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Comparative analysis of type-III secretion system and T3SS-secreted effectors among seven quarantine Xanthomonas pathovars

7种检疫性植物病原黄单胞菌III型分泌系统和效应蛋白编码基因的差异性分析



全 文 :植物病理学报
ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA  46(1): 37 ̄46(2016)
收稿日期: 2015 ̄02 ̄06ꎻ 修回日期: 2015 ̄10 ̄14
基金项目: 国家自然科学基金资助项目(31471742ꎻ31470235)
通讯作者: 陈功友ꎬ 教授ꎬ 主要从事分子植物病理学研究ꎻ Tel: 021 ̄34205873ꎬ Fax: 021 ̄34205873ꎬ E ̄mail: gyouchen@sjtu.edu.cn
第一作者: 刘  良ꎬ 男ꎬ 山东莱芜人ꎬ 硕士研究生ꎬ 主要从事分子植物病理学研究ꎮ
doi:10.13926 / j.cnki.apps.2016.01.005
7种检疫性植物病原黄单胞菌 III型分泌系统和
效应蛋白编码基因的差异性分析
刘 良ꎬ马文秀ꎬ邹丽芳ꎬ陈晓斌ꎬ 陈功友∗
(上海交通大学农业与生物学院ꎬ上海 200240)
摘要:γ ̄变形菌纲(γ ̄Proteobacteria)的黄单胞菌属(Xanthomonas)的大多数种类可引起植物病害ꎬ多数是我国检疫对象ꎮ 与
其他革兰氏阴性植物病原细菌一样ꎬ植物病原黄单胞菌可通过高度保守的 III型分泌系统( type ̄III secretion systemꎬ T3SS)
分泌效应蛋白(T3SS ̄secreted effectorsꎬ T3SEs)进入植物细胞ꎬ在非寄主植物和抗病寄主植物上产生过敏反应(hypersensi ̄
tive responseꎬ HR)以及在感病寄主植物上具有致病性ꎮ 尚不清楚哪些种类的黄单胞菌具有 T3SS和缺少哪些 T3SE是否可
作为检疫的依据ꎮ 搜集 7 种检疫性植物病原黄单胞菌ꎬ通过 PCR 和 Southern 杂交试验结果发现:香蕉细菌性青枯病菌
(X. campestris pv. musacearum)的 ICMP287和 ATCC49084菌株、甘蔗流胶病菌(X. axonopodis pv. vasculorum)ATCC13901
菌株、洋葱细菌性叶枯病菌(X. axonopodis pv. allii)的 LMG576和 LMG578菌株中不含有 tale基因ꎬ并且 ATCC13901菌株
既不含有 T3SS基因也不含有 hpa1 和 xopQ 基因ꎻ菜豆细菌性疫病菌(X. campestris pv. phaseoli)ATCC49119 菌株不含有
hpa1基因ꎮ 相应地ꎬ推测含有 2 ~ 12 个 tale 基因的黄单胞菌有:大豆斑疹病菌(X. axonopodis pv. glycines) ICMP5732 和
ATCC43911菌株、豌豆细菌性疫病菌(X. axonopodis pv. vignicola)ATCC11648 菌株、棉花细菌性角斑病菌(X. campestris
pv. malvacearum)ATCC12131和(X. campestris pv. phaseoli)ATCC49119菌株ꎮ 大豆细菌性斑疹病菌 ATCC43911菌株尽管
含有 hpa1、xopQ和 hrcC基因ꎬ但在非寄主烟草上不能激发 HR反应ꎻ而甘蔗流胶病菌 ATCC13901 菌株不含有 hpa1、xopQ
和 hrcC基因ꎬ却激发烟草产生 HR反应ꎮ 这些结果对于分析比较不同植物病原黄单胞菌的致病性因子和设计特定的植物
检疫靶点提供了科学线索ꎮ
关键词:黄单胞菌ꎻ III型分泌系统ꎻ 效应蛋白ꎻ 过敏反应
Comparative analysis of type ̄III secretion system and T3SS ̄secreted effectors
among seven quarantine Xanthomonas pathovars  LIU Liang ꎬ MA Wen ̄xiuꎬ ZOU Li ̄fangꎬ
CHEN Xiao ̄binꎬ CHEN Gong ̄you  (Department of Agriculture and Biologyꎬ Shanghai Jiao Tong Universityꎬ Shanghai
200240ꎬ China)
Abstract: Most species of Xanthomonas genus in γ ̄Proteobacteria are plant pathogenic bacteriaꎬ causing hyper ̄
sensitive response (HR) on non ̄host plants and resistant host plants and pathogenicity on susceptible host plants
via highly conserved type ̄III secretion system (T3SS) through which T3SS effectors (T3SEs) are injected into
plant cells. Howeverꎬ it remains unclear which Xanthomonas species lacking of T3SS and T3SEs that can be the
targets to understand pathogenicity factors and to design specific probes for quarantine detection. Hereꎬ seven
Xanthomonas species were collected and detected. PCR and Southern blot results showed that X. campestris pv.
