全 文 ：食用菌学报?２０１１．１８（３）：１～８
收稿日期：２０１１－０８－０２原稿；２０１１－０９－０１修改稿
基金项目：福建省科技重大专项项目（编号：２００８ＳＺ０００２）、公益类科研院所专项项目（编号：２００９Ｒ１０００９－１）、农业科
技重点项目（编号：２００９Ｎ００２８）的部分研究内容
作者简介：刘靖宇（１９８０－），男，福建农林大学在读博士研究生，主要从事真菌学与分子遗传学研究。
＊本文通讯作者　Ｅ－ｍａｉｌ：ｍｒｃｆａｆｕ＠１６３．ｃｏｍ
文章编号：１００５－９８７３（２０１１）０３－０００１－０８
香菇菌株遗传多样性ＩＳＳＲ、ＲＡＰＤ和ＳＲＡＰ综合分析
刘靖宇１，２，宋秀高３，叶　夏３，陈爱红２，谢宝贵１，２＊
（１福建农林大学菌物研究中心，福建福州３５０００２；２福建农林大学生命科学学院，福建福州３５０００２；
３福建省农业区划研究所，福建福州３５０００３）
摘　要：采用ＩＳＳＲ、ＲＡＰＤ和ＳＲＡＰ分子标记技术对收集到的２６株供试香菇（Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ）菌株进
行遗传多样性分析，将分析数据合并构建 ＵＰＧＭＡ亲缘关系树状图，综合分析结果表明，２６株供试香菇
菌株间的遗传相似系数范围为０．４９～０．９７，在相似系数０．６１时可分为３个类群，具有相似遗传背景或
来源于野生资源的菌株优先聚类在同一亚群，由５株野生菌株组成的第三类群与２１株主栽菌株相似系
数仅为０．５０，存在非常明显的遗传差异。该试验结果表明：该方法可以更好地解释供试香菇菌株间的亲
缘关系；加强野生香菇种质资源的评价和鉴定研究，将有利于我国现有主栽香菇的品种改良和培育出具
有自主知识产权的优良香菇新品种。
关键词：香菇；非加权配对算术平均法；种质资源
　　简单序列重复区间（ｉｎｔｅｒ　ｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ
ｒｅｐｅａｔｓ，ＩＳＳＲ）、随机扩增的多态性ＤＮＡ（ｒａｎｄｏｍ
ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ＤＮＡ，ＲＡＰＤ）和相关序列
扩 增 多 态 性 （ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｌａｔｅｄ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ＳＲＡＰ）是目前在分析和评估生
物种群的遗传多样性中应用最广泛的三类基
于ＰＣＲ扩增的分子标记系统。在食用菌菌株
鉴定和种质资源多样性评价中，均有应用这
三种技术的相关报道［１－６］。然而，由于它们的
开发原理不同，当采用不同标记的数据构建
聚类树状图时，实验结果通常会存在比较大
的差异，不利于实验结果的分析和总结。
基于哲学家 ＲＵＤＯＬＦ　ＣＡＲＮＡＰ提出的总
体证据原则，即对任何理论或假说的判断都必须
基于全部证据，认为合并数据能得到最大化的系
统发育信息，尤其是能揭示数据中隐藏的系统发
育信息［７］。笔者在研究中尝试先获得ＩＳＳＲ、
ＲＡＰＤ和ＳＲＡＰ三类不同分子标记的数据，之后
将数据合并用于构建所有样本的 ＵＰＧＭＡ亲缘
关系树状图，以期通过不同分子标记间的优势互
补获得更为可靠的菌株遗传多样性分析结果，进
而为香菇育种材料分子标记辅助选取体系的建
立提供理论和实验依据。现将试验结果报告
如下。
１　材料和方法
１．１ 供试菌株
　　２６株香菇（Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ）菌株如表１所示，
其中２１株为目前国内的主栽品种，５株为野生
香菇菌株。主栽品种选取目前与我国香菇生
产紧密相关的典型菌株［８］；野生香菇菌株选取
主要是基于福建农林大学菌物研究中心在香
菇种质资源评价方面已取得的研究成果［９，１０］。
供试菌株均由福建农林大学菌物研究中心
提供。
１．２ 方法
１．２．１ＤＮＡ提取和纯度鉴定
　 　 菌 丝 培 养、收 集 和 ＤＮＡ 提 取 参 照
ＭＯＬＬＥＲ［１１］的方法。ＤＮＡ 样品浓度和纯度的
检测采用琼脂糖凝胶电泳和微量核酸测定仪
（ＮａｎｏＤｒｏｐ１０００，ＵＳＡ）两种方法。
DOI:10.16488/j.cnki.1005-9873.2011.03.014
食　用　菌　学　报 第１８卷
表１　供试香菇菌株
Ｔａｂｌｅ　１　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｔｅｓｔ　ｓｔｒａｉｎｓ
编号
Ｎｏ．
菌株
Ｓｔｒａｉｎ
菌株谱系
Ｓｔｒａｉｎ　ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ
来源
Ｓｏｕｒｃｅ
１　 １３５ 日本引种Ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ　ｆｒｏｍ　Ｊａｐａｎ
