全 文 ：书食用菌学报２０１２．１９（４）：１～６
收稿日期：２０１２－１０－１５原稿；２０１２－１１－１５修改稿
基金项目：上海市科委重点科技攻关项目（编号：１０３９１９００９００）、种业发展专项［编号：沪农科种字（２０１２）第６号］的
部分研究内容
作者简介：张　丹（１９８６－），男，２０１１年毕业于扬州大学农学院，硕士，研究实习员，主要从事食用菌遗传育种研究。
＊本文通讯作者　Ｅ－ｍａｉｌ：ｘｄｓｈａｎｇ＠１６３．ｃｏｍ
文章编号：１００５－９８７３（２０１２）０４－０００１－０６
基于香菇全基因组序列开发的部分
ＳＳＲ标记多态性分析与品种鉴定初探
张　丹１，巫　萍１，２，章炉军１，唐利华１，宋春艳１，尚晓冬１!，鲍大鹏１，谭　琦１
（１上海市农业科学院食用菌研究所，农业部南方食用菌资源利用重点实验室，国家食用菌工程技术研究中心，
国家食用菌加工技术研发分中心，上海市农业遗传育种重点开放实验室，上海２０１４０３；
２南京农业大学生命科学学院，江苏南京２１００９５）
摘　要：利用香菇（Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ）全基因组序列信息开发的３５个香菇ＳＳＲ（ｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔ）分子
标记用于中国２５个香菇品种的鉴定。所选ＳＳＲ标记共检测出１７４个条带，各引物检测到的条带数量变化范
围为２～１２。筛选出的７对ＳＳＲ引物组合显示了良好的品种特异性鉴定能力，可以有效地鉴定部分国审香菇
品种。
关键词：香菇；全基因组序列；ＳＳＲ；品种鉴定
　　简单序列重复（ｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔ，ＳＳＲ），
又称微卫星ＤＮＡ，是以２～６个碱基为重复基元的
串联重复序列，广泛存在于高等生物的基因组中。
在众多的分子标记方法中，基于ＰＣＲ的ＳＳＲ标记具
有位点特异、共显性、复等位、基因组中分布广泛等
特点，成为构建连锁遗传图谱、研究群体遗传学、绘
制品种指纹图谱、筛选目标性状分子标记及分子标记
辅助育种等的理想工具。在未知基因组序列信息的
情况下，一般可从ＥＳＴ序列［１］或通过构建微卫星文
库［２，３］开发ＳＳＲ标记。此过程需构建文库并测序，步
骤繁琐、耗时长、开发的标记数量少、难度大、成功率
低［４］，限制了ＳＳＲ技术的普遍应用。与ＥＳＴ－ＳＳＲ相
比，基于全基因组信息开发的ＳＳＲ类型更多、多态性
更高、分布更广泛［５］。随着下一代全基因组测序技术
的普及，获得全基因组信息进而开发ＳＳＲ已经变得十
分快捷，其开发与应用将会越来越多。
香菇（Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ）是我国十分重要的
栽培食用菌，近年来栽培地域、季节得到快速拓
展，产量增长较快。香菇栽培的快速发展需要多
品种支撑，目前通过国审的香菇品种已经超过２０
个，各地还有许多同种异名或同名异种的品种在
大量使用。为满足不同栽培需求而进行的多品
种配套使用很容易造成菌种混乱，严重时会影响
香菇正常生产甚至绝产，迫切需要快速、准确的
菌种“产前”鉴定方法。基于香菇基因组序列的
ＳＳＲ标记的开发对于我国香菇资源的遗传结构
分析，分子标记辅助育种，我国主栽香菇品种的
亲缘关系理清具有重要应用价值。
１　材料与方法
１．１菌株
　　２５份香菇（Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ）栽培品种和２份野生
菌种作为供试材料（表１）。
１．２ＳＳＲ引物开发与合成
　　香菇Ｌ１３５菌株２个原生质体单核体１３５Ａ、
１３５Ｂ及其转色阶段的转录组交由深圳华大基因
科技有限公司进行测序，测序采用ｓｏｌｅｘａ和４５４
相 结 合 的 方 法，测 序 深 度 为 ６ 倍。 用
ＳＳＲｈｕｎｔｅｒ１．３软件［６］对香菇基因组中ＳＳＲ的总
数、分布、ｍｏｔｉｆ类型等信息进行了分析。利用
ｐｒｉｍｅｒ　ｐｒｅｍｉｅｒ　５．０［７］软件，设计了１０８对ＳＳＲ引
物，委托生工生物工程（上海）有限公司合成。
１．３ＳＳＲ引物扩增片段多态性初步分析
　　选用香菇栽培菌株Ｌ８０８、香九及另外２株野
生菌株 ＨＮ１０Ｌｅ３１７、ＨＮ１０Ｌｅ３１８的ＤＮＡ为模
板，对合成的１０８对ＳＳＲ引物进行预扩增。将预
扩增筛选得到的ＳＳＲ引物对２５株栽培品种和２
株野生菌株进行扩增试验。
DOI:10.16488/j.cnki.1005-9873.2012.04.007
食　用　菌　学　报 第１９卷
１．４香菇栽培品种鉴定
　　初选２５个国审认定的香菇品种作为供试材
料（表１），利用基于香菇全基因组序列开发的条
带清晰的ＳＳＲ标记对香菇品种进行特异性鉴定。
根据所有ＳＳＲ标记的基因型扩增结果，筛选出
ＳＳＲ标记，构建ＳＳＲ标记指纹图谱。
１．５ＤＮＡ提取
　　将供试菌株菌丝接种至ＰＤＡ液体培养基，
表１　供试香菇栽培品种来源
Ｔａｂｌｅ　１　Ｓｏｕｒｃｅｓ　ｏｆ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｔｅｓｔ　ｓｔｒａｉｎｓ
编号
Ｎｏ．
菌株
Ｓｔｒａｉｎ
系谱来源
Ｐｅｄｉｇｒｅｅ
品种来源
Ｓｏｕｒｃｅ
１ 申香８号Ｓｈｅｎ－８　 ７０×苏香Ｓｕｘｉａｎｇ
２ 申香１０号Ｓｈｅｎ－１０　 ２６×苏香Ｓｕｘｉａｎｇ
３ 申香１２号Ｓｈｅｎ－１２　 ６９×苏香Ｓｕｘｉａｎｇ
上海Ｓｈａｎｇｈａｉ
４ Ｃｒ０２　 ７４０２×Ｌｃ－０１
５ Ｌ１３５
国外引进品种筛选育成
Ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ａｎ　ｏｖｅｒｓｅａｓ　ｓｔｒａｉｎ　ｂｙ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ
６ 闵丰１号 Ｍｉｎｆｅｎｇ－１ Ｌ１２×Ｌ３４
７ Ｃｒ６２　 ７９１７×Ｌ２１
８ Ｃｒ０４　 ７９１７×Ｌ２１
福建省
Ｆｕｊｉａｎ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
９
庆元９０１５
Ｑｉｎｇｙｕａｎ　９０１５
２４１、８２１０、日丰３４三个菌株经组织分离筛选育成。
Ｄｅｒｉｖｅｄｆｒｏｍ　ｓｔｒａｉｎｓ　２４１，８２１０ａｎｄ　Ｒｉｆｅｎｇ　３４
ｂｙ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ
１０　 ２４１－４
２４１菌株筛选育成 Ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ｓｔｒａｉｎ　２４１
ｂｙ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ
１１ 武香１号 Ｗｕｘｉａｎｇ－１
国外引进菌种系统选育而成
Ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ａｎ　ｏｖｅｒｓｅａｓ　ｓｔｒａｉｎ　ｂｙ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ
浙江省
Ｚｈｅｊｉａｎｇ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
１２ 赣香１号 Ｇａｎｘｉａｎｇ－１　 １３０３×ＨＯ３
江西省
Ｊｉａｎｇｘｉ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
１３ 金地香菇Ｊｉｎｄｉ　 Ｌ９３９×１３５
四川省
Ｓｉｃｈｕａｎ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
１４ 森源１号Ｓｅｎｙｕａｎ－１　 ８４０４×８５６
１５ 森源１０号Ｓｅｎｙｕａｎ－１０　 ８４０４×１３５
１６ 森源８４０４Ｓｅｎｙｕａｎ　８４０４ 野生种驯化育成 Ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｅｄ　ｆｒｏｍ　ａ　ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ
湖北省
Ｈｕｂｅｉ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
１７ 香九 Ｘｉａｎｇ－９ 野生种驯化育成 Ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｅｄ　ｆｒｏｍ　ａ　ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ
１８ 香杂２６Ｘｉａｎｇｚａ－２６ Ｎｏ．８×Ｎｏ．４０
１９ 广香 Ｇｕａｎｇｘｉａｎｇ 野生菌株驯化育成Ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｅｄ　ｆｒｏｍ　ａ　ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ
广东省
Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ
Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
２０ 华香８号 Ｈｕａｘｉａｎｇ－８
栽培品种经分离系统选育而成
Ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ａｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ　ｓｔｒａｉｎ　ｂｙ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ
２１ 华香５号 Ｈｕａｘｉａｎｇ－５
国外引进菌株经分离选育而成
Ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ａｎ　ｏｖｅｒｓｅａｓ　ｓｔｒａｉｎ　ｂｙ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ
２２ Ｌ９５２
国外引进菌株经系统选育而成
Ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ａｎ　ｏｖｅｒｓｅａｓ　ｓｔｒａｉｎ　ｂｙ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ
湖北省
Ｈｕｂｅｉ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
２３ 菌兴８号Ｊｕｎｘｉｎｇ－８
野生香菇驯化栽培育成
Ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｅｄ　ｆｒｏｍ　ａ　ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎ
２４ Ｌ９３１９
农民菇棚采集种菇分离驯化育成
Ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ａ　ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ　ｓｔｒａｉｎ　ｕｓｉｎｇ　ｔｉｓｓｕｅ　ｉｓｏｌａｔｉｏｎ
２５ Ｌ８０８
国外引进菌株经分离选育而成
Ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ａｎ　ｏｖｅｒｓｅａｓ　ｓｔｒａｉｎ　ｂｙ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ
浙江省
Ｚｈｅｊｉａｎｇ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
２６ ＨＮ１０Ｌｅ３１７ 野生种 Ｗｉｌｄ　ｓｔｒａｉｎ
２７ ＨＮ１０Ｌｅ３１８ 野生种 Ｗｉｌｄ　ｓｔｒａｉｎ
湖南省
Ｈｕｎａｎ　Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
２
第４期 张　丹，等：基于香菇全基因组序列开发的部分ＳＳＲ标记多态性分析与品种鉴定初探
在２５℃、１４０　ｒ／ｍｉｎ振荡培养４　ｄ。过滤收集菌
丝，采用ＣＴＡＢ法［８］提取基因组ＤＮＡ。使用分
光光度计（ＮＡＮＯＤＲＯＰ－１０００型，美国 Ｔｈｅｒｍｏ
公司产品）对提取的ＤＮＡ进行浓度及纯度检测。
将ＤＮＡ溶液稀释至５０　ｎｇ／μＬ，４℃保存备用。
１．６ＳＳＲ基因型鉴定
　　ＰＣＲ扩增体系为：总体积２０μＬ，包括：１０×
ＰＣＲ 缓冲液 ２μＬ，２５　ｍｍｏｌ／Ｌ　ＭｇＣｌ２ ２μＬ，
１０　ｍｍｏｌ／Ｌ　ｄＮＴＰ０．４μＬ，５　Ｕ／μＬ　Ｔａｑ　ＤＮＡ酶
０．２μＬ，１０μｍｏｌ／Ｌ　ＳＳＲ标记正向引物和反向引
物体积各１．５μＬ，浓度２０～３０　ｎｇ／μＬ提取的
ＤＮＡ模板２μＬ，ｄｄＨ２Ｏ１０．４μＬ。ＰＣＲ反应程
序为：９４℃５　ｍｉｎ；９４℃５０　ｓ，５５℃５０　ｓ，７２℃
５０　ｓ，３０个循环；７２℃保持５　ｍｉｎ。
１．７凝胶电泳及数据分析
　　ＰＣＲ扩增反应完成后，将１２μＬ１×加样缓
冲液加入２０μＬ　ＰＣＲ扩增产物中混匀，于９５℃
变性 ５　ｍｉｎ，结束后置于冰水混合物中冷却
３　ｍｉｎ，点样３μＬ于６％变性聚丙烯酰胺凝胶上
电泳，电泳缓冲液为１×ＴＢＥ，电压１０００　ｖ，电流
２００　ｍＡ，功率２００　Ｗ，电泳４５　ｍｉｎ，银染，显色，
拍照，分析结果。
２　结果与分析
２．１香菇基因组测序及ＳＳＲ引物
　　 从香菇 １３５ 菌株的 ２ 个单核体基因组
ｓｃａｌｆｏｌｄ数据和转录组ｕｎｉｇｅｎｅ数据中，分别搜索
到２８８９、２９７２和５００７个ＳＳＲ位点（１～６碱基重
复，１２ｂｐ以上）。其中３碱基重复所占比例最
高，超过５４％，其次为单碱基，超过２４％（图１）。
在３ 碱基重 复 中，ＡＧＧ／ＣＣＴ、ＡＡＧ／ＣＴＴ 和
ＡＴＣ／ＧＡＴ是丰度最高的重复基元（图２）。
图１　香菇１３５菌株单核体和转录组的ＳＳＲ标记分布
Ｆｉｇ．１　Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ　ｏｆ　ＳＳＲｓ　ｉｎ　ｍｏｎｏｋａｒｙｏｎｓ　ａｎｄ　ｔｈｅ　ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ　ｏｆ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　１３５
图２　香菇１３５菌株单核体和转录组的ｍｏｔｉｆ类型次数分布
Ｆｉｇ．２　Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ　ｏｆ　ＳＳＲ　ｍｏｔｉｆｓ　ｉｎ　ｍｏｎｏｋａｒｙｏｎｓ　ａｎｄ　ｔｈｅ　ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ　ｏｆ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　１３５
３
食　用　菌　学　报 第１９卷
２．２ＳＳＲ引物多态性
　　选用香菇栽培菌株Ｌ８０８、香九及另外２株野
生菌株 ＨＮ１０Ｌｅ３１７、ＨＮ１０Ｌｅ３１８的ＤＮＡ为模
板预扩增结果表明，有７９对引物得到扩增产物，
其余２９对引物未得到扩增产物。将预扩增筛选
得到的７９对ＳＳＲ引物对２５株栽培品种和２株
野生菌株进行扩增试验，发现其中７４对引物表
现出多态性，大多数标记为单拷贝引物，少数为
多拷贝位点引物。
２．３香菇栽培品种多位点ＳＳＲ指纹图谱
　　利用３５对基于香菇全基因组序列开发的条
带清晰的ＳＳＲ标记对香菇品种进行特异性鉴定
（图３）。所选ＳＳＲ标记共检测出了３５个多态性
位点、１７４个等位变异，各位点检测到的等位片段
数量变化范围为２～１２。根据所有ＳＳＲ标记的
基因型扩增结果，筛选出７对ＳＳＲ标记，构建了
一套ＳＳＲ标记指纹图谱。所选７对引物（表２）扩
增的ＤＮＡ片段均具有重复性好、带型清晰、等位
片段大小容易区分的特点，目前这７对引物可以
鉴定出４份香菇栽培品种的特异性（图４）。
　　泳道数字同表１菌株编号 Ｎｕｍｂｅｒｓ　ａｓ　ｌｉｓｔｅｄ　ｉｎ　Ｔａｂｌｅ　１
图３　引物１９２－１在２５份国审香菇栽培品种上的扩增带型
Ｆｉｇ．３　Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ｂａｎｄｓ　ｇｅｎｅｒａｔｅｄ　ｆｒｏｍ　２５　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ　ｂｙ　ｐｒｉｍｅｒ　１９２－１
　　　　泳道 Ｍ：分子量标记；泳道１～７：７对ＳＳＲ引物；泳道ＮＣ：空白对照
Ｌａｎｅ　Ｍ：ｍａｒｋｅｒ；ｌａｎｅｓ　１－７：ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ；Ｌａｎｅ　ＮＣ：ｃｏｎｔｒｏｌ
图４　香菇菌种Ｃｒ０２、Ｌ１３５、闵丰１号和Ｌ８０８的７种ＳＳＲ引物扩增结果
Ｆｉｇ．４　Ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　ｐｒｏｆｉｌｅｓ　ｏｆ　Ｃｒ０２，Ｌ１３５，Ｍｉｎｆｅｎｇ－１，Ｌ８０８ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ　ｂｙ　７ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ
４
第４期 张　丹，等：基于香菇全基因组序列开发的部分ＳＳＲ标记多态性分析与品种鉴定初探
表２　构建指纹图谱的７对ＳＳＲ引物序列信息表
Ｔａｂｌｅ　２　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｓｅｖｅｎ　ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒｓ　ｕｓｅｄ　ｆｏｒ　ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ　ｐｒｏｆｉｌｅｓ
引物序号
Ｐｒｉｍｅｒ　ｎｕｍｂｅｒ
重复片段序列
Ｒｅｐｅａｔ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ
正向／反向引物（５’→３’）
Ｆｏｒｗａｒｄ／ｒｅｖｅｒｓｅ　ｐｒｉｍｅｒｓ（５’→３’）
１ （ＧＡＴＧ）５ ＡＡＣＡＡＣＣＣＡＡＡＴＧＡＡＧＣＣＡＧ／ＡＡＣＴＣＴＣＴＧＡＧＣＴＴＣＧＣＴＧＣ
２
（ＴＧＣ）５ｔｇａａｇｔｔｇｔｔｇｇ
ｔｇｇａｇｔｔｇｔｔｇｔ（ＴＧＣ）６
ＧＧＴＡＴＡＣＣＧＴＴＣＡＴＴＴＧＣＧＧ／ＡＣＣＣＡＡＴＴＴＣＡＧＣＴＣＣＣＴＴＴ
３ （ＴＴＣ）７ ＣＧＧＴＧＡＣＧＡＴＴＴＴＴＧＡＧＧＴＴ／ＧＡＧＧＧＧａＡＧＡＡＡＡＡＧＣＡＡＧＣ
４ （ＴＡＴＣ）５ ＣＴＡＧＴＧＧＧＡＣＣＣＣＧＴＣＴＧＴＡ／ＴＧＧＴＴＧＡＡＧＴＧＣＣＴＣＡＣＡＡＧ
５ （ＧＧＡＡ）５ ＡＣＣＴＴＣＡＴＣＡＡＴＣＧＣＴＣＣＡＣ／ＴＣＣＡＡＡＡＣＣＣＴＴＴＴＡＧＣＴＧＣ
