全 文 ：
摇 摇 摇 摇 摇 生 态 学 报
摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 (SHENGTAI XUEBAO)
摇 摇 第 31 卷 第 15 期摇 摇 2011 年 8 月摇 (半月刊)
目摇 摇 次
地面节肢动物营养类群对土地覆被变化和管理扰动的响应 李锋瑞,刘继亮,化摇 伟,等 (4169)………………
两种书虱微卫星富集文库的构建及比较 魏丹丹,袁明龙,王保军,等 (4182)……………………………………
菲律宾蛤仔 EST鄄SSRs标记开发及不同地理群体遗传多样性 闫喜武,虞志飞,秦艳杰,等 (4190)……………
菲律宾蛤仔大连群体不同世代的遗传多样性 虞志飞,闫喜武,杨摇 霏,等 (4199)………………………………
玻璃温室与田间栽培小麦幼穗分化的比较 姜丽娜,赵艳岭,邵摇 云,等 (4207)…………………………………
施用有机肥环境下盐胁迫小麦幼苗长势和内源激素的变化 刘海英,崔长海,赵摇 倩,等 (4215)………………
黄土高原半干旱区气候变化对春小麦生长发育的影响———以甘肃定西为例
姚玉璧,王润元,杨金虎,等 (4225)
……………………………………
……………………………………………………………………………
不同耕作模式下稻田水中氮磷动态特征及减排潜力 冯国禄,杨仁斌 (4235)……………………………………
大田环境下转 Bt基因玉米对土壤酶活性的影响 颜世磊,赵摇 蕾,孙红炜,等 (4244)…………………………
短期淹水培养对水稻土中地杆菌和厌氧粘细菌丰度的影响 朱摇 超,Stefan Ratering,曲摇 东,等 (4251)……
气候变化背景下广东晚稻播期的适应性调整 王摇 华,陈新光,胡摇 飞,等 (4261)………………………………
长期封育对不同类型草地碳贮量及其固持速率的影响 何念鹏,韩兴国,于贵瑞 (4270)………………………
黄土丘陵区两种主要退耕还林树种生态系统碳储量和固碳潜力 刘迎春,王秋凤,于贵瑞,等 (4277)…………
植物叶表面的润湿性及其生态学意义 石摇 辉,王会霞,李秧秧 (4287)…………………………………………
长白山北坡主要森林群落凋落物现存量月动态 郑金萍,郭忠玲,徐程扬,等 (4299)……………………………
古尔班通古特沙漠及周缘 52 种植物种子的萌发特性与生态意义 刘会良,宋明方,段士民,等 (4308)………
吉首蒲儿根的繁殖生态学特性及其濒危成因 邓摇 涛,陈功锡,张代贵,等 (4318)………………………………
栖息地永久性破坏的比例对物种多度稳定值影响的迭代算法 时培建,戈摇 峰,杨清培 (4327)………………
喷施多效唑提高麻疯树幼苗耐盐性的生理机制 毛轶清,郑青松,陈健妙,等 (4334)……………………………
阿尔山落叶松主要蛀干害虫的种群空间生态位 袁摇 菲,骆有庆,石摇 娟,等 (4342)……………………………
2009 年云南省白背飞虱早期迁入种群的虫源地范围与降落机制 沈慧梅,吕建平,周金玉 ,等 (4350)………
中华稻蝗长沙种群的生活史及其卵滞育的进化意义 朱道弘,张摇 超,谭荣鹤 (4365)…………………………
“518冶油桃主要害虫与其捕食性天敌的关系 施晓丽,毕守东,耿继光,等 (4372)………………………………
青藏东缘若尔盖高寒草甸中小型土壤动物群落特征及季节变化 张洪芝,吴鹏飞,杨大星,等 (4385)…………
青海可鲁克湖水鸟季节动态及渔鸥活动区分析 张国钢,刘冬平,侯韵秋,等 (4398)……………………………
排放与森林碳汇作用下云南省碳净排放量估计 刘慧雅,王摇 铮,马晓哲 (4405)………………………………
北京城市生态占水研究 柏樱岚,王如松,姚摇 亮 (4415)…………………………………………………………
专论与综述
植物水分传输过程中的调控机制研究进展 杨启良,张富仓,刘小刚,等 (4427)…………………………………
环境介质中的抗生素及其微生物生态效应 俞摇 慎,王摇 敏,洪有为 (4437)……………………………………
自然生态系统中的厌氧氨氧化 沈李东,郑摇 平,胡宝兰 (4447)…………………………………………………
研究简报
山东半岛南部海湾底栖动物群落生态特征及其与水环境的关系 张摇 莹,吕振波,徐宗法,等 (4455)…………
新疆乌伦古湖浮游甲壳动物的季节演替及与环境因子的关系 杨丽丽,周小玉,刘其根,等 (4468)……………
不同施肥与灌水量对槟榔土壤氨挥发的影响 卢丽兰,甘炳春,许明会,等 (4477)………………………………
学术信息与动态
水土资源保持的科学与政策:全球视野及其应用———第 66 届美国水土保持学会国际学术年会述评
卫摇 伟 (4485)
…………
……………………………………………………………………………………………………
期刊基本参数:CN 11鄄2031 / Q*1981*m*16*320*zh*P* ￥ 70郾 00*1510*34*
室室室室室室室室室室室室室室
2011鄄08
封面图说: 塞罕坝地处内蒙古高原南缘向华北平原的过渡带,地势分为坝上、坝下两部分。 解放初期,这里是“飞鸟无栖树,黄
沙遮天日冶的荒原沙丘,自 1962 年建立了机械化林场之后,塞罕坝人建起了 110 多万亩人工林,造就了中国最大的
人工林林场。 这是让人叹为观止的落叶松人工林海。
彩图提供: 陈建伟教授摇 国家林业局摇 E鄄mail: cites. chenjw@ 163. com
第 31 卷第 15 期
2011 年 8 月
生 态 学 报
ACTA ECOLOGICA SINICA
Vol. 31,No. 15
Aug. ,2011
http: / / www. ecologica. cn
基金项目:国家现代农业产业技术体系专项经费资助(CARS鄄45)
收稿日期:2010鄄11鄄15; 摇 摇 修订日期:2011鄄04鄄26
*通讯作者 Corresponding author. E鄄mail: yanxiwu2002@ 163. com.
闫喜武, 虞志飞, 秦艳杰, 杨霏, 王金海, 张跃环, 杨凤, 张国范.菲律宾蛤仔 EST鄄SSRs标记开发及不同地理群体遗传多样性.生态学报,2011,
31(15):4190鄄4198.
Yan X W, Yu Z F, Qin Y J, Yang F, Wang J H, Zhang Y H, Zhang G F. Development of EST鄄SSRs markers and analysis of genetic diversities among
different geographical populations of Manila clam Ruditapes philippinarum. Acta Ecologica Sinica,2011,31(15):4190鄄4198.
