常通过基于表型分析的 ＤＵＳ
（Ｄｉｓｔｉｎｃｔｎｅｓｓ，Ｕｎｉｆｏｒｍｉｔｙ　ａｎｄ　Ｓｔａｂｉｌｉｔｙ）测试来
鉴定。这种方法耗时费力，鉴定结果也易受环
境的干扰。近年来，随着分子生物学技术的发
展，越来越多的分子标记，如 ＲＡＰＤ （Ｒａｄｏｍ
Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　 Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　 ＤＮＡ ）
［２］、 ＡＦＬＰ
（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　 Ｆｒａｇｍｅｎｔ　 Ｌｅｎｇｔｈ　 Ｐｏｌｙｍｏｒ－
ｐｈｉｓｍ ）
［３］、ＩＳＳＲ （Ｉｎｔｅｒ　Ｓｉｍｐｌｅ　 Ｓｅｑｕｅｎｃｅ
Ｒｅｐｅａｔｓ）
［４］以及ＳＣＡＲ（Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ
Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　Ｒｅｇｉｏｎ）
［５－７］相继被应用于菌种真实性
鉴定的研究。分子标记以其快速、简便、可操作
性强等优点得到了迅速的推广。然而，在实际
应用中，上述分子标记也体现出一些缺点，例如
ＲＡＰＤ、ＡＦＬＰ以及ＩＳＳＲ 标记扩增出的条带数
量较多，统计分析比较繁琐且部分标记的可重
复性较低［８］；ＳＣＡＲ标记由于受基因组序列信息
的限制，目前可利用的标记数量较少。这些缺
点限制了上述分子标记的使用范围和检测
效率。
随着全基因组测序技术的不断发展，国内
外研究者开发了大量的新一代分子标记，如
食　用　菌　学　报 第２１卷
ＳＳＲ（Ｓｉｍｐｌｅ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ｒｅｐｅａｔ）、ＳＮＰ（Ｓｉｎｇｌｅ
Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）等，这些标记被越来
越多地应用于遗传学研究。其中，ＳＳＲ标记具
有数量多、多态性高、共显性、易操作等优点。
在植物上 ＳＳＲ 标记早已用于品种的鉴定研
究［９－１２］。在食用菌领域，当全基因组尚未测序
时，研究者常利用表达序列标签（ＥＳＴ）数据
库［１３］或 是 采 用 ＦＩＡＳＣＯ （Ｆａｓｔ　Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ　ｂｙ
ＡＦＬＰ　ｏｆ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ　Ｒｅｐｅａｔｓ）方法
［１４］
以及ＩＳＳＲ－抑制ＰＣＲ法［１５］开发了少量ＳＳＲ标
记。随着香菇全基因组序列测序工作的完成，
基于全基因组数据库开发大量遍布全基因组的
ＳＳＲ标记已成为现实。
笔者在香菇菌种Ｌ１３５全基因组测序完成
的基础上，拟初步开发２００对ＳＳＲ标记，并对２５
份经国审认定的香菇商业菌种进行ＳＳＲ基因型
鉴定。一方面检测所开发ＳＳＲ标记的实用性；
另一方面可考察现有商业菌种的遗传多样性。
此外，基于菌种的遗传多样性分析，还拟构建多
位点ＳＳＲ指纹图谱，用于鉴定常用的香菇商业
菌种，以期推动香菇菌种真实性鉴定技术的
发展。
１　材料与方法
１．１供试菌种
　　２５份经国家品种审定委员会认定的香菇（Ｌ．
ｅｄｏｄｅｓ）商业栽培菌种，保藏于国家食用菌标准菌
种 库 （Ｃｈｉｎａ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｆｏｒ　Ｍｕｓｈｒｏｏｍ　Ｓｐａｗｎ
Ｓｔａｎｄａｒｄｓ　ａｎｄ　Ｃｏｎｔｒｏｌ，ＣＣＭＳＳＣ），详见表１。
１．２供试培养基
　　斜面固体培养基（ＰＤＡ）：２００ｇ马铃薯、２０ｇ
葡萄糖、２０ｇ琼脂、１０００ｍＬ水，ｐＨ自然。
液体培养基：２００ｇ马铃薯、２０ｇ葡萄糖、
１０００ｍＬ水，ｐＨ自然。
１．３菌丝ＤＮＡ提取
　　４～５块米粒大小ＰＤＡ斜面活化菌种块接入
装１００ｍＬ液体培养基的２５０ｍＬ三角瓶中，每
个菌株２瓶，置于１４０ｒ／ｍｉｎ摇床上，２５℃恒温
培养７ｄ。滤纸过滤收集菌丝，蒸馏水冲洗，滤纸
吸干后，称取１ｇ。采用 ＣＴＡＢ法提取基因组
ＤＮＡ［２，１６］。使用分光光度计（ＮａｎｏＤｒｏｐ－１０００，
Ｔｈｅｒｍｏ公司，ＵＳＡ）对提取的ＤＮＡ进行浓度和
纯度检测。分别将提取的 ＤＮＡ 溶液稀释至
５０ｎｇ／μＬ，４℃保存备用。
１．４ＳＳＲ标记的开发
　　基于香菇全基因组数据库，利用Ｐｅｒｌ软件运
行 ＭＩＳＡ 脚 本 程 序［１７］结 合 Ｐｒｉｍｅｒ　Ｐｒｅｍｉｅｒ
３．０［１８］软件初步设计了２００对ＳＳＲ引物，并委托
上海生工生物工程公司合成。
表１　供试香菇商业栽培菌种
Ｔａｂｌｅ　１　Ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ｏｆ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ
ｉｎｃｌｕｄｅｄ　ｉｎ　ｔｅｓｔ　ｓｔｕｄｙ
菌株编号
Ｃｕｌｔｉｖａｒ　ｎａｍｅ
认定编号
Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ　ｎｏ．
菌种来源
Ｓｏｕｒｃｅ
申香８号Ｓｈｅｎ－８　 ２００７００１
申香１０号Ｓｈｅｎ－１０　 ２００７００２
申香１２号Ｓｈｅｎ－１２　 ２００７００３
上海
Ｓｈａｎｇｈａｉ
Ｃｒ０２　 ２００７００４
Ｌ１３５　 ２００７００５
闵丰１号 Ｍｉｎｆｅｎｇ－１　 ２００７００６
Ｃｒ６２　 ２００７００７
Ｃｒ０４　 ２００７００８
福建省
Ｆｕｊｉａｎ
Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
庆元９０１５Ｑｉｎｇｙｕａｎ９０１５　 ２００７００９
香菇２４１－４Ｘｉａｎｇｇｕ２４１－４　 ２００７０１０
武香１号 Ｗｕｘｉａｎｇ－１　 ２００７０１１
赣香１号 Ｇａｎｘｉａｎｇ－１　 ２００７０１２
菌兴８号Ｊｕｎｘｉｎｇ－８　 ２００８００７
Ｌ９３１９　 ２００８００８
Ｌ８０８　 ２００８００９
浙江省
Ｚｈｅｊｉａｎｇ
Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
金地香菇Ｊｉｎｄｉ　 ２００７０１３
四川省
Ｓｉｃｈｕａｎ
Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
森源１号Ｓｅｎｙｕａｎ－１　 ２００７０１４
森源１０号Ｓｅｎｙｕａｎ－１０　 ２００７０１５
森源８４０４Ｓｅｎｙｕａｎ８４０４　 ２００７０１６
华香８号 Ｈｕａｘｉａｎｇ－８　 ２００８００４
华香５号 Ｈｕａｘｉａｎｇ－５　 ２００８００５
Ｌ９５２　 ２００８００６
湖北省
Ｈｕｂｅｉ
Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
香九 Ｘｉａｎｇ－９　 ２００８００１
香杂２６Ｘｉａｎｇｚａ－２６　 ２００８００２
广香５１号Ｇｕａｎｇｘｉａｎｇ－５１　 ２００８００３
广东省
Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ
Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
１．５ＳＳＲ基因型鉴定
　 　ＰＣＲ 反 应 所 使 用 ＰＣＲ 仪 为 Ｍｙｃｙｃｌｅｒ
ｔｈｅｒｍａｌ　ｃｙｃｌｅｒ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ公司，ＵＳＡ），反应体系
为２０μＬ，包括：２μＬ　１０ × Ｒｅａｃｔｉｏｎ　ｂｕｆｆｅｒ
（Ｐｒｏｍｅｇａ，不含 Ｍｇ２＋），２μＬ　ＭｇＣｌ２（Ｐｒｏｍｅｇａ，
２５ ｍｍｏｌ／Ｌ），０．４μＬ　ｄＮＴＰ （１０ｍｍｏｌ／Ｌ），
０．２μＬ　Ｔａｑ 聚合酶 （５Ｕ／μＬ，Ｐｒｏｍｅｇａ公司产
品），２μＬ模板ＤＮＡ（５０ｎｇ／μＬ），正向和反向引物
各１μＬ（１０μｍｏｌ／Ｌ），以及１１．４μＬ　ｄｄＨ２Ｏ。
２
第２期 张　丹，等：基于全基因组序列的香菇商业菌种ＳＳＲ遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建的研究
ＰＣＲ反应采用Ｔｏｕｃｈｄｏｗｎ程序［１９］，参数设
置如下：９５ ℃ 预变性５ｍｉｎ，９５ ℃变性３０ｓ，
６７℃退火５０ｓ，７２℃延伸３０ｓ，２次循环；退火温
度以２℃的梯度逐渐降至５１℃，每个退火温度
均扩增２循环；９５℃变性３０ｓ，退火温度５５℃退
火５０ｓ，７２℃延伸３０ｓ，连续扩增２５循环；最后保
持７２℃延伸７ｍｉｎ。
ＰＣＲ扩增反应完成后，ＰＣＲ产物的变性、电
泳以及银染拍照同文献［２０］。
１．６数据分析
　　扩增产物的条带记录方式为：同一个ＳＳＲ标
记扩增出的等位差异片段，相同迁移率的位置有
条带的记录为“１”，没有条带的记录为“０”。
ＳＳＲ标记的多态性分析采用ＰｏｗｅｒＭａｒｋｅｒ
３．０ 软 件［２１］ 计 算 多 态 性 信 息 量 （ＰＩＣ，
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｃｏｎｔｅｎｔ）。 利 用
ＮＴｓｙｓ２．１０软件［２２］对香菇商业菌种进行遗传多
样性分析，根据Ｎｅｉ’ｓ遗传距离计算菌株间的遗
传相似系数，根据非加权组平均法（ＵＰＧＭＡ）对
菌种进行系统聚类分析。
筛选退火温度相同的ＳＳＲ引物用于构建指
纹图谱，经３次重复扩增，记录等位差异片段数
量变化范围和片段分子量大小。选取条带清晰
稳定的等位差异片段，根据分子量从大到小，依
次编码，根据编码组合的差异分析区分鉴定不同
的菌种。
２　结果与分析
２．１ＳＳＲ标记的多态性分析
　　２５份供试材料的ＰＣＲ扩增结果表明，设计
的２００对ＳＳＲ标记中有１１０对标记得到了扩增
产物，其中扩增产物表现出多态性的标记有９８
对，占所开发标记的４９％。９８对多态ＳＳＲ标记
共扩增出５４５个条带，单个ＳＳＲ标记扩增出的等
位差异片段个数的变化范围为２～１２。９８对多
态ＳＳＲ 标记的平均 ＰＩＣ 值（多态信息量）为
０．４５８，最大值为０．８６３，最小值为０．０７７。
２．２供试材料的遗传多样性分析
　　根据９８对多态ＳＳＲ标记在供试材料上扩增
的基因型数据，对２５份香菇商业菌种进行了遗
传多样性分析。结果表明，供试材料的遗传相似
性系数平均值为０．７７６，最大值为１，最小值为
０．５６７。在遗传相似系数为０．７３时可将２５份香
菇商业菌种分为３大类（图１）。第一类包含了：
图１　基于ＳＳＲ标记的２５份香菇商业菌种的ＵＰＧＭＡ系统聚类图
Ｆｉｇ．１　ＵＰＧＭＡ　ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ　ｏｆ　２５ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ
３
食　用　菌　学　报 第２１卷
申香８号、申香１０号、申香１２号、香杂２６、武香１
号、Ｃｒ０４、菌兴８号、Ｃｒ６２、赣香１号、华香８号、
闵丰１号、Ｌ９３１９、Ｃｒ０２、森源１号、华香５号、
Ｌ８０８、Ｌ９５２等１７份材料；第二类包含了：庆元
９０１５、金地香菇、香菇２４１－４、森源８４０４、Ｌ１３５、森
源１０号、广香５１号等７份菌株；第三类仅包含香
九１份菌种。ＳＳＲ标记的遗传多样性分析结果
还表明现有商业菌种相当一部分材料之间遗传
背景的相似性非常高。申香８号、申香１０号、申
香１２号、香杂２６、武香１号、Ｃｒ０４、菌兴８号间的
遗传相似系数的平均值达到０．９９８。香菇２４１－４
和森源８４０４间的遗传相似系数达到０．９９１。
Ｃｒ６２、赣香１号和华香８号之间，庆元９０１５和金
地香菇之间以及Ｌ１３５和森源１０号之间的遗传
相似系数分别均为１。
２．３供试材料的多位点ＳＳＲ分子表型分析
　　在遗传相似系数为０．９９时，可以将供试香
菇商业菌种分为１５个在遗传上具有差异的类
群。能够区分鉴定这１５个类群的７对ＳＳＲ标记
见表２。单个标记扩增的等位差异片段数量变化
范围为２～５个，片段分子量大小分布于２６０～
９３０ｂｐ之间。
选取其中２０个条带清晰稳定、重复性好的
等位差异片段，通过人工读数和编码分别记录
了所有供试材料的７位点ＳＳＲ分子表型数据
（表３），这些分子表型数据是构建供试香菇商业
菌种ＳＳＲ指纹图谱的基础。表２中记录了７对