２　 ２４１ 日本引种Ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ　ｆｒｏｍ　Ｊａｐａｎ
３　 ２４１－４ 自２４１群体中系统选育获得 Ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　２４１ｂｙ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ
４　 ７４０２　 １９７４年由三明市真菌研究所自日本引种Ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ　ｉｎ　１９７４ｆｒｏｍ　Ｊａｐａｎ
ｂｙ　Ｓａｎｍｉｎｇ
三明市真菌研究所
Ｓａｎｍｉｎｇ　Ｍｙｃｏｌｏｇｉｃａｌ
Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ
５　 ９０１５ 自日本引种Ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ　ｆｒｏｍ　Ｊａｐａｎ 庆元食用菌科研中心
Ｑｉｎｇｙｕａｎ　Ｅｄｉｂｌｅ　Ｆｕｎｇｉ
Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ　Ｃｅｎｔｅｒ
６ Ｃｒ０２　 ７４０２与Ｌｃ－０１（三明野生种）通过单孢杂交获得
７４０２×Ｌｃ－０１（ｌｏｃａｌ　ｗｉｌｄ　ｓｔｒａｉｎ），ｓｉｎｇｌｅ　ｓｐｏｒｅ　ｃｒｏｓｓ－ｂｒｅｅｄｉｎｇ
７
Ｃｒ０４
７９１７（日本引种）和Ｌ２１通过单孢杂交获得
７９１７（ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ　ｆｒｏｍ　Ｊａｐａｎ）×Ｌ２１，ｓｉｎｇｌｅ　ｓｐｏｒｅ　ｃｒｏｓｓ－ｂｒｅｅｄｉｎｇ
三明市真菌研究所
Ｓａｎｍｉｎｇ
Ｍｙｃｏｌｏｇｉｃａｌ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ
８ Ｃｒ６６ 未知 Ｕｎｋｎｏｗｎ 华中农业大学菌种中心
Ｍｕｓｈｒｏｏｍ　 Ｓｐａｗｎ
Ｃｅｎｔｅｒ　ｏｆ　Ｈｕａｚｈｏｎｇ
Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ
９ Ｌ２６ 未知 Ｕｎｋｎｏｗｎ 上海市农业科学院食用
菌研究所
Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ　 ｏｆ　 Ｅｄｉｂｌｅ
Ｆｕｎｇｉ，ＳＡＡＳ
１０ 庆科２０
Ｑｉｎｇｋｅ－２０
在庆元９０１５群体中通过系统选育获得的一株变异菌株
Ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　Ｑｉｎｇｙｕａｎ　９０１５ｂｙ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ
庆元食用菌科研中心
Ｑｉｎｇｙｕａｎ　Ｅｄｉｂｌｅ　Ｆｕｎｇｉ
Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ　Ｃｅｎｔｅｒ
１１ 申香１０号
Ｓｈｅｎｘｉａｎｇ－１０
以Ｌ２６原生质体化单核体和苏香双核体进行双单杂交获得
Ｍａｔｉｎｇ　ｂｅｔｗｅｅｎ　Ｌ２６ｐｒｏｔｏｐｌａｓｔ　ｍｏｎｏｋａｒｙｏｎ　ａｎｄ　Ｓｕｘｉａｎｇ　ｄｉｋａｒｙｏｎ
１２ 申香１２号
Ｓｈｅｎｘｉａｎｇ－１２
野生菌株６９和苏香原生质体单核化菌株非对称杂交获得
Ｎｏｎ－ｓｙｍｍｅｔｒｉｃ　ｃｒｏｓｓｉｎｇ　ｂｅｔｗｅｅｎ　６９（ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ）ａｎｄ　ａ　Ｓｕｘｉａｎｇ
ｐｒｏｔｏｐｌａｓｔ　ｍｏｎｏｋａｒｙｏｎ
１３ 申香７号
Ｓｈｅｎｘｉａｎｇ－７
一株野生菌株和苏香原生质体单核化菌株，单单杂交获得
Ｓｙｍｍｅｔｒｉｃ　ｃｒｏｓｓｉｎｇ　ｂｅｔｗｅｅｎ　ａ　ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ　ａｎｄ　ａ
Ｓｕｘｉａｎｇ　ｐｒｏｔｏｐｌａｓｔ　ｍｏｎｏｋａｒｙｏｎ
１４ 申香８号
Ｓｈｅｎｘｉａｎｇ－８
野生菌株７０和苏香原生质体单核化菌株，单单杂交获得
Ｓｙｍｍｅｔｒｉｃ　ｃｒｏｓｓｉｎｇ　ｂｅｔｗｅｅｎ　７０（ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ）ａｎｄ　ａ
Ｓｕｘｉａｎｇ　ｐｒｏｔｏｐｌａｓｔ　ｍｏｎｏｋａｒｙｏｎ
１５ 申香９３号
Ｓｈｅｎｘｉａｎｇ－９３
１９９３年从一株野生菌株中选育的一株自然变异菌株的后代菌株
Ｎａｔｕｒａｌ　ｖａｒｉａｎｔ　ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ａ　ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ　ｉｓｏｌａｔｅｄ　ｉｎ
