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MSAP ANALYSIS OF EPIGENETIC CHANGES IN Dendrobium huoshanense
UNDER PEG SIMULATED DROUGHT STRESS

PEG模拟干旱胁迫对石斛DNA表观遗传变化的MSAP分析



全 文 :核 农 学 报 2011,25(2):0363 ~ 0368
Journal of Nuclear Agricultural Sciences
收稿日期:2010-12-14 接受日期:2010-06-16
基金项目:安徽省自然科学基金青年基金项目(10040606Q22),安徽省高等学校优秀青年人才基金项目(2011SQRL053),安徽省教育厅重点自然
科学项目(KJ2011A109),校稳定人才基金项目(yj2008-27),校长青年基金项目,安徽省中药材产业体系
作者简介:樊洪泓(1980-),女,安徽合肥人,博士,研究方向为药用植物生物技术。Tel: 0551-5786216;E-mail:fhh717@ yahoo. com. cn
通讯作者:林 毅(1957-),男,安徽金寨人,教授,博士生导师,研究方向为植物分子生物学。Tel:0551-5786406;E-mail:yjsc01@ ahau. edu. cn
文章编号:1000-8551(2011)02-0363-06
PEG模拟干旱胁迫对石斛 DNA表观遗传
变化的 MSAP分析
樊洪泓1 李廷春1,2 李正鹏1,3 林 毅1 蔡永萍1 金 青1
(1. 安徽农业大学生命科学学院,安徽 合肥 230036;2. 安徽省农业科学研究院,安徽 合肥 230031;
3. 安徽科技学院,安徽 凤阳 233100)
摘 要:利用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术,研究
不同聚乙二醇(PEG-6000)处理浓度下霍山石斛基因组 DNA 的甲基化水平和变化模式。结果表明:经
5%、10%和 15% PEG-6000 处理的霍山石斛 DNA 甲基化比率分别为 34. 7%、32. 9%和 30. 4%,均低于
对照的 37. 2%,且甲基化水平与 PEG-6000 处理浓度呈显著负相关(r = - 0. 998)。与对照相比,5%、
10%和 15% PEG-6000 胁迫下霍山石斛基因组 DNA 发生甲基化变化的位点比例为 12. 02%、12. 50%和
15. 53%,去甲基化位点比例为 8. 39%、8. 55% 和 8. 45%;发生 DNA 的甲基化和去甲基化位点之比、
DNA 甲基化多态性均随着干旱胁迫的增强而逐步提高。
关键词:霍山石斛;甲基化敏感扩增多态性;干旱胁迫;DNA 甲基化
MSAP ANALYSIS OF EPIGENETIC CHANGES IN Dendrobium huoshanense
UNDER PEG SIMULATED DROUGHT STRESS
FAN Hong-hong1 LI Ting-chun1,2 LI Zheng-peng LIN Yi1 CAI Yong-ping1 JIN Qing1
(1. School of Life Sciences,Anhui Agriculture University,Hefei,Anhui 230036;
2. Anhui Academy of Agricultural Sciences,Hefei ,Anhui 230031;
3. Anhui Science and Technology University,Fengyang ,Anhui 233100)
Abstract:The methylation-sensitive amplified polymorphism (MSAP) techniques were used to assess genetic and
epigenetic variations of Dendrobium huoshanense under drought stress. Results showed that the level of global DNA
methylation decreased with increasing of PEG-6000 concentrations. When the tube seedlings were treated with 5%,
10%,15% of PEG-6000,the levels of DNA methylation dropped to 34. 7%,32. 9% and 30. 4%,respectively,
compared with that for the control group (37. 2%). There was a significantly negative correlation (r = - 0. 998)
between PEG-6000 and DNA methylation. In contrast with the control,under stress of 5%,10% and 15% PEG-6000,
methylation and demethylation of DNA were 12. 02%,12. 50%,15. 53% and 8. 39%,8. 55%,8. 45%,respectively.
The ratios of DNA methylation and demethylation, the polymorphism of DNA methylation increased gradually,
accompanied with the enhancement of drought stress.