菲律宾蛤仔 EST鄄SSRs标记开发及不同地理
群体遗传多样性
闫喜武1,*, 虞志飞1, 秦艳杰1, 杨摇 霏1, 王金海1, 张跃环1, 杨摇 凤1, 张国范2
(1. 大连海洋大学 生命科学与技术学院, 大连摇 116023; 2. 中国科学院海洋研究所, 青岛摇 266071)
摘要:利用 13 对微卫星引物对大连、莆田、青岛 3 个地理群体蛤仔遗传多样性进行了检测。 结果表明:13 个基因座共检测到
154个等位基因,每个座位检测到的等位基因数在 2—7 个之间,平均有效等位基因数为 2. 7657;3 个群体平均观测杂合度分别
为 0. 4387、0. 4194、0. 2383,平均期望杂合度分别为 0. 6488、0. 6484、0. 5526;群体间的遗传多样性差异不显著(P>0. 05)。 NJ聚
类结果显示大连和莆田群体的蛤仔亲缘关系较近,二者与青岛群体关系较远。 3 个群体均有不同程度的偏离 Hardy鄄Weinberg
平衡现象,表明各群体基因频率和基因型频率的稳定性相对较低。 本研究所获得的微卫星标记的多态信息含量(PIC)>0. 5,说
明这些微卫星位点的多样性较高,可为下一步遗传图谱构建研究提供参考。
关键词:菲律宾蛤仔;地理群体;遗传多样性;微卫星
Development of EST鄄SSRs markers and analysis of genetic diversities among
different geographical populations of Manila clam Ruditapes philippinarum
YAN Xiwu1,*, YU Zhifei1, QIN Yanjie1, YANG Fei1, WANG Jinhai1, ZHANG Yuehuan1, YANG Feng1,
ZHANG Guofan2
1 The Institute of Life Science and Technology, Dalian Ocean University, Dalian 116023, China
2 Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Qingdao 266071, China
Abstract: To ascertain that genetic differences exist among different geographical populations of Manila clam Ruditapes
philippinarum, 13 polymorphic microsatellite loci were isolated and characterized for three wild populations including the
Dalian, Putian, and Qingdao populations. All samples were collected in March 2010. Among the three populations
studied, 154 alleles were detected (there were 54, 51, and 49 alleles for the Dalian, Putian, and Qingdao populations,
respectively) . The number of alleles per locus ranged 2 7 and there were 1. 2331 5. 4568 effective alleles with an
average of 2. 7657. The observed heterozygosites for the Dalian, Putian and Qingdao populations were 0. 4387, 0. 4194,
0郾 2383, and the expected heterozygosities were 0. 6488, 0. 6484, 0. 5526, respectively. The polymorphism information
content (PIC) ranged 0. 1778 0. 7922 with an average of 0. 5475, where the Rp鄄02, Rp鄄03, Rp鄄05, Rp鄄06, Rp鄄07,
Rp鄄09, Rp鄄10, Rp鄄11, Rp鄄12 loci were considered highly polymorphic markers (PIC>0. 5), and the Rp鄄01, Rp鄄04,
Rp鄄08, Rp鄄13 loci were moderate polymorphic markers (PIC>0. 25 and < 0. 5) . Genetic diversities among populations
were not significantly different (P > 0. 05). The genetic distance between the Dalian and Putian populations was only
0郾 1108 and they had the highest genetic similarity, whereas the genetic distance between the Dalian and Qingdao
populations (0. 4323) was farthest indicating that they were least genetically similar. The genetic distance between the
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Putian and Qindao populations was intermediate. The genetic distances within a population were 0. 5178依0. 1328, 0. 6592依
0. 3291, and 0. 5480 依0. 2759 for the Dalian, Putian, and Qingdao populations, respectively. The genetic similarities
within a population were 0. 6930依0. 2708, 0. 5426依0. 1572, and 0. 5986依0. 1496, respectively. The NJ dendrogram also
showed that the Dalian and Putian populations were more closely related to each other than with the Qingdao population.
Most loci among the three populations deviated from the Hardy鄄Weinberg equilibrium; only 33. 4% of the loci did not. The
multi鄄group test showed that among groups of multiple loci detected, only the Rp鄄10 locus maintained in an equilibrium
state, whereas all other 12 loci did not. This indicates that these populations have relatively low gene stabilities and
genotype frequencies. Based on the inbreeding coefficient (F is) of each population, the Qingdao population had only one
locus that exhibited heterozygote excess, whereas two loci in the Dalian population and three loci in the Putian population
showed heterozygote excess. Therefore, heterozygote deficiency is common in all three populations. The inter鄄population
fixation index (Fst) was < 0. 05 for the Rp鄄07 and Rp鄄11 loci, indicating that some degree of differentiation exists among
the three geographical populations. We observed an average PIC of > 0. 5, indicating that the microsatellite loci were highly
diversified. Information obtained from the present study should be useful for analysis of genetic diversities among
geographical populations, future development of genetic linkage maps for different populations, and the culture and breeding
of Manila clam.
Key Words: Ruditapes philippinarum; geographical populations; genetic diversity; microsatellite
菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)是我国四大养殖贝类之一,广泛分布于我国南北沿海。 生长迅速,
养殖周期短,适应性强(广温、广盐、广布),是一种适合于人工高密度养殖的优良贝类。 作为单产最高的经济
软体动物,其 2009 年产量 300 多万吨,约占海水养殖贝类产量的 30% ,接近海水养殖总产量 20% [1]。 随着蛤
仔遗传改良研究工作的不断深入,对蛤仔分子标记的需求也越来越迫切,建立适宜的分子遗传标记技术,研究
其遗传结构、检测遗传变异水平、建立分子标记辅助选育技术,对于种质遗传改良具有十分重要的意义。
微卫星(microsatellite)是指以少数几个核苷酸为单位多次串联重复的 DNA 序列,亦称简单序列重复
(simple sequence repeats,SSR) [2]。 不同生物其核心序列可能不同,或者相同核心序列在个体中的重复次数不
同,因此造成多态性的产生,这种标记也被叫做简单长度多态性或序列标记的微卫星位点(Sequence鄄tagged
microsatellite sites,STMS ) [3]。 同其他分子标记相比,具有多态信息含量大、重复性好、共显性遗传、突变率高
等优点,目前已广泛应用于皱纹盘鲍 (Haliotis discus hanai) [4]、魁蚶 ( Scapharca broughtonii) [5]、虾夷扇贝
(Mizuhopecten yessoensis) [6]、西施舌(Coelomactra antiquata) [7]及长牡蛎(Crassostrea gigas) [8]等海洋生物的种
群遗传多样性分析、遗传图谱构建、种质鉴定及辅助育种等方面研究。
近几年来,国内外对微卫星序列研究方面取得了较快进展。 已将其应用于基因定位及克隆、疾病诊断、亲
缘分析或品种鉴定、农作物育种、进化研究等领域[9鄄15]。 目前,尚未见使用微卫星标记分析蛤仔遗传多样性的
报道。 GeneBank中已有蛤仔 EST序列相关报道,但几乎未见对其各种类型微卫星及相关报道。 因此,开发蛤
仔微卫星标记对其种质资源保护及合理开发利用具有重要意义。 本研究开发了一批 EST鄄SSR 序列微卫星标
记,分析了大连、莆田和青岛 3 个群体的遗传多样性,为蛤仔种质挖掘、利用和保护以及良种选育工作提供理
论指导和技术支持。
1摇 材料与方法
1. 1摇 实验材料
实验所用蛤仔采自大连(DL)、莆田(PT)、青岛(QD)沿海,每个群体随机取样 36 个。 取活体斧足作为实
验材料,保存在-80 益冰箱中备用。
1. 2摇 实验方法
1. 2. 1摇 基因组 DNA的提取与检测
摇 摇 用常规的苯酚 /氯仿 /异戊醇法[16]抽提 DNA,挑选质量好的 DNA用 ddH2O将浓度稀释至 50ng / 滋L, 置于
1914摇 15 期 摇 摇 摇 闫喜武摇 等:菲律宾蛤仔 EST鄄SSRs标记开发及不同地理群体遗传多样性 摇
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-20 益保存备用。
表 1摇 蛤仔 3 个地理群体样品基础生物学参数
Table 1摇 Basic biological parameters of 3 Manila clam populations
地理群体
Populations
壳长依标准差 / mm
Shell length 依S. D
壳宽依标准差 / mm
Shell width 依S. D
壳高依标准差 / mm
Shell height 依S. D
总重依标准差 / g
Total weight 依S. D
大连 28. 51依2. 44 20. 60依1. 53 13. 29依1. 24 4. 96依1. 33
莆田 38. 26依2. 65 25. 73依1. 67 16. 80依1. 24 10. 11依2. 00
青岛 33. 36依5. 60 23. 15依3. 27 14. 89依2. 17 7. 43依3. 09
1. 2. 2摇 菲律宾蛤仔 EST鄄SSR序列的查找
菲律宾蛤仔的 EST 序列来源于 NCBI 的 EST 文库 ( http: / / www. ncbi. nlm. nih. gov / nucest / ? term =
Ruditapes+philippinarum),共获得 5658 个 EST序列。 利用 SSRHunter软件[17],从目标 EST中查找简单重复序
列逸5 bp的微卫星序列。
1. 2. 3摇 PCR扩增与检测
从 Gene Bank的 EST中筛选出 13个蛤仔的 SSR序列,在其核心序列的两侧利用 Primer premier 5. 0[18]设计
PCR引物,其引物序列、微卫星特征、PCR产物大小见表 2。 引物由上海生工合成。 PCR扩增总体积为 25 滋L,其
中模板 DNA 1 滋L,10伊PCR Buffer 2. 5 滋L,Taq酶(5 U / 滋L)0. 2 滋L,上、下游引物(10滋mol / L)各 1 滋L,dNTP混合
物(10mmol / L)0. 5 滋L,Mg2+(25 mmol / L)1. 5 滋L,用 ddH20补足至 25 滋L。 PCR反应程序:94 益预变性 5 min;然
后 94 益变性 1 min;49—58 益退火 1 min;72 益延伸 40 s;30个循环;72 益延伸 10 min;4 益保存。 得到的 PCR产
表 2摇 微卫星标记核心序列、引物序列及其退火温度
Table 2摇 Core sequences, primer sequences and annealing temperatures of microsatellite DNA marker
微卫星位点
Loci
GenBank注册号
Registration No.