Ｊｉａｎｇｘｉ　ｉｎ　１９９３
１６ 申香９号
Ｓｈｅｎｘｉａｎｇ－９
与申香９３来源于同一菌株的不同后代
Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｏｆｆｓｐｒｉｎｇ　ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｓａｍｅ　ｐａｒｅｎｔｓ　ａｓ　Ｓｈｅｎｘｉａｎｇ－９３
上海市农业科学院食用
菌研究所
Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ　ｏｆ　Ｅｄｉｂｌｅ　Ｆｕｎｇｉ，
ＳＡＡＳ
２
第３期 刘靖宇，等：香菇菌株遗传多样性ＩＳＳＲ、ＲＡＰＤ和ＳＲＡＰ综合分析
续表
编号
Ｎｏ．
菌株
Ｓｔｒａｉｎ
菌株谱系
Ｓｔｒａｉｎ　ｂａｃｋｇｏｕｎｄ
来源
Ｓｏｕｒｃｅ
１７　 ９３９ 自９０１５群体中通过系统选育获得
Ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　９０１５ｂｙ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ
三明市真菌研究所
Ｓａｎｍｉｎｇ　Ｍｙｃｏｌｏｇｉｃａｌ
Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ
１８ 沪农１号
Ｈｕｎｏｎｇ－１
自海外引种后经系统选育获得
Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ　ｏｆ　ａ　ｓｔｒａｉｎ　ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ　ｆｒｏｍ　ａｂｏａｒｄ
１９ 苏香１号
Ｓｕｘｉａｎｇ－１
未知　Ｕｎｋｎｏｗｎ
２０ 武香１号
Ｗｕｘｉａｎｇ－１
１９９０年自日本引种后经系统选育获得
Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ　ｏｆ　ａ　ｓｔｒａｉｎ　ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ　ｆｒｏｍ　Ｊａｐａｎ　ｉｎ　１９９０
华中农业大学菌种中心
Ｍｕｓｈｒｏｏｍ　Ｓｐａｗｎ　Ｃｅｎｔｅｒ
ｏｆ　Ｈｕａｚｈｏｎｇ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ
Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ
２１
闽丰１号
Ｍｉｎｆｅｎｇ－１
Ｌ１２（日本菌株）和Ｌ３４（宁化菌株）通过单孢杂交获得
Ｓｉｎｇｌｅ　ｓｐｏｒｅ　ｃｒｏｓｓ：Ｌ１２（ｆｒｏｍ　Ｊａｐａｎ）×Ｌ３４（ｆｒｏｍ　Ｎｉｎｇｈｕａ）
三明市真菌研究所
Ｓａｎｍｉｎｇ
Ｍｙｃｏｌｏｇｉｃａｌ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ
２２ Ｌ０２１２ 福建龙岩野生菌株 Ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ　ｆｒｏｍ　Ｌｏｎｇｙａｎ　ｉｎ　Ｆｕｊｉａｎ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
２３ Ｌ０２２７ 福建龙岩野生菌株 Ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ　ｆｒｏｍ　Ｌｏｎｇｙａｎ　ｉｎ　Ｆｕｊｉａｎ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
２４ Ｌ０３４８ 福建三明野生菌株 Ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ　ｆｒｏｍ　Ｓａｎｍｉｎｇ　ｉｎ　Ｆｕｊｉａｎ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
２５ Ｌ０２７２ 云南野生菌株 Ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ　ｆｒｏｍ　Ｙｕｎｎａｎ　ｐｒｏｖｉｎｃｅ
２６ Ｌ０２４９ 四川野生菌株 Ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ　ｆｒｏｍ　Ｓｉｃｈｕａｎ　ｐｒｏｖｉｎｃｅ
福建农林大学菌物中心
Ｍｙｃｏｌｏｇｉｃａｌ　 Ｒｅｓｅａｒｃｈ
Ｃｅｎｔｅｒ　ｏｆ　Ｆｕｊｉａｎ　Ａｇｒｉ－
ｃｕｌｔｕｒｅ　ａｎｄ　Ｆｏｒｅｓｔｒｙ
Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ
本表内容部分来源于参考文献 ［６］