musacearum ICMP287 and ATCC49084 strains (the causal agents of banana bacterial wilt)ꎬ X. axonopodis pv.
vasculorum ATCC13901 strain (gumming in sugarcane)ꎬ and X. axonopodis pv. allii LMG576 and LMG578
strains (bacterial blight of onion) lacked the tale genes which encode transcriptional activator ̄like effectorsꎬ of

 
植物病理学报 46卷
these three species X. axonopodis pv. vasculorum ATCC13901 possesses neither hpa1 nor xopQ and hrcC genes
for the T3SSꎻ and X. campestris pv. phaseoli ATCC49119 strain (common bacterial blight in phaseolus beans)
possesses xopQ and hrcC genes but hpa1. In contrastꎬ 2 to 12 putative tale genes were detected in the other
strains including X. axonopodis pv. glycines ICMP5732 and ATCC43911 (bacterial pustule of soybean)ꎬ X. axo ̄
nopodis pv. vignicola ATCC11648 (Cowpea Bacterial Blight and Pustule)ꎬ X. campestris pv. malvacearum
ATCC12131 (cotton bacterial blight)ꎬ and X. c. pv. phaseoli ATCC49119. HR assays on tobacco demonstrated
that only X. axonopodis pv. glycines ATCC43911 strain did not trigger HRꎬ despite that hpa1ꎬ xopQꎬ hrcC and
tale genes were detected in this strain. These results provided fundamental basis for further understanding the
differences of pathogenic determinants and designing specific quarantine probes among them.
Key words: Xanthomonasꎻ type III secretion system (T3SS)ꎻ T3SS ̄secreted effectors (T3SEs)ꎻ hypersen ̄
sitive response (HR)
中图分类号: S432.42          文献标识码: A          文章编号: 0412 ̄0914(2016)01 ̄0037 ̄10
    γ ̄变形杆菌纲(γ ̄Proteobacteria)的黄单胞菌
属(Xanthomonas)的大多数种类ꎬ是植物病原细
菌ꎮ 它们是一类杆状、革兰氏阴性、化能异养、严格
呼吸代谢型的原核生物ꎬ多生长于植物组织内或表
面ꎬ并能在土壤和水体中生存[1]ꎮ 据记载ꎬ黄单胞
菌属中有 309个种或致病变种ꎬ可危害 124 种单子
叶和 268 种双子叶植物ꎬ其中 6 个模式种ꎬ即野油
菜 黄 单 胞 菌 (X. campestris)、 稻 黄 单 胞 菌
(X. oryzae)、白纹黄单胞菌(X. albilineans)、地毯
草黄单胞菌(X. axonopodis)、葡萄黄单胞菌(X. vi ̄
tis)和草莓黄单胞菌(X. fragariae)ꎬ对植物为害严
重ꎬ可产生坏死、腐烂和枯萎等症状[2]ꎮ 现行的
«中华人民共和国进境植物检疫性有害生物名录»
中收录了 14种或致病变种的植物病原黄单胞菌ꎮ
在检疫手段上ꎬ常利用 Southern 杂交、特有基因序
列的多聚酶链式反应(PCR)和扩增片段长度多态
性(AFLP)技术ꎬ区别黄单胞菌不同种或致病变
种[3]ꎮ 据报道ꎬ植物病原黄单胞菌致病性决定因
子在种或致病变种的不同菌株间有变化[4]ꎬ明确
检疫靶点显得尤为重要ꎮ
植物病原黄单胞菌和其他革兰氏阴性植物病
原细菌一样ꎬ可在非寄主植物和抗性寄主植物上激
发过敏反应(hypersensitive responseꎬ HR)以及在
感病寄主植物上具有致病性( pathogenicity)ꎮ 决
定这一特性的遗传学基础是 hrp / hrc 基因簇ꎬ其可
形成三型分泌系统 ( type ̄III secretion systemꎬ
T3SS)ꎬ将效应蛋白(T3SS effectorsꎬ T3SEs)注入
植物细胞中ꎬ干扰和改变植物的生理生化和代谢途
径从而导致在非寄主植物和抗性寄主植物上激发
HR以及在感病寄主植物上引致病害发生[5~7]ꎮ 就
T3SS装置而言ꎬ一般认为构成 T3SS 基体并定位
于细菌外膜的 HrcC 蛋白编码基因较为保守[8]ꎮ
植物病原黄单胞菌是否均具有 T3SS 系统来进行
寄生致病ꎬ有待检验ꎮ
HR是一种快速的局部细胞程序化死亡的形
式ꎬ阻止和限制病原菌在植物中的扩展ꎬ是植物免
疫性被激活的结果ꎬ属抗病反应ꎮ 因此ꎬ非寄主植