引物序列(5忆寅3忆)
Primer Sequence(5忆寅3忆)
核心序列
Core sequence
片段长度 / bp
fragment length
退火温度 Tm
/ 益
Rp鄄01 AM873704
Rp鄄02 AM873695
Rp鄄03 AM873616
Rp鄄04 AM872070
Rp鄄05 AM872674
Rp鄄06 AM877258
Rp鄄07 AM874000
Rp鄄08 AM873997
Rp鄄09 AM875328
Rp鄄10 AM875256
Rp鄄11 AM873203
Rp鄄12 AM875824
Rp鄄13 AM874836
F: 5忆 GTTTATTTACCAACGCTCCT 3忆
R: 5忆 TTCCCATTCACTTTCCAG 3忆
F: 5忆 ACCAGCACCCTTAGCATC 3忆
R: 5忆 ACCAGCACCCTTAGCATC 3忆
F: 5忆 CCGCTGTGAGGAGACCAA 3忆
R: 5忆 CCGCCTATGTGACAAAATGA 3忆
F: 5忆 GATACTGGCTGGACTTCGG 3忆
R: 5忆 GGAGAATCATCGGTGTAGAAA 3忆
F: 5忆 GGATCATAGCGTTGTTTG 3忆
R: 5忆 TAGTATTTCTCCGCCACC 3忆
F: 5忆 TGTCATAGTGGGTTCAGG 3忆
R: 5忆 ATTTCATTTATTGGAGGC 3忆
F: 5忆 TATGGCTGGTTTGGACTG 3忆
R: 5忆 TCCCGTTACACTTACTTTCA 3忆
F: 5忆 AAGGTTTGGCTGTGAGGA 3忆
R: 5忆 TCCCGTTACACTTACTTTCATC 3忆
F: 5忆 TGACAGCACTACAGAAAC 3忆
R: 5忆 AGAGGGCTTATACCTATA 3忆
F: 5忆 TCTCCTGCCTTAACCACA 3忆
R: 5忆 AGTACCGACAGTTTCCAC 3忆
F: 5忆 CAAATGAAGTTGGGAAGT 3忆
R: 5忆 GCCTGGCTAAATAAGTAA 3忆
F: 5忆 TTTATTTACCAACGCTCCT 3忆
R: 5忆 TCCCCTATTTTCCATTCA 3忆
F: 5忆 ACAAGGTGATGTGAGGTG 3忆
R: 5忆 TCTGTCATCAGTGAAGGC 3忆
(AT)5 165—205 51
(ATC)9 218—256 53
(TTG)6 168—203 58
(TGG)5 213—237 49
(AC)5 100—142 54
(TC)5 114—155 52
(AT)7 113—132 51
(AT)7 153—180 54
(TA)5 118—141 52
(TGTA)5 176—219 55
(TA)5 206—246 50
(AT)5 175—208 50
(AT)5 139—168 55
摇 摇 F:上游引物; R:下游引物
2914 摇 生摇 态摇 学摇 报摇 摇 摇 31 卷摇
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物在8%非变性聚丙烯凝胶下电泳,160 V恒压3h。 0. 1%硝酸银染色,用美国UVP凝胶成像系统(BioSpectrum誖
AC Imaging System,USA)成像。
1. 3摇 统计分析
电泳凝胶经美国 UVP 凝胶成像系统成像,结合凝胶电泳分析软件 Gel鄄Pro Analyzer 4. 0 根据标准 Marker
(DL100)读出扩增片段长度的大小,确定个体的基因型。 利用 POPGENE 1. 31软件进行数据处理[19]。 计算 3 个
群体每个标记位点的多态信息含量(Polymorphism information content,PIC) [20],以及各个群体样本的等位基因数
(Na)、有效等位基因数(Ne) [21]、观察杂合度(Ho)和预期杂合度(He) [22]等参数,并计算群体间和群体内的遗传
相似性系数[21]、遗传距离和遗传分化系数。 聚类关系图由 NJ法构建。 具体参数的计算方法如下:
多态信息含量 PIC = 2移
n-1
i = 1
移
n
j = i+1
PiPj(1 - PiPj) (1)
式中, Pi 、 Pj 分别为群体中第 i 、 j个等位基因频率, n为等位基因数。
有效等位基因数 Ne = 1 /移
n
i = 1
Pi 2 (2)
式中, Pi 为该位点上第 i个等位基因的频率。
观察杂合度 Ho = 杂合子观察数 / 观察个体总数 (3)
期望杂合度 He = 1 - 移Pi 2 (4)
式中, Pi 为该位点上第 i个等位基因的频率。
群体间的相似性指数: I = 移(XiYi) / {移 (Xi)2移 (Yi)2}1 / 2 , Xi (5)
式中, Yi 分别为 X和 Y群体第 i个等位基因的频率。
群体间遗传距离 D = - lnI (6)
2摇 结果
2. 1摇 EST鄄SSR标记开发
NCBI中现共有蛤仔 EST序列 5658 个,从中筛选微卫星重复序列逸5 bp的序列 202 个,除了一部分因本身
结构或两端太短不能设计引物外,其余都可以根据微卫星的侧翼序列设计引物。 用 Primer premier5 软件设计引
物 96对,合成 44对。 通过优化 PCR扩增条件,从中筛选出 13 对扩增稳定且条带清晰的引物,筛选结果见表 1。
PCR产物用 8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳区分不同基因型。
2. 2摇 PCR扩增结果
13个微卫星标记在群体中经 PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测后均表现出清晰的片段大小和稳定的多
态性。 部分标记聚丙烯酰胺凝胶电泳结果见图 1。
Rp-03
Rp-08
Rp-11
200
200
300
200
青岛
莆田
大连
图 1摇 微卫星位点 Rp鄄03、Rp鄄08、Rp鄄11在 3个地理群体中的扩增结果
Fig. 1摇 Expansion results of Microsatellite loci Rp鄄03, Rp鄄08, Rp鄄11 in 3 geographic Manila clam population
3914摇 15 期 摇 摇 摇 闫喜武摇 等:菲律宾蛤仔 EST鄄SSRs标记开发及不同地理群体遗传多样性 摇
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2. 3摇 地理群体遗传多样性
对 3个不同地理群体样本 13个微卫星位点进行分析,结果见表 3。 3个群体分别检测到 54、51和 49个等位
基因,每个群体检测到的等位基因不完全一致,每个位点观察到的等位基因数 2—7 个不等。 有效等位基因数在
1. 2331—5. 4568之间,平均值为 2. 7657;观测杂合度在 0—0. 9722 之间,平均值为 0. 3640;无偏期望杂合度在
0郾 1918—0. 9498之间,平均值为 0. 6166;多态信息含量(PIC)在 0. 1778—0. 7922 之间,平均值为 0. 5475,其中
Rp鄄02、Rp鄄03、Rp鄄05、Rp鄄 06、Rp鄄 07、Rp鄄 09、Rp鄄 10、Rp鄄 11、Rp鄄 12 位点的 PIC> 0. 5,为高度多态标记;Rp鄄 01、
Rp鄄04、Rp鄄08、Rp鄄13位点 0. 25表 3摇 蛤仔不同地理群体的遗传多态性及 Hardy鄄Weinberg平衡检验
Table 3摇 Genetic diversity and P鄄values of each Manila clam population
项目 Items Rp鄄01 Rp鄄02 Rp鄄03 Rp鄄04 Rp鄄05 Rp鄄06 Rp鄄07
大连 PIC 0. 5246 0. 6216 0. 5682 0. 5555 0. 4671 0. 6639 0. 5430
Na 3 4 4 3 4 5 4
Ne 2. 3978 3. 1459 2. 7012 2. 7253 2. 2837 3. 4767 2. 4330
Ho 0. 4772 0. 1562 0. 4857 0. 2286 0. 3056 0. 7647 0. 2571