Key words:Dendrobium huoshanense;MSAP;drought stress;DNA methylation
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核 农 学 报 25 卷
DNA 甲基化是一种常见的表观遗传修饰,它并不
改变碱基的排列顺序,但是阻断了遗传信息的传递,
从而引起形态性状的变化,是现代表观遗传学研究的
主要内容和热点之一[1]。在原核生物中,DNA 甲基化
能对 DNA 进行修复和自我 DNA 的保护;在植物中则
可调控基因表达,进而调控植物的生长发育,并在植物
抵御逆境方面起着重要作用[2]。
DNA 甲基化敏感扩增多态性(methylation sensiitve
amplified polymorphism,MSAP)技术是近年来检测植
物基因组 DNA 甲基化水平和模式的重要方法,该方法
将 AFLP 分析和使用甲基敏感性限制性内切酶结合起
来,以对甲基化敏感的酶 HapII 和 MspI 代替 MseI 作
为高频内切酶,以 EcoRI 为低频内切酶进行反应,能
够检测在 DNA 序列没有发生变化的情况下基因组
DNA 的甲基化修饰水平[3,4]。MSAP 技术具有多态性
高、引物设计简单、无需预知 DNA 序列等优点,可以对
全基因组范围内胞嘧啶甲基化程度进行分析,并且能
够检测 DNA 片段特异性位点甲基化的状态。利用该
技术,前人研究了多种植物在盐、重金属、干旱、低温胁
迫、病原物侵染等逆境条件下的 DNA 甲基化水平,发
现在逆境条件下 DNA 甲基化的程度和状态均会发生
改变[5 ~ 10]。
霍山石斛(Dendrobium huoshanense C. Z. Tang et
S. J . Cheng)是兰科多年生附生草本植物,国家重点
保护的名贵药用植物,为中药石斛中的上品,多分布在
300 ~ 700m 的低山区、河边山谷旁的悬崖上,及阴凉湿
润透风的环境中,目前野生植株数量极少,一直是价
值昂贵的紧缺药材。已有研究表明霍山石斛的生长与
降水量相关,适宜的降水是其生长的必要条件[11]。但
是石斛的生长环境土层浅薄不连续,岩石透性强,土体
中持水量较低,临时性干旱出现频繁[12 ],严重缺水时
石斛叶片落尽,裸茎渡过不良环境到温暖季节才能萌
发枝叶。持续严重的干旱生长环境条件会限制霍山石
斛的连续生长,影响其产量。近年来,植物抗旱性分子
机制的研究多集中于农作物和经济作物[9,10 ],而有关
药用植物石斛的相关研究报道较少[13]。本研究采用
MSAP 技术检测聚乙二醇(PEG6000)模拟干旱胁迫下
霍山石斛基因组 DNA 甲基化水平和状态的变化及规
律,为从 DNA 水平上揭示药用植物对干旱胁迫响应的
机制提供依据。
1 材料与方法
1. 1 植物材料培育与干旱胁迫处理
霍山石斛成熟蒴果取自安徽省霍山县石斛繁殖基
地,将取回的成熟蒴果流水冲洗干净,滤纸吸干表面水
分,在 75%乙醇中浸泡 15s,无菌水冲洗 4 ~ 5 次。在
无菌条件下切开蒴果,将种子撒播于诱导培养基表面。
培养条件为光照强度 100μmol /m2· s,光照时间 12h /
d,温度 25℃ ± 1℃。4 周后,将已经分化的丛生芽转入
继代培养基培养,以 40d 为继代周期。继代培养 5 代
后,从中选取长势均一的试管苗作为试验材料。
将选取的试管苗转入 MS 液体培养基中,作为对
照,然后在对照的基础上再设置 3 个处理:处理 1,含
5% PEG-6000 的 MS 液体培养基;处理 2,含 10%
PEG-6000 的 MS 液体培养基;处理 3,含 15% PEG-
6000 的 MS 液体培养基。每个处理 5 瓶,3 次重复。
处理 7d 后,取对照及不同处理的叶片进行 DNA 的提
取与 MSAP 分析。
1. 2 基因组 DNA 的提取
以改良 CTAB 法提取 DNA[14],DNA 溶于 TE 缓冲