物上的 HR产生与否ꎬ常被作为革兰氏阴性植物病
原细菌的重要生物学性状[9]ꎮ 有无例外ꎬ尚不清
楚ꎮ 植物病原黄单胞菌在非寄主植物上产生 HR
的物质ꎬ主要是 harpin 蛋白类ꎬ例如 Hpa1 和
SsbX [10]ꎮ 植物病原黄单胞菌是否均有 harpin 类蛋
白编码基因存在ꎬ也有待研究ꎮ
植物病原黄单胞菌的 T3SE 蛋白ꎬ主要有 2
类:TALEs 和 Non ̄TALEsꎮ TALE 蛋白是一类转
录活化因子( transcritptional activator ̄like effector)ꎬ
其在不同种或致病变种中存在与否ꎬ或数量不
等[11~14]ꎮ 首次报道的 tale 基因是辣椒斑点病菌
(X. campestris pv. vesicatoria)中的 avrBs3[15]ꎬ随
后在棉花细菌性角斑病菌(X. axonopodis pv. mal ̄
vacearum)、柑橘溃疡病菌(X. citri subsp. citri)和
稻黄单胞菌 (X. oryzae)中均有发现和鉴定[16]ꎮ
tale基因结构上存在共性:5’端和 3’端具有几乎
一样的酶切位点ꎬDNA ̄DNA间的同源性达 97%以
上ꎬN 端具有高度保守的 T3SS 分泌信号ꎬ中间区
域是几乎完全相同的由 34个氨基酸组成的直接重
复单元ꎬ重复单元的第 12 和 13 位氨基酸是可变
83

 
  1期 刘 良ꎬ等:7种检疫性植物病原黄单胞菌 III型分泌系统和效应蛋白编码基因的差异性分析
的ꎬC 端含有亮氨酸拉链结构 ( Leucine zipperꎬ
LZ)、3个核定位信号(Nuclear localization signalsꎬ
NLSs)和酸性转录激活域(an acidic transcriptiona ̄
lactivation domainꎬ AD)等[15ꎬ17ꎬ18]ꎮ 其差异性主要
表现在 34 个氨基酸重复单元的重复数及第 12 位
和第 13位氨基酸的种类ꎮ 2009 年德国科学家 Ul ̄
la Bonus和美国科学家 Adam Bognadove分别通过
实验生物学和计算生物学途径破译 TALE 蛋白
RVD结合 DNA的密码ꎬ进一步揭示了 TALE蛋白
的功能:其通过 T3SS 途径进入植物细胞核中ꎬ结
合在抗病基因或感病基因亦或其他转录因子的启
动子上(TALE ̄binding elementꎬ EBE)ꎬ从而导致
抗病性或感病性的产生ꎮ tale 基因主要和寄主植
物中的感病基因互作ꎬ保证病原菌的寄生性和致病
性ꎬ被 R基因识别的仅仅是少数ꎮ 如 PthXo1 与水
稻的感病基因 Xa13 (Os8N3)对应时才发生感
病性ꎬ而隐性抗性基因 xa13 主要是在启动子区
域不存在 PthXo1 的 EBEꎬ躲避了 PthXo1 的识
别 [19~ 22] ꎮ
Non ̄TALEꎬ主要是指通过 T3SS 途径分泌而
能够进入到植物细胞中的 Xop 蛋白(Xanthomonas
outer protein)ꎬ其主要功能是抑制植物抗病免疫性
产生[23]ꎮ 现有基因组学比较发现ꎬ植物病原黄单
胞菌大约产生 30个左右的 Xop 蛋白ꎬ其中有些种
类高度保守 (也称 Core effector) [24ꎬ25]ꎮ 例如ꎬ
XopQ 在完成基因组测序的植物病原黄单胞菌中
均存在ꎮ 是否如此ꎬ还有待测定ꎮ
为了探究植物病原黄单胞菌是否存在 T3SS系
统ꎬ是否均含有 tale、hpa1以及 xopQ基因ꎬ本研究以
水稻白叶枯病菌和水稻条斑病菌为对照ꎬ对 7 种检
疫性的植物病原黄单胞菌ꎬ通过 PCR、Southern 杂交
和非寄主烟草上 HR 进行测定与分析ꎬ以期为比较
致病性差异和设计检疫性检测靶点提供科学依据ꎮ
1  材料与方法
1.1  材料
1.1.1  供试菌株和质粒  本研究所用的供试菌株
和质粒见表 1ꎮ 黄单胞病菌所用培养基为固体 NA
Table 1  Properties of strains and plasmids used in the study
Strain or plasmid Relevant characteristic          Source
Escherichia coli
  DH5α Ф80ꎬ lac Zꎬ △M15ꎬ recA1 Invitrogen
X. oryzae pv. oryzae
  PXO99A 5 ̄azacytidine resistantꎬ Philippine race 6ꎬ wild type strainꎬ This lab
  PΔhrcU hrcU knocked ̄out mutant of PXO99A This lab
X. oryzae pv. oryzicola
  RS105 Rifrꎬ wild type strainꎬ causing bacterial leaf streak in rice This lab
X. a. pv. allii
  LMG576 causing bacterial blight of onionꎬ Hawaii This lab
  LMG578 causing bacterial blight of onionꎬ Hawaii This lab
X. a. pv. vasculorum
  ATCC13901 causing sugarcane gummosis This lab
X. a. pv. vignicola
  ATCC11648 causing cowpea bacterial blight and pustule This lab
X. c. pv. phaseoli
  ATCC49119 causing bacterial blight of bean This lab
X. a. pv. glycines