ＳＳＲ标记所扩增等位差异片段的数量及其相对
于标准５０ｂｐ　ＤＮＡ　ｌａｄｄｅｒ标记的分子量，表３
是所有供试香菇商业菌株的７位点ＳＳＲ分子表
型数据。通过表２中的编码转换，供试菌种分
子表型的差异性分析可通过简单的描述性统计
分析快速实现，该方法在大规模数据分析时将
非常高效。
表２　用于构建指纹图谱的７对ＳＳＲ标记及其等位差异片段信息
Ｔａｂｌｅ　２　Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｂｙ　ｓｅｖｅｎ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ　ｓｅｌｅｃｔｅｄ　ｔｏ　ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　ｐｒｏｆｉｌｅｓ
标记名称
Ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒ
重复序列
Ｒｅｐｅａｔ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ
正向／反向引物（５’→３’）
Ｆｏｒｗａｒｄ／Ｒｅｖｅｒｓｅ　ｐｒｉｍｅｒ（５’→３’）
等位差异片段编码
Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ
片段大小
Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ｓｉｚｅ（ｂｐ）
Ｌｅ＿ｆｐ０１ （ＣＴ）７
ＡＣＧＣＧＴＡＴＣＣＴＣＣＣＣＴＡＡＧＴ／
ＡＡＧＣＧＡＴＡＴＧＧＡＴＴＴＧＡＣＧＣ
１
２
６００
５３０
Ｌｅ＿ｆｐ０２ （ＣＧＡＣ）６
ＧＧＧＣＧＡＡＡＣＡＡＴＴＴＣＡＧＧＴＡ／
ＡＴＧＣＣＡＴＣＧＴＡＡＧＧＡＡＣＴＣＧ
１　 ２９０
２　 ２８０
３　 ２７０
４　 ２６０
Ｌｅ＿ｆｐ０３ （ＣＴ）９
ＡＴＴＧＴＧＡＣＴＣＧＡＣＣＡＣＣＴＣＣ／
ＴＣＡＴＡＡＴＧＣＡＴＣＣＣＧＴＧＡＧＡ
１　 ９００
２　 ８００
Ｌｅ＿ｆｐ０４ （ＡＧＧＴ）５
ＣＣＣＡＡＡＡＡＧＧＡＴＴＴＣＡＧＣＡＡ／
ＡＡＣＣＧＧＡＧＴＧＧＴＧＴＡＡＧＴＧＣ
１　 ４００
２　 ３９０
Ｌｅ＿ｆｐ０５
（ＴＡＣ）
７ｔａｔｇｔａｇａ（ＧＧＡＴ）６
ＣＡＴＣＡＡＣＣＡＡＡＣＣＡＡＧＡＴＴＣＡＡ／
ＴＴＣＣＡＡＴＴＴＣＣＴＣＣＧＡＧＴＣＡ
１　 ９３０
２　 ８５０
３　 ７６０
４　 ７００
５　 ５３０
Ｌｅ＿ｆｐ０６ （ＴＣＡ）６
ＣＡＴＧＧＧＡＧＡＧＡＴＴＣＧＧＡＡＡＡ／
ＣＧＡＧＡＣＣＧＡＣＧＡＣＴＴＴＧＡＣＴ
１　 ８００
２　 ７８０
Ｌｅ＿ｆｐ０７ （ＣＴＣ）６
ＣＡＴＴＧＣＴＣＧＧＡＴＣＣＴＴＣＡＴＴ／
ＴＡＣＣＴＣＧＴＧＣＧＧＡＣＴＴＴＧＡＴ
１　 ７００
２　 ６００
４
第２期 张　丹，等：基于全基因组序列的香菇商业菌种ＳＳＲ遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建的研究
　　经过统计分析发现，这７对ＳＳＲ标记在２５
份香菇商业菌种上共产生１５种分子表型。其中
１１份商业菌种具有各自特异的分子表型，这些菌
株分别为：Ｃｒ－０２、闵丰１号、香菇２４１－４、森源１
号、森源８４０４、香九、广香５１号、华香 ５ 号、
Ｌ９５２、Ｌ９３１９和Ｌ８０８。剩余的１４份商业菌种具
有４种分子表型，其中（Ａ）申香８号、申香１０号、
申香１２号、Ｃｒ－０４、菌兴８号、武香１号和香杂２６
具有同一种分子表型；（Ｂ）Ｃｒ－６２、赣香１号和华
香８号具有同一种分子表型；（Ｃ）Ｌ１３５和森源
１０号具有同一种分子表型；（Ｄ）庆元９０１５和金
地香菇具有同一种分子表型。
表３　２５份香菇商业菌种的７位点ＳＳＲ分子表型
Ｔａｂｌｅ　３　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ　ｂｙ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓ　ｏｆ　ｎｕｍｂｅｒｅｄ　ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｆｒｏｍ　２５
Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ｕｓｉｎｇ　ｓｅｖｅｎ　ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ
菌株名称
Ｃｕｌｔｉｖａｒ　ｎａｍｅ
引物Ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒ
Ｌｅ＿ｆｐ０１ Ｌｅ＿ｆｐ０２ Ｌｅ＿ｆｐ０３ Ｌｅ＿ｆｐ０４ Ｌｅ＿ｆｐ０５ Ｌｅ＿ｆｐ０６ Ｌｅ＿ｆｐ０７
申香８号Ｓｈｅｎ－８　 １，２　 １，４　 １，２　 １，２　 ３　 １，２　 １，２
申香１０号Ｓｈｅｎ－１０　 １，２　 １，４　 １，２　 １，２　 ３　 １，２　 １，２
申香１２号Ｓｈｅｎ－１２　 １，２　 １，４　 １，２　 １，２　 ３　 １，２　 １，２
Ｃｒ０４　 １，２　 １，４　 １，２　 １，２　 ３　 １，２　 １，２
武香１号 Ｗｕｘｉａｎｇ－１
香杂２６Ｘｉａｎｇｚａ－２６
１，２
１，２
１，４
１，４
１，２
１，２
１，２
１，２
３
３
１，２
１，２
１，２
１，２
菌兴８号Ｊｕｎｘｉｎｇ－８　 １，２　 １，４　 １，２　 １，２　 ３　 １，２　 １，２
Ｃｒ６２　 １　 １，４　 １，２　 １，２　 ３　 １，２　 １，２
赣香１号 Ｇａｎｘｉａｎｇ－１　 １　 １，４　 １，２　 １，２　 ３　 １，２　 １，２
华香８号 Ｈｕａｘｉａｎｇ－８　 １　 １，４　 １，２　 １，２　 ３　 １，２　 １，２
庆元９０１５Ｑｉｎｇｙｕａｎ９０１５　 １　 １，４　 １　 １　 ４，５　 １，２　 ２
金地香菇Ｊｉｎｄｉ　 １　 １，４　 １　 １　 ４，５　 １，２　 ２
Ｌ１３５　 ２　 １　 １　 １　 ２，５　 ２　 １，２
森源１０号Ｓｅｎｙｕａｎ－１０　 ２　 １　 １　 １　 ２，５　 ２　 １，２
Ｃｒ０２　 １　 １，２　 １，２　 ２　 ３　 １，２　 １
闵丰１号 Ｍｉｎｆｅｎｇ－１　 １，２　 １，４　 １，２　 ２　 ３　 ２　 ２
香菇２４１－４Ｘｉａｎｇｇｕ２４１－４　 １　 ３，４　 １　 １　 １，３　 ２　 ２
森源１号Ｓｅｎｙｕａｎ－１　 １　 ２，４　 １　 １　 ３　 １，２　 １，２
森源８４０４Ｓｅｎｙｕａｎ８４０４　 １，２　 ３，４　 １　 １　 １　 ２　 ２
香九 Ｘｉａｎｇ－９　 １　 ３　 １ － ５　 ２　 １
广香５１号 Ｇｕａｎｇｘｉａｎｇ－５１　 １，２　 １，３　 １ － ２，５　 ２　 １，２
华香５号 Ｈｕａｘｉａｎｇ－５　 １　 １，４　 １　 １，２　 ４　 ２　 １
Ｌ９５２　 １　 １，４　 １　 ２　 ４，５　 ２　 １
Ｌ９３１９　 １　 １　 １，２　 １　 ３　 １，２　 １，２
Ｌ８０８　 １，２　 ４　 １　 ２　 ４，５　 ２　 １
“－”表示没有扩增出条带　“－”ｉｎｄｉｃａｔｅｓ　ａｎ　ａｂｓｅｎｃｅ　ｏｆ　ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｐｒｏｄｕｃｔｓ
２．４构建１１份国审香菇商业菌种的ＳＳＲ指纹
图谱
　　基于２５份香菇商业菌种的７位点ＳＳＲ分子
表型，构建了１１份具有特异分子表型的香菇菌
种的多位点ＳＳＲ指纹图谱，部分代表图谱见图
２。由于所筛选的ＳＳＲ引物具有相同的退火温
度，１１份菌种的指纹图谱通过一次ＰＣＲ反应可
全部完成。
５
食　用　菌　学　报 第２１卷
泳道Ｍ：标准分子量标记（ＧｅｎｅＲｕｌｅｒＴＭ　５０ｂｐ　ＤＮＡ　ｌａｄｄｅｒ　ｐｌｕｓ）；泳道１－７：表２中的ＳＳＲ引物；泳道Ｃ：空白对照；用于构建指纹图谱的
ＳＳＲ等位差异片段均用黑色箭头标识
Ｌａｎｅ　Ｍ：ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｍａｒｋｅｒ（ＧｅｎｅＲｕｌｅｒＴＭ　５０ｂｐ　ＤＮＡ　ｌａｄｄｅｒ　ｐｌｕｓ）；Ｌａｎｅｓ　１－７，ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｐｒｏｄｕｃｔｓ　ｕｓｉｎｇ　ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒｓ　ｌｉｓｔｅｄ　ｉｎ
Ｔａｂｌｅ　２；Ｌａｎｅ　Ｃ，ｃｏｎｔｒｏｌ；Ｎｕｍｂｅｒｓ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｌｅｆｔ　ｏｆ　ｅａｃｈ　ｆｉｇｕｒｅ　ｉｎｄｉｃａｔｅ　ｔｈｅ　ＤＮＡ　ｓｉｚｅ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｉｎ　ｂａｓｅ　ｐａｉｒｓ（ｂｐ）；Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ｕｓｅｄ　ｔｏ
ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　ｐｒｏｆｉｌｅｓ　ａｒｅ　ｉｎｄｉｃａｔｅｄ　ｂｙ　ｂｌａｃｋ　ａｒｒｏｗｓ
图２　部分香菇商业菌种的多位点ＳＳＲ指纹图谱
Ｆｉｇ．２　Ｍｕｌｔｉｌｏｃｕｓ　ＳＳＲ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　ｐｒｏｆｉｌｅｓ　ｏｆ　ｔｈｒｅｅ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ
３　讨论
　　香菇菌种作为基础生产资料，是香菇商业生
产体系里最重要的一个因素。在固定生产程序
下，香菇菌种的质量直接决定着香菇子实体的产
量和品质。因此，对商业菌种进行真实性鉴定有
助于香菇产业的健康发展。如何建立高效稳定
的菌种真实性鉴定方法正成为近年来的研究热
点之一。
作为一种数量多、多态性高且共显性的分子
标记，ＳＳＲ标记在遗传多样性分析、遗传连锁图
谱构建以及分子进化等领域具有十分广泛的应
用［２３－２６］。随着基因组测序技术的不断发展，大型
真菌中越来越多的研究者开始对ＳＳＲ标记进行
开发和利用。例如，双色蜡蘑（Ｌａｃｃａｒｉａ　ｂｉｃｏｌｏｒ）
基因组上检测到了２７７０６２个ＳＳＲ位点，其占整
个基 因 组 序 列 的 比 例 达 到 ８％［１７，２７］。灵 芝
（Ｇａｎｏｄｅｒｍａ　ｌｕｃｉｄｕｍ）全基因组ＳＳＲ位点的数
目初步检测为１２０６～６１０４个，占整个基因组的
比例为０．０４％～０．１５％［２８］。在ＳＳＲ标记的应用
方面，利用ＦＩＡＳＣＯ程序开发的１７对ＳＳＲ标记
可对１６个黑木耳（Ａｕｒｉｃｕｌａｒｉａ　ａｕｒｉｃｕｌａ－ｊｕｄａｅ）
栽培菌种进行区分鉴定［１４］。双孢蘑菇（Ａｇａｒｉｃｕｓ
ｂｉｓｐｏｒｕｓ）上，利用３对多态ＳＳＲ标记即可将２８
个菌株中的２７个进行区分鉴定［２９］。这些研究均
表明，ＳＳＲ标记在菌种鉴定方面具有较大的应用
潜力。
笔者基于香菇菌株Ｌ１３５全基因组序列初步
开发了２００对ＳＳＲ标记，通过对２５份国审香菇
商业菌种的遗传多样性分析，成功筛选７对条带
清晰稳定、重复性好且退火温度一致的ＳＳＲ标
记，适用于香菇菌种的鉴定。研究结果表明，在
２５份国审香菇菌种中有１１份菌种可被区分鉴
定，剩余１４份菌种可被分为４类。
基于菌种的ＳＳＲ分子表型，构建了１１份香
菇商业菌种的多位点ＳＳＲ指纹图谱。相比于已
有的ＲＡＰＤ，ＩＳＳＲ以及ＳＣＡＲ等标记建立的香
菇指纹图谱［２，４－６］，ＳＳＲ指纹图谱具有条带清晰易
读、稳定性好等优点。
随着食用菌产业的不断发展，越来越多的菌
种将流通于市场，菌种真实性鉴定也必将广泛推
广。伴随着食用菌基因组测序工作的开展，分布
于全基因组的大量ＳＳＲ标记将会被开发和利用。
本研究结果表明，基于全基因组序列开发的ＳＳＲ
标记在香菇菌种遗传多样性分析以及菌种鉴定
等方面具有重要的应用价值。由于所选供试香
菇商业菌种的遗传多样性较低，试验所利用的
ＳＳＲ标记数量有限，尚有一部分菌种的遗传特异
性无法鉴定。后续研究将基于香菇全基因组序
列开发更多的ＳＳＲ分子标记，同时结合其他可利
用的分子标记来构建所有香菇栽培菌种的指纹
图谱。
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７
食　用　菌　学　报 第２１卷