液后加入 RNA 酶(10mg /mL)去除 RNA,纯化后的
DNA 质量和浓度采用 0. 8%琼脂糖凝胶电泳和紫外分
光光度计(Hitachi U2900)进行检测,于 - 20℃冰箱中
保存备用。
1. 3 MSAP 分析及聚丙烯酰胺凝胶电泳
甲基化敏感扩增多态性(MSAP)试验步骤主要参
照 Xiong[15]等报道的方法并略作修改,双酶切组合为
EcoRⅠ /MspⅠ和 EcoRⅠ /HpaⅡ,接头和预扩增引物序
列见表 1。预备试验结果显示(未列出)重复间带型无
明显差异,因此将 3 个重复的 DNA 样品等量混合进行
下列试验。
酶切反应体系(20μl)为:500ng 模板 DNA,5U
EcoRⅠ,10U HpaⅡ(或 MspⅠ),2μl 10 × T buffer
(330mmol /L Tris-Ac, pH 7. 9, 100mmol /L MgAc,
660mmol /L KAc,5mmol /L DTT),2μl 0. 1% BSA。反
应混合液在 37℃保温 4h,然后 65℃灭活 10min,备用。
向上述反应液中,加入连接反应体系(20μl):350
U T4 DNA 连接酶(TaKaRa),5pmol EcoRⅠ接头,
50pmol HpaⅡ / MspⅠ接头,2μl 10 × T4 DNA Ligase
Buffer。16℃连接过夜,产物稀释 10 倍后备用。
预扩增反应体系 25μl,包括酶连产物稀释液 3μl,
10 × PCR Buffer 2. 5μl,10mmol·L - 1 dNTPs 0. 5 μl,预
扩增引物 E0 和 H0(表 1)各 10μmol,1U Taq DNA 聚
合酶。以 94℃ 30 s,56℃ 1min,72℃ 1min 循环 20 次。
扩增产物稀释 20 倍备用。除引物 3′末端添加 2 个选
择性碱基外,选择性扩增反应体系同预扩增体系。
PCR 程序为 94℃ 30s,65℃ (每个循环下降 0. 7℃)
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2 期 PEG 模拟干旱胁迫对石斛 DNA 表观遗传变化的 MSAP 分析
30s,72℃ 1min,共 12 个循环,接着 94℃ 30s,56℃
30s,72℃ 1min,25 个循环。变性后的产物采用 6%聚
丙烯酰胺凝胶电泳,电泳后银染显色,银染方法参照
Sanguinetti 法[16]。
1. 4 数据分析
采用 Excel 分析数据。
表 1 用于 MSAP 分析的接头和引物序列
Table 1 Sequences of adaptors and primers used for MSAP analysis
接头与引物
adaptor and primer
序列 sequence
EcoR I (E) Hpa II /Msp I (H)
接头
adaptor
5′-CTCGTAGACTGCGTACC-3′
3′-CTGACGCATGGTTAA-5′
5′-GATCATGAGTCCTGCT-3′
3′-AGTACTCAGGACGAGC-5′
预扩增引物
pre-amplification primer
5′-GACTGCGTACCAATTCA-3′ (E0) 5′-ATCATGAGTCCTGCTCGGT-3′(H0)
选择性扩增引物
selective-amplification primer
5′-GACTGCGTACCAATTCACA-3′(E1)
5′-GACTGCGTACCAATTCAAC-3′(E2)
5′-GACTGCGTACCAATTCAAG-3′(E3)
5′-GACTGCGTACCAATTCACT-3′(E4)
5′-GACTGCGTACCAATTCACG-3′(E5)
5′-GACTGCGTACCAATTCACC-3′(E6)
5′-ATCATGAGTCCTGCTCGGTCA-3′(H1)