  ICMP5732 causing soybean bacterial pustule This lab
  ATCC43911 causing soybean bacterial pustule This lab
X. c. pv. malvacearum
  ATCC12131 causing cotton angular leaf spot This lab
X. c. pv. musacearum
  ICMP287 causing banana bacterial wilt This lab
  ATCC49084 causing banana bacterial wilt This lab
Plasmid
  PZW pBluescript II SK(  ̄) containing pthXo1 This lab
93

 
植物病理学报 46卷
和液体 NB培养基ꎬ28℃培养[6]ꎮ 大肠杆菌(Esche ̄
richia coli)于 LB培养基中 37℃培养ꎮ 培养基中相
应的抗生素终浓度为:氨苄青霉素 ( AP ) 100
μg / mLꎬ利福平(Rif) 75 μg / mLꎮ
1.2  方法
1.2.1  PCR检测  为了分析供试菌株中是否含有
hpa1、xopQ和 hrcC基因或是其同源物ꎬ依据其在
PXO99A基因组中的序列[13] ꎬ分别选取基因内部
高度保守区域的序列设计引物(表 2)ꎮ 通过菌
落 ̄PCR 方式进行扩增ꎬ以 PXO99A和 RS105 菌株
(表 1)为阳性参照ꎬddw 为阴性参照ꎮ PCR 扩增
在 Eppendorf PCR仪(AG22331ꎬHamburgꎬGerma ̄
ny)上进行ꎮ PCR 反应条件:95℃预变性 5 minꎻ
94℃变性 50 sꎬ54℃退火 45 sꎬ72℃延伸 50 sꎻ32
个循环ꎻ72℃充分延伸 10 minꎮ PCR 产物在 1%
的琼脂糖凝胶上电泳ꎬ经过成像系统检测ꎮ 试验
重复 3 次ꎮ
1.2.2  Southern杂交验证  应用 Axygen 公司细菌
基因组试剂盒进行供试菌株基因组 DNA 提取ꎬ经
BamH I酶切后以 avrBs3 / pthA家族基因 pthXo1[26]
的 Sph I片段为探针进行 Southern 杂交ꎬ验证供试
菌株中是否含有 tale 基因ꎮ 应用上海捷倍思技术
有限公司质粒 DNA提取试剂盒提取 PZW 菌株质
粒(表 1)ꎬ经 Sph I 酶切ꎬ获得 3 kb 的 Sph I 片段ꎬ
纯化后标记为探针ꎮ 以 PXO99A基因组为模板ꎬ利
用表 2 标注引物进行 PCR 扩增ꎬ获得 hpa1、xopQ
和 hrcC 基因的保守序列片段构建探针ꎻ供试菌株
基因组 DNA提取后经相应酶切ꎮ 探针的标记、预
杂交和杂交见上海 Roche DIG 试剂盒操作手册ꎮ
试验重复 3次ꎮ
1.2.3 烟草上过敏反应测定   烟草品种为本氏烟
(Nicotiana benthamiana)ꎬ于上海交通大学农业与
生物学院温室种植ꎬ25℃12 h 光照培养至 4 ~ 6 叶
期使用ꎮ 供试菌株以及模式菌株 PXO99A在 NB培
养基中 28℃培养过夜ꎬ5 000 rpm离心收集菌体ꎬ用
灭菌蒸馏水调菌体浓度至 108 CFU / mL(OD600约为
0.3)ꎬ然后利用灭菌无针头注射器将菌液注入烟草
叶中ꎬ24 h后观察是否有过敏反应产生ꎮ 每个供试
菌株测试 3张叶片ꎬ试验重复 3次ꎮ
2  结果
2.1  植物检疫性病原黄单胞菌中 tale基因存在与
否以及数量的差异性
    以模式菌株 PXO99A为参照ꎬ对供试的 10个植
物病原黄单胞菌菌株(表 1)进行 Southern 杂交检
测ꎮ 根据 tale家族基因结构的保守性(图 1 ̄A)ꎬ分
别对测试菌株的 gDNA 进行 BamH I 酶切ꎬ以
pthXo1基因中间的 Sph I片段为探针进行 Southern
杂交ꎮ 试 验 结 果 显 示: 菜 豆 细 菌 性 疫 病 菌
ATCC49119菌株中含有 2 个 tale 基因ꎻ大豆斑疹
病菌 ATCC43911 菌株含有 4 个 tale 基因ꎬ而 IC ̄
MP5732菌株含有 6 个 tale 基因ꎬ并且 2 个菌株间
可能共有 4 个相同的 tale 基因ꎻ推测ꎬ棉花细菌性
角斑病菌 ATCC12131菌株含有 12 个 tale 基因ꎬ因
为杂交信号强烈的条带可能含有至少 2 个 tale 基
因ꎻ豌豆细菌性疫病菌 ATCC11648 菌株至少含有
5个 tale 基因ꎻ香蕉细菌性青枯病菌 ICMP287 和
ATCC49084菌株、甘蔗流胶病菌 ATCC13901 菌株
以及洋葱细菌性叶枯病菌 LMG576 和 LMG578 菌
株则不含有 tale基因(图 1 ̄B)ꎮ
Table 2  Primers and PCR amplification conditions used in this study
Primers Sequence 5’  ̄ 3’
Annealing
temperature / ℃
Extension
time / s
PCR
product / bp
Targets
hpa1 ̄F GAATTCTTTGAACACACAATTCGGC 58 45 418 hpa1
hpa1 ̄R TTACTGCATCGATGCGCTGTCGCTC
xopQ ̄F GGCCCGAGAGCATTCCAAGTTCCT 58 50 493 xopQ
xopQ ̄R GGCCTGGATGCCTTCCCACAGGC
hrcC ̄F TGGCCAGTCTGTTGCGCAGCATA 56 55 517 hrcC
hrcC ̄R CCGAGATCCTGCATTGCGCCATC
04

 
  1期 刘 良ꎬ等:7种检疫性植物病原黄单胞菌 III型分泌系统和效应蛋白编码基因的差异性分析