ｌｉｎｋａｇｅ　ｍａｐ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｅｃｔｏｍｙｃｏｒｒｈｉｚａｌ　ｆｕｎｇｕｓ
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［本文编辑］　于荣利
８
ＡＣＴＡ　ＥＤＵＬＩＳ　ＦＵＮＧＩ２０１４．２１（２）：９～１３
Ｒｅｃｅｉｖｅｄ：Ｍａｒｃｈ　２９，２０１４；　Ａｃｃｅｐｔｅｄ：Ｍａｙ　６，２０１４
Ｓｐｏｎｓｏｒｅｄ　ｂｙ　Ｓｈａｎｇｈａｉ　Ｓｃｉｅｎｃｅ　ａｎｄ　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　Ｏｆｆｉｃｅ （Ｎｏ．１０３９１９００９００，Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｓｅｅｄ　Ｉｎｄｕｓｔｒｙ
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（Ｎｏ．２０１２－６ＳＡＡＳ），Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅ　ａｎｄ　Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ　Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ （Ｎｏ．２０１３ＢＡＤ１６ｂ０２），ｔｈｅ
Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｓｈａｎｇｈａｉ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ［Ｎｏ．２０１３（２０）］
　＊Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ　ａｕｔｈｏｒ．　Ｅ－ｍａｉｌ：Ｓ６２２０９７６０＠１６３．ｃｏｍ
Ｇｅｎｅｔｉｃ　Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄ　Ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　Ｐｒｏｆｉｌｅｓ　ｏｆ
Ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　Ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　Ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ＳＳＲ
Ｍａｒｋｅｒｓ　Ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　Ｗｈｏｌｅ　Ｇｅｎｏｍｅ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ
ＺＨＡＮＧ　Ｄａｎ１，ＳＯＮＧ　Ｃｈｕｎｙａｎ１＊，ＺＨＡＮＧ　Ｌｕｊｕｎ１，ＷＵ　Ｐｉｎｇ１，２，
ＢＡＯ　Ｄａｐｅｎｇ１，ＳＨＡＮＧ　Ｘｉａｏｄｏｎｇ１，ＴＡＮ　Ｑｉ　１
（１Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ　ｏｆ　Ｅｄｉｂｌｅ　Ｆｕｎｇｉ，Ｓｈａｎｇｈａｉ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ；Ｋｅｙ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　ｏｆ　Ａｐｐｌｉｅｄ
Ｍｙｃｏｌｏｇｉｃａｌ　Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ　ａｎｄ　Ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ，Ｍｉｎｉｓｔｒｙ　ｏｆ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ；Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｆｏｒ　Ｅｄｉｂｌｅ　Ｆｕｎｇｉ
Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　ａｎｄ　Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ；Ｓｈａｎｇｈａｉ　Ｋｅｙ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　ｏｆ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ　ａｎｄ　Ｂｒｅｅｄｉｎｇ；Ｓｈａｎｇｈａｉ
２０１１０６，Ｃｈｉｎａ；２　Ｃｏｌｅｇｅ　ｏｆ　Ｌｉｆｅ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｎａｎｊｉｎｇ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ，Ｊｉａｎｇｓｕ　２１００９５，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｉｓ　ａｎ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔ　ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ　ｉｎ　Ｃｈｉｎａ，ａｎｄ　ａｃｃｕｒａｔｅ　ａｎｄ　ｒｅｌｉａｂｌｅ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ｉｓ　ａ　ｐｒｅｒｅｑｕｉｓｉｔｅ　ｆｏｒ　ｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌ　ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｖａｒｉｅｔｙ　ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ．Ｉｎ　ｔｈｉｓ
ｓｔｕｄｙ，ｔｈｅ　ｗｈｏｌｅ　ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｏｆ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｗａｓ　ｕｓｅｄ　ｔｏ　ｇｅｎｅｒａｔｅ　２００ｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔ（ＳＳＲ）
ｍａｒｋｅｒｓ　ｆｏｒ　ｄｅｌｉｎｅａｔｉｎｇ　２５ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ａｎｄ　ｆｏｒ　ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ　ｔｈｅｉｒ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ．Ｏｕｒ　ｄａｔａ　ｒｅｖｅａｌｅｄ
ａ　ｒｅｌａｔｉｖｅｌｙ　ｈｉｇｈ　ｌｅｖｅｌ　ｏｆ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ　ａｍｏｎｇ　ｔｈｅ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ，ｗｉｔｈ　ａｖｅｒａｇｅ，ｍｉｎｉｍｕｍ　ａｎｄ　ｍａｘｉｍｕｍ　ｇｅｎｅｔｉｃ
ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ　ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ　ｖａｌｕｅｓ　ｏｆ　０．７７６，０．５６７ａｎｄ　１．０００，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ｓｅｖｅｎ　ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ　ｄｅｌｉｎｅａｔｅｄ
ｅｌｅｖｅｎ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ（Ｃｒ－０２，Ｍｉｎｆｅｎｇ－１，Ｘｉａｎｇｇｕ　２４１－４，Ｓｅｎｙｕａｎ－１，Ｓｅｎｙｕａｎ－８４０４，Ｘｉａｎｇ－９，Ｇｕａｎｇｘｉａｎｇ－
５１，Ｈｕａｘｉａｎｇ－５，Ｌ９５２，Ｌ９３１９ａｎｄ　Ｌ８０８）ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅｉｒ　ｕｎｉｑｕｅ　ｍｕｌｔｉｌｏｃｕｓ　ＳＳＲ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　ｐｒｏｆｉｌｅｓ．
Ｋｅｙ　ｗｏｒｄｓ： Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ；ｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔ； ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　ｃｕｌｔｉｖａｒ； ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ；
ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　ｐｒｏｆｉｌｅ
　　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｉｓ　ａｎ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔ　ｅｄｉｂｌｅ
ｍｕｓｈｒｏｏｍ　ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ　ｉｎ　Ｃｈｉｎａ　ｗｈｅｒｅ，ｓｉｎｃｅ　ｔｈｅ
１９７０’ｓ，ｏｕｔｐｕｔ　ｈａｓ　ｇｒｅａｔｌｙ　ｉｎｃｒｅａｓｅｄ　ｄｕｅ　ｔｏ　ｔｈｅ
ｅｘｐａｎｄｅｄ　ｕｓｅ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｓａｗｄｕｓｔ　ｓｕｂｓｔｒａｔｅ
ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ　ｓｙｓｔｅｍ［１］．Ａｃｃｏｒｄｉｎｇ　ｔｏ　ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ
ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　Ｃｈｉｎａ　Ｅｄｉｂｌｅ　Ｆｕｎｇｕｓ　Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ，ｔｈｅ
ｙｉｅｌｄ　ｏｆ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｉｎ　２０１２ａｍｏｕｎｔｅｄ　ｔｏ　ｏｖｅｒ
ｆｏｕｒ　ｍｉｌｉｏｎ　ｔｏｎｓ（ｆｒｅｓｈ　ｗｅｉｇｈｔ），ｓｅｃｏｎｄ　ｏｎｌｙ
ｔｏ　Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ　ｏｓｔｒｅａｔｕｓ，ｗｉｔｈ　ｍｏｒｅ　ｔｈａｎ　２０
ｖａｒｉｅｔｉｅｓ　ｃｕｒｒｅｎｔｌｙ　ｕｎｄｅｒ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ－ｓｃａｌｅ
ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ．
Ｐｒｅｃｉｓｅ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　ｖａｒｉｅｔｉｅｓ
ｉｓ　ｏｆ　ｇｒｅａｔ　ｉｍｐｏｒｔａｎｃｅ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａｉｎｄｕｓｔｒｙ，
ａｎｄ　ｂｏｔｈ　ｓｐａｗｎ　ｐｒｏｄｕｃｅｒｓ　ａｎｄ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ　ｇｒｏｗｅｒｓ