5′-ATCATGAGTCCTGCTCGGTCAC-3′(H2)
5′-ATCATGAGTCCTGCTCGGTCAA-3′(H3)
5′-ATCATGAGTCCTGCTCGGTTC-3′(H4)
2 结果与分析
2. 1 干旱胁迫对霍山石斛 DNA 甲基化水平变化的
影响
同裂酶 MspⅠ和 HpaⅡ识别并切割 5′-CCGG 序
列,扩增出来的每条酶切片段,不论是 MspⅠ还是 Hpa
Ⅱ与 EcoRⅠ的酶切组合,都代表一个 5′-CCGG 的识
别位点。由于二者对该位点胞嘧啶甲基化的反应不
同,经 PCR 反应扩增出多态性片段就反映出该位点
的甲基化状态及程度。MspⅠ能切割无甲基化和内甲
基化位点而不能切割外甲基化位点;HpaⅡ能切割无
甲基化和单链甲基化(双链中只有一条链甲基化)而
不能切割双链甲基化[17]。因而同一 DNA 分别用 Hpa
Ⅱ和 MspⅠ酶切后进行选择性扩增,在聚丙烯酰胺凝
胶电泳分析胶上能检测出 3 种甲基化类型(图 1):Ⅰ
型,都有带,代表该位点无甲基化或为单链内甲基化;
Ⅱ型,HpaⅡ有带而 MspⅠ无带,代表该位点为单链外
甲基化,即半甲基化;Ⅲ型,HpaⅡ无带而 MspⅠ有带,
代表该位点为双链内甲基化,即全甲基化。
为检测霍山石斛在响应干旱胁迫过程中 DNA 甲
基化水平的变化,利用 24 个不同的引物组合(表 1)对
对照和 PEG 处理的霍山石斛 DNA 样品进行 MSAP 分
析。结果显示,对照及 5%、10% 和 15% PEG 处理组
DNA 的甲基化图谱中总扩增位点数分别为 471、441、
456 和 438(表 2)。其中,甲基化条带比率 (扩增的总
甲基化位点数占总扩增位点数的比率)分别为
37. 2%、34. 7%、32. 9%和 30. 4%;而全甲基化(即双
表 2 不同浓度 PEG 处理对石斛幼苗基因组
DNA 甲基化水平的影响
Table 2 Effects of different PEG concentrations
on the levels of genomic DNA methylation in
Dendrobium huoshanense
MSAP 扩增带谱类型
MSAP band types
PEG 处理
treatment with PEG
5% 10% 15%
CK
Ⅰ 288 306 305 296
Ⅱ 45 50 46 52
Ⅲ 108 100 87 123
扩增条带总数 Total amplified bands 441 456 438 471
甲基化条带总数 Total methylated bands 153 150 133 175
甲基化条带比率 MSAP (%) 34. 7 32. 9 30. 4 37. 2
全甲基化条带百分比
Full methylation ratio (%)
24. 5 21. 9 19. 9 26. 1
注:Ⅰ:无甲基化,Ⅱ:半甲基化,Ⅲ:全甲基化;总扩增带数 = I + II
+ III;总甲基化带数 = II + III;全甲基化比率 = 类型 III /总扩增带数;
MSAP =总甲基化带数 /总扩增带数。
Note:Ⅰbelts were present in both EcoRI / HpaII and EcoRI / MspI
digestion combination. Ⅱ belts were present only in EcoRI / HpaII. Ⅲ belts
were present only in EcoRI / MspI. total amplified bands = Ⅰ + Ⅱ + Ⅲ,
total methylated bands =Ⅱ +Ⅲ,Fully methylated loci ratio(%)=Ⅲ /(Ⅰ
+Ⅱ +Ⅲ)* 100%,MSAP(%)=(Ⅱ +Ⅲ)/(Ⅰ +Ⅱ +Ⅲ)* 100% .