Fig. 1  Southern blot analysis of potential tran ̄
scriptional activator ̄like effectors (tale)
genes in Xanthomonas species
A: Functional map of conserved regions in transcriptional acti ̄
vator ̄like effector (TALE) family members of Xanthomonas.
Abbreviations: S and B indicate Sph I and BamH I sitesꎬ re ̄
spectively. The horizontal dashed line between the two Sph I
sites indicates the location of the probe. T3S represents the se ̄
cretion signal at N ̄terminus of TALEs that is responsible for
secretion via the type III secretion system. LZ = leucine zip ̄
perꎬ NLS = nuclear localization signalꎬ and AD = an acidic
transcriptional activation domain. B: Genomic DNAs of the
tested strains were digested byBamH I and hybridized with an
internal Sph I fragment of pthXo1 as a probe. Southern blot as ̄
says were repeated three times with one similar result displayed.
The band with a red asterisk(∗) marker indicates that IC ̄
MP5732 strain has two more bandsꎬ 2.8 kb and 3.6 kbꎬrespec ̄
tivelyꎬ compared to ATCC43911. PXO99A presents X. oryzae
pv. oryzaeꎻ LMG576 and LMG578ꎬ X. axonopodis pv. alliiꎻ
ICMP5732 and ATCC43911ꎬ X. axonopodis pv. glycinesꎻ IC ̄
MP287 and ATCC49084ꎬ X. campestris pv. musacearumꎻ
ATCC13901ꎬ X. axonopodis pv. vasculorumꎻ ATCC11648ꎬ
X. axonopodis pv. vignicolaꎻ ATCC12131ꎬ X. campestris pv.
malvacearum and ATCC49119ꎬ X. campestris pv. phaseoli
(same in the followings) .
2.2   甘蔗流胶病菌 ATCC13901 菌株不存在
T3SS编码基因
根据白叶枯病菌 PXO99A基因组中 hrcC 基因
(Gene ID:868597373)ꎬ在 NCBI 数据中进行 blast
搜索ꎬ根据保守序列位置(图 2 ̄A)设计引物(表
2)ꎬ然后以测试菌株的 gDNA 为模板ꎬPCR 扩增
hrcC 基 因ꎮ 结 果 发 现ꎬ 除 甘 蔗 流 胶 病 菌
ATCC13901菌株外ꎬ其他测试菌株与阳性菌株
PXO99A和 RS105一样ꎬ均能够 PCR扩增获得 hrcC
基因 产 物 ( 图 2 ̄B )ꎬ 提 示 甘 蔗 流 胶 病 菌
ATCC13901菌株可能不含有 hrcC 同源基因ꎮ 进
一步以 PXO99A菌株的 hrcC 为探针ꎬ对测试菌株
gDNA 进行 Xho I 和 BamH I 酶切 (图 2 ̄A) 和
Southern 杂交ꎬ发现仅甘蔗流胶病菌 ATCC13901
菌株不产生 hrcC 基因的杂交信号ꎬ其他测试菌株
均有杂交信号ꎬ虽然杂交信号条带大小不一(可能
因为酶切位点位置不一导致)ꎬ但阳性对照的杂交
信号条带大小与实际大小一致(图 2 ̄A、图 2 ̄C)ꎮ
这说明ꎬ甘蔗流胶病菌 ATCC13901 菌株不含有
hrcC同源基因ꎮ
Fig. 2   PCR and Southern blot analysis of
hrcC gene in Xanthomonas
A: Location of hrcC gene in the genome of PXO99A .The off ̄
white region indicates the probe in size of 517 bp. The space
between Xho I and BamH I sites meanspossible hybridized
band in size of 3 430 bp. B:Electrophoresis of hrcC PCR ̄
products in 1% agarose gel. C:Genomic DNAs were digested
with Xho I and BamH I enzymes and then hybridized with the
hrcC probe. PCR and Southern blot assays were repeated three
times with one similar result presented.