６ （ＴＡＴＣ）５ ＧＣＴＴＴＴＧＧＧＡＣＣＡＣＡＴＣＴＴＣ／ＡＴＧＴＧＣＣＧＴＴＴＴＣＡＡＡＴＴＣＣ
７ （ＡＧＧＴ）５ ＣＣＣＡＡＡＡＡＧＧＡＴＴＴＣＡＧＣＡＡ／ＡＡＣＣＧＧＡＧＴＧＧＴＧＴＡＡＧＴＧＣ
３　讨论
　　与其它类型的分子标记相比，单个ＳＳＲ位点
所能检测到的等位变异的数目是最高的，尤其是
基于全基因组信息开发的ＳＳＲ具有更高的多态
性。且在一定长度范围内，ＳＳＲ的长度与其多态
性呈正相关关系［１，９］。与 ＸＩＡＯ等［１０］基于 ＥＳＴ
开发的ＳＳＲ引物进行了比较，发现他们的ＳＳＲ引
物在２５份栽培菌株中的多态性很低，２４对引物
中，只检测到８个多态性标记，其ＳＳＲ等位片段
变化范围为２～６。相对于ＥＳＴ开发的ＳＳＲ，基
于基因组信息所开发的ＳＳＲ显示出量大、基因组
覆盖面广、多态性高的优点。
ＳＳＲ分子标记用于品种鉴定具有操作简单、
结果准确的特点，已经用于作物的ＤＵＳ鉴定［１１］
和双 孢 蘑 菇 （Ａｇａｒｉｃｕｓ　ｂｉｓｐｏｒｕｓ）［１２］、黑 木 耳
（Ａｕｒｉｃｕｌａｒｉａ　ａｕｒｉｃｕｌａ）［１３］及糙皮侧耳（Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ
ｏｓｔｒｅａｔｕｓ）［４］的品种鉴定。香菇中ＳＳＲ的信息已
经受到研究者关注［１４，１５］，并有用于香菇野生资源
遗传多态性研究的报道［１０］。由于目前我国香菇
栽培品种较少，区别这些品种所需要的ＳＳＲ位点
并不需要很多，随着品种的增加，本研究开发的其
它ＳＳＲ位点将随时为新品种的鉴别提供信息。
本研究发现的香菇ＳＳＲ位点，显示出良好的多态
性，对于理清我国主栽香菇品种的亲缘关系具有
重要应用价值。
参考文献
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ｐｒｉｍｅｒｓ　ｆｒｏｍ　ａ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ［Ｊ］．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，
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［８］ＺＨＡＮＧ　Ｙ，ＭＯＬＩＮＡ　ＦＩ．Ｓｔｒａｉｎ　ｔｙｐｉｎｇ　ｏｆ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ
ｅｄｏｄｅｓ　ｂｙ　ｒａｎｄｏｍ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ＤＮＡ　ａｓｓａｙ
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［９］ＳＩＮＧＨ　Ｈ，ＤＥＳＨＭＵＫＨ　ＲＫ，ＳＩＮＧＨ　Ａ，ｅｔ　ａｌ．
Ｈｉｇｈｌｙ　ｖａｒｉａｂｌｅ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｓｕｉｔａｂｌｅ　ｆｏｒ　ｒｉｃｅ
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ｍａｒｋｅｒｓ　ｔｏ　ｅｖａｌｕａｔｅ　ｔｈｅ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ
ｅｄｏｄｅｓ’ｎａｔｕｒａｌ　ｇｅｒｍｐｌａｓｍ　ｉｎ　Ｃｈｉｎａ［Ｊ］．Ｗｏｒｌｄ　Ｊ
Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２０１０，２６（３）：５２７－５３６．
５
食　用　菌　学　报 第１９卷
［１１］王立新，常利芳，李宏博，等．小麦区试品系ＤＵＳ测
试的 分 子 标 记 ［Ｊ］．作 物 学 报，２０１０，３６（７）：
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［１２］ＦＯＵＬＯＮＧＮＥ－ＯＲＩＯＬ　Ｍ，ＳＰＡＴＡＲＯ　Ｃ，ＳＡＶＯＩＥ
ＪＭ．Ｎｏｖｅｌ　ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｓｕｉｔａｂｌｅ　ｆｏｒ　ｇｅｎｅｔｉｃ
ｓｔｕｄｉｅｓ　ｉｎ　ｔｈｅ　ｗｈｉｔｅ　ｂｕｔｔｏｎ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ　Ａｇａｒｉｃｕｓ
ｂｉｓｐｏｒｕｓ［Ｊ］．Ａｐｐｌ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２００９，８４
（６）：１１２５－１１３５．
［１３］ＺＨＡＮＧ　Ｒ，ＨＵ　Ｄ，ＺＨＡＮＧ　Ｊ，ｅｔ　ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ
ａｎｄ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔ（ＳＳＲ）
ｍａｒｋｅｒｓ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ　Ｆｌａｍｍｕｌｉｎａ　ｖｅｌｕｔｉｐｅｓ
［Ｊ］．Ｊ　Ｂｉｏｓｃｉ　Ｂｉｏｅｎｇ，２０１０，１１０（３）：２７３－２７５．
［１４］林范学，程水明，李安政，等．香菇基因组中 ＥＳＴ－
ＳＳＲ的构成和分布［Ｊ］．微生物学通报，２００７，３４（３）：
４３８－４４２．
［１５］王艳芳，赵彦宏，王爱云，等．香菇ＥＳＴ资源的ＳＳＲ
信息分析［Ｊ］．食品科学，２０１０，３１（１）：１３７－１４０．
［本文编辑］　马丹丹
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《菌物学报》原名《真菌学报》，是中国科学院主管的全国性的菌物学学术期刊。主要刊登菌物系统
分类学、形态学、分子与细胞水平的进化菌物学、菌物区系地理学、菌物多样性等。我国９５％以上的菌
物新种、新记录通过本刊向全世界报道。
本刊是我国自然科学核心期刊，已被国际国内著名重要数据库和检索期刊收录，主要包括Ｉｎｄｅｘ
Ｃｏｐｅｒｎｉｃｕｓ；ＣＡ；ＣＡＢＩ；Ａｂｓｔｒａｃｔｓ　ｏｆ　Ｍｙｃｏｌｏｇｙ；Ｉｎｄｅｘ　ｏｆ　Ｆｕｎｇｉ；Ｒｅｖｉｅｗ　ｏｆ　Ｐｌａｎｔ　Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ；
Ｂｉｂｌｉｏｇｒａｐｈｙ　ｏｆ　Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　Ｍｙｃｏｌｏｇｙ；Ｂｉｂｌｉｏｇｒａｐｈｉｅ　ｄｅｒ　Ｐｆｌａｎｚｅｎｓｃｈｕｔｚｌｉｔｅｒａｔｕｒ；中国科技信息研究所
数据库（ＣＪＣＲ）等。
《菌物学报》，双月刊（单月１５日出版），单价８０元，全年定价４８０元。刊号：ＩＳＳＮ　１６７２－６４７２，
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６
ＡＣＴＡ　ＥＤＵＬＩＳ　ＦＵＮＧＩ２０１２．１９（４）：７～１０
Ｒｅｃｅｉｖｅｄ：Ｏｃｔ．１５，２０１２；　Ａｃｃｅｐｔｅｄ：Ｎｏｖ．１５，２０１２
Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ　ｂｙ　ｔｈｅ　Ｓｈａｎｇｈａｉ　Ｓｃｉｅｎｃｅ　ａｎｄ　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　Ｏｆｆｉｃｅ （１０３９１９００９００）ａｎｄ　Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｓｅｅｄ　Ｉｎｄｕｓｔｒｙ
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（２０１２－６ＳＡＡＳ）
　＊Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ　ａｕｔｈｏｒ．　Ｅ－ｍａｉｌ：ｘｄｓｈａｎｇ＠１６３．ｃｏｍ
Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　ｏｆ　ＳＳＲ　Ｍａｒｋｅｒｓ　Ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ　Ｗｈｏｌｅ
Ｇｅｎｏｍｅ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｏｆ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ
ａｎｄ　Ｕｓｅ　ｉｎ　Ｓｔｒａｉｎ　Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ
ＺＨＡＮＧ　Ｄａｎ１，ＷＵ　Ｐｉｎｇ１，２，ＺＨＡＮＧ　Ｌｕｊｕｎ１，ＴＡＮＧ　Ｌｉｈｕａ１，ＳＯＮＧ　Ｃｈｕｎｙａｎ１
ＳＨＡＮＧ　Ｘｉａｏｄｏｎｇ１＊，ＢＡＯ　Ｄａｐｅｎｇ１，ＴＡＮ　Ｑｉ　１
（１Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ　ｏｆ　Ｅｄｉｂｌｅ　Ｆｕｎｇｉ，Ｓｈａｎｇｈａｉ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｋｅｙ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　ｏｆ　Ｅｄｉｂｌｅ　Ｆｕｎｇｉ　Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ
ａｎｄ　Ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ（Ｓｏｕｔｈ），Ｍｉｎｉｓｔｒｙ　ｏｆ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ，Ｐ．Ｒ．Ｃｈｉｎａ；Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｏｆ　Ｅｄｉｂｌｅ　Ｆｕｎｇｉ，
Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｒ＆Ｄ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｆｏｒ　Ｅｄｉｂｌｅ　Ｆｕｎｇｉ　Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ，Ｋｅｙ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　ｏｆ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ　ａｎｄ　Ｂｒｅｅｄｉｎｇ　ｏｆ　Ｓｈａｎｇｈａｉ，
Ｓｈａｎｇｈａｉ　２０１４０３，Ｃｈｉｎａ：２　Ｃｏｌｅｇｅ　ｏｆ　Ｌｉｆｅ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｎａｎｊｉｎｇ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ，Ｊｉａｎｇｓｕ　２１００９５，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｉｒｔｙ－ｆｉｖｅ　ｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔ（ＳＳＲ）ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｗｈｏｌｅ　ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｏｆ
Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｗｅｒｅ　ｓｈｏｗｎ　ｔｏ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅ　２５ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ　ｓｔｒａｉｎｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ　ｃｅｒｔｉｆｉｅｄ　ｂｙ　ｔｈｅ　Ｃｈｉｎｅｓｅ
ｓｔａｔｅ．Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ｌｏｃｉ，ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄ　ｂｙ　１７４ｄｉｓｔｉｎｃｔ　ｂａｎｄｓ，ｗｅｒｅ　ｄｅｔｅｃｔｅｄ　ｕｓｉｎｇ　３５ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ，ａｎｄ　ｔｈｅ
ｎｕｍｂｅｒ　ｏｆ　ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｂｙ　ｅａｃｈ　ｏｆ　ｔｈｅｓｅ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ　ｒａｎｇｅｄ　ｆｒｏｍ　２ｔｏ　１２．ＳＳＲ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｓ，
ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ　ｕｓｉｎｇ　ｓｅｖｅｎ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ （ｓｅｌｅｃｔｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｂａｓｉｓ　ｏｆ　ｂａｎｄ　ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｒｅｐｒｏｄｕｃｉｂｉｌｉｔｙ），
ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ　ｆｏｕｒ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ（Ｃｒ０２，Ｌ１３５，Ｍｉｎｆｅｎｇ－１ａｎｄ　Ｌ８０８）．
Ｋｅｙ　ｗｏｒｄｓ：Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ；ｗｈｏｌｅ　ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ；ｓｉｎｇｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔ（ＳＳＲ）；ｓｔｒａｉｎ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ
　 　Ｓｉｍｐｌｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔｓ （ＳＳＲｓ），ａｌｓｏ
ｋｎｏｗｎ　ａｓ　 ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅｓ， ａｒｅ　 ｒｅｐｅａｔｉｎｇ
ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｏｆ　２～６ｂａｓｅ　ｐａｉｒｓ　ｏｆ　ＤＮＡ　ｗｉｄｅｌｙ
ｆｏｕｎｄ　ｉｎ　ｈｉｇｈｅｒ　ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ　ｇｅｎｏｍｅｓ．Ｃｏｍｐａｒｅｄ
ｗｉｔｈ　ｏｔｈｅｒ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｍａｒｋｅｒｓ， ＳＳＲｓ　ａｒｅ
ｃｕｒｒｅｎｔｌｙ　ｐｒｅｆｅｒａｂｌｅ　ｄｕｅ　ｔｏ　ｔｈｅｉｒ　ｇｅｎｏｍｅ－ｗｉｄｅ
ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ，ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｉｌｉｔｙ，ｃｏ－ｄｏｍｉｎａｎｃｅ，
ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ　ａｎｄ　ｒｅｐｒｏｄｕｃｉｂｉｌｉｔｙ．ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ
ｈａｖｅ　ｂｅｅｎ　ｗｉｄｅｌｙ　ｕｓｅｄ　ｔｏ　ｂｕｉｌｄ　ｌｉｎｋａｇｅ　ｍａｐｓ，
ｆｏｒ　ｓｔｕｄｙｉｎｇ　ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ　ｇｅｎｅｔｉｃｓ， ｆｉｎｇｅｒ－
ｐｒｉｎｔｉｎｇ， ａｎｄ　 ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　 ｍａｒｋｅｒ－ａｓｓｉｓｔｅｄ
ｂｒｅｅｄｉｎｇ．
ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｉｎｃｌｕｄｅ　ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ
ｔａｇ （ＥＳＴ）－ｄｅｒｉｖｅｄ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ［１］ａｎｄ　ｇｅｎｏｍｉｃ
ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｕｓｅｄ　ｔｏ　ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ　ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅ
ｌｉｂｒａｒｉｅｓ［２－４］． Ｃｏｍｐａｒｅｄ　ｗｉｔｈ　ｔｈｅ　ｆｏｒｍｅｒ，
ｇｅｎｏｍｉｃ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｅｘｈｉｂｉｔ　ｇｒｅａｔｅｒ　ｖａｒｉａｂｉ－
ｌｉｔｙ，ａ　ｈｉｇｈｅｒ　ｄｅｇｒｅｅ　ｏｆ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ａｎｄ　ａｒｅ
ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ　 ｍｏｒｅ　 ｗｉｄｅｌｙ　 ｔｈｒｏｕｇｈｏｕｔ　 ｔｈｅ
ｇｅｎｏｍｅ［５］．Ｗｉｔｈ　ｆｕｒｔｈｅｒ　ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔｓ　ｉｎ　ｔｈｅ
ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ　ｗｉｔｈ　ｎｅｘｔ　ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ
ｗｈｏｌｅ－ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ｔｈｅ　ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ
ａｎｄ　ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｇｅｎｏｍｉｃ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｗｉｌ
ｉｎｃｒｅａｓｅ　ｉｎ　ｉｍｐｏｒｔａｎｃｅ．
Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｉｓ　ａｎ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔ　ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ
ｍｕｓｈｒｏｏｍ　ｉｎ　Ｃｈｉｎａ．Ｏｕｔｐｕｔ　ｈａｓ　ｉｎｃｒｅａｓｅｄ
ｓｔｅａｄｉｌｙ　ｉｎ　ｒｅｃｅｎｔ　ｙｅａｒｓ　ｄｕｅ　ｔｏ　ｂｏｔｈ　ａｎ
ｅｘｐａｎｓｉｏｎ　ｉｎ　ｔｈｅ　ａｒｅａ　ｕｓｅｄ　ｆｏｒ　ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ　ａｎｄ
ｉｎ　ｔｈｅ　ｌｅｎｇｔｈ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ　ｓｅａｓｏｎ．Ｔｈｉｓ
ｒａｐｉｄ　ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｈａｓ　ｌｅｄ　ｔｏ　ａ　ｄｅｍａｎｄ　ｆｏｒ
ｍｏｒｅ　ｖａｒｉｅｔｉｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ，ａｎｄ　ｍｏｒｅ
ｔｈａｎ　２０ｖａｒｉｅｔｉｅｓ　ａｒｅ　ｃｕｒｒｅｎｔｌｙ　ｕｎｄｅｒ　ｌａｒｇｅ－ｓｃａｌｅ
ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ　ｔｈｒｏｕｇｈｏｕｔ　ｔｈｅ　ｃｏｕｎｔｒｙ．Ｈｏｗｅｖｅｒ，
ｃｏｎｓｉｄｅｒａｂｌｅ　ｃｏｎｆｕｓｉｏｎ　ｈａｓ　ａｒｉｓｅｎ　ｄｕｅ　ｔｏ　ｔｈｅ
ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ　ｏｆ　ｅｉｔｈｅｒ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｄｅｓｉｇｎａｔｉｏｎｓ　ｔｏ
ｉｄｅｎｔｉｃａｌ　ｖａｒｉｅｔｉｅｓ　ｏｒ　ｔｈｅ　ｓａｍｅ　ｄｅｓｉｇｎａｔｉｏｎ　ｔｏ
ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｖａｒｉｅｔｉｅｓ．Ｍｏｒｅｏｖｅｒ，ｔｈｅ　ｅｘｔｅｎｔ　ｏｆ
ｍｕｌｔｉ－ｖａｒｉｅｔｙ　ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ，ａｄｏｐｔｅｄ　ｉｎ　ｏｒｄｅｒ　ｔｏ
ＡＣＴＡ　ＥＤＵＬＩＳ　ＦＵＮＧＩ　 Ｖｏｌ．１９
ｍｅｅｔ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔｓ， ｈａｓ　ｌｅｄ　ｔｏ
ｐｒｏｂｌｅｍｓ　ｉｎ　ｔｅｒｍｓ　ｏｆ　ｓｐａｗｎ　ａｕｔｈｅｎｔｉｃｉｔｙ　ｔｈａｔ
ｈａｓ　ｏｆｔｅｎ　ａｄｖｅｒｓｅｌｙ　ａｆｆｅｃｔｅｄ　ｎｏｒｍａｌ　ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ
ａｎｄ　ｅｖｅｎ　ｌｅｄ　ｔｏ　ｚｅｒｏ　ｙｉｅｌｄｓ．Ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｔｌｙ，
ｔｈｅｒｅ　ｉｓ　ａｎ　ｕｒｇｅｎｔ　ｎｅｅｄ　ｔｏ　ｄｅｖｅｌｏｐ　ｒａｐｉｄ　ａｎｄ
ａｃｃｕｒａｔｅ　ｍｅｔｈｏｄｓ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｐｒｅｃｉｓｅ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ
ｏｆ　 ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　 ｓｔｒａｉｎｓ　 ｏｆ　 Ｌ． ｅｄｏｄｅｓ．
Ｔｈｅｒｅｆｏｒｅ，ｗｅ　ｈａｖｅ　ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ
ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｗｈｏｌｅ　ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｏｆ　Ｌ．
ｅｄｏｄｅｓ， ｗｈｉｃｈ　ｈａｖｅ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔ　ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ
ｖａｌｕｅ　ｆｏｒ　ａｎａｌｙｚｉｎｇ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
ｍａｒｋｅｒ－ａｓｓｉｓｔｅｄ　ｂｒｅｅｄｉｎｇ，ａｎｄ　ｉｎ　ｒｅｖｅａｌｉｎｇ
ｇｅｎｅｔｉｃ　 ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ　 ｂｅｔｗｅｅｎ　 ｔｈｅ　 ｍａｉｎ
ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ　ｖａｒｉｅｔｉｅｓ．
１　Ｍａｔｅｒｉａｌｓ　ａｎｄ　Ｍｅｔｈｏｄｓ
１．１Ｓｔｒａｉｎｓ
　 　 Ｔｗｅｎｔｙ－ｆｉｖｅ　Ｌ． ｅｄｏｄｅｓ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ
ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ａｎｄ　ｔｗｏ　ｗｉｌｄ　ｓｔｒａｉｎｓ　ｗｅｒｅ　ｏｂｔａｉｎｅｄ
ｆｒｏｍ　ｓｅｖｅｒａｌ　ｓｏｕｒｃｅｓ　ｔｈｒｏｕｇｈｏｕｔ　Ｃｈｉｎａ （ｓｅｅ
Ｔａｂｌｅ　１ｉｎ　ｔｈｅ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｖｅｒｓｉｏｎ）．
１．２ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒｓ
　 　 Ｔｈｅ　 ｇｅｎｏｍｅｓ　 ｏｆ　 ｔｗｏ　 ｐｒｏｔｏｐｌａｓｔ
ｍｏｎｏｋａｒｙｏｎｓ，１３５Ａａｎｄ　１３５Ｂ （ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ
ｓｔｒａｉｎ　Ｌ１３５），ａｎｄ　ｔｈｅ　ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ　ｏｆ　ｓｔｒａｉｎ
Ｌ１３５，ｗｅｒｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ　ｕｓｉｎｇ　ｔｈｅ　ｃｏｍｂｉｎｅｄ
Ｓｏｌｅｘａ　ａｎｄ　４５４ ｍｅｔｈｏｄｓ（６ｔｉｍｅｓ　ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ
ｄｅｐｔｈ）ｂｙ　ｔｈｅ　Ｓｈｅｎｚｈｅｎ　Ｇｅｎｏｍｉｃｓ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．
Ｔｈｅ　ｔｏｔａｌ　ｎｕｍｂｅｒ　ｏｆ　ＳＳＲｓ，ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ　ａｎｄ
ｍｏｔｉｆ　ｔｙｐｅ　ｗｅｒｅ　ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ　ｗｉｔｈ　ＳＳＲ　Ｈｕｎｔｅｒ
１．３ｓｏｆｔｗａｒｅ［６］．Ａ　ｔｏｔａｌ　ｏｆ　１０８ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒ
ｐａｉｒｓ　ｗｅｒｅ　ｄｅｓｉｇｎｅｄ　ｕｓｉｎｇ　Ｐｒｉｍｅｒ　Ｐｒｅｍｉｅｒ　５．０
ｓｏｆｔｗａｒｅ［７］ａｎｄ　ｗｅｒｅ　ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ　ｂｙ　Ｓａｎｇｏｎ
（Ｓｈａｎｇｈａｉ）Ｃｏ．，Ｌｔｄ．
１．３Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｂｙ
ｔｈｅ　ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒｓ
　　Ｉｎｉｔｉａｌｙ，１０８ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ　ｗｅｒｅ　ｕｓｅｄ　ｔｏ
ａｍｐｌｉｆｙ　ＤＮＡ　ｆｒｏｍ　ｆｏｕｒ　ｒａｎｄｏｍｌｙ　ｓｅｌｅｃｔｅｄ
ｓｔｒａｉｎｓ （Ｌ８０８， ｘｉａｎｇｊｉｕ， ＨＮ１０Ｌｅ３１７ ａｎｄ
ＨＮ１０Ｌｅ３１８），ｆｒｏｍ　ｗｈｉｃｈ　７９ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ　ｗｅｒｅ
ｔｈｅｎ　ｓｅｌｅｃｔｅｄ　ｆｏｒ　ａｍｐｌｉｆｙｉｎｇ　ＤＮＡ　ｆｒｏｍ　２５
ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ａｎｄ　ｔｗｏ　ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎｓ．