He 0. 5912 0. 6930 0. 6389 0. 6422 0. 5700 0. 7230 0. 5975
P 0. 0026** 0. 0000** 0. 0918 0. 0000** 0. 0216 0. 1241 0. 0000**
莆田 PIC 0. 4486 0. 5792 0. 6667 0. 5585 0. 6212 0. 6883 0. 5432
Na 3 4 4 3 4 5 4
Ne 2. 2249 2. 7735 3. 5354 2. 7042 3. 1695 3. 7617 2. 5547
Ho 0. 1389 0. 1333 0. 5714 0. 3429 0. 4857 0. 6970 0. 3143
He 0. 5583 0. 6503 0. 7275 0. 6393 0. 6944 0. 7455 0. 6174
P 0. 0000** 0. 0000** 0. 4484 0. 0001** 0. 0000** 0. 0018** 0. 0000**
青岛 PIC 0. 1778 0. 4200 0. 7922 0. 3221 0. 5796 0. 5444 0. 6180
Na 3 3 7 3 4 4 4
Ne 1. 2331 2. 0719 5. 4568 1. 5401 2. 8455 2. 6172 3. 0502
Ho 0. 1471 0. 0278 0. 5000 0. 0833 0. 2857 0. 3333 0. 2593
He 0. 1918 0. 5246 0. 8282 0. 3556 0. 6580 0. 6330 0. 6848
P 0. 0000** 0. 0000** 0. 0004** 0. 0000** 0. 0000** 0. 01210 0. 0000**
项目 Items Rp鄄08 Rp鄄09 Rp鄄10 Rp鄄11 Rp鄄12 Rp鄄13 平均值 Mean
大连 PIC 0. 6073 0. 6424 0. 4704 0. 6667 0. 6172 0. 6118 0. 5815
Na 5 4 5 5 4 4 4. 1538
Ne 2. 8555 3. 3149 2. 0109 3. 4839 3. 1380 3. 0566 2. 8479
Ho 0. 2571 0. 1000 0. 6111 0. 5000 0. 9722 0. 5926 0. 4387
He 0. 6592 0. 7102 0. 5098 0. 7230 0. 6906 0. 6855 0. 6488
P 0. 0000** 0. 0000** 0. 5601 0. 0922 0. 0208 0. 1394
莆田 PIC 0. 5885 0. 5326 0. 6860 0. 5271 0. 5806 0. 4351 0. 5737
Na 5 3 5 4 4 3 3. 9231
Ne 2. 7819 2. 5579 3. 7634 2. 5288 2. 7841 2. 0227 2. 8587
Ho 0. 3846 0. 0357 0. 8000 0. 5833 0. 8056 0. 1600 0. 4194
He 0. 6531 0. 6201 0. 7499 0. 6131 0. 9498 0. 5159 0. 6484
P 0. 0009** 0. 0000** 0. 4247 0. 5599 0. 4632 0. 0000**
青岛 PIC 0. 2037 0. 4436 0. 6948 0. 5956 0. 5711 0. 3701 0. 4872
Na 3 3 6 4 3 2 3. 7692
Ne 1. 2731 2. 0317 3. 7674 2. 9965 2. 8299 1. 9621 2. 5904
Ho 0. 1176 0. 0000 0. 8611 0. 1111 0. 1765 0. 1944 0. 2383
He 0. 2177 0. 5161 0. 7449 0. 6757 0. 6563 0. 4973 0. 5526
P 0. 0002** 0. 0000** 0. 8011 0. 0000** 0. 0000** 0. 0002**
摇 摇 Na: 等位基因数 Number of alleles; Ne:有效等位基因数 Number of effective alleles;Ho:观察杂合度 Observed heterozygosity; He:期望杂合度
Expected heterozygosity; P:哈德鄄温格平衡 字2检验,**:P < 0. 01
4914 摇 生摇 态摇 学摇 报摇 摇 摇 31 卷摇
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2. 4摇 Hardy鄄Weinberg平衡的c2检验
应用 POPGEN1. 31数据分析软件,基于马可夫链模型对各群体每个位点 Hardy鄄Weinberg 偏离情况估计,结
果 3个地理群体均表现出不同程度的平衡偏离,仅有 33. 4%的位点未偏离 Hardy鄄Weinberg平衡(表 3)。 对各位
点进行多群体检测发现,3个地理群体在位点 Rp鄄10处处于平衡状态,其他 12个位点均表现处不同程度的偏离。
2. 5摇 群体间遗传变异与分化
计算 3个群体样本之间和群体内的遗传距离和遗传相似性(表 4和表 5)。 莆田群体和大连群体的遗传距离
最近(0. 1108),遗传相似性最高;和青岛群体的遗传距离次之,大连群体和青岛群体的遗传距离最远(0. 4323),
遗传相似性指数最低。 大连、莆田、青岛群体内的遗传距离和遗传相似性分别为 0. 5178 依0. 1328、0. 6930 依
0郾 2708;0. 6592依0. 3291、0. 5426依0. 1572;0. 5480依0. 2759、0. 5986依0. 1496。 通过比较群体间和群体内遗传距离和
遗传相似性可知,遗传距离群体内均大于群体间,遗传相似性群体间小于群体内。
表 4摇 3个地理群体间的遗传距离(下三角)及相似性系数(上三角)
Table 4摇 Genetic distance (below diagonal) and genetic identity (above diagonal) between 3 geographical Manila clam population
地理群体 Population 大连 莆田 青岛
大连 **** 0. 8952 0. 6490
莆田 0. 1108 **** 0. 6998
青岛 0. 4323 0. 3569 ****
表 5摇 3个地理群体内的遗传距离及相似性系数
Table 5摇 Genetic distance and genetic identity within 3 geographical Manila clam population
项目 Item
地理群体 Population
大连 莆田 青岛
遗传距离 Genetic distance 0. 5178依0. 1328 0. 6592依0. 3291 0. 5480依0. 2759
遗传相似性 Genetic identity 0. 6930依0. 2708 0. 5426依0. 1572 0. 5986依0. 1496
根据表 4中的遗传距离数值用 NJ法构建聚类图,青岛群体单独成一支,大连群体和莆田群体先聚合后,再
与青岛群体聚在一起,直观的显示出各群体之间的遗传相似性(图 2)。 这在一定程度上反应了群体间亲缘关系
的远近,该结果与群体之间遗传距离远近相一致。
大连
莆田
青岛
0.15 0.10 0.05 0
图 2摇 菲律宾蛤仔 3个群体的 NJ聚类图
Fig. 2摇 NJ dendrogram among 3 Manila clam populations
应用 POPGENE1. 31 对 3 个群体蛤仔各位点进行
F鄄检验(表 6)。 由 Fis值可知,青岛群体有 1 个位点处于
杂合子过剩状态,莆田群体有 2 个位点处于杂合子过剩
状态,而大连群体有 3个位点处于杂合子过剩状,由此可
见各群体大部分位点均表现出一定程度的杂合子缺失。
位点 Rp鄄09所有群体的 Fis值最高为 0. 9252,而 Rp鄄10最
低为-0. 1525;Rp鄄09 位点的所有群体 Fit值最高,Rp鄄10
的最低。 如所有群体间 Fst值所示(表 6),13个位点中只有 Rp鄄07和 Rp鄄11低于 0. 05,表明 3个地理群体间存在