ｈａｖｅ　ｓｕｆｆｅｒｅｄ　ｈｕｇｅ　ｅｃｏｎｏｍｉｃ　ｌｏｓｓｅｓ　ｄｕｅ　ｔｏ　ｔｈｅ　ｕｓｅ
ｏｆ　ｄｅｔｅｒｉｏｒａｔｅｄ　ｓｔｒａｉｎｓ．Ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｔｌｙ，ｔｈｅｒｅ　ｉｓ　ａｎ
ｕｒｇｅｎｔ　ｎｅｅｄ　ｔｏ　ｄｅｖｅｌｏｐ　ｍｅｔｈｏｄｓ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｒａｐｉｄ　ａｎｄ
ａｃｃｕｒａｔｅ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ
ｃｕｌｔｉｖａｒｓ．
Ｉｎ　ｔｈｅ　ｐａｓｔ，ｒｅｇｉｓｔｒａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ　ｏｆ
Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ　ｒｅｌｉｅｄ　ｏｎ　ＤＵＳ（Ｄｉｓｔｉｎｃｔｎｅｓｓ，
Ｕｎｉｆｏｒｍｉｔｙ　ａｎｄ　Ｓｔａｂｉｌｉｔｙ） ｔｅｓｔｉｎｇ， ｗｈｉｃｈ
ｃｏｎｓｉｓｔｓ　 ｏｆ　 ｅｘｐｅｎｓｉｖｅ， ｓｐａｃｅ－ａｎｄ　 ｔｉｍｅ－
ｃｏｎｓｕｍｉｎｇ　ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔｓ　ｏｆ　ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ
ｔｒａｉｔｓ．Ｉｎ　ｒｅｃｅｎｔ　ｙｅａｒｓ，ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ　ｃｈａｉｎ
ｒｅａｃｔｉｏｎ（ＰＣＲ）－ｂａｓｅｄ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｍａｒｋｅｒｓ，ｓｕｃｈ
ａｓ　Ｒａｎｄｏｍ　Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ＤＮＡ
（ＲＡＰＤ）［２］， Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　Ｆｒａｇｍｅｎｔ　Ｌｅｎｇｔｈ
Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ （ＡＦＬＰ）［３］， Ｉｎｔｅｒ　 Ｓｉｍｐｌｅ
Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ｒｅｐｅａｔｓ （ＩＳＳＲ）［４］，ａｎｄ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ
Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ　Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　Ｒｅｇｉｏｎ （ＳＣＡＲ）［５－７］，
ｈａｖｅ　ｂｅｅｎ　ｕｓｅｄ　ｔｏ　ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ
ＡＣＴＡ　ＥＤＵＬＩＳ　ＦＵＮＧＩ　 Ｖｏｌ．２１
ｓｔｒａｉｎｓ．Ｈｏｗｅｖｅｒ，ａｌｔｈｏｕｇｈ　ｔｈｅｓｅ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｈａｖｅ
ｂｅｅｎ　ｈｉｇｈｌｙ　ｖａｌｕｅｄ　ｄｕｒｉｎｇ　ｔｈｅ　ｐａｓｔ　ｄｅｃａｄｅ，
ｄｉｓａｄｖａｎｔａｇｅｓ　ｉｎ　ｔｈｅｉｒ　ｐｒａｃｔｉｃａｌ　ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ
ｈａｖｅ　ｅｍｅｒｇｅｄ　ｉｎ　ｓｏｍｅ　ｃａｓｅｓ．Ｆｏｒ　ｅｘａｍｐｌｅ，
ＲＡＰＤ，ＡＦＬＰ　ａｎｄ　ＩＳＳＲ　ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｉｅｓ　ｏｆｔｅｎ
ｐｒｏｄｕｃｅ　ｃｏｍｐｌｅｘ　ｂａｎｄｉｎｇ　ｐａｔｔｅｒｎｓ， ｆａｌｓｅ
ｐｏｓｉｔｉｖｅｓ　ｏｒ　ｎｅｇａｔｉｖｅ　ｒｅｓｕｌｔｓ　ｄｕｅ　ｔｏ　ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ
ｒｅａｃｔｉｏｎｓ　 ａｎｄ　 ｕｎｓｔａｂｌｅ　 ａｎｎｅａｌｉｎｇ
ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅｓ［８］．
Ｗｉｔｈ　ｔｈｅ　ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ＤＮＡ　ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ
ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ａｄｄｉｔｉｏｎａｌ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
ｍａｋｅｒｓ　ｓｕｃｈ　ａｓ　ＳＳＲ （Ｓｉｍｐｌｅ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ｒｅｐｅａｔ）
ａｎｄ　ＳＮＰ （Ｓｉｎｇｌｅ　Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）
ｈａｖｅ　ｂｅｅｎ　ｕｓｅｄ　ｉｎ　ｓｔｒａｉｎ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ．ＳＳＲ
ｍａｒｋｅｒｓ　ａｒｅ　ｃｏ－ｄｏｍｉｎａｎｔ，ｈｉｇｈｌｙ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ，
ｓｔａｂｌｅ　ａｎｄ　ｅｘｃｈａｎｇｅａｂｌｅ　ｂｅｔｗｅｅｎ　ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，
ａｎｄ　ｈａｖｅ　ｐｒｏｖｅｎ　ｖａｌｕａｂｌｅ　ｉｎ　ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ　ｐｌａｎｔ
ｖａｒｉｅｔｉｅｓ［９－１２］．Ｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌｙ，ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒｓ　ｗｅｒｅ
ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ　ｕｓｉｎｇ　ｔｈｅ　Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ｔａｇｓ
（ＥＳＴ） ｄａｔａｂａｓｅ［１３］， ｔｈｅ　ＦＩＡＳＣＯ （Ｆａｓｔ
Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ　ｂｙ　ＡＦＬＰ　ｏｆ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ
Ｒｅｐｅａｔｓ）ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ　ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ［１４］，ｏｒ　ｔｈｅ
ＩＳＳＲ－ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ－ＰＣＲ　ｍｅｔｈｏｄ［１５］． Ｈｏｗｅｖｅｒ，
ｔｈｅ　ｎｕｍｂｅｒ　ｏｆ　ａｖａｉｌａｂｌｅ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ
ｕｓｉｎｇ　ｔｈｅ　ａｆｏｒｅｍｅｎｔｉｏｎｅｄ　ｍｅｔｈｏｄｓ　ｈａｓ　ｂｅｅｎ
ｌｉｍｉｔｅｄ．Ｒｅｃｅｎｔｌｙ，ｆｏｌｏｗｉｎｇ　ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ　ｏｆ　ｔｈｅ
ｃｏｍｐｌｅｔｅ　ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｏｆ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ，
ｎｕｍｅｒｏｕｓ　ＳＳＲ　ｌｏｃｉ　ｈａｖｅ　ｂｅｅｎ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ．Ｕｓｉｎｇ
ｔｈｉｓ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ， ｗｅ　ｈａｖｅ　ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ　ＳＳＲ
ｍａｒｋｅｒｓ　ａｎｄ　ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ　ｍｕｌｔｉｌｏｃｕｓ　ＳＳＲ
ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　ｐｒｏｆｉｌｅｓ， ｗｈｉｃｈ　ｈａｖｅ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔ
ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ　ｖａｌｕｅ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｒａｐｉｄ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ
ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　ｓｔｒａｉｎｓ　ａｎｄ　ｆｏｒ　ｒｅｖｅａｌｉｎｇ　ｇｅｎｅｔｉｃ
ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ　ｂｅｔｗｅｅｎ　ｔｈｅ　ｍａｉｎ　ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ
ｖａｒｉｅｔｉｅｓ．
１　Ｍａｔｅｒｉａｌｓ　ａｎｄ　Ｍｅｔｈｏｄｓ
１．１Ｓｔｒａｉｎｓ
　 　 Ｔｗｅｎｔｙ－ｆｉｖｅ　Ｌ． ｅｄｏｄｅｓ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ
ｓｔｒａｉｎｓ，ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ　ｔｈｒｏｕｇｈｏｕｔ　ｌａｒｇｅ　ａｒｅａｓ　ｏｆ
Ｃｈｉｎａ，ｗｅｒｅ　ｉｎｃｌｕｄｅｄ　ｉｎ　ｔｈｉｓ　ｓｔｕｄｙ（ｓｅｅ　Ｔａｂｌｅ　１
ｉｎ　ｔｈｅ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｖｅｒｓｉｏｎ）．
１．２ＤＮＡ　ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ
　　Ｆｌａｓｋｓ（２５０ｍＬ）ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ　１００ｍＬ　ｐｏｔａｔｏ
ｄｅｘｔｒｏｓｅ（ＰＤ）ｍｅｄｉｕｍ（ｐｏｔａｔｏ　２００ｇ，ｄｅｘｔｒｏｓｅ
２０ｇ，ｔａｐ　ｗａｔｅｒ　１ Ｌ）ｗｅｒｅ　ｉｎｏｃｕｌａｔｅｄ　ｗｉｔｈ
ｍｙｃｅｌｉｕｍ　ｆｒｏｍ　ａ　ｐｏｔａｔｏ　ｄｅｘｔｒｏｓｅ　ａｇａｒ（ＰＤＡ）
ｓｔｏｃｋ　ｓｌａｎｔ，ａｎｄ　ｉｎｃｕｂａｔｅｄ　ａｔ　２５℃ ｗｉｔｈ
ｓｈａｋｉｎｇ（１４０ｒ／ｍｉｎ）ｆｏｒ　ｓｅｖｅｎ　ｄａｙｓ．Ｍｙｃｅｌｉｕｍ
ｗａｓ　ｃｏｌｅｃｔｅｄ　ｂｙ　ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ，ａｎｄ　ｇｅｎｏｍｉｃ　ＤＮＡ
ｗａｓ　 ｅｘｔｒａｃｔｅｄ　 ｕｓｉｎｇ　 ｔｈｅ　 ｃｅｔｙｌｔｒｉｍｅｔｈｙｌ
ａｍｍｏｎｉｕｍ　ｂｒｏｍｉｄｅ（ＣＴＡＢ）ｍｅｔｈｏｄ［２，１６］．Ｔｈｅ
ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｐｕｒｉｔｙ　ｏｆ　ＤＮＡ　ｓａｍｐｌｅｓ