Ｔａｂｌｅ　ｉｓ　ｂａｓｅｄ　ｐａｒｔｌｙ　ｏｎ　ｄａｔａ　ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ　ｉｎ　Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ［６］
１．２．２ 引物
　　ＩＳＳＲ、ＲＡＰＤ和ＳＲＡＰ引物均购自上海生工
生物技术服务有限公司，如表２～４所示。
表２　ＩＳＳＲ引物序列
Ｔａｂｌｅ　２　Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｏｆ　ｐｒｉｍｅｒｓ　ｕｓｅｄ　ｆｏｒ　ＩＳＳＲ　ａｎａｌｙｓｉｓ
ＩＳＳＲ引物ＩＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒ（５′－３′）
ＩＳＳＲ　１ （ＣＴＣ）４ＳＣ　 ＩＳＳＲ　１０ （ＴＡＴＧ）４Ｃ
ＩＳＳＲ　２ ＢＤＢ（ＡＣＡ）５ ＩＳＳＲ　１１ （ＣＡＴＡ）４Ｃ
ＩＳＳＲ　３ （ＣＡ）８ＷＧ　 ＩＳＳＲ　１２ （ＡＧ）８Ｔ
ＩＳＳＲ　４ （ＣＡＣ）４ＳＣ　 ＩＳＳＲ　１３ （ＧＡ）８Ｃ
ＩＳＳＲ　５ ＶＤＨ（ＴＣＧ）５ ＩＳＳＲ　１４ （ＣＴ）８Ｇ
ＩＳＳＲ　６ ＤＨＢ（ＣＧＡ）５ ＩＳＳＲ　１５ （ＣＡ）８Ｇ
ＩＳＳＲ　７ ＡＴＧ（ＴＡＴＧ）３Ａ　ＩＳＳＲ　１６ （ＣＴ）８ＲＣ
ＩＳＳＲ　８ （ＣＡＴＡ）４Ｇ　 ＩＳＳＲ　１７ （ＴＧ）８ＲＣ
ＩＳＳＲ　９ （ＣＡＴＡ）４Ａ　 ＩＳＳＲ　１８ ＶＨＶ（ＧＴ）８
ＩＳＳＲ引物中的单字母简写代表多碱基混合位点
Ｓｉｎｇｌｅ　ｌｅｔｔｅｒ　ａｂｂｒｅｖｉａｔｉｏｎｓ　ｏｆ　ＩＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒｓ　ｆｏｒ　ｍｉｘｅｄ　ｂａｓｅ
ｐｏｓｉｔｉｏｎｓ：Ｒ＝（Ａ，Ｇ）Ｙ＝（Ｃ，Ｔ）Ｂ＝（Ｃ，Ｇ，Ｔ）Ｄ＝（Ａ，Ｇ，Ｔ）Ｈ
＝（Ａ，Ｃ，Ｔ）Ｖ＝（Ａ，Ｃ，Ｇ）Ｋ＝（Ｇ，Ｔ）Ｍ＝（Ａ，Ｃ）Ｓ＝（Ｇ，Ｃ）Ｗ
＝（Ａ，Ｔ）
表３　ＲＡＰＤ引物序列
Ｔａｂｌｅ　３　Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｏｆ　ｐｒｉｍｅｒｓ　ｕｓｅｄ　ｆｏｒ　ＲＡＰＤ　ａｎａｌｙｓｉｓ
ＲＡＰＤ引物 ＲＡＰＤ　ｐｒｉｍｅｒ（５′－３′）
Ｓ１６０ ＡＡＣＧＧＴＧＡＣＣ　Ｓ１０２５ ＧＴＣＧＴＡＧＣＧＧ
Ｓ２２６ ＡＣＧＣＣＣＡＧＧＴ　Ｓ１０２７ ＡＣＧＡＧＣＡＴＧＧ
Ｓ２３４ ＡＧＡＴＣＣＣＧＣＣ　 Ｓ１０２８ ＡＡＧＣＣＣＣＣＣＡ
Ｓ２３８ ＴＧＧＴＧＧＣＧＴＴ　Ｓ１０２９ ＴＣＧＣＴＧＧＴＧＴ
Ｓ２３９ ＧＧＧＴＧＴＧＣＡＧ　Ｓ１０７５ ＡＣＣＴＧＣＣＧＴＴ
Ｓ３６４ ＣＣＧＣＣＣＡＡＡＣ　 Ｓ１０７７ ＣＡＧＣＧＧＴＣＡＣ
Ｓ４８１ ＧＧＧＡＣＧＡＴＧＧ　Ｓ１１６９ ＧＴＧＧＴＣＣＡＧＡ
Ｓ１００５ ＴＴＧＣＡＧＧＣＡＧ　Ｓ１３２２ ＧＧＧＡＧＧＣＡＡＡ
Ｓ１０１７ ＣＡＧＴＧＧＧＧＡＧ　Ｓ１３８１ ＡＧＡＣＧＧＣＴＣＣ
仅列出用于构建聚类分析图的ＲＡＰＤ引物
Ｏｎｌｙ　ＲＡＰＤ　ｐｒｉｍｅｒｓ　ｓｅｌｅｃｔｅｄ　ｔｏ　ｓｅｔ　ｕｐ　ａ　ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ　ａｒｅ　ｌｉｓｔｅｄ
１．２．３ＩＳＳＲ扩增
　　反应体系为２５μＬ：７５ｎｇ模板ＤＮＡ１．０μＬ，
１０×ｂｕｆｆｅｒ（含 Ｍｇ２＋）２．５μＬ，ｄＮＴＰ（２．５ｍｍｏｌ／Ｌ）
１．０μＬ，１．５ ＵｒＴａｑ 聚合酶 ０．３μＬ，引物
（０．１ｍｍｏｌ／Ｌ）１．０μＬ，ｄｄＨ２Ｏ　１９．２μＬ。扩增反
应程序为：９４℃预变性５ｍｉｎ；９４℃变性１ｍｉｎ，
４８℃退火１ｍｉｎ，７２℃延伸１ｍｉｎ，３５个循环；
３
食　用　菌　学　报 第１８卷
７２℃延伸１０ｍｉｎ，扩增产物４℃保存。
表４　ＳＲＡＰ引物序列
Ｔａｂｌｅ　４　Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｏｆ　ｐｒｉｍｅｒｓ　ｕｓｅｄ　ｆｏｒ　ＳＲＡＰ　ａｎａｌｙｓｉｓ
ＳＲＡＰ引物ＳＲＡＰ　ｐｒｉｍｅｒ
正向引物Ｆｏｒｗａｒｄ　ｐｒｉｍｅｒ（５′－３′）反向引物 Ｒｅｖｅｒｓｅ　ｐｒｉｍｅｒ（５′－３′＇）
Ｍｅ１ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＡＴＡ　 Ｅｍ１ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＡＡＴ
Ｍｅ２ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＡＧＣ　Ｅｍ２ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＴＧＣ
Ｍｅ３ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＡＡＴ　Ｅｍ３ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＡＧＣ
Ｍｅ４ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＡＧＣ　Ｅｍ４ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＡＧＣ
Ｍｅ５ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＡＧＣ　Ｅｍ５ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＡＧＣ
Ｍｅ６ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＴＡＧ　Ｅｍ６ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＧＣＡ
Ｍｅ７ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＴＴＧ　Ｅｍ７ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＡＴＧ
Ｍｅ８ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＴＧＴ　Ｅｍ８ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＡＧＣ
Ｍｅ９ＴＧＡＧＴＣＣＡＡＡＣＣＧＧＡＧＣ　Ｅｍ９ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＡＣＧ
Ｅｍ１０ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＴＡＧ
Ｅｍ１１ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＴＣＧ
Ｅｍ１２ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＧＴＣ
Ｅｍ１３ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＧＧＴ
Ｅｍ１４ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＣＡＧ
Ｅｍ１５ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＣＴＧ
Ｅｍ１６ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＣＧＧ
Ｅｍ１７ＧＡＣＴＧＣＧＴＡＣＧＡＡＴＴＣＣＡ
１．２．４ＲＡＰＤ扩增
　　反应体系同１．２．２。扩增反应程序除退火温
度为３５℃外，其它同１．２．２。
１．２．５ＳＲＡＰ扩增
　　反应体系为２５μＬ：７５ｎｇ模板ＤＮＡ　１．０μＬ，１０
×ｂｕｆｆｅｒ（含 Ｍｇ２＋）２．５μＬ，ｄＮＴＰ（２．５ｍｍｏｌ／Ｌ）
１．０μＬ，１．５ＵｒＴａｑ聚合酶０．５μＬ，引物（０．１ｍｍｏｌ／Ｌ）
１．０μＬ，ｄｄＨ２Ｏ　１９μＬ。扩增反应程序为９４℃预变
性５ｍｉｎ；９４℃变性１ｍｉｎ，３５℃退火１ｍｉｎ，７２℃延
伸１ｍｉｎ，第１～５个循环；９４℃变性１ｍｉｎ，５０℃退火
１ｍｉｎ，７２℃延伸１ｍｉｎ，第６～３５个循环；最后７２℃
延伸１０ｍｉｎ，扩增产物４℃保存。
１．３ 电泳和数据处理
　　电泳：扩增产物均用１．６％（ｗ／ｖ）琼脂糖凝
胶检测，电压５Ｖ／ｃｍ，电泳时间７５～９０ｍｉｎ，凝胶
成像系统（Ｓｙｎｇｅｎｅ　Ｇ２ｂｏｘ）拍照记录电泳结果。
数据处理：针对某一位置的某一条带的有无
分别记为１（强带和可分辨、稳定性、重复性好的
弱带均赋值为１）和０，记录电泳带谱。采用软件
ＮＴｓｙｓ２．１０ｅ建立供试菌株间的非加权配对算术
平均 法 （ｕｎ－ｗｅｉｇｈｔｅｄ　ｐａｉｒ－ｇｒｏｕｐ　ｍｅｔｈｏｄ　ｗｉｔｈ
ａｒｉｔｈｍｅｔｉｃ　ｍｅａｎ，ＵＰＧＭＡ）树状聚类图。
２　结果与分析
２．１ 基于ＩＳＳＲ分析结果构建树状图
　　１８个ＩＳＳＲ引物对２６株供试香菇菌株的多
态性分析结果显示：有８个ＩＳＳＲ引物（ＩＳＳＲ１，
ＩＳＳＲ２，ＩＳＳＲ４，ＩＳＳＲ５，ＩＳＳＲ７，ＩＳＳＲ１２，ＩＳＳＲ１３和
ＩＳＳＲ１８）可获得稳定的多态性条带。８个引物共
扩增出６１个条带，片段大小在２５０～３２００ｂｐ之
间，各个引物扩增的条带数为５～１３个，多态性
条带为３０个，平均多态比率为４９．２％。依据上
述８个ＩＳＳＲ引物的多态性数据，构建２６株供试
香菇菌株的ＵＰＭＧＡ聚类树状图（图１）。
图１　２６株香菇ＩＳＳＲ分析ＵＰＭＧＡ聚类树状图