14

 
植物病理学报 46卷
2.3   甘蔗流胶病菌 ATCC13901 菌株不含有
xopQ基因
    根据白叶枯病菌 PXO99A基因组中 xopQ 基因
(Gene ID:854884118)ꎬ在 NCBI 数据中进行 blast
搜索ꎬ根据保守序列位置(图 3 ̄A)设计引物(表
2)ꎬ然后以测试菌株的 gDNA 为模板ꎬPCR 扩增
xopQ 基 因ꎮ 结 果 发 现ꎬ 除 甘 蔗 流 胶 病 菌
ATCC13901菌株外ꎬ其他测试菌株与阳性菌株
PXO99A和 RS105 一样ꎬ均能够 PCR 扩增获得
xopQ 产 物 ( 图 3 ̄B )ꎬ 提 示 甘 蔗 流 胶 病 菌
ATCC13901菌株可能不含有 xopQ 同源基因ꎮ 进
一步以 PXO99A菌株的 xopQ 为探针ꎬ对测试菌株
gDNA 进行 EcoR I 和 Kpn I 酶切 (图 3 ̄A) 及
Southern 杂交ꎬ发现仅甘蔗流胶病菌 ATCC13901
菌株不产生 xopQ 基因的杂交信号ꎬ其他测试菌株
均有杂交信号ꎬ尽管杂交信号条带大小不一(可能
因为酶切位点位置不一导致)(图 3 ̄C)ꎮ 这说明甘
蔗流胶病菌 ATCC13901 菌株不含有 xopQ 同源
基因ꎮ
Fig. 3   PCR and Southern blot detection of
xopQ gene in Xanthomonas
A: Location of xopQ gene in the genome of PXO99A .The off ̄
white region indicate the location of the probe in size of 493
bp. The space between EcoR I and Kpn I sites presents possi ̄
bly hybridized band(s) in size of 3 168 bp. B: Electrophore ̄
sis of xopQ PCR ̄products in 1% agarose gel. C:Genomic
DNAs of the detected strains were digested by EcoR I and Kpn
I enzymes and then hybridized with xopQ probe (off ̄white re ̄
gion) .PCR and Southern blot assays were repeated three times
with one similar result displayed.
2.4  甘蔗流胶病菌 ATCC13901 菌株和菜豆细菌
性疫病菌 ATCC49119 菌株不含有 hpa1 同
源基因
    水稻白叶枯病菌和条斑病菌的 hpa1 基因产物
为 harpin蛋白ꎬ可在烟草上激发 HR[10]ꎮ 在 NCBI
中搜索黄单胞菌基因组数据ꎬ选取 418 bp 的保守
区域(图 4 ̄A)设计引物(表 2)ꎬ以 gDNA 为模板ꎬ
PCR扩增测试菌株中 hpa1 同源基因ꎮ 结果显示ꎬ
PCR方法不能从甘蔗流胶病菌 ATCC13901菌株和
菜豆细菌性疫病菌 ATCC49119 菌株有效扩增
hpa1同源基因ꎬ但能从其他测试黄单胞菌中有效
扩增(图 4 ̄B)ꎮ 提示甘蔗流胶病菌 ATCC13901 菌
株和菜豆细菌性疫病菌 ATCC49119菌株中可能不
存在 hpa1同源基因ꎮ 测序发现ꎬ这些 PCR 产物均
为 hpa1 同源基因ꎮ 按照邻位相连法 (Neighbor ̄
joiningꎬNJ 法)构建系统进化树[3]ꎬ结果显示ꎬ6 种
不同植物来源的 10个菌株的 hpa1基因可聚类为 I
和 II簇 (图 4 ̄D)ꎬ相似性为 80%以上ꎬ其中水稻和
香蕉来源的为 II 簇ꎬ其余为 I 簇ꎮ 在 I 簇中ꎬ大豆
斑疹病菌 ICMP5732 和 ATCC43911 菌株的 hpa1
基因相似性为 100%ꎮ
为进一步确定结果的准确性ꎬ以水稻白叶枯病
菌 PXO99A菌株 hpa1 基因的 PCR 产物构建探针ꎬ
Pst I酶切测试菌株的 gDNAꎬ进行 Southern 杂交ꎮ
杂交结果显示ꎬ阳性对照菌株 PXO99A和水稻条斑
病菌 RS105菌株显示 2条杂交信号条带ꎬ分别约为
1.2 kb和 2.0 kb(图 4 ̄C)ꎮ 经检测 PXO99A基因组
序列和 RS105 菌株的 hrp 基因簇序列ꎬ在 hpa1 探