ｗｅｒｅ　ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ　 ｓｐｅｃｔｒｏｐｈｏｔｏｍｅｔｒｉｃａｌｙ
（ＮａｎｏＤｒｏｐ－１０００ ｔｙｐｅ， Ｔｈｅｒｍｏ　Ｃｏｍｐａｎｙ，
ＵＳＡ），ａｎｄ　ｏｎｌｙ　ＤＮＡ　ｓａｍｐｌｅｓ　ｗｉｔｈ　ａｎ　ＯＤ２６０／
ＯＤ２８０ｖａｌｕｅ＞２．０ｗｅｒｅ　ｒｅｔａｉｎｅｄ．ＤＮＡ　ｓａｍｐｌｅｓ
ｆｏｒ　ｅａｃｈ　ｓｔｒａｉｎ　ｗｅｒｅ　ｄｉｌｕｔｅｄ　ｔｏ　５０ｇ／μＬ　ｗｉｔｈ
ｕｌｔｒａｐｕｒｅ　ｓｔｅｒｉｌｅ　ｗａｔｅｒ．
１．３Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒｓ
　　Ａ　ｔｏｔａｌ　ｏｆ　２００ｃａｎｄｉｄａｔｅ　ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ
ｗｅｒｅ　ｄｅｓｉｇｎｅｄ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｗｈｏｌｅ　ｇｅｎｏｍｅ
ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｏｆ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｕｓｉｎｇ　ＭＩＳＡ
［１７］ ａｎｄ
Ｐｒｉｍｅｒ　Ｐｒｅｍｉｅｒ　３．０ ｓｏｆｔｗａｒｅ［１８］，ａｎｄ　ｗｅｒｅ
ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ　ｂｙ　Ｓａｎｇｏｎ（Ｓｈａｎｇｈａｉ，Ｃｈｉｎａ）Ｃｏ．，
Ｌｔｄ．
１．４ＳＳＲ　ａｎａｌｙｓｉｓ
　　ＰＣＲ　ｒｅａｃｔｉｏｎｓ　ｗｅｒｅ　ｃａｒｒｉｅｄ　ｏｕｔ　ｉｎ　ａ
Ｍｙｃｙｃｌｅｒ　ｔｈｅｒｍａｌ　ｃｙｃｌｅｒ （Ｂｉｏ－Ｒａｄ，ＵＳＡ）．
Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｗａｓ　ｃａｒｒｉｅｄ　ｏｕｔ　ｉｎ　２０μＬ　ｒｅａｃｔｉｏｎ
ｍｉｘｔｕｒｅｓ　 ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ： ２μＬ　１０× ｒｅａｃｔｉｏｎ
ｂｕｆｆｅｒ，２ μＬ　ＭｇＣｌ２ （２５ ｍｍｏｌ／Ｌ），０．４μＬ
ｄＮＴＰ （１０ ｍｍｏｌ／Ｌ），０．２μＬ　Ｔａｑ　ＤＮＡ
ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（５Ｕ／μＬ，Ｐｒｏｍｅｇａ，ＵＳＡ），２μＬ
ｔｅｍｐｌａｔｅ　ＤＮＡ（５０ｎｇ／μＬ），１．５μＬ＋１．５μＬ
ｆｏｒｗａｒｄ　ａｎｄ　ｒｅｖｅｒｓｅ　ｐｒｉｍｅｒｓ（１０μｍｏｌ／Ｌ）ａｎｄ
ｄｄＨ２Ｏ　ｔｏ　ｖｏｌｕｍｅ．
Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｗｉｔｈ　ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒｓ　ｗａｓ
ｃａｒｒｉｅｄ　ｏｕｔ　ｕｓｉｎｇ　ｔｏｕｃｈｄｏｗｎ　ＰＣＲ
［１９］ａｓ　ｆｏｌｏｗｓ：
１ｃｙｃｌｅ　ａｔ　９５℃ｆｏｒ　５ｍｉｎ；２ｃｙｃｌｅｓ　ａｔ　９５℃ｆｏｒ
３０ｓ，６７℃ｆｏｒ　５０ｓａｎｄ　７２℃ｆｏｒ　３０ｓ，ｔｈｅｎ　ｔｈｅ
ａｎｎｅａｌｉｎｇ　ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｒｅａｃｔｉｏｎ　ｗａｓ
ｄｅｃｒｅａｓｅｄ　２℃ｅｖｅｒｙ　ｓｅｃｏｎｄ　ｃｙｃｌｅ　ｆｒｏｍ　６７℃ｔｏ
５１℃，２５ｃｙｃｌｅｓ　ａｔ　９５ ℃ｆｏｒ　３０ｓ，５５ ℃ｆｏｒ
５０ｓ，ａｎｄ　７２ ℃ｆｏｒ　３０ｓ，ｆｏｌｏｗｅｄ　ｂｙ　ａ　ｆｉｎａｌ
ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ　ａｔ　７２℃ｆｏｒ　７ｍｉｎ．
Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ　ａｎｄ　ｓｔａｉｎｉｎｇ　ｗｉｔｈ　ｓｉｌｖｅｒ　ｎｉｔｒａｔｅ
ｓｏｌｕｔｉｏｎ　ｗｅｒｅ　ａｓ　ｄｅｓｃｒｉｂｅｄ　ｉｎ　Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ［２０］．
０１
Ｎｏ．２ ＺＨＡＮＧ　Ｄａｎ，ＳＯＮＧ　Ｃｈｕｎｙａｎ，ＺＨＡＮＧ　Ｌｕｊｕｎ，ｅｔ　ａｌ
１．５Ｄａｔａ　ａｎａｌｙｓｉｓ
　　Ａｌ　ｔｈｅ　ｌｅｇｉｂｌｅ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ＤＮＡ　ｂａｎｄｓ　ｗｅｒｅ
ｍａｎｕａｌｙ　ｓｃｏｒｅｄ　ｅｉｔｈｅｒ“１”ｗｈｅｎ　ｐｒｅｓｅｎｔ　ｏｒ“０”
ｗｈｅｎ　ａｂｓｅｎｔ．Ｔｈｅ　Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ
Ｃｏｎｔｅｎｔ（ＰＩＣ）ｏｆ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｗａｓ　ａｎａｌｙｚｅｄ
ｂｙ　ＰｏｗｅｒＭａｒｋｅｒ　３．０ ｓｏｆｔｗａｒｅ
［２１］，ａｎｄ　ｔｈｅ
ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ａｎａｌｙｓｅｓ　ｏｆ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ
ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ｗｅｒｅ　ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ　ｗｉｔｈ　ＮＴｓｙｓ　２．１０
ｓｏｆｔｗａｒｅ［２２］．Ｓｉｍｐｌｅ　Ｎｅｉ’ｓ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｓｔａｎｃｅ
ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔｓ　ｗｅｒｅ　ｕｓｅｄ　ｔｏ　ｄｅｔｅｒｍｉｎｅ　ｍａｔｃｈｉｎｇ
ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔｓ （ＳＭ）ｂｅｔｗｅｅｎ　ｔｈｅ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ
ｃｕｌｔｉｖａｒｓ．Ｃｌｕｓｔｅｒ　ａｎａｌｙｓｅｓ　ｗｅｒｅ　ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ　ｂｙ
ｔｈｅ　Ｕｎｗｅｉｇｈｔｅｄ　Ｐａｉｒ　Ｇｒｏｕｐ　Ｍｅｔｈｏｄ　ｗｉｔｈ
Ａｒｉｔｈｍｅｔｉｃ　Ａｖｅｒａｇｅｓ （ＵＰＧＭＡ）ｕｓｉｎｇ　ｔｈｅ
ＳＡＨＮ　ｍｏｄｕｌｅ　ｏｆ　ＮＴｓｙｓ　２．１０ｓｏｆｔｗａｒｅ．
ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｗｉｔｈ　ｔｈｅ　ｓａｍｅ　ａｎｎｅａｌｉｎｇ
ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ　 ｗｅｒｅ　 ｓｅｌｅｃｔｅｄ　 ｔｏ　 ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ
ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　ｐｒｏｆｉｌｅｓ．Ｔｈｅ　ｓｉｚｅ　ｏｆ　ｅａｃｈ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ
ｆｒａｇｍｅｎｔ　ｗａｓ　ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ　ａｃｃｏｒｄｉｎｇ　ｔｏ　ｔｈｅ
５０ｂｐ　ＤＮＡ　ｌａｄｄｅｒ　ｍａｒｋｅｒ （ＧｅｎｅＲｕｌｅｒＴＭ，
ＵＳＡ），ａｎｄ　ａｌ　ｔｈｅ　ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ｏｆ　ｅａｃｈ　ＳＳＲ
ｍａｒｋｅｒ　ｗｅｒｅ　ｎｕｍｂｅｒｅｄ　ｃｏｎｓｅｃｕｔｉｖｅｌｙ　ｆｒｏｍ
ｈｉｇｈ－ｔｏ　ｌｏｗ－ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｗｅｉｇｈｔ．Ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ｗｅｒｅ
ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ　ｂｙ　ｔｈｅ　ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｎｕｍｂｅｒｅｄ
ａｌｅｌｅｓ．
２　Ｒｅｓｕｌｔｓ　ａｎｄ　Ａｎａｌｙｓｉｓ
２．１ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ
　　Ｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙ　ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ　ｏｆ　ｔｈｅ　２００ｃａｎｄｉｄａｔｅ
ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ　ｒｅｖｅａｌｅｄ　ｔｈａｔ　ｏｎｌｙ　１１０ｏｆ
ｔｈｅｓｅ　 ｇｅｎｅｒａｔｅｄ　 ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　 ｐｒｏｄｕｃｔｓ．
Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　ｗａｓ　ｏｂｓｅｒｖｅｄ　ｉｎ　ｐｒｏｄｕｃｔｓ
ｇｅｎｅｒａｔｅｄ　ｂｙ　９８ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ，ａｃｃｏｕｎｔｉｎｇ　ｆｏｒ
４９％ｏｆ　ｔｈｅ　ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ　ｍａｒｋｅｒｓ．Ａ　ｔｏｔａｌ　ｏｆ　５４５
ｄｉｓｔｉｎｃｔ　ｂａｎｄｓ　ｗｅｒｅ　ｄｅｔｅｃｔｅｄ　ｂｙ　ｔｈｅ　９８
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ，ａｎｄ　ｔｈｅ　ｎｕｍｂｅｒ　ｏｆ
ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｂｙ　ｅａｃｈ　ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒ　ｒａｎｇｅｄ
ｆｒｏｍ　２ｔｏ　１２．Ｔｈｅ　ａｖｅｒａｇｅ　ＰＩＣ　ｖａｌｕｅ　ｏｆ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｗａｓ　０．４５８ ｗｉｔｈ　ａ
ｍａｘｉｍｕｍ　ｏｆ　０．８６３ａｎｄ　ａ　ｍｉｎｉｍｕｍ　ｏｆ　０．０７７．
２．２Ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ａｍｏｎｇ　ｔｈｅ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ
ｃｕｌｔｉｖａｒｓ
　　Ｔｗｅｎｔｙ－ｆｉｖｅ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ
ｗｅｒｅ　 ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ　 ａｃｃｏｒｄｉｎｇ　 ｔｏ　 ｔｈｅ
ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ　ｐａｔｔｅｒｎ　ｏｆ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｆｒａｇｍｅｎｔｓ
ｏｆ　９８ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ．Ｔｈｅ　ａｖｅｒａｇｅ
ｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ　ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ　ｗａｓ　０．７７６，ｗｉｔｈ　ａ