一定程度的分化。
3摇 讨论
3. 1摇 EST鄄SSR标记的开发
我国已先后对水产动物进行了大量的种质资源评估和研究工作,但是对蛤仔所做的工作不多,从分子水平
进行的研究较少。 挑选出一种合适的分子标记对蛤仔进行种质资源评估对其种质的鉴定和保护都有重要意义。
本实验结果表明:EST鄄SSRs标记可用来评价菲律宾蛤仔的遗传多样性。 Weber[23]认为,只有在双碱基重复序列
重复次数大于 12次时,微卫星标记才有可能表现出较高的多态性信息含量。 当 n逸16 时,可提供的 PIC在 0. 5
以上[24]才可以进行相应的多态性分析。 本研究筛选的微卫星标记碱基重复次数在 5—9 次之间,多态信息含量
5914摇 15 期 摇 摇 摇 闫喜武摇 等:菲律宾蛤仔 EST鄄SSRs标记开发及不同地理群体遗传多样性 摇
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(PIC)在 0. 1778—0. 7922之间,平均值为 0. 5475。 实验结果检测到了丰富的多态位点,这不同于Weber的观点,
造成这种结果的原因可能是由于物种种间遗传结构不同,基因组成差异较大导致的。
表 6摇 菲律宾蛤仔 3个地理群体 13个微卫星位点的 F鄄检验
Table 6摇 F鄄statistics for 3 Manila clam populations on 13 microsatellite loci
微卫星位点
Loci
近交系数 Fis
大连群体 莆田群体 青岛群体
近交系数 Fis
所有群体
All populations
总近交系数 Fit
所有群体
All populations
F鄄统计量 Fst
所有群体
All populations
Rp鄄01 0. 1899 0. 7477 0. 4688 0. 4267 0. 5033 0. 1336
Rp鄄02 0. 7709 0. 7915 0. 9463 0. 8274 0. 8511 0. 1086
Rp鄄03 0. 2288 0. 2032 0. 3878 0. 2803 0. 3395 0. 0803
Rp鄄04 0. 6389 0. 456 0. 7624 0. 5943 0. 6312 0. 0877
Rp鄄05 0. 4564 0. 2904 0. 5595 0. 4317 0. 4779 0. 0806
Rp鄄06 -0. 0735 0. 0507 0. 4606 0. 1305 0. 1678 0. 1029
Rp鄄07 0. 5634 0. 4836 0. 6143 0. 5557 0. 5564 0. 0135
Rp鄄08 0. 6043 0. 3995 0. 4516 0. 4954 0. 6284 0. 2339
Rp鄄09 0. 8568 0. 9414 1. 0000 0. 9252 0. 9308 0. 0692
Rp鄄10 -0. 2157 -0. 0895 -0. 1723 -0. 1525 -0. 0386 0. 0989
Rp鄄11 0. 2987 0. 0351 0. 8332 0. 3979 0. 408 0. 0168
Rp鄄12 -0. 4270 -0. 2571 0. 7271 0. 0074 0. 0469 0. 0533
Rp鄄13 0. 1193 0. 6835 0. 6035 0. 4325 0. 5781 0. 2341
平均值 Mean 0. 3086 0. 3643 0. 5879 0. 3979 0. 4589 0. 1022
3. 2摇 群体的遗传多样性
遗传多样性可衡量生物所携带遗传信息的变异程度,而 DNA是遗传信息的载体,所以 DNA的变化直接反
映了物种遗传变异的程度。 群体的遗传多样性每丧失 10%,就会对其繁育能力、存活率、生长等重要性状产生很
大的负面影响[25]。 群体的遗传多样性主要表现在杂合度和等位基因数两个方面[26]。 杂合度是群体在随机交配
情况下,一个个体的两个等位基因处于杂合状态的概率。 杂合度期望越高,群体的遗传结构越复杂[27]。 本实验
中所得到的各群体平均观测和期望杂合度分别为 0. 2383—0. 4387和 0. 5526—0. 6488,虽然大连群体的平均杂合
度最高,青岛群体最低,但 3个群体之间的差异并不显著(P<0. 05)。 各群体每个位点的杂合度期望值也无明显
差异,说明各群体内遗传结构的复杂程度差别不大。 从等位基因数来看,每个位点的等位基因数位 3—17 个,而
各群体每个位点的等位基因数从 2—7不等,各群体间的差异也不明显;每个位点的有效等位基因数反映了在群
体中起作用的等位基因数目,大连群体较其他群体略高些,差异亦不显著,这与期杂合度的检测结果基本一致。
最大限度地维持种内遗传多样性水平,是持续利用种质资源的前提和基础。 Na、Ho和 He等都是反映群体遗
传多样性的度量,其数值越大,说明基因丰富度越高。 本研究中蛤仔地理群体表现出较高的遗传多样性水平,Na
= 3. 8—4. 2,Ho = 0. 3640,He = 0. 6266。 这与 Yasuda 等[28]报道的蛤仔群体中 Ho = 0. 136—0. 909,He = 0. 553—
0郾 954的结果相差不大。 与常亚青等[29]报道的几个虾夷扇贝群体 Ho =0. 2708—0. 3292,He =0. 3620—0. 4595 的
结果相比,遗传多样性水平较高。 与 Sato 等[30]报道的几个日本虾夷扇贝群体 Ho = 0. 6471—0. 7604,He =
0郾 7011— 0. 7531相比,多态性水平略低。 究其原因,一方面可能是蛤仔与扇贝虽同为贝类,但属于不同种,种质
资源必然存在一定的差异,生存环境的不同,导致不同海区的群体遗传结构的差异;另一方面可能检测方法不
同,实验中所取样本数量有限等也导致实验结果的差异。
3. 3摇 种群间的遗传与分化
本实验的 3个地理群体都保持了一定的多态性水平,群体内和群体间均产生了遗传分化。 3 个群体内均表
现出一定水平的近交,造成不同程度的杂合子缺失,显著的杂合子缺失情况在很多海洋生物中都有报道[30鄄32]。
通过 Hardy鄄Weinberg平衡检验,66. 6%的位点发生显著偏离(P<0. 01),而且在繁殖过程中发生了某些基因位点
的丢失,说明种质资源受到一定程度的破坏。 微卫星 DNA本身的进化是中性的,在一个理想群体中,各等位基
因在群体中的分布频率相对稳定。 由于本研究所用所有 EST序列微卫星位点都来自核基因组中的编码区序列
6914 摇 生摇 态摇 学摇 报摇 摇 摇 31 卷摇
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而非非编码序列,因此这些位点不能肯定是否选择中性,这也可能是造成大部分位点存在偏离的原因之一。 不
管怎样,都应及时采取有效措施保护种质资源,建立种质资源库。
通过构建 3个地理群体的 NJ聚类图可知,青岛群体单独成一支,大连群体和莆田群体先聚合后,再与青岛
群体聚在一起。 莆田群体和大连群体的遗传相似性最大,遗传距离最小(0. 1108),说明两群体间遗传分化较小;
莆田和青岛群体的遗传距离次之;大连群体和青岛群体的遗传相似性指数最小,遗传距离最大(0. 4323),反映出
两群体间遗传分化较大,但二者地理位置却相对较近,未显现出群体间遗传差异大小与其地理分布距离远近呈
正相关。 一方面,对于菲律宾蛤仔而言,由于其生活史要经历幼虫浮游期,在浮游幼虫阶段,基因交流是很广泛
的,存在着一定程度的遗传漂变及基因渐渗[14, 33鄄35]。 另一方面,南方每年土池培育蛤仔苗种高达数千亿粒,几乎
全部运往北方,在北方海区养成。 根据作者的调查,在北方几乎不存在野生种群,即使是野生种群也已经遭到了
不同程度南方苗种的杂交污染,对北方野生群体菲律宾蛤仔的遗传结构产生了一定影响[1]。
3. 4摇 种质资源开发与保护
不同技术方法对蛤仔的种质资源进行分析[36鄄38],其结果都一致表明:到目前为止,我国的菲律宾蛤仔种质资
源现状还保持良好;但是在蛤仔人工增养殖过程中,若不注意亲本选择、累代人工繁殖,可能会导致群体内部基
因杂合度下降、遗传多样性降低等一系列种质退化后遗症的发生。 因此,平时应该注意避免养殖群体的蛤仔对
天然群体的污染,及早建立蛤仔的保护区与原种场,加强对蛤仔的遗传资源的保护与合理的可持续利用。