１．４Ｓｐｅｃｉｅｓ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ
　 　 Ｔｗｅｎｔｙ－ｆｉｖｅ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ　ｗｅｒｅ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ　ｂｙ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ
ｗｈｏｌｅ　ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ，ａｎｄ　ＳＳＲ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｓ
ｗｅｒｅ　ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ　ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ
ｄａｔａ．
１．５ＤＮＡ　ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ
　 　 Ｐｏｔａｔｏ　ｄｅｘｔｒｏｓｅ （ＰＤ） ｍｅｄｉｕｍ　ｗａｓ
ｉｎｏｃｕｌａｔｅｄ　ｗｉｔｈ　ｍｙｃｅｌｉｕｍ　ｆｒｏｍ　ａ　Ｐｏｔａｔｏ
Ｄｅｘｔｒｏｓｅ　Ａｇａｒ（ＰＤＡ）ｓｔｏｃｋ　ｓｌａｎｔ　ａｎｄ　ｉｎｃｕｂａｔｅｄ
ａｔ　２５ ℃ ｆｏｒ　４ｄ ｗｉｔｈ　ｓｈａｋｉｎｇ （１４０ｒ／ｍｉｎ）．
Ｆｕｎｇａｌ　ｍｙｃｅｌｉｕｍ　ｗａｓ　ｃｏｌｅｃｔｅｄ　ｂｙ　ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ
ａｎｄ　ｇｅｎｏｍｉｃ　ＤＮＡ　ｗａｓ　ｅｘｔｒａｃｔｅｄ　ｕｓｉｎｇ　ｔｈｅ
ｃｅｔｙｌｔｒｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｏｎｉｕｍ　ｂｒｏｍｉｄｅ （ＣＴＡＢ）
ｍｅｔｈｏｄ［８］．Ｔｈｅ　ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｐｕｒｉｔｙ　ｏｆ　ｔｈｅ
ｅｘｔｒａｃｔｅｄ　ＤＮＡ　ｗｅｒｅ　ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ　ｓｐｅｃｔｒｏｐｈｏｔｏ－
ｍｅｔｒｉｃａｌｙ　ａｔ　２６０／２８０ ｎｍ （Ｎａｎｏｄｒｏｐ－１０００
ｔｙｐｅ，Ｔｈｅｒｍｏ　Ｃｏｍｐａｎｙ，ＵＳＡ）ｆｏｌｏｗｅｄ　ｂｙ
ｓｔｏｒａｇｅ　ａｔ－７０℃．Ｉｍｍｅｄｉａｔｅｌｙ　ｐｒｉｏｒ　ｔｏ　ｕｓｅ，
ｔｈｅ　ＤＮＡ　ｓｏｌｕｔｉｏｎ　ｗａｓ　ｄｉｌｕｔｅｄ　ｔｏ　５０ｎｇ／μＬ．
１．６Ｇｅｎｏｔｙｐｅ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｕｓｉｎｇ　ＳＳＲｓ
　　Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｗａｓ　ｃａｒｒｉｅｄ　ｏｕｔ　ｉｎ　２０μＬ
ｒｅａｃｔｉｏｎ　ｍｉｘｔｕｒｅｓ　ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ：２ μＬ　１０ ×
ｒｅａｃｔｉｏｎ　ｂｕｆｆｅｒ，２μＬ　ＭｇＣｌ２ （２５ ｍｍｏｌ／Ｌ），
０．４μＬ　ｄＮＴＰ （１０ ｍｍｏｌ／Ｌ），０．２ μＬ　Ｔａｑ
ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ　５ Ｕ／μＬ，２ μＬ　ｔｅｍｐｌａｔｅ　ＤＮＡ
（５０ｎｇ／μＬ），１．５μＬ＋１．５μＬ　ｆｏｒｗａｒｄ　ａｎｄ
ｒｅｖｅｒｓｅ　ｐｒｉｍｅｒｓ（１０μｍｏｌ／Ｌ）ａｎｄ　ｄｄＨ２Ｏ　ｔｏ
ｖｏｌｕｍｅ．
ＳＳＲ　ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ　ｗｅｒｅ　ａｓ
ｆｏｌｏｗｓ：１ｃｙｃｌｅ　ａｔ　９４℃ｆｏｒ　５ｍｉｎ；３０ｃｙｃｌｅｓ　ａｔ
９４℃ｆｏｒ　５０ｓ，５５℃ｆｏｒ　５０ｓ，ａｎｄ　７２℃ｆｏｒ
５０ｓ，ｆｏｌｏｗｅｄ　ｂｙ　ａ　ｆｉｎａｌ　ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ　ａｔ　７２℃ｆｏｒ
５ｍｉｎ．
１．７Ｇｅｌ　ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ　ａｎｄｄａｔａ　ａｎａｌｙｓｉｓ
　 　 Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｐｒｏｄｕｃｔｓ （２０ μＬ ）ｗａｓ
ｍｉｘｅｄ　ｗｉｔｈ　１２μＬ　１×ｌｏａｄｉｎｇ　ｂｕｆｆｅｒ，ｉｎｃｕｂａｔｅｄ
ａｔ　９５℃ｆｏｒ　５ｍｉｎ，ａｎｄ　ｔｈｅｎ　ｐｌａｃｅｄ　ｉｎ　ａｎ　ｉｃｅ－
ｗａｔｅｒ　ｍｉｘｔｕｒｅ　ｆｏｒ　３ｍｉｎ．Ａｌｉｑｕｏｔｓ（３μＬ）ｗｅｒｅ
ｓｕｂｊｅｃｔｅｄ　ｔｏ　ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ　ｆｏｒ　４５ｍｉｎ　ｏｎ　６％
（ｖ／ｖ）ａｃｒｙｌａｍｉｄｅ　ｇｅｌｓ （１０００ Ｖ，２００ ｍＡ，
２００Ｗ）ａｎｄ，ａｆｔｅｒ　ｓｔａｉｎｉｎｇ　ｗｉｔｈ　ｓｉｌｖｅｒ　ｎｉｔｒａｔｅ，
ｔｈｅ　ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｐａｔｔｅｒｎｓ　ｗｅｒｅ　ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ　ｂｙ
ｖｉｓｕａｌ　ｅｘａｍｉｎａｔｉｏｎ．
２　Ｒｅｓｕｌｔｓ　ａｎｄ　Ａｎａｌｙｓｉｓ
２．１Ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　ａｎｄ　ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒｓ
８
Ｎｏ．４ ＺＨＡＮＧ　Ｄａｎ，ＷＵ　Ｐｉｎｇ，ＺＨＡＮＧ　Ｌｕｊｕｎ，ｅｔ　ａｌ
　　Ｔｏｔａｌｙ，２８８９，２９７２ａｎｄ　５００７ＳＳＲ　ｌｏｃｉ（１～
６ｂｐ　ｒｅｐｅａｔｓ，ｆｒａｇｍｅｎｔ　ｌｅｎｇｔｈ ＞１２ｂｐ）ｗｅｒｅ
ｄｅｔｅｃｔｅｄ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｄａｔａ　ｏｂｔａｉｎｅｄ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｓｉｎｇｌｅ
ｎｕｃｌｅａｒ　ｇｅｎｏｍｅ　ｓｃａｆｆｏｌｄｓ　ｏｆ　ｍｏｎｏｋａｒｙｏｎｓ　１３５Ａ
ａｎｄ　１３５Ｂ，ａｎｄ　ｔｈｅ　ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ　ｏｆ　ｓｔｒａｉｎ　１３５，
ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ｔｈｅ　ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ　ｏｆ　ｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
ｒｅｐｅａｔｓ　ｗａｓ　ｈｉｇｈｅｓｔ （＞５４％），ｆｏｌｏｗｅｄ　ｂｙ
ｍｏｎｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　ｒｅｐｅａｔｓ（ｍｏｒｅ　ｔｈａｎ　２４％）（ｓｅｅ
Ｆｉｇ．１ｉｎ　ｔｈｅ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｖｅｒｓｉｏｎ）．ＡＧＧ／ＣＣＴ，
ＡＡＧ／ＣＴＴ　ａｎｄ　ＡＴＣ／ＧＡＴ　ｗｅｒｅ　ｔｈｅ　ｍｏｓｔ
ａｂｕｎｄａｎｔ　ｍｏｔｉｆｓ　ａｍｏｎｇ　ｔｈｅ　ｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
ｒｅｐｅａｔｓ（ｓｅｅ　Ｆｉｇ．２ｉｎ　ｔｈｅ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｖｅｒｓｉｏｎ）．
２．２ＳＳＲ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ
　　Ｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙ　ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ　ｏｆ　１０８ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ
ｒｅｖｅａｌｅｄ　ｔｈａｔ　ｏｎｌｙ　７９ ｏｆ　ｔｈｅｓｅ　ｇｅｎｅｒａｔｅｄ
ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｐｒｏｄｕｃｔｓ． Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　ｗａｓ
ｏｂｓｅｒｖｅｄ　ｉｎ　ｐｒｏｄｕｃｔｓ　ｇｅｎｅｒａｔｅｄ　ｂｙ　７４ｐｒｉｍｅｒ
ｐａｉｒｓ．Ｍｏｓｔ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｏｎｌｙ　ｏｎｅ