ｍａｘｉｍｕｍ　ｏｆ　１ａｎｄ　ａ　ｍｉｎｉｍｕｍ　ｏｆ　０．５６７．Ａ
ｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ　ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ　ｖａｌｕｅ　ｏｆ　０．７３
ｓｅｐａｒａｔｅｄ　ａｌ　ｔｈｅ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ｉｎｔｏ　ｔｈｒｅｅ　ｇｒｏｕｐｓ
（ｓｅｅ　Ｆｉｇ．１ｉｎ　ｔｈｅ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｖｅｒｓｉｏｎ）．Ｇｒｏｕｐ　Ｉ
ｉｎｃｌｕｄｅｄ　Ｓｈｅｎ－８，Ｓｈｅｎ－１０，Ｓｈｅｎ－１２，Ｘｉａｎｇｚａ－
２６， Ｗｕｘｉａｎｇ－１， Ｃｒ０４， Ｊｕｎｘｉｎｇ－８， Ｃｒ６２，
Ｇａｎｘｉａｎｇ－１，Ｈｕａｘｉａｎｇ－８，Ｍｉｎｆｅｎｇ－１，Ｌ９３１９，
Ｃｒ０２，Ｓｅｎｙｕａｎ－１，Ｈｕａｘｉａｎｇ－５，Ｌ８０８ａｎｄ　Ｌ９５２．
Ｇｒｏｕｐ　ＩＩ　ｉｎｃｌｕｄｅｄ　Ｑｉｎｇｙｕａｎ９０１５， Ｊｉｎｇｄｉ，
Ｘｉａｎｇｇｕ２４１－４，Ｓｅｎｙｕａｎ８４０４，Ｌ１３５，Ｓｅｎｙｕａｎ－
１０ ａｎｄ　Ｇｕａｎｇｘｉａｎｇ－５１， ｗｈｉｌｅ　Ｇｒｏｕｐ　ＩＩＩ
ｃｏｎｔａｉｎｅｄ　ｏｎｌｙ　ｓｔｒａｉｎ　Ｘｉａｎｇ－９．
Ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｒｅｖｅａｌｅｄ　ｔｈｅ
ｇｅｎｅｔｉｃ　ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ　ｏｆ　ｔｈｅ　２５ｔｅｓｔ　ｓｔｒａｉｎｓ　ｔｏ　ｂｅ
ｖｅｒｙ　ｓｉｍｉｌａｒ．Ｔｈｅ　ａｖｅｒａｇｅ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ
ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ　ｏｆ　Ｓｈｅｎ－８， Ｓｈｅｎ－１０， Ｓｈｅｎ－１２，
Ｘｉａｎｇｚａ－２６，Ｗｕｘｉａｎｇ－１，Ｃｒ０４ａｎｄ　Ｊｕｎｘｉｎｇ－８
ｗａｓ　０．９９８．Ｔｈｅ　ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ　ｖａｌｕｅ　ｆｏｒ　２４１－４
ａｎｄ　Ｓｅｎｙｕａｎ８４０４ ｗａｓ　０．９９１， ｗｈｉｌｅ　ｔｈｅ
ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ　ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ　ｆｏｒ　Ｃｒ６２，Ｇａｎｘｉａｎｇ－１ａｎｄ
Ｈｕａｘｉａｎｇ－８， Ｑｉｎｇｙｕａｎ９０１５ ａｎｄ　Ｊｉｎｄｉ，ａｎｄ
Ｌ１３５ａｎｄ　Ｓｅｎｙｕａｎ－１０ｗａｓ　１．０ｉｎ　ａｌ　ｔｈｒｅｅ　ｃａｓｅｓ．
２．３Ｍｕｌｔｉｌｏｃｕｓ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅ
ｔｅｓｔ　ｓｔｒａｉｎｓ
　　Ｔｈｅ　２５ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ｗｅｒｅ　ｓｅｐａｒａｔｅｄ　ｉｎｔｏ　１５
ｇｒｏｕｐｓ　ａｔ　ａ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ　ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ　ｓｅｔｔｉｎｇ
ｏｆ　０．９９．Ｓｅｖｅｎ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｗｅｒｅ　ｓｅｌｅｃｔｅｄ　ｔｏ
ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈ　ｂｅｔｗｅｅｎ　ｔｈｅｓｅ　１５ｇｒｏｕｐｓ（ｓｅｅ　Ｔａｂｌｅ
２ｉｎ　ｔｈｅ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｖｅｒｓｉｏｎ）．Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ
ｆｒｏｍ　ｅａｃｈ　ｌｏｃｕｓ　ｂｙ　ｅａｃｈ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒ　ｒａｎｇｅｄ
ｆｒｏｍ　２ｔｏ　５ｉｎ　ｎｕｍｂｅｒ，ａｎｄ　ｗｅｒｅ　ｎｕｍｂｅｒ－ｃｏｄｅｄ
ｆｒｏｍ　ｈｉｇｈ（９３０ｂｐ）ｔｏ　ｌｏｗ （２６０ｂｐ）ｓｉｚｅ（ｓｅｅ
Ｔａｂｌｅ　２ｉｎ　ｔｈｅ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｖｅｒｓｉｏｎ）．
Ｕｓｉｎｇ　ｔｈｅ　ｓｅｖｅｎ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ，ａ　ｔｏｔａｌ　ｏｆ　１５
ｍｕｌｔｉｌｏｃｕｓ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ，ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ
ｂｙ　ｔｈｅ　ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ　ｐａｔｔｅｒｎｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ
ｆｒａｇｍｅｎｔｓ，ｗｅｒｅ　ｄｅｌｉｎｅａｔｅｄ　ａｍｏｎｇ　ｔｈｅ　２５ｔｅｓｔ
ｓｔｒａｉｎｓ（ｓｅｅ　Ｔａｂｌｅ　３ｉｎ　ｔｈｅ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｖｅｒｓｉｏｎ）．Ａ
ｔｏｔａｌ　ｏｆ　２０ｃｌｅａｒ，ｓｔａｂｌｅ　ａｎｄ　ｒｅｐｒｏｄｕｃｉｂｌｅ　ｂａｎｄｓ
ｗｅｒｅ　ｓｅｌｅｃｔｅｄ．
Ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｆｒａｇｍｅｎｔ　ｐａｔｔｅｒｎｓ，ｅｌｅｖｅｎ
１１
ＡＣＴＡ　ＥＤＵＬＩＳ　ＦＵＮＧＩ　 Ｖｏｌ．２１
ｃｕｌｔｉｖａｒｓ（Ｃｒ－０２，Ｍｉｎｆｅｎｇ－１，２４１－４，Ｓｅｎｙｕａｎ－
１，Ｓｅｎｙｕａｎ８４０４， Ｘｉａｎｇ－９， Ｇｕａｎｇｘｉａｎｇ－５１，
Ｈｕａｘｉａｎｇ－５，Ｌ９５２，Ｌ９３１９ ａｎｄ　Ｌ８０８）ｗｅｒｅ
ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈｅｄ　ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｙ，ｗｈｉｌｅ　ｔｈｅ　ｒｅｍａｉｎｉｎｇ
１４ｓｔｒａｉｎｓ　ｗｅｒｅ　ｄｉｖｉｄｅｄ　ｉｎｔｏ　ｆｏｕｒ　ｇｒｏｕｐｓ：Ｇｒｏｕｐ
Ａ　ｃｏｍｐｒｉｓｅｄ　ｓｔｒａｉｎｓ　Ｓｈｅｎ－８，Ｓｈｅｎ－１０，Ｓｈｅｎ－１２，
Ｃｒ－０４，Ｗｕｘｉａｎｇ－１，Ｘｉａｎｇｚａ－２６ａｎｄ　Ｊｕｎｘｉｎ－８，
Ｇｒｏｕｐ　Ｂ　ｓｔｒａｉｎｓ　Ｃｒ－６２， Ｇａｎｘｉａｎｇ－１ ａｎｄ
Ｈｕａｘｉａｎｇ－８，Ｇｒｏｕｐ　Ｃ　ｓｔｒａｉｎｓ　Ｑｉｎｇｙｕａｎ９０１５
ａｎｄ　Ｊｉｎｄｉ，ａｎｄ　Ｇｒｏｕｐ　Ｄ　ｓｔｒａｉｎｓ　Ｌ１３５ ａｎｄ
Ｓｅｎｙｕａｎ－１０．Ｔｈｅ　ｍｕｌｔｉｌｏｃｕｓ　ＳＳＲ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ
ｐｒｏｆｉｌｅｓ　ｏｆ　ｔｈｒｅｅ　ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｙ　ｄｅｌｉｎｅａｔｅｄ　Ｌ．
ｅｄｏｄｅｓ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ａｒｅ　ｓｈｏｗｎ　ｉｎ　Ｆｉｇ．２（ｓｅｅ　ｔｈｅ
Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｖｅｒｓｉｏｎ）．
３　Ｄｉｓｃｕｓｓｉｏｎ
　　ＳＳＲ　 ｍａｒｋｅｒｓ　 ａｒｅ　 ｃｏｄｏｍｉｎａｎｔ　 ａｎｄ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ，ａｎｄ　ａｒｅ　ｗｉｄｅｌｙ　ｕｓｅｄ　ｉｎ　ｖａｒｉｏｕｓ
ｒｅｓｅａｒｃｈ　ｆｉｅｌｄｓ　ｓｕｃｈ　ａｓ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｌｉｎｋａｇｅ
ｍａｐｐｉｎｇ， ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｅｃｏｌｏｇｙ　ａｎｄ　ｇｅｎｅｔｉｃ
ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ［２３－２６］． Ｗｉｔｈ　ｔｈｅ　ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ
ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ａｎ　ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ
ｎｕｍｂｅｒ　ｏｆ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｈａｖｅ　ｂｅｅｎ　ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ．
Ａ　ｔｏｔａｌ　ｏｆ　２７７０６２ＳＳＲｓ，ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｉｎｇ　８％ｏｆ　ｔｈｅ
ａｓｓｅｍｂｌｅｄ　ｇｅｎｏｍｉｃ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ， ｈａｖｅ　ｂｅｅｎ
ｄｅｔｅｃｔｅｄ　ｉｎ　Ｌａｃｃａｒｉａ　ｂｉｃｏｌｏｒ［１７，２７］．Ｓｅｖｅｎｔｅｅｎ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｗｅｒｅ　ｃｌｏｎｅｄ　ｂｙ　ｔｈｅ
ＦＩＡＳＣＯ　ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ　ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ　ａｎｄ　ｕｓｅｄ　ｔｏ
ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅ　 Ａｕｒｉｃｕｌａｒｉａ　 ａｕｒｉｃｕｌａ－ｊｕｄａｅ
ｃｕｌｔｉｖａｒｓ［１４］，ａｎｄ　ＳＳＲｓ　ｈａｖｅ　ａｌｓｏ　ｂｅｅｎ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ
ｉｎ　ｔｈｅ　ｇｅｎｏｍｅ　ｏｆ　Ｇａｎｏｄｅｒｍａ　ｌｕｃｉｄｕｍ［２８］．Ａ
ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｏｎｌｙ　ｔｈｒｅｅ　ｓｅｌｅｃｔｅｄ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ
ｗａｓ　ｓｕｆｆｉｃｉｅｎｔ　ｔｏ　ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｅ　ｕｎａｍｂｉｇｕｏｕｓｌｙ　２７
ｏｆ　２８　Ａｇａｒｉｃｕｓ　ｂｉｓｐｏｒｕｓ　ｇｅｎｏｔｙｐｅｓ［２９］．
Ｉｎ　ｔｈｉｓ　ｓｔｕｄｙ，２　０　０ ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｗｅｒｅ
ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｇｅｎｏｍｉｃ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｏｆ　Ｌ．