当前对蛤仔资源分析评估工作还未见报道,只有零星报道其形态、人工育苗和核型等,因此无法将本研究结
果予以对比,以确认蛤仔种质资源现状。 因此采用其他分子标记手段进一步分析其种质资源十分必要。 到目前
为止,随着滩涂养殖规模的不断扩大,野生蛤仔的资源面积不断减少,可能导致资源量以及遗传丰富度下降,所
以从长期效益考虑建议对其加强保护,以保证蛤仔种质资源的可持续利用。
References:
[ 1 ]摇 Zhang G F, Yan X W. Clam Aquaculture Study. Beijing: Science Press, 2010.
[ 2 ]摇 Hu B, Zhou X. Research development on microsatellite DNA. foreign medical sciences:. Section of Clinical Biochemistry and Laboratory Medicine,
2000, 21(2): 88鄄90.
[ 3 ]摇 Shan X, Wang X L, Qiu X M. Molecular genetic markers and their application in marine animal genetics. Letters in Biotechnology, 2005, 16(4):
463鄄466.
[ 4 ]摇 Wan J F. The Application of Molecular Markers in Genetic Breeding of Abalone and Scallop . Qingdao: Ocean University of China, 2003.
[ 5 ]摇 Li J J. Isolation and Characterization of Microsatellite Markers in two Species of Bivalve and Sea Urchin Strongylocentrotus nudus . Qingdao: Ocean
University of China, 2008.
[ 6 ]摇 Hedgecock D, Hubert S, Li G. A genetic linkage map of 100 microsatellite markers for the Pacific oyster Crassostrea gigas. Journal of Shellfish
Research, 2002, 21(1): 381鄄381.
[ 7 ]摇 Zhao C. Population Genetic Studies in Zhikong Scallop (Chlamys farreri) and Xishishe Clam (Coelomactra antiquata). Qingdao: Ocean University of
China, 2008.
[ 8 ]摇 An H S, Park J Y. Lee Y G, Lee D S, Lee C. Ten polymorphic microsatellite loci in the giant scallop (Mizuhopecten yessoensis). Molecular Ecology
Notes, 2005, 5(4): 806鄄808.
[ 9 ]摇 Sugiyama M, Suzuki Y, Abe N, Masaki T, Mori T, Atomi Y. Endoscopic retreatment of recurrent choledocholithiasis after sphincterotomy. Gut,
2004, 53(12): 1856鄄1859.
[10]摇 Sekino M, Hamaguchi M, Aranishi F, Okoshi K. Development of novel microsatellite DNA markers from the Pacific oyster Crassostrea gigas. Marine
Biotechnology, 2003, 5(3): 227鄄233.
[11]摇 Sodhi M, Mukesh M, Mishra B P, Mitkari K R, Prakash B, Ahlawat S P. Evaluation of genetic differentiation in Bos indicus cattle breeds from
Marathwada region of India using microsatellite polymorphism. Animal Biotechnology, 2005, 16(2): 127鄄137.
[12]摇 Domingo鄄Roura X, L佼pez鄄Gir佗ldez F, Saeki M, Marmi J. Phylogenetic inference and comparative evolution of a complex microsatellite and its flanking
regions in carnivores. Genetical Research, 2005, 85(3): 223鄄233.
[13]摇 Cruz P, Ibarra A M, Mejia鄄Ruiz H, Gaffney P M, P佴rez鄄Enr侏quez R. Genetic variability assessed by microsatellites in a breeding program of Pacific
white shrimp (Litopenaeus vannamei). Marine Biotechnology, 2004, 6(2): 157鄄164.
[14] 摇 Kanno M, Li Q, Kijima A. Isolation and characterization of twenty microsatellite loci in Japanese sea cucumber (Stichopus japonicus). Marine
Biotechnology, 2005, 7(3): 179鄄183.
[15]摇 Narasimhamoorthy B, Gill B S, Fritz A K, Nelson J C, Brown鄄Guedira G L. Advanced backcross QTL analysis of a hard winter wheat 伊 synthetic
wheat population. Tag Theoretical and Applied Genetics, 2006, 112(5): 787鄄796.
7914摇 15 期 摇 摇 摇 闫喜武摇 等:菲律宾蛤仔 EST鄄SSRs标记开发及不同地理群体遗传多样性 摇
http: / / www. ecologica. cn
[16]摇 Wang Z Y, Tsoi K H, Chu K H. Applications of AFLP technology in genetic and phylogenetic analysis of penaeid shrimp. Biochemical Systematics
and Ecology, 2004, 32(4): 399鄄407.
[17]摇 Li Q, Wan J M. SSRHunter: development of a local searching software for SSR sites. Hereditas, 2005, 27(5): 808鄄810.
[18]摇 Lalitha S. Biotech Software and Internet Report, 2000: 270鄄272.
[19]摇 Yeh F C, Yang R C, Boyle T B J, Ye Z H, Mao J X. POPGENE: the User鄄friendly Shareware for Population Genetic Analysis. Molecular and
Biotechnology Center, Edmonton: University of Alberta, 1997.