Ｆｉｇ．１　ＵＰＭＧＡ　ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ＩＳＳＲ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　２６　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ
４
第３期 刘靖宇，等：香菇菌株遗传多样性ＩＳＳＲ、ＲＡＰＤ和ＳＲＡＰ综合分析
２．２ 基于ＲＡＰＤ分析结果构建树状图
　　８６个 ＲＡＰＤ引物对２６株供试香菇菌株的
多态性分析结果显示：有 １８ 个 ＲＡＰＤ 引物
（Ｓ１６０，Ｓ２２６，Ｓ２３４，Ｓ２３８，Ｓ２３９，Ｓ３６４，Ｓ４８１，
Ｓ１００５，Ｓ１０１７，Ｓ１０２５，Ｓ１０２７，Ｓ１０２８，Ｓ１０２９，
Ｓ１０７５，Ｓ１０７７，Ｓ１１６９，Ｓ１３２２和 Ｓ１３８１）可获得
稳定的多态性条带。１８个引物共扩增出１７０个
条带，片段大小在１５０～３０００ｂｐ之间，各个引物
扩增的位点数为５～１４个，多态性条带数为８４
个，平均多态比率为４９．２％，选取稳定的４８个多
态性位点用于综合聚类图的构建。依据上述１８
个ＲＡＰＤ引物的多态性数据构建２６株供试香菇
菌株的ＵＰＭＧＡ聚类树状图（图２）。
２．３ 基于ＳＲＡＰ分析结果构建树状图
　　９个上游引物和１７个下游引物选择组合成
５３组ＳＲＡＰ引物对２６株供试香菇菌株的多态性
分析结果显示：仅有１０组 ＳＲＡＰ引物（Ｍｅ１／
Ｅｍ１０，Ｍｅ２／Ｅｍ１０，Ｍｅ２／Ｅｍ１２，Ｍｅ３／Ｅｍ１７，
Ｍｅ４／Ｅｍ８， Ｍｅ４／Ｅｍ１２， Ｍｅ５／Ｅｍ１６， Ｍｅ５／
Ｅｍ１７，Ｍｅ６／Ｅｍ１４和 Ｍｅ６／Ｅｍ１６）可获得稳定的
条带。１０组引物共扩增出９６个条带，片段大小
在１２０～２０００ｂｐ之间，各个引物扩增的条带数为
５～１２个，多态性条带数为４７个，平均多态比率
为４９．２％。依据上述１８个ＳＲＡＰ引物的多态性
数据构建２６株供试香菇菌株的ＵＰＭＧＡ聚类树
状图（图３）。
５
食　用　菌　学　报 第１８卷
２．４ 基于ＩＳＳＲ、ＲＡＰＤ和ＳＲＡＰ综合分析结果构
建树状图
　　综合８个ＩＳＳＲ引物，１８个ＲＡＰＤ引物和１０
组ＳＲＡＰ引物对２６株供试香菇菌株的多态性分
析结果，共计获得１２５个条带用于构建的２６株供
试香菇菌株的 ＵＰＭＧＡ聚类树状图（图４），其中
来自于ＩＳＳＲ引物、ＲＡＰＤ引物和ＳＲＡＰ引物扩
增产物的多态性条带分别占到总数的２４％、３８％
和３８％。将上述三种分子标记的分析数据合并
后进行的聚类分析结果显示：２６株香菇菌株间的
遗传相似系数范围为０．４９～０．９７，在相似系数
０．６０时分为３个类群。第Ｉ类群在相似系数０．６８
时又分为２个亚群，第１亚群包括１３５、９０１５、庆
科２０、９３９、２４１和２４１－４；第２亚群则由Ｃｒ０４、
Ｌ２６、申香１０号、申香８号、申香７号、苏香１号、
武香１号、申香１２号、闽丰１号、沪农１号和
Ｃｒ６６等１１株菌株组成。第ＩＩ类群包括７４０２、
Ｃｒ０２、申香９３和申香９号等４株菌株。供试的５
株野生香菇菌株Ｌ０２１２、Ｌ０２２７、Ｌ０３４８、Ｌ０２７２和
Ｌ０２４９均归于第ＩＩＩ类群。
图４　２６株香菇ＩＳＳＲ，ＲＡＰＤ和ＳＲＡＰ分析ＵＰＭＧＡ聚类树状图
Ｆｉｇ．４　ＵＰＭＧＡ　ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ＩＳＳＲ，ＲＡＰＤ　ａｎｄ　ＳＲＡＰ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　２６　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ
３　讨论
　　由于ＩＳＳＲ、ＲＡＰＤ和ＳＲＡＰ三种分子标记
的设计原理不同，所以三者在香菇基因组上的扩
增区域存在着较大的差异，综合获得的多态性位
点可能会分散在基因组的多个部分，可以更准确
地进行菌株间的遗传多样性分析。试验结果显
示：合并三种不同分子标记的分析数据构建的供
试香菇菌株 ＵＰＭＧＡ聚类分析结果（图４），与菌
株各自的遗传背景和卓英等［１２］通过 ＡＦＬＰ对相
同菌株的分析结果基本一致。与使用单一分子
标记的分析结果（图１～３，ＦＵ等［６］）相比，这一结
果可以更准确地反映出供试菌株间的亲缘关系。
例如庆科２０和９３９是自９０１５群体中经系统选育
的不同变异菌株，在图４中三者均归于同一亚
群，其相似性系数范围为０．８３～０．８９。又如申７、
申８和申１２均是以苏香的原生质体单核化菌株
为亲本，之后采用对称杂交或非对称杂交的方法
选育出的香菇菌株，故这几个品种彼此之间及其
与苏香的亲缘关系较近。申香１０号是以Ｌ２６的
原生质体单核体为受体，以苏香的双核体为供体
进行杂交而获得，该菌株在遗传距离上明显偏向
于单核受体亲本Ｌ２６，而与双核供体苏香遗传距
离较远，这与谭琦等［１３］的研究结果相一致。在图
４中我们可以清楚地看到这种既相似而又略有差
异的特征，而在采用单一标记获得的遗传聚类图
均未能准确显示这一点。这一研究工作也为在