链甲基化)的带数分别为 123、108、100 和 87,全甲基
化条 带 百 分 比 分 别 为 26. 1%、24. 5%、21. 9% 和
19. 9%。从不同处理的甲基化条带比率和全甲基化条
带百分比的变化可以看出,3 种不同浓度的 PEG 干旱
胁迫处理能导致石斛基因组 DNA 胞嘧啶甲基化水平
的降低而且全甲基化率高于半甲基化率。另外,随着
PEG 处理浓度的升高,石斛基因组 DNA 甲基化水平呈
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图 1 霍山石斛基因组甲基化敏感扩增多态性分析
Fig. 1 DNA methylation-sensitive amplified polymorphism (MSAP)of Dendrobium huoshanens
1:5% PEG,2:10% PEG,3:15% PEG
H:Hpa II /EcoR I 酶切;M:Msp I /EcoR I 酶切
H:digestion with Hpa II /EcoR I;M:denotes digestion with Msp I /EcoR I
图 2 PEG 处理与对照之间霍山石斛基因组的 MSAP 结果
Fig. 2 Profiles of MSAP between control and PEG treatments
H 和 M:对照组的 MSAP 带型;H’和 M’:处理组的 MSAP 带型。A、B、C 所示带型见表 3。
Lanes H and M are MSAP patterns of control;while Lanes H’and M’are those of PEG
treatments. Band patterns of A,B and C are referred to Table 3.
下降的趋势,甲基化水平的增加与 PEG 处理浓度之间
存在显著的剂量效应关系(r = - 0. 998)。
2. 2 干旱胁迫对霍山石斛 DNA 甲基化状态变化的
影响
根据 PEG 处理石斛基因组的甲基化状态,与对照
相比,发现带型变化主要有 3 大类 12 种带型(表 3,图
2)。A 类为单态性的条带,即处理组与对照组中具有
相同的甲基化位点,表明渗透胁迫处理中 CCGG 位点
的甲基化状态保持不变。其中,A1 为无甲基化型,A2
为半甲基化性,A3 为全甲基化型。B、C 2 类均为多态
性的条带,即对照与处理在甲基化模式上不同,表明
CCGG 位点甲基化状态在 PEG 处理后发生改变。B 类
为甲基化带型,表明渗透胁迫诱导石斛基因组 DNA 发
生了甲基化水平增加的变化;C 类则为去甲基化类型,
表明渗透胁迫处理使得基因组 DNA 发生了甲基化水
平下降的变化。表 3 显示,5%、10%、15% PEG 处理的
石斛基因组 MSAP 分析得到的 B 型位点数分别为 53、
57 和 68,占总甲基化多态性扩增位点数的 12. 02%、
12. 50%和 15. 53%;且产生的超甲基化(B3、B4、B5
型)带型是主要带型,占总甲基化多态性扩增位点数
的 7. 48%、8. 55%和 13. 47%。5%、10%、15% PEG 处
理得到的去甲基化(C 型)位点数分别为 37、39 和 37,
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2 期 PEG 模拟干旱胁迫对石斛 DNA 表观遗传变化的 MSAP 分析
占总甲基化多态性扩增位点数的 8. 39%、8. 55% 和
8. 45%。与对照相比,5%、10%、15% PEG 处理后的
总甲基化多态性分别为 20. 41%、21. 05%和 23. 97%。
结果表明,随着 PEG 处理浓度的增加,石斛基因组
DNA 甲基化多态性也随之增加。其中,发生甲基化的
位点数随着 PEG 处理浓度的增加而升高,而 PEG 诱
导的去甲基化位点数目变化不大,致使石斛基因组
DNA 的甲基化和去甲基化之比随着干旱胁迫的增强
而逐步提高。
表 3 干旱胁迫下霍山石斛 DNA 甲基化状态变化
Table 3 DNA mathylation pattern of Dendrobium huoshanens under drought stress
类型
class
带型 type
CK 胁迫 stress
H M H’ M’
甲基化状态
methylation state
位点数目
number of site