[20]摇 Botstein D, White R L, Skolnick M, Davis R W. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms.
American Journal of Animal Genetics, 1980, 32(3): 314鄄331.
[21]摇 Kimura M, Crow J F. the number of alleles that can be maintained in a finite population. Genetics, 1964, 49(4): 725鄄738.
[22]摇 Nei M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics, 1978, 89(3): 583鄄590.
[23]摇 Weber J L. Informativeness of human (dC鄄dA) n·(dG鄄dT) n polymorphisms. Genomics, 1990, 7(4): 524鄄530.
[24]摇 Ort侏 G, Pearse D E, Avise J C. Phylogenetic assessment of length variation at a microsatellite locus. Proceedings of the National Academy of Science
of the United States of America, 1997, 94(20): 10745鄄10749.
[25]摇 Allendorf F W, Ryman N. Genetic management of hatchery stocks椅Ryman N, Utter F, eds. Population Genetics and Fishery Management. Seattle:
University of Washington Press, 1987: 141鄄159.
[26]摇 Senanan W, Kapuscinski A R, Na鄄Nakorn U, Miller L M. Genetic impacts of hybrid catfish farming (Clarias macrocephalus 伊 C. gariepinus) on
native catfish populations in central Thailand. Aquaculture, 2004, 235(1 / 4): 167鄄184.
[27]摇 Yang M S, Hertel H, Schneck V. Genetic diversity and population structure of Robinia pseudoacacia provenances from middle Europe. Acta Ecologica
Sinica, 2004, 24(12): 2700鄄2706.
[28]摇 Yasuda N, Nagai S, Yamaguchi S, Lian C L, Hamaguchi M. Development of microsatellite markers for the Manila clam Ruditapes philippinarum.
Molecular Ecology Notes, 2007, 7(1): 43鄄45.
[29]摇 Chang Y Q, Chen X X, Ding J, Cao X B, Li R L, Sun X W. Genetic diversity in five scallop populations of the Japanese scallop (Patinopecten
yessoensis). Acta Ecologica Sinica, 2007, 27(3): 1145鄄1152.
[30]摇 Sato M, Kawamata K, Zaslavskaya N, Nakamura A, Ohta T, Nishikiori T, Brykov V, Nagashima K. Development of microsatellite markers for
Japanese scallop (Mizuhopecten yessoensis) and their application to a population genetic study. Marine Biotechnology, 2005, 7(6): 713鄄728.
[31]摇 Addison J A, Hart M W. Analysis of population genetic structure of the green sea urchin (Strongylocentrotus droebachiensis) using microsatellites.
Marine Biology, 2004, 144(2): 243鄄251.
[32]摇 Valles鄄Jimenez R, Cruz P, Perez鄄Enriquez R. Population genetic structure of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei) from Mexico to Panama:
microsatellite DNA variation. Marine Biotechnology, 2004, 6(5): 475鄄484.
[33]摇 Wang Z S, An SQ, Leng X, Ding F M, Zheng J W, Zhao L. Population genetic diversity of the insular plant Neolitsea sericea based on random
amplified polymorphic DNA (RAPD). Acta Ecologica Sinica, 2004, 24(3): 414鄄422.
[34]摇 Li G, Hubert S, Bucklin K, Ribes V, Hedgecock D. Characterization of 79 microsatellite DNA markers in the Pacific oyster Crassostrea gigas.
Molecular Ecology Notes, 2003, 3(2): 228鄄232.
[35]摇 Elfstrom C M, Smith C T, Jones K C, Seeb J E. Characterization of 16 polymorphic microsatellite loci in weathervane scallop Patinopecten caurinus.
Molecular Ecology Notes, 2005, 5(3): 514鄄516.
[36]摇 Li X G, Xu G P, Yan B L, Yang J X, Zhao Y J, Xu J R, Xu P. Biochemical genetic structure and variation in different populations of Ruditapes
philippinarum. Marine Sciences, 2009, 33(4): 61鄄65.
[37]摇 Liu X Q, Bao Z M, Hu J J, Wang S, Zhan A B, Liu H, Fang J G, Wang R C. AFLP analysis revealed differences in genetic diversity of four natural
populations of Manila clam (Ruditapes philippinarum) in China. Acta Oceanologica Sinica, 2007, 26(1): 150鄄158.
[38]摇 Lu S M, Bao Z M, Zhang L L, Meng Q L, Hu J J, Hu X L, Liu H, Fang J G. Physical mapping of reiterated gene families 28S rRNA and histone H3
DNA in Manila Clam (Ruditapes philippinarum). Chinese High Technology Letters, 2007, 17(9): 974鄄978.
参考文献:
[ 1 ]摇 张国范, 闫喜武. 蛤仔养殖学. 北京: 科学出版社, 2010.
[ 2 ]摇 胡波, 周新. 微卫星 DNA的研究概况. 国外医学: 临床生物化学与检验学分册, 2000, 21(2): 88鄄90.
[ 3 ]摇 单雪, 王秀利, 仇雪梅. 分子标记及其在海洋动物遗传研究中的应用. 生物技术通讯, 2005, 16(4): 463鄄466.
[ 4 ]摇 万俊芬. 鲍与扇贝遗传育种中的分子标记研究. 青岛: 中国海洋大学, 2003.
[ 5 ]摇 李晶晶. 两种双壳贝类和光棘球海胆微卫星标记的分离及特性研究. 青岛: 中国海洋大学, 2008.
[ 7 ]摇 赵翠. 栉孔扇贝与西施舌的群体遗传学研究. 青岛: 中国海洋大学, 2008.
[29]摇 常亚青, 陈晓霞, 丁君, 曹学彬, 李润玲, 孙效文. 虾夷扇贝 (Patinopecten yessoensis) 5 个群体的遗传多样性. 生态学报, 2007, 27(3):
1145鄄1152.
[33]摇 王中生, 安树青, 冷欣, 丁方明, 郑建伟, 赵琳. 岛屿植物舟山新木姜子居群遗传多样性的 RAPD分析. 生态学报, 2004, 24(3): 414鄄422.
[36]摇 李旭光, 许广平,阎斌伦,杨家新,赵艳景,徐建荣,许璞. 菲律宾蛤仔不同地理群体生化遗传结构与变异的研究. 海洋科学, 2009, 33(4):
61鄄65.
[38]摇 卢素敏, 包振民, 张玲玲, 孟庆磊, 胡景杰, 胡晓丽, 刘慧, 方建光. 菲律宾蛤仔重复序列 28S rRNA及组蛋白 H3基因的染色体定位. 高技
术通讯, 2007, 17(9): 974鄄978.