针近 3’端存在 Pst I酶切位点ꎬ并且 1.2 kb 条带大
小与 hpa1基因 Pst I酶切产生 1 271 bp大小一致ꎬ
另一条 2.0 kb条带推测是 hpa1 基因 3’端被 hpa1
探针杂交所致ꎮ 杂交结果还显示:香蕉细菌性青枯
病菌 ATCC49084 和 ICMP287 菌株以及洋葱细菌
性叶枯病菌 LMG576 和 LMG578 菌株的杂交条带
与阳性对照菌株 PXO99A和 RS105 菌株的杂交条
带一致ꎻ甘蔗流胶病菌 ATCC13901 菌株和大豆斑
疹病菌 ATCC43911 菌株不存在 hpa1 基因的杂交
信号ꎬ其他黄单胞菌测试菌株在 2 kb 处显示杂交
信号(图 4 ̄C)ꎮ 提示甘蔗流胶病菌 ATCC13901 菌
株和大豆斑疹病菌 ATCC43911 菌株不含有 hpa1
同源基因ꎮ
24

 
  1期 刘 良ꎬ等:7种检疫性植物病原黄单胞菌 III型分泌系统和效应蛋白编码基因的差异性分析
Fig. 4   PCR and Southern blot detection of
hpa1 gene in Xanthomonas
A: Location of hpa1 gene in the genome of PXO99A .The off ̄
white region indicates the location of the probe in size of 418
bp. The space between two Pst I sites meansa hybridized size
of 1 271 bp. B:Electrophoresis of hpa1 PCR ̄products in 1%
agarose gel. C:Genomic DNAs of the detected strains were di ̄
gested by Pst I enzyme and then hybridized with hpa1 probe
(off ̄white region) . RS105 stands for X. oryzae pv. oryzicola
(same in the followings) .PCR and Southern blot assays were
repeated three times with one similar result displayed. D:
Neighbor ̄joining bootstrap tree is derived from sequences of
hpa1 genes PCR amplified.
2.5  大豆斑疹病菌 ATCC43911 菌株不能在烟草
上产生 HR
    以模式菌株 PXO99A为阳性参照ꎬ以其 T3SS受
破坏的 PΔhrcU菌株为阴性参照(表 1)ꎬ将供试菌株
菌体浓度调至 OD600 = 0.3(约 108CFU / mL)注射烟
草叶ꎮ 24 h后发现ꎬ只有大豆斑疹病菌 ATCC43911
菌株与 PΔhrcU菌株一样ꎬ不能在烟草上产生 HRꎬ而
其他测试菌株均可在烟草上有效产生 HRꎬ其中包括
大豆斑疹病菌另一菌株 ICMP5732(图 5)ꎮ
Fig. 5   Hypersensitive responseinduction in
tobacco by Xanthomonas strains
PXO99A presents as a positive controlꎻ PΔhrcUꎬ a negative
control.HR detection assays were repeated three times with
one similar result displayed.
3  讨论
植物病原黄单胞菌的 T3SS 分泌系统在致病
过程中起重要作用[27]ꎮ 以编码组成 T3SS 的 hrcC
基因为检测靶点ꎬ通过 PCR 和 Southern 杂交试验
结果发现:在甘蔗流胶病菌 ATCC13901 菌株中没
有检测到 hrcC 基因ꎬ推测其不含有 T3SS 系统ꎻ相
反ꎬ在稻黄单胞菌、香蕉细菌性青枯病菌、洋葱细菌
性叶枯病菌、菜豆细菌性疫病菌、大豆斑疹病菌、豌
豆细菌性疫病菌和棉花细菌性角斑病菌中检测到
hrcC基因ꎬ从而断定这些菌株含有 T3SS 系统(图
4 ̄C)ꎬ这与已有的研究结果吻合[28~30]ꎮ 据报道ꎬ引
起甘蔗白纹病的白纹黄单胞菌(X. albilineans)也
不拥有 T3SS系统[31]ꎮ 据此推测:甘蔗流胶病菌和