CK 胁迫 stress
CK-5%
PEG
CK-10%
PEG
CK-15%
PEG
A1 1 1 1 1 CCGG GGCC CCGG GGCC 252 259 258
A2 1 0 1 0 CCGG CCGG GGCC GGCC CCGG CCGG GGCC GGCC 39 43 41
A3 0 1 0 1 CCGG GGCC CCGG GGCC 90 87 83
B1 1 1 1 0 CCGG GGCC CCGG CCGG GGCC GGCC 4 7 5
B2 1 1 0 1 CCGG GGCC CCGG GGCC 16 11 4
B3 0 1 0 0 CCGG GGCC CCGG GGCC 12 17 23
B4 1 0 0 0 CCGG CCGG GGCC GGCC CCGG GGCC 3 3 7
B5 1 1 0 0 CCGG GGCC CCGG GGCC 18 19 29
C1 0 1 1 1 CCGG GGCC CCGG GGCC 19 17 17
C2 1 0 1 1 CCGG CCGG GGCC GGCC CCGG GGCC 9 6 4
C3 0 0 0 1 CCGG GGCC CCGG GGCC 1 2 0
C4 0 0 1 1 CCGG GGCC CCGG GGCC 8 14 16
3 讨论
DNA 甲基化是植物正常生长发育所必需的,甲基
化水平不足或过高,都会导致植物生长发育不正常和
形态结构异常[2]。DNA 甲基化在植物基因组防御、调
控基因表达以及控制植物的生长和发育中起重要作
用,有研究表明,非生物胁迫(如冷害、热胁迫、重金属
胁迫、盐胁迫等)对 DNA 的甲基化水平会造成影
响[18]。玉米幼苗生长在 23℃时的 DNA 甲基化水平为
38%,冷 胁 迫 处 理 5d 后,甲 基 化 水 平 则 降 为
24. 7% [19];水稻经冷处理 48h 后,其基因组中的一些
CCGG 位点发生了重新甲基化或去甲基化,甲基化模
式和水平发生明显的改变[7];而对豌豆在水分缺乏条
件下 DNA 甲基化进行研究发现,水分缺乏可增强
DNA 甲基化水平[10]。Aina 等[20]的研究发现,重金属
(Ni2 +、Cd2 +、Cr6 + )胁迫处理可诱导植物根部特定
DNA 序列发生去甲基化,而小麦幼苗在受到盐害胁迫
时,叶片和根的甲基化水平均会上升[21]。本研究表
明,石斛在遭受 PEG-6000 模拟干旱的胁迫条件下,其
基因组甲基化水平与模式均发生了明显的变化,总甲
基化水平随 PEG-6000 浓度的升高而逐渐下降,呈显
著负相关。
本研究通过对不同浓度 PEG 胁迫下石斛基因组
DNA 甲基化模式的分析,发现 PEG 处理和对照之间甲
基化带型的变化主要有单态型、甲基化带型与去甲基
化带型。随着 PEG 浓度的增加,基因组 DNA 发生甲
基化变化的位点的比率持续上升,这与其他逆境胁迫
下的 DNA 甲基化模式变化趋势一致[8,22]。
Kovalchuk 等[23]的研究表明,盐和渗透胁迫可诱
导烟草悬浮细胞的异染色质区发生超甲基化,除去胁
迫条件后,超甲基化的 DNA 位点又发生去甲基化,恢
复为原来的状态。因此,提出基因组的超甲基化可能
是植物适应非生物胁迫机制的一部分。在本试验中,
利用 MSAP 分析方法也检测到 PEG 处理后发生的超
甲基化变化的位点,可见石斛基因组部分位点的超甲
基化可能参与了石斛对干旱胁迫的响应。
本研究通过 MSAP 分析发现,石斛基因组 CCGG
位点发生甲基化的方式主要是以双链全甲基化
(CmCGG)为主;石斛基因组 DNA 的甲基化水平随着
PEG 胁迫浓度的升高而逐渐降低,以此调控某些基因
的表达来响应干旱胁迫;不同浓度 PEG 胁迫下石斛基
因组中的胞嘧啶甲基化存在差异,后续研究中还需要
更多包含甲基化修饰的 5′-CCGG- 3′序列的分离和基
因功能分析,才能更深入地探讨干旱胁迫下植物基因
组 DNA 的甲基化及逆境适应的机制。
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Journal of Nuclear Agricultural Sciences
2010,25(2):0363 ~ 0368
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(责任编辑 邱爱枝)
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