8914 摇 生摇 态摇 学摇 报摇 摇 摇 31 卷摇
ACTA ECOLOGICA SINICA Vol. 31,No. 15 August,2011(Semimonthly)
CONTENTS
Trophic group responses of ground arthropods to land鄄cover change and management disturbance
LI Fengrui, LIU Jiliang, HUA Wei,et al (4169)
………………………………………
……………………………………………………………………………………
Construction and comparative analysis of enriched microsatellite library from Liposcelis bostrychophila and L. entomophila genome
WEI Dandan, YUAN Minglong, WANG Baojun, et al (4182)
……
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Development of EST鄄SSRs markers and analysis of genetic diversities among different geographical populations of Manila clam
Ruditapes philippinarum YAN Xiwu, YU Zhifei, QIN Yanjie, et al (4190)………………………………………………………
Genetic diversity of different generations of the Dalian population of Manila clam Ruditapes philippinarum through selective breeding
YU Zhifei, YAN Xiwu, YANG Fei, et al (4199)
…
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Comparative study of spike differentiation in wheat in the glasshouse and field
JIANG Lina, ZHAO Yanling, SHAO Yun, et al (4207)
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Effects of organic fertilizer on growth and endogenous hormone contents of wheat seedlings under salt stres
LIU Haiying, CUI Changhai, ZHAO Qian, et al (4215)
……………………………
……………………………………………………………………………
Impacts of climatic change on spring wheat growth in a semi鄄arid region of the Loess Plateau: a case study in Dingxi, Gansu
Province YAO Yubi, WANG Runyuan,YANG Jinhu,et al (4225)…………………………………………………………………
Dynamic changes in nitrogen and phosphorus concentrations and emission鄄reduction potentials in paddy field water under different
tillage models FENG Guolu, YANG Renbin (4235)………………………………………………………………………………
Effects of planting and straw returning of transgenic Bt maize on soil enzyme activities under field condition
YAN Shilei, ZHAO Lei, SUN Hongwei, et al (4244)
…………………………
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Effects of short鄄term flooding on Geobacteraceae spp. and Anaeromyxobacter spp. abundance in paddy soil
ZHU Chao, Stefan Ratering, QU Dong, et al (4251)
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Adaptative adjustments of the sowing date of late season rice under climate change in Guangdong Province
WANG Hua,CHEN Xinguang,HU Fei,et al (4261)
……………………………
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Carbon and nitrogen sequestration rate in long鄄term fenced grasslands in Inner Mongolia, China
HE Nianpeng, HAN Xingguo, YU Guirui (4270)
………………………………………
…………………………………………………………………………………
Ecosystems carbon storage and carbon sequestration potential of two main tree species for the Grain for Green Project on China忆s
hilly Loess Plateau LIU Yingchun, WANG Qiufeng,YU Guirui, et al (4277)……………………………………………………
Wettability on plant leaf surfaces and its ecological significance SHI Hui, WANG Huixia, LI Yangyang (4287)……………………
Seasonal dynamics of litter accumulation in major forest communities on the northern slope of Changbai Mountain, Northeast China
ZHENG Jinping,GUO Zhongling,XU Chengyang,et al (4299)
………
………………………………………………………………………
A comparative study of seed germination traits of 52 species from Gurbantunggut Desert and its peripheral zone
LIU Huiliang, SONG Mingfang, DUAN Shimin, et al (4308)
………………………
………………………………………………………………………
The reproductive ecological characteristics of Sinosenecio jishouensis (Compositae) and its endangerment mechanisms
DENG Tao, CHEN Gongxi, ZHANG Daigui, et al (4318)
………………
…………………………………………………………………………
Iterative algorithm for analyzing the influence of the proportion of permanently destroyed sites on the equilibrium abundances of
species SHI Peijian,GE Feng,YANG Qingpei (4327)……………………………………………………………………………
Physiological mechanism of foliage spraying paclobutrazol on increasing salt tolerance of Jatropha curcas seedlings
MAO Yiqing, ZHENG Qingsong, CHEN Jianmiao, et al (4334)
……………………
…………………………………………………………………
Spatial ecological niche of main insect borers in larch of Aershan YUAN Fei,LUO Youqing,SHI Juan,et al (4342)…………………
Source areas and landing mechanism of early immigration of white鄄backed planthoppers Sogatella furcifera (Horv佗th) in Yunnan,
2009 SHEN Huimei, L譈 Jianping, ZHOU Jinyu , et al (4350)…………………………………………………………………
Life history and the evolutionary significance of egg diapause in Changsha population of the rice grasshopper, Oxya chinensis
(Orthoptera: Catantopidae) ZHU Daohong, ZHANG Chao, TAN Ronghe (4365)…………………………………………………
Relationships between main insect pests and their predatory natural enemies in “518冶 nectarine orchard
SHI Xiaoli,BI Shoudong,GENG Jiguang,et al (4372)
……………………………
………………………………………………………………………………
Dynamics of soil meso鄄 and microfauna communities in Zoig俸 alpine meadows on the eastern edge of Qinghai鄄Tibet Plateau, China
ZHANG Hongzhi, WU Pengfei, YANG Daxing, et al (4385)
………
………………………………………………………………………
Seasonal changes in waterbirds population and movements of Great Black鄄headed Gull Larus ichthyaetus at Keluke Lake of Qinghai,
China ZHANG Guogang, LIU Dongping, HOU Yunqiu, et al (4398)……………………………………………………………
Predictions of net carbon emissions based on the emissions and forest carbon sinks in Yunnan Province
LIU Huiya, WANG Zheng, MA Xiaozhe (4405)
………………………………
……………………………………………………………………………………
Ecological water depletion by human use in Beijing City BAI Yinglan, WANG Rusong, YAO Liang (4415)…………………………
Review and Monograph
Research progress on regulation mechanism for the process of water transport in plants
YANG Qiliang, ZHANG Fucang, LIU Xiaogang, et al (4427)
…………………………………………………
……………………………………………………………………
Antibiotics in environmental matrices and their effects on microbial ecosystems YU Shen, WANG Min, HONG Youwei (4437)……
Anaerobic ammonium oxidation in natural ecosystems SHEN Lidong, ZHENG Ping, HU Baolan (4447)………………………………
Scientific Note
Ecological characteristics of macrobenthic communities and their relation to water environmental factors in four bays of southern
Shandong Peninsula ZHANG Ying, L譈 Zhenbo, XU Zongfa, et al (4455)………………………………………………………
Seasonal succession of crustacean zooplankton in relation to the major environmental factors in Lake Ulungur, Xinjiang
YANG Lili,ZHOU Xiaoyu,LIU Qigen,et al (4468)
……………
…………………………………………………………………………………
Effect of different fertilization and irrigation practices on soil ammonia volatilization of Arecanut (Areca catechu L. )
LU Lilan, GAN Bingchun, XU Minghui, et al (4477)
………………
…………………………………………………………………
2009 年度生物学科总被引频次和影响因子前 10 名期刊绎
(源于 2010 年版 CSTPCD数据库)
排序
Order
期刊
Journal
总被引频次
Total citation
排序
Order
期刊
Journal
影响因子
Impact factor
1 生态学报 11764
2 应用生态学报 9430
3 植物生态学报 4384
4 西北植物学报 4177
5 生态学杂志 4048
6 植物生理学通讯 3362
7
JOURNAL OF INTEGRATIVE
PLANT BIOLOGY
3327
8 MOLECULAR PLANT 1788
9 水生生物学报 1773
10 遗传学报 1667
1 生态学报 1. 812
2 植物生态学报 1. 771
3 应用生态学报 1. 733
4 生物多样性 1. 553
5 生态学杂志 1. 396
6 西北植物学报 0. 986
7 兽类学报 0. 894
8 CELL RESEARCH 0. 873
9 植物学报 0. 841
10 植物研究 0. 809
摇 绎《生态学报》 2009 年在核心版的 1964 种科技期刊排序中总被引频次 11764 次,全国排名第 1; 影响因
子 1郾 812,全国排名第 14;第 1—9 届连续 9 年入围中国百种杰出学术期刊; 中国精品科技期刊
摇 摇 编辑部主任摇 孔红梅摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 执行编辑摇 刘天星摇 段摇 靖
生摇 态摇 学摇 报
(SHENGTAI摇 XUEBAO)
(半月刊摇 1981 年 3 月创刊)
第 31 卷摇 第 15 期摇 (2011 年 8 月)
ACTA ECOLOGICA SINICA
摇
(Semimonthly,Started in 1981)
摇
Vol郾 31摇 No郾 15摇 2011
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