ｔｙｐｅ　ｏｆ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒ　ｗｈｉｌｅ　ｏｔｈｅｒｓ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ
ｍｕｌｔｉｐｌｅ　ｔｙｐｅｓ．
２．３ＳＳＲ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｉｎｇ
　 　 Ｔｗｅｎｔｙ－ｆｉｖｅ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ　ｗｅｒｅ
ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ　ｂｙ　３５ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ
ｗｈｏｌｅ　ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ （ｓｅｅ　Ｆｉｇ．３ｉｎ　ｔｈｅ
Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｖｅｒｓｉｏｎ）．Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ｌｏｃｉ，ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄ
ｂｙ　１７４ｄｉｓｔｉｎｃｔ　ｂａｎｄｓ，ｗｅｒｅ　ｄｅｔｅｃｔｅｄ　ｕｓｉｎｇ　３５
ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ，ａｎｄ　ｔｈｅ　ｎｕｍｂｅｒ　ｏｆ　ｆｒａｇｍｅｎｔｓ
ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｂｙ　ｅａｃｈ　ｏｆ　ｔｈｅｓｅ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ　ｒａｎｇｅｄ
ｆｒｏｍ　２ｔｏ　１２．ＳＳＲ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｓ，ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ
ｕｓｉｎｇ　ｓｅｖｅｎ　ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ（ｓｅｌｅｃｔｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｂａｓｉｓ
ｏｆ　ｂａｎｄ　ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｒｅｐｒｏｄｕｃｉｂｉｌｉｔｙ），
ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ　ｆｏｕｒ　Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｓｔｒａｉｎｓ（Ｃｒ０２，
Ｌ１３５，Ｍｉｎｆｅｎｇ－１ａｎｄ　Ｌ８０８）（ｓｅｅ　Ｆｉｇ．２ｉｎ　ｔｈｅ
Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｖｅｒｓｉｏｎ）．
３　Ｄｉｓｃｕｓｓｉｏｎ
　　ＳＳＲ　ｌｏｃｉ，ｅｓｐｅｃｉａｌｙ　ＳＳＲｓ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ
ｗｈｏｌｅ　ｇｅｎｏｍｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ，ｃａｎ　ｄｅｔｅｃｔ　ｍｏｒｅ　ａｌｅｌｉｃ
ｖａｒｉａｔｉｏｎ　ｃｏｍｐａｒｅｄ　ｗｉｔｈ　ｏｔｈｅｒ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
ｍａｒｋｅｒｓ，ａｎｄ　ａ　ｐｏｓｉｔｉｖｅ　ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ　ｅｘｉｓｔｓ
ｂｅｔｗｅｅｎ　ｔｈｅ　ｄｅｇｒｅｅ　ｏｆ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　ａｎｄ　ｔｈｅ
ｌｅｎｇｔｈ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｐｒｏｄｕｃｔ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｂｙ　ｔｈｅ　ＳＳＲ
ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ［１，９］． Ｃｏｎｖｅｒｓｅｌｙ， ＥＳＴ－ｄｅｒｉｖｅｄ
ＳＳＲｓ　ｅｘｈｉｂｉｔｅｄ　ｖｅｒｙ　ｌｏｗ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ．Ｗｅ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ　ｏｎｌｙ　ｅｉｇｈｔ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ｍａｒｋｅｒｓ，
ｅａｃｈ　ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ　ｏｆ　２ｔｏ　６ｆｒａｇｍｅｎｔｓ，ｆｒｏｍ　２５
Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ｕｓｉｎｇ　２４ ｐｒｉｍｅｒ　ｐａｉｒｓ
ｏｒｉｇｉｎａｌｙ　ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ　ｆｏｒ　ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　ＥＳＴ－
ｄｅｒｉｖｅｄ　ＳＳＲｓ　ｂｙ　ＸＩＡＯｅｔ　ａｌ
［１０］．
ＳＳＲ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｈａｖｅ　ｂｅｅｎ　ｕｓｅｄ　ｆｏｒ
ｃｒｏｐ　ＤＵＳ　ｔｅｓｔｉｎｇ
［１１］，ａｎｄ　ｔｏ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅ
ｓｔｒａｉｎｓ　ｏｆ　Ａｇａｒｉｃｕｓ　ｂｉｓｐｏｒｕｓ［１２］，Ａｕｒｉｃｕｌａｒｉａ
ａｕｒｉｃｕｌａ ［１３］ａｎｄ　Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ　ｏｓｔｒｅａｔｕｓ［４］．ＳＳＲ
ｍａｒｋｅｒｓ　ｈａｖｅ　ａｌｓｏ　ｂｅｅｎ　ｄｅｓｃｒｉｂｅｄ　ｆｒｏｍ
Ｌ．ｅｄｏｄｅｓ［１４，１５］ａｎｄ　ｕｓｅｄ　ｔｏ　ｅｖａｌｕａｔｅ　ｇｅｎｅｔｉｃ
ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｗｉｔｈｉｎ　ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ　ｓｔｒａｉｎｓ　ｏｆ　ｔｈｉｓ
ｍｕｓｈｒｏｏｍ［１０］． Ａｌｔｈｏｕｇｈ　 ｒｅｌａｔｉｖｅｌｙ　 ｆｅｗ
ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　ｃｕｌｔｉｖａｒｓ　ａｒｅ　ｃｕｒｒｅｎｔｌｙ　ｕｓｅｄ　ｉｎ
Ｃｈｉｎａ，ｔｈｅ　ｃｏｎｔｉｎｕｉｎｇ　ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ｎｅｗ
ｖａｒｉｅｔｉｅｓ　ｗｉｌ　ｒｅｑｕｉｒｅ　ａｃｃｕｒａｔｅ　ｍｅｔｈｏｄｓ　ｏｆ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　 ａｎｄ　 ｃｅｒｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ． Ｉｎ　 ｔｈｉｓ
ｃｏｎｔｅｘｔ，ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ａｐｐｅａｒ　ｔｏ　ｈａｖｅ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔ
ｐｏｔｅｎｔｉａｌ　ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ　ｖａｌｕｅ．
Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ
［１］ ＶＯＧＥＬ　ＪＰ，ＴＵＮＡ　Ｍ，ＢＵＤＡＫ　Ｈ，ｅｔ　ａｌ．
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ａｎｄ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ
ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｉｎ　Ｔｕｒｋｉｓｈ　ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ　ｏｆ　Ｂｒａｃｈｙｐｏｄｉｕｍ
ｄｉｓｔａｃｈｙｏｎ［Ｊ］．ＢＭＣ　Ｐｌａｎｔ　Ｂｉｏｌ，２００９，９：８８．
［２］ＮＵＮＯＭＥ　Ｔ，ＮＥＧＯＲＯ　Ｓ，ＫＯＮＯ　Ｉ，ｅｔ　ａｌ．