ｅｄｏｄｅｓ．Ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｇｅｎｏｔｙｐｉｃ　ｄａｔａ，ｓｅｖｅｎ　ＳＳＲ
ｍａｒｋｅｒｓ　ｄｅｌｉｎｅａｔｅｄ　２　５ Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ
Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ，１　１ａｓ　ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ　ｓｔｒａｉｎｓ
ａｎｄ　ｔｈｅ　ｒｅｍａｉｎｉｎｇ　１　４ｉｎｔｏ　ｆｏｕｒ　ｇｒｏｕｐｓ．Ｉｔ　ｉｓ
ｎｏｔｅｗｏｒｔｈｙ　ｔｈａｔ　ｔｈｅ　ａｎｎｅａｌｉｎｇ　ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ
ｗａｓ　ｔｈｅ　ｓａｍｅ　ｆｏｒ　ａｌ　ｓｅｖｅｎ　ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ
ｕｓｅｄ　ｔｏ　ａｍｐｌｉｆｙ　ｔｈｅ　ｍａｒｋｅｒｓ， ｔｈｅｒｅｂｙ
ａｌｏｗｉｎｇ　ｔｈｅ　ａｄｏｐｔｉｏｎ　ｏｆ　ａ　ｃｏｎｓｔａｎｔ　ＰＣＲ
ｐｒｏｇｒａｍ　ｗｈｅｎ　ｐｒｅｐａｒｉｎｇ　ｍｕｌｔｉｌｏｃｕｓ　ＳＳＲ
ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　ｐｒｏｆｉｌｅｓ．
Ｃｕｒｒｅｎｔｌｙ， ｒｅｌａｔｉｖｅｌｙ　ｆｅｗ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ
ｍｕｓｈｒｏｏｍ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ａｒｅ　ｕｓｅｄ　ｉｎ　Ｃｈｉｎａ．
Ｈｏｗｅｖｅｒ， ｃｏｎｔｉｎｕｉｎｇ　ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ｔｈｅ
ｍｕｓｈｒｏｏｍ　ｉｎｄｕｓｔｒｙ　ｗｉｌ　ｎｅｃｅｓｓｉｔａｔｅ　ａｃｃｕｒａｔｅ
ｍｅｔｈｏｄｓ　 ｏｆ　 ｓｔｒａｉｎ　 ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　 ａｎｄ
ｃｅｒｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｗｉｔｈ　ｔｈｅ　ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ｇｅｎｏｍｅ
ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＳＳＲ　ｍａｋｅｒｓ　ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ
ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｗｈｏｌｅ　ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ，ａｐｐｅａｒ　ｔｏ
ｈａｖｅ　ｍａｊｏｒ　ｐｏｔｅｎｔｉａｌ　ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ　ｖａｌｕｅ　ｉｎ
ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　ｐｒｏｆｉｌｅｓ　ｏｆ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ
ｓｔｒａｉｎｓ．
Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ
［１］ＣＨＡＮＧ　ＳＴ，ＭＩＬＥＳ　ＰＧ．Ｈｉｓｔｏｒｉｃａｌ　ｒｅｃｏｒｄ　ｏｆ　ｔｈｅ
ｅａｒｌｙ　ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｌｅｎｔｉｎｕｓ　ｉｎ　Ｃｈｉｎａ ［Ｊ］．
Ｍｕｓｈｒｏｏｍ　Ｊ　Ｔｒｏｐ，１９８７，７：３１－３７．
［２］ ＺＨＡＮＧ　Ｙ， ＭＯＬＩＮＡ　ＦＩ．Ｓｔｒａｉｎ　ｔｙｐｉｎｇ　ｏｆ
Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｂｙ　ｒａｎｄｏｍ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ
ＤＮＡ　ａｓｓａｙ［Ｊ］．ＦＥＭＳ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｌｅｔｔ，１９９５，１３１
（１）：１７－２０．
［３］ＬＯ　ＴＣ，ＫＡＮＧ　ＭＷ，ＷＡＮＧ　ＢＣ，ｅｔ　ａｌ．Ｇｌｙｃｏｓｙｌ
ｌｉｎｋａｇｅ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ　ａｎｄ　ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ　ｏｆ　ｅｘｏ－
ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ　ｏｆ　ｓｏｍｅ　ｒｅｇｉｏｎａｌｙ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｓｔｒａｉｎｓ
ｏｆ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｂｙ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｆｒａｇｍｅｎｔ　ｌｅｎｇｔｈ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　ａｓｓａｙ　ａｎｄ　ｃｌｕｓｔｅｒ　ａｎａｌｙｓｉｓ［Ｊ］．Ａｎａｌ
Ｃｈｉｍ　Ａｃｔａ，２００７，５９２（２）：１４６－１５３．
［４］ＺＨＡＮＧ　ＲＹ，ＨＵＡＮＧ　ＣＹ，ＺＨＥＮＧ　ＳＹ，ｅｔ　ａｌ．
Ｓｔｒａｉｎ－ｔｙｐｉｎｇ　ｏｆ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｉｎ　Ｃｈｉｎａ　ｗｉｔｈ
ｉｎｔｅｒ　ｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔ　ｍａｒｋｅｒｓ［Ｊ］．Ａｐｐｌ
Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２００７，７４（１）：１４０－１４５．
［５］ＷＵ　ＸＱ，ＬＩ　ＨＢ，ＺＨＡＯ　ＷＷ，ｅｔ　ａｌ．ＳＣＡＲ　ｍａｋｅｒｓ
ａｎｄ　ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ　ＰＣＲ－ｂａｓｅｄ　ｒａｐｉｄ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｔｙｐｉｎｇ　ｏｆ
Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ［Ｊ］．Ｃｕｒｒ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ，２０１０，
６１（５）：３８１－３８９．
［６］ＬＩ　ＨＢ，ＷＵ　ＸＱ，ＰＥＮＧ　ＨＺ，ｅｔ　ａｌ．Ｎｅｗ　ａｖａｉｌａｂｌｅ
ＳＣＡＲ　ｍａｒｋｅｒｓ：ｐｏｔｅｎｔｉａｌｙ　ｕｓｅｆｕｌ　ｉｎ　ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈｉｎｇ　ａ
ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　ｓｔｒａｉｎ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｓｕｐｅｒｉｏｒ　ｔｙｐｅ　ｆｒｏｍ　ｏｔｈｅｒ
ｓｔｒａｉｎｓ　ｏｆ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｉｎ　Ｃｈｉｎａ［Ｊ］．Ａｐｐｌ
Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２００８，８１（２）：３０３－３０９．
［７］ＱＩＮ　ＬＨ，ＴＡＮ　Ｑ，ＣＨＥＮ　ＭＪ，ｅｔ　ａｌ．Ｕｓｅ　ｏｆ
ｉｎｔｅｒｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔｓ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｔｏ　ｄｅｖｅｌｏｐ
ｓｔｒａｉｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ　ＳＣＡＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｆｏｒ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ
［Ｊ］．ＦＥＭＳ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｌｅｔｔ，２００６，２５７（１）：１１２－１１６．
［８］ＬＩＵ　ＪＹ，ＹＩＮＧ　ＺＨ，ＬＩＵ　Ｆ，ｅｔ　ａｌ．Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ　ｏｆ
ｔｈｅ　ｕｓｅ　ｏｆ　ＳＣＡＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｆｏｒ　ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ　ｇｅｎｅｔｉｃ
２１
Ｎｏ．２ ＺＨＡＮＧ　Ｄａｎ，ＳＯＮＧ　Ｃｈｕｎｙａｎ，ＺＨＡＮＧ　Ｌｕｊｕｎ，ｅｔ　ａｌ
ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ［Ｊ］．Ｃｕｒｒ
Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ，２０１２，６４（４）：３１７－３２５．
［９］ＤＥＬＧＡＤＯ－ＭＡＲＴＩＮＥＺ　 ＦＪ， ＡＭＡＹＡ　 Ｉ，
ＳＡＮＣＨＥＺ－ＳＥＶＩＬＬＡ　ＪＦ，ｅｔ　ａｌ． Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅ
ｍａｒｋｅｒ－ｂａｓｅｄ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ
ｏｆ　ｏｌｉｖｅ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　Ｅｘｔｒｅｍａｄｕｒａ　ｒｅｇｉｏｎ　ｏｆ
Ｓｐａｉｎ［Ｊ］．Ｇｅｎｅｔ　Ｍｏｌ　Ｒｅｓ，２０１２，１１（２）：９１８－９３２．
［１０］ＥＲＣＩＳＬＩ　Ｓ，ＩＰＥＫ　Ａ，ＢＡＲＵＴ　Ｅ．ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒ－
ｂａｓｅｄ　 ＤＮＡ　 ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｉｎｇ　 ａｎｄ　 ｃｕｌｔｉｖａｒ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｏｌｉｖｅｓ （Ｏｌｅａ　ｅｕｒｏｐａｅａ）［Ｊ］．
Ｂｉｏｃｈｅｍ　Ｇｅｎｅｔ，２０１１，４９（９－１０）：５５５－５６１．
［１１］ＢＡＲＣＨＩ　Ｌ，ＬＡＮＴＥＲＩ　Ｓ，ＰＯＲＴＩＳ　Ｅ，ｅｔ　ａｌ．
Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　ＳＮＰ　ａｎｄ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｉｎ　ｅｇｇｐｌａｎｔ
ｕｓｉｎｇ　ＲＡＤ　ｔａｇ　ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ［Ｊ］．ＢＭＣ　Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，
２０１１，１２：３０４．
［１２］ＳＭＹＫＡＬ　Ｐ，ＨＯＲＡＣＥＫ　Ｊ，ＤＯＳＴＡＬＯＶＡ　Ｒ，ｅｔ