上述分子标记的基础上进一步开发序列特异性
扩增区（ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｒｅｇｉｏｎ，
ＳＣＡＲ）标记［１４］，建立优良菌株的快速鉴定技术
平台奠定良好的基础。
ＸＵ 等［１５］的研究结果表明，作为香菇的起源
地之一，我国是重要的野生香菇种质资源中心，
不同区域的菌株间存在着较大的遗传差异。林
喜强［９］和袁斌［１０］的研究结果显示作为我国香菇
主产区之一的福建地区具有丰富的野生香菇种
６
第３期 刘靖宇，等：香菇菌株遗传多样性ＩＳＳＲ、ＲＡＰＤ和ＳＲＡＰ综合分析
质资源。因此，基于合并ＩＳＳＲ、ＲＡＰＤ和ＳＲＡＰ
三种不同分子标记的分析数据，构建供试香菇菌
株ＵＰＭＧＡ聚类分析图可以更好地解释菌株间
的亲缘关系，我们在分析和比较野生资源与主栽
品种间的遗传差异时也采用了这一方法来。如
图４所示，由５株野生菌株组成的第三类群与２１
株主栽菌株相似系数仅为０．５０，存在明显的遗传
差异。这一结果表明加强对福建乃至全国的野
生香菇种质资源进行评价和鉴定的研究工作，筛
选出优势种质资源作为亲本和合理搭配育种材
料，将有利于我国现有主栽香菇品种的改良和培
育出具有自主知识产权的优良香菇新品种。
致谢：本研究内容依托福建省食用菌工程技术研究中心、
国家食用菌品种改良中心福建分中心的科研平台完成。
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ＬＩＵ　Ｊｉｎｇｙｕ１，２，ＳＯＮＧ　Ｘｉｕｇａｏ３，ＹＥ　Ｘｉａ３，Ｃｈｅｎ　Ａｉｈｏｎｇ２，ＸＩＥ　Ｂａｏｇｕｉ　１，２＊
（１　Ｍｙｃｏｌｏｇｉｃａｌ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｏｆ　Ｆｕｊｉａｎ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ　ａｎｄ　Ｆｏｒｅｓｔｒｙ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｆｕｚｈｏｕ，Ｆｕｊｉａｎ　３５０００２，Ｃｈｉｎａ
２　Ｃｏｌｅｇｅ　ｏｆ　Ｌｉｆｅ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｆｕｊｉａｎ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ　ａｎｄ　Ｆｏｒｅｓｔｒｙ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｆｕｚｈｏｕ，Ｆｕｊｉａｎ　３５０００２，Ｃｈｉｎａ
３　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ　Ｐｒｏｇｒａｍ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ　ｏｆ　Ｆｕｊｉａｎ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ，Ｆｕｚｈｏｕ，Ｆｕｊｉａｎ　３５０００３，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＩＳＳＲ，ＲＡＰＤ　ａｎｄ　ＳＲＡＰ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｗｅｒｅ　ｕｓｅｄ　ｔｏ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅ　２６　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ，
ｆｉｖｅ　ｏｆ　ｗｈｉｃｈ　ｗｅｒｅ　ｃｏｌｅｃｔｅｄ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｗｉｌｄ．Ａ　ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ，ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ　ｕｓｉｎｇ　ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ　ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔｓ　ｒａｎｇｉｎｇ
ｆｒｏｍ　０．４９ｔｏ　０．９７ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ　ｔｈｅ　２６ｓｔｒａｉｎｓ　ｉｎｔｏ　ｔｈｒｅｅ　ｇｒｏｕｐｓ　ａｔ　ａ　ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ　ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ　ｏｆ　０．６１．Ｓｔｒａｉｎｓ　ｈａｖｉｎｇ