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｄｅｒｉｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ＳＳＲ－
ｅｎｒｉｃｈｅｄ　ｇｅｎｏｍｉｃ　ｌｉｂｒａｒｙ　ｏｆ　ｅｇｇｐｌａｎｔ （Ｓｏｌａｎｕｍ
ｍｅｌｏｎｇｅｎａ　Ｌ．）［Ｊ］．Ｔｈｅｏｒ　Ａｐｐｌ　Ｇｅｎｅｔ，２００９，１１９
（６）：１１４３－１１５３．
［３］ ＦＯＵＬＯＮＧＮＥ－ＯＲＩＯＬ　 Ｍ， ＳＰＡＴＡＲＯ　 Ｃ，
ＭＯＩＮＡＲＤ　 Ｍ， ｅｔ　 ａｌ． Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　 ｏｆ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｉｓｓｕｅｄ　ｆｒｏｍ
ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｍｅｄｉｃｉｎａｌ
ｍｕｓｈｒｏｏｍ　Ａｇａｒｉｃｕｓ　ｓｕｂｒｕｆｅｓｃｅｎｓ ［Ｊ］． ＦＥＭＳ
Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｌｅｔｔ，２０１２，３３４（２）：１１９－１２６．
［４］ＭＡ　ＫＨ，ＬＥＥ　ＧＡ，ＬＥＥ　ＳＹ，ｅｔ　ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ
ａｎｄ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｎｅｗ　ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅ　ｍａｒｋｅｒｓ
ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｏｙｓｔｅｒ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ（Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ　ｏｓｔｒｅａｔｕｓ）［Ｊ］．
Ｊ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２００９，１９（９）：８５１－８５７．
［５］ＳＡＨＡ　ＭＣ，ＣＯＯＰＥＲ　ＪＤ，ＭＩＡＮ　ＭＡ，ｅｔ　ａｌ．Ｔａｌ
ｆｅｓｃｕｅ　ｇｅｎｏｍｉｃ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ：ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ａｎｄ
ｔｒａｎｓｆｅｒａｂｉｌｉｔｙ　ａｃｒｏｓｓ　ｍｕｌｔｉｐｌｅ　ｇｒａｓｓ　ｓｐｅｃｉｅｓ［Ｊ］．
Ｔｈｅｏｒ　Ａｐｐｌ　Ｇｅｎｅｔ，２００６，１１３（８）：１４４９－１４５８．
［６］ＬＩ　Ｑ，ＷＡＮ　ＪＭ．ＳＳＲＨｕｎｔｅｒ：ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ａ
ｌｏｃａｌ　ｓｅａｒｃｈｉｎｇ　ｓｏｆｔｗａｒｅ　ｆｏｒ　ＳＳＲ　ｓｉｔｅ ［Ｊ］．
９
ＡＣＴＡ　ＥＤＵＬＩＳ　ＦＵＮＧＩ　 Ｖｏｌ．１９
Ｈｅｒｅｄｉｔａｓ，２００５，２７ （５）：８０８－８１０．（ｉｎ　Ｃｈｉｎｅｓｅ
ｗｉｔｈ　Ｅｎｇｌｉｓｈ　ａｂｓｔｒａｃｔ）
［７］ＳＩＮＧＨ　ＶＫ，ＭＡＮＧＡＬＡＭ　ＡＫ，ＤＷＩＶＥＤＩ　Ｓ，
ｅｔ　ａｌ．Ｐｒｉｍｅｒ　ｐｒｅｍｉｅｒ：ｐｒｏｇｒａｍ　ｆｏｒ　ｄｅｓｉｇｎ　ｏｆ
ｄｅｇｅｎｅｒａｔｅ　ｐｒｉｍｅｒｓ　ｆｒｏｍ　ａ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ［Ｊ］．
Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１９９８，２４（２）：３１８－３１９．
［８］ ＺＨＡＮＧ　Ｙ， ＭＯＬＩＮＡ　ＦＩ．Ｓｔｒａｉｎ　ｔｙｐｉｎｇ　ｏｆ
Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ　ｂｙ　ｒａｎｄｏｍ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ
ＤＮＡ　ａｓｓａｙ［Ｊ］．ＦＥＭＳ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｌｅｔｔ，１９９５，１３１
（１）：１７－２０．
［９］ＳＩＮＧＨ　Ｈ，ＤＥＳＨＭＵＫＨ　ＲＫ，ＳＩＮＧＨ　Ａ，ｅｔ　ａｌ．
Ｈｉｇｈｌｙ　ｖａｒｉａｂｌｅ　ＳＳＲ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｓｕｉｔａｂｌｅ　ｆｏｒ　ｒｉｃｅ
ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ　ｕｓｉｎｇ　ａｇａｒｏｓｅ　ｇｅｌｓ［Ｊ］．Ｍｏｌ　Ｂｒｅｅｄｉｎｇ，
２０１０，２５（２）：３５９－３６４．
［１０］ＸＩＡＯ　Ｙ，ＬＩＵ　Ｗ，ＤＡＩ　ＹＨ，ｅｔ　ａｌ．Ｕｓｉｎｇ　ＳＳＲ
ｍａｒｋｅｒｓ　ｔｏ　ｅｖａｌｕａｔｅ　ｔｈｅ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ
Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ　ｅｄｏｄｅｓ’ｎａｔｕｒａｌ　ｇｅｒｍｐｌａｓｍ　ｉｎ　Ｃｈｉｎａ［Ｊ］．
Ｗｏｒｌｄ　Ｊ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２０１０，２６（３）：
５２７－５３６．
［１１］ ＷＡＮＧ　ＬＸ，ＣＨＡＮＧ　ＬＦ，ＬＩ　ＨＢ，ｅｔ　ａｌ．
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｆｏｒ　ｅｓｔｉｍａｔｉｎｇ　ｄｉｓｔｉｎｃｔｎｅｓｓ，
ｕｎｉｆｏｒｍｉｔｙ，ａｎｄ　ｓｔａｂｉｌｉｔｙ　ｏｆ　ｗｈｅａｔ　ｌｉｎｅｓ　ｉｎ　ｒｅｇｉｏｎａｌ
ｔｒｉａｌｓ［Ｊ］．Ａｃｔａ　Ａｇｒｏｎｏｍｉｃａ　Ｓｉｎｉｃａ，２０１０，３６（７）：
１１１４－１１２５．（ｉｎ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｗｉｔｈ　Ｅｎｇｌｉｓｈ　ａｂｓｔｒａｃｔ）
［１２］ ＦＯＵＬＯＮＧＮＥ－ＯＲＩＯＬ　Ｍ， ＳＰＡＴＡＲＯ　 Ｃ，
ＳＡＶＯＩＥ　ＪＭ．Ｎｏｖｅｌ　ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｉｔｅ　ｍａｒｋｅｒｓ　ｓｕｉｔａｂｌｅ
ｆｏｒ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｔｕｄｉｅｓ　ｉｎ　ｔｈｅ　ｗｈｉｔｅ　ｂｕｔｔｏｎ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ
Ａｇａｒｉｃｕｓ　ｂｉｓｐｏｒｕｓ［Ｊ］．Ａｐｐｌ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，
２００９，８４（６）：１１２５－１１３５．
［１３］ ＺＨＡＮＧ　Ｒ， ＨＵ　Ｄ， ＺＨＡＮＧ　Ｊ，ｅｔ　ａｌ．
Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ａｎｄ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｓｉｍｐｌｅ
ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｒｅｐｅａｔ（ＳＳＲ）ｍａｒｋｅｒｓ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｍｕｓｈｒｏｏｍ
Ｆｌａｍｍｕｌｉｎａ　ｖｅｌｕｔｉｐｅｓ［Ｊ］．Ｊ　Ｂｉｏｓｃｉ　Ｂｉｏｅｎｇ，２０１０，
１１０（３）：２７３－２７５．
［１４］ＬＩＮ　ＦＸ，ＣＨＥＮ　ＳＭ，ＬＩ　ＡＺ，ｅｔ　ａｌ．Ｃｏｍｐｏｓｅ　ａｎｄ
ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ　ｏｆ　ＥＳＴ－ＳＳＲ　ｉｎ　ｇｅｎｏｍｅｓ　ｏｆ　Ｌｅｎｔｉｎｕｌａ
ｅｄｏｄｅｓ［Ｊ］．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，２００７，３４（３）：４３８－４４２．
（ｉｎ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｗｉｔｈ　Ｅｎｇｌｉｓｈ　ａｂｓｔｒａｃｔ）
［１５］ＷＡＮＧ　ＹＦ，ＺＨＡＯ　ＹＨ，ＷＡＮＧ　ＡＹ　ｅｔ　ａｌ．
Ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ＳＳＲ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｉｎ　ＥＳＴ　ｒｅｓｏｕｒｃｅ　ｏｆ
Ｌｅｎｔｉｎｕｓ　ｅｄｏｄｅｓ［Ｊ］．Ｆｏｏｄ　Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１０，３１（１）：
１３７－１４０．（ｉｎ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　ｗｉｔｈ　Ｅｎｇｌｉｓｈ　ａｂｓｔｒａｃｔ）
０１