ａｌ．Ｖａｒｉｅｔｙ　ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｉｏｎ　ｉｎ　ｐｅａ（Ｐｉｓｕｍ　ｓａｔｉｖｕｍ
Ｌ．）ｂｙ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ，ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ　ａｎｄ　ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ
ｍａｒｋｅｒｓ［Ｊ］．Ｊ　Ａｐｐｌ　Ｇｅｎｅｔ，２００８，４９（２）：１５５－１６６．
［１３］ＸＩＡＯ　Ｙ，ＬＩＵ　Ｗ，ＤＡＩ　ＹＨ，ｅｔ　ａｌ．Ｕｓｉｎｇ　ＳＳＲ
ｍａｒｋｅｒｓ　ｔｏ　ｅｖａｌｕａｔｅ　ｔｈｅ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ
Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｎａｔｕｒａｌ　ｇｅｒｍｐｌａｓｍ　ｉｎ　Ｃｈｉｎａ［Ｊ］．
Ｗｏｒｌｄ　Ｊ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２０１０，２６：５２７－５３６．
［１４］ＺＨＡＮＧ　ＲＹ， ＨＵ　ＤＤ， ＧＵ　ＪＧ， ｅｔ　ａｌ．
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｆｏｒ　ｔｙｐｉｎｇ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ
ｉｎ　ｔｈｅ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ　Ａｕｒｉｃｕｌａｒｉａ　ａｕｒｉｃｕｌａ－ｊｕｄａｅ［Ｊ］．
Ｍｙｃｏｌ　Ｐｒｏｇｒｅｓｓ，２０１２，１１（２）：５８７－５９２．
［１５］ＬＩＡＮ　Ｃ，ＨＯＧＥＴＳＵ　Ｔ，ＭＡＴＳＵＳＨＩＴＡ　Ｎ，ｅｔ　ａｌ．
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｆｒｏｍ　ａｎ
ｅｃｔｏｍｙｃｏｒｒｈｉｚａｌ　ｆｕｎｇｕｓ，Ｔｒｉｃｈｏｌｏｍａ　ｍａｔｓｕｔａｋｅ，
ｂｙ　ａｎ　ＩＳＳＲ－ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ－ＰＣＲ　ｍｅｔｈｏｄ ［Ｊ］．
Ｍｙｃｏｒｒｈｉｚａ，２００３，１３（１）：２７－３１．
［１６］ＫＵＨＡＤ　ＲＣ，ＫＡＰＯＯＲ　ＲＫ，ＬＡＬ　Ｒ．Ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ
ｔｈｅ　ｙｉｅｌｄ　ａｎｄ　ｑｕａｌｉｔｙ　ｏｆ　ＤＮＡ　ｉｓｏｌａｔｅｄ　ｆｒｏｍ　ｗｈｉｔｅ－
ｒｏｔ　ｆｕｎｇｉ［Ｊ］．Ｆｏｌｉａ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（Ｐｒａｈａ），２００４，４９
（２）：１１２－１１６．
［１７］ＬＡＢＢＥ　Ｊ，ＭＵＲＡＴ　Ｃ，ＭＯＲＩＮ　Ｅ，ｅｔ　ａｌ．Ｓｕｒｖｅｙ
ａｎｄ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔｓ　ｉｎ　ｔｈｅ
Ｌａｃｃａｒｉａ　ｂｉｃｏｌｏｒ　ｇｅｎｏｍｅ，ｗｉｔｈ　ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ
ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅ　ｍａｒｋｅｒｓ［Ｊ］．Ｃｕｒｒ　Ｇｅｎｅｔ，２０１１，５７
（２）：７５－８８．
［１８］ＳＩＮＧＨ　ＶＫ，ＭＡＮＧＡＬＡＭ　ＡＫ，ＤＷＩＶＥＤＩ　Ｓ，ｅｔ
ａｌ．Ｐｒｉｍｅｒ　ｐｒｅｍｉｅｒ：ｐｒｏｇｒａｍ　ｆｏｒ　ｄｅｓｉｇｎ　ｏｆ
ｄｅｇｅｎｅｒａｔｅ　ｐｒｉｍｅｒｓ　ｆｒｏｍ　ａ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ［Ｊ］．
Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１９９８，２４（２）：３１８－３１９．
［１９］ＤＯＮ　ＲＨ，ＣＯＸ　ＰＴ，ＷＡＩＮＷＲＩＧＨＴ　ＢＪ，ｅｔ　ａｌ．
‘Ｔｏｕｃｈｄｏｗｎ’ＰＣＲ　ｔｏ　ｃｉｒｃｕｍｖｅｎｔ　ｓｐｕｒｉｏｕｓ　ｐｒｉｍｉｎｇ
ｄｕｒｉｎｇ　ｇｅｎｅ　ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ［Ｊ］．Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ，
１９９１，１９（１４）：４００８．
［２０］ＺＨＡＮＧ　Ｄ， ＷＵ　Ｐ，ＺＨＡＮＧ　ＬＪ，ｅｔ　ａｌ．
Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　ｏｆ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｗｈｏｌｅ
ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｏｆ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ａｎｄ　ｕｓｅ　ｉｎ
ｓｔｒａｉｎ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ［Ｊ］．Ａｃｔａ　Ｅｄｕｌｉｓ　Ｆｕｎｇｉ，２０１２，
１９（４）：７－１０．
［２１］ＬＩＵ　Ｋ，ＭＵＳＥ　ＳＶ．ＰｏｗｅｒＭａｒｋｅｒ：ａｎ　ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ
ａｎａｌｙｓｉｓ　ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ　ｆｏｒ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｍａｒｋｅｒ　ａｎａｌｙｓｉｓ
［Ｊ］．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２００５，２１（９）：２１２８－２１２９．
［２２］ＲＯＨＬＦ　ＦＪ． ＮＴＳＹＳｐｃ： Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ　Ｔａｘｏｎｏｍｙ
Ｓｙｓｔｅｍ，ｖｅｒ．２．１０．Ｅｘｅｔｅｒ　Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｌｔｄ：
Ｓｅｔａｕｋｅｔ，ＮＹ．２０００．
［２３］ＦＯＵＬＯＮＧＮＥ－ＯＲＩＯＬ　 Ｍ， ＳＰＡＴＡＲＯ　 Ｃ，
ＣＡＴＨＡＬＯＴ　Ｖ，ｅｔ　ａｌ．Ａｎ　ｅｘｐａｎｄｅｄ　ｇｅｎｅｔｉｃ
ｌｉｎｋａｇｅ　ｍａｐ　ｏｆ　ａｎ　ｉｎｔｅｒｖａｒｉｅｔａｌ　Ａｇａｒｉｃｕｓ　ｂｉｓｐｏｒｕｓ
ｖａｒ．ｂｉｓｐｏｒｕｓ　ｘ　Ａ．ｂｉｓｐｏｒｕｓ　ｖａｒ．ｂｕｒｎｅｔｔｉ　ｈｙｂｒｉｄ
ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ＡＦＬＰ，ＳＳＲ　ａｎｄ　ＣＡＰＳ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｓｈｅｄｓ
ｌｉｇｈｔ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ　ｂｅｈａｖｉｏｕｒ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｓｐｅｃｉｅｓ
［Ｊ］．Ｆｕｎｇａｌ　Ｇｅｎｅｔ　Ｂｉｏｌ，２０１０，４７（３）：２２６－２３６．
［２４］ＬＡＢＢＥ　Ｊ，ＺＨＡＮＧ　Ｘ，ＹＩＮ　Ｔ，ｅｔ　ａｌ．Ａ　ｇｅｎｅｔｉｃ
ｌｉｎｋａｇｅ　ｍａｐ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｅｃｔｏｍｙｃｏｒｒｈｉｚａｌ　ｆｕｎｇｕｓ
Ｌａｃｃａｒｉａ　ｂｉｃｏｌｏｒ　ａｎｄ　ｉｔｓ　ａｌｉｇｎｍｅｎｔ　ｔｏ　ｔｈｅ　ｗｈｏｌｅ－
ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ａｓｓｅｍｂｌｉｅｓ［Ｊ］．Ｎｅｗ　Ｐｈｙｔｏｌ，
２００８，１８０（２）：３１６－３２８．
［２５］ＺＨＡＮＧ　ＲＹ，ＨＵ　ＤＤ，ＺＨＡＮＧ　ＪＸ，ｅｔ　ａｌ．
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ａｎｄ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｓｉｍｐｌｅ
ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔ（ＳＳＲ）ｍａｒｋｅｒｓ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ
Ｆｌａｍｍｕｌｉｎａ　ｖｅｌｕｔｉｐｅｓ［Ｊ］．Ｊ　Ｂｉｏｓｃｉ　Ｂｉｏｅｎｇ，２０１０，
１１０（３）：２７３－２７５．
［２６］ＦＯＵＬＯＮＧＮＥ－ＯＲＩＯＬ　 Ｍ， ＳＰＡＴＡＲＯ　 Ｃ，
ＭＯＩＮＡＲＤ　 Ｍ， ｅｔ　ａｌ． Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　 ｏｆ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｉｓｓｕｅｄ　ｆｒｏｍ
ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｍｅｄｉｃｉｎａｌ
ｍｕｓｈｒｏｏｍ　Ａｇａｒｉｃｕｓ　ｓｕｂｒｕｆｅｓｃｅｎｓ ［Ｊ］． ＦＥＭＳ
Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｌｅｔｔ，２０１２，３３４（２）：１１９－１２６．
［２７］ＬＩ　ＳＸ，ＺＨＡＮＧ　ＸＹ，ＹＩＮ　ＴＭ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ　ｏｆ
ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅｓ　ｉｎ　ｔｈｅ　ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅ
Ｌａｃｃａｒｉａ ｂｉｃｏｌｏｒ ｇｅｎｏｍｅ ［Ｊ］． Ｊ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ
Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２０１０，２０（３）：４７４－４７９．
［２８］ＱＩＡＮ　Ｊ，ＸＵ　ＨＢ，ＳＯＮＧ　ＪＹ，ｅｔ　ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ－ｗｉｄｅ
ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔｓ　ｉｎ　ｔｈｅ　ｍｏｄｅｌ
ｍｅｄｉｃｉｎａｌ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ　Ｇａｎｏｄｅｒｍａ　ｌｕｃｉｄｕｍ ［Ｊ］．
Ｇｅｎｅ，２０１３，５１２（２）：３３１－３３６．
［２９］ＦＯＵＬＯＮＧＮＥ－ＯＲＩＯＬ　 Ｍ， ＳＰＡＴＡＲＯ　 Ｃ，
ＳＡＶＯＩＥ　 ＪＭ． Ｎｏｖｅｌ　ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅ　ｍａｒｋｅｒｓ
ｓｕｉｔａｂｌｅ　ｆｏｒ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｔｕｄｉｅｓ　ｉｎ　ｔｈｅ　ｗｈｉｔｅ　ｂｕｔｔｏｎ
ｍｕｓｈｒｏｏｍ　Ａｇａｒｉｃｕｓ　ｂｉｓｐｏｒｕｓ［Ｊ］．Ａｐｐｌ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ
Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２００９，８４（６）：１１２５－１１３５．
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