ａ　ｓｉｍｉｌａｒ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ　ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ，ａｎｄ　ｓｔｒａｉｎｓ　ｃｏｌｅｃｔｅｄ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｗｉｌｄ，ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ　ｔｏｇｅｔｈｅｒ　ｉｎ　ｔｈｅ　ｓａｍｅ　ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅ
ｓｕｂｇｒｏｕｐ．Ｔｈｅｒｅ　ｗａｓ　ａ　ｌｅｖｅｌ　ｏｆ　０．５０ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ　ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔｓ　ｂｅｔｗｅｅｎ　ｔｈｅ　ｆｉｖｅ　ｗｉｌｄ　ｓｔｒａｉｎｓ　ａｎｄ　ｔｈｅ　２１
ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　ｓｔｒａｉｎｓ　ｆｏｒｍｅｄ　ａ　ｓｉｎｇｌｅ　ｃｌｕｓｔｅｒ　ａｔ　ａ　ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ　ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ　ｏｆ　０．５ｓｕｇｇｅｓｔｉｎｇ　ａ　ｈｉｇｈ　ｌｅｖｅｌ　ｏｆ　ｇｅｎｅｔｉｃ
ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ．Ｏｕｒ　ｄａｔａ　ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｄ　ｔｈａｔ　ｔｈｅ　ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ　ｕｓｅ　ｏｆ　ｔｈｒｅｅ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｔｙｐｅｓ　ｏｆ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ
ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ　ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄ　ａ　ｐｏｗｅｒｆｕｌ　ｔｏｏｌ　ｆｏｒ　ａｎａｌｙｚｉｎｇ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ　ａｍｏｎｇ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ．
Ｒｅｓｅａｒｃｈ　ｔｏ　ａｓｓｅｓｓ　ａｎｄ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅ　ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎｓ　ｗｉｌ　ａｓｓｉｓｔ　ｔｈｅ　ｐｌａｎｎｉｎｇ　ｏｆ　ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ　ｐｒｏｇｒａｍｓ
ａｉｍｅｄ　ａｔ　ｆｕｒｔｈｅｒ　ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ　ｔｈｅ　ｓｕｐｅｒｉｏｒ　ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｍａｉｎ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ａｎｄ　ｔｈｅ　ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ｎｅｗ
Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ｗｉｔｈ　ｓｅｌｆ－ｏｗｎｅｄ　ｉｎｔｅｌｅｃｔｕａｌ　ｐｒｏｐｅｒｔｙ　ｒｉｇｈｔｓ．
Ｋｅｙ　ｗｏｒｄｓ：Ｓｈｉｔａｋｅ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ；ｕｎ－ｗｅｉｇｈｔｅｄ　ｐａｉｒ－ｇｒｏｕｐ　ｍｅｔｈｏｄ　ｗｉｔｈ　ａｒｉｔｈｍｅｔｉｃ　ｍｅａｎ；ｇｅｒｍｐｌａｓｍ
［本文编辑］　 王瑞霞
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