白纹黄单胞菌在甘蔗上寄生ꎬ可能因为甘蔗上糖分
较多ꎬ细菌不需要通过 T3SS 效应蛋白操控植物细
胞代谢就能寄生获得所需营养ꎮ 本实验室前期对
稻黄单胞菌 T3SS 编码基因表达受不同的六碳糖
诱导ꎬ也说明了这一点[32ꎬ33]ꎮ 在甘蔗流胶病菌
ATCC13901 菌株中也没有检测到 xopQ 基因ꎮ
XopQ是革兰氏阴性植物病原细菌中高度保守的
T3SE蛋白ꎬ也称之为核心效应蛋白[24ꎬ 25]ꎬ主要通
过抑制寄主植物的免疫性而有利于病原菌的侵
染[23]ꎮ 在检测的黄单胞菌 7 个致病变种中ꎬ仅甘
蔗流胶病菌中未见 xopQ基因(图 3)ꎮ 说明甘蔗流
胶病菌无 T3SSꎬ即不需要分泌 XopQ 蛋白而有利
于其在甘蔗上的致病性ꎮ
34

 
植物病理学报 46卷
革兰氏阴性植物病原细菌在非寄主烟草上的
harpin蛋白得到鉴定[34ꎬ 35]ꎮ 植物病原黄单胞菌中
hpa1基因产物被确认为 harpin 蛋白ꎬ其富含甘氨
酸(G)ꎬ对热稳定和蛋白酶敏感[36]ꎮ 在本研究测
试的菌株中ꎬ不拥有 T3SS 和 XopQ 的甘蔗流胶病
菌也未检测到 hpa1 基因(图 2)ꎬ然而其却能够在
烟草上产生 HR(图 5)ꎮ 这说明其激发 HR 产生的
物质可能与拥有 T3SS 的其他黄单胞菌有所不同ꎬ
其激发 HR 产生的物质基础还有待鉴定ꎮ 从植物
检疫的角度看ꎬ依据 T3SS 或 xopQ 亦或 hpa1 基因
靶点ꎬ区分甘蔗流胶病菌与其他拥有 T3SS 的黄单
胞菌具有指导意义ꎮ
菜豆细菌性疫病菌 ATCC49119菌株也未检测
到 hpa1基因ꎬ但其他测定的菌株检测到 hpa1 基因
(图 2)ꎮ 这表明 hpa1基因位点可能不能够作为检
测区别植物病原黄单胞菌种或致病变种的靶点ꎮ
有趣的是ꎬ除大豆斑疹病菌 ATCC43911菌株外ꎬ其
他供试菌株均在烟草上产生 HR(图 5)ꎻ大豆斑疹
病菌 ATCC43911 菌株含有 T3SS 基因和 hpa1 基
因ꎬ其 hpa1基因序列同其他测试的植物病原黄单
胞菌的 hpa1基因具有很高的同源性ꎬ但该菌株不
能在烟草上产生 HRꎮ 这一现象有待进一步研究ꎮ
TALE蛋白是某些植物病原黄单胞菌通过
T3SS 途径分泌进入植物细胞核中起转录因子作
用ꎬ结合在抗病基因或感病基因亦或转录因子基因
的启动子 EBE上ꎬ引发植物抗病或感病[37]ꎮ 在测
定的 7个致病变种中ꎬ大豆斑疹病菌、菜豆细菌性
疫病菌、豌豆细菌性疫病菌和棉花细菌性角斑病菌
含有 2 ~ 12 个 tale 基因ꎬ而香蕉细菌性青枯病菌、
甘蔗流胶病菌和洋葱细菌性叶枯病菌均不含有
tale基因(图 1 ̄B)ꎮ 这表明 tale基因可以作为靶点
用于检疫检测ꎮ 同一致病变种的不同菌株中ꎬtale
基因数量不一ꎮ 例如ꎬ大豆斑疹病菌的 ICMP5732
菌株含有 7个 tale基因ꎬATCC43911菌株含有 5个
tale基因(图 1 ̄B)ꎮ 鉴于 tale基因对病害发生的重
要性ꎬ以 tale基因为靶点用于检疫检测ꎬ可监控病
原菌的毒性组成ꎮ 水稻白叶枯病菌、水稻条斑病菌
和柑橘溃疡病菌(X. citri subsp. citri)的毒性组成
检测ꎬ就是基于 tale基因数量检测而进行的[3]ꎮ 需
要指出的是ꎬ水稻、棉花、豆科植物、柑橘和番茄上
寄生致病的黄单胞菌均检测到 tale 基因[15ꎬ 38~41]ꎬ
而香蕉细菌性青枯病菌、甘蔗流胶病菌和洋葱细菌
性叶枯病菌中却未检测到 tale 基因(图 1 ̄B)ꎮ 这
是否意味着人类驯化的大宗植物上的黄单胞菌更
易进化产生 tale基因? 大豆斑疹病菌、菜豆细菌性
疫病菌、豌豆细菌性疫病菌和棉花细菌性角斑病菌
中的 TALE蛋白对应相应植物上的靶标基因是什
么ꎬ还有待研究ꎮ
随着功能基因组学的发展ꎬ以病菌相关致病因
子为靶点进行专性检测ꎬ在植物检疫中越来越受关
注ꎮ 本研究通过 PCR 和 Southern blot 方法检测上
述菌株的 hpa1、xopQ、hrcC 和 tale 基因ꎬ发现其存
在基因型差异ꎬ在非寄主烟草上的 HR 试验发现
T3SS与 HR现象并无正相关性ꎮ 这些结果对比较
不同植物病原黄单胞菌的致病性和植物检疫特异
靶标的设计提供了科学线索ꎮ
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责任编辑:于金枝
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